data_SMR-7e4904f816810b9c3f15a73f0e477c2a_1 _entry.id SMR-7e4904f816810b9c3f15a73f0e477c2a_1 _struct.entry_id SMR-7e4904f816810b9c3f15a73f0e477c2a_1 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q13495/ MAMD1_HUMAN, Mastermind-like domain-containing protein 1 Estimated model accuracy of this model is 0.02, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q13495' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 124541.585 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP MAMD1_HUMAN Q13495 1 ;MDDWKSRLVIKSMLPHFAMVGNRQEPRKLQESGTVKRRQEEDHFQFPDMADGGYPNKIKRPCLEDVTLAM GPGAHPSTACAELQVPPLTINPSPAAMGVAGQSLLLENNPMNGNIMGSPFVVPQTTEVGLKGPTVPYYEK INSVPAVDQELQELLEELTKIQDPSPNELDLEKILGTKPEEPLVLDHPQATLSTTPKPSVQMSHLESLAS SKEFASSCSQVTGMSLQIPSSSTGISYSIPSTSKQIVSPSSSMAQSKSQVQAMLPVALPPLPVPQWHHAH QLKALAASKQGSATKQQGPTPSWSGLPPPGLSPPYRPVPSPHPPPLPLPPPPPPFSPQSLMVSCMSSNTL SGSTLRGSPNALLSSMTSSSNAALGPAMPYAPEKLPSPALTQQPQFGPQSSILANLMSSTIKTPQGHLMS ALPASNPGPSPPYRPEKLSSPGLPQQSFTPQCSLIRSLTPTSNLLSQQQQQQQQQQQANVIFKPISSNSS KTLSMIMQQGMASSSPGATEPFTFGNTKPLSHFVSEPGPQKMPSMPTTSRQPSLLHYLQQPTPTQASSAT ASSTATATLQLQQQQQQQQQQPDHSSFLLQQMMQQPQRFQRSVASDSMPALPRQQEEQRSGLMAMTPERQ NAYISQQMSPFEAVQEQVTSKCSRIKASPPSSKHLMPPRTGLLQNNLSPGMIPLTRHQSCEGMGVISPTL GKRQGIFTSSPQCPILSHSGQTPLGRLDSVCQHMQSPKATPPEVPLPGFCPSSLGTQSLSPHQLRRPSVP RMPTAFNNAAWVTAAAAVTTAVSGKTPLSQVDNSVQQHSPSGQACLQRPSDWEAQVPAAMGTQVPLANNP SFSLLGSQSLRQSPVQGPVPVANTTKFLQQGMASFSPLSPIQGIEPPSYVAAAATAAAASAVAASQFPGP FDRTDIPPELPPADFLRQPQPPLNDLISSPDCNEVDFIEALLKGSCVSPDEDWVCNLRLIDDILEQHAAA QNATAQNSGQVTQDAGAL ; 'Mastermind-like domain-containing protein 1' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 998 1 998 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . MAMD1_HUMAN Q13495 Q13495-3 1 998 9606 'Homo sapiens (Human)' 2008-11-25 3F79B3016694B544 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MDDWKSRLVIKSMLPHFAMVGNRQEPRKLQESGTVKRRQEEDHFQFPDMADGGYPNKIKRPCLEDVTLAM GPGAHPSTACAELQVPPLTINPSPAAMGVAGQSLLLENNPMNGNIMGSPFVVPQTTEVGLKGPTVPYYEK INSVPAVDQELQELLEELTKIQDPSPNELDLEKILGTKPEEPLVLDHPQATLSTTPKPSVQMSHLESLAS SKEFASSCSQVTGMSLQIPSSSTGISYSIPSTSKQIVSPSSSMAQSKSQVQAMLPVALPPLPVPQWHHAH QLKALAASKQGSATKQQGPTPSWSGLPPPGLSPPYRPVPSPHPPPLPLPPPPPPFSPQSLMVSCMSSNTL SGSTLRGSPNALLSSMTSSSNAALGPAMPYAPEKLPSPALTQQPQFGPQSSILANLMSSTIKTPQGHLMS ALPASNPGPSPPYRPEKLSSPGLPQQSFTPQCSLIRSLTPTSNLLSQQQQQQQQQQQANVIFKPISSNSS KTLSMIMQQGMASSSPGATEPFTFGNTKPLSHFVSEPGPQKMPSMPTTSRQPSLLHYLQQPTPTQASSAT ASSTATATLQLQQQQQQQQQQPDHSSFLLQQMMQQPQRFQRSVASDSMPALPRQQEEQRSGLMAMTPERQ NAYISQQMSPFEAVQEQVTSKCSRIKASPPSSKHLMPPRTGLLQNNLSPGMIPLTRHQSCEGMGVISPTL GKRQGIFTSSPQCPILSHSGQTPLGRLDSVCQHMQSPKATPPEVPLPGFCPSSLGTQSLSPHQLRRPSVP RMPTAFNNAAWVTAAAAVTTAVSGKTPLSQVDNSVQQHSPSGQACLQRPSDWEAQVPAAMGTQVPLANNP SFSLLGSQSLRQSPVQGPVPVANTTKFLQQGMASFSPLSPIQGIEPPSYVAAAATAAAASAVAASQFPGP FDRTDIPPELPPADFLRQPQPPLNDLISSPDCNEVDFIEALLKGSCVSPDEDWVCNLRLIDDILEQHAAA QNATAQNSGQVTQDAGAL ; ;MDDWKSRLVIKSMLPHFAMVGNRQEPRKLQESGTVKRRQEEDHFQFPDMADGGYPNKIKRPCLEDVTLAM GPGAHPSTACAELQVPPLTINPSPAAMGVAGQSLLLENNPMNGNIMGSPFVVPQTTEVGLKGPTVPYYEK INSVPAVDQELQELLEELTKIQDPSPNELDLEKILGTKPEEPLVLDHPQATLSTTPKPSVQMSHLESLAS SKEFASSCSQVTGMSLQIPSSSTGISYSIPSTSKQIVSPSSSMAQSKSQVQAMLPVALPPLPVPQWHHAH QLKALAASKQGSATKQQGPTPSWSGLPPPGLSPPYRPVPSPHPPPLPLPPPPPPFSPQSLMVSCMSSNTL SGSTLRGSPNALLSSMTSSSNAALGPAMPYAPEKLPSPALTQQPQFGPQSSILANLMSSTIKTPQGHLMS ALPASNPGPSPPYRPEKLSSPGLPQQSFTPQCSLIRSLTPTSNLLSQQQQQQQQQQQANVIFKPISSNSS KTLSMIMQQGMASSSPGATEPFTFGNTKPLSHFVSEPGPQKMPSMPTTSRQPSLLHYLQQPTPTQASSAT ASSTATATLQLQQQQQQQQQQPDHSSFLLQQMMQQPQRFQRSVASDSMPALPRQQEEQRSGLMAMTPERQ NAYISQQMSPFEAVQEQVTSKCSRIKASPPSSKHLMPPRTGLLQNNLSPGMIPLTRHQSCEGMGVISPTL GKRQGIFTSSPQCPILSHSGQTPLGRLDSVCQHMQSPKATPPEVPLPGFCPSSLGTQSLSPHQLRRPSVP RMPTAFNNAAWVTAAAAVTTAVSGKTPLSQVDNSVQQHSPSGQACLQRPSDWEAQVPAAMGTQVPLANNP SFSLLGSQSLRQSPVQGPVPVANTTKFLQQGMASFSPLSPIQGIEPPSYVAAAATAAAASAVAASQFPGP FDRTDIPPELPPADFLRQPQPPLNDLISSPDCNEVDFIEALLKGSCVSPDEDWVCNLRLIDDILEQHAAA QNATAQNSGQVTQDAGAL ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 ASP . 1 3 ASP . 1 4 TRP . 1 5 LYS . 1 6 SER . 1 7 ARG . 1 8 LEU . 1 9 VAL . 1 10 ILE . 1 11 LYS . 1 12 SER . 1 13 MET . 1 14 LEU . 1 15 PRO . 1 16 HIS . 1 17 PHE . 1 18 ALA . 1 19 MET . 1 20 VAL . 1 21 GLY . 1 22 ASN . 1 23 ARG . 1 24 GLN . 1 25 GLU . 1 26 PRO . 1 27 ARG . 1 28 LYS . 1 29 LEU . 1 30 GLN . 1 31 GLU . 1 32 SER . 1 33 GLY . 1 34 THR . 1 35 VAL . 1 36 LYS . 1 37 ARG . 1 38 ARG . 1 39 GLN . 1 40 GLU . 1 41 GLU . 1 42 ASP . 1 43 HIS . 1 44 PHE . 1 45 GLN . 1 46 PHE . 1 47 PRO . 1 48 ASP . 1 49 MET . 1 50 ALA . 1 51 ASP . 1 52 GLY . 1 53 GLY . 1 54 TYR . 1 55 PRO . 1 56 ASN . 1 57 LYS . 1 58 ILE . 1 59 LYS . 1 60 ARG . 1 61 PRO . 1 62 CYS . 1 63 LEU . 1 64 GLU . 1 65 ASP . 1 66 VAL . 1 67 THR . 1 68 LEU . 1 69 ALA . 1 70 MET . 1 71 GLY . 1 72 PRO . 1 73 GLY . 1 74 ALA . 1 75 HIS . 1 76 PRO . 1 77 SER . 1 78 THR . 1 79 ALA . 1 80 CYS . 1 81 ALA . 1 82 GLU . 1 83 LEU . 1 84 GLN . 1 85 VAL . 1 86 PRO . 1 87 PRO . 1 88 LEU . 1 89 THR . 1 90 ILE . 1 91 ASN . 1 92 PRO . 1 93 SER . 1 94 PRO . 1 95 ALA . 1 96 ALA . 1 97 MET . 1 98 GLY . 1 99 VAL . 1 100 ALA . 1 101 GLY . 1 102 GLN . 1 103 SER . 1 104 LEU . 1 105 LEU . 1 106 LEU . 1 107 GLU . 1 108 ASN . 1 109 ASN . 1 110 PRO . 1 111 MET . 1 112 ASN . 1 113 GLY . 1 114 ASN . 1 115 ILE . 1 116 MET . 1 117 GLY . 1 118 SER . 1 119 PRO . 1 120 PHE . 1 121 VAL . 1 122 VAL . 1 123 PRO . 1 124 GLN . 1 125 THR . 1 126 THR . 1 127 GLU . 1 128 VAL . 1 129 GLY . 1 130 LEU . 1 131 LYS . 1 132 GLY . 1 133 PRO . 1 134 THR . 1 135 VAL . 1 136 PRO . 1 137 TYR . 1 138 TYR . 1 139 GLU . 1 140 LYS . 1 141 ILE . 1 142 ASN . 1 143 SER . 1 144 VAL . 1 145 PRO . 1 146 ALA . 1 147 VAL . 1 148 ASP . 1 149 GLN . 1 150 GLU . 1 151 LEU . 1 152 GLN . 1 153 GLU . 1 154 LEU . 1 155 LEU . 1 156 GLU . 1 157 GLU . 1 158 LEU . 1 159 THR . 1 160 LYS . 1 161 ILE . 1 162 GLN . 1 163 ASP . 1 164 PRO . 1 165 SER . 1 166 PRO . 1 167 ASN . 1 168 GLU . 1 169 LEU . 1 170 ASP . 1 171 LEU . 1 172 GLU . 1 173 LYS . 1 174 ILE . 1 175 LEU . 1 176 GLY . 1 177 THR . 1 178 LYS . 1 179 PRO . 1 180 GLU . 1 181 GLU . 1 182 PRO . 1 183 LEU . 1 184 VAL . 1 185 LEU . 1 186 ASP . 1 187 HIS . 1 188 PRO . 1 189 GLN . 1 190 ALA . 1 191 THR . 1 192 LEU . 1 193 SER . 1 194 THR . 1 195 THR . 1 196 PRO . 1 197 LYS . 1 198 PRO . 1 199 SER . 1 200 VAL . 1 201 GLN . 1 202 MET . 1 203 SER . 1 204 HIS . 1 205 LEU . 1 206 GLU . 1 207 SER . 1 208 LEU . 1 209 ALA . 1 210 SER . 1 211 SER . 1 212 LYS . 1 213 GLU 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A 1 838 ASN 838 ? ? ? A . A 1 839 ASN 839 ? ? ? A . A 1 840 PRO 840 ? ? ? A . A 1 841 SER 841 ? ? ? A . A 1 842 PHE 842 ? ? ? A . A 1 843 SER 843 ? ? ? A . A 1 844 LEU 844 ? ? ? A . A 1 845 LEU 845 ? ? ? A . A 1 846 GLY 846 ? ? ? A . A 1 847 SER 847 ? ? ? A . A 1 848 GLN 848 ? ? ? A . A 1 849 SER 849 ? ? ? A . A 1 850 LEU 850 ? ? ? A . A 1 851 ARG 851 ? ? ? A . A 1 852 GLN 852 ? ? ? A . A 1 853 SER 853 ? ? ? A . A 1 854 PRO 854 ? ? ? A . A 1 855 VAL 855 ? ? ? A . A 1 856 GLN 856 ? ? ? A . A 1 857 GLY 857 ? ? ? A . A 1 858 PRO 858 ? ? ? A . A 1 859 VAL 859 ? ? ? A . A 1 860 PRO 860 ? ? ? A . A 1 861 VAL 861 ? ? ? A . A 1 862 ALA 862 ? ? ? A . A 1 863 ASN 863 ? ? ? A . A 1 864 THR 864 ? ? ? A . A 1 865 THR 865 ? ? ? A . A 1 866 LYS 866 ? ? ? A . A 1 867 PHE 867 ? ? ? A . A 1 868 LEU 868 ? ? ? A . A 1 869 GLN 869 ? ? ? A . A 1 870 GLN 870 ? ? ? A . A 1 871 GLY 871 ? ? ? A . A 1 872 MET 872 ? ? ? A . A 1 873 ALA 873 ? ? ? A . A 1 874 SER 874 ? ? ? A . A 1 875 PHE 875 ? ? ? A . A 1 876 SER 876 ? ? ? A . A 1 877 PRO 877 ? ? ? A . A 1 878 LEU 878 ? ? ? A . A 1 879 SER 879 ? ? ? A . A 1 880 PRO 880 ? ? ? A . A 1 881 ILE 881 ? ? ? A . A 1 882 GLN 882 ? ? ? A . A 1 883 GLY 883 ? ? ? A . A 1 884 ILE 884 ? ? ? A . A 1 885 GLU 885 ? ? ? A . A 1 886 PRO 886 ? ? ? A . A 1 887 PRO 887 ? ? ? A . A 1 888 SER 888 ? ? ? A . A 1 889 TYR 889 ? ? ? A . A 1 890 VAL 890 ? ? ? A . A 1 891 ALA 891 ? ? ? A . A 1 892 ALA 892 ? ? ? A . A 1 893 ALA 893 ? ? ? A . A 1 894 ALA 894 ? ? ? A . A 1 895 THR 895 ? ? ? A . A 1 896 ALA 896 ? ? ? A . A 1 897 ALA 897 ? ? ? A . A 1 898 ALA 898 ? ? ? A . A 1 899 ALA 899 ? ? ? A . A 1 900 SER 900 ? ? ? A . A 1 901 ALA 901 ? ? ? A . A 1 902 VAL 902 ? ? ? A . A 1 903 ALA 903 ? ? ? A . A 1 904 ALA 904 ? ? ? A . A 1 905 SER 905 ? ? ? A . A 1 906 GLN 906 ? ? ? A . A 1 907 PHE 907 ? ? ? A . A 1 908 PRO 908 ? ? ? A . A 1 909 GLY 909 ? ? ? A . A 1 910 PRO 910 ? ? ? A . A 1 911 PHE 911 ? ? ? A . A 1 912 ASP 912 ? ? ? A . A 1 913 ARG 913 ? ? ? A . A 1 914 THR 914 ? ? ? A . A 1 915 ASP 915 ? ? ? A . A 1 916 ILE 916 ? ? ? A . A 1 917 PRO 917 ? ? ? A . A 1 918 PRO 918 ? ? ? A . A 1 919 GLU 919 ? ? ? A . A 1 920 LEU 920 ? ? ? A . A 1 921 PRO 921 ? ? ? A . A 1 922 PRO 922 ? ? ? A . A 1 923 ALA 923 ? ? ? A . A 1 924 ASP 924 ? ? ? A . A 1 925 PHE 925 ? ? ? A . A 1 926 LEU 926 ? ? ? A . A 1 927 ARG 927 ? ? ? A . A 1 928 GLN 928 ? ? ? A . A 1 929 PRO 929 ? ? ? A . A 1 930 GLN 930 ? ? ? A . A 1 931 PRO 931 ? ? ? A . A 1 932 PRO 932 ? ? ? A . A 1 933 LEU 933 ? ? ? A . A 1 934 ASN 934 ? ? ? A . A 1 935 ASP 935 ? ? ? A . A 1 936 LEU 936 ? ? ? A . A 1 937 ILE 937 ? ? ? A . A 1 938 SER 938 ? ? ? A . A 1 939 SER 939 ? ? ? A . A 1 940 PRO 940 ? ? ? A . A 1 941 ASP 941 ? ? ? A . A 1 942 CYS 942 ? ? ? A . A 1 943 ASN 943 ? ? ? A . A 1 944 GLU 944 ? ? ? A . A 1 945 VAL 945 ? ? ? A . A 1 946 ASP 946 ? ? ? A . A 1 947 PHE 947 ? ? ? A . A 1 948 ILE 948 ? ? ? A . A 1 949 GLU 949 ? ? ? A . A 1 950 ALA 950 ? ? ? A . A 1 951 LEU 951 ? ? ? A . A 1 952 LEU 952 ? ? ? A . A 1 953 LYS 953 ? ? ? A . A 1 954 GLY 954 ? ? ? A . A 1 955 SER 955 ? ? ? A . A 1 956 CYS 956 ? ? ? A . A 1 957 VAL 957 ? ? ? A . A 1 958 SER 958 ? ? ? A . A 1 959 PRO 959 ? ? ? A . A 1 960 ASP 960 ? ? ? A . A 1 961 GLU 961 ? ? ? A . A 1 962 ASP 962 ? ? ? A . A 1 963 TRP 963 ? ? ? A . A 1 964 VAL 964 ? ? ? A . A 1 965 CYS 965 ? ? ? A . A 1 966 ASN 966 ? ? ? A . A 1 967 LEU 967 ? ? ? A . A 1 968 ARG 968 ? ? ? A . A 1 969 LEU 969 ? ? ? A . A 1 970 ILE 970 ? ? ? A . A 1 971 ASP 971 ? ? ? A . A 1 972 ASP 972 ? ? ? A . A 1 973 ILE 973 ? ? ? A . A 1 974 LEU 974 ? ? ? A . A 1 975 GLU 975 ? ? ? A . A 1 976 GLN 976 ? ? ? A . A 1 977 HIS 977 ? ? ? A . A 1 978 ALA 978 ? ? ? A . A 1 979 ALA 979 ? ? ? A . A 1 980 ALA 980 ? ? ? A . A 1 981 GLN 981 ? ? ? A . A 1 982 ASN 982 ? ? ? A . A 1 983 ALA 983 ? ? ? A . A 1 984 THR 984 ? ? ? A . A 1 985 ALA 985 ? ? ? A . A 1 986 GLN 986 ? ? ? A . A 1 987 ASN 987 ? ? ? A . A 1 988 SER 988 ? ? ? A . A 1 989 GLY 989 ? ? ? A . A 1 990 GLN 990 ? ? ? A . A 1 991 VAL 991 ? ? ? A . A 1 992 THR 992 ? ? ? A . A 1 993 GLN 993 ? ? ? A . A 1 994 ASP 994 ? ? ? A . A 1 995 ALA 995 ? ? ? A . A 1 996 GLY 996 ? ? ? A . A 1 997 ALA 997 ? ? ? A . A 1 998 LEU 998 ? ? ? A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Cell division cycle protein CDT1 {PDB ID=5mec, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=5mec.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 5mec, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 1' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-10-31 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-10-25 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GMSKGEGTIANHLLEQQIKAFPKVAQQYYPRELSILRLQDAMKFVKELFTVCETVLSLNALSRSTGVPPE LHVLLPQISSMMKRKIVQDDILKLLTIWSDAYVVELNSRGELTMNLPKRDNLTTLTNKSRTLAFVERAES WYQQVIASKDEIMTDVPAFKINKRRSSSN ; ;GMSKGEGTIANHLLEQQIKAFPKVAQQYYPRELSILRLQDAMKFVKELFTVCETVLSLNALSRSTGVPPE LHVLLPQISSMMKRKIVQDDILKLLTIWSDAYVVELNSRGELTMNLPKRDNLTTLTNKSRTLAFVERAES WYQQVIASKDEIMTDVPAFKINKRRSSSN ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 67 100 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 5mec 2024-01-17 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 998 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 998 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 68.000 23.529 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MDDWKSRLVIKSMLPHFAMVGNRQEPRKLQESGTVKRRQEEDHFQFPDMADGGYPNKIKRPCLEDVTLAMGPGAHPSTACAELQVPPLTINPSPAAMGVAGQSLLLENNPMNGNIMGSPFVVPQTTEVGLKGPTVPYYEKINSVPAVDQELQELLEELTKIQDPSPNELDLEKILGTKPEEPLVLDHPQATLSTTPKPSVQMSHLESLASSKEFASSCSQVTGMSLQIPSSSTGISYSIPSTSKQIVSPSSSMAQSKSQVQAMLPVALPPLPVPQWHHAHQLKALAASKQGSATKQQGPTPSWSGLPPPGLSPPYRPVPSPHPPPLPLPPPPPPFSPQSLMVSCMSSNTLSGSTLRGSPNALLSSMTSSSNAALGPAMPYAPEKLPSPALTQQPQFGPQSSILANLMSSTIKTPQGHLMSALPASNPGPSPPYRPEKLSSPGLPQQSFTPQCSLIRSLTPTSNLLSQQQQQQQQQQQANVIFKPISSNSSKTLSMIMQQGMASSSPGATEPFTFGNTKPLSHFVSEPGPQKMPSMPTTSRQPSLLHYLQQPTPTQASSATASSTATATLQLQQQQQQQQQQPDHSSFLLQQMMQQPQRFQRSVASDSMPALPRQQEEQRSGLMAMTPERQNAYISQQMSPFEAVQEQVTSKCSRIKASPPSSKHLMPPRTGLLQNNLSPGMIPLTRHQSCEGMGVISPTLGKRQGIFTSSPQCPILSHSGQTPLGRLDSVCQHMQSPKATPPEVPLPGFCPSSLGTQSLSPHQLRRPSVPRMPTAFNNAAWVTAAAAVTTAVSGKTPLSQVDNSVQQHSPSGQACLQRPSDWEAQVPAAMGTQVPLANNPSFSLLGSQSLRQSPVQGPVPVANTTKFLQQGMASFSPLSPIQGIEPPSYVAAAATAAAASAVAASQFPGPFDRTDIPPELPPADFLRQPQPPLNDLISSPDCNEVDFIEALLKGSCVSPDEDWVCNLRLIDDILEQHAAAQNATAQNSGQVTQDAGAL 2 1 2 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------VPPELHVLLPQISSMMKRKIVQDDILKLLTIWSD-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 5mec.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 1' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . 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'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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