data_SMR-e4add6e0fd788fc698e4d7893682cdb9_3 _entry.id SMR-e4add6e0fd788fc698e4d7893682cdb9_3 _struct.entry_id SMR-e4add6e0fd788fc698e4d7893682cdb9_3 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q12872/ SFSWA_HUMAN, Splicing factor, suppressor of white-apricot homolog Estimated model accuracy of this model is 0.005, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q12872' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 128235.774 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP SFSWA_HUMAN Q12872 1 ;MYGASGGRAKPERKSGAKEEAGPGGAGGGGSRVELLVFGYACKLFRDDERALAQEQGQHLIPWMGDHKIL IDRYDGRGHLHDLSEYDAEYSTWNRDYQLSEEEARIEALCDEERYLALHTDLLEEEARQEEEYKRLSEAL AEDGSYNAVGFTYGSDYYDPSEPTEEEEPSKQREKNEAENLEENEEPFVAPLGLSVPSDVELPPTAKMHA IIERTASFVCRQGAQFEIMLKAKQARNSQFDFLRFDHYLNPYYKFIQKAMKEGRYTVLAENKSDEKKKSG VSSDNEDDDDEEDGNYLHPSLFASKKCNRLEELMKPLKVVDPDHPLAALVRKAQADSSTPTPHNADGAPV QPSQVEYTADSTVAAMYYSYYMLPDGTYCLAPPPPGIDVTTYYSTLPAGVTVSNSPGVTTTAPPPPGTTP LPPPTTAETSSGATSTTTTTSALAPVAAIIPPPPDVQPVIDKLAEYVARNGLKFETSVRAKNDQRFEFLQ PWHQYNAYYEFKKQFFLQKEGGDSMQAVSAPEEAPTDSAPEKPSDAGEDGAPEDAAEVGARAGSGGKKEA SSSKTVPDGKLVKASFAPISFAIKAKENDLLPLEKNRVKLDDDSDDDEESKEGQESSSSAANTNPAVAPP CVVVEEKKPQLTQEELEAKQAKQKLEDRLAAAAREKLAQASKESKEKQLQAERKRKAALFLQTLKNPLPE AEAGKIEESPFSVEESSTTPCPLLTGGRPLPTLEVKPPDRPSSKSKDPPREEEKEKKKKKHKKRSRTRSR SPKYHSSSKSRSRSHSKAKHSLPSAYRTVRRSRVTASPGTLRAEPCQSSASVTAAAEPGSYQAASTTTRF DSASSFEGKPGKTSRSRSRSPRRRAHSPERRREERSVPTAYRVSRSPGASRKRTRSRSPHEKKKKRRSRS RTKSKARSQSVSPSKQAAPRPAAPAAHSAHSASVSPVESRGSSQERSRGVSQEKEAQISSAIVSSVQSKI TQDLMAKVRAMLAASKNLQTSAS ; 'Splicing factor, suppressor of white-apricot homolog' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1003 1 1003 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . SFSWA_HUMAN Q12872 Q12872-2 1 1003 9606 'Homo sapiens (Human)' 2010-03-23 C67AFFE577FF7CA4 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no P ;MYGASGGRAKPERKSGAKEEAGPGGAGGGGSRVELLVFGYACKLFRDDERALAQEQGQHLIPWMGDHKIL IDRYDGRGHLHDLSEYDAEYSTWNRDYQLSEEEARIEALCDEERYLALHTDLLEEEARQEEEYKRLSEAL AEDGSYNAVGFTYGSDYYDPSEPTEEEEPSKQREKNEAENLEENEEPFVAPLGLSVPSDVELPPTAKMHA IIERTASFVCRQGAQFEIMLKAKQARNSQFDFLRFDHYLNPYYKFIQKAMKEGRYTVLAENKSDEKKKSG VSSDNEDDDDEEDGNYLHPSLFASKKCNRLEELMKPLKVVDPDHPLAALVRKAQADSSTPTPHNADGAPV QPSQVEYTADSTVAAMYYSYYMLPDGTYCLAPPPPGIDVTTYYSTLPAGVTVSNSPGVTTTAPPPPGTTP LPPPTTAETSSGATSTTTTTSALAPVAAIIPPPPDVQPVIDKLAEYVARNGLKFETSVRAKNDQRFEFLQ PWHQYNAYYEFKKQFFLQKEGGDSMQAVSAPEEAPTDSAPEKPSDAGEDGAPEDAAEVGARAGSGGKKEA SSSKTVPDGKLVKASFAPISFAIKAKENDLLPLEKNRVKLDDDSDDDEESKEGQESSSSAANTNPAVAPP CVVVEEKKPQLTQEELEAKQAKQKLEDRLAAAAREKLAQASKESKEKQLQAERKRKAALFLQTLKNPLPE AEAGKIEESPFSVEESSTTPCPLLTGGRPLPTLEVKPPDRPSSKSKDPPREEEKEKKKKKHKKRSRTRSR SPKYHSSSKSRSRSHSKAKHSLPSAYRTVRRSRVTASPGTLRAEPCQSSASVTAAAEPGSYQAASTTTRF DSASSFEGKPGKTSRSRSRSPRRRAHSPERRREERSVPTAYRVSRSPGASRKRTRSRSPHEKKKKRRSRS RTKSKARSQSVSPSKQAAPRPAAPAAHSAHSASVSPVESRGSSQERSRGVSQEKEAQISSAIVSSVQSKI TQDLMAKVRAMLAASKNLQTSAS ; ;MYGASGGRAKPERKSGAKEEAGPGGAGGGGSRVELLVFGYACKLFRDDERALAQEQGQHLIPWMGDHKIL IDRYDGRGHLHDLSEYDAEYSTWNRDYQLSEEEARIEALCDEERYLALHTDLLEEEARQEEEYKRLSEAL AEDGSYNAVGFTYGSDYYDPSEPTEEEEPSKQREKNEAENLEENEEPFVAPLGLSVPSDVELPPTAKMHA IIERTASFVCRQGAQFEIMLKAKQARNSQFDFLRFDHYLNPYYKFIQKAMKEGRYTVLAENKSDEKKKSG VSSDNEDDDDEEDGNYLHPSLFASKKCNRLEELMKPLKVVDPDHPLAALVRKAQADSSTPTPHNADGAPV QPSQVEYTADSTVAAMYYSYYMLPDGTYCLAPPPPGIDVTTYYSTLPAGVTVSNSPGVTTTAPPPPGTTP LPPPTTAETSSGATSTTTTTSALAPVAAIIPPPPDVQPVIDKLAEYVARNGLKFETSVRAKNDQRFEFLQ PWHQYNAYYEFKKQFFLQKEGGDSMQAVSAPEEAPTDSAPEKPSDAGEDGAPEDAAEVGARAGSGGKKEA SSSKTVPDGKLVKASFAPISFAIKAKENDLLPLEKNRVKLDDDSDDDEESKEGQESSSSAANTNPAVAPP CVVVEEKKPQLTQEELEAKQAKQKLEDRLAAAAREKLAQASKESKEKQLQAERKRKAALFLQTLKNPLPE AEAGKIEESPFSVEESSTTPCPLLTGGRPLPTLEVKPPDRPSSKSKDPPREEEKEKKKKKHKKRSRTRSR SPKYHSSSKSRSRSHSKAKHSLPSAYRTVRRSRVTASPGTLRAEPCQSSASVTAAAEPGSYQAASTTTRF DSASSFEGKPGKTSRSRSRSPRRRAHSPERRREERSVPTAYRVSRSPGASRKRTRSRSPHEKKKKRRSRS RTKSKARSQSVSPSKQAAPRPAAPAAHSAHSASVSPVESRGSSQERSRGVSQEKEAQISSAIVSSVQSKI TQDLMAKVRAMLAASKNLQTSAS ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 TYR . 1 3 GLY . 1 4 ALA . 1 5 SER . 1 6 GLY . 1 7 GLY . 1 8 ARG . 1 9 ALA . 1 10 LYS . 1 11 PRO . 1 12 GLU . 1 13 ARG . 1 14 LYS . 1 15 SER . 1 16 GLY . 1 17 ALA . 1 18 LYS . 1 19 GLU . 1 20 GLU . 1 21 ALA . 1 22 GLY . 1 23 PRO . 1 24 GLY . 1 25 GLY . 1 26 ALA . 1 27 GLY . 1 28 GLY . 1 29 GLY . 1 30 GLY . 1 31 SER . 1 32 ARG . 1 33 VAL . 1 34 GLU . 1 35 LEU . 1 36 LEU . 1 37 VAL . 1 38 PHE . 1 39 GLY . 1 40 TYR . 1 41 ALA . 1 42 CYS . 1 43 LYS . 1 44 LEU . 1 45 PHE . 1 46 ARG . 1 47 ASP . 1 48 ASP . 1 49 GLU . 1 50 ARG . 1 51 ALA . 1 52 LEU . 1 53 ALA . 1 54 GLN . 1 55 GLU . 1 56 GLN . 1 57 GLY . 1 58 GLN . 1 59 HIS . 1 60 LEU . 1 61 ILE . 1 62 PRO . 1 63 TRP . 1 64 MET . 1 65 GLY . 1 66 ASP . 1 67 HIS . 1 68 LYS . 1 69 ILE . 1 70 LEU . 1 71 ILE . 1 72 ASP . 1 73 ARG . 1 74 TYR . 1 75 ASP . 1 76 GLY . 1 77 ARG . 1 78 GLY . 1 79 HIS . 1 80 LEU . 1 81 HIS . 1 82 ASP . 1 83 LEU . 1 84 SER . 1 85 GLU . 1 86 TYR . 1 87 ASP . 1 88 ALA . 1 89 GLU . 1 90 TYR . 1 91 SER . 1 92 THR . 1 93 TRP . 1 94 ASN . 1 95 ARG . 1 96 ASP . 1 97 TYR . 1 98 GLN . 1 99 LEU . 1 100 SER . 1 101 GLU . 1 102 GLU . 1 103 GLU . 1 104 ALA . 1 105 ARG . 1 106 ILE . 1 107 GLU . 1 108 ALA . 1 109 LEU . 1 110 CYS . 1 111 ASP . 1 112 GLU . 1 113 GLU . 1 114 ARG . 1 115 TYR . 1 116 LEU . 1 117 ALA . 1 118 LEU . 1 119 HIS . 1 120 THR . 1 121 ASP . 1 122 LEU . 1 123 LEU . 1 124 GLU . 1 125 GLU . 1 126 GLU . 1 127 ALA . 1 128 ARG . 1 129 GLN . 1 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P . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'RNA polymerase-associated protein CTR9 homolog,RNA polymerase-associated protein LEO1 {PDB ID=8a3y, label_asym_id=P, auth_asym_id=Q, SMTL ID=8a3y.1.P}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 8a3y, label_asym_id=P' 'target-template alignment' . 4 'model 3' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-10-31 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-10-25 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A P 16 1 Q # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MSRGSIEIPLRDTDEVIELDFDQLPEGDEVISILKQEHTQLHIWIALALEYYKQGKTEEFVKLLEAARID GNLDYRDHEKDQMTCLDTLAAYYVQQARKEKNKDNKKDLITQATLLYTMADKIIMYDQNHLLGRACFCLL EGDKMDQADAQFHFVLNQSPNNIPALLGKACISFNKKDYRGALAYYKKALRTNPGCPAEVRLGMGHCFVK LNKLEKARLAFSRALELNSKCVGALVGLAVLELNNKEADSIKNGVQLLSRAYTIDPSNPMVLNHLANHFF FKKDYSKVQHLALHAFHNTEVEAMQAESCYQLARSFHVQEDYDQAFQYYYQATQFASSSFVLPFFGLGQM YIYRGDKENASQCFEKVLKAYPNNYETMKILGSLYAASEDQEKRDIAKGHLKKVTEQYPDDVEAWIELAQ ILEQTDIQGALSAYGTATRILQEKVQADVPPEILNNVGALHFRLGNLGEAKKYFLASLDRAKAEAEHDEH YYNAISVTTSYNLARLYEAMCEFHEAEKLYKNILREHPNYVDCYLRLGAMARDKGNFYEASDWFKEALQI NQDHPDAWSLIGNLHLAKQEWGPGQKKFERILKQPSTQSDTYSMLALGNVWLQTLHQPTRDREKEKRHQD RALAIYKQVLRNDAKNLYAANGIGAVLAHKGYFREARDVFAQVREATADISDVWLNLAHIYVEQKQYISA VQMYENCLRKFYKHQNTEVVLYLARALFKCGKLQECKQTLLKARHVAPSDTVLMFNVALVLQRLATSVLK DEKSNLKEVLNAVKELELAHRYFSYLSKVGDKMRFDLALAATEARQCSDLLSQAQYHVARARKQDEEERE LRAKQEQEKELLRQKLLKEQEEKRLREKEEQKKLLEQRAQYVEKTKNILMFTGETEATKEKKRGGGGGRR SKKGGEFDEFVNDDTDDDLPISKKKKRRKGSGSEQEGEDEEGGERKKKKRRRHPKGEEGSDDDETENGPK PKKRRPPKAEKKKAPKPERLPPSMKGKIKSKAIISSSDDSSDEDKLKIADEGHPRNSNSNSDSDEDEQRK KCASSESDSDENQNKSGSEAGSPRRPRRQRSDQDSDSDQPSRKRRPSGSEQSDNESVQSGRSHSGVSEND SRPASPSAESDHESERGSDNEGSGQGSGNESEPEGSNNEASDRGSEHGSDDSDENLYFQMADMEDLFGSD ADSEAERKDSDSGSDSDSDQENAASGSNASGSESDQDERGDSGQPSNKELFGDDSEDEGASHHSGSDNHS ERSDNRSEASERSDHEDNDPSDVDQHSGSEAPNDDEDEGHRSDGGSHHSEAEGSEKAHSDDEKWGREDKS DQSDDEKIQNSDDEERAQGSDEDKLQNSDDDEKMQNTDDEERPQLSDDERQQLSEEEKANSDDERPVASD NDDEKQNSDDEEQPQLSDEEKMQNSDDERPQASDEEHRHSDDEEEQDHKSESARGSDSEDEVLRMKRKNA IASDSEADSDTEVPKDNSGTMDLFGGADDISSGSDGEDKPPTPGQPVDENGLPQDQQEEEPIPETRIEVE IPKVNTDLGNDLYFVKLPNFLSVEPRPFDPQYYEDEFEDEEMLDEEGRTRLKLKVENTIRWRIRRDEEGN EIKESNARIVKWSDGSMSLHLGNEVFDVYKAPLQGDHNHLFIRQGTGLQGQAVFKTKLTFRPHSTDSATH RKMTLSLADRCSKTQKIRILPMAGRDPECQRTEMIKKEEERLRASIRRESQQRRMREKQHQRGLSASYLE PDRYDEEEEGEESISLAAIKNRYKGGIREERARIYSSDSDEGSEEDKAQRLLKAKKLTSDEEGEPSGKRK AEDDDKANKKHKKYVISDEEEEDDD ; ;MSRGSIEIPLRDTDEVIELDFDQLPEGDEVISILKQEHTQLHIWIALALEYYKQGKTEEFVKLLEAARID GNLDYRDHEKDQMTCLDTLAAYYVQQARKEKNKDNKKDLITQATLLYTMADKIIMYDQNHLLGRACFCLL EGDKMDQADAQFHFVLNQSPNNIPALLGKACISFNKKDYRGALAYYKKALRTNPGCPAEVRLGMGHCFVK LNKLEKARLAFSRALELNSKCVGALVGLAVLELNNKEADSIKNGVQLLSRAYTIDPSNPMVLNHLANHFF FKKDYSKVQHLALHAFHNTEVEAMQAESCYQLARSFHVQEDYDQAFQYYYQATQFASSSFVLPFFGLGQM YIYRGDKENASQCFEKVLKAYPNNYETMKILGSLYAASEDQEKRDIAKGHLKKVTEQYPDDVEAWIELAQ ILEQTDIQGALSAYGTATRILQEKVQADVPPEILNNVGALHFRLGNLGEAKKYFLASLDRAKAEAEHDEH YYNAISVTTSYNLARLYEAMCEFHEAEKLYKNILREHPNYVDCYLRLGAMARDKGNFYEASDWFKEALQI NQDHPDAWSLIGNLHLAKQEWGPGQKKFERILKQPSTQSDTYSMLALGNVWLQTLHQPTRDREKEKRHQD RALAIYKQVLRNDAKNLYAANGIGAVLAHKGYFREARDVFAQVREATADISDVWLNLAHIYVEQKQYISA VQMYENCLRKFYKHQNTEVVLYLARALFKCGKLQECKQTLLKARHVAPSDTVLMFNVALVLQRLATSVLK DEKSNLKEVLNAVKELELAHRYFSYLSKVGDKMRFDLALAATEARQCSDLLSQAQYHVARARKQDEEERE LRAKQEQEKELLRQKLLKEQEEKRLREKEEQKKLLEQRAQYVEKTKNILMFTGETEATKEKKRGGGGGRR SKKGGEFDEFVNDDTDDDLPISKKKKRRKGSGSEQEGEDEEGGERKKKKRRRHPKGEEGSDDDETENGPK PKKRRPPKAEKKKAPKPERLPPSMKGKIKSKAIISSSDDSSDEDKLKIADEGHPRNSNSNSDSDEDEQRK KCASSESDSDENQNKSGSEAGSPRRPRRQRSDQDSDSDQPSRKRRPSGSEQSDNESVQSGRSHSGVSEND SRPASPSAESDHESERGSDNEGSGQGSGNESEPEGSNNEASDRGSEHGSDDSDENLYFQMADMEDLFGSD ADSEAERKDSDSGSDSDSDQENAASGSNASGSESDQDERGDSGQPSNKELFGDDSEDEGASHHSGSDNHS ERSDNRSEASERSDHEDNDPSDVDQHSGSEAPNDDEDEGHRSDGGSHHSEAEGSEKAHSDDEKWGREDKS DQSDDEKIQNSDDEERAQGSDEDKLQNSDDDEKMQNTDDEERPQLSDDERQQLSEEEKANSDDERPVASD NDDEKQNSDDEEQPQLSDEEKMQNSDDERPQASDEEHRHSDDEEEQDHKSESARGSDSEDEVLRMKRKNA IASDSEADSDTEVPKDNSGTMDLFGGADDISSGSDGEDKPPTPGQPVDENGLPQDQQEEEPIPETRIEVE IPKVNTDLGNDLYFVKLPNFLSVEPRPFDPQYYEDEFEDEEMLDEEGRTRLKLKVENTIRWRIRRDEEGN EIKESNARIVKWSDGSMSLHLGNEVFDVYKAPLQGDHNHLFIRQGTGLQGQAVFKTKLTFRPHSTDSATH RKMTLSLADRCSKTQKIRILPMAGRDPECQRTEMIKKEEERLRASIRRESQQRRMREKQHQRGLSASYLE PDRYDEEEEGEESISLAAIKNRYKGGIREERARIYSSDSDEGSEEDKAQRLLKAKKLTSDEEGEPSGKRK AEDDDKANKKHKKYVISDEEEEDDD ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 858 882 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 8a3y 2024-07-31 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1003 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1003 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 0.970 16.000 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MYGASGGRAKPERKSGAKEEAGPGGAGGGGSRVELLVFGYACKLFRDDERALAQEQGQHLIPWMGDHKILIDRYDGRGHLHDLSEYDAEYSTWNRDYQLSEEEARIEALCDEERYLALHTDLLEEEARQEEEYKRLSEALAEDGSYNAVGFTYGSDYYDPSEPTEEEEPSKQREKNEAENLEENEEPFVAPLGLSVPSDVELPPTAKMHAIIERTASFVCRQGAQFEIMLKAKQARNSQFDFLRFDHYLNPYYKFIQKAMKEGRYTVLAENKSDEKKKSGVSSDNEDDDDEEDGNYLHPSLFASKKCNRLEELMKPLKVVDPDHPLAALVRKAQADSSTPTPHNADGAPVQPSQVEYTADSTVAAMYYSYYMLPDGTYCLAPPPPGIDVTTYYSTLPAGVTVSNSPGVTTTAPPPPGTTPLPPPTTAETSSGATSTTTTTSALAPVAAIIPPPPDVQPVIDKLAEYVARNGLKFETSVRAKNDQRFEFLQPWHQYNAYYEFKKQFFLQKEGGDSMQAVSAPEEAPTDSAPEKPSDAGEDGAPEDAAEVGARAGSGGKKEASSSKTVPDGKLVKASFAPISFAIKAKENDLLPLEKNRVKLDDDSDDDEESKEGQESSSSAANTNPAVAPPCVVVEEKKPQLTQEELEAKQAKQKLEDRLAAAAREKLAQASKESKEKQLQAERKRKAALFLQTLKNPLPEAEAGKIEESPFSVEESSTTPCPLLTGGRPLPTLEVKPPDRPSSKSKDPPREEEKEKKKKKHKKRSRTRSRSPKYHSSSKSRSRSHSKAKHSLPSAYRTVRRSRVTASPGTLRAEPCQSSASVTAAAEPGSYQAASTTTRFDSASSFEGKPGKTSRSRSRSPRRRAHSPERRREERSVPTAYRVSRSPGASRKRTRSRSPHEKKKKRRSRSRTKSKARSQSVSPSKQAAPRPAAPAAHSAHSASVSPVESRGSSQERSRGVSQEKEAQISSAIVSSVQSKITQDLMAKVRAMLAASKNLQTSAS 2 1 2 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------KEQEEKRLREKEEQKKLLEQRAQYV---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 8a3y.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 3' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . LYS 675 675 ? A 226.822 261.908 197.718 1 1 P LYS 0.550 1 ATOM 2 C CA . LYS 675 675 ? A 226.260 261.278 198.967 1 1 P LYS 0.550 1 ATOM 3 C C . LYS 675 675 ? A 226.107 259.750 198.957 1 1 P LYS 0.550 1 ATOM 4 O O . LYS 675 675 ? A 226.574 259.118 199.889 1 1 P LYS 0.550 1 ATOM 5 C CB . LYS 675 675 ? A 224.974 262.041 199.415 1 1 P LYS 0.550 1 ATOM 6 C CG . LYS 675 675 ? A 223.772 262.042 198.440 1 1 P LYS 0.550 1 ATOM 7 C CD . LYS 675 675 ? A 222.721 260.926 198.682 1 1 P LYS 0.550 1 ATOM 8 C CE . LYS 675 675 ? A 221.575 260.882 197.644 1 1 P LYS 0.550 1 ATOM 9 N NZ . LYS 675 675 ? A 220.610 259.778 197.918 1 1 P LYS 0.550 1 ATOM 10 N N . GLU 676 676 ? A 225.546 259.114 197.882 1 1 P GLU 0.550 1 ATOM 11 C CA . GLU 676 676 ? A 225.420 257.657 197.744 1 1 P GLU 0.550 1 ATOM 12 C C . GLU 676 676 ? A 226.764 256.945 197.844 1 1 P GLU 0.550 1 ATOM 13 O O . GLU 676 676 ? A 226.937 256.002 198.600 1 1 P GLU 0.550 1 ATOM 14 C CB . GLU 676 676 ? A 224.691 257.320 196.405 1 1 P GLU 0.550 1 ATOM 15 C CG . GLU 676 676 ? A 223.154 257.518 196.490 1 1 P GLU 0.550 1 ATOM 16 C CD . GLU 676 676 ? A 222.441 256.604 197.493 1 1 P GLU 0.550 1 ATOM 17 O OE1 . GLU 676 676 ? A 222.994 255.538 197.864 1 1 P GLU 0.550 1 ATOM 18 O OE2 . GLU 676 676 ? A 221.383 257.108 197.956 1 1 P GLU 0.550 1 ATOM 19 N N . LYS 677 677 ? A 227.803 257.482 197.167 1 1 P LYS 0.680 1 ATOM 20 C CA . LYS 677 677 ? A 229.163 256.968 197.270 1 1 P LYS 0.680 1 ATOM 21 C C . LYS 677 677 ? A 229.766 256.977 198.677 1 1 P LYS 0.680 1 ATOM 22 O O . LYS 677 677 ? A 230.398 256.012 199.101 1 1 P LYS 0.680 1 ATOM 23 C CB . LYS 677 677 ? A 230.108 257.771 196.349 1 1 P LYS 0.680 1 ATOM 24 C CG . LYS 677 677 ? A 229.820 257.546 194.860 1 1 P LYS 0.680 1 ATOM 25 C CD . LYS 677 677 ? A 230.806 258.313 193.964 1 1 P LYS 0.680 1 ATOM 26 C CE . LYS 677 677 ? A 230.564 258.069 192.470 1 1 P LYS 0.680 1 ATOM 27 N NZ . LYS 677 677 ? A 231.505 258.871 191.654 1 1 P LYS 0.680 1 ATOM 28 N N . GLN 678 678 ? A 229.561 258.075 199.443 1 1 P GLN 0.690 1 ATOM 29 C CA . GLN 678 678 ? A 229.940 258.161 200.845 1 1 P GLN 0.690 1 ATOM 30 C C . GLN 678 678 ? A 229.150 257.186 201.726 1 1 P GLN 0.690 1 ATOM 31 O O . GLN 678 678 ? A 229.694 256.559 202.624 1 1 P GLN 0.690 1 ATOM 32 C CB . GLN 678 678 ? A 229.878 259.614 201.406 1 1 P GLN 0.690 1 ATOM 33 C CG . GLN 678 678 ? A 230.509 259.768 202.819 1 1 P GLN 0.690 1 ATOM 34 C CD . GLN 678 678 ? A 231.993 259.391 202.798 1 1 P GLN 0.690 1 ATOM 35 O OE1 . GLN 678 678 ? A 232.724 259.841 201.913 1 1 P GLN 0.690 1 ATOM 36 N NE2 . GLN 678 678 ? A 232.460 258.557 203.755 1 1 P GLN 0.690 1 ATOM 37 N N . LEU 679 679 ? A 227.837 256.987 201.476 1 1 P LEU 0.710 1 ATOM 38 C CA . LEU 679 679 ? A 227.039 255.976 202.163 1 1 P LEU 0.710 1 ATOM 39 C C . LEU 679 679 ? A 227.449 254.534 201.896 1 1 P LEU 0.710 1 ATOM 40 O O . LEU 679 679 ? A 227.353 253.675 202.777 1 1 P LEU 0.710 1 ATOM 41 C CB . LEU 679 679 ? A 225.541 256.125 201.847 1 1 P LEU 0.710 1 ATOM 42 C CG . LEU 679 679 ? A 224.908 257.410 202.407 1 1 P LEU 0.710 1 ATOM 43 C CD1 . LEU 679 679 ? A 223.470 257.511 201.878 1 1 P LEU 0.710 1 ATOM 44 C CD2 . LEU 679 679 ? A 224.953 257.473 203.948 1 1 P LEU 0.710 1 ATOM 45 N N . GLN 680 680 ? A 227.923 254.242 200.667 1 1 P GLN 0.730 1 ATOM 46 C CA . GLN 680 680 ? A 228.622 253.017 200.327 1 1 P GLN 0.730 1 ATOM 47 C C . GLN 680 680 ? A 229.925 252.851 201.111 1 1 P GLN 0.730 1 ATOM 48 O O . GLN 680 680 ? A 230.211 251.767 201.614 1 1 P GLN 0.730 1 ATOM 49 C CB . GLN 680 680 ? A 228.864 252.902 198.803 1 1 P GLN 0.730 1 ATOM 50 C CG . GLN 680 680 ? A 227.552 252.727 198.005 1 1 P GLN 0.730 1 ATOM 51 C CD . GLN 680 680 ? A 227.832 252.650 196.505 1 1 P GLN 0.730 1 ATOM 52 O OE1 . GLN 680 680 ? A 228.837 253.151 195.994 1 1 P GLN 0.730 1 ATOM 53 N NE2 . GLN 680 680 ? 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A 242.197 234.583 222.208 1 1 P PRO 0.560 1 # # loop_ _atom_type.symbol C N O # # loop_ _ma_qa_metric.id _ma_qa_metric.name _ma_qa_metric.description _ma_qa_metric.type _ma_qa_metric.mode _ma_qa_metric.type_other_details _ma_qa_metric.software_group_id 1 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.662 2 1 3 0.005 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 675 LYS 1 0.550 2 1 A 676 GLU 1 0.550 3 1 A 677 LYS 1 0.680 4 1 A 678 GLN 1 0.690 5 1 A 679 LEU 1 0.710 6 1 A 680 GLN 1 0.730 7 1 A 681 ALA 1 0.800 8 1 A 682 GLU 1 0.740 9 1 A 683 ARG 1 0.690 10 1 A 684 LYS 1 0.730 11 1 A 685 ARG 1 0.690 12 1 A 686 LYS 1 0.720 13 1 A 687 ALA 1 0.770 14 1 A 688 ALA 1 0.770 15 1 A 689 LEU 1 0.690 16 1 A 690 PHE 1 0.640 17 1 A 691 LEU 1 0.650 18 1 A 692 GLN 1 0.640 19 1 A 693 THR 1 0.640 20 1 A 694 LEU 1 0.610 21 1 A 695 LYS 1 0.590 22 1 A 696 ASN 1 0.590 23 1 A 697 PRO 1 0.570 24 1 A 698 LEU 1 0.560 25 1 A 699 PRO 1 0.560 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #