data_SMR-9b253e19371e0794b09b909d5e90f404_2 _entry.id SMR-9b253e19371e0794b09b909d5e90f404_2 _struct.entry_id SMR-9b253e19371e0794b09b909d5e90f404_2 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - A0A803KLB4/ A0A803KLB4_PANTR, MKL2 isoform 6 - K7BJM6/ K7BJM6_PANTR, MKL/myocardin-like 2 - Q9ULH7/ MRTFB_HUMAN, Myocardin-related transcription factor B Estimated model accuracy of this model is 0.03, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries A0A803KLB4, K7BJM6, Q9ULH7' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 133120.146 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP K7BJM6_PANTR K7BJM6 1 ;MDHTGAIDTEDEVGPLAHLAPSPQSEAVAHEFQELSLQSSQNLPPLNERKNVLQLRLQQRRTREQLVDQG IMPPLKSPAAFHEQIKSLERARTENFLKHKIRSRPDRSELVRMHILEETFAEPSLQATQMKLKRARLADD LNEKIAQRPGPMELVEKNILPVDSSVKEAIIGVGKEDYPHTQGDFSFDEDSSDALSPDQPASQESQGSAA SPSEPKVSESPSPVTTNTPAQFASVSPTVPEFLKTPPTADQPPPRPAAPVLPTNTVSSAKPGPALVKQSH PKNPNDKHRSKKCKDPKPRVKKLKYHQYIPPDQKGEKNEPQMDSNYARLLQQQQLFLQLQILSQQKQHYN YQTILPAPFKPLNDKNSNSGNSALNNATPNTPRQNTSTPVRKPGPLPSSLDDLKVSELKTELKLRGLPVS GTKPDLIERLKPYQEVNSSGLAAGGIVAVSSSAIVTSNPEVTVALPVTTLHNTVTSSVSTLKAELPPTGT SNATRVENVHSPLPISPSPSEQSSLSTDDTNMADTFTEIMTMMSPSQFLSSSPLRMTNNEDSLSPTSSTL SNLELDAAEKDRKLQEKEKQIEELKRKLEQEQKLVEVLKMQLEVEKRGQQQRPLEAQPSAPGHSVKSDQK HGSLGSSIKDEASLPDCSSSRQPIPVASHAVGQPVSTGGQTLVAKKAVVIKQEVPVGQAEQQSVVSQFYT SPQAGMQTQPQIATAAQIPTAALASGLAPTVPQTQDTFPQHVLSQPQQVRKVFTNSASSNTVLPYQRHPA PAVQQPFINKASNSVLQSRNAPLPSLQNGPNTPNKPSSPPPPQQFVVQHSLFGSPVAKTKDPPRYEEAIK QTRSTQAPLPEISNAHSQQMDDLFDILIKSGEISLPIKEEPSPISKMRPVTASITTMPVNTVVSRPPPQV QMAPPVSLEPMGSLSASLENQLEAFLDGTLPSANEIPPLQSSSEDREPFSLIEDLQNDLLSHSGMLDHSH SPMETSETQFAAGTPCLSLDLSDSNLDNMEWLDITMPNSSSGLTPLSTTAPSMFSADFLDPQDLPLPWD ; 'MKL/myocardin-like 2' 2 1 UNP A0A803KLB4_PANTR A0A803KLB4 1 ;MDHTGAIDTEDEVGPLAHLAPSPQSEAVAHEFQELSLQSSQNLPPLNERKNVLQLRLQQRRTREQLVDQG IMPPLKSPAAFHEQIKSLERARTENFLKHKIRSRPDRSELVRMHILEETFAEPSLQATQMKLKRARLADD LNEKIAQRPGPMELVEKNILPVDSSVKEAIIGVGKEDYPHTQGDFSFDEDSSDALSPDQPASQESQGSAA SPSEPKVSESPSPVTTNTPAQFASVSPTVPEFLKTPPTADQPPPRPAAPVLPTNTVSSAKPGPALVKQSH PKNPNDKHRSKKCKDPKPRVKKLKYHQYIPPDQKGEKNEPQMDSNYARLLQQQQLFLQLQILSQQKQHYN YQTILPAPFKPLNDKNSNSGNSALNNATPNTPRQNTSTPVRKPGPLPSSLDDLKVSELKTELKLRGLPVS GTKPDLIERLKPYQEVNSSGLAAGGIVAVSSSAIVTSNPEVTVALPVTTLHNTVTSSVSTLKAELPPTGT SNATRVENVHSPLPISPSPSEQSSLSTDDTNMADTFTEIMTMMSPSQFLSSSPLRMTNNEDSLSPTSSTL SNLELDAAEKDRKLQEKEKQIEELKRKLEQEQKLVEVLKMQLEVEKRGQQQRPLEAQPSAPGHSVKSDQK HGSLGSSIKDEASLPDCSSSRQPIPVASHAVGQPVSTGGQTLVAKKAVVIKQEVPVGQAEQQSVVSQFYT SPQAGMQTQPQIATAAQIPTAALASGLAPTVPQTQDTFPQHVLSQPQQVRKVFTNSASSNTVLPYQRHPA PAVQQPFINKASNSVLQSRNAPLPSLQNGPNTPNKPSSPPPPQQFVVQHSLFGSPVAKTKDPPRYEEAIK QTRSTQAPLPEISNAHSQQMDDLFDILIKSGEISLPIKEEPSPISKMRPVTASITTMPVNTVVSRPPPQV QMAPPVSLEPMGSLSASLENQLEAFLDGTLPSANEIPPLQSSSEDREPFSLIEDLQNDLLSHSGMLDHSH SPMETSETQFAAGTPCLSLDLSDSNLDNMEWLDITMPNSSSGLTPLSTTAPSMFSADFLDPQDLPLPWD ; 'MKL2 isoform 6' 3 1 UNP MRTFB_HUMAN Q9ULH7 1 ;MDHTGAIDTEDEVGPLAHLAPSPQSEAVAHEFQELSLQSSQNLPPLNERKNVLQLRLQQRRTREQLVDQG IMPPLKSPAAFHEQIKSLERARTENFLKHKIRSRPDRSELVRMHILEETFAEPSLQATQMKLKRARLADD LNEKIAQRPGPMELVEKNILPVDSSVKEAIIGVGKEDYPHTQGDFSFDEDSSDALSPDQPASQESQGSAA SPSEPKVSESPSPVTTNTPAQFASVSPTVPEFLKTPPTADQPPPRPAAPVLPTNTVSSAKPGPALVKQSH PKNPNDKHRSKKCKDPKPRVKKLKYHQYIPPDQKGEKNEPQMDSNYARLLQQQQLFLQLQILSQQKQHYN YQTILPAPFKPLNDKNSNSGNSALNNATPNTPRQNTSTPVRKPGPLPSSLDDLKVSELKTELKLRGLPVS GTKPDLIERLKPYQEVNSSGLAAGGIVAVSSSAIVTSNPEVTVALPVTTLHNTVTSSVSTLKAELPPTGT SNATRVENVHSPLPISPSPSEQSSLSTDDTNMADTFTEIMTMMSPSQFLSSSPLRMTNNEDSLSPTSSTL SNLELDAAEKDRKLQEKEKQIEELKRKLEQEQKLVEVLKMQLEVEKRGQQQRPLEAQPSAPGHSVKSDQK HGSLGSSIKDEASLPDCSSSRQPIPVASHAVGQPVSTGGQTLVAKKAVVIKQEVPVGQAEQQSVVSQFYT SPQAGMQTQPQIATAAQIPTAALASGLAPTVPQTQDTFPQHVLSQPQQVRKVFTNSASSNTVLPYQRHPA PAVQQPFINKASNSVLQSRNAPLPSLQNGPNTPNKPSSPPPPQQFVVQHSLFGSPVAKTKDPPRYEEAIK QTRSTQAPLPEISNAHSQQMDDLFDILIKSGEISLPIKEEPSPISKMRPVTASITTMPVNTVVSRPPPQV QMAPPVSLEPMGSLSASLENQLEAFLDGTLPSANEIPPLQSSSEDREPFSLIEDLQNDLLSHSGMLDHSH SPMETSETQFAAGTPCLSLDLSDSNLDNMEWLDITMPNSSSGLTPLSTTAPSMFSADFLDPQDLPLPWD ; 'Myocardin-related transcription factor B' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1049 1 1049 2 2 1 1049 1 1049 3 3 1 1049 1 1049 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . K7BJM6_PANTR K7BJM6 . 1 1049 9598 'Pan troglodytes (Chimpanzee)' 2013-01-09 E8DC053F48F8AA4F 1 UNP . A0A803KLB4_PANTR A0A803KLB4 . 1 1049 9598 'Pan troglodytes (Chimpanzee)' 2021-06-02 E8DC053F48F8AA4F 1 UNP . MRTFB_HUMAN Q9ULH7 Q9ULH7-2 1 1049 9606 'Homo sapiens (Human)' 2003-06-27 E8DC053F48F8AA4F # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MDHTGAIDTEDEVGPLAHLAPSPQSEAVAHEFQELSLQSSQNLPPLNERKNVLQLRLQQRRTREQLVDQG IMPPLKSPAAFHEQIKSLERARTENFLKHKIRSRPDRSELVRMHILEETFAEPSLQATQMKLKRARLADD LNEKIAQRPGPMELVEKNILPVDSSVKEAIIGVGKEDYPHTQGDFSFDEDSSDALSPDQPASQESQGSAA SPSEPKVSESPSPVTTNTPAQFASVSPTVPEFLKTPPTADQPPPRPAAPVLPTNTVSSAKPGPALVKQSH PKNPNDKHRSKKCKDPKPRVKKLKYHQYIPPDQKGEKNEPQMDSNYARLLQQQQLFLQLQILSQQKQHYN YQTILPAPFKPLNDKNSNSGNSALNNATPNTPRQNTSTPVRKPGPLPSSLDDLKVSELKTELKLRGLPVS GTKPDLIERLKPYQEVNSSGLAAGGIVAVSSSAIVTSNPEVTVALPVTTLHNTVTSSVSTLKAELPPTGT SNATRVENVHSPLPISPSPSEQSSLSTDDTNMADTFTEIMTMMSPSQFLSSSPLRMTNNEDSLSPTSSTL SNLELDAAEKDRKLQEKEKQIEELKRKLEQEQKLVEVLKMQLEVEKRGQQQRPLEAQPSAPGHSVKSDQK 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A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'MKL/myocardin-like protein 1 {PDB ID=2kvu, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=2kvu.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 2kvu, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 2' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-10-31 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-10-25 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MGHHHHHHSHMSTPLTGKPGALPANLDDMKVAELKQELKLRSLPVSGTKTELIERLRAYQDQISPVPGAP KAPAA ; ;MGHHHHHHSHMSTPLTGKPGALPANLDDMKVAELKQELKLRSLPVSGTKTELIERLRAYQDQISPVPGAP KAPAA ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 15 66 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 2kvu 2024-05-15 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1049 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1049 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 1.8e-07 63.462 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MDHTGAIDTEDEVGPLAHLAPSPQSEAVAHEFQELSLQSSQNLPPLNERKNVLQLRLQQRRTREQLVDQGIMPPLKSPAAFHEQIKSLERARTENFLKHKIRSRPDRSELVRMHILEETFAEPSLQATQMKLKRARLADDLNEKIAQRPGPMELVEKNILPVDSSVKEAIIGVGKEDYPHTQGDFSFDEDSSDALSPDQPASQESQGSAASPSEPKVSESPSPVTTNTPAQFASVSPTVPEFLKTPPTADQPPPRPAAPVLPTNTVSSAKPGPALVKQSHPKNPNDKHRSKKCKDPKPRVKKLKYHQYIPPDQKGEKNEPQMDSNYARLLQQQQLFLQLQILSQQKQHYNYQTILPAPFKPLNDKNSNSGNSALNNATPNTPRQNTSTPVRKPGPLPSSLDDLKVSELKTELKLRGLPVSGTKPDLIERLKPYQEVNSSGLAAGGIVAVSSSAIVTSNPEVTVALPVTTLHNTVTSSVSTLKAELPPTGTSNATRVENVHSPLPISPSPSEQSSLSTDDTNMADTFTEIMTMMSPSQFLSSSPLRMTNNEDSLSPTSSTLSNLELDAAEKDRKLQEKEKQIEELKRKLEQEQKLVEVLKMQLEVEKRGQQQRPLEAQPSAPGHSVKSDQKHGSLGSSIKDEASLPDCSSSRQPIPVASHAVGQPVSTGGQTLVAKKAVVIKQEVPVGQAEQQSVVSQFYTSPQAGMQTQPQIATAAQIPTAALASGLAPTVPQTQDTFPQHVLSQPQQVRKVFTNSASSNTVLPYQRHPAPAVQQPFINKASNSVLQSRNAPLPSLQNGPNTPNKPSSPPPPQQFVVQHSLFGSPVAKTKDPPRYEEAIKQTRSTQAPLPEISNAHSQQMDDLFDILIKSGEISLPIKEEPSPISKMRPVTASITTMPVNTVVSRPPPQVQMAPPVSLEPMGSLSASLENQLEAFLDGTLPSANEIPPLQSSSEDREPFSLIEDLQNDLLSHSGMLDHSHSPMETSETQFAAGTPCLSLDLSDSNLDNMEWLDITMPNSSSGLTPLSTTAPSMFSADFLDPQDLPLPWD 2 1 2 ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------LTGKPGALPANLDDMKVAELKQELKLRSLPVSGTKTELIERLRAYQDQISPV--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 2kvu.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 2' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . PRO 389 389 ? A 11.912 0.071 -8.308 1 1 A PRO 0.310 1 ATOM 2 C CA . PRO 389 389 ? A 11.414 -0.420 -9.630 1 1 A PRO 0.310 1 ATOM 3 C C . PRO 389 389 ? A 10.723 -1.749 -9.369 1 1 A PRO 0.310 1 ATOM 4 O O . PRO 389 389 ? A 11.389 -2.774 -9.374 1 1 A PRO 0.310 1 ATOM 5 C CB . PRO 389 389 ? A 12.707 -0.490 -10.464 1 1 A PRO 0.310 1 ATOM 6 C CG . PRO 389 389 ? A 13.849 -0.813 -9.487 1 1 A PRO 0.310 1 ATOM 7 C CD . PRO 389 389 ? A 13.326 -0.415 -8.108 1 1 A PRO 0.310 1 ATOM 8 N N . VAL 390 390 ? A 9.401 -1.776 -9.109 1 1 A VAL 0.350 1 ATOM 9 C CA . VAL 390 390 ? A 8.681 -3.014 -8.900 1 1 A VAL 0.350 1 ATOM 10 C C . VAL 390 390 ? A 7.278 -2.708 -9.373 1 1 A VAL 0.350 1 ATOM 11 O O . VAL 390 390 ? A 6.884 -1.544 -9.381 1 1 A VAL 0.350 1 ATOM 12 C CB . VAL 390 390 ? A 8.726 -3.497 -7.444 1 1 A VAL 0.350 1 ATOM 13 C CG1 . VAL 390 390 ? A 8.100 -2.474 -6.473 1 1 A VAL 0.350 1 ATOM 14 C CG2 . VAL 390 390 ? A 8.100 -4.896 -7.287 1 1 A VAL 0.350 1 ATOM 15 N N . ARG 391 391 ? A 6.525 -3.726 -9.839 1 1 A ARG 0.520 1 ATOM 16 C CA . ARG 391 391 ? A 5.144 -3.565 -10.253 1 1 A ARG 0.520 1 ATOM 17 C C . ARG 391 391 ? A 4.228 -4.513 -9.501 1 1 A ARG 0.520 1 ATOM 18 O O . ARG 391 391 ? A 3.226 -4.115 -8.914 1 1 A ARG 0.520 1 ATOM 19 C CB . ARG 391 391 ? A 5.059 -3.873 -11.772 1 1 A ARG 0.520 1 ATOM 20 C CG . ARG 391 391 ? A 3.650 -3.868 -12.382 1 1 A ARG 0.520 1 ATOM 21 C CD . ARG 391 391 ? A 3.658 -3.915 -13.906 1 1 A ARG 0.520 1 ATOM 22 N NE . ARG 391 391 ? A 2.227 -3.814 -14.336 1 1 A ARG 0.520 1 ATOM 23 C CZ . ARG 391 391 ? A 1.844 -3.877 -15.618 1 1 A ARG 0.520 1 ATOM 24 N NH1 . ARG 391 391 ? A 2.743 -4.065 -16.580 1 1 A ARG 0.520 1 ATOM 25 N NH2 . ARG 391 391 ? A 0.562 -3.736 -15.945 1 1 A ARG 0.520 1 ATOM 26 N N . LYS 392 392 ? A 4.562 -5.815 -9.471 1 1 A LYS 0.610 1 ATOM 27 C CA . LYS 392 392 ? A 3.742 -6.805 -8.812 1 1 A LYS 0.610 1 ATOM 28 C C . LYS 392 392 ? A 4.638 -7.795 -8.105 1 1 A LYS 0.610 1 ATOM 29 O O . LYS 392 392 ? A 4.975 -8.834 -8.673 1 1 A LYS 0.610 1 ATOM 30 C CB . LYS 392 392 ? A 2.859 -7.570 -9.818 1 1 A LYS 0.610 1 ATOM 31 C CG . LYS 392 392 ? A 1.628 -6.767 -10.248 1 1 A LYS 0.610 1 ATOM 32 C CD . LYS 392 392 ? A 0.846 -7.430 -11.392 1 1 A LYS 0.610 1 ATOM 33 C CE . LYS 392 392 ? A 0.368 -8.859 -11.127 1 1 A LYS 0.610 1 ATOM 34 N NZ . LYS 392 392 ? A -0.516 -8.853 -9.948 1 1 A LYS 0.610 1 ATOM 35 N N . PRO 393 393 ? A 5.039 -7.514 -6.884 1 1 A PRO 0.610 1 ATOM 36 C CA . PRO 393 393 ? A 5.670 -8.491 -6.021 1 1 A PRO 0.610 1 ATOM 37 C C . PRO 393 393 ? A 4.645 -9.336 -5.251 1 1 A PRO 0.610 1 ATOM 38 O O . PRO 393 393 ? A 3.463 -9.009 -5.208 1 1 A PRO 0.610 1 ATOM 39 C CB . PRO 393 393 ? A 6.518 -7.550 -5.150 1 1 A PRO 0.610 1 ATOM 40 C CG . PRO 393 393 ? A 5.654 -6.303 -4.939 1 1 A PRO 0.610 1 ATOM 41 C CD . PRO 393 393 ? A 4.774 -6.256 -6.182 1 1 A PRO 0.610 1 ATOM 42 N N . GLY 394 394 ? A 5.102 -10.479 -4.675 1 1 A GLY 0.590 1 ATOM 43 C CA . GLY 394 394 ? A 4.413 -11.298 -3.682 1 1 A GLY 0.590 1 ATOM 44 C C . GLY 394 394 ? A 4.616 -10.862 -2.236 1 1 A GLY 0.590 1 ATOM 45 O O . GLY 394 394 ? A 3.739 -11.195 -1.458 1 1 A GLY 0.590 1 ATOM 46 N N . PRO 395 395 ? A 5.682 -10.124 -1.800 1 1 A PRO 0.580 1 ATOM 47 C CA . PRO 395 395 ? A 5.658 -9.549 -0.464 1 1 A PRO 0.580 1 ATOM 48 C C . PRO 395 395 ? A 5.491 -8.023 -0.472 1 1 A PRO 0.580 1 ATOM 49 O O . PRO 395 395 ? A 4.787 -7.503 -1.339 1 1 A PRO 0.580 1 ATOM 50 C CB . PRO 395 395 ? A 6.988 -10.037 0.135 1 1 A PRO 0.580 1 ATOM 51 C CG . PRO 395 395 ? A 7.992 -10.089 -1.020 1 1 A PRO 0.580 1 ATOM 52 C CD . PRO 395 395 ? A 7.087 -10.229 -2.267 1 1 A PRO 0.580 1 ATOM 53 N N . LEU 396 396 ? A 6.069 -7.301 0.526 1 1 A LEU 0.680 1 ATOM 54 C CA . LEU 396 396 ? A 6.107 -5.845 0.667 1 1 A LEU 0.680 1 ATOM 55 C C . LEU 396 396 ? A 7.521 -5.421 1.036 1 1 A LEU 0.680 1 ATOM 56 O O . LEU 396 396 ? A 8.199 -6.186 1.724 1 1 A LEU 0.680 1 ATOM 57 C CB . LEU 396 396 ? A 5.208 -5.305 1.817 1 1 A LEU 0.680 1 ATOM 58 C CG . LEU 396 396 ? A 3.725 -5.319 1.450 1 1 A LEU 0.680 1 ATOM 59 C CD1 . LEU 396 396 ? A 2.820 -5.125 2.670 1 1 A LEU 0.680 1 ATOM 60 C CD2 . LEU 396 396 ? A 3.389 -4.342 0.320 1 1 A LEU 0.680 1 ATOM 61 N N . PRO 397 397 ? A 8.026 -4.252 0.635 1 1 A PRO 0.730 1 ATOM 62 C CA . PRO 397 397 ? A 9.229 -3.662 1.220 1 1 A PRO 0.730 1 ATOM 63 C C . PRO 397 397 ? A 9.032 -3.333 2.706 1 1 A PRO 0.730 1 ATOM 64 O O . PRO 397 397 ? A 7.909 -3.116 3.150 1 1 A PRO 0.730 1 ATOM 65 C CB . PRO 397 397 ? A 9.484 -2.421 0.334 1 1 A PRO 0.730 1 ATOM 66 C CG . PRO 397 397 ? A 8.106 -2.010 -0.188 1 1 A PRO 0.730 1 ATOM 67 C CD . PRO 397 397 ? A 7.342 -3.329 -0.279 1 1 A PRO 0.730 1 ATOM 68 N N . SER 398 398 ? A 10.104 -3.263 3.523 1 1 A SER 0.680 1 ATOM 69 C CA . SER 398 398 ? A 10.002 -3.010 4.956 1 1 A SER 0.680 1 ATOM 70 C C . SER 398 398 ? A 10.045 -1.521 5.279 1 1 A SER 0.680 1 ATOM 71 O O . SER 398 398 ? A 10.112 -1.120 6.437 1 1 A SER 0.680 1 ATOM 72 C CB . SER 398 398 ? A 11.157 -3.719 5.718 1 1 A SER 0.680 1 ATOM 73 O OG . SER 398 398 ? A 12.427 -3.391 5.146 1 1 A SER 0.680 1 ATOM 74 N N . SER 399 399 ? A 9.961 -0.675 4.234 1 1 A SER 0.710 1 ATOM 75 C CA . SER 399 399 ? A 10.136 0.768 4.248 1 1 A SER 0.710 1 ATOM 76 C C . SER 399 399 ? A 8.855 1.514 3.865 1 1 A SER 0.710 1 ATOM 77 O O . SER 399 399 ? A 8.891 2.679 3.485 1 1 A SER 0.710 1 ATOM 78 C CB . SER 399 399 ? A 11.291 1.171 3.282 1 1 A SER 0.710 1 ATOM 79 O OG . SER 399 399 ? A 11.092 0.651 1.962 1 1 A SER 0.710 1 ATOM 80 N N . LEU 400 400 ? A 7.662 0.876 3.964 1 1 A LEU 0.750 1 ATOM 81 C CA . LEU 400 400 ? A 6.373 1.431 3.534 1 1 A LEU 0.750 1 ATOM 82 C C . LEU 400 400 ? A 6.004 2.780 4.130 1 1 A LEU 0.750 1 ATOM 83 O O . LEU 400 400 ? A 5.519 3.679 3.445 1 1 A LEU 0.750 1 ATOM 84 C CB . LEU 400 400 ? A 5.209 0.485 3.925 1 1 A LEU 0.750 1 ATOM 85 C CG . LEU 400 400 ? A 5.256 -0.895 3.251 1 1 A LEU 0.750 1 ATOM 86 C CD1 . 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A 10.633 5.272 4.877 1 1 A ASP 0.650 1 ATOM 101 C CG . ASP 402 402 ? A 11.178 5.348 6.294 1 1 A ASP 0.650 1 ATOM 102 O OD1 . ASP 402 402 ? A 11.599 6.463 6.693 1 1 A ASP 0.650 1 ATOM 103 O OD2 . ASP 402 402 ? A 11.209 4.282 6.958 1 1 A ASP 0.650 1 ATOM 104 N N . LEU 403 403 ? A 8.091 5.623 2.659 1 1 A LEU 0.670 1 ATOM 105 C CA . LEU 403 403 ? A 7.553 6.031 1.382 1 1 A LEU 0.670 1 ATOM 106 C C . LEU 403 403 ? A 6.409 7.047 1.526 1 1 A LEU 0.670 1 ATOM 107 O O . LEU 403 403 ? A 5.897 7.356 2.600 1 1 A LEU 0.670 1 ATOM 108 C CB . LEU 403 403 ? A 7.197 4.832 0.472 1 1 A LEU 0.670 1 ATOM 109 C CG . LEU 403 403 ? A 8.362 3.850 0.198 1 1 A LEU 0.670 1 ATOM 110 C CD1 . LEU 403 403 ? A 7.854 2.680 -0.659 1 1 A LEU 0.670 1 ATOM 111 C CD2 . LEU 403 403 ? A 9.596 4.503 -0.454 1 1 A LEU 0.670 1 ATOM 112 N N . LYS 404 404 ? A 6.012 7.680 0.411 1 1 A LYS 0.700 1 ATOM 113 C CA . LYS 404 404 ? A 5.026 8.741 0.390 1 1 A LYS 0.700 1 ATOM 114 C C . LYS 404 404 ? A 3.757 8.170 -0.187 1 1 A LYS 0.700 1 ATOM 115 O O . LYS 404 404 ? A 3.726 7.046 -0.680 1 1 A LYS 0.700 1 ATOM 116 C CB . LYS 404 404 ? A 5.457 10.011 -0.398 1 1 A LYS 0.700 1 ATOM 117 C CG . LYS 404 404 ? A 6.582 10.832 0.262 1 1 A LYS 0.700 1 ATOM 118 C CD . LYS 404 404 ? A 7.952 10.731 -0.445 1 1 A LYS 0.700 1 ATOM 119 C CE . LYS 404 404 ? A 8.748 9.456 -0.136 1 1 A LYS 0.700 1 ATOM 120 N NZ . LYS 404 404 ? A 10.060 9.449 -0.827 1 1 A LYS 0.700 1 ATOM 121 N N . VAL 405 405 ? A 2.653 8.936 -0.111 1 1 A VAL 0.720 1 ATOM 122 C CA . VAL 405 405 ? A 1.332 8.513 -0.535 1 1 A VAL 0.720 1 ATOM 123 C C . VAL 405 405 ? A 1.288 8.053 -1.981 1 1 A VAL 0.720 1 ATOM 124 O O . VAL 405 405 ? A 0.760 6.989 -2.287 1 1 A VAL 0.720 1 ATOM 125 C CB . VAL 405 405 ? A 0.365 9.680 -0.365 1 1 A VAL 0.720 1 ATOM 126 C CG1 . VAL 405 405 ? A -1.055 9.292 -0.806 1 1 A VAL 0.720 1 ATOM 127 C CG2 . VAL 405 405 ? A 0.321 10.090 1.113 1 1 A VAL 0.720 1 ATOM 128 N N . SER 406 406 ? 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A -8.823 5.398 -0.359 1 1 A SER 0.730 1 ATOM 241 O O . SER 420 420 ? A -9.054 4.367 0.270 1 1 A SER 0.730 1 ATOM 242 C CB . SER 420 420 ? A -10.499 5.014 -2.125 1 1 A SER 0.730 1 ATOM 243 O OG . SER 420 420 ? A -10.695 4.714 -3.509 1 1 A SER 0.730 1 ATOM 244 N N . GLY 421 421 ? A -8.395 6.501 0.273 1 1 A GLY 0.760 1 ATOM 245 C CA . GLY 421 421 ? A -8.143 6.524 1.708 1 1 A GLY 0.760 1 ATOM 246 C C . GLY 421 421 ? A -6.910 7.330 1.986 1 1 A GLY 0.760 1 ATOM 247 O O . GLY 421 421 ? A -6.379 8.010 1.107 1 1 A GLY 0.760 1 ATOM 248 N N . THR 422 422 ? A -6.443 7.282 3.242 1 1 A THR 0.740 1 ATOM 249 C CA . THR 422 422 ? A -5.268 7.994 3.725 1 1 A THR 0.740 1 ATOM 250 C C . THR 422 422 ? A -4.047 7.096 3.679 1 1 A THR 0.740 1 ATOM 251 O O . THR 422 422 ? A -4.153 5.887 3.536 1 1 A THR 0.740 1 ATOM 252 C CB . THR 422 422 ? A -5.407 8.472 5.174 1 1 A THR 0.740 1 ATOM 253 O OG1 . THR 422 422 ? A -5.672 7.389 6.057 1 1 A THR 0.740 1 ATOM 254 C CG2 . THR 422 422 ? 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.670 2 1 3 0.030 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 389 PRO 1 0.310 2 1 A 390 VAL 1 0.350 3 1 A 391 ARG 1 0.520 4 1 A 392 LYS 1 0.610 5 1 A 393 PRO 1 0.610 6 1 A 394 GLY 1 0.590 7 1 A 395 PRO 1 0.580 8 1 A 396 LEU 1 0.680 9 1 A 397 PRO 1 0.730 10 1 A 398 SER 1 0.680 11 1 A 399 SER 1 0.710 12 1 A 400 LEU 1 0.750 13 1 A 401 ASP 1 0.710 14 1 A 402 ASP 1 0.650 15 1 A 403 LEU 1 0.670 16 1 A 404 LYS 1 0.700 17 1 A 405 VAL 1 0.720 18 1 A 406 SER 1 0.720 19 1 A 407 GLU 1 0.730 20 1 A 408 LEU 1 0.770 21 1 A 409 LYS 1 0.780 22 1 A 410 THR 1 0.740 23 1 A 411 GLU 1 0.740 24 1 A 412 LEU 1 0.780 25 1 A 413 LYS 1 0.730 26 1 A 414 LEU 1 0.660 27 1 A 415 ARG 1 0.680 28 1 A 416 GLY 1 0.760 29 1 A 417 LEU 1 0.760 30 1 A 418 PRO 1 0.760 31 1 A 419 VAL 1 0.760 32 1 A 420 SER 1 0.730 33 1 A 421 GLY 1 0.760 34 1 A 422 THR 1 0.740 35 1 A 423 LYS 1 0.750 36 1 A 424 PRO 1 0.750 37 1 A 425 ASP 1 0.810 38 1 A 426 LEU 1 0.800 39 1 A 427 ILE 1 0.810 40 1 A 428 GLU 1 0.790 41 1 A 429 ARG 1 0.790 42 1 A 430 LEU 1 0.830 43 1 A 431 LYS 1 0.770 44 1 A 432 PRO 1 0.700 45 1 A 433 TYR 1 0.680 46 1 A 434 GLN 1 0.650 47 1 A 435 GLU 1 0.580 48 1 A 436 VAL 1 0.510 49 1 A 437 ASN 1 0.500 50 1 A 438 SER 1 0.460 51 1 A 439 SER 1 0.270 52 1 A 440 GLY 1 0.240 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #