data_SMR-8a2f351c7b4c495bc0bea4696db50a40_2 _entry.id SMR-8a2f351c7b4c495bc0bea4696db50a40_2 _struct.entry_id SMR-8a2f351c7b4c495bc0bea4696db50a40_2 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q9Y2R2/ PTN22_HUMAN, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 22 Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q9Y2R2' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 87599.209 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP PTN22_HUMAN Q9Y2R2 1 ;MDQREILQKFLDEAQSKKITKEEFANEFLKLKRQSTKYKADKTYPTTVAEKPKNIKKNRYKDILPYDYSR VELSLITSDEDSSYINANFIKGVYGPKAYIATQGPLSTTLLDFWRMIWEYSVLIIPENFSVFSLIREMRT QRPSLVQTQEQYELVYNAVLELFKRQMDVIRDKHSGTESQAKHCIPEKNHTLQADSYSPNLPKSTTKAAK MMNQQRTKMEIKESSSFDFRTSEISAKEELVLHPAKSSTSFDFLELNYSFDKNADTTMKWQTKAFPIVGE PLQKHQSLDLGSLLFEGCSNSKPVNAAGRYFNSKVPITRTKSTPFELIQQRETKEVDSKENFSYLESQPH DSCFVEMQAQKVMHVSSAELNYSLPYDSKHQIRNASNVKHHDSSALGVYSYIPLVENPYFSSWPPSGTSS KMSLDLPEKQDGTVFPSSLLPTSSTSLFSYYNSHDSLSLNSPTNISSLLNQESAVLATAPRIDDEIPPPL PVRTPESFIVVEEAGEFSPNVPKSLSSAVKVKIGTSLEWGGTSEPKKFDDSVILRPSKSVKLRSPKSELH QDRSSPPPPLPERTLESFFLADEDCMQAQSIETYSTSYPDTMENSTSSKQTLKTPGKSFTRSKSLKILRN MKKSICNSCPPNKPAESVQSNNSSSFLNFGMCVILLKS ; 'Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 22' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 668 1 668 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . PTN22_HUMAN Q9Y2R2 Q9Y2R2-2 1 668 9606 'Homo sapiens (Human)' 2002-03-27 93025ACF91033DAA # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no B ;MDQREILQKFLDEAQSKKITKEEFANEFLKLKRQSTKYKADKTYPTTVAEKPKNIKKNRYKDILPYDYSR VELSLITSDEDSSYINANFIKGVYGPKAYIATQGPLSTTLLDFWRMIWEYSVLIIPENFSVFSLIREMRT QRPSLVQTQEQYELVYNAVLELFKRQMDVIRDKHSGTESQAKHCIPEKNHTLQADSYSPNLPKSTTKAAK MMNQQRTKMEIKESSSFDFRTSEISAKEELVLHPAKSSTSFDFLELNYSFDKNADTTMKWQTKAFPIVGE PLQKHQSLDLGSLLFEGCSNSKPVNAAGRYFNSKVPITRTKSTPFELIQQRETKEVDSKENFSYLESQPH DSCFVEMQAQKVMHVSSAELNYSLPYDSKHQIRNASNVKHHDSSALGVYSYIPLVENPYFSSWPPSGTSS KMSLDLPEKQDGTVFPSSLLPTSSTSLFSYYNSHDSLSLNSPTNISSLLNQESAVLATAPRIDDEIPPPL PVRTPESFIVVEEAGEFSPNVPKSLSSAVKVKIGTSLEWGGTSEPKKFDDSVILRPSKSVKLRSPKSELH QDRSSPPPPLPERTLESFFLADEDCMQAQSIETYSTSYPDTMENSTSSKQTLKTPGKSFTRSKSLKILRN 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LYS . 1 18 LYS . 1 19 ILE . 1 20 THR . 1 21 LYS . 1 22 GLU . 1 23 GLU . 1 24 PHE . 1 25 ALA . 1 26 ASN . 1 27 GLU . 1 28 PHE . 1 29 LEU . 1 30 LYS . 1 31 LEU . 1 32 LYS . 1 33 ARG . 1 34 GLN . 1 35 SER . 1 36 THR . 1 37 LYS . 1 38 TYR . 1 39 LYS . 1 40 ALA . 1 41 ASP . 1 42 LYS . 1 43 THR . 1 44 TYR . 1 45 PRO . 1 46 THR . 1 47 THR . 1 48 VAL . 1 49 ALA . 1 50 GLU . 1 51 LYS . 1 52 PRO . 1 53 LYS . 1 54 ASN . 1 55 ILE . 1 56 LYS . 1 57 LYS . 1 58 ASN . 1 59 ARG . 1 60 TYR . 1 61 LYS . 1 62 ASP . 1 63 ILE . 1 64 LEU . 1 65 PRO . 1 66 TYR . 1 67 ASP . 1 68 TYR . 1 69 SER . 1 70 ARG . 1 71 VAL . 1 72 GLU . 1 73 LEU . 1 74 SER . 1 75 LEU . 1 76 ILE . 1 77 THR . 1 78 SER . 1 79 ASP . 1 80 GLU . 1 81 ASP . 1 82 SER . 1 83 SER . 1 84 TYR . 1 85 ILE . 1 86 ASN . 1 87 ALA . 1 88 ASN . 1 89 PHE . 1 90 ILE . 1 91 LYS . 1 92 GLY . 1 93 VAL . 1 94 TYR . 1 95 GLY . 1 96 PRO . 1 97 LYS . 1 98 ALA . 1 99 TYR . 1 100 ILE . 1 101 ALA . 1 102 THR . 1 103 GLN . 1 104 GLY . 1 105 PRO . 1 106 LEU . 1 107 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A 1 614 THR 614 ? ? ? B . A 1 615 PRO 615 ? ? ? B . A 1 616 GLY 616 ? ? ? B . A 1 617 LYS 617 ? ? ? B . A 1 618 SER 618 ? ? ? B . A 1 619 PHE 619 ? ? ? B . A 1 620 THR 620 ? ? ? B . A 1 621 ARG 621 ? ? ? B . A 1 622 SER 622 ? ? ? B . A 1 623 LYS 623 ? ? ? B . A 1 624 SER 624 ? ? ? B . A 1 625 LEU 625 ? ? ? B . A 1 626 LYS 626 ? ? ? B . A 1 627 ILE 627 ? ? ? B . A 1 628 LEU 628 ? ? ? B . A 1 629 ARG 629 ? ? ? B . A 1 630 ASN 630 ? ? ? B . A 1 631 MET 631 ? ? ? B . A 1 632 LYS 632 ? ? ? B . A 1 633 LYS 633 ? ? ? B . A 1 634 SER 634 ? ? ? B . A 1 635 ILE 635 ? ? ? B . A 1 636 CYS 636 ? ? ? B . A 1 637 ASN 637 ? ? ? B . A 1 638 SER 638 ? ? ? B . A 1 639 CYS 639 ? ? ? B . A 1 640 PRO 640 ? ? ? B . A 1 641 PRO 641 ? ? ? B . A 1 642 ASN 642 ? ? ? B . A 1 643 LYS 643 ? ? ? B . A 1 644 PRO 644 ? ? ? B . A 1 645 ALA 645 ? ? ? B . A 1 646 GLU 646 ? ? ? B . A 1 647 SER 647 ? ? ? B . A 1 648 VAL 648 ? ? ? B . A 1 649 GLN 649 ? ? ? B . A 1 650 SER 650 ? ? ? B . A 1 651 ASN 651 ? ? ? B . A 1 652 ASN 652 ? ? ? B . A 1 653 SER 653 ? ? ? B . A 1 654 SER 654 ? ? ? B . A 1 655 SER 655 ? ? ? B . A 1 656 PHE 656 ? ? ? B . A 1 657 LEU 657 ? ? ? B . A 1 658 ASN 658 ? ? ? B . A 1 659 PHE 659 ? ? ? B . A 1 660 GLY 660 ? ? ? B . A 1 661 MET 661 ? ? ? B . A 1 662 CYS 662 ? ? ? B . A 1 663 VAL 663 ? ? ? B . A 1 664 ILE 664 ? ? ? B . A 1 665 LEU 665 ? ? ? B . A 1 666 LEU 666 ? ? ? B . A 1 667 LYS 667 ? ? ? B . A 1 668 SER 668 ? ? ? B . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'HEMATOPOIETIC CELL PROTEIN-TYROSINE PHOSPHATASE 70Z-PEP {PDB ID=1jeg, label_asym_id=B, auth_asym_id=B, SMTL ID=1jeg.1.B}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 1jeg, label_asym_id=B' 'target-template alignment' . 4 'model 2' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-14 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-08 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A B 2 1 B # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 SRRTDDEIPPPLPERTPESFIVVEE SRRTDDEIPPPLPERTPESFIVVEE # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 1 25 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 1jeg 2024-05-22 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 668 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 668 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 4.4e-11 84.000 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MDQREILQKFLDEAQSKKITKEEFANEFLKLKRQSTKYKADKTYPTTVAEKPKNIKKNRYKDILPYDYSRVELSLITSDEDSSYINANFIKGVYGPKAYIATQGPLSTTLLDFWRMIWEYSVLIIPENFSVFSLIREMRTQRPSLVQTQEQYELVYNAVLELFKRQMDVIRDKHSGTESQAKHCIPEKNHTLQADSYSPNLPKSTTKAAKMMNQQRTKMEIKESSSFDFRTSEISAKEELVLHPAKSSTSFDFLELNYSFDKNADTTMKWQTKAFPIVGEPLQKHQSLDLGSLLFEGCSNSKPVNAAGRYFNSKVPITRTKSTPFELIQQRETKEVDSKENFSYLESQPHDSCFVEMQAQKVMHVSSAELNYSLPYDSKHQIRNASNVKHHDSSALGVYSYIPLVENPYFSSWPPSGTSSKMSLDLPEKQDGTVFPSSLLPTSSTSLFSYYNSHDSLSLNSPTNISSLLNQESAVLATAPRIDDEIPPPLPVRTPESFIVVEEAGEFSPNVPKSLSSAVKVKIGTSLEWGGTSEPKKFDDSVILRPSKSVKLRSPKSELHQDRSSPPPPLPERTLESFFLADEDCMQAQSIETYSTSYPDTMENSTSSKQTLKTPGKSFTRSKSLKILRNMKKSICNSCPPNKPAESVQSNNSSSFLNFGMCVILLKS 2 1 2 ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------SRRTDDEIPPPLPERTPESFIVVEE--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 1jeg.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 2' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . ILE 486 486 ? A -11.974 -10.345 -18.737 1 1 B ILE 0.340 1 ATOM 2 C CA . ILE 486 486 ? A -11.687 -9.720 -17.391 1 1 B ILE 0.340 1 ATOM 3 C C . ILE 486 486 ? A -10.243 -9.230 -17.411 1 1 B ILE 0.340 1 ATOM 4 O O . ILE 486 486 ? A -9.437 -9.972 -17.969 1 1 B ILE 0.340 1 ATOM 5 C CB . ILE 486 486 ? A -11.948 -10.711 -16.237 1 1 B ILE 0.340 1 ATOM 6 C CG1 . ILE 486 486 ? A -13.242 -11.539 -16.450 1 1 B ILE 0.340 1 ATOM 7 C CG2 . ILE 486 486 ? A -12.030 -9.964 -14.880 1 1 B ILE 0.340 1 ATOM 8 C CD1 . ILE 486 486 ? A -13.001 -12.900 -17.124 1 1 B ILE 0.340 1 ATOM 9 N N . PRO 487 487 ? A -9.859 -8.034 -16.955 1 1 B PRO 0.410 1 ATOM 10 C CA . PRO 487 487 ? A -8.474 -7.557 -16.981 1 1 B PRO 0.410 1 ATOM 11 C C . PRO 487 487 ? A -7.568 -8.278 -15.993 1 1 B PRO 0.410 1 ATOM 12 O O . PRO 487 487 ? A -8.126 -8.986 -15.151 1 1 B PRO 0.410 1 ATOM 13 C CB . PRO 487 487 ? A -8.602 -6.043 -16.695 1 1 B PRO 0.410 1 ATOM 14 C CG . PRO 487 487 ? A -9.969 -5.811 -16.045 1 1 B PRO 0.410 1 ATOM 15 C CD . PRO 487 487 ? A -10.767 -7.078 -16.323 1 1 B PRO 0.410 1 ATOM 16 N N . PRO 488 488 ? A -6.226 -8.196 -16.074 1 1 B PRO 0.790 1 ATOM 17 C CA . PRO 488 488 ? A -5.350 -8.769 -15.061 1 1 B PRO 0.790 1 ATOM 18 C C . PRO 488 488 ? A -5.655 -8.212 -13.662 1 1 B PRO 0.790 1 ATOM 19 O O . PRO 488 488 ? A -5.396 -7.024 -13.462 1 1 B PRO 0.790 1 ATOM 20 C CB . PRO 488 488 ? A -3.916 -8.465 -15.570 1 1 B PRO 0.790 1 ATOM 21 C CG . PRO 488 488 ? A -4.035 -7.321 -16.594 1 1 B PRO 0.790 1 ATOM 22 C CD . PRO 488 488 ? A -5.532 -7.202 -16.894 1 1 B PRO 0.790 1 ATOM 23 N N . PRO 489 489 ? A -6.127 -8.965 -12.665 1 1 B PRO 0.770 1 ATOM 24 C CA . PRO 489 489 ? A -6.221 -8.491 -11.302 1 1 B PRO 0.770 1 ATOM 25 C C . PRO 489 489 ? A -4.833 -8.314 -10.713 1 1 B PRO 0.770 1 ATOM 26 O O . PRO 489 489 ? A -3.870 -8.901 -11.208 1 1 B PRO 0.770 1 ATOM 27 C CB . PRO 489 489 ? A -7.070 -9.566 -10.583 1 1 B PRO 0.770 1 ATOM 28 C CG . PRO 489 489 ? A -6.960 -10.846 -11.431 1 1 B PRO 0.770 1 ATOM 29 C CD . PRO 489 489 ? A -6.352 -10.400 -12.762 1 1 B PRO 0.770 1 ATOM 30 N N . LEU 490 490 ? A -4.710 -7.463 -9.681 1 1 B LEU 0.740 1 ATOM 31 C CA . LEU 490 490 ? A -3.528 -7.217 -8.873 1 1 B LEU 0.740 1 ATOM 32 C C . LEU 490 490 ? A -2.803 -8.473 -8.335 1 1 B LEU 0.740 1 ATOM 33 O O . LEU 490 490 ? A -3.396 -9.562 -8.362 1 1 B LEU 0.740 1 ATOM 34 C CB . LEU 490 490 ? A -3.942 -6.169 -7.779 1 1 B LEU 0.740 1 ATOM 35 C CG . LEU 490 490 ? A -4.359 -6.683 -6.374 1 1 B LEU 0.740 1 ATOM 36 C CD1 . LEU 490 490 ? A -4.950 -5.587 -5.478 1 1 B LEU 0.740 1 ATOM 37 C CD2 . LEU 490 490 ? A -5.403 -7.793 -6.378 1 1 B LEU 0.740 1 ATOM 38 N N . PRO 491 491 ? A -1.570 -8.470 -7.822 1 1 B PRO 0.740 1 ATOM 39 C CA . PRO 491 491 ? A -1.041 -9.643 -7.134 1 1 B PRO 0.740 1 ATOM 40 C C . PRO 491 491 ? A -1.872 -10.162 -5.935 1 1 B PRO 0.740 1 ATOM 41 O O . PRO 491 491 ? A -2.708 -9.455 -5.353 1 1 B PRO 0.740 1 ATOM 42 C CB . PRO 491 491 ? A 0.414 -9.244 -6.807 1 1 B PRO 0.740 1 ATOM 43 C CG . PRO 491 491 ? A 0.462 -7.705 -6.780 1 1 B PRO 0.740 1 ATOM 44 C CD . PRO 491 491 ? A -0.831 -7.253 -7.466 1 1 B PRO 0.740 1 ATOM 45 N N . VAL 492 492 ? A -1.707 -11.445 -5.552 1 1 B VAL 0.710 1 ATOM 46 C CA . VAL 492 492 ? A -2.237 -12.059 -4.331 1 1 B VAL 0.710 1 ATOM 47 C C . VAL 492 492 ? A -1.953 -11.246 -3.068 1 1 B VAL 0.710 1 ATOM 48 O O . VAL 492 492 ? A -0.838 -10.790 -2.821 1 1 B VAL 0.710 1 ATOM 49 C CB . VAL 492 492 ? A -1.805 -13.517 -4.182 1 1 B VAL 0.710 1 ATOM 50 C CG1 . VAL 492 492 ? A -2.363 -14.136 -2.878 1 1 B VAL 0.710 1 ATOM 51 C CG2 . VAL 492 492 ? A -2.348 -14.307 -5.395 1 1 B VAL 0.710 1 ATOM 52 N N . ARG 493 493 ? A -2.990 -11.015 -2.236 1 1 B ARG 0.650 1 ATOM 53 C CA . ARG 493 493 ? A -2.904 -10.186 -1.055 1 1 B ARG 0.650 1 ATOM 54 C C . ARG 493 493 ? A -2.442 -11.065 0.061 1 1 B ARG 0.650 1 ATOM 55 O O . ARG 493 493 ? A -3.214 -11.792 0.698 1 1 B ARG 0.650 1 ATOM 56 C CB . ARG 493 493 ? A -4.246 -9.506 -0.690 1 1 B ARG 0.650 1 ATOM 57 C CG . ARG 493 493 ? A -4.612 -8.335 -1.626 1 1 B ARG 0.650 1 ATOM 58 C CD . ARG 493 493 ? A -5.750 -8.619 -2.611 1 1 B ARG 0.650 1 ATOM 59 N NE . ARG 493 493 ? A -5.257 -9.655 -3.579 1 1 B ARG 0.650 1 ATOM 60 C CZ . ARG 493 493 ? A -6.025 -10.348 -4.425 1 1 B ARG 0.650 1 ATOM 61 N NH1 . ARG 493 493 ? A -7.330 -10.145 -4.493 1 1 B ARG 0.650 1 ATOM 62 N NH2 . ARG 493 493 ? A -5.447 -11.089 -5.374 1 1 B ARG 0.650 1 ATOM 63 N N . THR 494 494 ? A -1.128 -11.052 0.275 1 1 B THR 0.770 1 ATOM 64 C CA . THR 494 494 ? A -0.460 -11.901 1.233 1 1 B THR 0.770 1 ATOM 65 C C . THR 494 494 ? A -0.553 -11.247 2.615 1 1 B THR 0.770 1 ATOM 66 O O . THR 494 494 ? A -0.424 -10.024 2.706 1 1 B THR 0.770 1 ATOM 67 C CB . THR 494 494 ? A 0.967 -12.327 0.816 1 1 B THR 0.770 1 ATOM 68 O OG1 . THR 494 494 ? A 2.020 -11.496 1.274 1 1 B THR 0.770 1 ATOM 69 C CG2 . THR 494 494 ? A 1.083 -12.329 -0.717 1 1 B THR 0.770 1 ATOM 70 N N . PRO 495 495 ? A -0.784 -11.944 3.725 1 1 B PRO 0.750 1 ATOM 71 C CA . PRO 495 495 ? 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.612 2 1 3 0 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 486 ILE 1 0.340 2 1 A 487 PRO 1 0.410 3 1 A 488 PRO 1 0.790 4 1 A 489 PRO 1 0.770 5 1 A 490 LEU 1 0.740 6 1 A 491 PRO 1 0.740 7 1 A 492 VAL 1 0.710 8 1 A 493 ARG 1 0.650 9 1 A 494 THR 1 0.770 10 1 A 495 PRO 1 0.750 11 1 A 496 GLU 1 0.670 12 1 A 497 SER 1 0.640 13 1 A 498 PHE 1 0.560 14 1 A 499 ILE 1 0.560 15 1 A 500 VAL 1 0.570 16 1 A 501 VAL 1 0.540 17 1 A 502 GLU 1 0.420 18 1 A 503 GLU 1 0.380 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #