data_SMR-8f15d955165639a0045f0bd610f62d5b_1 _entry.id SMR-8f15d955165639a0045f0bd610f62d5b_1 _struct.entry_id SMR-8f15d955165639a0045f0bd610f62d5b_1 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled homo-dimer covers following UniProtKB entries: - Q6ZU52/ K0408_HUMAN, Uncharacterized protein KIAA0408 Estimated model accuracy of this model is 0.003, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q6ZU52' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 91770.149 2 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP K0408_HUMAN Q6ZU52 1 ;MDLHKQWENTETNWHKEKMELLDQFDNERKEWESQWKIMQKKIEELCREVKLWRKININESAKIIDLYHE KTIPEKVIESSPNYPDLGQSEFIRTNHKDGLRKENKREQSLVSGGNQMCKEQKATKKSKVGFLDPLATDN QKECEAWPDLRTSEEDSKSCSGALSTALEELAKVSEELCSFQEEIRKRSNHRRMKSDSFLQEMPNVTNIP HGDPMINNDQCILPISLEKEKQKNRKNLSCTNVLQSNSTKKCGIDTIDLKRNETPPVPPPRSTSRNFPSS DSEQAYERWKERLDHNSWVPHEGRSKRNYNPHFPLRQQEMSMLYPNEGKTSKDGIIFSSLVPEVKIDSKP PSNEDVGLSMWSCDIGIGAKRSPSTSWFQKTCSTPSNPKYEMVIPDHPAKSHPDLHVSNDCSSSVAESSS PLRNFSCGFERTTRNEKLAAKTDEFNRTVFRTDRNCQAIQQNHSCSKSSEDLKPCDTSSTHTGSISQSND VSGIWKTNAHMPVPMENVPDNPTKKSTTGLVRQMQGHLSPRSYRNMLHEHDWRPSNLSGRPRSADPRSNY GVVEKLLKTYETATESALQNSKCFQDNWTKCNSDVSGGATLSQHLEMLQMEQQFQQKTAVWGGQEVKQGI DPKKITEESMSVNASHGKGFSRPARPANRRLPSRWASRSPSAPPALRRTTHNYTISLRSEALMV ; 'Uncharacterized protein KIAA0408' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 694 1 694 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . K0408_HUMAN Q6ZU52 . 1 694 9606 'Homo sapiens (Human)' 2004-07-05 2938DEA5B7B1B693 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A,B ;MDLHKQWENTETNWHKEKMELLDQFDNERKEWESQWKIMQKKIEELCREVKLWRKININESAKIIDLYHE KTIPEKVIESSPNYPDLGQSEFIRTNHKDGLRKENKREQSLVSGGNQMCKEQKATKKSKVGFLDPLATDN QKECEAWPDLRTSEEDSKSCSGALSTALEELAKVSEELCSFQEEIRKRSNHRRMKSDSFLQEMPNVTNIP HGDPMINNDQCILPISLEKEKQKNRKNLSCTNVLQSNSTKKCGIDTIDLKRNETPPVPPPRSTSRNFPSS DSEQAYERWKERLDHNSWVPHEGRSKRNYNPHFPLRQQEMSMLYPNEGKTSKDGIIFSSLVPEVKIDSKP PSNEDVGLSMWSCDIGIGAKRSPSTSWFQKTCSTPSNPKYEMVIPDHPAKSHPDLHVSNDCSSSVAESSS PLRNFSCGFERTTRNEKLAAKTDEFNRTVFRTDRNCQAIQQNHSCSKSSEDLKPCDTSSTHTGSISQSND VSGIWKTNAHMPVPMENVPDNPTKKSTTGLVRQMQGHLSPRSYRNMLHEHDWRPSNLSGRPRSADPRSNY GVVEKLLKTYETATESALQNSKCFQDNWTKCNSDVSGGATLSQHLEMLQMEQQFQQKTAVWGGQEVKQGI 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. 1 13 ASN . 1 14 TRP . 1 15 HIS . 1 16 LYS . 1 17 GLU . 1 18 LYS . 1 19 MET . 1 20 GLU . 1 21 LEU . 1 22 LEU . 1 23 ASP . 1 24 GLN . 1 25 PHE . 1 26 ASP . 1 27 ASN . 1 28 GLU . 1 29 ARG . 1 30 LYS . 1 31 GLU . 1 32 TRP . 1 33 GLU . 1 34 SER . 1 35 GLN . 1 36 TRP . 1 37 LYS . 1 38 ILE . 1 39 MET . 1 40 GLN . 1 41 LYS . 1 42 LYS . 1 43 ILE . 1 44 GLU . 1 45 GLU . 1 46 LEU . 1 47 CYS . 1 48 ARG . 1 49 GLU . 1 50 VAL . 1 51 LYS . 1 52 LEU . 1 53 TRP . 1 54 ARG . 1 55 LYS . 1 56 ILE . 1 57 ASN . 1 58 ILE . 1 59 ASN . 1 60 GLU . 1 61 SER . 1 62 ALA . 1 63 LYS . 1 64 ILE . 1 65 ILE . 1 66 ASP . 1 67 LEU . 1 68 TYR . 1 69 HIS . 1 70 GLU . 1 71 LYS . 1 72 THR . 1 73 ILE . 1 74 PRO . 1 75 GLU . 1 76 LYS . 1 77 VAL . 1 78 ILE . 1 79 GLU . 1 80 SER . 1 81 SER . 1 82 PRO . 1 83 ASN . 1 84 TYR . 1 85 PRO . 1 86 ASP . 1 87 LEU . 1 88 GLY . 1 89 GLN . 1 90 SER . 1 91 GLU . 1 92 PHE . 1 93 ILE . 1 94 ARG . 1 95 THR . 1 96 ASN . 1 97 HIS . 1 98 LYS . 1 99 ASP . 1 100 GLY . 1 101 LEU . 1 102 ARG . 1 103 LYS . 1 104 GLU . 1 105 ASN . 1 106 LYS . 1 107 ARG . 1 108 GLU . 1 109 GLN . 1 110 SER . 1 111 LEU . 1 112 VAL . 1 113 SER . 1 114 GLY . 1 115 GLY . 1 116 ASN . 1 117 GLN . 1 118 MET . 1 119 CYS . 1 120 LYS . 1 121 GLU . 1 122 GLN . 1 123 LYS . 1 124 ALA . 1 125 THR . 1 126 LYS . 1 127 LYS . 1 128 SER . 1 129 LYS . 1 130 VAL . 1 131 GLY . 1 132 PHE . 1 133 LEU . 1 134 ASP . 1 135 PRO . 1 136 LEU . 1 137 ALA . 1 138 THR . 1 139 ASP . 1 140 ASN . 1 141 GLN . 1 142 LYS . 1 143 GLU . 1 144 CYS . 1 145 GLU . 1 146 ALA . 1 147 TRP . 1 148 PRO . 1 149 ASP . 1 150 LEU . 1 151 ARG . 1 152 THR . 1 153 SER . 1 154 GLU . 1 155 GLU . 1 156 ASP . 1 157 SER . 1 158 LYS . 1 159 SER . 1 160 CYS . 1 161 SER . 1 162 GLY . 1 163 ALA . 1 164 LEU . 1 165 SER . 1 166 THR . 1 167 ALA . 1 168 LEU . 1 169 GLU . 1 170 GLU . 1 171 LEU . 1 172 ALA . 1 173 LYS . 1 174 VAL . 1 175 SER . 1 176 GLU . 1 177 GLU . 1 178 LEU . 1 179 CYS . 1 180 SER . 1 181 PHE . 1 182 GLN . 1 183 GLU . 1 184 GLU . 1 185 ILE . 1 186 ARG . 1 187 LYS . 1 188 ARG . 1 189 SER . 1 190 ASN . 1 191 HIS . 1 192 ARG . 1 193 ARG . 1 194 MET . 1 195 LYS . 1 196 SER . 1 197 ASP . 1 198 SER . 1 199 PHE . 1 200 LEU . 1 201 GLN . 1 202 GLU . 1 203 MET . 1 204 PRO . 1 205 ASN . 1 206 VAL . 1 207 THR . 1 208 ASN . 1 209 ILE . 1 210 PRO . 1 211 HIS . 1 212 GLY . 1 213 ASP . 1 214 PRO . 1 215 MET . 1 216 ILE . 1 217 ASN . 1 218 ASN . 1 219 ASP . 1 220 GLN . 1 221 CYS . 1 222 ILE . 1 223 LEU . 1 224 PRO . 1 225 ILE . 1 226 SER . 1 227 LEU . 1 228 GLU . 1 229 LYS . 1 230 GLU . 1 231 LYS . 1 232 GLN . 1 233 LYS . 1 234 ASN . 1 235 ARG . 1 236 LYS . 1 237 ASN . 1 238 LEU . 1 239 SER . 1 240 CYS . 1 241 THR . 1 242 ASN . 1 243 VAL . 1 244 LEU . 1 245 GLN . 1 246 SER . 1 247 ASN . 1 248 SER . 1 249 THR . 1 250 LYS . 1 251 LYS . 1 252 CYS . 1 253 GLY . 1 254 ILE . 1 255 ASP . 1 256 THR . 1 257 ILE . 1 258 ASP . 1 259 LEU . 1 260 LYS . 1 261 ARG . 1 262 ASN . 1 263 GLU . 1 264 THR . 1 265 PRO . 1 266 PRO . 1 267 VAL . 1 268 PRO . 1 269 PRO . 1 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B . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'cGMP Dependent PRotein Kinase {PDB ID=3nmd, label_asym_id=C, auth_asym_id=C, SMTL ID=3nmd.2.A}' 'template structure' . 2 'cGMP Dependent PRotein Kinase {PDB ID=3nmd, label_asym_id=D, auth_asym_id=D, SMTL ID=3nmd.2.B}' 'template structure' . 3 . target . 4 'Target-template alignment by HHblits to 3nmd, label_asym_id=C' 'target-template alignment' . 5 'Target-template alignment by HHblits to 3nmd, label_asym_id=D' 'target-template alignment' . 6 'model 1' 'model coordinates' . 7 SMTL 'reference database' . 8 PDB 'reference database' . 9 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 3 2 1 7 3 1 8 4 2 9 5 3 3 6 3 1 7 3 2 8 3 4 9 3 5 10 4 1 11 4 2 12 4 4 13 4 5 14 5 6 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 7 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-14 8 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-08 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 3 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . B 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A C 1 1 C 2 2 'reference database' polymer 1 2 B D 1 1 D # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MRGSHHHHHHGMASIEGRGSLRDLQYALQEKIEELRQRDALIDELELELDQKDELIQMLQNELDKYRSVI RP ; ;MRGSHHHHHHGMASIEGRGSLRDLQYALQEKIEELRQRDALIDELELELDQKDELIQMLQNELDKYRSVI RP ; 2 ;MRGSHHHHHHGMASIEGRGSLRDLQYALQEKIEELRQRDALIDELELELDQKDELIQMLQNELDKYRSVI RP ; ;MRGSHHHHHHGMASIEGRGSLRDLQYALQEKIEELRQRDALIDELELELDQKDELIQMLQNELDKYRSVI RP ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 29 65 2 2 29 65 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 3nmd 2024-10-30 2 PDB . 3nmd 2024-10-30 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 694 2 2 B 1 694 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 4 1 694 'target-template pairwise alignment' local 2 5 1 694 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 61.000 29.730 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . 2 2 2 B 'HHblits e-value' . 61.000 29.730 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MDLHKQWENTETNWHKEKMELLDQFDNERKEWESQWKIMQKKIEELCREVKLWRKININESAKIIDLYHEKTIPEKVIESSPNYPDLGQSEFIRTNHKDGLRKENKREQSLVSGGNQMCKEQKATKKSKVGFLDPLATDNQKECEAWPDLRTSEEDSKSCSGALSTALEELAKVSEELCSFQEEIRKRSNHRRMKSDSFLQEMPNVTNIPHGDPMINNDQCILPISLEKEKQKNRKNLSCTNVLQSNSTKKCGIDTIDLKRNETPPVPPPRSTSRNFPSSDSEQAYERWKERLDHNSWVPHEGRSKRNYNPHFPLRQQEMSMLYPNEGKTSKDGIIFSSLVPEVKIDSKPPSNEDVGLSMWSCDIGIGAKRSPSTSWFQKTCSTPSNPKYEMVIPDHPAKSHPDLHVSNDCSSSVAESSSPLRNFSCGFERTTRNEKLAAKTDEFNRTVFRTDRNCQAIQQNHSCSKSSEDLKPCDTSSTHTGSISQSNDVSGIWKTNAHMPVPMENVPDNPTKKSTTGLVRQMQGHLSPRSYRNMLHEHDWRPSNLSGRPRSADPRSNYGVVEKLLKTYETATESALQNSKCFQDNWTKCNSDVSGGATLSQHLEMLQMEQQFQQKTAVWGGQEVKQGIDPKKITEESMSVNASHGKGFSRPARPANRRLPSRWASRSPSAPPALRRTTHNYTISLRSEALMV 2 1 2 ---------------QEKIEELRQRDALIDELELELDQKDELIQMLQNELDK------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ 3 2 1 MDLHKQWENTETNWHKEKMELLDQFDNERKEWESQWKIMQKKIEELCREVKLWRKININESAKIIDLYHEKTIPEKVIESSPNYPDLGQSEFIRTNHKDGLRKENKREQSLVSGGNQMCKEQKATKKSKVGFLDPLATDNQKECEAWPDLRTSEEDSKSCSGALSTALEELAKVSEELCSFQEEIRKRSNHRRMKSDSFLQEMPNVTNIPHGDPMINNDQCILPISLEKEKQKNRKNLSCTNVLQSNSTKKCGIDTIDLKRNETPPVPPPRSTSRNFPSSDSEQAYERWKERLDHNSWVPHEGRSKRNYNPHFPLRQQEMSMLYPNEGKTSKDGIIFSSLVPEVKIDSKPPSNEDVGLSMWSCDIGIGAKRSPSTSWFQKTCSTPSNPKYEMVIPDHPAKSHPDLHVSNDCSSSVAESSSPLRNFSCGFERTTRNEKLAAKTDEFNRTVFRTDRNCQAIQQNHSCSKSSEDLKPCDTSSTHTGSISQSNDVSGIWKTNAHMPVPMENVPDNPTKKSTTGLVRQMQGHLSPRSYRNMLHEHDWRPSNLSGRPRSADPRSNYGVVEKLLKTYETATESALQNSKCFQDNWTKCNSDVSGGATLSQHLEMLQMEQQFQQKTAVWGGQEVKQGIDPKKITEESMSVNASHGKGFSRPARPANRRLPSRWASRSPSAPPALRRTTHNYTISLRSEALMV 4 2 2 ---------------QEKIEELRQRDALIDELELELDQKDELIQMLQNELDK------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.242}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 3nmd.2, oligomeric state (homo-dimer) as predicted' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 1' . 6 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . LYS 16 16 ? A -9.932 53.532 15.779 1 1 A LYS 0.480 1 ATOM 2 C CA . LYS 16 16 ? A -10.983 52.730 15.060 1 1 A LYS 0.480 1 ATOM 3 C C . LYS 16 16 ? A -10.542 51.362 14.565 1 1 A LYS 0.480 1 ATOM 4 O O . LYS 16 16 ? A -11.198 50.393 14.904 1 1 A LYS 0.480 1 ATOM 5 C CB . LYS 16 16 ? A -11.655 53.588 13.963 1 1 A LYS 0.480 1 ATOM 6 C CG . LYS 16 16 ? A -12.468 54.760 14.547 1 1 A LYS 0.480 1 ATOM 7 C CD . LYS 16 16 ? A -13.159 55.592 13.453 1 1 A LYS 0.480 1 ATOM 8 C CE . LYS 16 16 ? A -13.987 56.752 14.025 1 1 A LYS 0.480 1 ATOM 9 N NZ . LYS 16 16 ? A -14.584 57.558 12.936 1 1 A LYS 0.480 1 ATOM 10 N N . GLU 17 17 ? A -9.390 51.218 13.856 1 1 A GLU 0.470 1 ATOM 11 C CA . GLU 17 17 ? A -8.839 49.914 13.454 1 1 A GLU 0.470 1 ATOM 12 C C . GLU 17 17 ? A -8.697 48.932 14.605 1 1 A GLU 0.470 1 ATOM 13 O O . GLU 17 17 ? A -9.094 47.772 14.507 1 1 A GLU 0.470 1 ATOM 14 C CB . GLU 17 17 ? A -7.428 50.127 12.857 1 1 A GLU 0.470 1 ATOM 15 C CG . GLU 17 17 ? A -6.615 48.843 12.529 1 1 A GLU 0.470 1 ATOM 16 C CD . GLU 17 17 ? A -5.106 49.121 12.551 1 1 A GLU 0.470 1 ATOM 17 O OE1 . GLU 17 17 ? A -4.740 50.307 12.347 1 1 A GLU 0.470 1 ATOM 18 O OE2 . GLU 17 17 ? A -4.348 48.198 12.946 1 1 A GLU 0.470 1 ATOM 19 N N . LYS 18 18 ? A -8.199 49.385 15.772 1 1 A LYS 0.680 1 ATOM 20 C CA . LYS 18 18 ? A -8.141 48.568 16.970 1 1 A LYS 0.680 1 ATOM 21 C C . LYS 18 18 ? A -9.487 48.032 17.433 1 1 A LYS 0.680 1 ATOM 22 O O . LYS 18 18 ? A -9.560 46.883 17.833 1 1 A LYS 0.680 1 ATOM 23 C CB . LYS 18 18 ? A -7.449 49.316 18.138 1 1 A LYS 0.680 1 ATOM 24 C CG . LYS 18 18 ? A -5.923 49.438 17.984 1 1 A LYS 0.680 1 ATOM 25 C CD . LYS 18 18 ? A -5.209 48.093 18.215 1 1 A LYS 0.680 1 ATOM 26 C CE . LYS 18 18 ? A -3.754 48.056 17.724 1 1 A LYS 0.680 1 ATOM 27 N NZ . LYS 18 18 ? A -3.661 47.997 16.239 1 1 A LYS 0.680 1 ATOM 28 N N . MET 19 19 ? A -10.594 48.792 17.355 1 1 A MET 0.710 1 ATOM 29 C CA . MET 19 19 ? A -11.910 48.270 17.714 1 1 A MET 0.710 1 ATOM 30 C C . MET 19 19 ? A -12.337 47.093 16.839 1 1 A MET 0.710 1 ATOM 31 O O . MET 19 19 ? A -12.685 46.036 17.361 1 1 A MET 0.710 1 ATOM 32 C CB . MET 19 19 ? A -12.969 49.399 17.653 1 1 A MET 0.710 1 ATOM 33 C CG . MET 19 19 ? A -12.760 50.499 18.716 1 1 A MET 0.710 1 ATOM 34 S SD . MET 19 19 ? A -13.773 51.991 18.466 1 1 A MET 0.710 1 ATOM 35 C CE . MET 19 19 ? A -15.376 51.222 18.842 1 1 A MET 0.710 1 ATOM 36 N N . GLU 20 20 ? A -12.184 47.210 15.508 1 1 A GLU 0.740 1 ATOM 37 C CA . GLU 20 20 ? A -12.410 46.144 14.541 1 1 A GLU 0.740 1 ATOM 38 C C . GLU 20 20 ? A -11.509 44.925 14.744 1 1 A GLU 0.740 1 ATOM 39 O O . GLU 20 20 ? A -11.937 43.780 14.694 1 1 A GLU 0.740 1 ATOM 40 C CB . GLU 20 20 ? A -12.205 46.735 13.125 1 1 A GLU 0.740 1 ATOM 41 C CG . GLU 20 20 ? A -12.279 45.737 11.941 1 1 A GLU 0.740 1 ATOM 42 C CD . GLU 20 20 ? A -13.649 45.083 11.752 1 1 A GLU 0.740 1 ATOM 43 O OE1 . GLU 20 20 ? A -14.668 45.714 12.112 1 1 A GLU 0.740 1 ATOM 44 O OE2 . GLU 20 20 ? A -13.663 43.956 11.184 1 1 A GLU 0.740 1 ATOM 45 N N . LEU 21 21 ? A -10.206 45.136 15.034 1 1 A LEU 0.760 1 ATOM 46 C CA . LEU 21 21 ? A -9.299 44.053 15.389 1 1 A LEU 0.760 1 ATOM 47 C C . LEU 21 21 ? A -9.680 43.305 16.665 1 1 A LEU 0.760 1 ATOM 48 O O . LEU 21 21 ? A -9.578 42.081 16.726 1 1 A LEU 0.760 1 ATOM 49 C CB . LEU 21 21 ? A -7.841 44.551 15.538 1 1 A LEU 0.760 1 ATOM 50 C CG . LEU 21 21 ? A -7.171 45.046 14.241 1 1 A LEU 0.760 1 ATOM 51 C CD1 . LEU 21 21 ? A -5.815 45.689 14.565 1 1 A LEU 0.760 1 ATOM 52 C CD2 . LEU 21 21 ? A -6.977 43.912 13.225 1 1 A LEU 0.760 1 ATOM 53 N N . LEU 22 22 ? A -10.145 44.009 17.719 1 1 A LEU 0.760 1 ATOM 54 C CA . LEU 22 22 ? A -10.662 43.374 18.924 1 1 A LEU 0.760 1 ATOM 55 C C . LEU 22 22 ? A -11.908 42.527 18.632 1 1 A LEU 0.760 1 ATOM 56 O O . LEU 22 22 ? A -11.971 41.365 19.038 1 1 A LEU 0.760 1 ATOM 57 C CB . LEU 22 22 ? A -10.975 44.427 20.029 1 1 A LEU 0.760 1 ATOM 58 C CG . LEU 22 22 ? A -9.817 44.889 20.966 1 1 A LEU 0.760 1 ATOM 59 C CD1 . LEU 22 22 ? A -9.250 43.754 21.821 1 1 A LEU 0.760 1 ATOM 60 C CD2 . LEU 22 22 ? A -8.663 45.656 20.312 1 1 A LEU 0.760 1 ATOM 61 N N . ASP 23 23 ? A -12.870 43.051 17.842 1 1 A ASP 0.760 1 ATOM 62 C CA . ASP 23 23 ? A -14.065 42.350 17.400 1 1 A ASP 0.760 1 ATOM 63 C C . ASP 23 23 ? A -13.764 41.090 16.575 1 1 A ASP 0.760 1 ATOM 64 O O . ASP 23 23 ? A -14.355 40.024 16.774 1 1 A ASP 0.760 1 ATOM 65 C CB . ASP 23 23 ? A -14.961 43.312 16.572 1 1 A ASP 0.760 1 ATOM 66 C CG . ASP 23 23 ? A -15.573 44.431 17.413 1 1 A ASP 0.760 1 ATOM 67 O OD1 . ASP 23 23 ? A -15.439 44.408 18.662 1 1 A ASP 0.760 1 ATOM 68 O OD2 . ASP 23 23 ? A -16.223 45.315 16.799 1 1 A ASP 0.760 1 ATOM 69 N N . GLN 24 24 ? A -12.793 41.150 15.636 1 1 A GLN 0.790 1 ATOM 70 C CA . GLN 24 24 ? A -12.331 39.986 14.894 1 1 A GLN 0.790 1 ATOM 71 C C . GLN 24 24 ? 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B -5.758 33.413 19.591 1 1 B ARG 0.740 1 ATOM 450 C CG . ARG 29 29 ? B -6.079 32.632 18.297 1 1 B ARG 0.740 1 ATOM 451 C CD . ARG 29 29 ? B -5.827 33.439 17.026 1 1 B ARG 0.740 1 ATOM 452 N NE . ARG 29 29 ? B -4.354 33.526 16.801 1 1 B ARG 0.740 1 ATOM 453 C CZ . ARG 29 29 ? B -3.808 34.538 16.118 1 1 B ARG 0.740 1 ATOM 454 N NH1 . ARG 29 29 ? B -4.560 35.413 15.450 1 1 B ARG 0.740 1 ATOM 455 N NH2 . ARG 29 29 ? B -2.485 34.688 16.114 1 1 B ARG 0.740 1 ATOM 456 N N . LYS 30 30 ? B -3.369 31.866 20.903 1 1 B LYS 0.780 1 ATOM 457 C CA . LYS 30 30 ? B -2.231 30.959 20.833 1 1 B LYS 0.780 1 ATOM 458 C C . LYS 30 30 ? B -2.355 29.785 21.796 1 1 B LYS 0.780 1 ATOM 459 O O . LYS 30 30 ? B -2.081 28.629 21.460 1 1 B LYS 0.780 1 ATOM 460 C CB . LYS 30 30 ? B -0.921 31.733 21.153 1 1 B LYS 0.780 1 ATOM 461 C CG . LYS 30 30 ? B 0.356 30.873 21.107 1 1 B LYS 0.780 1 ATOM 462 C CD . LYS 30 30 ? B 1.614 31.643 21.541 1 1 B LYS 0.780 1 ATOM 463 C CE . LYS 30 30 ? 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'normalized score' global . 3 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.722 2 1 3 0.003 3 1 4 0.242 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 16 LYS 1 0.480 2 1 A 17 GLU 1 0.470 3 1 A 18 LYS 1 0.680 4 1 A 19 MET 1 0.710 5 1 A 20 GLU 1 0.740 6 1 A 21 LEU 1 0.760 7 1 A 22 LEU 1 0.760 8 1 A 23 ASP 1 0.760 9 1 A 24 GLN 1 0.790 10 1 A 25 PHE 1 0.740 11 1 A 26 ASP 1 0.770 12 1 A 27 ASN 1 0.800 13 1 A 28 GLU 1 0.790 14 1 A 29 ARG 1 0.750 15 1 A 30 LYS 1 0.790 16 1 A 31 GLU 1 0.790 17 1 A 32 TRP 1 0.740 18 1 A 33 GLU 1 0.790 19 1 A 34 SER 1 0.820 20 1 A 35 GLN 1 0.780 21 1 A 36 TRP 1 0.740 22 1 A 37 LYS 1 0.790 23 1 A 38 ILE 1 0.790 24 1 A 39 MET 1 0.770 25 1 A 40 GLN 1 0.800 26 1 A 41 LYS 1 0.800 27 1 A 42 LYS 1 0.780 28 1 A 43 ILE 1 0.780 29 1 A 44 GLU 1 0.780 30 1 A 45 GLU 1 0.760 31 1 A 46 LEU 1 0.750 32 1 A 47 CYS 1 0.750 33 1 A 48 ARG 1 0.670 34 1 A 49 GLU 1 0.690 35 1 A 50 VAL 1 0.730 36 1 A 51 LYS 1 0.380 37 1 A 52 LEU 1 0.350 38 1 B 16 LYS 1 0.480 39 1 B 17 GLU 1 0.470 40 1 B 18 LYS 1 0.680 41 1 B 19 MET 1 0.700 42 1 B 20 GLU 1 0.740 43 1 B 21 LEU 1 0.760 44 1 B 22 LEU 1 0.750 45 1 B 23 ASP 1 0.760 46 1 B 24 GLN 1 0.790 47 1 B 25 PHE 1 0.740 48 1 B 26 ASP 1 0.770 49 1 B 27 ASN 1 0.800 50 1 B 28 GLU 1 0.800 51 1 B 29 ARG 1 0.740 52 1 B 30 LYS 1 0.780 53 1 B 31 GLU 1 0.790 54 1 B 32 TRP 1 0.740 55 1 B 33 GLU 1 0.770 56 1 B 34 SER 1 0.800 57 1 B 35 GLN 1 0.770 58 1 B 36 TRP 1 0.720 59 1 B 37 LYS 1 0.750 60 1 B 38 ILE 1 0.770 61 1 B 39 MET 1 0.760 62 1 B 40 GLN 1 0.780 63 1 B 41 LYS 1 0.780 64 1 B 42 LYS 1 0.770 65 1 B 43 ILE 1 0.770 66 1 B 44 GLU 1 0.780 67 1 B 45 GLU 1 0.770 68 1 B 46 LEU 1 0.750 69 1 B 47 CYS 1 0.750 70 1 B 48 ARG 1 0.670 71 1 B 49 GLU 1 0.690 72 1 B 50 VAL 1 0.730 73 1 B 51 LYS 1 0.360 74 1 B 52 LEU 1 0.360 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #