data_SMR-bd6b80c639a97263649fb499403ef5bb_1 _entry.id SMR-bd6b80c639a97263649fb499403ef5bb_1 _struct.entry_id SMR-bd6b80c639a97263649fb499403ef5bb_1 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled homo-dimer covers following UniProtKB entries: - Q99941/ ATF6B_HUMAN, Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-6 beta Estimated model accuracy of this model is 0.067, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q99941' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 89440.574 2 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP ATF6B_HUMAN Q99941 1 ;MAELMLLSEIADPTRFFTDNLLSPEDWGLQNSTLYSGLDEVAEEQTQLFRCPEQDVPFDGSSLDVGMDVS PSEPPWELLPIFPDLQVKSEPSSPCSSSSLSSESSRLSTEPSSEALGVGEVLHVKTESLAPPLCLLGDDP TSSFETVQINVIPTSDDSSDVQTKIEPVSPCSSVNSEASLLSADSSSQAFIGEEVLEVKTESLSPSGCLL WDVPAPSLGAVQISMGPSLDGSSGKALPTRKPPLQPKPVVLTTVPMPSRAVPPSTTVLLQSLVQPPPVSP VVLIQGAIRVQPEGPAPSLPRPERKSIVPAPMPGNSCPPEVDAKLLKRQQRMIKNRESACQSRRKKKEYL QGLEARLQAVLADNQQLRRENAALRRRLEALLAENSELKLGSGNRKVVCIMVFLLFIAFNFGPVSISEPP SAPISPRMNKGEPQPRRHLLGFSEQEPVQGVEPLQGSSQGPKEPQPSPTDQPSFSNLTAFPGGAKELLLR DLDQLFLSSDCRHFNRTESLRLADELSGWVQRHQRGRRKIPQRAQERQKSQPRKKSPPVKAVPIQPPGPP ERDSVGQLQLYRHPDRSQPAFLDAIDRREDTFYVVSFRRDHLLLPAISHNKTSRPKMSLVMPAMAPNETL SGRGAPGDYEEMMQIECEVMDTRVIHIKTSTVPPSLRKQPSPTPGNATGGPLPVSAASQAHQASHQPLYL NHP ; 'Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-6 beta' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 703 1 703 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . ATF6B_HUMAN Q99941 . 1 703 9606 'Homo sapiens (Human)' 2002-01-23 B04C7B23E7D83F82 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A,B ;MAELMLLSEIADPTRFFTDNLLSPEDWGLQNSTLYSGLDEVAEEQTQLFRCPEQDVPFDGSSLDVGMDVS PSEPPWELLPIFPDLQVKSEPSSPCSSSSLSSESSRLSTEPSSEALGVGEVLHVKTESLAPPLCLLGDDP TSSFETVQINVIPTSDDSSDVQTKIEPVSPCSSVNSEASLLSADSSSQAFIGEEVLEVKTESLSPSGCLL WDVPAPSLGAVQISMGPSLDGSSGKALPTRKPPLQPKPVVLTTVPMPSRAVPPSTTVLLQSLVQPPPVSP VVLIQGAIRVQPEGPAPSLPRPERKSIVPAPMPGNSCPPEVDAKLLKRQQRMIKNRESACQSRRKKKEYL QGLEARLQAVLADNQQLRRENAALRRRLEALLAENSELKLGSGNRKVVCIMVFLLFIAFNFGPVSISEPP SAPISPRMNKGEPQPRRHLLGFSEQEPVQGVEPLQGSSQGPKEPQPSPTDQPSFSNLTAFPGGAKELLLR DLDQLFLSSDCRHFNRTESLRLADELSGWVQRHQRGRRKIPQRAQERQKSQPRKKSPPVKAVPIQPPGPP ERDSVGQLQLYRHPDRSQPAFLDAIDRREDTFYVVSFRRDHLLLPAISHNKTSRPKMSLVMPAMAPNETL 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1 11 ALA . 1 12 ASP . 1 13 PRO . 1 14 THR . 1 15 ARG . 1 16 PHE . 1 17 PHE . 1 18 THR . 1 19 ASP . 1 20 ASN . 1 21 LEU . 1 22 LEU . 1 23 SER . 1 24 PRO . 1 25 GLU . 1 26 ASP . 1 27 TRP . 1 28 GLY . 1 29 LEU . 1 30 GLN . 1 31 ASN . 1 32 SER . 1 33 THR . 1 34 LEU . 1 35 TYR . 1 36 SER . 1 37 GLY . 1 38 LEU . 1 39 ASP . 1 40 GLU . 1 41 VAL . 1 42 ALA . 1 43 GLU . 1 44 GLU . 1 45 GLN . 1 46 THR . 1 47 GLN . 1 48 LEU . 1 49 PHE . 1 50 ARG . 1 51 CYS . 1 52 PRO . 1 53 GLU . 1 54 GLN . 1 55 ASP . 1 56 VAL . 1 57 PRO . 1 58 PHE . 1 59 ASP . 1 60 GLY . 1 61 SER . 1 62 SER . 1 63 LEU . 1 64 ASP . 1 65 VAL . 1 66 GLY . 1 67 MET . 1 68 ASP . 1 69 VAL . 1 70 SER . 1 71 PRO . 1 72 SER . 1 73 GLU . 1 74 PRO . 1 75 PRO . 1 76 TRP . 1 77 GLU . 1 78 LEU . 1 79 LEU . 1 80 PRO . 1 81 ILE . 1 82 PHE . 1 83 PRO . 1 84 ASP . 1 85 LEU . 1 86 GLN . 1 87 VAL . 1 88 LYS . 1 89 SER . 1 90 GLU . 1 91 PRO . 1 92 SER . 1 93 SER . 1 94 PRO . 1 95 CYS . 1 96 SER . 1 97 SER . 1 98 SER . 1 99 SER . 1 100 LEU . 1 101 SER . 1 102 SER . 1 103 GLU . 1 104 SER . 1 105 SER . 1 106 ARG . 1 107 LEU . 1 108 SER . 1 109 THR . 1 110 GLU . 1 111 PRO . 1 112 SER . 1 113 SER . 1 114 GLU . 1 115 ALA . 1 116 LEU . 1 117 GLY . 1 118 VAL . 1 119 GLY . 1 120 GLU . 1 121 VAL . 1 122 LEU . 1 123 HIS . 1 124 VAL . 1 125 LYS . 1 126 THR . 1 127 GLU . 1 128 SER . 1 129 LEU . 1 130 ALA . 1 131 PRO . 1 132 PRO . 1 133 LEU . 1 134 CYS . 1 135 LEU . 1 136 LEU . 1 137 GLY . 1 138 ASP . 1 139 ASP . 1 140 PRO . 1 141 THR . 1 142 SER . 1 143 SER . 1 144 PHE . 1 145 GLU . 1 146 THR . 1 147 VAL . 1 148 GLN . 1 149 ILE . 1 150 ASN . 1 151 VAL . 1 152 ILE . 1 153 PRO . 1 154 THR . 1 155 SER . 1 156 ASP . 1 157 ASP . 1 158 SER . 1 159 SER . 1 160 ASP . 1 161 VAL . 1 162 GLN . 1 163 THR . 1 164 LYS . 1 165 ILE . 1 166 GLU . 1 167 PRO . 1 168 VAL . 1 169 SER . 1 170 PRO . 1 171 CYS . 1 172 SER . 1 173 SER . 1 174 VAL . 1 175 ASN . 1 176 SER . 1 177 GLU . 1 178 ALA . 1 179 SER . 1 180 LEU . 1 181 LEU . 1 182 SER . 1 183 ALA . 1 184 ASP . 1 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B 1 678 THR 678 ? ? ? B . B 1 679 GLY 679 ? ? ? B . B 1 680 GLY 680 ? ? ? B . B 1 681 PRO 681 ? ? ? B . B 1 682 LEU 682 ? ? ? B . B 1 683 PRO 683 ? ? ? B . B 1 684 VAL 684 ? ? ? B . B 1 685 SER 685 ? ? ? B . B 1 686 ALA 686 ? ? ? B . B 1 687 ALA 687 ? ? ? B . B 1 688 SER 688 ? ? ? B . B 1 689 GLN 689 ? ? ? B . B 1 690 ALA 690 ? ? ? B . B 1 691 HIS 691 ? ? ? B . B 1 692 GLN 692 ? ? ? B . B 1 693 ALA 693 ? ? ? B . B 1 694 SER 694 ? ? ? B . B 1 695 HIS 695 ? ? ? B . B 1 696 GLN 696 ? ? ? B . B 1 697 PRO 697 ? ? ? B . B 1 698 LEU 698 ? ? ? B . B 1 699 TYR 699 ? ? ? B . B 1 700 LEU 700 ? ? ? B . B 1 701 ASN 701 ? ? ? B . B 1 702 HIS 702 ? ? ? B . B 1 703 PRO 703 ? ? ? B . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Uncharacterized protein {PDB ID=6iak, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=6iak.1.A}' 'template structure' . 2 'Uncharacterized protein {PDB ID=6iak, label_asym_id=B, auth_asym_id=B, SMTL ID=6iak.1.B}' 'template structure' . 3 . target . 4 'Target-template alignment by HHblits to 6iak, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 5 'Target-template alignment by HHblits to 6iak, label_asym_id=B' 'target-template alignment' . 6 'model 1' 'model coordinates' . 7 SMTL 'reference database' . 8 PDB 'reference database' . 9 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 3 2 1 7 3 1 8 4 2 9 5 3 3 6 3 1 7 3 2 8 3 4 9 3 5 10 4 1 11 4 2 12 4 4 13 4 5 14 5 6 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 7 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-14 8 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-08 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 3 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . B 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A 2 2 'reference database' polymer 1 2 B B 1 1 B # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MAGPEPLAALPDGDLLDFLLNDDAPAAGSPAGDGPLLGDWVLPELELLDKEMDSFISSLLSPSEDEPCLL QGCLPADSDSSTSEDQNPFHSSGSDVASSPQSSDIVQFDHNYSLHQDWPALESVRSDMAEGDVSIDLETW MCLEGTNETLQESCSFPVTVAVDAGPQLMPGAPMQSNFPELVLTEEERQLLEKDGVSLPTCLPLTKAEER LLKKVRRKIRNKQSAQDSRRRKKIYVDGLENRVAACTAQNHELQKKVQLLQKQNMSLLEQLRKLQALVRQ STTKTTTASTCIMVLVLSFCLILSPSLYSFGSRGPQPEFRVLSRQIREFPNKVWQAAPAVQEEVVLERLS PEPEDTSLGSLNQSREEGQSPPKPDPRSAFNGNSSSDPPAGSELGHPQPQEQQSRRDALHSEVLAPWKDE NQEWVERTTSVVIQQHRTDEM ; ;MAGPEPLAALPDGDLLDFLLNDDAPAAGSPAGDGPLLGDWVLPELELLDKEMDSFISSLLSPSEDEPCLL QGCLPADSDSSTSEDQNPFHSSGSDVASSPQSSDIVQFDHNYSLHQDWPALESVRSDMAEGDVSIDLETW MCLEGTNETLQESCSFPVTVAVDAGPQLMPGAPMQSNFPELVLTEEERQLLEKDGVSLPTCLPLTKAEER LLKKVRRKIRNKQSAQDSRRRKKIYVDGLENRVAACTAQNHELQKKVQLLQKQNMSLLEQLRKLQALVRQ STTKTTTASTCIMVLVLSFCLILSPSLYSFGSRGPQPEFRVLSRQIREFPNKVWQAAPAVQEEVVLERLS PEPEDTSLGSLNQSREEGQSPPKPDPRSAFNGNSSSDPPAGSELGHPQPQEQQSRRDALHSEVLAPWKDE NQEWVERTTSVVIQQHRTDEM ; 2 ;MAGPEPLAALPDGDLLDFLLNDDAPAAGSPAGDGPLLGDWVLPELELLDKEMDSFISSLLSPSEDEPCLL QGCLPADSDSSTSEDQNPFHSSGSDVASSPQSSDIVQFDHNYSLHQDWPALESVRSDMAEGDVSIDLETW MCLEGTNETLQESCSFPVTVAVDAGPQLMPGAPMQSNFPELVLTEEERQLLEKDGVSLPTCLPLTKAEER LLKKVRRKIRNKQSAQDSRRRKKIYVDGLENRVAACTAQNHELQKKVQLLQKQNMSLLEQLRKLQALVRQ STTKTTTASTCIMVLVLSFCLILSPSLYSFGSRGPQPEFRVLSRQIREFPNKVWQAAPAVQEEVVLERLS PEPEDTSLGSLNQSREEGQSPPKPDPRSAFNGNSSSDPPAGSELGHPQPQEQQSRRDALHSEVLAPWKDE NQEWVERTTSVVIQQHRTDEM ; ;MAGPEPLAALPDGDLLDFLLNDDAPAAGSPAGDGPLLGDWVLPELELLDKEMDSFISSLLSPSEDEPCLL QGCLPADSDSSTSEDQNPFHSSGSDVASSPQSSDIVQFDHNYSLHQDWPALESVRSDMAEGDVSIDLETW MCLEGTNETLQESCSFPVTVAVDAGPQLMPGAPMQSNFPELVLTEEERQLLEKDGVSLPTCLPLTKAEER LLKKVRRKIRNKQSAQDSRRRKKIYVDGLENRVAACTAQNHELQKKVQLLQKQNMSLLEQLRKLQALVRQ STTKTTTASTCIMVLVLSFCLILSPSLYSFGSRGPQPEFRVLSRQIREFPNKVWQAAPAVQEEVVLERLS PEPEDTSLGSLNQSREEGQSPPKPDPRSAFNGNSSSDPPAGSELGHPQPQEQQSRRDALHSEVLAPWKDE NQEWVERTTSVVIQQHRTDEM ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 205 332 2 2 205 332 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 6iak 2024-11-06 2 PDB . 6iak 2024-11-06 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 703 2 2 B 1 703 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 4 1 709 'target-template pairwise alignment' local 2 5 1 709 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 3.6e-18 29.508 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . 2 2 2 B 'HHblits e-value' . 3.6e-18 29.508 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MAELMLLSEIADPTRFFTDNLLSPEDWGLQNSTLYSGLDEVAEEQTQLFRCPEQDVPFDGSSLDVGMDVSPSEPPWELLPIFPDLQVKSEPSSPCSSSSLSSESSRLSTEPSSEALGVGEVLHVKTESLAPPLCLLGDDPTSSFETVQINVIPTSDDSSDVQTKIEPVSPCSSVNSEASLLSADSSSQAFIGEEVLEVKTESLSPSGCLLWDVPAPSLGAVQISMGPSLDGSSGKALPTRKPPLQPKPVVLTTVPMPSRAVPPSTTVLLQSLVQPPPVSPVVLIQGAIRVQPEGPAPSLPRPERKSIVPAPMPGNSCPPEVDAKLLKRQQRMIKNRESACQSRRKKKEYLQGLEARLQAVLADNQQLRRENAALRRRLEALLAENSELKLG------SGNRKVVCIMVFLLFIAFNFGPVSISEPPSAPISPRMNKGEPQPRRHLLGFSEQEPVQGVEPLQGSSQGPKEPQPSPTDQPSFSNLTAFPGGAKELLLRDLDQLFLSSDCRHFNRTESLRLADELSGWVQRHQRGRRKIPQRAQERQKSQPRKKSPPVKAVPIQPPGPPERDSVGQLQLYRHPDRSQPAFLDAIDRREDTFYVVSFRRDHLLLPAISHNKTSRPKMSLVMPAMAPNETLSGRGAPGDYEEMMQIECEVMDTRVIHIKTSTVPPSLRKQPSPTPGNATGGPLPVSAASQAHQASHQPLYLNHP 2 1 2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TKAEERLLKKVRRKIRNKQSAQDSRRRKKIYVDGLENRVAACTAQNHELQKKVQLLQKQNMSLLEQLRKLQALVRQSTTKTTTASTCIMVLVLSFCLILSPSLYSFGSRGPQ-----PEFRVLSRQIREFPNK------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ 3 2 1 MAELMLLSEIADPTRFFTDNLLSPEDWGLQNSTLYSGLDEVAEEQTQLFRCPEQDVPFDGSSLDVGMDVSPSEPPWELLPIFPDLQVKSEPSSPCSSSSLSSESSRLSTEPSSEALGVGEVLHVKTESLAPPLCLLGDDPTSSFETVQINVIPTSDDSSDVQTKIEPVSPCSSVNSEASLLSADSSSQAFIGEEVLEVKTESLSPSGCLLWDVPAPSLGAVQISMGPSLDGSSGKALPTRKPPLQPKPVVLTTVPMPSRAVPPSTTVLLQSLVQPPPVSPVVLIQGAIRVQPEGPAPSLPRPERKSIVPAPMPGNSCPPEVDAKLLKRQQRMIKNRESACQSRRKKKEYLQGLEARLQAVLADNQQLRRENAALRRRLEALLAENSELKLG------SGNRKVVCIMVFLLFIAFNFGPVSISEPPSAPISPRMNKGEPQPRRHLLGFSEQEPVQGVEPLQGSSQGPKEPQPSPTDQPSFSNLTAFPGGAKELLLRDLDQLFLSSDCRHFNRTESLRLADELSGWVQRHQRGRRKIPQRAQERQKSQPRKKSPPVKAVPIQPPGPPERDSVGQLQLYRHPDRSQPAFLDAIDRREDTFYVVSFRRDHLLLPAISHNKTSRPKMSLVMPAMAPNETLSGRGAPGDYEEMMQIECEVMDTRVIHIKTSTVPPSLRKQPSPTPGNATGGPLPVSAASQAHQASHQPLYLNHP 4 2 2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TKAEERLLKKVRRKIRNKQSAQDSRRRKKIYVDGLENRVAACTAQNHELQKKVQLLQKQNMSLLEQLRKLQALVRQSTTKTTTASTCIMVLVLSFCLILSPSLYSFGSRGPQ-----PEFRVLSRQIREFPNK------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.266}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 6iak.1, oligomeric state (homo-dimer) as predicted' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 1' . 6 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . LYS 324 324 ? A 137.388 239.425 16.694 1 1 A LYS 0.210 1 ATOM 2 C CA . LYS 324 324 ? A 137.147 238.565 17.914 1 1 A LYS 0.210 1 ATOM 3 C C . LYS 324 324 ? A 135.719 238.385 18.423 1 1 A LYS 0.210 1 ATOM 4 O O . LYS 324 324 ? A 135.505 237.588 19.329 1 1 A LYS 0.210 1 ATOM 5 C CB . LYS 324 324 ? A 138.063 238.979 19.098 1 1 A LYS 0.210 1 ATOM 6 C CG . LYS 324 324 ? A 139.568 238.814 18.832 1 1 A LYS 0.210 1 ATOM 7 C CD . LYS 324 324 ? A 140.425 239.247 20.039 1 1 A LYS 0.210 1 ATOM 8 C CE . LYS 324 324 ? A 141.937 239.122 19.791 1 1 A LYS 0.210 1 ATOM 9 N NZ . LYS 324 324 ? A 142.727 239.675 20.918 1 1 A LYS 0.210 1 ATOM 10 N N . LEU 325 325 ? A 134.710 239.049 17.825 1 1 A LEU 0.200 1 ATOM 11 C CA . LEU 325 325 ? A 133.315 239.034 18.237 1 1 A LEU 0.200 1 ATOM 12 C C . LEU 325 325 ? A 132.698 237.645 18.322 1 1 A LEU 0.200 1 ATOM 13 O O . LEU 325 325 ? A 132.153 237.231 19.343 1 1 A LEU 0.200 1 ATOM 14 C CB . LEU 325 325 ? A 132.595 239.838 17.133 1 1 A LEU 0.200 1 ATOM 15 C CG . LEU 325 325 ? A 131.075 239.963 17.275 1 1 A LEU 0.200 1 ATOM 16 C CD1 . LEU 325 325 ? A 130.715 240.737 18.546 1 1 A LEU 0.200 1 ATOM 17 C CD2 . LEU 325 325 ? A 130.465 240.616 16.025 1 1 A LEU 0.200 1 ATOM 18 N N . LEU 326 326 ? A 132.877 236.867 17.243 1 1 A LEU 0.350 1 ATOM 19 C CA . LEU 326 326 ? A 132.477 235.480 17.170 1 1 A LEU 0.350 1 ATOM 20 C C . LEU 326 326 ? A 133.661 234.557 17.285 1 1 A LEU 0.350 1 ATOM 21 O O . LEU 326 326 ? A 133.554 233.346 17.129 1 1 A LEU 0.350 1 ATOM 22 C CB . LEU 326 326 ? A 131.735 235.192 15.856 1 1 A LEU 0.350 1 ATOM 23 C CG . LEU 326 326 ? A 130.426 235.980 15.689 1 1 A LEU 0.350 1 ATOM 24 C CD1 . LEU 326 326 ? A 129.885 235.722 14.279 1 1 A LEU 0.350 1 ATOM 25 C CD2 . LEU 326 326 ? A 129.392 235.616 16.766 1 1 A LEU 0.350 1 ATOM 26 N N . LYS 327 327 ? A 134.856 235.070 17.625 1 1 A LYS 0.420 1 ATOM 27 C CA . LYS 327 327 ? A 135.954 234.183 17.955 1 1 A LYS 0.420 1 ATOM 28 C C . LYS 327 327 ? 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ARG 328 328 ? A 137.068 236.974 24.361 1 1 A ARG 0.390 1 ATOM 43 C CZ . ARG 328 328 ? A 137.221 238.055 25.135 1 1 A ARG 0.390 1 ATOM 44 N NH1 . ARG 328 328 ? A 136.167 238.718 25.600 1 1 A ARG 0.390 1 ATOM 45 N NH2 . ARG 328 328 ? A 138.437 238.462 25.486 1 1 A ARG 0.390 1 ATOM 46 N N . GLN 329 329 ? A 132.657 233.261 20.444 1 1 A GLN 0.450 1 ATOM 47 C CA . GLN 329 329 ? A 131.452 232.504 20.259 1 1 A GLN 0.450 1 ATOM 48 C C . GLN 329 329 ? A 131.685 231.221 19.477 1 1 A GLN 0.450 1 ATOM 49 O O . GLN 329 329 ? A 130.874 230.340 19.560 1 1 A GLN 0.450 1 ATOM 50 C CB . GLN 329 329 ? A 130.269 233.294 19.651 1 1 A GLN 0.450 1 ATOM 51 C CG . GLN 329 329 ? A 129.828 234.521 20.484 1 1 A GLN 0.450 1 ATOM 52 C CD . GLN 329 329 ? A 129.343 234.077 21.865 1 1 A GLN 0.450 1 ATOM 53 O OE1 . GLN 329 329 ? A 128.441 233.258 21.990 1 1 A GLN 0.450 1 ATOM 54 N NE2 . GLN 329 329 ? A 129.960 234.623 22.941 1 1 A GLN 0.450 1 ATOM 55 N N . GLN 330 330 ? 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ARG 331 331 ? A 138.125 230.286 18.947 1 1 A ARG 0.400 1 ATOM 70 C CD . ARG 331 331 ? A 138.912 229.143 18.307 1 1 A ARG 0.400 1 ATOM 71 N NE . ARG 331 331 ? A 139.601 229.650 17.065 1 1 A ARG 0.400 1 ATOM 72 C CZ . ARG 331 331 ? A 139.095 229.612 15.822 1 1 A ARG 0.400 1 ATOM 73 N NH1 . ARG 331 331 ? A 139.821 230.065 14.800 1 1 A ARG 0.400 1 ATOM 74 N NH2 . ARG 331 331 ? A 137.873 229.155 15.571 1 1 A ARG 0.400 1 ATOM 75 N N . MET 332 332 ? A 134.452 228.727 21.820 1 1 A MET 0.480 1 ATOM 76 C CA . MET 332 332 ? A 133.891 228.087 22.989 1 1 A MET 0.480 1 ATOM 77 C C . MET 332 332 ? A 132.861 227.009 22.629 1 1 A MET 0.480 1 ATOM 78 O O . MET 332 332 ? A 132.641 226.070 23.399 1 1 A MET 0.480 1 ATOM 79 C CB . MET 332 332 ? A 133.294 229.181 23.908 1 1 A MET 0.480 1 ATOM 80 C CG . MET 332 332 ? A 134.350 230.183 24.442 1 1 A MET 0.480 1 ATOM 81 S SD . MET 332 332 ? A 135.776 229.469 25.315 1 1 A MET 0.480 1 ATOM 82 C CE . MET 332 332 ? 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'normalized score' global . 3 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.662 2 1 3 0.067 3 1 4 0.266 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 324 LYS 1 0.210 2 1 A 325 LEU 1 0.200 3 1 A 326 LEU 1 0.350 4 1 A 327 LYS 1 0.420 5 1 A 328 ARG 1 0.390 6 1 A 329 GLN 1 0.450 7 1 A 330 GLN 1 0.450 8 1 A 331 ARG 1 0.400 9 1 A 332 MET 1 0.480 10 1 A 333 ILE 1 0.540 11 1 A 334 LYS 1 0.590 12 1 A 335 ASN 1 0.630 13 1 A 336 ARG 1 0.560 14 1 A 337 GLU 1 0.630 15 1 A 338 SER 1 0.690 16 1 A 339 ALA 1 0.730 17 1 A 340 CYS 1 0.710 18 1 A 341 GLN 1 0.680 19 1 A 342 SER 1 0.730 20 1 A 343 ARG 1 0.650 21 1 A 344 ARG 1 0.650 22 1 A 345 LYS 1 0.720 23 1 A 346 LYS 1 0.700 24 1 A 347 LYS 1 0.730 25 1 A 348 GLU 1 0.730 26 1 A 349 TYR 1 0.760 27 1 A 350 LEU 1 0.770 28 1 A 351 GLN 1 0.750 29 1 A 352 GLY 1 0.770 30 1 A 353 LEU 1 0.750 31 1 A 354 GLU 1 0.740 32 1 A 355 ALA 1 0.770 33 1 A 356 ARG 1 0.660 34 1 A 357 LEU 1 0.730 35 1 A 358 GLN 1 0.680 36 1 A 359 ALA 1 0.730 37 1 A 360 VAL 1 0.730 38 1 A 361 LEU 1 0.710 39 1 A 362 ALA 1 0.740 40 1 A 363 ASP 1 0.720 41 1 A 364 ASN 1 0.740 42 1 A 365 GLN 1 0.700 43 1 A 366 GLN 1 0.710 44 1 A 367 LEU 1 0.740 45 1 A 368 ARG 1 0.690 46 1 A 369 ARG 1 0.670 47 1 A 370 GLU 1 0.720 48 1 A 371 ASN 1 0.730 49 1 A 372 ALA 1 0.750 50 1 A 373 ALA 1 0.760 51 1 A 374 LEU 1 0.740 52 1 A 375 ARG 1 0.680 53 1 A 376 ARG 1 0.650 54 1 A 377 ARG 1 0.670 55 1 A 378 LEU 1 0.720 56 1 A 379 GLU 1 0.690 57 1 A 380 ALA 1 0.740 58 1 A 381 LEU 1 0.690 59 1 A 382 LEU 1 0.690 60 1 A 383 ALA 1 0.720 61 1 A 384 GLU 1 0.690 62 1 A 385 ASN 1 0.700 63 1 A 386 SER 1 0.690 64 1 A 387 GLU 1 0.650 65 1 A 388 LEU 1 0.570 66 1 A 389 LYS 1 0.540 67 1 A 390 LEU 1 0.400 68 1 A 391 GLY 1 0.290 69 1 B 331 ARG 1 0.310 70 1 B 332 MET 1 0.430 71 1 B 333 ILE 1 0.490 72 1 B 334 LYS 1 0.560 73 1 B 335 ASN 1 0.610 74 1 B 336 ARG 1 0.550 75 1 B 337 GLU 1 0.640 76 1 B 338 SER 1 0.690 77 1 B 339 ALA 1 0.730 78 1 B 340 CYS 1 0.720 79 1 B 341 GLN 1 0.690 80 1 B 342 SER 1 0.750 81 1 B 343 ARG 1 0.650 82 1 B 344 ARG 1 0.660 83 1 B 345 LYS 1 0.720 84 1 B 346 LYS 1 0.710 85 1 B 347 LYS 1 0.730 86 1 B 348 GLU 1 0.730 87 1 B 349 TYR 1 0.750 88 1 B 350 LEU 1 0.760 89 1 B 351 GLN 1 0.740 90 1 B 352 GLY 1 0.760 91 1 B 353 LEU 1 0.740 92 1 B 354 GLU 1 0.730 93 1 B 355 ALA 1 0.770 94 1 B 356 ARG 1 0.670 95 1 B 357 LEU 1 0.740 96 1 B 358 GLN 1 0.690 97 1 B 359 ALA 1 0.730 98 1 B 360 VAL 1 0.740 99 1 B 361 LEU 1 0.720 100 1 B 362 ALA 1 0.760 101 1 B 363 ASP 1 0.740 102 1 B 364 ASN 1 0.750 103 1 B 365 GLN 1 0.730 104 1 B 366 GLN 1 0.730 105 1 B 367 LEU 1 0.750 106 1 B 368 ARG 1 0.700 107 1 B 369 ARG 1 0.680 108 1 B 370 GLU 1 0.730 109 1 B 371 ASN 1 0.740 110 1 B 372 ALA 1 0.760 111 1 B 373 ALA 1 0.760 112 1 B 374 LEU 1 0.730 113 1 B 375 ARG 1 0.680 114 1 B 376 ARG 1 0.670 115 1 B 377 ARG 1 0.670 116 1 B 378 LEU 1 0.730 117 1 B 379 GLU 1 0.710 118 1 B 380 ALA 1 0.750 119 1 B 381 LEU 1 0.710 120 1 B 382 LEU 1 0.700 121 1 B 383 ALA 1 0.720 122 1 B 384 GLU 1 0.700 123 1 B 385 ASN 1 0.700 124 1 B 386 SER 1 0.690 125 1 B 387 GLU 1 0.640 126 1 B 388 LEU 1 0.590 127 1 B 389 LYS 1 0.590 128 1 B 390 LEU 1 0.490 129 1 B 391 GLY 1 0.380 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #