data_SMR-c16d32957ff78fc77f8a6d2445ed8f22_1 _entry.id SMR-c16d32957ff78fc77f8a6d2445ed8f22_1 _struct.entry_id SMR-c16d32957ff78fc77f8a6d2445ed8f22_1 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q5SVT3/ ETAA1_MOUSE, Ewing's tumor-associated antigen 1 homolog Estimated model accuracy of this model is 0.015, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q5SVT3' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 92814.970 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP ETAA1_MOUSE Q5SVT3 1 ;MLGVWIGETAIPCTPGVAKEKSRVKASCTKLKTKNREKELMKLAQQFDKNMEELDVIQEQDGKNHDFIQM TSKMGHLDNHKDSVQKPSGDVVPEITCTPVKKQMKGDSRISLAKAQDSSQKPFDQNVEAAFNAIFDGSTQ MCSGQLSQDLLDAFLNNSKTSLRKKNALLQEEIITTETLLTENLLNKTPISLSPQIDTTVILNSCVTPCP KTPAAPDTQLDELTANDFEDDWESLLGSEPFLMENAEMLEFVPSTTAQDTCQKAICTSVGENDTITSRTN MNLGGRLRDSKVTLDLPSKTRNGELRNAGEHRFSSHPGDESRKVPFTGNKVSFEKSVTSIVSKDEDYVAV SNLEKVKEDSRNKCILNKHSSNKSSSYTRYPSKQSSELGVNLPLQVPTTDPFDSVFLGKENIVCSTNQSH GSKLNSSFDDWNDPLLASEMVEACHRLEATWDAGEVDDDLFCQACDDIERLTQQENKGSEESESVSYTST RGSRSSSTASKQASQSAPSKHWNVVSSAVPLSLANKSQMSKPVTVQKRGRCGDGPNILDATNLSVCSKNS SDNKRGPVQVNSSKFVLGGSSNLNVNLGLMSTKIATNMKLSTQQLSHNSLADTAQNDNKILKLPKFTFKK KNPQLNQNHLVGSVPVGKISEDLGKRETVNSLLEANQQQSSINYSESLKPSSPDEEERNRKYSPEEIQRK RQEALVRRKAKALHTVQSAPISLP ; "Ewing's tumor-associated antigen 1 homolog" # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 724 1 724 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . ETAA1_MOUSE Q5SVT3 Q5SVT3-2 1 724 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2004-12-21 35596CAB31A1042A # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no E ;MLGVWIGETAIPCTPGVAKEKSRVKASCTKLKTKNREKELMKLAQQFDKNMEELDVIQEQDGKNHDFIQM TSKMGHLDNHKDSVQKPSGDVVPEITCTPVKKQMKGDSRISLAKAQDSSQKPFDQNVEAAFNAIFDGSTQ MCSGQLSQDLLDAFLNNSKTSLRKKNALLQEEIITTETLLTENLLNKTPISLSPQIDTTVILNSCVTPCP KTPAAPDTQLDELTANDFEDDWESLLGSEPFLMENAEMLEFVPSTTAQDTCQKAICTSVGENDTITSRTN MNLGGRLRDSKVTLDLPSKTRNGELRNAGEHRFSSHPGDESRKVPFTGNKVSFEKSVTSIVSKDEDYVAV SNLEKVKEDSRNKCILNKHSSNKSSSYTRYPSKQSSELGVNLPLQVPTTDPFDSVFLGKENIVCSTNQSH GSKLNSSFDDWNDPLLASEMVEACHRLEATWDAGEVDDDLFCQACDDIERLTQQENKGSEESESVSYTST RGSRSSSTASKQASQSAPSKHWNVVSSAVPLSLANKSQMSKPVTVQKRGRCGDGPNILDATNLSVCSKNS SDNKRGPVQVNSSKFVLGGSSNLNVNLGLMSTKIATNMKLSTQQLSHNSLADTAQNDNKILKLPKFTFKK KNPQLNQNHLVGSVPVGKISEDLGKRETVNSLLEANQQQSSINYSESLKPSSPDEEERNRKYSPEEIQRK RQEALVRRKAKALHTVQSAPISLP ; ;MLGVWIGETAIPCTPGVAKEKSRVKASCTKLKTKNREKELMKLAQQFDKNMEELDVIQEQDGKNHDFIQM TSKMGHLDNHKDSVQKPSGDVVPEITCTPVKKQMKGDSRISLAKAQDSSQKPFDQNVEAAFNAIFDGSTQ MCSGQLSQDLLDAFLNNSKTSLRKKNALLQEEIITTETLLTENLLNKTPISLSPQIDTTVILNSCVTPCP KTPAAPDTQLDELTANDFEDDWESLLGSEPFLMENAEMLEFVPSTTAQDTCQKAICTSVGENDTITSRTN MNLGGRLRDSKVTLDLPSKTRNGELRNAGEHRFSSHPGDESRKVPFTGNKVSFEKSVTSIVSKDEDYVAV SNLEKVKEDSRNKCILNKHSSNKSSSYTRYPSKQSSELGVNLPLQVPTTDPFDSVFLGKENIVCSTNQSH GSKLNSSFDDWNDPLLASEMVEACHRLEATWDAGEVDDDLFCQACDDIERLTQQENKGSEESESVSYTST RGSRSSSTASKQASQSAPSKHWNVVSSAVPLSLANKSQMSKPVTVQKRGRCGDGPNILDATNLSVCSKNS SDNKRGPVQVNSSKFVLGGSSNLNVNLGLMSTKIATNMKLSTQQLSHNSLADTAQNDNKILKLPKFTFKK KNPQLNQNHLVGSVPVGKISEDLGKRETVNSLLEANQQQSSINYSESLKPSSPDEEERNRKYSPEEIQRK RQEALVRRKAKALHTVQSAPISLP ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 LEU . 1 3 GLY . 1 4 VAL . 1 5 TRP . 1 6 ILE . 1 7 GLY . 1 8 GLU . 1 9 THR . 1 10 ALA . 1 11 ILE . 1 12 PRO . 1 13 CYS . 1 14 THR . 1 15 PRO . 1 16 GLY . 1 17 VAL . 1 18 ALA . 1 19 LYS . 1 20 GLU . 1 21 LYS . 1 22 SER . 1 23 ARG . 1 24 VAL . 1 25 LYS . 1 26 ALA . 1 27 SER . 1 28 CYS . 1 29 THR . 1 30 LYS . 1 31 LEU . 1 32 LYS . 1 33 THR . 1 34 LYS . 1 35 ASN . 1 36 ARG . 1 37 GLU . 1 38 LYS . 1 39 GLU . 1 40 LEU . 1 41 MET . 1 42 LYS . 1 43 LEU . 1 44 ALA . 1 45 GLN . 1 46 GLN . 1 47 PHE . 1 48 ASP . 1 49 LYS . 1 50 ASN . 1 51 MET . 1 52 GLU . 1 53 GLU . 1 54 LEU . 1 55 ASP . 1 56 VAL . 1 57 ILE . 1 58 GLN . 1 59 GLU . 1 60 GLN . 1 61 ASP . 1 62 GLY . 1 63 LYS . 1 64 ASN . 1 65 HIS . 1 66 ASP . 1 67 PHE . 1 68 ILE . 1 69 GLN . 1 70 MET . 1 71 THR . 1 72 SER . 1 73 LYS . 1 74 MET . 1 75 GLY . 1 76 HIS . 1 77 LEU . 1 78 ASP . 1 79 ASN . 1 80 HIS . 1 81 LYS . 1 82 ASP . 1 83 SER . 1 84 VAL . 1 85 GLN . 1 86 LYS . 1 87 PRO . 1 88 SER . 1 89 GLY . 1 90 ASP . 1 91 VAL . 1 92 VAL . 1 93 PRO . 1 94 GLU . 1 95 ILE . 1 96 THR . 1 97 CYS . 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THR . 1 182 GLU . 1 183 ASN . 1 184 LEU . 1 185 LEU . 1 186 ASN . 1 187 LYS . 1 188 THR . 1 189 PRO . 1 190 ILE . 1 191 SER . 1 192 LEU . 1 193 SER . 1 194 PRO . 1 195 GLN . 1 196 ILE . 1 197 ASP . 1 198 THR . 1 199 THR . 1 200 VAL . 1 201 ILE . 1 202 LEU . 1 203 ASN . 1 204 SER . 1 205 CYS . 1 206 VAL . 1 207 THR . 1 208 PRO . 1 209 CYS . 1 210 PRO . 1 211 LYS . 1 212 THR . 1 213 PRO . 1 214 ALA . 1 215 ALA . 1 216 PRO . 1 217 ASP . 1 218 THR . 1 219 GLN . 1 220 LEU . 1 221 ASP . 1 222 GLU . 1 223 LEU . 1 224 THR . 1 225 ALA . 1 226 ASN . 1 227 ASP . 1 228 PHE . 1 229 GLU . 1 230 ASP . 1 231 ASP . 1 232 TRP . 1 233 GLU . 1 234 SER . 1 235 LEU . 1 236 LEU . 1 237 GLY . 1 238 SER . 1 239 GLU . 1 240 PRO . 1 241 PHE . 1 242 LEU . 1 243 MET . 1 244 GLU . 1 245 ASN . 1 246 ALA . 1 247 GLU . 1 248 MET . 1 249 LEU . 1 250 GLU . 1 251 PHE . 1 252 VAL . 1 253 PRO . 1 254 SER . 1 255 THR . 1 256 THR . 1 257 ALA . 1 258 GLN . 1 259 ASP . 1 260 THR . 1 261 CYS . 1 262 GLN . 1 263 LYS . 1 264 ALA 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A 1 618 ASN 618 ? ? ? E . A 1 619 LYS 619 ? ? ? E . A 1 620 ILE 620 ? ? ? E . A 1 621 LEU 621 ? ? ? E . A 1 622 LYS 622 ? ? ? E . A 1 623 LEU 623 ? ? ? E . A 1 624 PRO 624 ? ? ? E . A 1 625 LYS 625 ? ? ? E . A 1 626 PHE 626 ? ? ? E . A 1 627 THR 627 ? ? ? E . A 1 628 PHE 628 ? ? ? E . A 1 629 LYS 629 ? ? ? E . A 1 630 LYS 630 ? ? ? E . A 1 631 LYS 631 ? ? ? E . A 1 632 ASN 632 ? ? ? E . A 1 633 PRO 633 ? ? ? E . A 1 634 GLN 634 ? ? ? E . A 1 635 LEU 635 ? ? ? E . A 1 636 ASN 636 ? ? ? E . A 1 637 GLN 637 ? ? ? E . A 1 638 ASN 638 ? ? ? E . A 1 639 HIS 639 ? ? ? E . A 1 640 LEU 640 ? ? ? E . A 1 641 VAL 641 ? ? ? E . A 1 642 GLY 642 ? ? ? E . A 1 643 SER 643 ? ? ? E . A 1 644 VAL 644 ? ? ? E . A 1 645 PRO 645 ? ? ? E . A 1 646 VAL 646 ? ? ? E . A 1 647 GLY 647 ? ? ? E . A 1 648 LYS 648 ? ? ? E . A 1 649 ILE 649 ? ? ? E . A 1 650 SER 650 ? ? ? E . A 1 651 GLU 651 ? ? ? E . A 1 652 ASP 652 ? ? ? E . A 1 653 LEU 653 ? ? ? E . A 1 654 GLY 654 ? ? ? E . A 1 655 LYS 655 ? ? ? E . A 1 656 ARG 656 ? ? ? E . A 1 657 GLU 657 ? ? ? E . A 1 658 THR 658 ? ? ? E . A 1 659 VAL 659 ? ? ? E . A 1 660 ASN 660 ? ? ? E . A 1 661 SER 661 ? ? ? E . A 1 662 LEU 662 ? ? ? E . A 1 663 LEU 663 ? ? ? E . A 1 664 GLU 664 ? ? ? E . A 1 665 ALA 665 ? ? ? E . A 1 666 ASN 666 ? ? ? E . A 1 667 GLN 667 ? ? ? E . A 1 668 GLN 668 ? ? ? E . A 1 669 GLN 669 ? ? ? E . A 1 670 SER 670 ? ? ? E . A 1 671 SER 671 ? ? ? E . A 1 672 ILE 672 ? ? ? E . A 1 673 ASN 673 ? ? ? E . A 1 674 TYR 674 ? ? ? E . A 1 675 SER 675 ? ? ? E . A 1 676 GLU 676 ? ? ? E . A 1 677 SER 677 ? ? ? E . A 1 678 LEU 678 ? ? ? E . A 1 679 LYS 679 ? ? ? E . A 1 680 PRO 680 ? ? ? E . A 1 681 SER 681 ? ? ? E . A 1 682 SER 682 ? ? ? E . A 1 683 PRO 683 ? ? ? E . A 1 684 ASP 684 ? ? ? E . A 1 685 GLU 685 ? ? ? E . A 1 686 GLU 686 ? ? ? E . A 1 687 GLU 687 ? ? ? E . A 1 688 ARG 688 ? ? ? E . A 1 689 ASN 689 ? ? ? E . A 1 690 ARG 690 ? ? ? E . A 1 691 LYS 691 691 LYS LYS E . A 1 692 TYR 692 692 TYR TYR E . A 1 693 SER 693 693 SER SER E . A 1 694 PRO 694 694 PRO PRO E . A 1 695 GLU 695 695 GLU GLU E . A 1 696 GLU 696 696 GLU GLU E . A 1 697 ILE 697 697 ILE ILE E . A 1 698 GLN 698 698 GLN GLN E . A 1 699 ARG 699 699 ARG ARG E . A 1 700 LYS 700 700 LYS LYS E . A 1 701 ARG 701 701 ARG ARG E . A 1 702 GLN 702 702 GLN GLN E . A 1 703 GLU 703 703 GLU GLU E . A 1 704 ALA 704 704 ALA ALA E . A 1 705 LEU 705 705 LEU LEU E . A 1 706 VAL 706 706 VAL VAL E . A 1 707 ARG 707 707 ARG ARG E . A 1 708 ARG 708 708 ARG ARG E . A 1 709 LYS 709 709 LYS LYS E . A 1 710 ALA 710 710 ALA ALA E . A 1 711 LYS 711 711 LYS LYS E . A 1 712 ALA 712 712 ALA ALA E . A 1 713 LEU 713 ? ? ? E . A 1 714 HIS 714 ? ? ? E . A 1 715 THR 715 ? ? ? E . A 1 716 VAL 716 ? ? ? E . A 1 717 GLN 717 ? ? ? E . A 1 718 SER 718 ? ? ? E . A 1 719 ALA 719 ? ? ? E . A 1 720 PRO 720 ? ? ? E . A 1 721 ILE 721 ? ? ? E . A 1 722 SER 722 ? ? ? E . A 1 723 LEU 723 ? ? ? E . A 1 724 PRO 724 ? ? ? E . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Stathmin {PDB ID=6ls4, label_asym_id=E, auth_asym_id=E, SMTL ID=6ls4.1.E}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 6ls4, label_asym_id=E' 'target-template alignment' . 4 'model 1' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-14 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-08 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A E 3 1 E # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;ADMEVIELNKCTSGQSFEVILKPPSFDGVPEFNASLPRRRDPSLEEIQKKLEAAEERRKYQEAELLKHLA EKREHEREVIQKAIEENNNFIKMAKEKLAQKMESNKENREAHLAAMLERLQEKDKHAEEVRKNKELKEEA SRLEHHHHHHHH ; ;ADMEVIELNKCTSGQSFEVILKPPSFDGVPEFNASLPRRRDPSLEEIQKKLEAAEERRKYQEAELLKHLA EKREHEREVIQKAIEENNNFIKMAKEKLAQKMESNKENREAHLAAMLERLQEKDKHAEEVRKNKELKEEA SRLEHHHHHHHH ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 38 62 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 6ls4 2023-11-29 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 724 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 724 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 14.000 48.000 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MLGVWIGETAIPCTPGVAKEKSRVKASCTKLKTKNREKELMKLAQQFDKNMEELDVIQEQDGKNHDFIQMTSKMGHLDNHKDSVQKPSGDVVPEITCTPVKKQMKGDSRISLAKAQDSSQKPFDQNVEAAFNAIFDGSTQMCSGQLSQDLLDAFLNNSKTSLRKKNALLQEEIITTETLLTENLLNKTPISLSPQIDTTVILNSCVTPCPKTPAAPDTQLDELTANDFEDDWESLLGSEPFLMENAEMLEFVPSTTAQDTCQKAICTSVGENDTITSRTNMNLGGRLRDSKVTLDLPSKTRNGELRNAGEHRFSSHPGDESRKVPFTGNKVSFEKSVTSIVSKDEDYVAVSNLEKVKEDSRNKCILNKHSSNKSSSYTRYPSKQSSELGVNLPLQVPTTDPFDSVFLGKENIVCSTNQSHGSKLNSSFDDWNDPLLASEMVEACHRLEATWDAGEVDDDLFCQACDDIERLTQQENKGSEESESVSYTSTRGSRSSSTASKQASQSAPSKHWNVVSSAVPLSLANKSQMSKPVTVQKRGRCGDGPNILDATNLSVCSKNSSDNKRGPVQVNSSKFVLGGSSNLNVNLGLMSTKIATNMKLSTQQLSHNSLADTAQNDNKILKLPKFTFKKKNPQLNQNHLVGSVPVGKISEDLGKRETVNSLLEANQQQSSINYSESLKPSSPDEEERNRKYSPEEIQRKRQEALVRRKAKALHTVQSAPISLP 2 1 2 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------RRRDPSLEEIQKKLEAAEERRKYQE------------ # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 6ls4.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 1' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . LYS 691 691 ? A -51.758 46.502 15.846 1 1 E LYS 0.340 1 ATOM 2 C CA . LYS 691 691 ? A -51.164 45.300 15.169 1 1 E LYS 0.340 1 ATOM 3 C C . LYS 691 691 ? A -49.663 45.438 15.043 1 1 E LYS 0.340 1 ATOM 4 O O . LYS 691 691 ? A -48.952 45.185 16.003 1 1 E LYS 0.340 1 ATOM 5 C CB . LYS 691 691 ? A -51.848 45.033 13.793 1 1 E LYS 0.340 1 ATOM 6 C CG . LYS 691 691 ? A -53.318 44.568 13.880 1 1 E LYS 0.340 1 ATOM 7 C CD . LYS 691 691 ? A -53.953 44.296 12.495 1 1 E LYS 0.340 1 ATOM 8 C CE . LYS 691 691 ? A -55.421 43.831 12.569 1 1 E LYS 0.340 1 ATOM 9 N NZ . LYS 691 691 ? A -55.996 43.640 11.213 1 1 E LYS 0.340 1 ATOM 10 N N . TYR 692 692 ? A -49.152 45.880 13.880 1 1 E TYR 0.430 1 ATOM 11 C CA . TYR 692 692 ? A -47.740 46.135 13.667 1 1 E TYR 0.430 1 ATOM 12 C C . TYR 692 692 ? A -47.283 47.369 14.467 1 1 E TYR 0.430 1 ATOM 13 O O . TYR 692 692 ? A -47.784 48.467 14.235 1 1 E TYR 0.430 1 ATOM 14 C CB . TYR 692 692 ? A -47.564 46.314 12.133 1 1 E TYR 0.430 1 ATOM 15 C CG . TYR 692 692 ? A -46.134 46.444 11.715 1 1 E TYR 0.430 1 ATOM 16 C CD1 . TYR 692 692 ? A -45.650 47.673 11.249 1 1 E TYR 0.430 1 ATOM 17 C CD2 . TYR 692 692 ? A -45.275 45.336 11.746 1 1 E TYR 0.430 1 ATOM 18 C CE1 . TYR 692 692 ? A -44.323 47.795 10.821 1 1 E TYR 0.430 1 ATOM 19 C CE2 . TYR 692 692 ? A -43.945 45.458 11.319 1 1 E TYR 0.430 1 ATOM 20 C CZ . TYR 692 692 ? A -43.469 46.691 10.858 1 1 E TYR 0.430 1 ATOM 21 O OH . TYR 692 692 ? A -42.142 46.832 10.411 1 1 E TYR 0.430 1 ATOM 22 N N . SER 693 693 ? A -46.366 47.220 15.455 1 1 E SER 0.650 1 ATOM 23 C CA . SER 693 693 ? A -45.837 48.336 16.243 1 1 E SER 0.650 1 ATOM 24 C C . SER 693 693 ? A -44.314 48.186 16.348 1 1 E SER 0.650 1 ATOM 25 O O . SER 693 693 ? A -43.859 47.132 16.797 1 1 E SER 0.650 1 ATOM 26 C CB . SER 693 693 ? A -46.458 48.396 17.676 1 1 E SER 0.650 1 ATOM 27 O OG . SER 693 693 ? A -45.801 49.336 18.545 1 1 E SER 0.650 1 ATOM 28 N N . PRO 694 694 ? A -43.480 49.164 15.960 1 1 E PRO 0.680 1 ATOM 29 C CA . PRO 694 694 ? 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'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #