data_SMR-cbc11300167c8440c8b9e00f6731a9d7_4 _entry.id SMR-cbc11300167c8440c8b9e00f6731a9d7_4 _struct.entry_id SMR-cbc11300167c8440c8b9e00f6731a9d7_4 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q9Y4W2/ LAS1L_HUMAN, Ribosomal biogenesis protein LAS1L Estimated model accuracy of this model is 0.28, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q9Y4W2' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 96359.752 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP LAS1L_HUMAN Q9Y4W2 1 ;MSWESGAGPGLGSQGMDLVWSAWYGKCVKGKGSLPLSAHGIVVAWLSRAEWDQVTVYLFCDDHKLQRYAL NRITVWRSRSGNELPLAVASTADLIRCKLLDVTGGLGTDELRLLYGMALVRFVNLISERKTKFAKVPLKC LAQEVNIPDWIVDLRHELTHKKMPHINDCRRGCYFVLDWLQKTYWCRQLENSLRETWELEEFREGIEEED QEEDKNIVVDDITEQKPEPQDDGKSTESDVKADGDSKGSEEVDSHCKKALSHKELYERARELLVSYEEEQ FTVLEKFRYLPKAIKAWNNPSPRVECVLAELKGVTCENREAVLDAFLDDGFLVPTFEQLAALQIEYEDGQ TEVQRGEGTDPKSHKNVDLNDVLVPKPFSQFWQPLLRGLHSQNFTQALLERMLSELPALGISGIRPTYIL RWTVELIVANTKTGRNARRFSAGQWEARRGWRLFNCSASLDWPRMVESCLGSPCWASPQLLRIIFKAMGQ GLPDEEQEKLLRICSIYTQSGENSLVQEGSEASPIGKSPYTLDSLYWSVKPASSSFGSEAKAQQQEEQGS VNDVKEEEKEEKEVLPDQVEEEEENDDQEEEEEDEDDEDDEEEDRMEVGPFSTGQESPTAENARLLAQKR GALQGSAWQVSSEDVRWDTFPLGRMPGQTEDPAELMLENYDTMYLLDQPVLEQRLEPSTCKTDTLGLSCG VGSGNCSNSSSSNFEGLLWSQGQLHGLKTGLQLF ; 'Ribosomal biogenesis protein LAS1L' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 734 1 734 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . LAS1L_HUMAN Q9Y4W2 . 1 734 9606 'Homo sapiens (Human)' 2005-08-30 A35CC38F95C39F7D # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no C ;MSWESGAGPGLGSQGMDLVWSAWYGKCVKGKGSLPLSAHGIVVAWLSRAEWDQVTVYLFCDDHKLQRYAL NRITVWRSRSGNELPLAVASTADLIRCKLLDVTGGLGTDELRLLYGMALVRFVNLISERKTKFAKVPLKC LAQEVNIPDWIVDLRHELTHKKMPHINDCRRGCYFVLDWLQKTYWCRQLENSLRETWELEEFREGIEEED QEEDKNIVVDDITEQKPEPQDDGKSTESDVKADGDSKGSEEVDSHCKKALSHKELYERARELLVSYEEEQ FTVLEKFRYLPKAIKAWNNPSPRVECVLAELKGVTCENREAVLDAFLDDGFLVPTFEQLAALQIEYEDGQ TEVQRGEGTDPKSHKNVDLNDVLVPKPFSQFWQPLLRGLHSQNFTQALLERMLSELPALGISGIRPTYIL RWTVELIVANTKTGRNARRFSAGQWEARRGWRLFNCSASLDWPRMVESCLGSPCWASPQLLRIIFKAMGQ GLPDEEQEKLLRICSIYTQSGENSLVQEGSEASPIGKSPYTLDSLYWSVKPASSSFGSEAKAQQQEEQGS VNDVKEEEKEEKEVLPDQVEEEEENDDQEEEEEDEDDEDDEEEDRMEVGPFSTGQESPTAENARLLAQKR GALQGSAWQVSSEDVRWDTFPLGRMPGQTEDPAELMLENYDTMYLLDQPVLEQRLEPSTCKTDTLGLSCG VGSGNCSNSSSSNFEGLLWSQGQLHGLKTGLQLF ; ;MSWESGAGPGLGSQGMDLVWSAWYGKCVKGKGSLPLSAHGIVVAWLSRAEWDQVTVYLFCDDHKLQRYAL NRITVWRSRSGNELPLAVASTADLIRCKLLDVTGGLGTDELRLLYGMALVRFVNLISERKTKFAKVPLKC LAQEVNIPDWIVDLRHELTHKKMPHINDCRRGCYFVLDWLQKTYWCRQLENSLRETWELEEFREGIEEED QEEDKNIVVDDITEQKPEPQDDGKSTESDVKADGDSKGSEEVDSHCKKALSHKELYERARELLVSYEEEQ FTVLEKFRYLPKAIKAWNNPSPRVECVLAELKGVTCENREAVLDAFLDDGFLVPTFEQLAALQIEYEDGQ TEVQRGEGTDPKSHKNVDLNDVLVPKPFSQFWQPLLRGLHSQNFTQALLERMLSELPALGISGIRPTYIL RWTVELIVANTKTGRNARRFSAGQWEARRGWRLFNCSASLDWPRMVESCLGSPCWASPQLLRIIFKAMGQ GLPDEEQEKLLRICSIYTQSGENSLVQEGSEASPIGKSPYTLDSLYWSVKPASSSFGSEAKAQQQEEQGS VNDVKEEEKEEKEVLPDQVEEEEENDDQEEEEEDEDDEDDEEEDRMEVGPFSTGQESPTAENARLLAQKR GALQGSAWQVSSEDVRWDTFPLGRMPGQTEDPAELMLENYDTMYLLDQPVLEQRLEPSTCKTDTLGLSCG VGSGNCSNSSSSNFEGLLWSQGQLHGLKTGLQLF ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 SER . 1 3 TRP . 1 4 GLU . 1 5 SER . 1 6 GLY . 1 7 ALA . 1 8 GLY . 1 9 PRO . 1 10 GLY . 1 11 LEU . 1 12 GLY . 1 13 SER . 1 14 GLN . 1 15 GLY . 1 16 MET . 1 17 ASP . 1 18 LEU . 1 19 VAL . 1 20 TRP . 1 21 SER . 1 22 ALA . 1 23 TRP . 1 24 TYR . 1 25 GLY . 1 26 LYS . 1 27 CYS . 1 28 VAL . 1 29 LYS . 1 30 GLY . 1 31 LYS . 1 32 GLY . 1 33 SER . 1 34 LEU . 1 35 PRO . 1 36 LEU . 1 37 SER . 1 38 ALA . 1 39 HIS . 1 40 GLY . 1 41 ILE . 1 42 VAL . 1 43 VAL . 1 44 ALA . 1 45 TRP . 1 46 LEU . 1 47 SER . 1 48 ARG . 1 49 ALA . 1 50 GLU . 1 51 TRP . 1 52 ASP . 1 53 GLN . 1 54 VAL . 1 55 THR . 1 56 VAL . 1 57 TYR . 1 58 LEU . 1 59 PHE . 1 60 CYS . 1 61 ASP . 1 62 ASP . 1 63 HIS . 1 64 LYS . 1 65 LEU . 1 66 GLN . 1 67 ARG . 1 68 TYR . 1 69 ALA . 1 70 LEU . 1 71 ASN . 1 72 ARG . 1 73 ILE . 1 74 THR . 1 75 VAL . 1 76 TRP . 1 77 ARG . 1 78 SER . 1 79 ARG . 1 80 SER . 1 81 GLY . 1 82 ASN . 1 83 GLU . 1 84 LEU . 1 85 PRO . 1 86 LEU . 1 87 ALA . 1 88 VAL . 1 89 ALA . 1 90 SER . 1 91 THR . 1 92 ALA . 1 93 ASP . 1 94 LEU . 1 95 ILE . 1 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. 1 180 LEU . 1 181 GLN . 1 182 LYS . 1 183 THR . 1 184 TYR . 1 185 TRP . 1 186 CYS . 1 187 ARG . 1 188 GLN . 1 189 LEU . 1 190 GLU . 1 191 ASN . 1 192 SER . 1 193 LEU . 1 194 ARG . 1 195 GLU . 1 196 THR . 1 197 TRP . 1 198 GLU . 1 199 LEU . 1 200 GLU . 1 201 GLU . 1 202 PHE . 1 203 ARG . 1 204 GLU . 1 205 GLY . 1 206 ILE . 1 207 GLU . 1 208 GLU . 1 209 GLU . 1 210 ASP . 1 211 GLN . 1 212 GLU . 1 213 GLU . 1 214 ASP . 1 215 LYS . 1 216 ASN . 1 217 ILE . 1 218 VAL . 1 219 VAL . 1 220 ASP . 1 221 ASP . 1 222 ILE . 1 223 THR . 1 224 GLU . 1 225 GLN . 1 226 LYS . 1 227 PRO . 1 228 GLU . 1 229 PRO . 1 230 GLN . 1 231 ASP . 1 232 ASP . 1 233 GLY . 1 234 LYS . 1 235 SER . 1 236 THR . 1 237 GLU . 1 238 SER . 1 239 ASP . 1 240 VAL . 1 241 LYS . 1 242 ALA . 1 243 ASP . 1 244 GLY . 1 245 ASP . 1 246 SER . 1 247 LYS . 1 248 GLY . 1 249 SER . 1 250 GLU . 1 251 GLU . 1 252 VAL . 1 253 ASP . 1 254 SER . 1 255 HIS . 1 256 CYS . 1 257 LYS . 1 258 LYS . 1 259 ALA . 1 260 LEU . 1 261 SER . 1 262 HIS . 1 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A 1 580 GLU 580 ? ? ? C . A 1 581 GLU 581 ? ? ? C . A 1 582 GLU 582 ? ? ? C . A 1 583 GLU 583 ? ? ? C . A 1 584 GLU 584 ? ? ? C . A 1 585 ASN 585 ? ? ? C . A 1 586 ASP 586 ? ? ? C . A 1 587 ASP 587 ? ? ? C . A 1 588 GLN 588 ? ? ? C . A 1 589 GLU 589 ? ? ? C . A 1 590 GLU 590 ? ? ? C . A 1 591 GLU 591 ? ? ? C . A 1 592 GLU 592 ? ? ? C . A 1 593 GLU 593 ? ? ? C . A 1 594 ASP 594 ? ? ? C . A 1 595 GLU 595 ? ? ? C . A 1 596 ASP 596 ? ? ? C . A 1 597 ASP 597 ? ? ? C . A 1 598 GLU 598 ? ? ? C . A 1 599 ASP 599 ? ? ? C . A 1 600 ASP 600 ? ? ? C . A 1 601 GLU 601 ? ? ? C . A 1 602 GLU 602 ? ? ? C . A 1 603 GLU 603 ? ? ? C . A 1 604 ASP 604 ? ? ? C . A 1 605 ARG 605 ? ? ? C . A 1 606 MET 606 ? ? ? C . A 1 607 GLU 607 ? ? ? C . A 1 608 VAL 608 ? ? ? C . A 1 609 GLY 609 ? ? ? C . A 1 610 PRO 610 ? ? ? C . A 1 611 PHE 611 ? ? ? C . A 1 612 SER 612 ? ? ? C . A 1 613 THR 613 ? ? ? C . A 1 614 GLY 614 ? ? ? C . A 1 615 GLN 615 ? ? ? C . A 1 616 GLU 616 ? ? ? C . A 1 617 SER 617 ? ? ? C . A 1 618 PRO 618 ? ? ? C . A 1 619 THR 619 ? ? ? C . A 1 620 ALA 620 ? ? ? C . A 1 621 GLU 621 ? ? ? C . A 1 622 ASN 622 ? ? ? C . A 1 623 ALA 623 ? ? ? C . A 1 624 ARG 624 ? ? ? C . A 1 625 LEU 625 ? ? ? C . A 1 626 LEU 626 ? ? ? C . A 1 627 ALA 627 ? ? ? C . A 1 628 GLN 628 ? ? ? C . A 1 629 LYS 629 ? ? ? C . A 1 630 ARG 630 ? ? ? C . A 1 631 GLY 631 ? ? ? C . A 1 632 ALA 632 ? ? ? C . A 1 633 LEU 633 ? ? ? C . A 1 634 GLN 634 ? ? ? C . A 1 635 GLY 635 ? ? ? C . A 1 636 SER 636 ? ? ? C . A 1 637 ALA 637 ? ? ? C . A 1 638 TRP 638 ? ? ? C . A 1 639 GLN 639 ? ? ? C . A 1 640 VAL 640 ? ? ? C . A 1 641 SER 641 ? ? ? C . A 1 642 SER 642 ? ? ? C . A 1 643 GLU 643 ? ? ? C . A 1 644 ASP 644 ? ? ? C . A 1 645 VAL 645 ? ? ? C . A 1 646 ARG 646 ? ? ? C . A 1 647 TRP 647 ? ? ? C . A 1 648 ASP 648 ? ? ? C . A 1 649 THR 649 ? ? ? C . A 1 650 PHE 650 ? ? ? C . A 1 651 PRO 651 ? ? ? C . A 1 652 LEU 652 ? ? ? C . A 1 653 GLY 653 ? ? ? C . A 1 654 ARG 654 ? ? ? C . A 1 655 MET 655 ? ? ? C . A 1 656 PRO 656 ? ? ? C . A 1 657 GLY 657 ? ? ? C . A 1 658 GLN 658 ? ? ? C . A 1 659 THR 659 ? ? ? C . A 1 660 GLU 660 ? ? ? C . A 1 661 ASP 661 ? ? ? C . A 1 662 PRO 662 ? ? ? C . A 1 663 ALA 663 ? ? ? C . A 1 664 GLU 664 ? ? ? C . A 1 665 LEU 665 ? ? ? C . A 1 666 MET 666 ? ? ? C . A 1 667 LEU 667 ? ? ? C . A 1 668 GLU 668 ? ? ? C . A 1 669 ASN 669 ? ? ? C . A 1 670 TYR 670 ? ? ? C . A 1 671 ASP 671 ? ? ? C . A 1 672 THR 672 ? ? ? C . A 1 673 MET 673 ? ? ? C . A 1 674 TYR 674 ? ? ? C . A 1 675 LEU 675 ? ? ? C . A 1 676 LEU 676 ? ? ? C . A 1 677 ASP 677 ? ? ? C . A 1 678 GLN 678 ? ? ? C . A 1 679 PRO 679 ? ? ? C . A 1 680 VAL 680 ? ? ? C . A 1 681 LEU 681 ? ? ? C . A 1 682 GLU 682 ? ? ? C . A 1 683 GLN 683 ? ? ? C . A 1 684 ARG 684 ? ? ? C . A 1 685 LEU 685 ? ? ? C . A 1 686 GLU 686 ? ? ? C . A 1 687 PRO 687 ? ? ? C . A 1 688 SER 688 ? ? ? C . A 1 689 THR 689 ? ? ? C . A 1 690 CYS 690 ? ? ? C . A 1 691 LYS 691 ? ? ? C . A 1 692 THR 692 ? ? ? C . A 1 693 ASP 693 ? ? ? C . A 1 694 THR 694 ? ? ? C . A 1 695 LEU 695 ? ? ? C . A 1 696 GLY 696 ? ? ? C . A 1 697 LEU 697 ? ? ? C . A 1 698 SER 698 ? ? ? C . A 1 699 CYS 699 ? ? ? C . A 1 700 GLY 700 ? ? ? C . A 1 701 VAL 701 ? ? ? C . A 1 702 GLY 702 ? ? ? C . A 1 703 SER 703 ? ? ? C . A 1 704 GLY 704 ? ? ? C . A 1 705 ASN 705 ? ? ? C . A 1 706 CYS 706 ? ? ? C . A 1 707 SER 707 ? ? ? C . A 1 708 ASN 708 ? ? ? C . A 1 709 SER 709 ? ? ? C . A 1 710 SER 710 ? ? ? C . A 1 711 SER 711 ? ? ? C . A 1 712 SER 712 ? ? ? C . A 1 713 ASN 713 ? ? ? C . A 1 714 PHE 714 ? ? ? C . A 1 715 GLU 715 ? ? ? C . A 1 716 GLY 716 716 GLY GLY C . A 1 717 LEU 717 717 LEU LEU C . A 1 718 LEU 718 718 LEU LEU C . A 1 719 TRP 719 719 TRP TRP C . A 1 720 SER 720 720 SER SER C . A 1 721 GLN 721 721 GLN GLN C . A 1 722 GLY 722 722 GLY GLY C . A 1 723 GLN 723 723 GLN GLN C . A 1 724 LEU 724 724 LEU LEU C . A 1 725 HIS 725 725 HIS HIS C . A 1 726 GLY 726 726 GLY GLY C . A 1 727 LEU 727 727 LEU LEU C . A 1 728 LYS 728 728 LYS LYS C . A 1 729 THR 729 729 THR THR C . A 1 730 GLY 730 730 GLY GLY C . A 1 731 LEU 731 731 LEU LEU C . A 1 732 GLN 732 732 GLN GLN C . A 1 733 LEU 733 733 LEU LEU C . A 1 734 PHE 734 734 PHE PHE C . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Ribosomal biogenesis protein LAS1L {PDB ID=8fl4, label_asym_id=C, auth_asym_id=BD, SMTL ID=8fl4.1.C}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 8fl4, label_asym_id=C' 'target-template alignment' . 4 'model 4' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-14 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-08 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A C 3 1 BD # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MSWESGAGPGLGSQGMDLVWSAWYGKCVKGKGSLPLSAHGIVVAWLSRAEWDQVTVYLFCDDHKLQRYAL NRITVWRSRSGNELPLAVASTADLIRCKLLDVTGGLGTDELRLLYGMALVRFVNLISERKTKFAKVPLKC LAQEVNIPDWIVDLRHELTHKKMPHINDCRRGCYFVLDWLQKTYWCRQLENSLRETWELEEFREGIEEED QEEDKNIVVDDITEQKPEPQDDGKSTESDVKADGDSKGSEEVDSHCKKALSHKELYERARELLVSYEEEQ FTVLEKFRYLPKAIKAWNNPSPRVECVLAELKGVTCENREAVLDAFLDDGFLVPTFEQLAALQIEYEDGQ TEVQRGEGTDPKSHKNVDLNDVLVPKPFSQFWQPLLRGLHSQNFTQALLERMLSELPALGISGIRPTYIL RWTVELIVANTKTGRNARRFSAGQWEARRGWRLFNCSASLDWPRMVESCLGSPCWASPQLLRIIFKAMGQ GLPDEEQEKLLRICSIYTQSGENSLVQEGSEASPIGKSPYTLDSLYWSVKPASSSFGSEAKAQQQEEQGS VNDVKEEEKEEKEVLPDQVEEEEENDDQEEEEEDEDDEDDEEEDRMEVGPFSTGQESPTAENARLLAQKR GALQGSAWQVSSEDVRWDTFPLGRMPGQTEDPAELMLENYDTMYLLDQPVLEQRLEPSTCKTDTLGLSCG VGSGNCSNSSSSNFEGLLWSQGQLHGLKTGLQLF ; ;MSWESGAGPGLGSQGMDLVWSAWYGKCVKGKGSLPLSAHGIVVAWLSRAEWDQVTVYLFCDDHKLQRYAL NRITVWRSRSGNELPLAVASTADLIRCKLLDVTGGLGTDELRLLYGMALVRFVNLISERKTKFAKVPLKC LAQEVNIPDWIVDLRHELTHKKMPHINDCRRGCYFVLDWLQKTYWCRQLENSLRETWELEEFREGIEEED QEEDKNIVVDDITEQKPEPQDDGKSTESDVKADGDSKGSEEVDSHCKKALSHKELYERARELLVSYEEEQ FTVLEKFRYLPKAIKAWNNPSPRVECVLAELKGVTCENREAVLDAFLDDGFLVPTFEQLAALQIEYEDGQ TEVQRGEGTDPKSHKNVDLNDVLVPKPFSQFWQPLLRGLHSQNFTQALLERMLSELPALGISGIRPTYIL RWTVELIVANTKTGRNARRFSAGQWEARRGWRLFNCSASLDWPRMVESCLGSPCWASPQLLRIIFKAMGQ GLPDEEQEKLLRICSIYTQSGENSLVQEGSEASPIGKSPYTLDSLYWSVKPASSSFGSEAKAQQQEEQGS VNDVKEEEKEEKEVLPDQVEEEEENDDQEEEEEDEDDEDDEEEDRMEVGPFSTGQESPTAENARLLAQKR GALQGSAWQVSSEDVRWDTFPLGRMPGQTEDPAELMLENYDTMYLLDQPVLEQRLEPSTCKTDTLGLSCG VGSGNCSNSSSSNFEGLLWSQGQLHGLKTGLQLF ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 1 734 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 8fl4 2023-07-19 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 734 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 734 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 6e-194 100.000 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MSWESGAGPGLGSQGMDLVWSAWYGKCVKGKGSLPLSAHGIVVAWLSRAEWDQVTVYLFCDDHKLQRYALNRITVWRSRSGNELPLAVASTADLIRCKLLDVTGGLGTDELRLLYGMALVRFVNLISERKTKFAKVPLKCLAQEVNIPDWIVDLRHELTHKKMPHINDCRRGCYFVLDWLQKTYWCRQLENSLRETWELEEFREGIEEEDQEEDKNIVVDDITEQKPEPQDDGKSTESDVKADGDSKGSEEVDSHCKKALSHKELYERARELLVSYEEEQFTVLEKFRYLPKAIKAWNNPSPRVECVLAELKGVTCENREAVLDAFLDDGFLVPTFEQLAALQIEYEDGQTEVQRGEGTDPKSHKNVDLNDVLVPKPFSQFWQPLLRGLHSQNFTQALLERMLSELPALGISGIRPTYILRWTVELIVANTKTGRNARRFSAGQWEARRGWRLFNCSASLDWPRMVESCLGSPCWASPQLLRIIFKAMGQGLPDEEQEKLLRICSIYTQSGENSLVQEGSEASPIGKSPYTLDSLYWSVKPASSSFGSEAKAQQQEEQGSVNDVKEEEKEEKEVLPDQVEEEEENDDQEEEEEDEDDEDDEEEDRMEVGPFSTGQESPTAENARLLAQKRGALQGSAWQVSSEDVRWDTFPLGRMPGQTEDPAELMLENYDTMYLLDQPVLEQRLEPSTCKTDTLGLSCGVGSGNCSNSSSSNFEGLLWSQGQLHGLKTGLQLF 2 1 2 MSWESGAGPGLGSQGMDLVWSAWYGKCVKGKGSLPLSAHGIVVAWLSRAEWDQVTVYLFCDDHKLQRYALNRITVWRSRSGNELPLAVASTADLIRCKLLDVTGGLGTDELRLLYGMALVRFVNLISERKTKFAKVPLKCLAQEVNIPDWIVDLRHELTHKKMPHINDCRRGCYFVLDWLQKTYWCRQLENSLRETWELEEFREGIEEEDQEEDKNIVVDDITEQKPEPQDDGKSTESDVKADGDSKGSEEVDSHCKKALSHKELYERARELLVSYEEEQFTVLEKFRYLPKAIKAWNNPSPRVECVLAELKGVTCENREAVLDAFLDDGFLVPTFEQLAALQIEYEDGQTEVQRGEGTDPKSHKNVDLNDVLVPKPFSQFWQPLLRGLHSQNFTQALLERMLSELPALGISGIRPTYILRWTVELIVANTKTGRNARRFSAGQWEARRGWRLFNCSASLDWPRMVESCLGSPCWASPQLLRIIFKAMGQGLPDEEQEKLLRICSIYTQSGENSLVQEGSEASPIGKSPYTLDSLYWSVKPASSSFGSEAKAQQQEEQGSVNDVKEEEKEEKEVLPDQVEEEEENDDQEEEEEDEDDEDDEEEDRMEVGPFSTGQESPTAENARLLAQKRGALQGSAWQVSSEDVRWDTFPLGRMPGQTEDPAELMLENYDTMYLLDQPVLEQRLEPSTCKTDTLGLSCGVGSGNCSNSSSSNFEGLLWSQGQLHGLKTGLQLF # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 8fl4.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 4' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . 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A 272.699 406.707 203.964 1 1 C LEU 0.280 1 ATOM 132 C C . LEU 733 733 ? A 271.620 405.630 203.962 1 1 C LEU 0.280 1 ATOM 133 O O . LEU 733 733 ? A 270.435 405.943 204.007 1 1 C LEU 0.280 1 ATOM 134 C CB . LEU 733 733 ? A 272.574 407.719 205.138 1 1 C LEU 0.280 1 ATOM 135 C CG . LEU 733 733 ? A 273.010 407.198 206.524 1 1 C LEU 0.280 1 ATOM 136 C CD1 . LEU 733 733 ? A 273.477 408.356 207.427 1 1 C LEU 0.280 1 ATOM 137 C CD2 . LEU 733 733 ? A 271.897 406.413 207.236 1 1 C LEU 0.280 1 ATOM 138 N N . PHE 734 734 ? A 272.043 404.358 203.806 1 1 C PHE 0.250 1 ATOM 139 C CA . PHE 734 734 ? A 271.181 403.185 203.802 1 1 C PHE 0.250 1 ATOM 140 C C . PHE 734 734 ? A 270.731 402.670 205.201 1 1 C PHE 0.250 1 ATOM 141 O O . PHE 734 734 ? A 271.316 403.060 206.235 1 1 C PHE 0.250 1 ATOM 142 C CB . PHE 734 734 ? A 271.905 401.977 203.133 1 1 C PHE 0.250 1 ATOM 143 C CG . PHE 734 734 ? A 272.185 402.121 201.659 1 1 C PHE 0.250 1 ATOM 144 C CD1 . PHE 734 734 ? 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.566 2 1 3 0.280 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 716 GLY 1 0.320 2 1 A 717 LEU 1 0.800 3 1 A 718 LEU 1 0.390 4 1 A 719 TRP 1 0.400 5 1 A 720 SER 1 0.570 6 1 A 721 GLN 1 0.610 7 1 A 722 GLY 1 0.690 8 1 A 723 GLN 1 0.650 9 1 A 724 LEU 1 0.620 10 1 A 725 HIS 1 0.630 11 1 A 726 GLY 1 0.720 12 1 A 727 LEU 1 0.650 13 1 A 728 LYS 1 0.690 14 1 A 729 THR 1 0.700 15 1 A 730 GLY 1 0.690 16 1 A 731 LEU 1 0.570 17 1 A 732 GLN 1 0.520 18 1 A 733 LEU 1 0.280 19 1 A 734 PHE 1 0.250 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #