data_SMR-d3b864e8ded35973d553fbd3dbaa680f_4 _entry.id SMR-d3b864e8ded35973d553fbd3dbaa680f_4 _struct.entry_id SMR-d3b864e8ded35973d553fbd3dbaa680f_4 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - P10242/ MYB_HUMAN, Transcriptional activator Myb Estimated model accuracy of this model is 0.014, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries P10242' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 98924.021 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP MYB_HUMAN P10242 1 ;MARRPRHSIYSSDEDDEDFEMCDHDYDGLLPKSGKRHLGKTRWTREEDEKLKKLVEQNGTDDWKVIANYL PNRTDVQCQHRWQKVLNPELIKGPWTKEEDQRVIELVQKYGPKRWSVIAKHLKGRIGKQCRERWHNHLNP EVKKTSWTEEEDRIIYQAHKRLGNRWAEIAKLLPGRTDNAIKNHWNSTMRRKVEQEGYLQESSKASQPAV ATSFQKNSHLMGFAQAPPTAQLPATGQPTVNNDYSYYHISEAQNVSSHVPYPVALHVNIVNVPQPAAAAI QRHYNDEDPEKEKRIKELELLLMSTENELKGQQTQNHTCSYPGWHSTTIADHTRPHGDSAPVSCLGEHHS TPSLPADPGSLPEESASPARCMIVHQGTILDNVKNLLEFAETLQFIDSDSSSWCDLSSFEFFEEADFSPS QHHTGKALQLQQREGNGTKPAGEPSPRVNKRMLSESSLDPPKVLPPARHSTIPLVILRKKRGQASPLATG DCSSFIFADVSSSTPKRSPVKSLPFSPSQFLNTSSNHENSDLEMPSLTSTPLIGHKLTVTTPFHRDQTVK TQKENTVFRTPAIKRSILESSPRTPTPFKHALAAQEIKYGPLKMLPQTPSHLVEDLQDVIKQESDESGIV AEFQENGPPLLKKIKQEVESPTDKSGNFFCSHHWEGDSLNTQLFTQTSPVADAPNILTSSVLMAPASEDE DNVLKAFTVPKNRSLASPLQPCSSTWEPASCGKMEEQMTSSSQARKYVNAFSARTLVM ; 'Transcriptional activator Myb' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 758 1 758 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . MYB_HUMAN P10242 P10242-2 1 758 9606 'Homo sapiens (Human)' 1997-11-01 0F2142F19B9D4E48 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no D ;MARRPRHSIYSSDEDDEDFEMCDHDYDGLLPKSGKRHLGKTRWTREEDEKLKKLVEQNGTDDWKVIANYL PNRTDVQCQHRWQKVLNPELIKGPWTKEEDQRVIELVQKYGPKRWSVIAKHLKGRIGKQCRERWHNHLNP EVKKTSWTEEEDRIIYQAHKRLGNRWAEIAKLLPGRTDNAIKNHWNSTMRRKVEQEGYLQESSKASQPAV ATSFQKNSHLMGFAQAPPTAQLPATGQPTVNNDYSYYHISEAQNVSSHVPYPVALHVNIVNVPQPAAAAI QRHYNDEDPEKEKRIKELELLLMSTENELKGQQTQNHTCSYPGWHSTTIADHTRPHGDSAPVSCLGEHHS TPSLPADPGSLPEESASPARCMIVHQGTILDNVKNLLEFAETLQFIDSDSSSWCDLSSFEFFEEADFSPS QHHTGKALQLQQREGNGTKPAGEPSPRVNKRMLSESSLDPPKVLPPARHSTIPLVILRKKRGQASPLATG DCSSFIFADVSSSTPKRSPVKSLPFSPSQFLNTSSNHENSDLEMPSLTSTPLIGHKLTVTTPFHRDQTVK TQKENTVFRTPAIKRSILESSPRTPTPFKHALAAQEIKYGPLKMLPQTPSHLVEDLQDVIKQESDESGIV AEFQENGPPLLKKIKQEVESPTDKSGNFFCSHHWEGDSLNTQLFTQTSPVADAPNILTSSVLMAPASEDE DNVLKAFTVPKNRSLASPLQPCSSTWEPASCGKMEEQMTSSSQARKYVNAFSARTLVM ; ;MARRPRHSIYSSDEDDEDFEMCDHDYDGLLPKSGKRHLGKTRWTREEDEKLKKLVEQNGTDDWKVIANYL PNRTDVQCQHRWQKVLNPELIKGPWTKEEDQRVIELVQKYGPKRWSVIAKHLKGRIGKQCRERWHNHLNP EVKKTSWTEEEDRIIYQAHKRLGNRWAEIAKLLPGRTDNAIKNHWNSTMRRKVEQEGYLQESSKASQPAV ATSFQKNSHLMGFAQAPPTAQLPATGQPTVNNDYSYYHISEAQNVSSHVPYPVALHVNIVNVPQPAAAAI QRHYNDEDPEKEKRIKELELLLMSTENELKGQQTQNHTCSYPGWHSTTIADHTRPHGDSAPVSCLGEHHS TPSLPADPGSLPEESASPARCMIVHQGTILDNVKNLLEFAETLQFIDSDSSSWCDLSSFEFFEEADFSPS QHHTGKALQLQQREGNGTKPAGEPSPRVNKRMLSESSLDPPKVLPPARHSTIPLVILRKKRGQASPLATG DCSSFIFADVSSSTPKRSPVKSLPFSPSQFLNTSSNHENSDLEMPSLTSTPLIGHKLTVTTPFHRDQTVK TQKENTVFRTPAIKRSILESSPRTPTPFKHALAAQEIKYGPLKMLPQTPSHLVEDLQDVIKQESDESGIV AEFQENGPPLLKKIKQEVESPTDKSGNFFCSHHWEGDSLNTQLFTQTSPVADAPNILTSSVLMAPASEDE DNVLKAFTVPKNRSLASPLQPCSSTWEPASCGKMEEQMTSSSQARKYVNAFSARTLVM ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 ALA . 1 3 ARG . 1 4 ARG . 1 5 PRO . 1 6 ARG . 1 7 HIS . 1 8 SER . 1 9 ILE . 1 10 TYR . 1 11 SER . 1 12 SER . 1 13 ASP . 1 14 GLU . 1 15 ASP . 1 16 ASP . 1 17 GLU . 1 18 ASP . 1 19 PHE . 1 20 GLU . 1 21 MET . 1 22 CYS . 1 23 ASP . 1 24 HIS . 1 25 ASP . 1 26 TYR . 1 27 ASP . 1 28 GLY . 1 29 LEU . 1 30 LEU . 1 31 PRO . 1 32 LYS . 1 33 SER . 1 34 GLY . 1 35 LYS . 1 36 ARG . 1 37 HIS . 1 38 LEU . 1 39 GLY . 1 40 LYS . 1 41 THR . 1 42 ARG . 1 43 TRP . 1 44 THR . 1 45 ARG . 1 46 GLU . 1 47 GLU . 1 48 ASP . 1 49 GLU . 1 50 LYS . 1 51 LEU . 1 52 LYS . 1 53 LYS . 1 54 LEU . 1 55 VAL . 1 56 GLU . 1 57 GLN . 1 58 ASN . 1 59 GLY . 1 60 THR . 1 61 ASP . 1 62 ASP . 1 63 TRP . 1 64 LYS . 1 65 VAL . 1 66 ILE . 1 67 ALA . 1 68 ASN . 1 69 TYR . 1 70 LEU . 1 71 PRO . 1 72 ASN . 1 73 ARG . 1 74 THR . 1 75 ASP . 1 76 VAL . 1 77 GLN . 1 78 CYS . 1 79 GLN . 1 80 HIS . 1 81 ARG . 1 82 TRP . 1 83 GLN . 1 84 LYS . 1 85 VAL . 1 86 LEU . 1 87 ASN . 1 88 PRO . 1 89 GLU . 1 90 LEU . 1 91 ILE . 1 92 LYS . 1 93 GLY . 1 94 PRO . 1 95 TRP . 1 96 THR . 1 97 LYS . 1 98 GLU . 1 99 GLU . 1 100 ASP . 1 101 GLN . 1 102 ARG . 1 103 VAL . 1 104 ILE . 1 105 GLU . 1 106 LEU . 1 107 VAL . 1 108 GLN . 1 109 LYS . 1 110 TYR . 1 111 GLY . 1 112 PRO . 1 113 LYS . 1 114 ARG . 1 115 TRP . 1 116 SER . 1 117 VAL . 1 118 ILE . 1 119 ALA . 1 120 LYS . 1 121 HIS . 1 122 LEU . 1 123 LYS . 1 124 GLY . 1 125 ARG . 1 126 ILE . 1 127 GLY . 1 128 LYS . 1 129 GLN . 1 130 CYS . 1 131 ARG . 1 132 GLU . 1 133 ARG . 1 134 TRP . 1 135 HIS . 1 136 ASN . 1 137 HIS . 1 138 LEU . 1 139 ASN . 1 140 PRO . 1 141 GLU . 1 142 VAL . 1 143 LYS . 1 144 LYS . 1 145 THR . 1 146 SER . 1 147 TRP . 1 148 THR . 1 149 GLU . 1 150 GLU . 1 151 GLU . 1 152 ASP . 1 153 ARG . 1 154 ILE . 1 155 ILE . 1 156 TYR . 1 157 GLN . 1 158 ALA . 1 159 HIS . 1 160 LYS . 1 161 ARG . 1 162 LEU . 1 163 GLY . 1 164 ASN . 1 165 ARG . 1 166 TRP . 1 167 ALA . 1 168 GLU . 1 169 ILE . 1 170 ALA . 1 171 LYS . 1 172 LEU . 1 173 LEU . 1 174 PRO . 1 175 GLY . 1 176 ARG . 1 177 THR . 1 178 ASP . 1 179 ASN . 1 180 ALA . 1 181 ILE . 1 182 LYS . 1 183 ASN . 1 184 HIS . 1 185 TRP . 1 186 ASN . 1 187 SER . 1 188 THR . 1 189 MET . 1 190 ARG . 1 191 ARG . 1 192 LYS . 1 193 VAL . 1 194 GLU . 1 195 GLN . 1 196 GLU . 1 197 GLY . 1 198 TYR . 1 199 LEU . 1 200 GLN . 1 201 GLU . 1 202 SER . 1 203 SER . 1 204 LYS . 1 205 ALA . 1 206 SER . 1 207 GLN . 1 208 PRO . 1 209 ALA . 1 210 VAL . 1 211 ALA . 1 212 THR . 1 213 SER . 1 214 PHE . 1 215 GLN . 1 216 LYS . 1 217 ASN . 1 218 SER . 1 219 HIS . 1 220 LEU . 1 221 MET . 1 222 GLY . 1 223 PHE . 1 224 ALA . 1 225 GLN . 1 226 ALA . 1 227 PRO . 1 228 PRO . 1 229 THR . 1 230 ALA . 1 231 GLN . 1 232 LEU . 1 233 PRO . 1 234 ALA . 1 235 THR . 1 236 GLY . 1 237 GLN . 1 238 PRO . 1 239 THR . 1 240 VAL . 1 241 ASN . 1 242 ASN . 1 243 ASP . 1 244 TYR . 1 245 SER . 1 246 TYR . 1 247 TYR . 1 248 HIS . 1 249 ILE . 1 250 SER . 1 251 GLU . 1 252 ALA . 1 253 GLN . 1 254 ASN . 1 255 VAL . 1 256 SER . 1 257 SER 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A 1 575 ARG 575 ? ? ? D . A 1 576 SER 576 ? ? ? D . A 1 577 ILE 577 ? ? ? D . A 1 578 LEU 578 ? ? ? D . A 1 579 GLU 579 ? ? ? D . A 1 580 SER 580 ? ? ? D . A 1 581 SER 581 ? ? ? D . A 1 582 PRO 582 ? ? ? D . A 1 583 ARG 583 ? ? ? D . A 1 584 THR 584 ? ? ? D . A 1 585 PRO 585 ? ? ? D . A 1 586 THR 586 ? ? ? D . A 1 587 PRO 587 ? ? ? D . A 1 588 PHE 588 ? ? ? D . A 1 589 LYS 589 ? ? ? D . A 1 590 HIS 590 ? ? ? D . A 1 591 ALA 591 ? ? ? D . A 1 592 LEU 592 ? ? ? D . A 1 593 ALA 593 ? ? ? D . A 1 594 ALA 594 ? ? ? D . A 1 595 GLN 595 ? ? ? D . A 1 596 GLU 596 ? ? ? D . A 1 597 ILE 597 ? ? ? D . A 1 598 LYS 598 ? ? ? D . A 1 599 TYR 599 ? ? ? D . A 1 600 GLY 600 ? ? ? D . A 1 601 PRO 601 ? ? ? D . A 1 602 LEU 602 ? ? ? D . A 1 603 LYS 603 ? ? ? D . A 1 604 MET 604 ? ? ? D . A 1 605 LEU 605 ? ? ? D . A 1 606 PRO 606 ? ? ? D . A 1 607 GLN 607 ? ? ? D . A 1 608 THR 608 ? ? ? D . A 1 609 PRO 609 ? ? ? D . A 1 610 SER 610 ? ? ? D . A 1 611 HIS 611 ? ? ? D . A 1 612 LEU 612 ? ? ? D . A 1 613 VAL 613 ? ? ? D . A 1 614 GLU 614 ? ? ? D . A 1 615 ASP 615 ? ? ? D . A 1 616 LEU 616 ? ? ? D . A 1 617 GLN 617 ? ? ? D . A 1 618 ASP 618 ? ? ? D . A 1 619 VAL 619 ? ? ? D . A 1 620 ILE 620 ? ? ? D . A 1 621 LYS 621 ? ? ? D . A 1 622 GLN 622 ? ? ? D . A 1 623 GLU 623 ? ? ? D . A 1 624 SER 624 ? ? ? D . A 1 625 ASP 625 ? ? ? D . A 1 626 GLU 626 ? ? ? D . A 1 627 SER 627 ? ? ? D . A 1 628 GLY 628 ? ? ? D . A 1 629 ILE 629 ? ? ? D . A 1 630 VAL 630 ? ? ? D . A 1 631 ALA 631 ? ? ? D . A 1 632 GLU 632 ? ? ? D . A 1 633 PHE 633 ? ? ? D . A 1 634 GLN 634 ? ? ? D . A 1 635 GLU 635 ? ? ? D . A 1 636 ASN 636 ? ? ? D . A 1 637 GLY 637 ? ? ? D . A 1 638 PRO 638 ? ? ? D . A 1 639 PRO 639 ? ? ? D . A 1 640 LEU 640 ? ? ? D . A 1 641 LEU 641 ? ? ? D . A 1 642 LYS 642 ? ? ? D . A 1 643 LYS 643 ? ? ? D . A 1 644 ILE 644 ? ? ? D . A 1 645 LYS 645 ? ? ? D . A 1 646 GLN 646 ? ? ? D . A 1 647 GLU 647 ? ? ? D . A 1 648 VAL 648 ? ? ? D . A 1 649 GLU 649 ? ? ? D . A 1 650 SER 650 ? ? ? D . A 1 651 PRO 651 ? ? ? D . A 1 652 THR 652 ? ? ? D . A 1 653 ASP 653 ? ? ? D . A 1 654 LYS 654 ? ? ? D . A 1 655 SER 655 ? ? ? D . A 1 656 GLY 656 ? ? ? D . A 1 657 ASN 657 ? ? ? D . A 1 658 PHE 658 ? ? ? D . A 1 659 PHE 659 ? ? ? D . A 1 660 CYS 660 ? ? ? D . A 1 661 SER 661 ? ? ? D . A 1 662 HIS 662 ? ? ? D . A 1 663 HIS 663 ? ? ? D . A 1 664 TRP 664 ? ? ? D . A 1 665 GLU 665 ? ? ? D . A 1 666 GLY 666 ? ? ? D . A 1 667 ASP 667 ? ? ? D . A 1 668 SER 668 ? ? ? D . A 1 669 LEU 669 ? ? ? D . A 1 670 ASN 670 ? ? ? D . A 1 671 THR 671 ? ? ? D . A 1 672 GLN 672 ? ? ? D . A 1 673 LEU 673 ? ? ? D . A 1 674 PHE 674 ? ? ? D . A 1 675 THR 675 ? ? ? D . A 1 676 GLN 676 ? ? ? D . A 1 677 THR 677 ? ? ? D . A 1 678 SER 678 ? ? ? D . A 1 679 PRO 679 ? ? ? D . A 1 680 VAL 680 ? ? ? D . A 1 681 ALA 681 ? ? ? D . A 1 682 ASP 682 ? ? ? D . A 1 683 ALA 683 ? ? ? D . A 1 684 PRO 684 ? ? ? D . A 1 685 ASN 685 ? ? ? D . A 1 686 ILE 686 ? ? ? D . A 1 687 LEU 687 ? ? ? D . A 1 688 THR 688 ? ? ? D . A 1 689 SER 689 ? ? ? D . A 1 690 SER 690 ? ? ? D . A 1 691 VAL 691 ? ? ? D . A 1 692 LEU 692 ? ? ? D . A 1 693 MET 693 ? ? ? D . A 1 694 ALA 694 ? ? ? D . A 1 695 PRO 695 ? ? ? D . A 1 696 ALA 696 ? ? ? D . A 1 697 SER 697 ? ? ? D . A 1 698 GLU 698 ? ? ? D . A 1 699 ASP 699 ? ? ? D . A 1 700 GLU 700 ? ? ? D . A 1 701 ASP 701 ? ? ? D . A 1 702 ASN 702 ? ? ? D . A 1 703 VAL 703 ? ? ? D . A 1 704 LEU 704 ? ? ? D . A 1 705 LYS 705 ? ? ? D . A 1 706 ALA 706 ? ? ? D . A 1 707 PHE 707 ? ? ? D . A 1 708 THR 708 ? ? ? D . A 1 709 VAL 709 ? ? ? D . A 1 710 PRO 710 ? ? ? D . A 1 711 LYS 711 ? ? ? D . A 1 712 ASN 712 ? ? ? D . A 1 713 ARG 713 ? ? ? D . A 1 714 SER 714 ? ? ? D . A 1 715 LEU 715 ? ? ? D . A 1 716 ALA 716 ? ? ? D . A 1 717 SER 717 ? ? ? D . A 1 718 PRO 718 ? ? ? D . A 1 719 LEU 719 ? ? ? D . A 1 720 GLN 720 ? ? ? D . A 1 721 PRO 721 ? ? ? D . A 1 722 CYS 722 ? ? ? D . A 1 723 SER 723 ? ? ? D . A 1 724 SER 724 ? ? ? D . A 1 725 THR 725 ? ? ? D . A 1 726 TRP 726 ? ? ? D . A 1 727 GLU 727 ? ? ? D . A 1 728 PRO 728 ? ? ? D . A 1 729 ALA 729 ? ? ? D . A 1 730 SER 730 ? ? ? D . A 1 731 CYS 731 ? ? ? D . A 1 732 GLY 732 ? ? ? D . A 1 733 LYS 733 ? ? ? D . A 1 734 MET 734 ? ? ? D . A 1 735 GLU 735 ? ? ? D . A 1 736 GLU 736 ? ? ? D . A 1 737 GLN 737 ? ? ? D . A 1 738 MET 738 ? ? ? D . A 1 739 THR 739 ? ? ? D . A 1 740 SER 740 ? ? ? D . A 1 741 SER 741 ? ? ? D . A 1 742 SER 742 ? ? ? D . A 1 743 GLN 743 ? ? ? D . A 1 744 ALA 744 ? ? ? D . A 1 745 ARG 745 ? ? ? D . A 1 746 LYS 746 ? ? ? D . A 1 747 TYR 747 ? ? ? D . A 1 748 VAL 748 ? ? ? D . A 1 749 ASN 749 ? ? ? D . A 1 750 ALA 750 ? ? ? D . A 1 751 PHE 751 ? ? ? D . A 1 752 SER 752 ? ? ? D . A 1 753 ALA 753 ? ? ? D . A 1 754 ARG 754 ? ? ? D . A 1 755 THR 755 ? ? ? D . A 1 756 LEU 756 ? ? ? D . A 1 757 VAL 757 ? ? ? D . A 1 758 MET 758 ? ? ? D . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Transcriptional activator Myb {PDB ID=6dmx, label_asym_id=D, auth_asym_id=A, SMTL ID=6dmx.1.D}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 6dmx, label_asym_id=D' 'target-template alignment' . 4 'model 4' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-14 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-08 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A D 2 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 YNDEDPEKEKRIKELELLLMSTENELKGQQAL YNDEDPEKEKRIKELELLLMSTENELKGQQAL # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 1 31 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 6dmx 2023-10-11 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 758 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 758 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 2.8e-10 96.774 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MARRPRHSIYSSDEDDEDFEMCDHDYDGLLPKSGKRHLGKTRWTREEDEKLKKLVEQNGTDDWKVIANYLPNRTDVQCQHRWQKVLNPELIKGPWTKEEDQRVIELVQKYGPKRWSVIAKHLKGRIGKQCRERWHNHLNPEVKKTSWTEEEDRIIYQAHKRLGNRWAEIAKLLPGRTDNAIKNHWNSTMRRKVEQEGYLQESSKASQPAVATSFQKNSHLMGFAQAPPTAQLPATGQPTVNNDYSYYHISEAQNVSSHVPYPVALHVNIVNVPQPAAAAIQRHYNDEDPEKEKRIKELELLLMSTENELKGQQTQNHTCSYPGWHSTTIADHTRPHGDSAPVSCLGEHHSTPSLPADPGSLPEESASPARCMIVHQGTILDNVKNLLEFAETLQFIDSDSSSWCDLSSFEFFEEADFSPSQHHTGKALQLQQREGNGTKPAGEPSPRVNKRMLSESSLDPPKVLPPARHSTIPLVILRKKRGQASPLATGDCSSFIFADVSSSTPKRSPVKSLPFSPSQFLNTSSNHENSDLEMPSLTSTPLIGHKLTVTTPFHRDQTVKTQKENTVFRTPAIKRSILESSPRTPTPFKHALAAQEIKYGPLKMLPQTPSHLVEDLQDVIKQESDESGIVAEFQENGPPLLKKIKQEVESPTDKSGNFFCSHHWEGDSLNTQLFTQTSPVADAPNILTSSVLMAPASEDEDNVLKAFTVPKNRSLASPLQPCSSTWEPASCGKMEEQMTSSSQARKYVNAFSARTLVM 2 1 2 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------YNDEDPEKEKRIKELELLLMSTENELKGQQA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 6dmx.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 4' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . 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A 57.638 23.855 48.355 1 1 D GLU 0.490 1 ATOM 16 O OE1 . GLU 287 287 ? A 58.159 23.902 47.212 1 1 D GLU 0.490 1 ATOM 17 O OE2 . GLU 287 287 ? A 56.519 24.348 48.649 1 1 D GLU 0.490 1 ATOM 18 N N . ASP 288 288 ? A 59.366 19.499 52.017 1 1 D ASP 0.600 1 ATOM 19 C CA . ASP 288 288 ? A 58.577 18.790 53.004 1 1 D ASP 0.600 1 ATOM 20 C C . ASP 288 288 ? A 59.352 18.947 54.330 1 1 D ASP 0.600 1 ATOM 21 O O . ASP 288 288 ? A 60.529 18.575 54.310 1 1 D ASP 0.600 1 ATOM 22 C CB . ASP 288 288 ? A 58.444 17.292 52.597 1 1 D ASP 0.600 1 ATOM 23 C CG . ASP 288 288 ? A 57.669 16.464 53.615 1 1 D ASP 0.600 1 ATOM 24 O OD1 . ASP 288 288 ? A 57.098 17.053 54.566 1 1 D ASP 0.600 1 ATOM 25 O OD2 . ASP 288 288 ? A 57.710 15.215 53.474 1 1 D ASP 0.600 1 ATOM 26 N N . PRO 289 289 ? A 58.819 19.477 55.448 1 1 D PRO 0.680 1 ATOM 27 C CA . PRO 289 289 ? A 59.400 19.408 56.798 1 1 D PRO 0.680 1 ATOM 28 C C . PRO 289 289 ? A 59.621 18.009 57.331 1 1 D PRO 0.680 1 ATOM 29 O O . PRO 289 289 ? 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.580 2 1 3 0.014 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 286 ASP 1 0.480 2 1 A 287 GLU 1 0.490 3 1 A 288 ASP 1 0.600 4 1 A 289 PRO 1 0.680 5 1 A 290 GLU 1 0.700 6 1 A 291 LYS 1 0.690 7 1 A 292 GLU 1 0.690 8 1 A 293 LYS 1 0.690 9 1 A 294 ARG 1 0.610 10 1 A 295 ILE 1 0.650 11 1 A 296 LYS 1 0.630 12 1 A 297 GLU 1 0.610 13 1 A 298 LEU 1 0.610 14 1 A 299 GLU 1 0.620 15 1 A 300 LEU 1 0.630 16 1 A 301 LEU 1 0.600 17 1 A 302 LEU 1 0.570 18 1 A 303 MET 1 0.550 19 1 A 304 SER 1 0.580 20 1 A 305 THR 1 0.520 21 1 A 306 GLU 1 0.460 22 1 A 307 ASN 1 0.500 23 1 A 308 GLU 1 0.420 24 1 A 309 LEU 1 0.330 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #