data_SMR-d9fc3b432bc786e74c4c73132a670fe6_2 _entry.id SMR-d9fc3b432bc786e74c4c73132a670fe6_2 _struct.entry_id SMR-d9fc3b432bc786e74c4c73132a670fe6_2 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q9BXP5/ SRRT_HUMAN, Serrate RNA effector molecule homolog Estimated model accuracy of this model is 0.252, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q9BXP5' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 111479.468 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP SRRT_HUMAN Q9BXP5 1 ;MGDSDDEYDRRRRDKFRRERSDYDRSRERDERRRGDDWNDREWDRGRERRSRGEYRDYDRNRRERFSPPR HELSPPQKRMRRDWDEHSSDPYHSGYEMPYAGGGGGPTYGPPQPWGHPDVHIMQHHVLPIQARLGSIAEI DLGVPPPVMKTFKEFLLSLDDSVDETEAVKRYNDYKLDFRRQQMQDFFLAHKDEEWFDNLLLDIDKADAI VKMLDAAVIKMEGGTENDLRILEQEEEEEQAGKPGEPSKKEEGRAGAGLGDGERKTNDKDEKKEDGKQAE NDSSNDDKTKKSEGDGDKEEKKEDSEKEAKKSSKKRNRKHSGDDSFDEGSVSESESESESGQAEEEKEEA EALKEKEKPKEEEWEKPKDAAGLECKPRPLHKTCSLFMRNIAPNISRAEIISLCKRYPGFMRVALSEPQP ERRFFRRGWVTFDRSVNIKEICWNLQNIRLRECELSPGVNRDLTRRVRNINGITQHKQIVRNDIKLAAKL IHTLDDRTQLWASEPGTPPLPTSLPSQNPILKNITDYLIEEVSAEEEELLGSSGGAPPEEPPKEGNPAEI NVERDEKLIKVLDKLLLYLRIVHSLDYYNTCEYPNEDEMPNRCGIIHVRGPMPPNRISHGEVLEWQKTFE EKLTPLLSVRESLSEEEAQKMGRKDPEQEVEKFVTSNTQELGKDKWLCPLSGKKFKGPEFVRKHIFNKHA EKIEEVKKEVAFFNNFLTDAKRPALPEIKPAQPPGPAQILPPGLTPGLPYPHQTPQGLMPYGQPRPPILG YGAGAVRPAVPTGGPPYPHAPYGAGRGNYDAFRGQGGYPGKPRNRMVRGDPRAIVEYRDLDAPDDVDFF ; 'Serrate RNA effector molecule homolog' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 839 1 839 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . SRRT_HUMAN Q9BXP5 Q9BXP5-2 1 839 9606 'Homo sapiens (Human)' 2001-06-01 DD73F667E8ADFB67 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no C ;MGDSDDEYDRRRRDKFRRERSDYDRSRERDERRRGDDWNDREWDRGRERRSRGEYRDYDRNRRERFSPPR HELSPPQKRMRRDWDEHSSDPYHSGYEMPYAGGGGGPTYGPPQPWGHPDVHIMQHHVLPIQARLGSIAEI DLGVPPPVMKTFKEFLLSLDDSVDETEAVKRYNDYKLDFRRQQMQDFFLAHKDEEWFDNLLLDIDKADAI VKMLDAAVIKMEGGTENDLRILEQEEEEEQAGKPGEPSKKEEGRAGAGLGDGERKTNDKDEKKEDGKQAE NDSSNDDKTKKSEGDGDKEEKKEDSEKEAKKSSKKRNRKHSGDDSFDEGSVSESESESESGQAEEEKEEA EALKEKEKPKEEEWEKPKDAAGLECKPRPLHKTCSLFMRNIAPNISRAEIISLCKRYPGFMRVALSEPQP ERRFFRRGWVTFDRSVNIKEICWNLQNIRLRECELSPGVNRDLTRRVRNINGITQHKQIVRNDIKLAAKL IHTLDDRTQLWASEPGTPPLPTSLPSQNPILKNITDYLIEEVSAEEEELLGSSGGAPPEEPPKEGNPAEI NVERDEKLIKVLDKLLLYLRIVHSLDYYNTCEYPNEDEMPNRCGIIHVRGPMPPNRISHGEVLEWQKTFE EKLTPLLSVRESLSEEEAQKMGRKDPEQEVEKFVTSNTQELGKDKWLCPLSGKKFKGPEFVRKHIFNKHA EKIEEVKKEVAFFNNFLTDAKRPALPEIKPAQPPGPAQILPPGLTPGLPYPHQTPQGLMPYGQPRPPILG YGAGAVRPAVPTGGPPYPHAPYGAGRGNYDAFRGQGGYPGKPRNRMVRGDPRAIVEYRDLDAPDDVDFF ; ;MGDSDDEYDRRRRDKFRRERSDYDRSRERDERRRGDDWNDREWDRGRERRSRGEYRDYDRNRRERFSPPR HELSPPQKRMRRDWDEHSSDPYHSGYEMPYAGGGGGPTYGPPQPWGHPDVHIMQHHVLPIQARLGSIAEI DLGVPPPVMKTFKEFLLSLDDSVDETEAVKRYNDYKLDFRRQQMQDFFLAHKDEEWFDNLLLDIDKADAI VKMLDAAVIKMEGGTENDLRILEQEEEEEQAGKPGEPSKKEEGRAGAGLGDGERKTNDKDEKKEDGKQAE NDSSNDDKTKKSEGDGDKEEKKEDSEKEAKKSSKKRNRKHSGDDSFDEGSVSESESESESGQAEEEKEEA EALKEKEKPKEEEWEKPKDAAGLECKPRPLHKTCSLFMRNIAPNISRAEIISLCKRYPGFMRVALSEPQP ERRFFRRGWVTFDRSVNIKEICWNLQNIRLRECELSPGVNRDLTRRVRNINGITQHKQIVRNDIKLAAKL IHTLDDRTQLWASEPGTPPLPTSLPSQNPILKNITDYLIEEVSAEEEELLGSSGGAPPEEPPKEGNPAEI NVERDEKLIKVLDKLLLYLRIVHSLDYYNTCEYPNEDEMPNRCGIIHVRGPMPPNRISHGEVLEWQKTFE EKLTPLLSVRESLSEEEAQKMGRKDPEQEVEKFVTSNTQELGKDKWLCPLSGKKFKGPEFVRKHIFNKHA EKIEEVKKEVAFFNNFLTDAKRPALPEIKPAQPPGPAQILPPGLTPGLPYPHQTPQGLMPYGQPRPPILG YGAGAVRPAVPTGGPPYPHAPYGAGRGNYDAFRGQGGYPGKPRNRMVRGDPRAIVEYRDLDAPDDVDFF ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 GLY . 1 3 ASP . 1 4 SER . 1 5 ASP . 1 6 ASP . 1 7 GLU . 1 8 TYR . 1 9 ASP . 1 10 ARG . 1 11 ARG . 1 12 ARG . 1 13 ARG . 1 14 ASP . 1 15 LYS . 1 16 PHE . 1 17 ARG . 1 18 ARG . 1 19 GLU . 1 20 ARG . 1 21 SER . 1 22 ASP . 1 23 TYR . 1 24 ASP . 1 25 ARG . 1 26 SER . 1 27 ARG . 1 28 GLU . 1 29 ARG . 1 30 ASP . 1 31 GLU . 1 32 ARG . 1 33 ARG . 1 34 ARG . 1 35 GLY . 1 36 ASP . 1 37 ASP . 1 38 TRP . 1 39 ASN . 1 40 ASP . 1 41 ARG . 1 42 GLU . 1 43 TRP . 1 44 ASP . 1 45 ARG . 1 46 GLY . 1 47 ARG . 1 48 GLU . 1 49 ARG . 1 50 ARG . 1 51 SER . 1 52 ARG . 1 53 GLY . 1 54 GLU . 1 55 TYR . 1 56 ARG . 1 57 ASP . 1 58 TYR . 1 59 ASP . 1 60 ARG . 1 61 ASN . 1 62 ARG . 1 63 ARG . 1 64 GLU . 1 65 ARG . 1 66 PHE . 1 67 SER . 1 68 PRO . 1 69 PRO . 1 70 ARG . 1 71 HIS . 1 72 GLU . 1 73 LEU . 1 74 SER . 1 75 PRO . 1 76 PRO . 1 77 GLN . 1 78 LYS . 1 79 ARG . 1 80 MET . 1 81 ARG . 1 82 ARG . 1 83 ASP . 1 84 TRP . 1 85 ASP . 1 86 GLU . 1 87 HIS . 1 88 SER . 1 89 SER . 1 90 ASP . 1 91 PRO . 1 92 TYR . 1 93 HIS . 1 94 SER . 1 95 GLY . 1 96 TYR . 1 97 GLU . 1 98 MET . 1 99 PRO . 1 100 TYR . 1 101 ALA . 1 102 GLY . 1 103 GLY . 1 104 GLY . 1 105 GLY . 1 106 GLY . 1 107 PRO . 1 108 THR . 1 109 TYR . 1 110 GLY . 1 111 PRO . 1 112 PRO . 1 113 GLN . 1 114 PRO . 1 115 TRP . 1 116 GLY . 1 117 HIS . 1 118 PRO . 1 119 ASP . 1 120 VAL . 1 121 HIS . 1 122 ILE . 1 123 MET . 1 124 GLN . 1 125 HIS . 1 126 HIS . 1 127 VAL . 1 128 LEU . 1 129 PRO . 1 130 ILE . 1 131 GLN . 1 132 ALA . 1 133 ARG . 1 134 LEU . 1 135 GLY . 1 136 SER . 1 137 ILE . 1 138 ALA . 1 139 GLU . 1 140 ILE . 1 141 ASP . 1 142 LEU . 1 143 GLY . 1 144 VAL . 1 145 PRO . 1 146 PRO . 1 147 PRO . 1 148 VAL . 1 149 MET . 1 150 LYS . 1 151 THR . 1 152 PHE . 1 153 LYS . 1 154 GLU . 1 155 PHE . 1 156 LEU . 1 157 LEU . 1 158 SER . 1 159 LEU . 1 160 ASP . 1 161 ASP . 1 162 SER . 1 163 VAL . 1 164 ASP . 1 165 GLU . 1 166 THR . 1 167 GLU . 1 168 ALA . 1 169 VAL . 1 170 LYS . 1 171 ARG . 1 172 TYR . 1 173 ASN . 1 174 ASP . 1 175 TYR . 1 176 LYS . 1 177 LEU . 1 178 ASP . 1 179 PHE . 1 180 ARG . 1 181 ARG . 1 182 GLN . 1 183 GLN . 1 184 MET . 1 185 GLN . 1 186 ASP . 1 187 PHE . 1 188 PHE . 1 189 LEU . 1 190 ALA . 1 191 HIS . 1 192 LYS . 1 193 ASP . 1 194 GLU . 1 195 GLU . 1 196 TRP . 1 197 PHE . 1 198 ASP . 1 199 ASN . 1 200 LEU . 1 201 LEU . 1 202 LEU . 1 203 ASP . 1 204 ILE . 1 205 ASP . 1 206 LYS . 1 207 ALA . 1 208 ASP . 1 209 ALA . 1 210 ILE . 1 211 VAL . 1 212 LYS . 1 213 MET . 1 214 LEU . 1 215 ASP . 1 216 ALA . 1 217 ALA . 1 218 VAL . 1 219 ILE . 1 220 LYS . 1 221 MET . 1 222 GLU . 1 223 GLY . 1 224 GLY . 1 225 THR . 1 226 GLU . 1 227 ASN . 1 228 ASP . 1 229 LEU . 1 230 ARG . 1 231 ILE . 1 232 LEU . 1 233 GLU . 1 234 GLN . 1 235 GLU . 1 236 GLU . 1 237 GLU . 1 238 GLU . 1 239 GLU . 1 240 GLN . 1 241 ALA . 1 242 GLY . 1 243 LYS . 1 244 PRO . 1 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C . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Serrate RNA effector molecule homolog {PDB ID=8pmp, label_asym_id=C, auth_asym_id=D, SMTL ID=8pmp.1.C}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 8pmp, label_asym_id=C' 'target-template alignment' . 4 'model 2' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-14 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-08 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A C 3 1 D # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;VMKTFKEFLLSLDDSVDETEAVKRYNDYKLDFRRQQMQDFFLAHKDEEWFRSKYHPDEVGKRRQEARGAL QNRLRVFLSLMETGWFDNLLLDIDKADAIVKMLDAAVIKMEGGTENDLRILEQEEEEEQAGKPGEPSKKE EGRAGAGLGDGERKTNDKDEKKEDGKQAENDSSNDDKTKKSEGDGDKEEKKEDSEKEAKKSSKKRNRKHS GDDSFDEGSVSESESESESGQAEEEKEEAEEALKEKEKPKEEEWEKPKDAAGLECKPRPLHKTCSLFMRN IAPNISRAEIISLCKRYPGFMRVALSEPQPERRFFRRGWVTFDRSVNIKEICWNLQNIRLRECELSPGVN RDLTRRVRNINGITQHKQIVRNDIKLAAKLIHTLDDRTQLWASEPGTPPLPTSLPSQNPILKNITDYLIE EVSAEEEELLGSSGGAPPEEPPKEGNPAEINVERDEKLIKVLDKLLLYLRIVHSLDYYNTCEYPNEDEMP NRCGIIHVRGPMPPNRISHGEVLEWQKTFEEKLTPLLSVRESLSEEEAQKMGRKDPEQEVEKFVTSNTQE LGKDKWLCPLSGKKFKGPEFVRKHIFNKHAEKIEEVKKEVAFFNNFLTDAKRPALPEIKPAQPPGPAQIL PPGLTPGLPYPHQTPQGLMPYGQPRPPILGYGAGAVRPAVPTGGPPYPHAPYGAGRGNYDAFRGQGGYPG KPRNRMVRGDPRAIVEYRDLDAPDDVDFF ; ;VMKTFKEFLLSLDDSVDETEAVKRYNDYKLDFRRQQMQDFFLAHKDEEWFRSKYHPDEVGKRRQEARGAL QNRLRVFLSLMETGWFDNLLLDIDKADAIVKMLDAAVIKMEGGTENDLRILEQEEEEEQAGKPGEPSKKE EGRAGAGLGDGERKTNDKDEKKEDGKQAENDSSNDDKTKKSEGDGDKEEKKEDSEKEAKKSSKKRNRKHS GDDSFDEGSVSESESESESGQAEEEKEEAEEALKEKEKPKEEEWEKPKDAAGLECKPRPLHKTCSLFMRN IAPNISRAEIISLCKRYPGFMRVALSEPQPERRFFRRGWVTFDRSVNIKEICWNLQNIRLRECELSPGVN RDLTRRVRNINGITQHKQIVRNDIKLAAKLIHTLDDRTQLWASEPGTPPLPTSLPSQNPILKNITDYLIE EVSAEEEELLGSSGGAPPEEPPKEGNPAEINVERDEKLIKVLDKLLLYLRIVHSLDYYNTCEYPNEDEMP NRCGIIHVRGPMPPNRISHGEVLEWQKTFEEKLTPLLSVRESLSEEEAQKMGRKDPEQEVEKFVTSNTQE LGKDKWLCPLSGKKFKGPEFVRKHIFNKHAEKIEEVKKEVAFFNNFLTDAKRPALPEIKPAQPPGPAQIL PPGLTPGLPYPHQTPQGLMPYGQPRPPILGYGAGAVRPAVPTGGPPYPHAPYGAGRGNYDAFRGQGGYPG KPRNRMVRGDPRAIVEYRDLDAPDDVDFF ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 1 728 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 8pmp 2024-01-17 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 839 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 876 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 2e-155 99.855 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MGDSDDEYDRRRRDKFRRERSDYDRSRERDERRRGDDWNDREWDRGRERRSRGEYRDYDRNRRERFSPPRHELSPPQKRMRRDWDEHSSDPYHSGYEMPYAGGGGGPTYGPPQPWGHPDVHIMQHHVLPIQARLGSIAEIDLGVPPPVMKTFKEFLLSLDDSVDETEAVKRYNDYKLDFRRQQMQDFFLAHKDEEWFD------------------------------------NLLLDIDKADAIVKMLDAAVIKMEGGTENDLRILEQEEEEEQAGKPGEPSKKEEGRAGAGLGDGERKTNDKDEKKEDGKQAENDSSNDDKTKKSEGDGDKEEKKEDSEKEAKKSSKKRNRKHSGDDSFDEGSVSESESESESGQAEEEKEEA-EALKEKEKPKEEEWEKPKDAAGLECKPRPLHKTCSLFMRNIAPNISRAEIISLCKRYPGFMRVALSEPQPERRFFRRGWVTFDRSVNIKEICWNLQNIRLRECELSPGVNRDLTRRVRNINGITQHKQIVRNDIKLAAKLIHTLDDRTQLWASEPGTPPLPTSLPSQNPILKNITDYLIEEVSAEEEELLGSSGGAPPEEPPKEGNPAEINVERDEKLIKVLDKLLLYLRIVHSLDYYNTCEYPNEDEMPNRCGIIHVRGPMPPNRISHGEVLEWQKTFEEKLTPLLSVRESLSEEEAQKMGRKDPEQEVEKFVTSNTQELGKDKWLCPLSGKKFKGPEFVRKHIFNKHAEKIEEVKKEVAFFNNFLTDAKRPALPEIKPAQPPGPAQILPPGLTPGLPYPHQTPQGLMPYGQPRPPILGYGAGAVRPAVPTGGPPYPHAPYGAGRGNYDAFRGQGGYPGKPRNRMVRGDPRAIVEYRDLDAPDDVDFF 2 1 2 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------VMKTFKEFLLSLDDSVDETEAVKRYNDYKLDFRRQQMQDFFLAHKDEEWFRSKYHPDEVGKRRQEARGALQNRLRVFLSLMETGWFDNLLLDIDKADAIVKMLDAAVIKMEGGTENDLRILEQEEEEEQAGKPGEPSKKEEGRAGAGLGDGERKTNDKDEKKEDGKQAENDSSNDDKTKKSEGDGDKEEKKEDSEKEAKKSSKKRNRKHSGDDSFDEGSVSESESESESGQAEEEKEEAEEALKEKEKPKEEEWEKPKDAAGLECKPRPLHKTCSLFMRNIAPNISRAEIISLCKRYPGFMRVALSEPQPERRFFRRGWVTFDRSVNIKEICWNLQNIRLRECELSPGVNRDLTRRVRNINGITQHKQIVRNDIKLAAKLIHTLDDRTQLWASEPGTPPLPTSLPSQNPILKNITDYLIEEVSAEEEELLGSSGGAPPEEPPKEGNPAEINVERDEKLIKVLDKLLLYLRIVHSLDYYNTCEYPNEDEMPNRCGIIHVRGPMPPNRISHGEVLEWQKTFEEKLTPLLSVRESLSEEEAQKMGRKDPEQEVEKFVTSNTQELGKDKWLCPLSGKKFKGPEFVRKHIFNKHAEKIEEVKKEVAFFNNFLTDAKRPALPEIKPAQPPGPAQILPPGLTPGLPYPHQTPQGLMPYGQPRPPILGYGAGAVRPAVPTGGPPYPHAPYGAGRGNYDAFRGQGGYPGKPRNRMVRGDPRAIVEYRDLDAPDDVDF- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 8pmp.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 2' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . GLY 819 819 ? A 171.794 167.700 173.861 1 1 C GLY 0.320 1 ATOM 2 C CA . GLY 819 819 ? A 171.705 166.813 175.079 1 1 C GLY 0.320 1 ATOM 3 C C . GLY 819 819 ? A 170.322 166.222 175.122 1 1 C GLY 0.320 1 ATOM 4 O O . GLY 819 819 ? A 169.385 166.986 175.239 1 1 C GLY 0.320 1 ATOM 5 N N . ASP 820 820 ? A 170.156 164.890 174.955 1 1 C ASP 0.610 1 ATOM 6 C CA . ASP 820 820 ? A 168.857 164.229 174.885 1 1 C ASP 0.610 1 ATOM 7 C C . ASP 820 820 ? A 168.037 164.398 176.184 1 1 C ASP 0.610 1 ATOM 8 O O . ASP 820 820 ? A 168.532 163.975 177.231 1 1 C ASP 0.610 1 ATOM 9 C CB . ASP 820 820 ? A 169.116 162.728 174.569 1 1 C ASP 0.610 1 ATOM 10 C CG . ASP 820 820 ? A 168.124 162.161 173.564 1 1 C ASP 0.610 1 ATOM 11 O OD1 . ASP 820 820 ? A 166.907 162.448 173.693 1 1 C ASP 0.610 1 ATOM 12 O OD2 . ASP 820 820 ? A 168.546 161.427 172.638 1 1 C ASP 0.610 1 ATOM 13 N N . PRO 821 821 ? A 166.832 164.988 176.242 1 1 C PRO 0.610 1 ATOM 14 C CA . PRO 821 821 ? A 166.300 165.405 177.528 1 1 C PRO 0.610 1 ATOM 15 C C . PRO 821 821 ? A 165.261 164.399 177.940 1 1 C PRO 0.610 1 ATOM 16 O O . PRO 821 821 ? A 164.079 164.702 178.087 1 1 C PRO 0.610 1 ATOM 17 C CB . PRO 821 821 ? A 165.727 166.804 177.273 1 1 C PRO 0.610 1 ATOM 18 C CG . PRO 821 821 ? A 165.273 166.759 175.818 1 1 C PRO 0.610 1 ATOM 19 C CD . PRO 821 821 ? A 166.277 165.803 175.165 1 1 C PRO 0.610 1 ATOM 20 N N . ARG 822 822 ? A 165.728 163.168 178.166 1 1 C ARG 0.530 1 ATOM 21 C CA . ARG 822 822 ? A 164.879 162.050 178.457 1 1 C ARG 0.530 1 ATOM 22 C C . ARG 822 822 ? A 165.752 160.939 178.982 1 1 C ARG 0.530 1 ATOM 23 O O . ARG 822 822 ? A 166.717 160.516 178.351 1 1 C ARG 0.530 1 ATOM 24 C CB . ARG 822 822 ? A 164.040 161.602 177.230 1 1 C ARG 0.530 1 ATOM 25 C CG . ARG 822 822 ? A 164.821 161.378 175.923 1 1 C ARG 0.530 1 ATOM 26 C CD . ARG 822 822 ? A 163.904 161.126 174.728 1 1 C ARG 0.530 1 ATOM 27 N NE . ARG 822 822 ? A 164.803 160.810 173.587 1 1 C ARG 0.530 1 ATOM 28 C CZ . ARG 822 822 ? A 164.479 160.056 172.531 1 1 C ARG 0.530 1 ATOM 29 N NH1 . ARG 822 822 ? A 163.256 159.546 172.410 1 1 C ARG 0.530 1 ATOM 30 N NH2 . ARG 822 822 ? A 165.400 159.838 171.598 1 1 C ARG 0.530 1 ATOM 31 N N . ALA 823 823 ? A 165.482 160.477 180.217 1 1 C ALA 0.740 1 ATOM 32 C CA . ALA 823 823 ? A 166.186 159.352 180.793 1 1 C ALA 0.740 1 ATOM 33 C C . ALA 823 823 ? A 165.948 158.038 180.048 1 1 C ALA 0.740 1 ATOM 34 O O . ALA 823 823 ? A 164.870 157.790 179.512 1 1 C ALA 0.740 1 ATOM 35 C CB . ALA 823 823 ? A 165.845 159.222 182.289 1 1 C ALA 0.740 1 ATOM 36 N N . ILE 824 824 ? A 166.978 157.167 179.978 1 1 C ILE 0.370 1 ATOM 37 C CA . ILE 824 824 ? A 166.870 155.822 179.418 1 1 C ILE 0.370 1 ATOM 38 C C . ILE 824 824 ? A 165.886 154.954 180.216 1 1 C ILE 0.370 1 ATOM 39 O O . ILE 824 824 ? A 165.841 155.003 181.443 1 1 C ILE 0.370 1 ATOM 40 C CB . ILE 824 824 ? A 168.254 155.171 179.311 1 1 C ILE 0.370 1 ATOM 41 C CG1 . ILE 824 824 ? A 169.208 155.998 178.415 1 1 C ILE 0.370 1 ATOM 42 C CG2 . ILE 824 824 ? A 168.189 153.725 178.773 1 1 C ILE 0.370 1 ATOM 43 C CD1 . ILE 824 824 ? A 170.675 155.875 178.841 1 1 C ILE 0.370 1 ATOM 44 N N . VAL 825 825 ? A 165.032 154.167 179.521 1 1 C VAL 0.880 1 ATOM 45 C CA . VAL 825 825 ? A 164.092 153.226 180.129 1 1 C VAL 0.880 1 ATOM 46 C C . VAL 825 825 ? A 164.777 152.041 180.806 1 1 C VAL 0.880 1 ATOM 47 O O . VAL 825 825 ? A 165.734 151.468 180.289 1 1 C VAL 0.880 1 ATOM 48 C CB . VAL 825 825 ? A 163.039 152.764 179.117 1 1 C VAL 0.880 1 ATOM 49 C CG1 . VAL 825 825 ? A 162.111 151.651 179.647 1 1 C VAL 0.880 1 ATOM 50 C CG2 . VAL 825 825 ? A 162.170 153.976 178.741 1 1 C VAL 0.880 1 ATOM 51 N N . GLU 826 826 ? A 164.264 151.622 181.984 1 1 C GLU 0.530 1 ATOM 52 C CA . GLU 826 826 ? A 164.728 150.455 182.702 1 1 C GLU 0.530 1 ATOM 53 C C . GLU 826 826 ? A 163.680 149.357 182.521 1 1 C GLU 0.530 1 ATOM 54 O O . GLU 826 826 ? A 162.565 149.425 183.034 1 1 C GLU 0.530 1 ATOM 55 C CB . GLU 826 826 ? A 164.997 150.770 184.207 1 1 C GLU 0.530 1 ATOM 56 C CG . GLU 826 826 ? A 165.421 149.533 185.047 1 1 C GLU 0.530 1 ATOM 57 C CD . GLU 826 826 ? A 166.665 149.643 185.943 1 1 C GLU 0.530 1 ATOM 58 O OE1 . GLU 826 826 ? A 167.051 148.555 186.445 1 1 C GLU 0.530 1 ATOM 59 O OE2 . GLU 826 826 ? A 167.264 150.719 186.140 1 1 C GLU 0.530 1 ATOM 60 N N . TYR 827 827 ? A 164.028 148.296 181.758 1 1 C TYR 0.510 1 ATOM 61 C CA . TYR 827 827 ? A 163.166 147.171 181.411 1 1 C TYR 0.510 1 ATOM 62 C C . TYR 827 827 ? A 163.453 145.986 182.330 1 1 C TYR 0.510 1 ATOM 63 O O . TYR 827 827 ? A 163.373 144.831 181.920 1 1 C TYR 0.510 1 ATOM 64 C CB . TYR 827 827 ? A 163.386 146.675 179.951 1 1 C TYR 0.510 1 ATOM 65 C CG . TYR 827 827 ? A 163.193 147.754 178.930 1 1 C TYR 0.510 1 ATOM 66 C CD1 . TYR 827 827 ? A 164.264 148.586 178.574 1 1 C TYR 0.510 1 ATOM 67 C CD2 . TYR 827 827 ? A 161.955 147.928 178.291 1 1 C TYR 0.510 1 ATOM 68 C CE1 . TYR 827 827 ? A 164.100 149.582 177.606 1 1 C TYR 0.510 1 ATOM 69 C CE2 . TYR 827 827 ? A 161.796 148.904 177.296 1 1 C TYR 0.510 1 ATOM 70 C CZ . TYR 827 827 ? A 162.872 149.735 176.959 1 1 C TYR 0.510 1 ATOM 71 O OH . TYR 827 827 ? A 162.722 150.757 176.004 1 1 C TYR 0.510 1 ATOM 72 N N . ARG 828 828 ? A 163.851 146.244 183.591 1 1 C ARG 0.860 1 ATOM 73 C CA . ARG 828 828 ? A 164.466 145.264 184.482 1 1 C ARG 0.860 1 ATOM 74 C C . ARG 828 828 ? A 163.711 143.953 184.703 1 1 C ARG 0.860 1 ATOM 75 O O . ARG 828 828 ? A 164.260 142.880 184.471 1 1 C ARG 0.860 1 ATOM 76 C CB . ARG 828 828 ? A 164.756 145.933 185.854 1 1 C ARG 0.860 1 ATOM 77 C CG . ARG 828 828 ? A 165.218 144.957 186.960 1 1 C ARG 0.860 1 ATOM 78 C CD . ARG 828 828 ? A 165.899 145.552 188.191 1 1 C ARG 0.860 1 ATOM 79 N NE . ARG 828 828 ? 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A 148.785 134.159 168.441 1 1 C ASP 0.310 1 ATOM 145 O O . ASP 837 837 ? A 149.006 133.295 167.590 1 1 C ASP 0.310 1 ATOM 146 C CB . ASP 837 837 ? A 150.211 136.015 167.426 1 1 C ASP 0.310 1 ATOM 147 C CG . ASP 837 837 ? A 151.344 137.041 167.534 1 1 C ASP 0.310 1 ATOM 148 O OD1 . ASP 837 837 ? A 152.510 136.599 167.705 1 1 C ASP 0.310 1 ATOM 149 O OD2 . ASP 837 837 ? A 151.062 138.256 167.343 1 1 C ASP 0.310 1 ATOM 150 N N . PHE 838 838 ? A 147.662 134.166 169.186 1 1 C PHE 0.280 1 ATOM 151 C CA . PHE 838 838 ? A 146.521 133.267 169.057 1 1 C PHE 0.280 1 ATOM 152 C C . PHE 838 838 ? A 145.502 133.688 167.953 1 1 C PHE 0.280 1 ATOM 153 O O . PHE 838 838 ? A 145.600 134.819 167.411 1 1 C PHE 0.280 1 ATOM 154 C CB . PHE 838 838 ? A 145.674 133.222 170.371 1 1 C PHE 0.280 1 ATOM 155 C CG . PHE 838 838 ? A 146.444 132.932 171.636 1 1 C PHE 0.280 1 ATOM 156 C CD1 . PHE 838 838 ? A 147.157 133.956 172.283 1 1 C PHE 0.280 1 ATOM 157 C CD2 . PHE 838 838 ? 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.628 2 1 3 0.252 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 819 GLY 1 0.320 2 1 A 820 ASP 1 0.610 3 1 A 821 PRO 1 0.610 4 1 A 822 ARG 1 0.530 5 1 A 823 ALA 1 0.740 6 1 A 824 ILE 1 0.370 7 1 A 825 VAL 1 0.880 8 1 A 826 GLU 1 0.530 9 1 A 827 TYR 1 0.510 10 1 A 828 ARG 1 0.860 11 1 A 829 ASP 1 0.950 12 1 A 830 LEU 1 0.520 13 1 A 831 ASP 1 0.530 14 1 A 832 ALA 1 0.880 15 1 A 833 PRO 1 0.790 16 1 A 834 ASP 1 0.770 17 1 A 835 ASP 1 0.790 18 1 A 836 VAL 1 0.790 19 1 A 837 ASP 1 0.310 20 1 A 838 PHE 1 0.280 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #