data_SMR-e7e3db569433f9e4ac638f51d9186fd2_2 _entry.id SMR-e7e3db569433f9e4ac638f51d9186fd2_2 _struct.entry_id SMR-e7e3db569433f9e4ac638f51d9186fd2_2 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - A0A6P5PRP9/ A0A6P5PRP9_MUSCR, Arsenite-resistance protein 2 - Q99MR6/ SRRT_MOUSE, Serrate RNA effector molecule homolog Estimated model accuracy of this model is 0.253, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries A0A6P5PRP9, Q99MR6' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 115617.174 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP A0A6P5PRP9_MUSCR A0A6P5PRP9 1 ;MGDSDDEYDRRRRDKFRRERSDYDRSRERDERRRGDDWNDREWDRGRERRSRGEYRDYDRNRRERFSPPR HELSPPQKRMRRDWDEHSSDPYHSGYDMPYAGGGGGPTYGPPQPWGHPDVHIMQHHVLPIQARLGSIAEI DLGVPPPIMKSFKEFLLSLDDSVDETEAVKRYNDYKLDFRRQQMQDFFLAHKDEEWFRSKYHPDEVGKRR QEARGALQNRLKVFLSLMESGWFDNLLLDIDKADAIVKMLDAAVIKMEGGTENDLRILEQEEEEEQAGKT GEASKKEEARAGPALGEGERKANDKDEKKEDGKQAENDSSNDDKTKKSEGDGDKEEKKEEAEKEAKKSKK RNRKQSGDDSFDEGSVSESESESEGGQAEEEKEEAEEALKEKEKPKEEEKEKPKDAAGLECKPRPLHKTC SLFMRNIAPNISRAEIISLCKRYPGFMRVALSEPQPERRFFRRGWVTFDRSVNIKEICWNLQNIRLRECE LSPGVNRDLTRRVRNINGITQHKQIVRNDIKLAAKLIHTLDDRTQLWASEPGTPPVPTSLPSQNPILKNI TDYLIEEVSAEEEELLGSSGGPPPEEPPKEGNPAEINVERDEKLIKVLDKLLLYLRIVHSLDYYNTCEYP NEDEMPNRCGIIHVRGPMPPNRISHGEVLEWQKTFEEKLTPLLSVRESLSEEEAQKMGRKDPEQEVEKFV TSNTQELGKDKWLCPLSGKKFKGPEFVRKHIFNKHAEKIEEVKKEVAFFNNFLTDAKRPALPEIKPAQPP GPAQILPPGLTPGLPYPHQTPQGLMPYGQPRPPILGYGVPTGGPPYPHAPYGAGRGNYDAFRGQGGYPGK PRNRMVRGDPRAIVEYRDLDAPDDVDFF ; 'Arsenite-resistance protein 2' 2 1 UNP SRRT_MOUSE Q99MR6 1 ;MGDSDDEYDRRRRDKFRRERSDYDRSRERDERRRGDDWNDREWDRGRERRSRGEYRDYDRNRRERFSPPR HELSPPQKRMRRDWDEHSSDPYHSGYDMPYAGGGGGPTYGPPQPWGHPDVHIMQHHVLPIQARLGSIAEI DLGVPPPIMKSFKEFLLSLDDSVDETEAVKRYNDYKLDFRRQQMQDFFLAHKDEEWFRSKYHPDEVGKRR QEARGALQNRLKVFLSLMESGWFDNLLLDIDKADAIVKMLDAAVIKMEGGTENDLRILEQEEEEEQAGKT GEASKKEEARAGPALGEGERKANDKDEKKEDGKQAENDSSNDDKTKKSEGDGDKEEKKEEAEKEAKKSKK RNRKQSGDDSFDEGSVSESESESEGGQAEEEKEEAEEALKEKEKPKEEEKEKPKDAAGLECKPRPLHKTC SLFMRNIAPNISRAEIISLCKRYPGFMRVALSEPQPERRFFRRGWVTFDRSVNIKEICWNLQNIRLRECE LSPGVNRDLTRRVRNINGITQHKQIVRNDIKLAAKLIHTLDDRTQLWASEPGTPPVPTSLPSQNPILKNI TDYLIEEVSAEEEELLGSSGGPPPEEPPKEGNPAEINVERDEKLIKVLDKLLLYLRIVHSLDYYNTCEYP NEDEMPNRCGIIHVRGPMPPNRISHGEVLEWQKTFEEKLTPLLSVRESLSEEEAQKMGRKDPEQEVEKFV TSNTQELGKDKWLCPLSGKKFKGPEFVRKHIFNKHAEKIEEVKKEVAFFNNFLTDAKRPALPEIKPAQPP GPAQILPPGLTPGLPYPHQTPQGLMPYGQPRPPILGYGVPTGGPPYPHAPYGAGRGNYDAFRGQGGYPGK PRNRMVRGDPRAIVEYRDLDAPDDVDFF ; 'Serrate RNA effector molecule homolog' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 868 1 868 2 2 1 868 1 868 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . A0A6P5PRP9_MUSCR A0A6P5PRP9 . 1 868 10089 'Mus caroli (Ryukyu mouse) (Ricefield mouse)' 2020-12-02 7141CAF88A6802EE 1 UNP . SRRT_MOUSE Q99MR6 Q99MR6-2 1 868 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2001-06-01 7141CAF88A6802EE # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no C ;MGDSDDEYDRRRRDKFRRERSDYDRSRERDERRRGDDWNDREWDRGRERRSRGEYRDYDRNRRERFSPPR HELSPPQKRMRRDWDEHSSDPYHSGYDMPYAGGGGGPTYGPPQPWGHPDVHIMQHHVLPIQARLGSIAEI DLGVPPPIMKSFKEFLLSLDDSVDETEAVKRYNDYKLDFRRQQMQDFFLAHKDEEWFRSKYHPDEVGKRR QEARGALQNRLKVFLSLMESGWFDNLLLDIDKADAIVKMLDAAVIKMEGGTENDLRILEQEEEEEQAGKT GEASKKEEARAGPALGEGERKANDKDEKKEDGKQAENDSSNDDKTKKSEGDGDKEEKKEEAEKEAKKSKK RNRKQSGDDSFDEGSVSESESESEGGQAEEEKEEAEEALKEKEKPKEEEKEKPKDAAGLECKPRPLHKTC SLFMRNIAPNISRAEIISLCKRYPGFMRVALSEPQPERRFFRRGWVTFDRSVNIKEICWNLQNIRLRECE LSPGVNRDLTRRVRNINGITQHKQIVRNDIKLAAKLIHTLDDRTQLWASEPGTPPVPTSLPSQNPILKNI TDYLIEEVSAEEEELLGSSGGPPPEEPPKEGNPAEINVERDEKLIKVLDKLLLYLRIVHSLDYYNTCEYP NEDEMPNRCGIIHVRGPMPPNRISHGEVLEWQKTFEEKLTPLLSVRESLSEEEAQKMGRKDPEQEVEKFV TSNTQELGKDKWLCPLSGKKFKGPEFVRKHIFNKHAEKIEEVKKEVAFFNNFLTDAKRPALPEIKPAQPP GPAQILPPGLTPGLPYPHQTPQGLMPYGQPRPPILGYGVPTGGPPYPHAPYGAGRGNYDAFRGQGGYPGK PRNRMVRGDPRAIVEYRDLDAPDDVDFF ; ;MGDSDDEYDRRRRDKFRRERSDYDRSRERDERRRGDDWNDREWDRGRERRSRGEYRDYDRNRRERFSPPR HELSPPQKRMRRDWDEHSSDPYHSGYDMPYAGGGGGPTYGPPQPWGHPDVHIMQHHVLPIQARLGSIAEI DLGVPPPIMKSFKEFLLSLDDSVDETEAVKRYNDYKLDFRRQQMQDFFLAHKDEEWFRSKYHPDEVGKRR QEARGALQNRLKVFLSLMESGWFDNLLLDIDKADAIVKMLDAAVIKMEGGTENDLRILEQEEEEEQAGKT GEASKKEEARAGPALGEGERKANDKDEKKEDGKQAENDSSNDDKTKKSEGDGDKEEKKEEAEKEAKKSKK RNRKQSGDDSFDEGSVSESESESEGGQAEEEKEEAEEALKEKEKPKEEEKEKPKDAAGLECKPRPLHKTC SLFMRNIAPNISRAEIISLCKRYPGFMRVALSEPQPERRFFRRGWVTFDRSVNIKEICWNLQNIRLRECE LSPGVNRDLTRRVRNINGITQHKQIVRNDIKLAAKLIHTLDDRTQLWASEPGTPPVPTSLPSQNPILKNI TDYLIEEVSAEEEELLGSSGGPPPEEPPKEGNPAEINVERDEKLIKVLDKLLLYLRIVHSLDYYNTCEYP NEDEMPNRCGIIHVRGPMPPNRISHGEVLEWQKTFEEKLTPLLSVRESLSEEEAQKMGRKDPEQEVEKFV TSNTQELGKDKWLCPLSGKKFKGPEFVRKHIFNKHAEKIEEVKKEVAFFNNFLTDAKRPALPEIKPAQPP GPAQILPPGLTPGLPYPHQTPQGLMPYGQPRPPILGYGVPTGGPPYPHAPYGAGRGNYDAFRGQGGYPGK PRNRMVRGDPRAIVEYRDLDAPDDVDFF ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 GLY . 1 3 ASP . 1 4 SER . 1 5 ASP . 1 6 ASP . 1 7 GLU . 1 8 TYR . 1 9 ASP . 1 10 ARG . 1 11 ARG . 1 12 ARG . 1 13 ARG . 1 14 ASP . 1 15 LYS . 1 16 PHE . 1 17 ARG . 1 18 ARG . 1 19 GLU . 1 20 ARG . 1 21 SER . 1 22 ASP . 1 23 TYR . 1 24 ASP . 1 25 ARG . 1 26 SER . 1 27 ARG . 1 28 GLU . 1 29 ARG . 1 30 ASP . 1 31 GLU . 1 32 ARG . 1 33 ARG . 1 34 ARG . 1 35 GLY . 1 36 ASP . 1 37 ASP . 1 38 TRP . 1 39 ASN . 1 40 ASP . 1 41 ARG . 1 42 GLU . 1 43 TRP . 1 44 ASP . 1 45 ARG . 1 46 GLY . 1 47 ARG . 1 48 GLU . 1 49 ARG . 1 50 ARG . 1 51 SER . 1 52 ARG . 1 53 GLY . 1 54 GLU . 1 55 TYR . 1 56 ARG . 1 57 ASP . 1 58 TYR . 1 59 ASP . 1 60 ARG . 1 61 ASN . 1 62 ARG . 1 63 ARG . 1 64 GLU . 1 65 ARG . 1 66 PHE . 1 67 SER . 1 68 PRO . 1 69 PRO . 1 70 ARG . 1 71 HIS . 1 72 GLU . 1 73 LEU . 1 74 SER . 1 75 PRO . 1 76 PRO . 1 77 GLN . 1 78 LYS . 1 79 ARG . 1 80 MET . 1 81 ARG . 1 82 ARG . 1 83 ASP . 1 84 TRP . 1 85 ASP . 1 86 GLU . 1 87 HIS . 1 88 SER . 1 89 SER . 1 90 ASP . 1 91 PRO . 1 92 TYR . 1 93 HIS . 1 94 SER . 1 95 GLY . 1 96 TYR . 1 97 ASP . 1 98 MET . 1 99 PRO . 1 100 TYR . 1 101 ALA . 1 102 GLY . 1 103 GLY . 1 104 GLY . 1 105 GLY . 1 106 GLY . 1 107 PRO . 1 108 THR . 1 109 TYR . 1 110 GLY . 1 111 PRO . 1 112 PRO . 1 113 GLN . 1 114 PRO . 1 115 TRP . 1 116 GLY . 1 117 HIS . 1 118 PRO . 1 119 ASP . 1 120 VAL . 1 121 HIS . 1 122 ILE . 1 123 MET . 1 124 GLN . 1 125 HIS . 1 126 HIS . 1 127 VAL . 1 128 LEU . 1 129 PRO . 1 130 ILE . 1 131 GLN . 1 132 ALA . 1 133 ARG . 1 134 LEU . 1 135 GLY . 1 136 SER . 1 137 ILE . 1 138 ALA . 1 139 GLU . 1 140 ILE . 1 141 ASP . 1 142 LEU . 1 143 GLY . 1 144 VAL . 1 145 PRO . 1 146 PRO . 1 147 PRO . 1 148 ILE . 1 149 MET . 1 150 LYS . 1 151 SER . 1 152 PHE . 1 153 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A 1 808 GLY 808 ? ? ? C . A 1 809 VAL 809 ? ? ? C . A 1 810 PRO 810 ? ? ? C . A 1 811 THR 811 ? ? ? C . A 1 812 GLY 812 ? ? ? C . A 1 813 GLY 813 ? ? ? C . A 1 814 PRO 814 ? ? ? C . A 1 815 PRO 815 ? ? ? C . A 1 816 TYR 816 ? ? ? C . A 1 817 PRO 817 ? ? ? C . A 1 818 HIS 818 ? ? ? C . A 1 819 ALA 819 ? ? ? C . A 1 820 PRO 820 ? ? ? C . A 1 821 TYR 821 ? ? ? C . A 1 822 GLY 822 ? ? ? C . A 1 823 ALA 823 ? ? ? C . A 1 824 GLY 824 ? ? ? C . A 1 825 ARG 825 ? ? ? C . A 1 826 GLY 826 ? ? ? C . A 1 827 ASN 827 ? ? ? C . A 1 828 TYR 828 ? ? ? C . A 1 829 ASP 829 ? ? ? C . A 1 830 ALA 830 ? ? ? C . A 1 831 PHE 831 ? ? ? C . A 1 832 ARG 832 ? ? ? C . A 1 833 GLY 833 ? ? ? C . A 1 834 GLN 834 ? ? ? C . A 1 835 GLY 835 ? ? ? C . A 1 836 GLY 836 ? ? ? C . A 1 837 TYR 837 ? ? ? C . A 1 838 PRO 838 ? ? ? C . A 1 839 GLY 839 ? ? ? C . A 1 840 LYS 840 ? ? ? C . A 1 841 PRO 841 ? ? ? C . A 1 842 ARG 842 ? ? ? C . A 1 843 ASN 843 ? ? ? C . A 1 844 ARG 844 ? ? ? C . A 1 845 MET 845 ? ? ? C . A 1 846 VAL 846 ? ? ? C . A 1 847 ARG 847 ? ? ? C . A 1 848 GLY 848 848 GLY GLY C . A 1 849 ASP 849 849 ASP ASP C . A 1 850 PRO 850 850 PRO PRO C . A 1 851 ARG 851 851 ARG ARG C . A 1 852 ALA 852 852 ALA ALA C . A 1 853 ILE 853 853 ILE ILE C . A 1 854 VAL 854 854 VAL VAL C . A 1 855 GLU 855 855 GLU GLU C . A 1 856 TYR 856 856 TYR TYR C . A 1 857 ARG 857 857 ARG ARG C . A 1 858 ASP 858 858 ASP ASP C . A 1 859 LEU 859 859 LEU LEU C . A 1 860 ASP 860 860 ASP ASP C . A 1 861 ALA 861 861 ALA ALA C . A 1 862 PRO 862 862 PRO PRO C . A 1 863 ASP 863 863 ASP ASP C . A 1 864 ASP 864 864 ASP ASP C . A 1 865 VAL 865 865 VAL VAL C . A 1 866 ASP 866 866 ASP ASP C . A 1 867 PHE 867 867 PHE PHE C . A 1 868 PHE 868 ? ? ? C . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Serrate RNA effector molecule homolog {PDB ID=8pmp, label_asym_id=C, auth_asym_id=D, SMTL ID=8pmp.1.C}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 8pmp, label_asym_id=C' 'target-template alignment' . 4 'model 2' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-14 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-08 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A C 3 1 D # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;VMKTFKEFLLSLDDSVDETEAVKRYNDYKLDFRRQQMQDFFLAHKDEEWFRSKYHPDEVGKRRQEARGAL QNRLRVFLSLMETGWFDNLLLDIDKADAIVKMLDAAVIKMEGGTENDLRILEQEEEEEQAGKPGEPSKKE EGRAGAGLGDGERKTNDKDEKKEDGKQAENDSSNDDKTKKSEGDGDKEEKKEDSEKEAKKSSKKRNRKHS GDDSFDEGSVSESESESESGQAEEEKEEAEEALKEKEKPKEEEWEKPKDAAGLECKPRPLHKTCSLFMRN IAPNISRAEIISLCKRYPGFMRVALSEPQPERRFFRRGWVTFDRSVNIKEICWNLQNIRLRECELSPGVN RDLTRRVRNINGITQHKQIVRNDIKLAAKLIHTLDDRTQLWASEPGTPPLPTSLPSQNPILKNITDYLIE EVSAEEEELLGSSGGAPPEEPPKEGNPAEINVERDEKLIKVLDKLLLYLRIVHSLDYYNTCEYPNEDEMP NRCGIIHVRGPMPPNRISHGEVLEWQKTFEEKLTPLLSVRESLSEEEAQKMGRKDPEQEVEKFVTSNTQE LGKDKWLCPLSGKKFKGPEFVRKHIFNKHAEKIEEVKKEVAFFNNFLTDAKRPALPEIKPAQPPGPAQIL PPGLTPGLPYPHQTPQGLMPYGQPRPPILGYGAGAVRPAVPTGGPPYPHAPYGAGRGNYDAFRGQGGYPG KPRNRMVRGDPRAIVEYRDLDAPDDVDFF ; ;VMKTFKEFLLSLDDSVDETEAVKRYNDYKLDFRRQQMQDFFLAHKDEEWFRSKYHPDEVGKRRQEARGAL QNRLRVFLSLMETGWFDNLLLDIDKADAIVKMLDAAVIKMEGGTENDLRILEQEEEEEQAGKPGEPSKKE EGRAGAGLGDGERKTNDKDEKKEDGKQAENDSSNDDKTKKSEGDGDKEEKKEDSEKEAKKSSKKRNRKHS GDDSFDEGSVSESESESESGQAEEEKEEAEEALKEKEKPKEEEWEKPKDAAGLECKPRPLHKTCSLFMRN IAPNISRAEIISLCKRYPGFMRVALSEPQPERRFFRRGWVTFDRSVNIKEICWNLQNIRLRECELSPGVN RDLTRRVRNINGITQHKQIVRNDIKLAAKLIHTLDDRTQLWASEPGTPPLPTSLPSQNPILKNITDYLIE EVSAEEEELLGSSGGAPPEEPPKEGNPAEINVERDEKLIKVLDKLLLYLRIVHSLDYYNTCEYPNEDEMP NRCGIIHVRGPMPPNRISHGEVLEWQKTFEEKLTPLLSVRESLSEEEAQKMGRKDPEQEVEKFVTSNTQE LGKDKWLCPLSGKKFKGPEFVRKHIFNKHAEKIEEVKKEVAFFNNFLTDAKRPALPEIKPAQPPGPAQIL PPGLTPGLPYPHQTPQGLMPYGQPRPPILGYGAGAVRPAVPTGGPPYPHAPYGAGRGNYDAFRGQGGYPG KPRNRMVRGDPRAIVEYRDLDAPDDVDFF ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 1 728 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 8pmp 2024-01-17 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 868 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 876 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 1e-158 96.667 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MGDSDDEYDRRRRDKFRRERSDYDRSRERDERRRGDDWNDREWDRGRERRSRGEYRDYDRNRRERFSPPRHELSPPQKRMRRDWDEHSSDPYHSGYDMPYAGGGGGPTYGPPQPWGHPDVHIMQHHVLPIQARLGSIAEIDLGVPPPIMKSFKEFLLSLDDSVDETEAVKRYNDYKLDFRRQQMQDFFLAHKDEEWFRSKYHPDEVGKRRQEARGALQNRLKVFLSLMESGWFDNLLLDIDKADAIVKMLDAAVIKMEGGTENDLRILEQEEEEEQAGKTGEASKKEEARAGPALGEGERKANDKDEKKEDGKQAENDSSNDDKTKKSEGDGDKEEKKEEAEK-EAKKSKKRNRKQSGDDSFDEGSVSESESESEGGQAEEEKEEAEEALKEKEKPKEEEKEKPKDAAGLECKPRPLHKTCSLFMRNIAPNISRAEIISLCKRYPGFMRVALSEPQPERRFFRRGWVTFDRSVNIKEICWNLQNIRLRECELSPGVNRDLTRRVRNINGITQHKQIVRNDIKLAAKLIHTLDDRTQLWASEPGTPPVPTSLPSQNPILKNITDYLIEEVSAEEEELLGSSGGPPPEEPPKEGNPAEINVERDEKLIKVLDKLLLYLRIVHSLDYYNTCEYPNEDEMPNRCGIIHVRGPMPPNRISHGEVLEWQKTFEEKLTPLLSVRESLSEEEAQKMGRKDPEQEVEKFVTSNTQELGKDKWLCPLSGKKFKGPEFVRKHIFNKHAEKIEEVKKEVAFFNNFLTDAKRPALPEIKPAQPPGPAQILPPGLTPGLPYPHQTPQGLMPYGQPRPPILGYGVPT-------GGPPYPHAPYGAGRGNYDAFRGQGGYPGKPRNRMVRGDPRAIVEYRDLDAPDDVDFF 2 1 2 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------VMKTFKEFLLSLDDSVDETEAVKRYNDYKLDFRRQQMQDFFLAHKDEEWFRSKYHPDEVGKRRQEARGALQNRLRVFLSLMETGWFDNLLLDIDKADAIVKMLDAAVIKMEGGTENDLRILEQEEEEEQAGKPGEPSKKEEGRAGAGLGDGERKTNDKDEKKEDGKQAENDSSNDDKTKKSEGDGDKEEKKEDSEKEAKKSSKKRNRKHSGDDSFDEGSVSESESESESGQAEEEKEEAEEALKEKEKPKEEEWEKPKDAAGLECKPRPLHKTCSLFMRNIAPNISRAEIISLCKRYPGFMRVALSEPQPERRFFRRGWVTFDRSVNIKEICWNLQNIRLRECELSPGVNRDLTRRVRNINGITQHKQIVRNDIKLAAKLIHTLDDRTQLWASEPGTPPLPTSLPSQNPILKNITDYLIEEVSAEEEELLGSSGGAPPEEPPKEGNPAEINVERDEKLIKVLDKLLLYLRIVHSLDYYNTCEYPNEDEMPNRCGIIHVRGPMPPNRISHGEVLEWQKTFEEKLTPLLSVRESLSEEEAQKMGRKDPEQEVEKFVTSNTQELGKDKWLCPLSGKKFKGPEFVRKHIFNKHAEKIEEVKKEVAFFNNFLTDAKRPALPEIKPAQPPGPAQILPPGLTPGLPYPHQTPQGLMPYGQPRPPILGYGAGAVRPAVPTGGPPYPHAPYGAGRGNYDAFRGQGGYPGKPRNRMVRGDPRAIVEYRDLDAPDDVDF- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 8pmp.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 2' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . GLY 848 848 ? A 171.794 167.700 173.861 1 1 C GLY 0.400 1 ATOM 2 C CA . GLY 848 848 ? A 171.705 166.813 175.079 1 1 C GLY 0.400 1 ATOM 3 C C . GLY 848 848 ? A 170.322 166.222 175.122 1 1 C GLY 0.400 1 ATOM 4 O O . GLY 848 848 ? A 169.385 166.986 175.239 1 1 C GLY 0.400 1 ATOM 5 N N . ASP 849 849 ? A 170.156 164.890 174.955 1 1 C ASP 0.480 1 ATOM 6 C CA . ASP 849 849 ? A 168.857 164.229 174.885 1 1 C ASP 0.480 1 ATOM 7 C C . ASP 849 849 ? A 168.037 164.398 176.184 1 1 C ASP 0.480 1 ATOM 8 O O . ASP 849 849 ? A 168.532 163.975 177.231 1 1 C ASP 0.480 1 ATOM 9 C CB . ASP 849 849 ? A 169.116 162.728 174.569 1 1 C ASP 0.480 1 ATOM 10 C CG . ASP 849 849 ? A 168.124 162.161 173.564 1 1 C ASP 0.480 1 ATOM 11 O OD1 . ASP 849 849 ? A 166.907 162.448 173.693 1 1 C ASP 0.480 1 ATOM 12 O OD2 . ASP 849 849 ? A 168.546 161.427 172.638 1 1 C ASP 0.480 1 ATOM 13 N N . PRO 850 850 ? A 166.832 164.988 176.242 1 1 C PRO 0.600 1 ATOM 14 C CA . PRO 850 850 ? A 166.300 165.405 177.528 1 1 C PRO 0.600 1 ATOM 15 C C . PRO 850 850 ? A 165.261 164.399 177.940 1 1 C PRO 0.600 1 ATOM 16 O O . PRO 850 850 ? A 164.079 164.702 178.087 1 1 C PRO 0.600 1 ATOM 17 C CB . PRO 850 850 ? A 165.727 166.804 177.273 1 1 C PRO 0.600 1 ATOM 18 C CG . PRO 850 850 ? A 165.273 166.759 175.818 1 1 C PRO 0.600 1 ATOM 19 C CD . PRO 850 850 ? A 166.277 165.803 175.165 1 1 C PRO 0.600 1 ATOM 20 N N . ARG 851 851 ? A 165.728 163.168 178.166 1 1 C ARG 0.550 1 ATOM 21 C CA . ARG 851 851 ? A 164.879 162.050 178.457 1 1 C ARG 0.550 1 ATOM 22 C C . ARG 851 851 ? A 165.752 160.939 178.982 1 1 C ARG 0.550 1 ATOM 23 O O . ARG 851 851 ? A 166.717 160.516 178.351 1 1 C ARG 0.550 1 ATOM 24 C CB . ARG 851 851 ? A 164.040 161.602 177.230 1 1 C ARG 0.550 1 ATOM 25 C CG . ARG 851 851 ? A 164.821 161.378 175.923 1 1 C ARG 0.550 1 ATOM 26 C CD . ARG 851 851 ? A 163.904 161.126 174.728 1 1 C ARG 0.550 1 ATOM 27 N NE . ARG 851 851 ? A 164.803 160.810 173.587 1 1 C ARG 0.550 1 ATOM 28 C CZ . ARG 851 851 ? A 164.479 160.056 172.531 1 1 C ARG 0.550 1 ATOM 29 N NH1 . ARG 851 851 ? A 163.256 159.546 172.410 1 1 C ARG 0.550 1 ATOM 30 N NH2 . ARG 851 851 ? A 165.400 159.838 171.598 1 1 C ARG 0.550 1 ATOM 31 N N . ALA 852 852 ? A 165.482 160.477 180.217 1 1 C ALA 0.670 1 ATOM 32 C CA . ALA 852 852 ? A 166.186 159.352 180.793 1 1 C ALA 0.670 1 ATOM 33 C C . ALA 852 852 ? A 165.948 158.038 180.048 1 1 C ALA 0.670 1 ATOM 34 O O . ALA 852 852 ? A 164.870 157.790 179.512 1 1 C ALA 0.670 1 ATOM 35 C CB . ALA 852 852 ? A 165.845 159.222 182.289 1 1 C ALA 0.670 1 ATOM 36 N N . ILE 853 853 ? A 166.978 157.167 179.978 1 1 C ILE 0.560 1 ATOM 37 C CA . ILE 853 853 ? A 166.870 155.822 179.418 1 1 C ILE 0.560 1 ATOM 38 C C . ILE 853 853 ? A 165.886 154.954 180.216 1 1 C ILE 0.560 1 ATOM 39 O O . ILE 853 853 ? A 165.841 155.003 181.443 1 1 C ILE 0.560 1 ATOM 40 C CB . ILE 853 853 ? 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.625 2 1 3 0.253 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 848 GLY 1 0.400 2 1 A 849 ASP 1 0.480 3 1 A 850 PRO 1 0.600 4 1 A 851 ARG 1 0.550 5 1 A 852 ALA 1 0.670 6 1 A 853 ILE 1 0.560 7 1 A 854 VAL 1 0.740 8 1 A 855 GLU 1 0.760 9 1 A 856 TYR 1 0.760 10 1 A 857 ARG 1 0.700 11 1 A 858 ASP 1 0.750 12 1 A 859 LEU 1 0.760 13 1 A 860 ASP 1 0.700 14 1 A 861 ALA 1 0.720 15 1 A 862 PRO 1 0.660 16 1 A 863 ASP 1 0.650 17 1 A 864 ASP 1 0.660 18 1 A 865 VAL 1 0.670 19 1 A 866 ASP 1 0.390 20 1 A 867 PHE 1 0.320 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #