data_SMR-a8e829e690ba6d9a078c724224932d66_2 _entry.id SMR-a8e829e690ba6d9a078c724224932d66_2 _struct.entry_id SMR-a8e829e690ba6d9a078c724224932d66_2 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q9QZA2/ PDC6I_RAT, Programmed cell death 6-interacting protein Estimated model accuracy of this model is 0.015, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q9QZA2' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 112448.109 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP PDC6I_RAT Q9QZA2 1 ;MASFIWVQLKKTSEVDLAKPLVKFIQQTYPSGGEEQAQYCRAAEELSKLRRSALGRPLDKHEGALETLLR YYDQICSIEPKFPFSENQICLTFTWKDAFDKGSLFGGSVKLALASLGYEKSCVLFNCAALASQIAAEQNL DNDEGLKTAAKQYQFASGAFLHIKDTVLSALSREPTVDISPDTVGTLSLIMLAQAQEVFFLKATRDKMKD AIIAKLANQAADYFGDAFKQCQYKDALPKYFYFQEVFPTLAAKQCIMQANAEYHQSILAKQQKKFGEEIA RLQHAAELIKNVASRYDEYVNVKDFSDKINRALAAAKKDNDFIYHDRVPDLKDLDPIGKATLVKPTPVNV PISQKFTDLFEKMVPVSVQQSLAVFSQRKADLVNRSIAQMREATTLANGVLASLNLPAAIEDVSGDTVPQ SILTKSTAVVEQGGIQTVDQLIKELPELLQRNREILEESLRLLDEEEATDNDLRAKFKDRWQRTPSNDLY KPLRAEGAKFRAVLDKAVQADGQVKERYQSHRDTIALLCKPEPELNAAIPSANPAKTMQGSEVVNVLKSL LSNLDEIKKEREGLENDLKSVNFDMTSKFLTALAQDGVINEEALSVTELDRIYGGLTTKVQESLKKQEGL LKNIQVSHQEFSKMKQSNSEASLREEVLKNLATAYDNFVELVANLKEGTKFYNELTEILVRFQNKCSDIV FARKTERDELLKDLQQSIAREPSAPSIPPPAYQSSPAGGHATAPTPAPRTMPPAKPQPPARPPPPVLPAN RVPPAAAATAPAGVGTASAAPPQTPGSAPPPQAQGPPYPTYPGYPGYCQMPMPMGYNPYTYGQYNMPYPP VYHQSPGQAPYPGPQQPTYPFPQPPQQSYYPQQ ; 'Programmed cell death 6-interacting protein' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 873 1 873 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . PDC6I_RAT Q9QZA2 . 1 873 10116 'Rattus norvegicus (Rat)' 2008-09-02 FD7B5D57825D571D # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no F ;MASFIWVQLKKTSEVDLAKPLVKFIQQTYPSGGEEQAQYCRAAEELSKLRRSALGRPLDKHEGALETLLR YYDQICSIEPKFPFSENQICLTFTWKDAFDKGSLFGGSVKLALASLGYEKSCVLFNCAALASQIAAEQNL DNDEGLKTAAKQYQFASGAFLHIKDTVLSALSREPTVDISPDTVGTLSLIMLAQAQEVFFLKATRDKMKD AIIAKLANQAADYFGDAFKQCQYKDALPKYFYFQEVFPTLAAKQCIMQANAEYHQSILAKQQKKFGEEIA RLQHAAELIKNVASRYDEYVNVKDFSDKINRALAAAKKDNDFIYHDRVPDLKDLDPIGKATLVKPTPVNV PISQKFTDLFEKMVPVSVQQSLAVFSQRKADLVNRSIAQMREATTLANGVLASLNLPAAIEDVSGDTVPQ SILTKSTAVVEQGGIQTVDQLIKELPELLQRNREILEESLRLLDEEEATDNDLRAKFKDRWQRTPSNDLY KPLRAEGAKFRAVLDKAVQADGQVKERYQSHRDTIALLCKPEPELNAAIPSANPAKTMQGSEVVNVLKSL LSNLDEIKKEREGLENDLKSVNFDMTSKFLTALAQDGVINEEALSVTELDRIYGGLTTKVQESLKKQEGL 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FARKTERDELLKDLQQSIAREPSAPSIPPPAYQSSPAGGHATAPTPAPRTMPPAKPQPPARPPPPVLPAN RVPPAAAATAPAGVGTASAAPPQTPGSAPPPQAQGPPYPTYPGYPGYCQMPMPMGYNPYTYGQYNMPYPP VYHQSPGQAPYPGPQQPTYPFPQPPQQSYYPQQ ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 ALA . 1 3 SER . 1 4 PHE . 1 5 ILE . 1 6 TRP . 1 7 VAL . 1 8 GLN . 1 9 LEU . 1 10 LYS . 1 11 LYS . 1 12 THR . 1 13 SER . 1 14 GLU . 1 15 VAL . 1 16 ASP . 1 17 LEU . 1 18 ALA . 1 19 LYS . 1 20 PRO . 1 21 LEU . 1 22 VAL . 1 23 LYS . 1 24 PHE . 1 25 ILE . 1 26 GLN . 1 27 GLN . 1 28 THR . 1 29 TYR . 1 30 PRO . 1 31 SER . 1 32 GLY . 1 33 GLY . 1 34 GLU . 1 35 GLU . 1 36 GLN . 1 37 ALA . 1 38 GLN . 1 39 TYR . 1 40 CYS . 1 41 ARG . 1 42 ALA . 1 43 ALA . 1 44 GLU . 1 45 GLU . 1 46 LEU . 1 47 SER . 1 48 LYS . 1 49 LEU . 1 50 ARG . 1 51 ARG . 1 52 SER . 1 53 ALA . 1 54 LEU . 1 55 GLY . 1 56 ARG . 1 57 PRO . 1 58 LEU . 1 59 ASP . 1 60 LYS . 1 61 HIS . 1 62 GLU . 1 63 GLY . 1 64 ALA . 1 65 LEU . 1 66 GLU . 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153 TYR . 1 154 GLN . 1 155 PHE . 1 156 ALA . 1 157 SER . 1 158 GLY . 1 159 ALA . 1 160 PHE . 1 161 LEU . 1 162 HIS . 1 163 ILE . 1 164 LYS . 1 165 ASP . 1 166 THR . 1 167 VAL . 1 168 LEU . 1 169 SER . 1 170 ALA . 1 171 LEU . 1 172 SER . 1 173 ARG . 1 174 GLU . 1 175 PRO . 1 176 THR . 1 177 VAL . 1 178 ASP . 1 179 ILE . 1 180 SER . 1 181 PRO . 1 182 ASP . 1 183 THR . 1 184 VAL . 1 185 GLY . 1 186 THR . 1 187 LEU . 1 188 SER . 1 189 LEU . 1 190 ILE . 1 191 MET . 1 192 LEU . 1 193 ALA . 1 194 GLN . 1 195 ALA . 1 196 GLN . 1 197 GLU . 1 198 VAL . 1 199 PHE . 1 200 PHE . 1 201 LEU . 1 202 LYS . 1 203 ALA . 1 204 THR . 1 205 ARG . 1 206 ASP . 1 207 LYS . 1 208 MET . 1 209 LYS . 1 210 ASP . 1 211 ALA . 1 212 ILE . 1 213 ILE . 1 214 ALA . 1 215 LYS . 1 216 LEU . 1 217 ALA . 1 218 ASN . 1 219 GLN . 1 220 ALA . 1 221 ALA . 1 222 ASP . 1 223 TYR . 1 224 PHE . 1 225 GLY . 1 226 ASP . 1 227 ALA . 1 228 PHE . 1 229 LYS . 1 230 GLN . 1 231 CYS . 1 232 GLN . 1 233 TYR . 1 234 LYS . 1 235 ASP . 1 236 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F . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 '14-3-3 protein sigma {PDB ID=9axa, label_asym_id=F, auth_asym_id=F, SMTL ID=9axa.1.F}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 9axa, label_asym_id=F' 'target-template alignment' . 4 'model 2' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-14 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-08 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A F 3 1 F # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MERASLIQKAKLAEQAERYEDMAAFMKGAVEKGEELSCEERNLLSVAYKNVVGGQRAAWRVLSSIEQKSN EEGSEEKGPEVREYREKVETELQGVCDTVLGLLDSHLIKEAGDAESRVFYLKMKGDYYRYLAEVATGDDK KRIIDSARSAYQEAMDISKKEMPPTNPIRLGLALNFSVFHYEIANSPEEAISLAKTTFDEAMADLHTLSE DSYKDSTLIMQLLRDNLTLWTADNAGEEGGEAPQEPQS ; ;MERASLIQKAKLAEQAERYEDMAAFMKGAVEKGEELSCEERNLLSVAYKNVVGGQRAAWRVLSSIEQKSN EEGSEEKGPEVREYREKVETELQGVCDTVLGLLDSHLIKEAGDAESRVFYLKMKGDYYRYLAEVATGDDK KRIIDSARSAYQEAMDISKKEMPPTNPIRLGLALNFSVFHYEIANSPEEAISLAKTTFDEAMADLHTLSE DSYKDSTLIMQLLRDNLTLWTADNAGEEGGEAPQEPQS ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 186 240 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 9axa 2024-11-06 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 873 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 873 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 150.000 18.182 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MASFIWVQLKKTSEVDLAKPLVKFIQQTYPSGGEEQAQYCRAAEELSKLRRSALGRPLDKHEGALETLLRYYDQICSIEPKFPFSENQICLTFTWKDAFDKGSLFGGSVKLALASLGYEKSCVLFNCAALASQIAAEQNLDNDEGLKTAAKQYQFASGAFLHIKDTVLSALSREPTVDISPDTVGTLSLIMLAQAQEVFFLKATRDKMKDAIIAKLANQAADYFGDAFKQCQYKDALPKYFYFQEVFPTLAAKQCIMQANAEYHQSILAKQQKKFGEEIARLQHAAELIKNVASRYDEYVNVKDFSDKINRALAAAKKDNDFIYHDRVPDLKDLDPIGKATLVKPTPVNVPISQKFTDLFEKMVPVSVQQSLAVFSQRKADLVNRSIAQMREATTLANGVLASLNLPAAIEDVSGDTVPQSILTKSTAVVEQGGIQTVDQLIKELPELLQRNREILEESLRLLDEEEATDNDLRAKFKDRWQRTPSNDLYKPLRAEGAKFRAVLDKAVQADGQVKERYQSHRDTIALLCKPEPELNAAIPSANPAKTMQGSEVVNVLKSLLSNLDEIKKEREGLENDLKSVNFDMTSKFLTALAQDGVINEEALSVTELDRIYGGLTTKVQESLKKQEGLLKNIQVSHQEFSKMKQSNSEASLREEVLKNLATAYDNFVELVANLKEGTKFYNELTEILVRFQNKCSDIVFARKTERDELLKDLQQSIAREPSAPSIPPPAYQSSPAGGHATAPTPAPRTMPPAKPQPPARPPPPVLPANRVPPAAAATAPAGVGTASAAPPQTPGSAPPPQAQGPPYPTYPGYPGYCQMPMPMGYNPYTYGQYNMPYPPVYHQSPGQAPYPGPQQPTYPFPQPPQQSYYPQQ 2 1 2 ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------SPEEAISLAKTTFDEAMADLHTLSED--SYKDSTLIMQLLRDNLTLWTADNAGEEGG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 9axa.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 2' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . LEU 653 653 ? A 215.700 184.292 207.683 1 1 F LEU 0.660 1 ATOM 2 C CA . LEU 653 653 ? A 216.718 183.611 206.813 1 1 F LEU 0.660 1 ATOM 3 C C . LEU 653 653 ? A 216.228 183.277 205.415 1 1 F LEU 0.660 1 ATOM 4 O O . LEU 653 653 ? A 215.969 182.128 205.095 1 1 F LEU 0.660 1 ATOM 5 C CB . LEU 653 653 ? A 217.152 182.314 207.531 1 1 F LEU 0.660 1 ATOM 6 C CG . LEU 653 653 ? A 217.834 182.518 208.894 1 1 F LEU 0.660 1 ATOM 7 C CD1 . LEU 653 653 ? A 218.135 181.149 209.515 1 1 F LEU 0.660 1 ATOM 8 C CD2 . LEU 653 653 ? A 219.131 183.326 208.759 1 1 F LEU 0.660 1 ATOM 9 N N . ARG 654 654 ? A 216.066 184.288 204.537 1 1 F ARG 0.600 1 ATOM 10 C CA . ARG 654 654 ? A 215.470 184.101 203.221 1 1 F ARG 0.600 1 ATOM 11 C C . ARG 654 654 ? A 216.262 183.197 202.279 1 1 F ARG 0.600 1 ATOM 12 O O . ARG 654 654 ? A 215.687 182.337 201.624 1 1 F ARG 0.600 1 ATOM 13 C CB . ARG 654 654 ? A 215.229 185.478 202.572 1 1 F ARG 0.600 1 ATOM 14 C CG . ARG 654 654 ? A 214.154 186.313 203.296 1 1 F ARG 0.600 1 ATOM 15 C CD . ARG 654 654 ? A 214.065 187.729 202.726 1 1 F ARG 0.600 1 ATOM 16 N NE . ARG 654 654 ? A 213.012 188.465 203.497 1 1 F ARG 0.600 1 ATOM 17 C CZ . ARG 654 654 ? A 212.784 189.777 203.337 1 1 F ARG 0.600 1 ATOM 18 N NH1 . ARG 654 654 ? A 213.527 190.505 202.508 1 1 F ARG 0.600 1 ATOM 19 N NH2 . ARG 654 654 ? A 211.791 190.372 203.994 1 1 F ARG 0.600 1 ATOM 20 N N . GLU 655 655 ? A 217.602 183.349 202.233 1 1 F GLU 0.670 1 ATOM 21 C CA . GLU 655 655 ? A 218.498 182.534 201.431 1 1 F GLU 0.670 1 ATOM 22 C C . GLU 655 655 ? A 218.478 181.055 201.800 1 1 F GLU 0.670 1 ATOM 23 O O . GLU 655 655 ? A 218.314 180.193 200.941 1 1 F GLU 0.670 1 ATOM 24 C CB . GLU 655 655 ? A 219.931 183.078 201.617 1 1 F GLU 0.670 1 ATOM 25 C CG . GLU 655 655 ? A 220.113 184.522 201.089 1 1 F GLU 0.670 1 ATOM 26 C CD . GLU 655 655 ? A 221.452 185.129 201.510 1 1 F GLU 0.670 1 ATOM 27 O OE1 . GLU 655 655 ? A 221.887 184.843 202.655 1 1 F GLU 0.670 1 ATOM 28 O OE2 . GLU 655 655 ? A 222.006 185.918 200.706 1 1 F GLU 0.670 1 ATOM 29 N N . GLU 656 656 ? A 218.568 180.746 203.113 1 1 F GLU 0.700 1 ATOM 30 C CA . GLU 656 656 ? A 218.467 179.400 203.662 1 1 F GLU 0.700 1 ATOM 31 C C . GLU 656 656 ? A 217.112 178.752 203.398 1 1 F GLU 0.700 1 ATOM 32 O O . GLU 656 656 ? A 217.017 177.608 202.956 1 1 F GLU 0.700 1 ATOM 33 C CB . GLU 656 656 ? A 218.720 179.423 205.191 1 1 F GLU 0.700 1 ATOM 34 C CG . GLU 656 656 ? A 218.852 178.015 205.826 1 1 F GLU 0.700 1 ATOM 35 C CD . GLU 656 656 ? A 220.108 177.247 205.394 1 1 F GLU 0.700 1 ATOM 36 O OE1 . GLU 656 656 ? A 221.008 177.839 204.746 1 1 F GLU 0.700 1 ATOM 37 O OE2 . GLU 656 656 ? A 220.151 176.030 205.712 1 1 F GLU 0.700 1 ATOM 38 N N . VAL 657 657 ? A 216.005 179.511 203.609 1 1 F VAL 0.780 1 ATOM 39 C CA . VAL 657 657 ? A 214.647 179.072 203.292 1 1 F VAL 0.780 1 ATOM 40 C C . VAL 657 657 ? A 214.504 178.738 201.820 1 1 F VAL 0.780 1 ATOM 41 O O . VAL 657 657 ? A 214.105 177.634 201.466 1 1 F VAL 0.780 1 ATOM 42 C CB . VAL 657 657 ? A 213.602 180.119 203.711 1 1 F VAL 0.780 1 ATOM 43 C CG1 . VAL 657 657 ? A 212.204 179.883 203.097 1 1 F VAL 0.780 1 ATOM 44 C CG2 . VAL 657 657 ? A 213.471 180.085 205.243 1 1 F VAL 0.780 1 ATOM 45 N N . LEU 658 658 ? A 214.916 179.650 200.916 1 1 F LEU 0.750 1 ATOM 46 C CA . LEU 658 658 ? A 214.826 179.433 199.484 1 1 F LEU 0.750 1 ATOM 47 C C . LEU 658 658 ? A 215.663 178.255 199.004 1 1 F LEU 0.750 1 ATOM 48 O O . LEU 658 658 ? A 215.214 177.437 198.201 1 1 F LEU 0.750 1 ATOM 49 C CB . LEU 658 658 ? A 215.230 180.718 198.727 1 1 F LEU 0.750 1 ATOM 50 C CG . LEU 658 658 ? A 215.099 180.640 197.193 1 1 F LEU 0.750 1 ATOM 51 C CD1 . LEU 658 658 ? A 213.662 180.348 196.734 1 1 F LEU 0.750 1 ATOM 52 C CD2 . LEU 658 658 ? A 215.611 181.939 196.560 1 1 F LEU 0.750 1 ATOM 53 N N . LYS 659 659 ? 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A 215.686 174.360 202.884 1 1 F ASN 0.730 1 ATOM 67 C CG . ASN 660 660 ? A 216.988 174.221 203.670 1 1 F ASN 0.730 1 ATOM 68 O OD1 . ASN 660 660 ? A 217.972 173.672 203.172 1 1 F ASN 0.730 1 ATOM 69 N ND2 . ASN 660 660 ? A 216.999 174.689 204.938 1 1 F ASN 0.730 1 ATOM 70 N N . LEU 661 661 ? A 213.914 174.964 200.279 1 1 F LEU 0.740 1 ATOM 71 C CA . LEU 661 661 ? A 212.712 174.772 199.486 1 1 F LEU 0.740 1 ATOM 72 C C . LEU 661 661 ? A 212.965 174.312 198.057 1 1 F LEU 0.740 1 ATOM 73 O O . LEU 661 661 ? A 212.327 173.371 197.589 1 1 F LEU 0.740 1 ATOM 74 C CB . LEU 661 661 ? A 211.885 176.073 199.407 1 1 F LEU 0.740 1 ATOM 75 C CG . LEU 661 661 ? A 211.210 176.529 200.712 1 1 F LEU 0.740 1 ATOM 76 C CD1 . LEU 661 661 ? A 210.631 177.940 200.518 1 1 F LEU 0.740 1 ATOM 77 C CD2 . LEU 661 661 ? A 210.128 175.543 201.176 1 1 F LEU 0.740 1 ATOM 78 N N . ALA 662 662 ? A 213.919 174.944 197.332 1 1 F ALA 0.770 1 ATOM 79 C CA . ALA 662 662 ? 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A 206.058 158.491 195.867 1 1 F LEU 0.390 1 ATOM 184 C CD1 . LEU 675 675 ? A 205.750 159.957 196.191 1 1 F LEU 0.390 1 ATOM 185 C CD2 . LEU 675 675 ? A 205.787 157.589 197.082 1 1 F LEU 0.390 1 ATOM 186 N N . LYS 676 676 ? A 204.283 156.697 192.092 1 1 F LYS 0.440 1 ATOM 187 C CA . LYS 676 676 ? A 203.438 156.299 190.993 1 1 F LYS 0.440 1 ATOM 188 C C . LYS 676 676 ? A 202.780 157.525 190.372 1 1 F LYS 0.440 1 ATOM 189 O O . LYS 676 676 ? A 201.814 158.046 190.905 1 1 F LYS 0.440 1 ATOM 190 C CB . LYS 676 676 ? A 202.400 155.209 191.378 1 1 F LYS 0.440 1 ATOM 191 C CG . LYS 676 676 ? A 201.494 154.655 190.302 1 1 F LYS 0.440 1 ATOM 192 C CD . LYS 676 676 ? A 202.074 153.684 189.293 1 1 F LYS 0.440 1 ATOM 193 C CE . LYS 676 676 ? A 200.885 153.246 188.455 1 1 F LYS 0.440 1 ATOM 194 N NZ . LYS 676 676 ? A 201.349 152.332 187.416 1 1 F LYS 0.440 1 ATOM 195 N N . GLU 677 677 ? A 203.293 158.038 189.228 1 1 F GLU 0.430 1 ATOM 196 C CA . GLU 677 677 ? 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.651 2 1 3 0.015 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 653 LEU 1 0.660 2 1 A 654 ARG 1 0.600 3 1 A 655 GLU 1 0.670 4 1 A 656 GLU 1 0.700 5 1 A 657 VAL 1 0.780 6 1 A 658 LEU 1 0.750 7 1 A 659 LYS 1 0.760 8 1 A 660 ASN 1 0.730 9 1 A 661 LEU 1 0.740 10 1 A 662 ALA 1 0.770 11 1 A 663 THR 1 0.780 12 1 A 664 ALA 1 0.750 13 1 A 665 TYR 1 0.710 14 1 A 666 ASP 1 0.690 15 1 A 667 ASN 1 0.660 16 1 A 668 PHE 1 0.660 17 1 A 669 VAL 1 0.650 18 1 A 670 GLU 1 0.600 19 1 A 671 LEU 1 0.600 20 1 A 672 VAL 1 0.610 21 1 A 673 ALA 1 0.470 22 1 A 674 ASN 1 0.390 23 1 A 675 LEU 1 0.390 24 1 A 676 LYS 1 0.440 25 1 A 677 GLU 1 0.430 26 1 A 678 GLY 1 0.480 27 1 A 679 THR 1 0.640 28 1 A 680 LYS 1 0.610 29 1 A 681 PHE 1 0.490 30 1 A 682 TYR 1 0.500 31 1 A 683 ASN 1 0.630 32 1 A 684 GLU 1 0.660 33 1 A 685 LEU 1 0.610 34 1 A 686 THR 1 0.650 35 1 A 687 GLU 1 0.650 36 1 A 688 ILE 1 0.680 37 1 A 689 LEU 1 0.720 38 1 A 690 VAL 1 0.760 39 1 A 691 ARG 1 0.660 40 1 A 692 PHE 1 0.700 41 1 A 693 GLN 1 0.720 42 1 A 694 ASN 1 0.740 43 1 A 695 LYS 1 0.720 44 1 A 696 CYS 1 0.810 45 1 A 697 SER 1 0.770 46 1 A 698 ASP 1 0.790 47 1 A 699 ILE 1 0.660 48 1 A 700 VAL 1 0.630 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #