data_SMR-57bd0024a45eeb6f62df32dd073d236f_2 _entry.id SMR-57bd0024a45eeb6f62df32dd073d236f_2 _struct.entry_id SMR-57bd0024a45eeb6f62df32dd073d236f_2 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q9BXP5/ SRRT_HUMAN, Serrate RNA effector molecule homolog Estimated model accuracy of this model is 0.26, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q9BXP5' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 5 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 116599.170 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP SRRT_HUMAN Q9BXP5 1 ;MGDSDDEYDRRRRDKFRRERSDYDRSRERDERRRGDDWNDREWDRGRERRSRGEYRDYDRNRRERFSPPR HELSPPQKRMRRDWDEHSSDPYHSGYEMPYAGGGGGPTYGPPQPWGHPDVHIMQHHVLPIQARLGSIAEI DLGVPPPVMKTFKEFLLSLDDSVDETEAVKRYNDYKLDFRRQQMQDFFLAHKDEEWFRSKYHPDEVGKRR QEARGALQNRLRVFLSLMETGWFDNLLLDIDKADAIVKMLDAAVIKMEGGTENDLRILEQEEEEEQAGKP GEPSKKEEGRAGAGLGDGERKTNDKDEKKEDGKQAENDSSNDDKTKKSEGDGDKEEKKEDSEKEAKKSSK KRNRKHSGDDSFDEGSVSESESESESGQAEEEKEEAEEALKEKEKPKEEEWEKPKDAAGLECKPRPLHKT CSLFMRNIAPNISRAEIISLCKRYPGFMRVALSEPQPERRFFRRGWVTFDRSVNIKEICWNLQNIRLREC ELSPGVNRDLTRRVRNINGITQHKQIVRNDIKLAAKLIHTLDDRTQLWASEPGTPPLPTSLPSQNPILKN ITDYLIEEVSAEEEELLGSSGGAPPEEPPKEGNPAEINVERDEKLIKVLDKLLLYLRIVHSLDYYNTCEY PNEDEMPNRCGIIHVRGPMPPNRISHGEVLEWQKTFEEKLTPLLSVRESLSEEEAQKMGRKDPEQEVEKF VTSNTQELGKDKWLCPLSGKKFKGPEFVRKHIFNKHAEKIEEVKKEVAFFNNFLTDAKRPALPEIKPAQP PGPAQILPPGLTPGLPYPHQTPQGLMPYGQPRPPILGYGAGAVRPAVPTGGPPYPHAPYGAGRGNYDAFR GQGGYPGKPRNRMVRGDPRAIVEYRDLDAPDDVDFF ; 'Serrate RNA effector molecule homolog' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 876 1 876 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . SRRT_HUMAN Q9BXP5 . 1 876 9606 'Homo sapiens (Human)' 2001-06-01 EB3ABD1325EA98D9 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no C ;MGDSDDEYDRRRRDKFRRERSDYDRSRERDERRRGDDWNDREWDRGRERRSRGEYRDYDRNRRERFSPPR HELSPPQKRMRRDWDEHSSDPYHSGYEMPYAGGGGGPTYGPPQPWGHPDVHIMQHHVLPIQARLGSIAEI DLGVPPPVMKTFKEFLLSLDDSVDETEAVKRYNDYKLDFRRQQMQDFFLAHKDEEWFRSKYHPDEVGKRR QEARGALQNRLRVFLSLMETGWFDNLLLDIDKADAIVKMLDAAVIKMEGGTENDLRILEQEEEEEQAGKP GEPSKKEEGRAGAGLGDGERKTNDKDEKKEDGKQAENDSSNDDKTKKSEGDGDKEEKKEDSEKEAKKSSK KRNRKHSGDDSFDEGSVSESESESESGQAEEEKEEAEEALKEKEKPKEEEWEKPKDAAGLECKPRPLHKT CSLFMRNIAPNISRAEIISLCKRYPGFMRVALSEPQPERRFFRRGWVTFDRSVNIKEICWNLQNIRLREC ELSPGVNRDLTRRVRNINGITQHKQIVRNDIKLAAKLIHTLDDRTQLWASEPGTPPLPTSLPSQNPILKN ITDYLIEEVSAEEEELLGSSGGAPPEEPPKEGNPAEINVERDEKLIKVLDKLLLYLRIVHSLDYYNTCEY PNEDEMPNRCGIIHVRGPMPPNRISHGEVLEWQKTFEEKLTPLLSVRESLSEEEAQKMGRKDPEQEVEKF VTSNTQELGKDKWLCPLSGKKFKGPEFVRKHIFNKHAEKIEEVKKEVAFFNNFLTDAKRPALPEIKPAQP PGPAQILPPGLTPGLPYPHQTPQGLMPYGQPRPPILGYGAGAVRPAVPTGGPPYPHAPYGAGRGNYDAFR GQGGYPGKPRNRMVRGDPRAIVEYRDLDAPDDVDFF ; ;MGDSDDEYDRRRRDKFRRERSDYDRSRERDERRRGDDWNDREWDRGRERRSRGEYRDYDRNRRERFSPPR HELSPPQKRMRRDWDEHSSDPYHSGYEMPYAGGGGGPTYGPPQPWGHPDVHIMQHHVLPIQARLGSIAEI DLGVPPPVMKTFKEFLLSLDDSVDETEAVKRYNDYKLDFRRQQMQDFFLAHKDEEWFRSKYHPDEVGKRR QEARGALQNRLRVFLSLMETGWFDNLLLDIDKADAIVKMLDAAVIKMEGGTENDLRILEQEEEEEQAGKP GEPSKKEEGRAGAGLGDGERKTNDKDEKKEDGKQAENDSSNDDKTKKSEGDGDKEEKKEDSEKEAKKSSK KRNRKHSGDDSFDEGSVSESESESESGQAEEEKEEAEEALKEKEKPKEEEWEKPKDAAGLECKPRPLHKT CSLFMRNIAPNISRAEIISLCKRYPGFMRVALSEPQPERRFFRRGWVTFDRSVNIKEICWNLQNIRLREC ELSPGVNRDLTRRVRNINGITQHKQIVRNDIKLAAKLIHTLDDRTQLWASEPGTPPLPTSLPSQNPILKN ITDYLIEEVSAEEEELLGSSGGAPPEEPPKEGNPAEINVERDEKLIKVLDKLLLYLRIVHSLDYYNTCEY PNEDEMPNRCGIIHVRGPMPPNRISHGEVLEWQKTFEEKLTPLLSVRESLSEEEAQKMGRKDPEQEVEKF VTSNTQELGKDKWLCPLSGKKFKGPEFVRKHIFNKHAEKIEEVKKEVAFFNNFLTDAKRPALPEIKPAQP PGPAQILPPGLTPGLPYPHQTPQGLMPYGQPRPPILGYGAGAVRPAVPTGGPPYPHAPYGAGRGNYDAFR GQGGYPGKPRNRMVRGDPRAIVEYRDLDAPDDVDFF ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 GLY . 1 3 ASP . 1 4 SER . 1 5 ASP . 1 6 ASP . 1 7 GLU . 1 8 TYR . 1 9 ASP . 1 10 ARG . 1 11 ARG . 1 12 ARG . 1 13 ARG . 1 14 ASP . 1 15 LYS . 1 16 PHE . 1 17 ARG . 1 18 ARG . 1 19 GLU . 1 20 ARG . 1 21 SER . 1 22 ASP . 1 23 TYR . 1 24 ASP . 1 25 ARG . 1 26 SER . 1 27 ARG . 1 28 GLU . 1 29 ARG . 1 30 ASP . 1 31 GLU . 1 32 ARG . 1 33 ARG . 1 34 ARG . 1 35 GLY . 1 36 ASP . 1 37 ASP . 1 38 TRP . 1 39 ASN . 1 40 ASP . 1 41 ARG . 1 42 GLU . 1 43 TRP . 1 44 ASP . 1 45 ARG . 1 46 GLY . 1 47 ARG . 1 48 GLU . 1 49 ARG . 1 50 ARG . 1 51 SER . 1 52 ARG . 1 53 GLY . 1 54 GLU . 1 55 TYR . 1 56 ARG . 1 57 ASP . 1 58 TYR . 1 59 ASP . 1 60 ARG . 1 61 ASN . 1 62 ARG . 1 63 ARG . 1 64 GLU . 1 65 ARG . 1 66 PHE . 1 67 SER . 1 68 PRO . 1 69 PRO . 1 70 ARG . 1 71 HIS . 1 72 GLU . 1 73 LEU . 1 74 SER . 1 75 PRO . 1 76 PRO . 1 77 GLN . 1 78 LYS . 1 79 ARG . 1 80 MET . 1 81 ARG . 1 82 ARG . 1 83 ASP . 1 84 TRP . 1 85 ASP . 1 86 GLU . 1 87 HIS . 1 88 SER . 1 89 SER . 1 90 ASP . 1 91 PRO . 1 92 TYR . 1 93 HIS . 1 94 SER . 1 95 GLY . 1 96 TYR . 1 97 GLU . 1 98 MET . 1 99 PRO . 1 100 TYR . 1 101 ALA . 1 102 GLY . 1 103 GLY . 1 104 GLY . 1 105 GLY . 1 106 GLY . 1 107 PRO . 1 108 THR . 1 109 TYR . 1 110 GLY . 1 111 PRO . 1 112 PRO . 1 113 GLN . 1 114 PRO . 1 115 TRP . 1 116 GLY . 1 117 HIS . 1 118 PRO . 1 119 ASP . 1 120 VAL . 1 121 HIS . 1 122 ILE . 1 123 MET . 1 124 GLN . 1 125 HIS . 1 126 HIS . 1 127 VAL . 1 128 LEU . 1 129 PRO . 1 130 ILE . 1 131 GLN . 1 132 ALA . 1 133 ARG . 1 134 LEU . 1 135 GLY . 1 136 SER . 1 137 ILE . 1 138 ALA . 1 139 GLU . 1 140 ILE . 1 141 ASP . 1 142 LEU . 1 143 GLY . 1 144 VAL . 1 145 PRO . 1 146 PRO . 1 147 PRO . 1 148 VAL . 1 149 MET . 1 150 LYS . 1 151 THR . 1 152 PHE . 1 153 LYS . 1 154 GLU . 1 155 PHE . 1 156 LEU . 1 157 LEU . 1 158 SER . 1 159 LEU . 1 160 ASP . 1 161 ASP . 1 162 SER . 1 163 VAL . 1 164 ASP . 1 165 GLU . 1 166 THR . 1 167 GLU . 1 168 ALA . 1 169 VAL . 1 170 LYS . 1 171 ARG . 1 172 TYR . 1 173 ASN . 1 174 ASP . 1 175 TYR . 1 176 LYS . 1 177 LEU . 1 178 ASP . 1 179 PHE . 1 180 ARG . 1 181 ARG . 1 182 GLN . 1 183 GLN . 1 184 MET . 1 185 GLN . 1 186 ASP . 1 187 PHE . 1 188 PHE . 1 189 LEU . 1 190 ALA . 1 191 HIS . 1 192 LYS . 1 193 ASP . 1 194 GLU . 1 195 GLU . 1 196 TRP . 1 197 PHE . 1 198 ARG . 1 199 SER . 1 200 LYS . 1 201 TYR . 1 202 HIS . 1 203 PRO . 1 204 ASP . 1 205 GLU . 1 206 VAL . 1 207 GLY . 1 208 LYS . 1 209 ARG . 1 210 ARG . 1 211 GLN . 1 212 GLU . 1 213 ALA . 1 214 ARG . 1 215 GLY . 1 216 ALA . 1 217 LEU . 1 218 GLN . 1 219 ASN . 1 220 ARG . 1 221 LEU . 1 222 ARG . 1 223 VAL . 1 224 PHE . 1 225 LEU . 1 226 SER . 1 227 LEU . 1 228 MET . 1 229 GLU . 1 230 THR . 1 231 GLY . 1 232 TRP . 1 233 PHE . 1 234 ASP . 1 235 ASN 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A 1 876 PHE 876 876 PHE PHE C . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Serrate RNA effector molecule homolog {PDB ID=8pmp, label_asym_id=C, auth_asym_id=D, SMTL ID=8pmp.1.C}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by BLAST to 8pmp, label_asym_id=C' 'target-template alignment' . 4 'model 2' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-14 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-08 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A C 3 1 D # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;VMKTFKEFLLSLDDSVDETEAVKRYNDYKLDFRRQQMQDFFLAHKDEEWFRSKYHPDEVGKRRQEARGAL QNRLRVFLSLMETGWFDNLLLDIDKADAIVKMLDAAVIKMEGGTENDLRILEQEEEEEQAGKPGEPSKKE EGRAGAGLGDGERKTNDKDEKKEDGKQAENDSSNDDKTKKSEGDGDKEEKKEDSEKEAKKSSKKRNRKHS GDDSFDEGSVSESESESESGQAEEEKEEAEEALKEKEKPKEEEWEKPKDAAGLECKPRPLHKTCSLFMRN IAPNISRAEIISLCKRYPGFMRVALSEPQPERRFFRRGWVTFDRSVNIKEICWNLQNIRLRECELSPGVN RDLTRRVRNINGITQHKQIVRNDIKLAAKLIHTLDDRTQLWASEPGTPPLPTSLPSQNPILKNITDYLIE EVSAEEEELLGSSGGAPPEEPPKEGNPAEINVERDEKLIKVLDKLLLYLRIVHSLDYYNTCEYPNEDEMP NRCGIIHVRGPMPPNRISHGEVLEWQKTFEEKLTPLLSVRESLSEEEAQKMGRKDPEQEVEKFVTSNTQE LGKDKWLCPLSGKKFKGPEFVRKHIFNKHAEKIEEVKKEVAFFNNFLTDAKRPALPEIKPAQPPGPAQIL PPGLTPGLPYPHQTPQGLMPYGQPRPPILGYGAGAVRPAVPTGGPPYPHAPYGAGRGNYDAFRGQGGYPG KPRNRMVRGDPRAIVEYRDLDAPDDVDFF ; ;VMKTFKEFLLSLDDSVDETEAVKRYNDYKLDFRRQQMQDFFLAHKDEEWFRSKYHPDEVGKRRQEARGAL QNRLRVFLSLMETGWFDNLLLDIDKADAIVKMLDAAVIKMEGGTENDLRILEQEEEEEQAGKPGEPSKKE EGRAGAGLGDGERKTNDKDEKKEDGKQAENDSSNDDKTKKSEGDGDKEEKKEDSEKEAKKSSKKRNRKHS GDDSFDEGSVSESESESESGQAEEEKEEAEEALKEKEKPKEEEWEKPKDAAGLECKPRPLHKTCSLFMRN IAPNISRAEIISLCKRYPGFMRVALSEPQPERRFFRRGWVTFDRSVNIKEICWNLQNIRLRECELSPGVN RDLTRRVRNINGITQHKQIVRNDIKLAAKLIHTLDDRTQLWASEPGTPPLPTSLPSQNPILKNITDYLIE EVSAEEEELLGSSGGAPPEEPPKEGNPAEINVERDEKLIKVLDKLLLYLRIVHSLDYYNTCEYPNEDEMP NRCGIIHVRGPMPPNRISHGEVLEWQKTFEEKLTPLLSVRESLSEEEAQKMGRKDPEQEVEKFVTSNTQE LGKDKWLCPLSGKKFKGPEFVRKHIFNKHAEKIEEVKKEVAFFNNFLTDAKRPALPEIKPAQPPGPAQIL PPGLTPGLPYPHQTPQGLMPYGQPRPPILGYGAGAVRPAVPTGGPPYPHAPYGAGRGNYDAFRGQGGYPG KPRNRMVRGDPRAIVEYRDLDAPDDVDFF ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 1 729 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 8pmp 2024-01-17 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 876 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 876 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'BLAST e-value' . 0 100.000 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MGDSDDEYDRRRRDKFRRERSDYDRSRERDERRRGDDWNDREWDRGRERRSRGEYRDYDRNRRERFSPPRHELSPPQKRMRRDWDEHSSDPYHSGYEMPYAGGGGGPTYGPPQPWGHPDVHIMQHHVLPIQARLGSIAEIDLGVPPPVMKTFKEFLLSLDDSVDETEAVKRYNDYKLDFRRQQMQDFFLAHKDEEWFRSKYHPDEVGKRRQEARGALQNRLRVFLSLMETGWFDNLLLDIDKADAIVKMLDAAVIKMEGGTENDLRILEQEEEEEQAGKPGEPSKKEEGRAGAGLGDGERKTNDKDEKKEDGKQAENDSSNDDKTKKSEGDGDKEEKKEDSEKEAKKSSKKRNRKHSGDDSFDEGSVSESESESESGQAEEEKEEAEEALKEKEKPKEEEWEKPKDAAGLECKPRPLHKTCSLFMRNIAPNISRAEIISLCKRYPGFMRVALSEPQPERRFFRRGWVTFDRSVNIKEICWNLQNIRLRECELSPGVNRDLTRRVRNINGITQHKQIVRNDIKLAAKLIHTLDDRTQLWASEPGTPPLPTSLPSQNPILKNITDYLIEEVSAEEEELLGSSGGAPPEEPPKEGNPAEINVERDEKLIKVLDKLLLYLRIVHSLDYYNTCEYPNEDEMPNRCGIIHVRGPMPPNRISHGEVLEWQKTFEEKLTPLLSVRESLSEEEAQKMGRKDPEQEVEKFVTSNTQELGKDKWLCPLSGKKFKGPEFVRKHIFNKHAEKIEEVKKEVAFFNNFLTDAKRPALPEIKPAQPPGPAQILPPGLTPGLPYPHQTPQGLMPYGQPRPPILGYGAGAVRPAVPTGGPPYPHAPYGAGRGNYDAFRGQGGYPGKPRNRMVRGDPRAIVEYRDLDAPDDVDFF 2 1 2 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------VMKTFKEFLLSLDDSVDETEAVKRYNDYKLDFRRQQMQDFFLAHKDEEWFRSKYHPDEVGKRRQEARGALQNRLRVFLSLMETGWFDNLLLDIDKADAIVKMLDAAVIKMEGGTENDLRILEQEEEEEQAGKPGEPSKKEEGRAGAGLGDGERKTNDKDEKKEDGKQAENDSSNDDKTKKSEGDGDKEEKKEDSEKEAKKSSKKRNRKHSGDDSFDEGSVSESESESESGQAEEEKEEAEEALKEKEKPKEEEWEKPKDAAGLECKPRPLHKTCSLFMRNIAPNISRAEIISLCKRYPGFMRVALSEPQPERRFFRRGWVTFDRSVNIKEICWNLQNIRLRECELSPGVNRDLTRRVRNINGITQHKQIVRNDIKLAAKLIHTLDDRTQLWASEPGTPPLPTSLPSQNPILKNITDYLIEEVSAEEEELLGSSGGAPPEEPPKEGNPAEINVERDEKLIKVLDKLLLYLRIVHSLDYYNTCEYPNEDEMPNRCGIIHVRGPMPPNRISHGEVLEWQKTFEEKLTPLLSVRESLSEEEAQKMGRKDPEQEVEKFVTSNTQELGKDKWLCPLSGKKFKGPEFVRKHIFNKHAEKIEEVKKEVAFFNNFLTDAKRPALPEIKPAQPPGPAQILPPGLTPGLPYPHQTPQGLMPYGQPRPPILGYGAGAVRPAVPTGGPPYPHAPYGAGRGNYDAFRGQGGYPGKPRNRMVRGDPRAIVEYRDLDAPDDVDFF # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 8pmp.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 2' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . GLY 856 856 ? A 171.784 167.706 173.856 1 1 C GLY 0.400 1 ATOM 2 C CA . GLY 856 856 ? A 171.681 166.832 175.089 1 1 C GLY 0.400 1 ATOM 3 C C . GLY 856 856 ? A 170.303 166.239 175.144 1 1 C GLY 0.400 1 ATOM 4 O O . GLY 856 856 ? A 169.386 167.009 175.296 1 1 C GLY 0.400 1 ATOM 5 N N . ASP 857 857 ? A 170.133 164.902 174.948 1 1 C ASP 0.590 1 ATOM 6 C CA . ASP 857 857 ? A 168.852 164.214 174.891 1 1 C ASP 0.590 1 ATOM 7 C C . ASP 857 857 ? A 168.025 164.386 176.187 1 1 C ASP 0.590 1 ATOM 8 O O . ASP 857 857 ? A 168.509 163.959 177.237 1 1 C ASP 0.590 1 ATOM 9 C CB . ASP 857 857 ? A 169.139 162.710 174.583 1 1 C ASP 0.590 1 ATOM 10 C CG . ASP 857 857 ? A 168.149 162.153 173.574 1 1 C ASP 0.590 1 ATOM 11 O OD1 . ASP 857 857 ? A 166.933 162.432 173.707 1 1 C ASP 0.590 1 ATOM 12 O OD2 . ASP 857 857 ? A 168.577 161.436 172.637 1 1 C ASP 0.590 1 ATOM 13 N N . PRO 858 858 ? A 166.840 164.999 176.261 1 1 C PRO 0.680 1 ATOM 14 C CA . PRO 858 858 ? A 166.311 165.416 177.548 1 1 C PRO 0.680 1 ATOM 15 C C . PRO 858 858 ? A 165.274 164.397 177.935 1 1 C PRO 0.680 1 ATOM 16 O O . PRO 858 858 ? A 164.083 164.699 178.034 1 1 C PRO 0.680 1 ATOM 17 C CB . PRO 858 858 ? A 165.724 166.812 177.290 1 1 C PRO 0.680 1 ATOM 18 C CG . PRO 858 858 ? A 165.298 166.775 175.820 1 1 C PRO 0.680 1 ATOM 19 C CD . PRO 858 858 ? A 166.306 165.818 175.180 1 1 C PRO 0.680 1 ATOM 20 N N . ARG 859 859 ? A 165.728 163.162 178.164 1 1 C ARG 0.620 1 ATOM 21 C CA . ARG 859 859 ? A 164.875 162.046 178.450 1 1 C ARG 0.620 1 ATOM 22 C C . ARG 859 859 ? A 165.746 160.930 178.973 1 1 C ARG 0.620 1 ATOM 23 O O . ARG 859 859 ? A 166.701 160.495 178.341 1 1 C ARG 0.620 1 ATOM 24 C CB . ARG 859 859 ? A 164.043 161.591 177.218 1 1 C ARG 0.620 1 ATOM 25 C CG . ARG 859 859 ? A 164.836 161.380 175.914 1 1 C ARG 0.620 1 ATOM 26 C CD . ARG 859 859 ? A 163.922 161.121 174.723 1 1 C ARG 0.620 1 ATOM 27 N NE . ARG 859 859 ? A 164.817 160.759 173.591 1 1 C ARG 0.620 1 ATOM 28 C CZ . ARG 859 859 ? A 164.472 160.036 172.535 1 1 C ARG 0.620 1 ATOM 29 N NH1 . ARG 859 859 ? A 163.225 159.562 172.419 1 1 C ARG 0.620 1 ATOM 30 N NH2 . ARG 859 859 ? A 165.360 159.801 171.575 1 1 C ARG 0.620 1 ATOM 31 N N . ALA 860 860 ? A 165.478 160.476 180.213 1 1 C ALA 0.820 1 ATOM 32 C CA . ALA 860 860 ? A 166.187 159.356 180.787 1 1 C ALA 0.820 1 ATOM 33 C C . ALA 860 860 ? A 165.951 158.038 180.047 1 1 C ALA 0.820 1 ATOM 34 O O . ALA 860 860 ? A 164.875 157.781 179.513 1 1 C ALA 0.820 1 ATOM 35 C CB . ALA 860 860 ? A 165.847 159.230 182.288 1 1 C ALA 0.820 1 ATOM 36 N N . ILE 861 861 ? A 166.986 157.170 179.981 1 1 C ILE 0.460 1 ATOM 37 C CA . ILE 861 861 ? A 166.874 155.830 179.415 1 1 C ILE 0.460 1 ATOM 38 C C . ILE 861 861 ? A 165.885 154.971 180.213 1 1 C ILE 0.460 1 ATOM 39 O O . ILE 861 861 ? A 165.824 155.032 181.437 1 1 C ILE 0.460 1 ATOM 40 C CB . ILE 861 861 ? A 168.254 155.167 179.310 1 1 C ILE 0.460 1 ATOM 41 C CG1 . ILE 861 861 ? A 169.208 155.994 178.407 1 1 C ILE 0.460 1 ATOM 42 C CG2 . ILE 861 861 ? A 168.180 153.714 178.776 1 1 C ILE 0.460 1 ATOM 43 C CD1 . ILE 861 861 ? A 170.677 155.881 178.841 1 1 C ILE 0.460 1 ATOM 44 N N . VAL 862 862 ? A 165.049 154.173 179.514 1 1 C VAL 0.880 1 ATOM 45 C CA . VAL 862 862 ? A 164.108 153.237 180.124 1 1 C VAL 0.880 1 ATOM 46 C C . VAL 862 862 ? A 164.795 152.059 180.810 1 1 C VAL 0.880 1 ATOM 47 O O . VAL 862 862 ? A 165.788 151.520 180.326 1 1 C VAL 0.880 1 ATOM 48 C CB . VAL 862 862 ? A 163.057 152.763 179.114 1 1 C VAL 0.880 1 ATOM 49 C CG1 . VAL 862 862 ? A 162.145 151.629 179.644 1 1 C VAL 0.880 1 ATOM 50 C CG2 . VAL 862 862 ? A 162.170 153.968 178.744 1 1 C VAL 0.880 1 ATOM 51 N N . GLU 863 863 ? A 164.247 151.607 181.958 1 1 C GLU 0.540 1 ATOM 52 C CA . GLU 863 863 ? A 164.719 150.450 182.681 1 1 C GLU 0.540 1 ATOM 53 C C . GLU 863 863 ? 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.670 2 1 3 0.260 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 856 GLY 1 0.400 2 1 A 857 ASP 1 0.590 3 1 A 858 PRO 1 0.680 4 1 A 859 ARG 1 0.620 5 1 A 860 ALA 1 0.820 6 1 A 861 ILE 1 0.460 7 1 A 862 VAL 1 0.880 8 1 A 863 GLU 1 0.540 9 1 A 864 TYR 1 0.540 10 1 A 865 ARG 1 0.830 11 1 A 866 ASP 1 0.930 12 1 A 867 LEU 1 0.550 13 1 A 868 ASP 1 0.550 14 1 A 869 ALA 1 0.880 15 1 A 870 PRO 1 0.790 16 1 A 871 ASP 1 0.800 17 1 A 872 ASP 1 0.830 18 1 A 873 VAL 1 0.850 19 1 A 874 ASP 1 0.840 20 1 A 875 PHE 1 0.390 21 1 A 876 PHE 1 0.290 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #