data_SMR-73d5aeadf75c3e92f2b829cfa4f4f323_2 _entry.id SMR-73d5aeadf75c3e92f2b829cfa4f4f323_2 _struct.entry_id SMR-73d5aeadf75c3e92f2b829cfa4f4f323_2 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - O60462/ NRP2_HUMAN, Neuropilin-2 Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries O60462' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 118679.600 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP NRP2_HUMAN O60462 1 ;MDMFPLTWVFLALYFSRHQVRGQPDPPCGGRLNSKDAGYITSPGYPQDYPSHQNCEWIVYAPEPNQKIVL NFNPHFEIEKHDCKYDFIEIRDGDSESADLLGKHCGNIAPPTIISSGSMLYIKFTSDYARQGAGFSLRYE IFKTGSEDCSKNFTSPNGTIESPGFPEKYPHNLDCTFTILAKPKMEIILQFLIFDLEHDPLQVGEGDCKY DWLDIWDGIPHVGPLIGKYCGTKTPSELRSSTGILSLTFHTDMAVAKDGFSARYYLVHQEPLENFQCNVP LGMESGRIANEQISASSTYSDGRWTPQQSRLHGDDNGWTPNLDSNKEYLQVDLRFLTMLTAIATQGAISR ETQNGYYVKSYKLEVSTNGEDWMVYRHGKNHKVFQANNDATEVVLNKLHAPLLTRFVRIRPQTWHSGIAL RLELFGCRVTDAPCSNMLGMLSGLIADSQISASSTQEYLWSPSAARLVSSRSGWFPRIPQAQPGEEWLQV DLGTPKTVKGVIIQGARGGDSITAVEARAFVRKFKVSYSLNGKDWEYIQDPRTQQPKLFEGNMHYDTPDI RRFDPIPAQYVRVYPERWSPAGIGMRLEVLGCDWTDSKPTVETLGPTVKSEETTTPYPTEEEATECGENC SFEDDKDLQLPSGFNCNFDFLEEPCGWMYDHAKWLRTTWASSSSPNDRTFPDDRNFLRLQSDSQREGQYA RLISPPVHLPRSPVCMEFQYQATGGRGVALQVVREASQESKLLWVIREDQGGEWKHGRIILPSYDMEYQI VFEGVIGKGRSGEIAIDDIRISTDVPLENCMEPISAFADEYEVDWSNSSSATSGSGAPSTDKEKSWLYTL DPILITIIAMSSLGVLLGATCAGLLLYCTCSYSGLSSRSCTTLENYNFELYDGLKHKVKMNHQKCCSEA ; Neuropilin-2 # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 909 1 909 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . NRP2_HUMAN O60462 O60462-2 1 909 9606 'Homo sapiens (Human)' 2018-03-28 983E34FD23E3B3FB # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MDMFPLTWVFLALYFSRHQVRGQPDPPCGGRLNSKDAGYITSPGYPQDYPSHQNCEWIVYAPEPNQKIVL NFNPHFEIEKHDCKYDFIEIRDGDSESADLLGKHCGNIAPPTIISSGSMLYIKFTSDYARQGAGFSLRYE IFKTGSEDCSKNFTSPNGTIESPGFPEKYPHNLDCTFTILAKPKMEIILQFLIFDLEHDPLQVGEGDCKY DWLDIWDGIPHVGPLIGKYCGTKTPSELRSSTGILSLTFHTDMAVAKDGFSARYYLVHQEPLENFQCNVP LGMESGRIANEQISASSTYSDGRWTPQQSRLHGDDNGWTPNLDSNKEYLQVDLRFLTMLTAIATQGAISR ETQNGYYVKSYKLEVSTNGEDWMVYRHGKNHKVFQANNDATEVVLNKLHAPLLTRFVRIRPQTWHSGIAL RLELFGCRVTDAPCSNMLGMLSGLIADSQISASSTQEYLWSPSAARLVSSRSGWFPRIPQAQPGEEWLQV DLGTPKTVKGVIIQGARGGDSITAVEARAFVRKFKVSYSLNGKDWEYIQDPRTQQPKLFEGNMHYDTPDI RRFDPIPAQYVRVYPERWSPAGIGMRLEVLGCDWTDSKPTVETLGPTVKSEETTTPYPTEEEATECGENC SFEDDKDLQLPSGFNCNFDFLEEPCGWMYDHAKWLRTTWASSSSPNDRTFPDDRNFLRLQSDSQREGQYA RLISPPVHLPRSPVCMEFQYQATGGRGVALQVVREASQESKLLWVIREDQGGEWKHGRIILPSYDMEYQI VFEGVIGKGRSGEIAIDDIRISTDVPLENCMEPISAFADEYEVDWSNSSSATSGSGAPSTDKEKSWLYTL DPILITIIAMSSLGVLLGATCAGLLLYCTCSYSGLSSRSCTTLENYNFELYDGLKHKVKMNHQKCCSEA ; ;MDMFPLTWVFLALYFSRHQVRGQPDPPCGGRLNSKDAGYITSPGYPQDYPSHQNCEWIVYAPEPNQKIVL NFNPHFEIEKHDCKYDFIEIRDGDSESADLLGKHCGNIAPPTIISSGSMLYIKFTSDYARQGAGFSLRYE IFKTGSEDCSKNFTSPNGTIESPGFPEKYPHNLDCTFTILAKPKMEIILQFLIFDLEHDPLQVGEGDCKY DWLDIWDGIPHVGPLIGKYCGTKTPSELRSSTGILSLTFHTDMAVAKDGFSARYYLVHQEPLENFQCNVP LGMESGRIANEQISASSTYSDGRWTPQQSRLHGDDNGWTPNLDSNKEYLQVDLRFLTMLTAIATQGAISR ETQNGYYVKSYKLEVSTNGEDWMVYRHGKNHKVFQANNDATEVVLNKLHAPLLTRFVRIRPQTWHSGIAL RLELFGCRVTDAPCSNMLGMLSGLIADSQISASSTQEYLWSPSAARLVSSRSGWFPRIPQAQPGEEWLQV DLGTPKTVKGVIIQGARGGDSITAVEARAFVRKFKVSYSLNGKDWEYIQDPRTQQPKLFEGNMHYDTPDI RRFDPIPAQYVRVYPERWSPAGIGMRLEVLGCDWTDSKPTVETLGPTVKSEETTTPYPTEEEATECGENC SFEDDKDLQLPSGFNCNFDFLEEPCGWMYDHAKWLRTTWASSSSPNDRTFPDDRNFLRLQSDSQREGQYA RLISPPVHLPRSPVCMEFQYQATGGRGVALQVVREASQESKLLWVIREDQGGEWKHGRIILPSYDMEYQI VFEGVIGKGRSGEIAIDDIRISTDVPLENCMEPISAFADEYEVDWSNSSSATSGSGAPSTDKEKSWLYTL DPILITIIAMSSLGVLLGATCAGLLLYCTCSYSGLSSRSCTTLENYNFELYDGLKHKVKMNHQKCCSEA ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 ASP . 1 3 MET . 1 4 PHE . 1 5 PRO . 1 6 LEU . 1 7 THR . 1 8 TRP . 1 9 VAL . 1 10 PHE . 1 11 LEU . 1 12 ALA . 1 13 LEU . 1 14 TYR . 1 15 PHE . 1 16 SER . 1 17 ARG . 1 18 HIS . 1 19 GLN . 1 20 VAL . 1 21 ARG . 1 22 GLY . 1 23 GLN . 1 24 PRO . 1 25 ASP . 1 26 PRO . 1 27 PRO . 1 28 CYS . 1 29 GLY . 1 30 GLY . 1 31 ARG . 1 32 LEU . 1 33 ASN . 1 34 SER . 1 35 LYS . 1 36 ASP . 1 37 ALA . 1 38 GLY . 1 39 TYR . 1 40 ILE . 1 41 THR . 1 42 SER . 1 43 PRO . 1 44 GLY . 1 45 TYR . 1 46 PRO . 1 47 GLN . 1 48 ASP . 1 49 TYR . 1 50 PRO . 1 51 SER . 1 52 HIS . 1 53 GLN . 1 54 ASN . 1 55 CYS . 1 56 GLU . 1 57 TRP . 1 58 ILE . 1 59 VAL . 1 60 TYR . 1 61 ALA . 1 62 PRO . 1 63 GLU . 1 64 PRO . 1 65 ASN . 1 66 GLN . 1 67 LYS . 1 68 ILE . 1 69 VAL . 1 70 LEU . 1 71 ASN . 1 72 PHE . 1 73 ASN . 1 74 PRO . 1 75 HIS . 1 76 PHE . 1 77 GLU . 1 78 ILE . 1 79 GLU . 1 80 LYS . 1 81 HIS . 1 82 ASP . 1 83 CYS . 1 84 LYS . 1 85 TYR . 1 86 ASP . 1 87 PHE . 1 88 ILE . 1 89 GLU . 1 90 ILE . 1 91 ARG . 1 92 ASP . 1 93 GLY . 1 94 ASP . 1 95 SER . 1 96 GLU . 1 97 SER . 1 98 ALA . 1 99 ASP . 1 100 LEU . 1 101 LEU . 1 102 GLY . 1 103 LYS . 1 104 HIS . 1 105 CYS . 1 106 GLY . 1 107 ASN . 1 108 ILE . 1 109 ALA . 1 110 PRO . 1 111 PRO . 1 112 THR . 1 113 ILE . 1 114 ILE . 1 115 SER . 1 116 SER . 1 117 GLY . 1 118 SER . 1 119 MET . 1 120 LEU . 1 121 TYR . 1 122 ILE . 1 123 LYS . 1 124 PHE . 1 125 THR . 1 126 SER . 1 127 ASP . 1 128 TYR . 1 129 ALA . 1 130 ARG . 1 131 GLN . 1 132 GLY . 1 133 ALA . 1 134 GLY . 1 135 PHE . 1 136 SER . 1 137 LEU . 1 138 ARG . 1 139 TYR . 1 140 GLU . 1 141 ILE . 1 142 PHE . 1 143 LYS . 1 144 THR . 1 145 GLY . 1 146 SER . 1 147 GLU . 1 148 ASP . 1 149 CYS . 1 150 SER . 1 151 LYS . 1 152 ASN . 1 153 PHE . 1 154 THR . 1 155 SER . 1 156 PRO . 1 157 ASN . 1 158 GLY . 1 159 THR . 1 160 ILE . 1 161 GLU . 1 162 SER . 1 163 PRO . 1 164 GLY . 1 165 PHE . 1 166 PRO . 1 167 GLU . 1 168 LYS . 1 169 TYR . 1 170 PRO . 1 171 HIS . 1 172 ASN . 1 173 LEU . 1 174 ASP . 1 175 CYS . 1 176 THR . 1 177 PHE . 1 178 THR . 1 179 ILE . 1 180 LEU . 1 181 ALA . 1 182 LYS . 1 183 PRO . 1 184 LYS . 1 185 MET . 1 186 GLU . 1 187 ILE . 1 188 ILE . 1 189 LEU . 1 190 GLN . 1 191 PHE . 1 192 LEU . 1 193 ILE . 1 194 PHE . 1 195 ASP . 1 196 LEU . 1 197 GLU . 1 198 HIS . 1 199 ASP . 1 200 PRO . 1 201 LEU . 1 202 GLN . 1 203 VAL . 1 204 GLY . 1 205 GLU . 1 206 GLY . 1 207 ASP . 1 208 CYS . 1 209 LYS . 1 210 TYR . 1 211 ASP . 1 212 TRP . 1 213 LEU . 1 214 ASP . 1 215 ILE . 1 216 TRP . 1 217 ASP . 1 218 GLY . 1 219 ILE . 1 220 PRO . 1 221 HIS . 1 222 VAL . 1 223 GLY . 1 224 PRO . 1 225 LEU . 1 226 ILE . 1 227 GLY . 1 228 LYS . 1 229 TYR . 1 230 CYS . 1 231 GLY . 1 232 THR . 1 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A 1 845 ILE 845 845 ILE ILE A . A 1 846 THR 846 846 THR THR A . A 1 847 ILE 847 847 ILE ILE A . A 1 848 ILE 848 848 ILE ILE A . A 1 849 ALA 849 849 ALA ALA A . A 1 850 MET 850 850 MET MET A . A 1 851 SER 851 851 SER SER A . A 1 852 SER 852 852 SER SER A . A 1 853 LEU 853 853 LEU LEU A . A 1 854 GLY 854 854 GLY GLY A . A 1 855 VAL 855 855 VAL VAL A . A 1 856 LEU 856 856 LEU LEU A . A 1 857 LEU 857 857 LEU LEU A . A 1 858 GLY 858 858 GLY GLY A . A 1 859 ALA 859 859 ALA ALA A . A 1 860 THR 860 860 THR THR A . A 1 861 CYS 861 861 CYS CYS A . A 1 862 ALA 862 862 ALA ALA A . A 1 863 GLY 863 863 GLY GLY A . A 1 864 LEU 864 864 LEU LEU A . A 1 865 LEU 865 865 LEU LEU A . A 1 866 LEU 866 866 LEU LEU A . A 1 867 TYR 867 867 TYR TYR A . A 1 868 CYS 868 ? ? ? A . A 1 869 THR 869 ? ? ? A . A 1 870 CYS 870 ? ? ? A . A 1 871 SER 871 ? ? ? A . A 1 872 TYR 872 ? ? ? A . A 1 873 SER 873 ? ? ? A . A 1 874 GLY 874 ? ? ? A . A 1 875 LEU 875 ? ? ? A . A 1 876 SER 876 ? ? ? A . A 1 877 SER 877 ? ? ? A . A 1 878 ARG 878 ? ? ? A . A 1 879 SER 879 ? ? ? A . A 1 880 CYS 880 ? ? ? A . A 1 881 THR 881 ? ? ? A . A 1 882 THR 882 ? ? ? A . A 1 883 LEU 883 ? ? ? A . A 1 884 GLU 884 ? ? ? A . A 1 885 ASN 885 ? ? ? A . A 1 886 TYR 886 ? ? ? A . A 1 887 ASN 887 ? ? ? A . A 1 888 PHE 888 ? ? ? A . A 1 889 GLU 889 ? ? ? A . A 1 890 LEU 890 ? ? ? A . A 1 891 TYR 891 ? ? ? A . A 1 892 ASP 892 ? ? ? A . A 1 893 GLY 893 ? ? ? A . A 1 894 LEU 894 ? ? ? A . A 1 895 LYS 895 ? ? ? A . A 1 896 HIS 896 ? ? ? A . A 1 897 LYS 897 ? ? ? A . A 1 898 VAL 898 ? ? ? A . A 1 899 LYS 899 ? ? ? A . A 1 900 MET 900 ? ? ? A . A 1 901 ASN 901 ? ? ? A . A 1 902 HIS 902 ? ? ? A . A 1 903 GLN 903 ? ? ? A . A 1 904 LYS 904 ? ? ? A . A 1 905 CYS 905 ? ? ? A . A 1 906 CYS 906 ? ? ? A . A 1 907 SER 907 ? ? ? A . A 1 908 GLU 908 ? ? ? A . A 1 909 ALA 909 ? ? ? A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Syndecan-2 {PDB ID=6ith, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=6ith.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 6ith, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 2' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-14 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-08 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 MEQSTEVLAAVIAGGVIGFLFAIFLILLLVYRMRKHHHHHH MEQSTEVLAAVIAGGVIGFLFAIFLILLLVYRMRKHHHHHH # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 7 31 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 6ith 2024-05-15 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 909 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 909 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 5.600 32.000 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MDMFPLTWVFLALYFSRHQVRGQPDPPCGGRLNSKDAGYITSPGYPQDYPSHQNCEWIVYAPEPNQKIVLNFNPHFEIEKHDCKYDFIEIRDGDSESADLLGKHCGNIAPPTIISSGSMLYIKFTSDYARQGAGFSLRYEIFKTGSEDCSKNFTSPNGTIESPGFPEKYPHNLDCTFTILAKPKMEIILQFLIFDLEHDPLQVGEGDCKYDWLDIWDGIPHVGPLIGKYCGTKTPSELRSSTGILSLTFHTDMAVAKDGFSARYYLVHQEPLENFQCNVPLGMESGRIANEQISASSTYSDGRWTPQQSRLHGDDNGWTPNLDSNKEYLQVDLRFLTMLTAIATQGAISRETQNGYYVKSYKLEVSTNGEDWMVYRHGKNHKVFQANNDATEVVLNKLHAPLLTRFVRIRPQTWHSGIALRLELFGCRVTDAPCSNMLGMLSGLIADSQISASSTQEYLWSPSAARLVSSRSGWFPRIPQAQPGEEWLQVDLGTPKTVKGVIIQGARGGDSITAVEARAFVRKFKVSYSLNGKDWEYIQDPRTQQPKLFEGNMHYDTPDIRRFDPIPAQYVRVYPERWSPAGIGMRLEVLGCDWTDSKPTVETLGPTVKSEETTTPYPTEEEATECGENCSFEDDKDLQLPSGFNCNFDFLEEPCGWMYDHAKWLRTTWASSSSPNDRTFPDDRNFLRLQSDSQREGQYARLISPPVHLPRSPVCMEFQYQATGGRGVALQVVREASQESKLLWVIREDQGGEWKHGRIILPSYDMEYQIVFEGVIGKGRSGEIAIDDIRISTDVPLENCMEPISAFADEYEVDWSNSSSATSGSGAPSTDKEKSWLYTLDPILITIIAMSSLGVLLGATCAGLLLYCTCSYSGLSSRSCTTLENYNFELYDGLKHKVKMNHQKCCSEA 2 1 2 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------VLAAVIAGGVIGFLFAIFLILLLVY------------------------------------------ # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 6ith.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 2' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . ILE 843 843 ? A 6.539 8.020 0.326 1 1 A ILE 0.410 1 ATOM 2 C CA . ILE 843 843 ? A 5.265 8.437 1.024 1 1 A ILE 0.410 1 ATOM 3 C C . ILE 843 843 ? A 5.084 7.754 2.356 1 1 A ILE 0.410 1 ATOM 4 O O . ILE 843 843 ? A 5.033 8.439 3.364 1 1 A ILE 0.410 1 ATOM 5 C CB . ILE 843 843 ? A 4.041 8.284 0.125 1 1 A ILE 0.410 1 ATOM 6 C CG1 . ILE 843 843 ? A 4.175 9.208 -1.105 1 1 A ILE 0.410 1 ATOM 7 C CG2 . ILE 843 843 ? A 2.730 8.615 0.889 1 1 A ILE 0.410 1 ATOM 8 C CD1 . ILE 843 843 ? A 3.147 8.899 -2.195 1 1 A ILE 0.410 1 ATOM 9 N N . LEU 844 844 ? A 5.055 6.398 2.423 1 1 A LEU 0.530 1 ATOM 10 C CA . LEU 844 844 ? A 4.886 5.661 3.672 1 1 A LEU 0.530 1 ATOM 11 C C . LEU 844 844 ? A 5.850 6.076 4.777 1 1 A LEU 0.530 1 ATOM 12 O O . LEU 844 844 ? A 5.420 6.451 5.861 1 1 A LEU 0.530 1 ATOM 13 C CB . LEU 844 844 ? A 5.057 4.153 3.379 1 1 A LEU 0.530 1 ATOM 14 C CG . LEU 844 844 ? A 3.820 3.494 2.738 1 1 A LEU 0.530 1 ATOM 15 C CD1 . LEU 844 844 ? A 4.196 2.177 2.042 1 1 A LEU 0.530 1 ATOM 16 C CD2 . LEU 844 844 ? A 2.743 3.243 3.804 1 1 A LEU 0.530 1 ATOM 17 N N . ILE 845 845 ? A 7.167 6.141 4.482 1 1 A ILE 0.400 1 ATOM 18 C CA . ILE 845 845 ? A 8.210 6.569 5.413 1 1 A ILE 0.400 1 ATOM 19 C C . ILE 845 845 ? A 7.943 7.949 5.988 1 1 A ILE 0.400 1 ATOM 20 O O . ILE 845 845 ? A 8.002 8.156 7.199 1 1 A ILE 0.400 1 ATOM 21 C CB . ILE 845 845 ? A 9.572 6.564 4.718 1 1 A ILE 0.400 1 ATOM 22 C CG1 . ILE 845 845 ? A 9.951 5.117 4.330 1 1 A ILE 0.400 1 ATOM 23 C CG2 . ILE 845 845 ? A 10.661 7.203 5.615 1 1 A ILE 0.400 1 ATOM 24 C CD1 . ILE 845 845 ? A 11.167 5.022 3.402 1 1 A ILE 0.400 1 ATOM 25 N N . THR 846 846 ? A 7.567 8.909 5.116 1 1 A THR 0.520 1 ATOM 26 C CA . THR 846 846 ? A 7.193 10.265 5.496 1 1 A THR 0.520 1 ATOM 27 C C . THR 846 846 ? A 6.012 10.288 6.443 1 1 A THR 0.520 1 ATOM 28 O O . THR 846 846 ? A 6.081 10.892 7.507 1 1 A THR 0.520 1 ATOM 29 C CB . THR 846 846 ? A 6.821 11.131 4.288 1 1 A THR 0.520 1 ATOM 30 O OG1 . THR 846 846 ? A 7.827 11.105 3.282 1 1 A THR 0.520 1 ATOM 31 C CG2 . THR 846 846 ? A 6.609 12.597 4.688 1 1 A THR 0.520 1 ATOM 32 N N . ILE 847 847 ? A 4.918 9.563 6.128 1 1 A ILE 0.520 1 ATOM 33 C CA . ILE 847 847 ? A 3.739 9.465 6.983 1 1 A ILE 0.520 1 ATOM 34 C C . ILE 847 847 ? A 4.074 8.869 8.345 1 1 A ILE 0.520 1 ATOM 35 O O . ILE 847 847 ? A 3.692 9.409 9.382 1 1 A ILE 0.520 1 ATOM 36 C CB . ILE 847 847 ? A 2.631 8.650 6.305 1 1 A ILE 0.520 1 ATOM 37 C CG1 . ILE 847 847 ? A 2.099 9.381 5.049 1 1 A ILE 0.520 1 ATOM 38 C CG2 . ILE 847 847 ? A 1.467 8.349 7.281 1 1 A ILE 0.520 1 ATOM 39 C CD1 . ILE 847 847 ? A 1.219 8.488 4.167 1 1 A ILE 0.520 1 ATOM 40 N N . ILE 848 848 ? A 4.855 7.768 8.382 1 1 A ILE 0.630 1 ATOM 41 C CA . ILE 848 848 ? A 5.253 7.103 9.618 1 1 A ILE 0.630 1 ATOM 42 C C . ILE 848 848 ? A 6.065 8.017 10.528 1 1 A ILE 0.630 1 ATOM 43 O O . ILE 848 848 ? A 5.784 8.125 11.723 1 1 A ILE 0.630 1 ATOM 44 C CB . ILE 848 848 ? A 6.060 5.835 9.328 1 1 A ILE 0.630 1 ATOM 45 C CG1 . ILE 848 848 ? A 5.235 4.793 8.536 1 1 A ILE 0.630 1 ATOM 46 C CG2 . ILE 848 848 ? A 6.587 5.190 10.632 1 1 A ILE 0.630 1 ATOM 47 C CD1 . ILE 848 848 ? A 6.122 3.859 7.703 1 1 A ILE 0.630 1 ATOM 48 N N . ALA 849 849 ? A 7.061 8.734 9.960 1 1 A ALA 0.650 1 ATOM 49 C CA . ALA 849 849 ? A 7.883 9.694 10.669 1 1 A ALA 0.650 1 ATOM 50 C C . ALA 849 849 ? A 7.072 10.856 11.228 1 1 A ALA 0.650 1 ATOM 51 O O . ALA 849 849 ? A 7.214 11.234 12.386 1 1 A ALA 0.650 1 ATOM 52 C CB . ALA 849 849 ? A 8.998 10.212 9.734 1 1 A ALA 0.650 1 ATOM 53 N N . MET 850 850 ? A 6.145 11.422 10.434 1 1 A MET 0.630 1 ATOM 54 C CA . MET 850 850 ? A 5.253 12.476 10.881 1 1 A MET 0.630 1 ATOM 55 C C . MET 850 850 ? A 4.343 12.051 12.024 1 1 A MET 0.630 1 ATOM 56 O O . MET 850 850 ? A 4.198 12.765 13.014 1 1 A MET 0.630 1 ATOM 57 C CB . MET 850 850 ? A 4.403 12.989 9.695 1 1 A MET 0.630 1 ATOM 58 C CG . MET 850 850 ? A 5.225 13.755 8.635 1 1 A MET 0.630 1 ATOM 59 S SD . MET 850 850 ? 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.517 2 1 3 0 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 843 ILE 1 0.410 2 1 A 844 LEU 1 0.530 3 1 A 845 ILE 1 0.400 4 1 A 846 THR 1 0.520 5 1 A 847 ILE 1 0.520 6 1 A 848 ILE 1 0.630 7 1 A 849 ALA 1 0.650 8 1 A 850 MET 1 0.630 9 1 A 851 SER 1 0.620 10 1 A 852 SER 1 0.620 11 1 A 853 LEU 1 0.630 12 1 A 854 GLY 1 0.610 13 1 A 855 VAL 1 0.640 14 1 A 856 LEU 1 0.640 15 1 A 857 LEU 1 0.630 16 1 A 858 GLY 1 0.610 17 1 A 859 ALA 1 0.620 18 1 A 860 THR 1 0.610 19 1 A 861 CYS 1 0.550 20 1 A 862 ALA 1 0.500 21 1 A 863 GLY 1 0.370 22 1 A 864 LEU 1 0.270 23 1 A 865 LEU 1 0.260 24 1 A 866 LEU 1 0.230 25 1 A 867 TYR 1 0.220 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #