data_SMR-aa00a15a9c57f08bd62ae376f1acb792_4 _entry.id SMR-aa00a15a9c57f08bd62ae376f1acb792_4 _struct.entry_id SMR-aa00a15a9c57f08bd62ae376f1acb792_4 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q8TE49/ OTU7A_HUMAN, OTU domain-containing protein 7A Estimated model accuracy of this model is 0.029, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q8TE49' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 117488.130 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP OTU7A_HUMAN Q8TE49 1 ;MVSSVLPNPTSAECWAALLHDPMTLDMDAVLSDFVRSTGAEPGLARDLLEGKNWDLTAALSDYEQLRQVH TANLPHVFNEGRGPKQPEREPQPGHKVERPCLQRQDDIAQEKRLSRGISHASSAIVSLARSHVASECNNE QFPLEMPIYTFQLPDLSVYSEDFRSFIERDLIEQATMVALEQAGRLNWWSTVCTSCKRLLPLATTGDGNC LLHAASLGMWGFHDRDLVLRKALYTMMRTGAEREALKRRWRWQQTQQNKEEEWEREWTELLKLASSEPRT HFSKNGGTGGGVDNSEDPVYESLEEFHVFVLAHILRRPIVVVADTMLRDSGGEAFAPIPFGGIYLPLEVP PNRCHCSPLVLAYDQAHFSALVSMEQRDQQREQAVIPLTDSEHKLLPLHFAVDPGKDWEWGKDDNDNARL AHLILSLEAKLNLLHSYMNVTWIRIPSETRAPLAQPESPTASAGEDVQSLADSLDSDRDSVCSNSNSNNG KNGKDKEKEKQRKEKDKTRADSVANKLGSFSKTLGIKLKKNMGGLGGLVHGKMGRANSANGKNGDSAERG KEKKAKSRKGSKEESGASASTSPSEKTTPSPTDKAAGASPAEKGGGPRGDAWKYSTDVKLSLNILRAAMQ GERKFIFAGLLLTSHRHQFHEEMIGYYLTSAQERFSAEQEQRRRDAATAAAAAAAAAAATAKRPPRRPET EGVPVPERASPGPPTQLVLKLKERPSPGPAAGRAARAAAGGTASPGGGARRASASGPVPGRSPPAPARQS VIHVQASGARDEACAPAVGALRPCATYPQQNRSLSSQSYSPARAAALRTVNTVESLARAVPGALPGAAGT AGAAEHKSQTYTNGFGALRDGLEFADADAPTARSNGECGRGGPGPVQRRCQRENCAFYGRAETEHYCSYC YREELRRRREARGARP ; 'OTU domain-containing protein 7A' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 926 1 926 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . OTU7A_HUMAN Q8TE49 . 1 926 9606 'Homo sapiens (Human)' 2002-06-01 6E4623C2EB2C8058 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no B ;MVSSVLPNPTSAECWAALLHDPMTLDMDAVLSDFVRSTGAEPGLARDLLEGKNWDLTAALSDYEQLRQVH TANLPHVFNEGRGPKQPEREPQPGHKVERPCLQRQDDIAQEKRLSRGISHASSAIVSLARSHVASECNNE QFPLEMPIYTFQLPDLSVYSEDFRSFIERDLIEQATMVALEQAGRLNWWSTVCTSCKRLLPLATTGDGNC LLHAASLGMWGFHDRDLVLRKALYTMMRTGAEREALKRRWRWQQTQQNKEEEWEREWTELLKLASSEPRT HFSKNGGTGGGVDNSEDPVYESLEEFHVFVLAHILRRPIVVVADTMLRDSGGEAFAPIPFGGIYLPLEVP PNRCHCSPLVLAYDQAHFSALVSMEQRDQQREQAVIPLTDSEHKLLPLHFAVDPGKDWEWGKDDNDNARL AHLILSLEAKLNLLHSYMNVTWIRIPSETRAPLAQPESPTASAGEDVQSLADSLDSDRDSVCSNSNSNNG KNGKDKEKEKQRKEKDKTRADSVANKLGSFSKTLGIKLKKNMGGLGGLVHGKMGRANSANGKNGDSAERG KEKKAKSRKGSKEESGASASTSPSEKTTPSPTDKAAGASPAEKGGGPRGDAWKYSTDVKLSLNILRAAMQ GERKFIFAGLLLTSHRHQFHEEMIGYYLTSAQERFSAEQEQRRRDAATAAAAAAAAAAATAKRPPRRPET EGVPVPERASPGPPTQLVLKLKERPSPGPAAGRAARAAAGGTASPGGGARRASASGPVPGRSPPAPARQS VIHVQASGARDEACAPAVGALRPCATYPQQNRSLSSQSYSPARAAALRTVNTVESLARAVPGALPGAAGT AGAAEHKSQTYTNGFGALRDGLEFADADAPTARSNGECGRGGPGPVQRRCQRENCAFYGRAETEHYCSYC YREELRRRREARGARP ; ;MVSSVLPNPTSAECWAALLHDPMTLDMDAVLSDFVRSTGAEPGLARDLLEGKNWDLTAALSDYEQLRQVH TANLPHVFNEGRGPKQPEREPQPGHKVERPCLQRQDDIAQEKRLSRGISHASSAIVSLARSHVASECNNE QFPLEMPIYTFQLPDLSVYSEDFRSFIERDLIEQATMVALEQAGRLNWWSTVCTSCKRLLPLATTGDGNC LLHAASLGMWGFHDRDLVLRKALYTMMRTGAEREALKRRWRWQQTQQNKEEEWEREWTELLKLASSEPRT HFSKNGGTGGGVDNSEDPVYESLEEFHVFVLAHILRRPIVVVADTMLRDSGGEAFAPIPFGGIYLPLEVP PNRCHCSPLVLAYDQAHFSALVSMEQRDQQREQAVIPLTDSEHKLLPLHFAVDPGKDWEWGKDDNDNARL AHLILSLEAKLNLLHSYMNVTWIRIPSETRAPLAQPESPTASAGEDVQSLADSLDSDRDSVCSNSNSNNG KNGKDKEKEKQRKEKDKTRADSVANKLGSFSKTLGIKLKKNMGGLGGLVHGKMGRANSANGKNGDSAERG KEKKAKSRKGSKEESGASASTSPSEKTTPSPTDKAAGASPAEKGGGPRGDAWKYSTDVKLSLNILRAAMQ GERKFIFAGLLLTSHRHQFHEEMIGYYLTSAQERFSAEQEQRRRDAATAAAAAAAAAAATAKRPPRRPET EGVPVPERASPGPPTQLVLKLKERPSPGPAAGRAARAAAGGTASPGGGARRASASGPVPGRSPPAPARQS VIHVQASGARDEACAPAVGALRPCATYPQQNRSLSSQSYSPARAAALRTVNTVESLARAVPGALPGAAGT AGAAEHKSQTYTNGFGALRDGLEFADADAPTARSNGECGRGGPGPVQRRCQRENCAFYGRAETEHYCSYC YREELRRRREARGARP ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 VAL . 1 3 SER . 1 4 SER . 1 5 VAL . 1 6 LEU . 1 7 PRO . 1 8 ASN . 1 9 PRO . 1 10 THR . 1 11 SER . 1 12 ALA . 1 13 GLU . 1 14 CYS . 1 15 TRP . 1 16 ALA . 1 17 ALA . 1 18 LEU . 1 19 LEU . 1 20 HIS . 1 21 ASP . 1 22 PRO . 1 23 MET . 1 24 THR . 1 25 LEU . 1 26 ASP . 1 27 MET . 1 28 ASP . 1 29 ALA . 1 30 VAL . 1 31 LEU . 1 32 SER . 1 33 ASP . 1 34 PHE . 1 35 VAL . 1 36 ARG . 1 37 SER . 1 38 THR . 1 39 GLY . 1 40 ALA . 1 41 GLU . 1 42 PRO . 1 43 GLY . 1 44 LEU . 1 45 ALA . 1 46 ARG . 1 47 ASP . 1 48 LEU . 1 49 LEU . 1 50 GLU . 1 51 GLY . 1 52 LYS . 1 53 ASN . 1 54 TRP . 1 55 ASP . 1 56 LEU . 1 57 THR . 1 58 ALA . 1 59 ALA . 1 60 LEU . 1 61 SER . 1 62 ASP . 1 63 TYR . 1 64 GLU . 1 65 GLN . 1 66 LEU . 1 67 ARG . 1 68 GLN . 1 69 VAL . 1 70 HIS . 1 71 THR . 1 72 ALA . 1 73 ASN . 1 74 LEU . 1 75 PRO . 1 76 HIS . 1 77 VAL . 1 78 PHE . 1 79 ASN . 1 80 GLU . 1 81 GLY . 1 82 ARG . 1 83 GLY . 1 84 PRO . 1 85 LYS . 1 86 GLN . 1 87 PRO . 1 88 GLU . 1 89 ARG . 1 90 GLU . 1 91 PRO . 1 92 GLN . 1 93 PRO . 1 94 GLY . 1 95 HIS . 1 96 LYS . 1 97 VAL . 1 98 GLU . 1 99 ARG . 1 100 PRO . 1 101 CYS . 1 102 LEU . 1 103 GLN . 1 104 ARG . 1 105 GLN . 1 106 ASP . 1 107 ASP . 1 108 ILE . 1 109 ALA . 1 110 GLN . 1 111 GLU . 1 112 LYS . 1 113 ARG . 1 114 LEU . 1 115 SER . 1 116 ARG . 1 117 GLY . 1 118 ILE . 1 119 SER . 1 120 HIS . 1 121 ALA . 1 122 SER . 1 123 SER . 1 124 ALA . 1 125 ILE . 1 126 VAL . 1 127 SER . 1 128 LEU . 1 129 ALA . 1 130 ARG . 1 131 SER . 1 132 HIS . 1 133 VAL . 1 134 ALA . 1 135 SER . 1 136 GLU . 1 137 CYS . 1 138 ASN . 1 139 ASN . 1 140 GLU . 1 141 GLN . 1 142 PHE . 1 143 PRO . 1 144 LEU . 1 145 GLU . 1 146 MET . 1 147 PRO . 1 148 ILE . 1 149 TYR . 1 150 THR . 1 151 PHE . 1 152 GLN . 1 153 LEU . 1 154 PRO . 1 155 ASP . 1 156 LEU . 1 157 SER . 1 158 VAL . 1 159 TYR . 1 160 SER . 1 161 GLU . 1 162 ASP . 1 163 PHE . 1 164 ARG . 1 165 SER . 1 166 PHE . 1 167 ILE . 1 168 GLU . 1 169 ARG . 1 170 ASP . 1 171 LEU . 1 172 ILE . 1 173 GLU . 1 174 GLN . 1 175 ALA . 1 176 THR . 1 177 MET . 1 178 VAL . 1 179 ALA . 1 180 LEU . 1 181 GLU . 1 182 GLN . 1 183 ALA . 1 184 GLY . 1 185 ARG . 1 186 LEU . 1 187 ASN . 1 188 TRP . 1 189 TRP . 1 190 SER . 1 191 THR . 1 192 VAL . 1 193 CYS . 1 194 THR . 1 195 SER . 1 196 CYS . 1 197 LYS . 1 198 ARG . 1 199 LEU . 1 200 LEU . 1 201 PRO . 1 202 LEU . 1 203 ALA . 1 204 THR . 1 205 THR . 1 206 GLY . 1 207 ASP . 1 208 GLY . 1 209 ASN . 1 210 CYS . 1 211 LEU . 1 212 LEU . 1 213 HIS . 1 214 ALA . 1 215 ALA . 1 216 SER . 1 217 LEU . 1 218 GLY . 1 219 MET . 1 220 TRP . 1 221 GLY . 1 222 PHE . 1 223 HIS . 1 224 ASP . 1 225 ARG 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A 1 877 GLU 877 ? ? ? B . A 1 878 CYS 878 ? ? ? B . A 1 879 GLY 879 ? ? ? B . A 1 880 ARG 880 ? ? ? B . A 1 881 GLY 881 ? ? ? B . A 1 882 GLY 882 ? ? ? B . A 1 883 PRO 883 ? ? ? B . A 1 884 GLY 884 ? ? ? B . A 1 885 PRO 885 ? ? ? B . A 1 886 VAL 886 ? ? ? B . A 1 887 GLN 887 ? ? ? B . A 1 888 ARG 888 ? ? ? B . A 1 889 ARG 889 ? ? ? B . A 1 890 CYS 890 ? ? ? B . A 1 891 GLN 891 ? ? ? B . A 1 892 ARG 892 ? ? ? B . A 1 893 GLU 893 ? ? ? B . A 1 894 ASN 894 ? ? ? B . A 1 895 CYS 895 ? ? ? B . A 1 896 ALA 896 ? ? ? B . A 1 897 PHE 897 ? ? ? B . A 1 898 TYR 898 ? ? ? B . A 1 899 GLY 899 ? ? ? B . A 1 900 ARG 900 ? ? ? B . A 1 901 ALA 901 ? ? ? B . A 1 902 GLU 902 ? ? ? B . A 1 903 THR 903 ? ? ? B . A 1 904 GLU 904 ? ? ? B . A 1 905 HIS 905 ? ? ? B . A 1 906 TYR 906 ? ? ? B . A 1 907 CYS 907 ? ? ? B . A 1 908 SER 908 ? ? ? B . A 1 909 TYR 909 ? ? ? B . A 1 910 CYS 910 ? ? ? B . A 1 911 TYR 911 ? ? ? B . A 1 912 ARG 912 ? ? ? B . A 1 913 GLU 913 ? ? ? B . A 1 914 GLU 914 ? ? ? B . A 1 915 LEU 915 ? ? ? B . A 1 916 ARG 916 ? ? ? B . A 1 917 ARG 917 ? ? ? B . A 1 918 ARG 918 ? ? ? B . A 1 919 ARG 919 ? ? ? B . A 1 920 GLU 920 ? ? ? B . A 1 921 ALA 921 ? ? ? B . A 1 922 ARG 922 ? ? ? B . A 1 923 GLY 923 ? ? ? B . A 1 924 ALA 924 ? ? ? B . A 1 925 ARG 925 ? ? ? B . A 1 926 PRO 926 ? ? ? B . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2 {PDB ID=6q00, label_asym_id=B, auth_asym_id=B, SMTL ID=6q00.1.B}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 6q00, label_asym_id=B' 'target-template alignment' . 4 'model 4' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-14 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-08 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A B 2 1 B # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 SNARRLLCVEFASVASCDAAVAQCFLAENDWEMERALNSYFEPPV SNARRLLCVEFASVASCDAAVAQCFLAENDWEMERALNSYFEPPV # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 4 42 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 6q00 2024-11-13 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 926 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 926 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 0.00012 17.949 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MVSSVLPNPTSAECWAALLHDPMTLDMDAVLSDFVRSTGAEPGLARDLLEGKNWDLTAALSDYEQLRQVHTANLPHVFNEGRGPKQPEREPQPGHKVERPCLQRQDDIAQEKRLSRGISHASSAIVSLARSHVASECNNEQFPLEMPIYTFQLPDLSVYSEDFRSFIERDLIEQATMVALEQAGRLNWWSTVCTSCKRLLPLATTGDGNCLLHAASLGMWGFHDRDLVLRKALYTMMRTGAEREALKRRWRWQQTQQNKEEEWEREWTELLKLASSEPRTHFSKNGGTGGGVDNSEDPVYESLEEFHVFVLAHILRRPIVVVADTMLRDSGGEAFAPIPFGGIYLPLEVPPNRCHCSPLVLAYDQAHFSALVSMEQRDQQREQAVIPLTDSEHKLLPLHFAVDPGKDWEWGKDDNDNARLAHLILSLEAKLNLLHSYMNVTWIRIPSETRAPLAQPESPTASAGEDVQSLADSLDSDRDSVCSNSNSNNGKNGKDKEKEKQRKEKDKTRADSVANKLGSFSKTLGIKLKKNMGGLGGLVHGKMGRANSANGKNGDSAERGKEKKAKSRKGSKEESGASASTSPSEKTTPSPTDKAAGASPAEKGGGPRGDAWKYSTDVKLSLNILRAAMQGERKFIFAGLLLTSHRHQFHEEMIGYYLTSAQERFSAEQEQRRRDAATAAAAAAAAAAATAKRPPRRPETEGVPVPERASPGPPTQLVLKLKERPSPGPAAGRAARAAAGGTASPGGGARRASASGPVPGRSPPAPARQSVIHVQASGARDEACAPAVGALRPCATYPQQNRSLSSQSYSPARAAALRTVNTVESLARAVPGALPGAAGTAGAAEHKSQTYTNGFGALRDGLEFADADAPTARSNGECGRGGPGPVQRRCQRENCAFYGRAETEHYCSYCYREELRRRREARGARP 2 1 2 --------------------------RRLLCVEFASVASCDAAVAQCFLAENDWEMERALNSYFE--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 6q00.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 4' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . MET 27 27 ? A 3.447 47.779 -13.514 1 1 B MET 0.510 1 ATOM 2 C CA . MET 27 27 ? A 2.044 47.461 -13.942 1 1 B MET 0.510 1 ATOM 3 C C . MET 27 27 ? A 1.898 46.512 -15.143 1 1 B MET 0.510 1 ATOM 4 O O . MET 27 27 ? A 1.111 45.594 -15.081 1 1 B MET 0.510 1 ATOM 5 C CB . MET 27 27 ? A 1.255 48.777 -14.081 1 1 B MET 0.510 1 ATOM 6 C CG . MET 27 27 ? A 0.998 49.497 -12.738 1 1 B MET 0.510 1 ATOM 7 S SD . MET 27 27 ? A 0.063 51.038 -12.941 1 1 B MET 0.510 1 ATOM 8 C CE . MET 27 27 ? A 0.047 51.444 -11.171 1 1 B MET 0.510 1 ATOM 9 N N . ASP 28 28 ? A 2.720 46.652 -16.216 1 1 B ASP 0.600 1 ATOM 10 C CA . ASP 28 28 ? A 2.775 45.704 -17.332 1 1 B ASP 0.600 1 ATOM 11 C C . ASP 28 28 ? A 3.078 44.262 -16.927 1 1 B ASP 0.600 1 ATOM 12 O O . ASP 28 28 ? A 2.385 43.335 -17.304 1 1 B ASP 0.600 1 ATOM 13 C CB . ASP 28 28 ? A 3.848 46.194 -18.335 1 1 B ASP 0.600 1 ATOM 14 C CG . ASP 28 28 ? A 3.484 47.573 -18.876 1 1 B ASP 0.600 1 ATOM 15 O OD1 . ASP 28 28 ? A 2.358 48.053 -18.588 1 1 B ASP 0.600 1 ATOM 16 O OD2 . ASP 28 28 ? A 4.379 48.186 -19.499 1 1 B ASP 0.600 1 ATOM 17 N N . ALA 29 29 ? A 4.093 44.065 -16.047 1 1 B ALA 0.810 1 ATOM 18 C CA . ALA 29 29 ? A 4.402 42.767 -15.470 1 1 B ALA 0.810 1 ATOM 19 C C . ALA 29 29 ? A 3.240 42.141 -14.695 1 1 B ALA 0.810 1 ATOM 20 O O . ALA 29 29 ? A 2.901 40.992 -14.870 1 1 B ALA 0.810 1 ATOM 21 C CB . ALA 29 29 ? A 5.620 42.886 -14.530 1 1 B ALA 0.810 1 ATOM 22 N N . VAL 30 30 ? A 2.564 42.971 -13.863 1 1 B VAL 0.850 1 ATOM 23 C CA . VAL 30 30 ? A 1.400 42.589 -13.082 1 1 B VAL 0.850 1 ATOM 24 C C . VAL 30 30 ? A 0.241 42.122 -13.945 1 1 B VAL 0.850 1 ATOM 25 O O . VAL 30 30 ? A -0.406 41.115 -13.665 1 1 B VAL 0.850 1 ATOM 26 C CB . VAL 30 30 ? A 0.921 43.765 -12.242 1 1 B VAL 0.850 1 ATOM 27 C CG1 . VAL 30 30 ? A -0.199 43.267 -11.340 1 1 B VAL 0.850 1 ATOM 28 C CG2 . VAL 30 30 ? A 2.011 44.273 -11.288 1 1 B VAL 0.850 1 ATOM 29 N N . LEU 31 31 ? A -0.033 42.847 -15.047 1 1 B LEU 0.850 1 ATOM 30 C CA . LEU 31 31 ? A -0.992 42.426 -16.051 1 1 B LEU 0.850 1 ATOM 31 C C . LEU 31 31 ? A -0.557 41.117 -16.710 1 1 B LEU 0.850 1 ATOM 32 O O . LEU 31 31 ? A -1.330 40.149 -16.751 1 1 B LEU 0.850 1 ATOM 33 C CB . LEU 31 31 ? A -1.139 43.573 -17.079 1 1 B LEU 0.850 1 ATOM 34 C CG . LEU 31 31 ? A -2.333 43.528 -18.048 1 1 B LEU 0.850 1 ATOM 35 C CD1 . LEU 31 31 ? A -2.260 44.701 -19.032 1 1 B LEU 0.850 1 ATOM 36 C CD2 . LEU 31 31 ? A -2.444 42.273 -18.906 1 1 B LEU 0.850 1 ATOM 37 N N . SER 32 32 ? A 0.707 41.005 -17.155 1 1 B SER 0.870 1 ATOM 38 C CA . SER 32 32 ? A 1.282 39.794 -17.738 1 1 B SER 0.870 1 ATOM 39 C C . SER 32 32 ? A 1.219 38.553 -16.870 1 1 B SER 0.870 1 ATOM 40 O O . SER 32 32 ? A 0.974 37.473 -17.369 1 1 B SER 0.870 1 ATOM 41 C CB . SER 32 32 ? A 2.750 39.875 -18.218 1 1 B SER 0.870 1 ATOM 42 O OG . SER 32 32 ? A 2.861 40.730 -19.354 1 1 B SER 0.870 1 ATOM 43 N N . ASP 33 33 ? A 1.461 38.672 -15.556 1 1 B ASP 0.840 1 ATOM 44 C CA . ASP 33 33 ? A 1.267 37.596 -14.612 1 1 B ASP 0.840 1 ATOM 45 C C . ASP 33 33 ? A -0.200 37.247 -14.362 1 1 B ASP 0.840 1 ATOM 46 O O . ASP 33 33 ? A -0.560 36.078 -14.341 1 1 B ASP 0.840 1 ATOM 47 C CB . ASP 33 33 ? A 2.029 37.936 -13.321 1 1 B ASP 0.840 1 ATOM 48 C CG . ASP 33 33 ? A 3.532 37.884 -13.603 1 1 B ASP 0.840 1 ATOM 49 O OD1 . ASP 33 33 ? A 3.948 37.260 -14.623 1 1 B ASP 0.840 1 ATOM 50 O OD2 . ASP 33 33 ? A 4.283 38.465 -12.783 1 1 B ASP 0.840 1 ATOM 51 N N . PHE 34 34 ? A -1.085 38.279 -14.237 1 1 B PHE 0.840 1 ATOM 52 C CA . PHE 34 34 ? A -2.534 38.124 -14.099 1 1 B PHE 0.840 1 ATOM 53 C C . PHE 34 34 ? A -3.111 37.337 -15.261 1 1 B PHE 0.840 1 ATOM 54 O O . PHE 34 34 ? A -3.803 36.343 -15.102 1 1 B PHE 0.840 1 ATOM 55 C CB . PHE 34 34 ? A -3.235 39.536 -14.084 1 1 B PHE 0.840 1 ATOM 56 C CG . PHE 34 34 ? A -4.717 39.507 -13.746 1 1 B PHE 0.840 1 ATOM 57 C CD1 . PHE 34 34 ? A -5.671 38.951 -14.618 1 1 B PHE 0.840 1 ATOM 58 C CD2 . PHE 34 34 ? A -5.180 40.006 -12.521 1 1 B PHE 0.840 1 ATOM 59 C CE1 . PHE 34 34 ? A -6.985 38.723 -14.215 1 1 B PHE 0.840 1 ATOM 60 C CE2 . PHE 34 34 ? A -6.459 39.694 -12.062 1 1 B PHE 0.840 1 ATOM 61 C CZ . PHE 34 34 ? A -7.335 39.020 -12.904 1 1 B PHE 0.840 1 ATOM 62 N N . VAL 35 35 ? A -2.794 37.788 -16.488 1 1 B VAL 0.850 1 ATOM 63 C CA . VAL 35 35 ? A -3.325 37.235 -17.721 1 1 B VAL 0.850 1 ATOM 64 C C . VAL 35 35 ? A -2.941 35.774 -17.928 1 1 B VAL 0.850 1 ATOM 65 O O . VAL 35 35 ? A -3.730 34.967 -18.397 1 1 B VAL 0.850 1 ATOM 66 C CB . VAL 35 35 ? A -3.020 38.133 -18.924 1 1 B VAL 0.850 1 ATOM 67 C CG1 . VAL 35 35 ? A -1.555 38.093 -19.367 1 1 B VAL 0.850 1 ATOM 68 C CG2 . VAL 35 35 ? A -3.905 37.777 -20.122 1 1 B VAL 0.850 1 ATOM 69 N N . ARG 36 36 ? A -1.703 35.399 -17.532 1 1 B ARG 0.780 1 ATOM 70 C CA . ARG 36 36 ? A -1.226 34.031 -17.553 1 1 B ARG 0.780 1 ATOM 71 C C . ARG 36 36 ? A -1.877 33.111 -16.533 1 1 B ARG 0.780 1 ATOM 72 O O . ARG 36 36 ? A -2.202 31.974 -16.843 1 1 B ARG 0.780 1 ATOM 73 C CB . ARG 36 36 ? A 0.288 34.007 -17.281 1 1 B ARG 0.780 1 ATOM 74 C CG . ARG 36 36 ? A 1.138 34.565 -18.430 1 1 B ARG 0.780 1 ATOM 75 C CD . ARG 36 36 ? A 2.587 34.718 -17.981 1 1 B ARG 0.780 1 ATOM 76 N NE . ARG 36 36 ? A 3.339 35.319 -19.124 1 1 B ARG 0.780 1 ATOM 77 C CZ . ARG 36 36 ? A 4.640 35.615 -19.051 1 1 B ARG 0.780 1 ATOM 78 N NH1 . ARG 36 36 ? A 5.326 35.405 -17.931 1 1 B ARG 0.780 1 ATOM 79 N NH2 . ARG 36 36 ? A 5.261 36.166 -20.091 1 1 B ARG 0.780 1 ATOM 80 N N . SER 37 37 ? A -2.053 33.577 -15.275 1 1 B SER 0.850 1 ATOM 81 C CA . SER 37 37 ? A -2.700 32.799 -14.226 1 1 B SER 0.850 1 ATOM 82 C C . SER 37 37 ? A -4.184 32.571 -14.487 1 1 B SER 0.850 1 ATOM 83 O O . SER 37 37 ? A -4.697 31.484 -14.271 1 1 B SER 0.850 1 ATOM 84 C CB . SER 37 37 ? A -2.473 33.367 -12.794 1 1 B SER 0.850 1 ATOM 85 O OG . SER 37 37 ? A -2.924 34.713 -12.675 1 1 B SER 0.850 1 ATOM 86 N N . THR 38 38 ? A -4.899 33.602 -14.996 1 1 B THR 0.810 1 ATOM 87 C CA . THR 38 38 ? A -6.329 33.523 -15.303 1 1 B THR 0.810 1 ATOM 88 C C . THR 38 38 ? A -6.692 32.904 -16.618 1 1 B THR 0.810 1 ATOM 89 O O . THR 38 38 ? A -7.823 32.498 -16.846 1 1 B THR 0.810 1 ATOM 90 C CB . THR 38 38 ? A -7.026 34.869 -15.282 1 1 B THR 0.810 1 ATOM 91 O OG1 . THR 38 38 ? A -6.494 35.863 -16.147 1 1 B THR 0.810 1 ATOM 92 C CG2 . THR 38 38 ? A -6.822 35.374 -13.871 1 1 B THR 0.810 1 ATOM 93 N N . GLY 39 39 ? A -5.704 32.825 -17.521 1 1 B GLY 0.790 1 ATOM 94 C CA . GLY 39 39 ? A -5.882 32.489 -18.926 1 1 B GLY 0.790 1 ATOM 95 C C . GLY 39 39 ? A -6.914 33.314 -19.659 1 1 B GLY 0.790 1 ATOM 96 O O . GLY 39 39 ? A -7.769 32.787 -20.355 1 1 B GLY 0.790 1 ATOM 97 N N . ALA 40 40 ? A -6.848 34.649 -19.484 1 1 B ALA 0.770 1 ATOM 98 C CA . ALA 40 40 ? A -7.825 35.585 -20.003 1 1 B ALA 0.770 1 ATOM 99 C C . ALA 40 40 ? 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A -5.888 42.756 -20.919 1 1 B PRO 0.850 1 ATOM 114 O O . PRO 42 42 ? A -5.617 43.358 -19.883 1 1 B PRO 0.850 1 ATOM 115 C CB . PRO 42 42 ? A -3.904 42.211 -22.339 1 1 B PRO 0.850 1 ATOM 116 C CG . PRO 42 42 ? A -3.540 41.067 -23.285 1 1 B PRO 0.850 1 ATOM 117 C CD . PRO 42 42 ? A -4.754 40.135 -23.244 1 1 B PRO 0.850 1 ATOM 118 N N . GLY 43 43 ? A -6.963 43.074 -21.668 1 1 B GLY 0.850 1 ATOM 119 C CA . GLY 43 43 ? A -7.892 44.143 -21.289 1 1 B GLY 0.850 1 ATOM 120 C C . GLY 43 43 ? A -8.678 43.795 -20.051 1 1 B GLY 0.850 1 ATOM 121 O O . GLY 43 43 ? A -8.789 44.578 -19.124 1 1 B GLY 0.850 1 ATOM 122 N N . LEU 44 44 ? A -9.174 42.543 -19.978 1 1 B LEU 0.830 1 ATOM 123 C CA . LEU 44 44 ? A -9.848 42.031 -18.797 1 1 B LEU 0.830 1 ATOM 124 C C . LEU 44 44 ? A -8.927 41.976 -17.576 1 1 B LEU 0.830 1 ATOM 125 O O . LEU 44 44 ? A -9.286 42.382 -16.480 1 1 B LEU 0.830 1 ATOM 126 C CB . LEU 44 44 ? A -10.422 40.621 -19.085 1 1 B LEU 0.830 1 ATOM 127 C CG . LEU 44 44 ? 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #