data_SMR-f13c4ff362abddc60d3175676f2cf4d7_5 _entry.id SMR-f13c4ff362abddc60d3175676f2cf4d7_5 _struct.entry_id SMR-f13c4ff362abddc60d3175676f2cf4d7_5 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q9ESZ8/ GTF2I_MOUSE, General transcription factor II-I Estimated model accuracy of this model is 0.059, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q9ESZ8' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 5 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 130377.763 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP GTF2I_MOUSE Q9ESZ8 1 ;MAQVVMSALPAEDEESSESRMVVTFLMSALESMCKELAKSKAEVACIAVYETDVFVVGTERGRAFVNTRK DFQKDFVKYCVEEEEKAAEMHKMKSTTQANRMSVDAVEIETLRKTVEDYFCFCYGKALGKSTVVPVPYEK MLRDQSAVVVQGLPEGVAFKHPEHYDLATLKWILENKAGISFIIKRPFLEPKKHLGGRVLAAEAERSMLS PSGSCGPIKVKTEPTEDSGISLEMAAVTVKEESEDPDYYQYNIQGPSETDGVDEKLPLSKALQGSHHSSE GNEGTEVEVPAEDSTQHVPSETSEDPEVEVTIEDDDYSPPTKRLKSTEPPPPPPVPEPANAGKRKVREFN FEKWNARITDLRKQVEELFERKYAQAIKAKGPVTIPYPLFQSHVEDLYVEGLPEGIPFRRPSTYGIPRLE RILLAKERIRFVIKKHELLNSTREDLQLDKPASGVKEEWYARITKLRKMVDQLFCKKFAEALGSTEAKAV PYQKFEAHPNDLYVEGLPENIPFRSPSWYGIPRLEKIIQVGNRIKFVIKRPELLTHSTTEVTQPRTNTPV KEDWNVRITKLRKQVEEIFNLKFAQALGLTEAVKVPYPVFESNPEFLYVEGLPEGIPFRSPTWFGIPRLE RIVRGSNKIKFVVKKPELVVSYLPPGMASKINTKALQSPKRPRSPGSNSKVPEIEVTVEGPNNSSPQTSA VRTPTQTNGSNVPFKPRGREFSFEAWNAKITDLKQKVENLFNEKCGEALGLKQAVKVPFALFESFPEDFY VEGLPEGVPFRRPSTFGIPRLEKILRNKAKIKFIIKKPEMFETAIKESTSSKSPPRKINSSPNVNTTASG VEDLNIIQVTIPDDDNERLSKVEKARQLREQVNDLFSRKFGEAIGMGFPVKVPYRKITINPGCVVVDGMP PGVSFKAPSYLEISSMRRILDSAEFIKFTVIRPFPGLVINNQLVDQNESEGPVIQESAEASQLEVPVTEE IKETDGSSQIKQEPDPTW ; 'General transcription factor II-I' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 998 1 998 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . GTF2I_MOUSE Q9ESZ8 . 1 998 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2003-12-15 3BC228A2F4F880CF # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MAQVVMSALPAEDEESSESRMVVTFLMSALESMCKELAKSKAEVACIAVYETDVFVVGTERGRAFVNTRK DFQKDFVKYCVEEEEKAAEMHKMKSTTQANRMSVDAVEIETLRKTVEDYFCFCYGKALGKSTVVPVPYEK MLRDQSAVVVQGLPEGVAFKHPEHYDLATLKWILENKAGISFIIKRPFLEPKKHLGGRVLAAEAERSMLS PSGSCGPIKVKTEPTEDSGISLEMAAVTVKEESEDPDYYQYNIQGPSETDGVDEKLPLSKALQGSHHSSE GNEGTEVEVPAEDSTQHVPSETSEDPEVEVTIEDDDYSPPTKRLKSTEPPPPPPVPEPANAGKRKVREFN FEKWNARITDLRKQVEELFERKYAQAIKAKGPVTIPYPLFQSHVEDLYVEGLPEGIPFRRPSTYGIPRLE RILLAKERIRFVIKKHELLNSTREDLQLDKPASGVKEEWYARITKLRKMVDQLFCKKFAEALGSTEAKAV PYQKFEAHPNDLYVEGLPENIPFRSPSWYGIPRLEKIIQVGNRIKFVIKRPELLTHSTTEVTQPRTNTPV KEDWNVRITKLRKQVEEIFNLKFAQALGLTEAVKVPYPVFESNPEFLYVEGLPEGIPFRSPTWFGIPRLE 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KEDWNVRITKLRKQVEEIFNLKFAQALGLTEAVKVPYPVFESNPEFLYVEGLPEGIPFRSPTWFGIPRLE RIVRGSNKIKFVVKKPELVVSYLPPGMASKINTKALQSPKRPRSPGSNSKVPEIEVTVEGPNNSSPQTSA VRTPTQTNGSNVPFKPRGREFSFEAWNAKITDLKQKVENLFNEKCGEALGLKQAVKVPFALFESFPEDFY VEGLPEGVPFRRPSTFGIPRLEKILRNKAKIKFIIKKPEMFETAIKESTSSKSPPRKINSSPNVNTTASG VEDLNIIQVTIPDDDNERLSKVEKARQLREQVNDLFSRKFGEAIGMGFPVKVPYRKITINPGCVVVDGMP PGVSFKAPSYLEISSMRRILDSAEFIKFTVIRPFPGLVINNQLVDQNESEGPVIQESAEASQLEVPVTEE IKETDGSSQIKQEPDPTW ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 ALA . 1 3 GLN . 1 4 VAL . 1 5 VAL . 1 6 MET . 1 7 SER . 1 8 ALA . 1 9 LEU . 1 10 PRO . 1 11 ALA . 1 12 GLU . 1 13 ASP . 1 14 GLU . 1 15 GLU . 1 16 SER . 1 17 SER . 1 18 GLU . 1 19 SER . 1 20 ARG . 1 21 MET . 1 22 VAL . 1 23 VAL . 1 24 THR . 1 25 PHE . 1 26 LEU . 1 27 MET . 1 28 SER . 1 29 ALA . 1 30 LEU . 1 31 GLU . 1 32 SER . 1 33 MET . 1 34 CYS . 1 35 LYS . 1 36 GLU . 1 37 LEU . 1 38 ALA . 1 39 LYS . 1 40 SER . 1 41 LYS . 1 42 ALA . 1 43 GLU . 1 44 VAL . 1 45 ALA . 1 46 CYS . 1 47 ILE . 1 48 ALA . 1 49 VAL . 1 50 TYR . 1 51 GLU . 1 52 THR . 1 53 ASP . 1 54 VAL . 1 55 PHE . 1 56 VAL . 1 57 VAL . 1 58 GLY . 1 59 THR . 1 60 GLU . 1 61 ARG . 1 62 GLY . 1 63 ARG . 1 64 ALA . 1 65 PHE . 1 66 VAL . 1 67 ASN . 1 68 THR . 1 69 ARG . 1 70 LYS . 1 71 ASP . 1 72 PHE . 1 73 GLN . 1 74 LYS . 1 75 ASP . 1 76 PHE . 1 77 VAL . 1 78 LYS . 1 79 TYR . 1 80 CYS . 1 81 VAL . 1 82 GLU . 1 83 GLU . 1 84 GLU . 1 85 GLU . 1 86 LYS . 1 87 ALA . 1 88 ALA . 1 89 GLU . 1 90 MET . 1 91 HIS . 1 92 LYS . 1 93 MET . 1 94 LYS . 1 95 SER . 1 96 THR . 1 97 THR . 1 98 GLN . 1 99 ALA . 1 100 ASN . 1 101 ARG . 1 102 MET . 1 103 SER . 1 104 VAL . 1 105 ASP . 1 106 ALA . 1 107 VAL . 1 108 GLU . 1 109 ILE . 1 110 GLU . 1 111 THR . 1 112 LEU . 1 113 ARG . 1 114 LYS . 1 115 THR . 1 116 VAL . 1 117 GLU . 1 118 ASP . 1 119 TYR . 1 120 PHE . 1 121 CYS . 1 122 PHE . 1 123 CYS . 1 124 TYR . 1 125 GLY . 1 126 LYS . 1 127 ALA . 1 128 LEU . 1 129 GLY . 1 130 LYS . 1 131 SER . 1 132 THR . 1 133 VAL . 1 134 VAL . 1 135 PRO . 1 136 VAL . 1 137 PRO . 1 138 TYR . 1 139 GLU . 1 140 LYS . 1 141 MET . 1 142 LEU . 1 143 ARG . 1 144 ASP . 1 145 GLN . 1 146 SER . 1 147 ALA . 1 148 VAL . 1 149 VAL . 1 150 VAL . 1 151 GLN . 1 152 GLY . 1 153 LEU . 1 154 PRO . 1 155 GLU . 1 156 GLY . 1 157 VAL . 1 158 ALA . 1 159 PHE . 1 160 LYS . 1 161 HIS . 1 162 PRO . 1 163 GLU . 1 164 HIS . 1 165 TYR . 1 166 ASP . 1 167 LEU . 1 168 ALA . 1 169 THR . 1 170 LEU . 1 171 LYS . 1 172 TRP . 1 173 ILE . 1 174 LEU . 1 175 GLU . 1 176 ASN . 1 177 LYS . 1 178 ALA . 1 179 GLY . 1 180 ILE . 1 181 SER . 1 182 PHE . 1 183 ILE . 1 184 ILE . 1 185 LYS . 1 186 ARG . 1 187 PRO . 1 188 PHE . 1 189 LEU . 1 190 GLU . 1 191 PRO . 1 192 LYS . 1 193 LYS . 1 194 HIS . 1 195 LEU . 1 196 GLY . 1 197 GLY . 1 198 ARG . 1 199 VAL . 1 200 LEU . 1 201 ALA . 1 202 ALA . 1 203 GLU . 1 204 ALA . 1 205 GLU . 1 206 ARG . 1 207 SER . 1 208 MET . 1 209 LEU . 1 210 SER . 1 211 PRO . 1 212 SER . 1 213 GLY 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A 1 828 ILE 828 ? ? ? A . A 1 829 ASN 829 ? ? ? A . A 1 830 SER 830 ? ? ? A . A 1 831 SER 831 ? ? ? A . A 1 832 PRO 832 ? ? ? A . A 1 833 ASN 833 ? ? ? A . A 1 834 VAL 834 ? ? ? A . A 1 835 ASN 835 ? ? ? A . A 1 836 THR 836 ? ? ? A . A 1 837 THR 837 ? ? ? A . A 1 838 ALA 838 ? ? ? A . A 1 839 SER 839 ? ? ? A . A 1 840 GLY 840 ? ? ? A . A 1 841 VAL 841 ? ? ? A . A 1 842 GLU 842 ? ? ? A . A 1 843 ASP 843 ? ? ? A . A 1 844 LEU 844 ? ? ? A . A 1 845 ASN 845 ? ? ? A . A 1 846 ILE 846 ? ? ? A . A 1 847 ILE 847 ? ? ? A . A 1 848 GLN 848 ? ? ? A . A 1 849 VAL 849 ? ? ? A . A 1 850 THR 850 ? ? ? A . A 1 851 ILE 851 ? ? ? A . A 1 852 PRO 852 ? ? ? A . A 1 853 ASP 853 ? ? ? A . A 1 854 ASP 854 ? ? ? A . A 1 855 ASP 855 ? ? ? A . A 1 856 ASN 856 ? ? ? A . A 1 857 GLU 857 ? ? ? A . A 1 858 ARG 858 ? ? ? A . A 1 859 LEU 859 ? ? ? A . A 1 860 SER 860 ? ? ? A . A 1 861 LYS 861 ? ? ? A . A 1 862 VAL 862 ? ? ? A . A 1 863 GLU 863 ? ? ? A . A 1 864 LYS 864 ? ? ? A . A 1 865 ALA 865 ? ? ? A . A 1 866 ARG 866 ? ? ? A . A 1 867 GLN 867 ? ? ? A . A 1 868 LEU 868 ? ? ? A . A 1 869 ARG 869 ? ? ? A . A 1 870 GLU 870 ? ? ? A . A 1 871 GLN 871 ? ? ? A . A 1 872 VAL 872 ? ? ? A . A 1 873 ASN 873 ? ? ? A . A 1 874 ASP 874 ? ? ? A . A 1 875 LEU 875 ? ? ? A . A 1 876 PHE 876 ? ? ? A . A 1 877 SER 877 ? ? ? A . A 1 878 ARG 878 ? ? ? A . A 1 879 LYS 879 ? ? ? A . A 1 880 PHE 880 ? ? ? A . A 1 881 GLY 881 ? ? ? A . A 1 882 GLU 882 ? ? ? A . A 1 883 ALA 883 ? ? ? A . A 1 884 ILE 884 ? ? ? A . A 1 885 GLY 885 ? ? ? A . A 1 886 MET 886 ? ? ? A . A 1 887 GLY 887 ? ? ? A . A 1 888 PHE 888 ? ? ? A . A 1 889 PRO 889 ? ? ? A . A 1 890 VAL 890 ? ? ? A . A 1 891 LYS 891 ? ? ? A . A 1 892 VAL 892 ? ? ? A . A 1 893 PRO 893 ? ? ? A . A 1 894 TYR 894 ? ? ? A . A 1 895 ARG 895 ? ? ? A . A 1 896 LYS 896 ? ? ? A . A 1 897 ILE 897 ? ? ? A . A 1 898 THR 898 ? ? ? A . A 1 899 ILE 899 ? ? ? A . A 1 900 ASN 900 ? ? ? A . A 1 901 PRO 901 ? ? ? A . A 1 902 GLY 902 ? ? ? A . A 1 903 CYS 903 ? ? ? A . A 1 904 VAL 904 ? ? ? A . A 1 905 VAL 905 ? ? ? A . A 1 906 VAL 906 ? ? ? A . A 1 907 ASP 907 ? ? ? A . A 1 908 GLY 908 ? ? ? A . A 1 909 MET 909 ? ? ? A . A 1 910 PRO 910 ? ? ? A . A 1 911 PRO 911 ? ? ? A . A 1 912 GLY 912 ? ? ? A . A 1 913 VAL 913 ? ? ? A . A 1 914 SER 914 ? ? ? A . A 1 915 PHE 915 ? ? ? A . A 1 916 LYS 916 ? ? ? A . A 1 917 ALA 917 ? ? ? A . A 1 918 PRO 918 ? ? ? A . A 1 919 SER 919 ? ? ? A . A 1 920 TYR 920 ? ? ? A . A 1 921 LEU 921 ? ? ? A . A 1 922 GLU 922 ? ? ? A . A 1 923 ILE 923 ? ? ? A . A 1 924 SER 924 ? ? ? A . A 1 925 SER 925 ? ? ? A . A 1 926 MET 926 ? ? ? A . A 1 927 ARG 927 ? ? ? A . A 1 928 ARG 928 ? ? ? A . A 1 929 ILE 929 ? ? ? A . A 1 930 LEU 930 ? ? ? A . A 1 931 ASP 931 ? ? ? A . A 1 932 SER 932 ? ? ? A . A 1 933 ALA 933 ? ? ? A . A 1 934 GLU 934 ? ? ? A . A 1 935 PHE 935 ? ? ? A . A 1 936 ILE 936 ? ? ? A . A 1 937 LYS 937 ? ? ? A . A 1 938 PHE 938 ? ? ? A . A 1 939 THR 939 ? ? ? A . A 1 940 VAL 940 ? ? ? A . A 1 941 ILE 941 ? ? ? A . A 1 942 ARG 942 ? ? ? A . A 1 943 PRO 943 ? ? ? A . A 1 944 PHE 944 ? ? ? A . A 1 945 PRO 945 ? ? ? A . A 1 946 GLY 946 ? ? ? A . A 1 947 LEU 947 ? ? ? A . A 1 948 VAL 948 ? ? ? A . A 1 949 ILE 949 ? ? ? A . A 1 950 ASN 950 ? ? ? A . A 1 951 ASN 951 ? ? ? A . A 1 952 GLN 952 ? ? ? A . A 1 953 LEU 953 ? ? ? A . A 1 954 VAL 954 ? ? ? A . A 1 955 ASP 955 ? ? ? A . A 1 956 GLN 956 ? ? ? A . A 1 957 ASN 957 ? ? ? A . A 1 958 GLU 958 ? ? ? A . A 1 959 SER 959 ? ? ? A . A 1 960 GLU 960 ? ? ? A . A 1 961 GLY 961 ? ? ? A . A 1 962 PRO 962 ? ? ? A . A 1 963 VAL 963 ? ? ? A . A 1 964 ILE 964 ? ? ? A . A 1 965 GLN 965 ? ? ? A . A 1 966 GLU 966 ? ? ? A . A 1 967 SER 967 ? ? ? A . A 1 968 ALA 968 ? ? ? A . A 1 969 GLU 969 ? ? ? A . A 1 970 ALA 970 ? ? ? A . A 1 971 SER 971 ? ? ? A . A 1 972 GLN 972 ? ? ? A . A 1 973 LEU 973 ? ? ? A . A 1 974 GLU 974 ? ? ? A . A 1 975 VAL 975 ? ? ? A . A 1 976 PRO 976 ? ? ? A . A 1 977 VAL 977 ? ? ? A . A 1 978 THR 978 ? ? ? A . A 1 979 GLU 979 ? ? ? A . A 1 980 GLU 980 ? ? ? A . A 1 981 ILE 981 ? ? ? A . A 1 982 LYS 982 ? ? ? A . A 1 983 GLU 983 ? ? ? A . A 1 984 THR 984 ? ? ? A . A 1 985 ASP 985 ? ? ? A . A 1 986 GLY 986 ? ? ? A . A 1 987 SER 987 ? ? ? A . A 1 988 SER 988 ? ? ? A . A 1 989 GLN 989 ? ? ? A . A 1 990 ILE 990 ? ? ? A . A 1 991 LYS 991 ? ? ? A . A 1 992 GLN 992 ? ? ? A . A 1 993 GLU 993 ? ? ? A . A 1 994 PRO 994 ? ? ? A . A 1 995 ASP 995 ? ? ? A . A 1 996 PRO 996 ? ? ? A . A 1 997 THR 997 ? ? ? A . A 1 998 TRP 998 ? ? ? A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'General transcription factor II-I {PDB ID=1q60, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=1q60.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by BLAST to 1q60, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 5' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-14 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-08 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GSSGSSGLKQKVENLFNEKCGEALGLKQAVKVPFALFESFPEDFYVEGLPEGVPFRRPSTFGIPRLEKIL RNKAKIKFIIKKPEMFETAIKESSGPSSG ; ;GSSGSSGLKQKVENLFNEKCGEALGLKQAVKVPFALFESFPEDFYVEGLPEGVPFRRPSTFGIPRLEKIL RNKAKIKFIIKKPEMFETAIKESSGPSSG ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 8 85 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 1q60 2024-05-29 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 998 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 998 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'BLAST e-value' . 2.39e-20 62.821 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MAQVVMSALPAEDEESSESRMVVTFLMSALESMCKELAKSKAEVACIAVYETDVFVVGTERGRAFVNTRKDFQKDFVKYCVEEEEKAAEMHKMKSTTQANRMSVDAVEIETLRKTVEDYFCFCYGKALGKSTVVPVPYEKMLRDQSAVVVQGLPEGVAFKHPEHYDLATLKWILENKAGISFIIKRPFLEPKKHLGGRVLAAEAERSMLSPSGSCGPIKVKTEPTEDSGISLEMAAVTVKEESEDPDYYQYNIQGPSETDGVDEKLPLSKALQGSHHSSEGNEGTEVEVPAEDSTQHVPSETSEDPEVEVTIEDDDYSPPTKRLKSTEPPPPPPVPEPANAGKRKVREFNFEKWNARITDLRKQVEELFERKYAQAIKAKGPVTIPYPLFQSHVEDLYVEGLPEGIPFRRPSTYGIPRLERILLAKERIRFVIKKHELLNSTREDLQLDKPASGVKEEWYARITKLRKMVDQLFCKKFAEALGSTEAKAVPYQKFEAHPNDLYVEGLPENIPFRSPSWYGIPRLEKIIQVGNRIKFVIKRPELLTHSTTEVTQPRTNTPVKEDWNVRITKLRKQVEEIFNLKFAQALGLTEAVKVPYPVFESNPEFLYVEGLPEGIPFRSPTWFGIPRLERIVRGSNKIKFVVKKPELVVSYLPPGMASKINTKALQSPKRPRSPGSNSKVPEIEVTVEGPNNSSPQTSAVRTPTQTNGSNVPFKPRGREFSFEAWNAKITDLKQKVENLFNEKCGEALGLKQAVKVPFALFESFPEDFYVEGLPEGVPFRRPSTFGIPRLEKILRNKAKIKFIIKKPEMFETAIKESTSSKSPPRKINSSPNVNTTASGVEDLNIIQVTIPDDDNERLSKVEKARQLREQVNDLFSRKFGEAIGMGFPVKVPYRKITINPGCVVVDGMPPGVSFKAPSYLEISSMRRILDSAEFIKFTVIRPFPGLVINNQLVDQNESEGPVIQESAEASQLEVPVTEEIKETDGSSQIKQEPDPTW 2 1 2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------LKQKVENLFNEKCGEALGLKQAVKVPFALFESFPEDFYVEGLPEGVPFRRPSTFGIPRLEKILRNKAKIKFIIKKPEM-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 1q60.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 5' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . 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A -5.750 19.440 4.351 1 1 A ASN 0.670 1 ATOM 268 N N . PRO 604 604 ? A -10.518 15.978 3.491 1 1 A PRO 0.690 1 ATOM 269 C CA . PRO 604 604 ? A -11.216 14.972 2.689 1 1 A PRO 0.690 1 ATOM 270 C C . PRO 604 604 ? A -11.940 15.563 1.493 1 1 A PRO 0.690 1 ATOM 271 O O . PRO 604 604 ? A -12.146 14.875 0.498 1 1 A PRO 0.690 1 ATOM 272 C CB . PRO 604 604 ? A -12.162 14.261 3.673 1 1 A PRO 0.690 1 ATOM 273 C CG . PRO 604 604 ? A -12.362 15.220 4.849 1 1 A PRO 0.690 1 ATOM 274 C CD . PRO 604 604 ? A -11.210 16.229 4.757 1 1 A PRO 0.690 1 ATOM 275 N N . GLU 605 605 ? A -12.311 16.853 1.562 1 1 A GLU 0.650 1 ATOM 276 C CA . GLU 605 605 ? A -13.064 17.585 0.554 1 1 A GLU 0.650 1 ATOM 277 C C . GLU 605 605 ? A -12.159 18.149 -0.548 1 1 A GLU 0.650 1 ATOM 278 O O . GLU 605 605 ? A -12.480 19.073 -1.297 1 1 A GLU 0.650 1 ATOM 279 C CB . GLU 605 605 ? A -13.899 18.692 1.249 1 1 A GLU 0.650 1 ATOM 280 C CG . GLU 605 605 ? A -15.235 18.128 1.800 1 1 A GLU 0.650 1 ATOM 281 C CD . GLU 605 605 ? A -16.312 18.089 0.712 1 1 A GLU 0.650 1 ATOM 282 O OE1 . GLU 605 605 ? A -15.999 17.634 -0.418 1 1 A GLU 0.650 1 ATOM 283 O OE2 . GLU 605 605 ? A -17.455 18.517 1.012 1 1 A GLU 0.650 1 ATOM 284 N N . PHE 606 606 ? A -10.963 17.549 -0.689 1 1 A PHE 0.710 1 ATOM 285 C CA . PHE 606 606 ? A -9.967 17.974 -1.650 1 1 A PHE 0.710 1 ATOM 286 C C . PHE 606 606 ? A -9.189 16.781 -2.122 1 1 A PHE 0.710 1 ATOM 287 O O . PHE 606 606 ? A -8.770 16.720 -3.279 1 1 A PHE 0.710 1 ATOM 288 C CB . PHE 606 606 ? A -8.915 18.951 -1.039 1 1 A PHE 0.710 1 ATOM 289 C CG . PHE 606 606 ? A -9.467 20.317 -0.714 1 1 A PHE 0.710 1 ATOM 290 C CD1 . PHE 606 606 ? A -10.240 21.049 -1.630 1 1 A PHE 0.710 1 ATOM 291 C CD2 . PHE 606 606 ? A -9.289 20.853 0.572 1 1 A PHE 0.710 1 ATOM 292 C CE1 . PHE 606 606 ? A -10.963 22.175 -1.217 1 1 A PHE 0.710 1 ATOM 293 C CE2 . PHE 606 606 ? A -9.960 22.013 0.972 1 1 A PHE 0.710 1 ATOM 294 C CZ . PHE 606 606 ? A -10.822 22.658 0.086 1 1 A PHE 0.710 1 ATOM 295 N N . LEU 607 607 ? 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A -13.699 0.691 0.558 1 1 A ILE 0.770 1 ATOM 366 O O . ILE 616 616 ? A -13.493 1.200 -0.542 1 1 A ILE 0.770 1 ATOM 367 C CB . ILE 616 616 ? A -13.545 -1.687 -0.303 1 1 A ILE 0.770 1 ATOM 368 C CG1 . ILE 616 616 ? A -14.045 -3.106 0.042 1 1 A ILE 0.770 1 ATOM 369 C CG2 . ILE 616 616 ? A -12.014 -1.578 -0.229 1 1 A ILE 0.770 1 ATOM 370 C CD1 . ILE 616 616 ? A -13.702 -4.212 -0.938 1 1 A ILE 0.770 1 ATOM 371 N N . PRO 617 617 ? A -13.551 1.392 1.679 1 1 A PRO 0.780 1 ATOM 372 C CA . PRO 617 617 ? A -13.054 2.753 1.707 1 1 A PRO 0.780 1 ATOM 373 C C . PRO 617 617 ? A -11.554 2.812 1.532 1 1 A PRO 0.780 1 ATOM 374 O O . PRO 617 617 ? A -10.884 1.784 1.538 1 1 A PRO 0.780 1 ATOM 375 C CB . PRO 617 617 ? A -13.481 3.275 3.093 1 1 A PRO 0.780 1 ATOM 376 C CG . PRO 617 617 ? A -13.727 2.047 3.976 1 1 A PRO 0.780 1 ATOM 377 C CD . PRO 617 617 ? A -13.872 0.884 3.008 1 1 A PRO 0.780 1 ATOM 378 N N . PHE 618 618 ? A -11.000 4.039 1.428 1 1 A PHE 0.760 1 ATOM 379 C CA . PHE 618 618 ? 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A -8.515 1.308 -6.398 1 1 A ILE 0.760 1 ATOM 562 C CG2 . ILE 639 639 ? A -6.760 3.096 -6.420 1 1 A ILE 0.760 1 ATOM 563 C CD1 . ILE 639 639 ? A -7.818 0.277 -5.511 1 1 A ILE 0.760 1 ATOM 564 N N . LYS 640 640 ? A -7.981 5.135 -8.535 1 1 A LYS 0.760 1 ATOM 565 C CA . LYS 640 640 ? A -7.386 6.341 -9.025 1 1 A LYS 0.760 1 ATOM 566 C C . LYS 640 640 ? A -7.385 7.388 -7.943 1 1 A LYS 0.760 1 ATOM 567 O O . LYS 640 640 ? A -8.255 7.410 -7.080 1 1 A LYS 0.760 1 ATOM 568 C CB . LYS 640 640 ? A -8.166 6.841 -10.245 1 1 A LYS 0.760 1 ATOM 569 C CG . LYS 640 640 ? A -7.252 7.613 -11.190 1 1 A LYS 0.760 1 ATOM 570 C CD . LYS 640 640 ? A -7.881 7.825 -12.569 1 1 A LYS 0.760 1 ATOM 571 C CE . LYS 640 640 ? A -7.878 9.290 -13.003 1 1 A LYS 0.760 1 ATOM 572 N NZ . LYS 640 640 ? A -7.526 9.397 -14.435 1 1 A LYS 0.760 1 ATOM 573 N N . PHE 641 641 ? A -6.394 8.291 -7.942 1 1 A PHE 0.800 1 ATOM 574 C CA . PHE 641 641 ? A -6.207 9.215 -6.858 1 1 A PHE 0.800 1 ATOM 575 C C . PHE 641 641 ? 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'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #