data_SMR-c26da7c768c341eec1818c634b0e73eb_2 _entry.id SMR-c26da7c768c341eec1818c634b0e73eb_2 _struct.entry_id SMR-c26da7c768c341eec1818c634b0e73eb_2 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - P78364/ PHC1_HUMAN, Polyhomeotic-like protein 1 Estimated model accuracy of this model is 0.026, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries P78364' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' ZN non-polymer 'ZINC ION' Zn 65.380 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 123697.585 1 . 2 non-polymer man 'ZINC ION' 65.380 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP PHC1_HUMAN P78364 1 ;METESEQNSNSTNGSSSSGGSSRPQIAQMSLYERQAVQALQALQRQPNAAQYFHQFMLQQQLSNAQLHSL AAVQQATIAASRQASSPNTSTTQQQTTTTQASINLATTSAAQLISRSQSVSSPSATTLTQSVLLGNTTSP PLNQSQAQMYLRPQLGNLLQVNRTLGRNVPLASQLILMPNGAVAAVQQEVPSAQSPGVHADADQVQNLAV RNQQASAQGPQMQGSTQKAIPPGASPVSSLSQASSQALAVAQASSGATNQSLNLSQAGGGSGNSIPGSMG PGGGGQAHGGLGQLPSSGMGGGSCPRKGTGVVQPLPAAQTVTVSQGSQTEAESAAAKKAEADGSGQQNVG MNLTRTATPAPSQTLISSATYTQIQPHSLIQQQQQIHLQQKQVVIQQQIAIHHQQQFQHRQSQLLHTATH LQLAQQQQQQQQQQQQQQQPQATTLTAPQPPQVPPTQQVPPSQSQQQAQTLVVQPMLQSSPLSLPPDAAP KPPIPIQSKPPVAPIKPPQLGAAKMSAAQQPPPHIPVQVVGTRQPGTAQAQALGLAQLAAAVPTSRGMPG TVQSGQAHLASSPPSSQAPGALQECPPTLAPGMTLAPVQGTAHVVKGGATTSSPVVAQVPAAFYMQSVHL PGKPQTLAVKRKADSEEERDDVSTLGSMLPAKASPVAESPKVMDEKSSLGEKAESVANVNANTPSSELVA LTPAPSVPPPTLAMVSRQMGDSKPPQAIVKPQILTHIIEGFVIQEGAEPFPVGCSQLLKESEKPLQTGLP TGLTENQSGGPLGVDSPSAELDKKANLLKCEYCGKYAPAEQFRGSKRFCSMTCAKRYNVSCSHQFRLKRK KMKEFQEANYARVRRRGPRRSSSDIARAKIQGKCHRGQEDSSRGSDNSSYDEALSPTSPGPLSVRAGHGE RDLGNPNTAPPTPELHGINPVFLSSNPSRWSVEEVYEFIASLQGCQEIAEEFRSQEIDGQALLLLKEEHL MSAMNIKLGPALKICAKINVLKET ; 'Polyhomeotic-like protein 1' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1004 1 1004 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . PHC1_HUMAN P78364 . 1 1004 9606 'Homo sapiens (Human)' 2009-03-03 D53764F80931A938 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;METESEQNSNSTNGSSSSGGSSRPQIAQMSLYERQAVQALQALQRQPNAAQYFHQFMLQQQLSNAQLHSL AAVQQATIAASRQASSPNTSTTQQQTTTTQASINLATTSAAQLISRSQSVSSPSATTLTQSVLLGNTTSP PLNQSQAQMYLRPQLGNLLQVNRTLGRNVPLASQLILMPNGAVAAVQQEVPSAQSPGVHADADQVQNLAV RNQQASAQGPQMQGSTQKAIPPGASPVSSLSQASSQALAVAQASSGATNQSLNLSQAGGGSGNSIPGSMG PGGGGQAHGGLGQLPSSGMGGGSCPRKGTGVVQPLPAAQTVTVSQGSQTEAESAAAKKAEADGSGQQNVG MNLTRTATPAPSQTLISSATYTQIQPHSLIQQQQQIHLQQKQVVIQQQIAIHHQQQFQHRQSQLLHTATH LQLAQQQQQQQQQQQQQQQPQATTLTAPQPPQVPPTQQVPPSQSQQQAQTLVVQPMLQSSPLSLPPDAAP KPPIPIQSKPPVAPIKPPQLGAAKMSAAQQPPPHIPVQVVGTRQPGTAQAQALGLAQLAAAVPTSRGMPG TVQSGQAHLASSPPSSQAPGALQECPPTLAPGMTLAPVQGTAHVVKGGATTSSPVVAQVPAAFYMQSVHL PGKPQTLAVKRKADSEEERDDVSTLGSMLPAKASPVAESPKVMDEKSSLGEKAESVANVNANTPSSELVA LTPAPSVPPPTLAMVSRQMGDSKPPQAIVKPQILTHIIEGFVIQEGAEPFPVGCSQLLKESEKPLQTGLP TGLTENQSGGPLGVDSPSAELDKKANLLKCEYCGKYAPAEQFRGSKRFCSMTCAKRYNVSCSHQFRLKRK KMKEFQEANYARVRRRGPRRSSSDIARAKIQGKCHRGQEDSSRGSDNSSYDEALSPTSPGPLSVRAGHGE RDLGNPNTAPPTPELHGINPVFLSSNPSRWSVEEVYEFIASLQGCQEIAEEFRSQEIDGQALLLLKEEHL MSAMNIKLGPALKICAKINVLKET ; ;METESEQNSNSTNGSSSSGGSSRPQIAQMSLYERQAVQALQALQRQPNAAQYFHQFMLQQQLSNAQLHSL AAVQQATIAASRQASSPNTSTTQQQTTTTQASINLATTSAAQLISRSQSVSSPSATTLTQSVLLGNTTSP PLNQSQAQMYLRPQLGNLLQVNRTLGRNVPLASQLILMPNGAVAAVQQEVPSAQSPGVHADADQVQNLAV RNQQASAQGPQMQGSTQKAIPPGASPVSSLSQASSQALAVAQASSGATNQSLNLSQAGGGSGNSIPGSMG PGGGGQAHGGLGQLPSSGMGGGSCPRKGTGVVQPLPAAQTVTVSQGSQTEAESAAAKKAEADGSGQQNVG MNLTRTATPAPSQTLISSATYTQIQPHSLIQQQQQIHLQQKQVVIQQQIAIHHQQQFQHRQSQLLHTATH LQLAQQQQQQQQQQQQQQQPQATTLTAPQPPQVPPTQQVPPSQSQQQAQTLVVQPMLQSSPLSLPPDAAP KPPIPIQSKPPVAPIKPPQLGAAKMSAAQQPPPHIPVQVVGTRQPGTAQAQALGLAQLAAAVPTSRGMPG TVQSGQAHLASSPPSSQAPGALQECPPTLAPGMTLAPVQGTAHVVKGGATTSSPVVAQVPAAFYMQSVHL PGKPQTLAVKRKADSEEERDDVSTLGSMLPAKASPVAESPKVMDEKSSLGEKAESVANVNANTPSSELVA LTPAPSVPPPTLAMVSRQMGDSKPPQAIVKPQILTHIIEGFVIQEGAEPFPVGCSQLLKESEKPLQTGLP TGLTENQSGGPLGVDSPSAELDKKANLLKCEYCGKYAPAEQFRGSKRFCSMTCAKRYNVSCSHQFRLKRK KMKEFQEANYARVRRRGPRRSSSDIARAKIQGKCHRGQEDSSRGSDNSSYDEALSPTSPGPLSVRAGHGE RDLGNPNTAPPTPELHGINPVFLSSNPSRWSVEEVYEFIASLQGCQEIAEEFRSQEIDGQALLLLKEEHL MSAMNIKLGPALKICAKINVLKET ; # # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id _pdbx_entity_nonpoly.ma_model_mode 2 'ZINC ION' ZN implicit # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 GLU . 1 3 THR . 1 4 GLU . 1 5 SER . 1 6 GLU . 1 7 GLN . 1 8 ASN . 1 9 SER . 1 10 ASN . 1 11 SER . 1 12 THR . 1 13 ASN . 1 14 GLY . 1 15 SER . 1 16 SER . 1 17 SER . 1 18 SER . 1 19 GLY . 1 20 GLY . 1 21 SER . 1 22 SER . 1 23 ARG . 1 24 PRO . 1 25 GLN . 1 26 ILE . 1 27 ALA . 1 28 GLN . 1 29 MET . 1 30 SER . 1 31 LEU . 1 32 TYR . 1 33 GLU . 1 34 ARG . 1 35 GLN . 1 36 ALA . 1 37 VAL . 1 38 GLN . 1 39 ALA . 1 40 LEU . 1 41 GLN . 1 42 ALA . 1 43 LEU . 1 44 GLN . 1 45 ARG . 1 46 GLN . 1 47 PRO . 1 48 ASN . 1 49 ALA . 1 50 ALA . 1 51 GLN . 1 52 TYR . 1 53 PHE . 1 54 HIS . 1 55 GLN . 1 56 PHE . 1 57 MET . 1 58 LEU . 1 59 GLN . 1 60 GLN . 1 61 GLN . 1 62 LEU . 1 63 SER . 1 64 ASN . 1 65 ALA . 1 66 GLN . 1 67 LEU . 1 68 HIS . 1 69 SER . 1 70 LEU . 1 71 ALA . 1 72 ALA . 1 73 VAL . 1 74 GLN . 1 75 GLN . 1 76 ALA . 1 77 THR . 1 78 ILE . 1 79 ALA . 1 80 ALA . 1 81 SER . 1 82 ARG . 1 83 GLN . 1 84 ALA . 1 85 SER . 1 86 SER . 1 87 PRO . 1 88 ASN . 1 89 THR . 1 90 SER . 1 91 THR . 1 92 THR . 1 93 GLN . 1 94 GLN . 1 95 GLN . 1 96 THR . 1 97 THR . 1 98 THR . 1 99 THR . 1 100 GLN . 1 101 ALA . 1 102 SER . 1 103 ILE . 1 104 ASN . 1 105 LEU . 1 106 ALA . 1 107 THR . 1 108 THR . 1 109 SER . 1 110 ALA . 1 111 ALA . 1 112 GLN . 1 113 LEU . 1 114 ILE . 1 115 SER . 1 116 ARG . 1 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A 1 825 LYS 825 825 LYS LYS A . A 1 826 ARG 826 826 ARG ARG A . A 1 827 TYR 827 827 TYR TYR A . A 1 828 ASN 828 828 ASN ASN A . A 1 829 VAL 829 ? ? ? A . A 1 830 SER 830 ? ? ? A . A 1 831 CYS 831 ? ? ? A . A 1 832 SER 832 ? ? ? A . A 1 833 HIS 833 ? ? ? A . A 1 834 GLN 834 ? ? ? A . A 1 835 PHE 835 ? ? ? A . A 1 836 ARG 836 ? ? ? A . A 1 837 LEU 837 ? ? ? A . A 1 838 LYS 838 ? ? ? A . A 1 839 ARG 839 ? ? ? A . A 1 840 LYS 840 ? ? ? A . A 1 841 LYS 841 ? ? ? A . A 1 842 MET 842 ? ? ? A . A 1 843 LYS 843 ? ? ? A . A 1 844 GLU 844 ? ? ? A . A 1 845 PHE 845 ? ? ? A . A 1 846 GLN 846 ? ? ? A . A 1 847 GLU 847 ? ? ? A . A 1 848 ALA 848 ? ? ? A . A 1 849 ASN 849 ? ? ? A . A 1 850 TYR 850 ? ? ? A . A 1 851 ALA 851 ? ? ? A . A 1 852 ARG 852 ? ? ? A . A 1 853 VAL 853 ? ? ? A . A 1 854 ARG 854 ? ? ? A . A 1 855 ARG 855 ? ? ? A . A 1 856 ARG 856 ? ? ? A . A 1 857 GLY 857 ? ? ? A . A 1 858 PRO 858 ? ? ? A . A 1 859 ARG 859 ? ? ? A . A 1 860 ARG 860 ? ? ? A . A 1 861 SER 861 ? ? ? A . A 1 862 SER 862 ? ? ? A . A 1 863 SER 863 ? ? ? A . A 1 864 ASP 864 ? ? ? A . A 1 865 ILE 865 ? ? ? A . A 1 866 ALA 866 ? ? ? A . A 1 867 ARG 867 ? ? ? A . A 1 868 ALA 868 ? ? ? A . A 1 869 LYS 869 ? ? ? A . A 1 870 ILE 870 ? ? ? A . A 1 871 GLN 871 ? ? ? A . A 1 872 GLY 872 ? ? ? A . A 1 873 LYS 873 ? ? ? A . A 1 874 CYS 874 ? ? ? A . A 1 875 HIS 875 ? ? ? A . A 1 876 ARG 876 ? ? ? A . A 1 877 GLY 877 ? ? ? A . A 1 878 GLN 878 ? ? ? A . A 1 879 GLU 879 ? ? ? A . A 1 880 ASP 880 ? ? ? A . A 1 881 SER 881 ? ? ? A . A 1 882 SER 882 ? ? ? A . A 1 883 ARG 883 ? ? ? A . A 1 884 GLY 884 ? ? ? A . A 1 885 SER 885 ? ? ? A . A 1 886 ASP 886 ? ? ? A . A 1 887 ASN 887 ? ? ? A . A 1 888 SER 888 ? ? ? A . A 1 889 SER 889 ? ? ? A . A 1 890 TYR 890 ? ? ? A . A 1 891 ASP 891 ? ? ? A . A 1 892 GLU 892 ? ? ? A . A 1 893 ALA 893 ? ? ? A . A 1 894 LEU 894 ? ? ? A . A 1 895 SER 895 ? ? ? A . A 1 896 PRO 896 ? ? ? A . A 1 897 THR 897 ? ? ? A . A 1 898 SER 898 ? ? ? A . A 1 899 PRO 899 ? ? ? A . 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A 1 938 SER 938 ? ? ? A . A 1 939 ARG 939 ? ? ? A . A 1 940 TRP 940 ? ? ? A . A 1 941 SER 941 ? ? ? A . A 1 942 VAL 942 ? ? ? A . A 1 943 GLU 943 ? ? ? A . A 1 944 GLU 944 ? ? ? A . A 1 945 VAL 945 ? ? ? A . A 1 946 TYR 946 ? ? ? A . A 1 947 GLU 947 ? ? ? A . A 1 948 PHE 948 ? ? ? A . A 1 949 ILE 949 ? ? ? A . A 1 950 ALA 950 ? ? ? A . A 1 951 SER 951 ? ? ? A . A 1 952 LEU 952 ? ? ? A . A 1 953 GLN 953 ? ? ? A . A 1 954 GLY 954 ? ? ? A . A 1 955 CYS 955 ? ? ? A . A 1 956 GLN 956 ? ? ? A . A 1 957 GLU 957 ? ? ? A . A 1 958 ILE 958 ? ? ? A . A 1 959 ALA 959 ? ? ? A . A 1 960 GLU 960 ? ? ? A . A 1 961 GLU 961 ? ? ? A . A 1 962 PHE 962 ? ? ? A . A 1 963 ARG 963 ? ? ? A . A 1 964 SER 964 ? ? ? A . A 1 965 GLN 965 ? ? ? A . A 1 966 GLU 966 ? ? ? A . A 1 967 ILE 967 ? ? ? A . A 1 968 ASP 968 ? ? ? A . A 1 969 GLY 969 ? ? ? A . A 1 970 GLN 970 ? ? ? A . A 1 971 ALA 971 ? ? ? A . A 1 972 LEU 972 ? ? ? A . A 1 973 LEU 973 ? ? ? A . A 1 974 LEU 974 ? ? ? A . A 1 975 LEU 975 ? ? ? A . 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A . # # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 ZN 1 1 1 ZN '_' . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Polyhomeotic-like protein 1 {PDB ID=2l8e, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=2l8e.1.A}' 'template structure' . 2 'ZINC ION {PDB ID=2l8e, label_asym_id=B, auth_asym_id=A, SMTL ID=2l8e.1._.1}' 'template structure' . 3 . target . 4 'ZINC ION' target . 5 'Target-template alignment by HHblits to 2l8e, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 6 'model 2' 'model coordinates' . 7 SMTL 'reference database' . 8 PDB 'reference database' . 9 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 3 2 1 7 3 1 8 4 2 9 5 3 3 6 3 4 7 3 1 8 3 2 9 3 5 10 4 1 11 4 2 12 4 5 13 4 4 14 5 6 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 7 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-14 8 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-08 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 3 'reference database' 2 4 . # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . B 2 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A 2 2 'reference database' non-polymer 1 2 B B 2 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 GTRGVDSPSAELDKKANLLKCEYCGKYAPAEQFRGSKRFCSMTCAKRYN GTRGVDSPSAELDKKANLLKCEYCGKYAPAEQFRGSKRFCSMTCAKRYN # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 16 49 # # loop_ _ma_template_non_poly.template_id _ma_template_non_poly.comp_id _ma_template_non_poly.details 2 ZN 'ZINC ION' # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 2l8e 2024-05-01 2 PDB . 2l8e 2024-05-01 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1004 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 5 1 1004 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 2.1e-12 100.000 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 METESEQNSNSTNGSSSSGGSSRPQIAQMSLYERQAVQALQALQRQPNAAQYFHQFMLQQQLSNAQLHSLAAVQQATIAASRQASSPNTSTTQQQTTTTQASINLATTSAAQLISRSQSVSSPSATTLTQSVLLGNTTSPPLNQSQAQMYLRPQLGNLLQVNRTLGRNVPLASQLILMPNGAVAAVQQEVPSAQSPGVHADADQVQNLAVRNQQASAQGPQMQGSTQKAIPPGASPVSSLSQASSQALAVAQASSGATNQSLNLSQAGGGSGNSIPGSMGPGGGGQAHGGLGQLPSSGMGGGSCPRKGTGVVQPLPAAQTVTVSQGSQTEAESAAAKKAEADGSGQQNVGMNLTRTATPAPSQTLISSATYTQIQPHSLIQQQQQIHLQQKQVVIQQQIAIHHQQQFQHRQSQLLHTATHLQLAQQQQQQQQQQQQQQQPQATTLTAPQPPQVPPTQQVPPSQSQQQAQTLVVQPMLQSSPLSLPPDAAPKPPIPIQSKPPVAPIKPPQLGAAKMSAAQQPPPHIPVQVVGTRQPGTAQAQALGLAQLAAAVPTSRGMPGTVQSGQAHLASSPPSSQAPGALQECPPTLAPGMTLAPVQGTAHVVKGGATTSSPVVAQVPAAFYMQSVHLPGKPQTLAVKRKADSEEERDDVSTLGSMLPAKASPVAESPKVMDEKSSLGEKAESVANVNANTPSSELVALTPAPSVPPPTLAMVSRQMGDSKPPQAIVKPQILTHIIEGFVIQEGAEPFPVGCSQLLKESEKPLQTGLPTGLTENQSGGPLGVDSPSAELDKKANLLKCEYCGKYAPAEQFRGSKRFCSMTCAKRYNVSCSHQFRLKRKKMKEFQEANYARVRRRGPRRSSSDIARAKIQGKCHRGQEDSSRGSDNSSYDEALSPTSPGPLSVRAGHGERDLGNPNTAPPTPELHGINPVFLSSNPSRWSVEEVYEFIASLQGCQEIAEEFRSQEIDGQALLLLKEEHLMSAMNIKLGPALKICAKINVLKET 2 1 2 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ANLLKCEYCGKYAPAEQFRGSKRFCSMTCAKRYN-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 2l8e.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 2' . 6 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . ALA 795 795 ? A -8.882 2.205 -2.928 1 1 A ALA 0.450 1 ATOM 2 C CA . ALA 795 795 ? A -9.096 3.598 -3.468 1 1 A ALA 0.450 1 ATOM 3 C C . ALA 795 795 ? A -7.898 4.530 -3.279 1 1 A ALA 0.450 1 ATOM 4 O O . ALA 795 795 ? A -7.227 4.866 -4.236 1 1 A ALA 0.450 1 ATOM 5 C CB . ALA 795 795 ? A -10.355 4.217 -2.811 1 1 A ALA 0.450 1 ATOM 6 N N . ASN 796 796 ? A -7.595 4.921 -2.015 1 1 A ASN 0.480 1 ATOM 7 C CA . ASN 796 796 ? A -6.456 5.728 -1.593 1 1 A ASN 0.480 1 ATOM 8 C C . ASN 796 796 ? A -5.122 5.006 -1.748 1 1 A ASN 0.480 1 ATOM 9 O O . ASN 796 796 ? A -4.553 4.474 -0.787 1 1 A ASN 0.480 1 ATOM 10 C CB . ASN 796 796 ? A -6.671 6.189 -0.115 1 1 A ASN 0.480 1 ATOM 11 C CG . ASN 796 796 ? A -7.241 5.127 0.841 1 1 A ASN 0.480 1 ATOM 12 O OD1 . ASN 796 796 ? A -8.149 5.412 1.592 1 1 A ASN 0.480 1 ATOM 13 N ND2 . ASN 796 796 ? A -6.746 3.864 0.792 1 1 A ASN 0.480 1 ATOM 14 N N . LEU 797 797 ? A -4.620 4.921 -2.985 1 1 A LEU 0.620 1 ATOM 15 C CA . LEU 797 797 ? A -3.408 4.211 -3.276 1 1 A LEU 0.620 1 ATOM 16 C C . LEU 797 797 ? A -2.257 5.166 -3.408 1 1 A LEU 0.620 1 ATOM 17 O O . LEU 797 797 ? A -2.377 6.311 -3.836 1 1 A LEU 0.620 1 ATOM 18 C CB . LEU 797 797 ? A -3.512 3.322 -4.540 1 1 A LEU 0.620 1 ATOM 19 C CG . LEU 797 797 ? A -4.745 2.380 -4.596 1 1 A LEU 0.620 1 ATOM 20 C CD1 . LEU 797 797 ? A -4.532 1.347 -5.708 1 1 A LEU 0.620 1 ATOM 21 C CD2 . LEU 797 797 ? A -5.008 1.589 -3.306 1 1 A LEU 0.620 1 ATOM 22 N N . LEU 798 798 ? A -1.083 4.663 -3.048 1 1 A LEU 0.630 1 ATOM 23 C CA . LEU 798 798 ? A 0.166 5.277 -3.354 1 1 A LEU 0.630 1 ATOM 24 C C . LEU 798 798 ? A 0.968 4.059 -3.693 1 1 A LEU 0.630 1 ATOM 25 O O . LEU 798 798 ? A 0.432 2.947 -3.700 1 1 A LEU 0.630 1 ATOM 26 C CB . LEU 798 798 ? A 0.750 6.152 -2.195 1 1 A LEU 0.630 1 ATOM 27 C CG . LEU 798 798 ? A 1.410 5.419 -0.993 1 1 A LEU 0.630 1 ATOM 28 C CD1 . LEU 798 798 ? A 2.943 5.592 -0.965 1 1 A LEU 0.630 1 ATOM 29 C CD2 . LEU 798 798 ? A 0.828 5.893 0.350 1 1 A LEU 0.630 1 ATOM 30 N N . LYS 799 799 ? A 2.245 4.209 -4.026 1 1 A LYS 0.690 1 ATOM 31 C CA . LYS 799 799 ? A 3.036 3.068 -4.386 1 1 A LYS 0.690 1 ATOM 32 C C . LYS 799 799 ? A 4.412 3.169 -3.833 1 1 A LYS 0.690 1 ATOM 33 O O . LYS 799 799 ? A 4.939 4.239 -3.557 1 1 A LYS 0.690 1 ATOM 34 C CB . LYS 799 799 ? A 3.087 2.808 -5.904 1 1 A LYS 0.690 1 ATOM 35 C CG . LYS 799 799 ? A 4.033 3.665 -6.762 1 1 A LYS 0.690 1 ATOM 36 C CD . LYS 799 799 ? A 3.758 5.177 -6.712 1 1 A LYS 0.690 1 ATOM 37 C CE . LYS 799 799 ? A 4.661 6.004 -7.633 1 1 A LYS 0.690 1 ATOM 38 N NZ . LYS 799 799 ? A 6.061 5.844 -7.207 1 1 A LYS 0.690 1 ATOM 39 N N . CYS 800 800 ? A 5.012 1.994 -3.638 1 1 A CYS 0.720 1 ATOM 40 C CA . CYS 800 800 ? A 6.334 1.815 -3.096 1 1 A CYS 0.720 1 ATOM 41 C C . CYS 800 800 ? A 7.410 2.463 -3.958 1 1 A CYS 0.720 1 ATOM 42 O O . CYS 800 800 ? A 7.557 2.069 -5.116 1 1 A CYS 0.720 1 ATOM 43 C CB . CYS 800 800 ? A 6.541 0.271 -3.028 1 1 A CYS 0.720 1 ATOM 44 S SG . CYS 800 800 ? A 8.131 -0.324 -2.395 1 1 A CYS 0.720 1 ATOM 45 N N . GLU 801 801 ? A 8.231 3.406 -3.459 1 1 A GLU 0.740 1 ATOM 46 C CA . GLU 801 801 ? A 9.265 4.075 -4.245 1 1 A GLU 0.740 1 ATOM 47 C C . GLU 801 801 ? A 10.496 3.205 -4.597 1 1 A GLU 0.740 1 ATOM 48 O O . GLU 801 801 ? A 11.526 3.685 -5.050 1 1 A GLU 0.740 1 ATOM 49 C CB . GLU 801 801 ? A 9.698 5.370 -3.504 1 1 A GLU 0.740 1 ATOM 50 C CG . GLU 801 801 ? A 8.564 6.424 -3.330 1 1 A GLU 0.740 1 ATOM 51 C CD . GLU 801 801 ? A 7.994 6.895 -4.662 1 1 A GLU 0.740 1 ATOM 52 O OE1 . GLU 801 801 ? A 8.731 7.459 -5.504 1 1 A GLU 0.740 1 ATOM 53 O OE2 . GLU 801 801 ? A 6.777 6.652 -4.890 1 1 A GLU 0.740 1 ATOM 54 N N . TYR 802 802 ? A 10.375 1.867 -4.424 1 1 A TYR 0.660 1 ATOM 55 C CA . TYR 802 802 ? A 11.299 0.848 -4.872 1 1 A TYR 0.660 1 ATOM 56 C C . TYR 802 802 ? A 10.682 0.173 -6.105 1 1 A TYR 0.660 1 ATOM 57 O O . TYR 802 802 ? A 10.887 0.590 -7.234 1 1 A TYR 0.660 1 ATOM 58 C CB . TYR 802 802 ? A 11.577 -0.157 -3.710 1 1 A TYR 0.660 1 ATOM 59 C CG . TYR 802 802 ? A 12.791 -0.970 -3.986 1 1 A TYR 0.660 1 ATOM 60 C CD1 . TYR 802 802 ? A 14.048 -0.450 -3.653 1 1 A TYR 0.660 1 ATOM 61 C CD2 . TYR 802 802 ? A 12.698 -2.233 -4.583 1 1 A TYR 0.660 1 ATOM 62 C CE1 . TYR 802 802 ? A 15.207 -1.198 -3.891 1 1 A TYR 0.660 1 ATOM 63 C CE2 . TYR 802 802 ? A 13.856 -2.970 -4.849 1 1 A TYR 0.660 1 ATOM 64 C CZ . TYR 802 802 ? A 15.105 -2.463 -4.479 1 1 A TYR 0.660 1 ATOM 65 O OH . TYR 802 802 ? A 16.235 -3.261 -4.725 1 1 A TYR 0.660 1 ATOM 66 N N . CYS 803 803 ? A 9.869 -0.895 -5.891 1 1 A CYS 0.680 1 ATOM 67 C CA . CYS 803 803 ? A 9.213 -1.696 -6.918 1 1 A CYS 0.680 1 ATOM 68 C C . CYS 803 803 ? A 8.117 -0.977 -7.698 1 1 A CYS 0.680 1 ATOM 69 O O . CYS 803 803 ? A 7.842 -1.310 -8.838 1 1 A CYS 0.680 1 ATOM 70 C CB . CYS 803 803 ? A 8.637 -3.034 -6.335 1 1 A CYS 0.680 1 ATOM 71 S SG . CYS 803 803 ? A 7.580 -2.888 -4.850 1 1 A CYS 0.680 1 ATOM 72 N N . GLY 804 804 ? A 7.435 0.010 -7.073 1 1 A GLY 0.740 1 ATOM 73 C CA . GLY 804 804 ? A 6.387 0.786 -7.724 1 1 A GLY 0.740 1 ATOM 74 C C . GLY 804 804 ? A 5.015 0.173 -7.705 1 1 A GLY 0.740 1 ATOM 75 O O . GLY 804 804 ? A 4.133 0.573 -8.445 1 1 A GLY 0.740 1 ATOM 76 N N . LYS 805 805 ? A 4.786 -0.816 -6.818 1 1 A LYS 0.700 1 ATOM 77 C CA . LYS 805 805 ? A 3.495 -1.467 -6.689 1 1 A LYS 0.700 1 ATOM 78 C C . LYS 805 805 ? A 2.513 -0.694 -5.844 1 1 A LYS 0.700 1 ATOM 79 O O . LYS 805 805 ? A 2.818 -0.304 -4.713 1 1 A LYS 0.700 1 ATOM 80 C CB . LYS 805 805 ? A 3.622 -2.876 -6.082 1 1 A LYS 0.700 1 ATOM 81 C CG . LYS 805 805 ? A 4.367 -3.818 -7.031 1 1 A LYS 0.700 1 ATOM 82 C CD . LYS 805 805 ? A 4.324 -5.269 -6.525 1 1 A LYS 0.700 1 ATOM 83 C CE . LYS 805 805 ? A 4.897 -6.312 -7.492 1 1 A LYS 0.700 1 ATOM 84 N NZ . LYS 805 805 ? A 4.116 -6.293 -8.748 1 1 A LYS 0.700 1 ATOM 85 N N . TYR 806 806 ? A 1.312 -0.450 -6.407 1 1 A TYR 0.580 1 ATOM 86 C CA . TYR 806 806 ? 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A -2.566 2.168 4.059 1 1 A GLU 0.640 1 ATOM 115 C CA . GLU 810 810 ? A -2.518 1.418 5.302 1 1 A GLU 0.640 1 ATOM 116 C C . GLU 810 810 ? A -1.430 0.337 5.387 1 1 A GLU 0.640 1 ATOM 117 O O . GLU 810 810 ? A -0.829 0.085 6.428 1 1 A GLU 0.640 1 ATOM 118 C CB . GLU 810 810 ? A -3.906 0.799 5.524 1 1 A GLU 0.640 1 ATOM 119 C CG . GLU 810 810 ? A -4.238 0.703 7.022 1 1 A GLU 0.640 1 ATOM 120 C CD . GLU 810 810 ? A -5.661 0.205 7.193 1 1 A GLU 0.640 1 ATOM 121 O OE1 . GLU 810 810 ? A -5.837 -1.034 7.289 1 1 A GLU 0.640 1 ATOM 122 O OE2 . GLU 810 810 ? A -6.572 1.071 7.199 1 1 A GLU 0.640 1 ATOM 123 N N . GLN 811 811 ? A -1.107 -0.292 4.234 1 1 A GLN 0.670 1 ATOM 124 C CA . GLN 811 811 ? A -0.083 -1.310 4.101 1 1 A GLN 0.670 1 ATOM 125 C C . GLN 811 811 ? A 1.322 -0.697 4.032 1 1 A GLN 0.670 1 ATOM 126 O O . GLN 811 811 ? A 2.335 -1.384 4.174 1 1 A GLN 0.670 1 ATOM 127 C CB . GLN 811 811 ? A -0.428 -2.176 2.852 1 1 A GLN 0.670 1 ATOM 128 C CG . GLN 811 811 ? 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #