data_SMR-ad808552c26a566f4de70eeb48979de1_3 _entry.id SMR-ad808552c26a566f4de70eeb48979de1_3 _struct.entry_id SMR-ad808552c26a566f4de70eeb48979de1_3 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - P49641/ MA2A2_HUMAN, Alpha-mannosidase 2x Estimated model accuracy of this model is 0.012, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries P49641' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 149572.651 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP MA2A2_HUMAN P49641 1 ;MKLKKQVTVCGAAIFCVAVFSLYLMLDRVQHDPTRHQNGGNFPRSQISVLQNRIEQLEQLLEENHEIISH IKDSVLELTANAEGPPAMLPYYTVNGSWVVPPEPRPSFFSISPQDCQFALGGRGQKPELQMLTVSEELPF DNVDGGVWRQGFDISYDPHDWDAEDLQVFVVPHSHNDPGWIKTFDKYYTEQTQHILNSMVSKLQEDPRRR FLWAEVSFFAKWWDNINVQKRAAVRRLVGNGQLEIATGGWVMPDEANSHYFALIDQLIEGHQWLERNLGA TPRSGWAVDPFGYSSTMPYLLRRANLTSMLIQRVHYAIKKHFAATHSLEFMWRQTWDSDSSTDIFCHMMP FYSYDVPHTCGPDPKICCQFDFKRLPGGRINCPWKVPPRAITEANVAERAALLLDQYRKKSQLFRSNVLL VPLGDDFRYDKPQEWDAQFFNYQRLFDFFNSRPNLHVQAQFGTLSDYFDALYKRTGVEPGARPPGFPVLS GDFFSYADREDHYWTGYYTSRPFYKSLDRVLEAHLRGAEVLYSLAAAHARRSGLAGRYPLSDFTLLTEAR RTLGLFQHHDAITGTAKEAVVVDYGVRLLRSLVNLKQVIIHAAHYLVLGDKETYHFDPEAPFLQVDDTRL SHDALPERTVIQLDSSPRFVVLFNPLEQERFSMVSLLVNSPRVRVLSEEGQPLAVQISAHWSSATEAVPD VYQVSVPVRLPALGLGVLQLQLGLDGHRTLPSSVRIYLHGRQLSVSRHEAFPLRVIDSGTSDFALSNRYM QVWFSGLTGLLKGSGLCFLAEHPKGGMQVLVYGTRTSKDKSGAYLFLPDGEASPTSPRSPPCCVSLKALS SQRWLRTMSTFTRRSGFTICQGWRGCLWTYHPWWTSGTTSTRSWPCTSIQTSTARVQPRRYLKKLPLQAN FYPMPVMAYIQDAQKRLTLHTAQALGVSSLKDGQLEVILDRRLMQDDNRGLGQGLKDNKRTCNRFRLLLE RRTVGSEVQDSHSTSYPSLLSHLTSMYLNAPALALPVARMQLPGPGLRSFHPLASSLPCDFHLLNLRTLQ AEEDTLPSAETALILHRKGFDCGLEAKNLGFNCTTSQGKVALGSLFHGLDVVFLQPTSLTLLYPLASPSN STDVYLEPMEIATFRLRLG ; 'Alpha-mannosidase 2x' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1139 1 1139 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . MA2A2_HUMAN P49641 P49641-1 1 1139 9606 'Homo sapiens (Human)' 2011-09-21 C16551A585F7F7FA # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MKLKKQVTVCGAAIFCVAVFSLYLMLDRVQHDPTRHQNGGNFPRSQISVLQNRIEQLEQLLEENHEIISH IKDSVLELTANAEGPPAMLPYYTVNGSWVVPPEPRPSFFSISPQDCQFALGGRGQKPELQMLTVSEELPF DNVDGGVWRQGFDISYDPHDWDAEDLQVFVVPHSHNDPGWIKTFDKYYTEQTQHILNSMVSKLQEDPRRR FLWAEVSFFAKWWDNINVQKRAAVRRLVGNGQLEIATGGWVMPDEANSHYFALIDQLIEGHQWLERNLGA TPRSGWAVDPFGYSSTMPYLLRRANLTSMLIQRVHYAIKKHFAATHSLEFMWRQTWDSDSSTDIFCHMMP FYSYDVPHTCGPDPKICCQFDFKRLPGGRINCPWKVPPRAITEANVAERAALLLDQYRKKSQLFRSNVLL VPLGDDFRYDKPQEWDAQFFNYQRLFDFFNSRPNLHVQAQFGTLSDYFDALYKRTGVEPGARPPGFPVLS GDFFSYADREDHYWTGYYTSRPFYKSLDRVLEAHLRGAEVLYSLAAAHARRSGLAGRYPLSDFTLLTEAR RTLGLFQHHDAITGTAKEAVVVDYGVRLLRSLVNLKQVIIHAAHYLVLGDKETYHFDPEAPFLQVDDTRL 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VPLGDDFRYDKPQEWDAQFFNYQRLFDFFNSRPNLHVQAQFGTLSDYFDALYKRTGVEPGARPPGFPVLS GDFFSYADREDHYWTGYYTSRPFYKSLDRVLEAHLRGAEVLYSLAAAHARRSGLAGRYPLSDFTLLTEAR RTLGLFQHHDAITGTAKEAVVVDYGVRLLRSLVNLKQVIIHAAHYLVLGDKETYHFDPEAPFLQVDDTRL SHDALPERTVIQLDSSPRFVVLFNPLEQERFSMVSLLVNSPRVRVLSEEGQPLAVQISAHWSSATEAVPD VYQVSVPVRLPALGLGVLQLQLGLDGHRTLPSSVRIYLHGRQLSVSRHEAFPLRVIDSGTSDFALSNRYM QVWFSGLTGLLKGSGLCFLAEHPKGGMQVLVYGTRTSKDKSGAYLFLPDGEASPTSPRSPPCCVSLKALS SQRWLRTMSTFTRRSGFTICQGWRGCLWTYHPWWTSGTTSTRSWPCTSIQTSTARVQPRRYLKKLPLQAN FYPMPVMAYIQDAQKRLTLHTAQALGVSSLKDGQLEVILDRRLMQDDNRGLGQGLKDNKRTCNRFRLLLE RRTVGSEVQDSHSTSYPSLLSHLTSMYLNAPALALPVARMQLPGPGLRSFHPLASSLPCDFHLLNLRTLQ AEEDTLPSAETALILHRKGFDCGLEAKNLGFNCTTSQGKVALGSLFHGLDVVFLQPTSLTLLYPLASPSN STDVYLEPMEIATFRLRLG ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 LYS . 1 3 LEU . 1 4 LYS . 1 5 LYS . 1 6 GLN . 1 7 VAL . 1 8 THR . 1 9 VAL . 1 10 CYS . 1 11 GLY . 1 12 ALA . 1 13 ALA . 1 14 ILE . 1 15 PHE . 1 16 CYS . 1 17 VAL . 1 18 ALA . 1 19 VAL . 1 20 PHE . 1 21 SER . 1 22 LEU . 1 23 TYR . 1 24 LEU . 1 25 MET . 1 26 LEU . 1 27 ASP . 1 28 ARG . 1 29 VAL . 1 30 GLN . 1 31 HIS . 1 32 ASP . 1 33 PRO . 1 34 THR . 1 35 ARG . 1 36 HIS . 1 37 GLN . 1 38 ASN . 1 39 GLY . 1 40 GLY . 1 41 ASN . 1 42 PHE . 1 43 PRO . 1 44 ARG . 1 45 SER . 1 46 GLN . 1 47 ILE . 1 48 SER . 1 49 VAL . 1 50 LEU . 1 51 GLN . 1 52 ASN . 1 53 ARG . 1 54 ILE . 1 55 GLU . 1 56 GLN . 1 57 LEU . 1 58 GLU . 1 59 GLN . 1 60 LEU . 1 61 LEU . 1 62 GLU . 1 63 GLU . 1 64 ASN . 1 65 HIS . 1 66 GLU . 1 67 ILE . 1 68 ILE . 1 69 SER . 1 70 HIS . 1 71 ILE . 1 72 LYS . 1 73 ASP . 1 74 SER . 1 75 VAL . 1 76 LEU . 1 77 GLU . 1 78 LEU . 1 79 THR . 1 80 ALA . 1 81 ASN . 1 82 ALA . 1 83 GLU . 1 84 GLY . 1 85 PRO . 1 86 PRO . 1 87 ALA . 1 88 MET . 1 89 LEU . 1 90 PRO . 1 91 TYR . 1 92 TYR . 1 93 THR . 1 94 VAL . 1 95 ASN . 1 96 GLY . 1 97 SER . 1 98 TRP . 1 99 VAL . 1 100 VAL . 1 101 PRO . 1 102 PRO . 1 103 GLU . 1 104 PRO . 1 105 ARG . 1 106 PRO 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A 1 1098 GLY 1098 ? ? ? A . A 1 1099 LEU 1099 ? ? ? A . A 1 1100 ASP 1100 ? ? ? A . A 1 1101 VAL 1101 ? ? ? A . A 1 1102 VAL 1102 ? ? ? A . A 1 1103 PHE 1103 ? ? ? A . A 1 1104 LEU 1104 ? ? ? A . A 1 1105 GLN 1105 ? ? ? A . A 1 1106 PRO 1106 ? ? ? A . A 1 1107 THR 1107 ? ? ? A . A 1 1108 SER 1108 ? ? ? A . A 1 1109 LEU 1109 ? ? ? A . A 1 1110 THR 1110 ? ? ? A . A 1 1111 LEU 1111 ? ? ? A . A 1 1112 LEU 1112 ? ? ? A . A 1 1113 TYR 1113 ? ? ? A . A 1 1114 PRO 1114 ? ? ? A . A 1 1115 LEU 1115 ? ? ? A . A 1 1116 ALA 1116 ? ? ? A . A 1 1117 SER 1117 ? ? ? A . A 1 1118 PRO 1118 ? ? ? A . A 1 1119 SER 1119 ? ? ? A . A 1 1120 ASN 1120 ? ? ? A . A 1 1121 SER 1121 ? ? ? A . A 1 1122 THR 1122 ? ? ? A . A 1 1123 ASP 1123 ? ? ? A . A 1 1124 VAL 1124 ? ? ? A . A 1 1125 TYR 1125 ? ? ? A . A 1 1126 LEU 1126 ? ? ? A . A 1 1127 GLU 1127 ? ? ? A . A 1 1128 PRO 1128 ? ? ? A . A 1 1129 MET 1129 ? ? ? A . A 1 1130 GLU 1130 ? ? ? A . A 1 1131 ILE 1131 ? ? ? A . A 1 1132 ALA 1132 ? ? ? A . A 1 1133 THR 1133 ? ? ? A . A 1 1134 PHE 1134 ? ? ? A . A 1 1135 ARG 1135 ? ? ? A . A 1 1136 LEU 1136 ? ? ? A . A 1 1137 ARG 1137 ? ? ? A . A 1 1138 LEU 1138 ? ? ? A . A 1 1139 GLY 1139 ? ? ? A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Designed protein 2L6HC3_12 {PDB ID=5j0i, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=5j0i.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 5j0i, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 3' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-27 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-22 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GSHMGTKYELRRALEELEKALQELREMLRKLKESLEELKKNPSEDALVRNNELIVEVLRVIVEVLSIIAR VLEINARSD ; ;GSHMGTKYELRRALEELEKALQELREMLRKLKESLEELKKNPSEDALVRNNELIVEVLRVIVEVLSIIAR VLEINARSD ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 9 44 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 5j0i 2024-03-06 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1139 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1139 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 17.000 33.333 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MKLKKQVTVCGAAIFCVAVFSLYLMLDRVQHDPTRHQNGGNFPRSQISVLQNRIEQLEQLLEENHEIISHIKDSVLELTANAEGPPAMLPYYTVNGSWVVPPEPRPSFFSISPQDCQFALGGRGQKPELQMLTVSEELPFDNVDGGVWRQGFDISYDPHDWDAEDLQVFVVPHSHNDPGWIKTFDKYYTEQTQHILNSMVSKLQEDPRRRFLWAEVSFFAKWWDNINVQKRAAVRRLVGNGQLEIATGGWVMPDEANSHYFALIDQLIEGHQWLERNLGATPRSGWAVDPFGYSSTMPYLLRRANLTSMLIQRVHYAIKKHFAATHSLEFMWRQTWDSDSSTDIFCHMMPFYSYDVPHTCGPDPKICCQFDFKRLPGGRINCPWKVPPRAITEANVAERAALLLDQYRKKSQLFRSNVLLVPLGDDFRYDKPQEWDAQFFNYQRLFDFFNSRPNLHVQAQFGTLSDYFDALYKRTGVEPGARPPGFPVLSGDFFSYADREDHYWTGYYTSRPFYKSLDRVLEAHLRGAEVLYSLAAAHARRSGLAGRYPLSDFTLLTEARRTLGLFQHHDAITGTAKEAVVVDYGVRLLRSLVNLKQVIIHAAHYLVLGDKETYHFDPEAPFLQVDDTRLSHDALPERTVIQLDSSPRFVVLFNPLEQERFSMVSLLVNSPRVRVLSEEGQPLAVQISAHWSSATEAVPDVYQVSVPVRLPALGLGVLQLQLGLDGHRTLPSSVRIYLHGRQLSVSRHEAFPLRVIDSGTSDFALSNRYMQVWFSGLTGLLKGSGLCFLAEHPKGGMQVLVYGTRTSKDKSGAYLFLPDGEASPTSPRSPPCCVSLKALSSQRWLRTMSTFTRRSGFTICQGWRGCLWTYHPWWTSGTTSTRSWPCTSIQTSTARVQPRRYLKKLPLQANFYPMPVMAYIQDAQKRLTLHTAQALGVSSLKDGQLEVILDRRLMQDDNRGLGQGLKDNKRTCNRFRLLLERRTVGSEVQDSHSTSYPSLLSHLTSMYLNAPALALPVARMQLPGPGLRSFHPLASSLPCDFHLLNLRTLQAEEDTLPSAETALILHRKGFDCGLEAKNLGFNCTTSQGKVALGSLFHGLDVVFLQPTSLTLLYPLASPSNSTDVYLEPMEIATFRLRLG 2 1 2 ------------------------------------------------ELRRALEELEKALQELREMLRKLKESLEELKKNPSE----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.085}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 5j0i.1, oligomeric state (monomer) as predicted' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 3' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . VAL 49 49 ? A -5.080 11.544 85.688 1 1 A VAL 0.380 1 ATOM 2 C CA . VAL 49 49 ? A -5.392 12.505 84.555 1 1 A VAL 0.380 1 ATOM 3 C C . VAL 49 49 ? A -4.159 13.235 84.047 1 1 A VAL 0.380 1 ATOM 4 O O . VAL 49 49 ? A -3.751 13.014 82.912 1 1 A VAL 0.380 1 ATOM 5 C CB . VAL 49 49 ? A -6.518 13.488 84.915 1 1 A VAL 0.380 1 ATOM 6 C CG1 . VAL 49 49 ? A -6.844 14.438 83.734 1 1 A VAL 0.380 1 ATOM 7 C CG2 . VAL 49 49 ? A -7.801 12.711 85.277 1 1 A VAL 0.380 1 ATOM 8 N N . LEU 50 50 ? A -3.500 14.081 84.880 1 1 A LEU 0.410 1 ATOM 9 C CA . LEU 50 50 ? A -2.305 14.843 84.523 1 1 A LEU 0.410 1 ATOM 10 C C . LEU 50 50 ? A -1.161 14.043 83.909 1 1 A LEU 0.410 1 ATOM 11 O O . LEU 50 50 ? A -0.642 14.415 82.864 1 1 A LEU 0.410 1 ATOM 12 C CB . LEU 50 50 ? A -1.755 15.519 85.803 1 1 A LEU 0.410 1 ATOM 13 C CG . LEU 50 50 ? A -2.488 16.786 86.307 1 1 A LEU 0.410 1 ATOM 14 C CD1 . LEU 50 50 ? A -1.408 17.716 86.879 1 1 A LEU 0.410 1 ATOM 15 C CD2 . LEU 50 50 ? A -3.304 17.543 85.242 1 1 A LEU 0.410 1 ATOM 16 N N . GLN 51 51 ? A -0.789 12.898 84.518 1 1 A GLN 0.500 1 ATOM 17 C CA . GLN 51 51 ? A 0.252 12.021 84.001 1 1 A GLN 0.500 1 ATOM 18 C C . GLN 51 51 ? A -0.047 11.508 82.590 1 1 A GLN 0.500 1 ATOM 19 O O . GLN 51 51 ? A 0.767 11.679 81.688 1 1 A GLN 0.500 1 ATOM 20 C CB . GLN 51 51 ? A 0.471 10.873 85.017 1 1 A GLN 0.500 1 ATOM 21 C CG . GLN 51 51 ? A 1.111 11.393 86.333 1 1 A GLN 0.500 1 ATOM 22 C CD . GLN 51 51 ? A 1.269 10.263 87.355 1 1 A GLN 0.500 1 ATOM 23 O OE1 . GLN 51 51 ? A 0.442 9.362 87.434 1 1 A GLN 0.500 1 ATOM 24 N NE2 . GLN 51 51 ? A 2.335 10.332 88.189 1 1 A GLN 0.500 1 ATOM 25 N N . ASN 52 52 ? A -1.279 11.001 82.347 1 1 A ASN 0.520 1 ATOM 26 C CA . ASN 52 52 ? A -1.752 10.554 81.040 1 1 A ASN 0.520 1 ATOM 27 C C . ASN 52 52 ? A -1.734 11.665 79.990 1 1 A ASN 0.520 1 ATOM 28 O O . ASN 52 52 ? A -1.317 11.472 78.855 1 1 A ASN 0.520 1 ATOM 29 C CB . ASN 52 52 ? A -3.219 10.025 81.126 1 1 A ASN 0.520 1 ATOM 30 C CG . ASN 52 52 ? A -3.297 8.747 81.961 1 1 A ASN 0.520 1 ATOM 31 O OD1 . ASN 52 52 ? A -2.313 8.098 82.285 1 1 A ASN 0.520 1 ATOM 32 N ND2 . ASN 52 52 ? A -4.534 8.347 82.361 1 1 A ASN 0.520 1 ATOM 33 N N . ARG 53 53 ? A -2.188 12.882 80.358 1 1 A ARG 0.470 1 ATOM 34 C CA . ARG 53 53 ? A -2.172 14.033 79.470 1 1 A ARG 0.470 1 ATOM 35 C C . ARG 53 53 ? A -0.782 14.513 79.078 1 1 A ARG 0.470 1 ATOM 36 O O . ARG 53 53 ? A -0.530 14.783 77.909 1 1 A ARG 0.470 1 ATOM 37 C CB . ARG 53 53 ? A -2.914 15.222 80.116 1 1 A ARG 0.470 1 ATOM 38 C CG . ARG 53 53 ? A -4.442 15.054 80.143 1 1 A ARG 0.470 1 ATOM 39 C CD . ARG 53 53 ? A -5.103 16.240 80.841 1 1 A ARG 0.470 1 ATOM 40 N NE . ARG 53 53 ? A -6.575 16.121 80.592 1 1 A ARG 0.470 1 ATOM 41 C CZ . ARG 53 53 ? A -7.490 16.940 81.131 1 1 A ARG 0.470 1 ATOM 42 N NH1 . ARG 53 53 ? A -7.156 17.826 82.065 1 1 A ARG 0.470 1 ATOM 43 N NH2 . ARG 53 53 ? A -8.752 16.895 80.711 1 1 A ARG 0.470 1 ATOM 44 N N . ILE 54 54 ? A 0.159 14.621 80.044 1 1 A ILE 0.560 1 ATOM 45 C CA . ILE 54 54 ? A 1.559 14.958 79.787 1 1 A ILE 0.560 1 ATOM 46 C C . ILE 54 54 ? A 2.232 13.878 78.954 1 1 A ILE 0.560 1 ATOM 47 O O . ILE 54 54 ? A 2.968 14.172 78.013 1 1 A ILE 0.560 1 ATOM 48 C CB . ILE 54 54 ? A 2.333 15.263 81.074 1 1 A ILE 0.560 1 ATOM 49 C CG1 . ILE 54 54 ? A 1.727 16.518 81.755 1 1 A ILE 0.560 1 ATOM 50 C CG2 . ILE 54 54 ? A 3.838 15.484 80.771 1 1 A ILE 0.560 1 ATOM 51 C CD1 . ILE 54 54 ? A 2.253 16.764 83.175 1 1 A ILE 0.560 1 ATOM 52 N N . GLU 55 55 ? A 1.947 12.589 79.233 1 1 A GLU 0.590 1 ATOM 53 C CA . GLU 55 55 ? A 2.447 11.483 78.435 1 1 A GLU 0.590 1 ATOM 54 C C . GLU 55 55 ? A 2.030 11.552 76.962 1 1 A GLU 0.590 1 ATOM 55 O O . GLU 55 55 ? A 2.862 11.489 76.058 1 1 A GLU 0.590 1 ATOM 56 C CB . GLU 55 55 ? A 1.942 10.166 79.059 1 1 A GLU 0.590 1 ATOM 57 C CG . GLU 55 55 ? A 2.556 8.903 78.418 1 1 A GLU 0.590 1 ATOM 58 C CD . GLU 55 55 ? A 2.146 7.628 79.152 1 1 A GLU 0.590 1 ATOM 59 O OE1 . 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #