data_SMR-13e02552a3f370c91231b220f1556905_1 _entry.id SMR-13e02552a3f370c91231b220f1556905_1 _struct.entry_id SMR-13e02552a3f370c91231b220f1556905_1 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q86Y26/ NUTM1_HUMAN, NUT family member 1 Estimated model accuracy of this model is 0.002, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q86Y26' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 144356.568 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP NUTM1_HUMAN Q86Y26 1 ;MVVTLGPGPDCLILEASRQPQLVPKPERMASDGASALPGPDMSMKPSAAPSPSPALPFLPPTSDPPDHPP REPPPQPIMPSVFSPDNPLMLSAFPSSLLVTGDGGPCLSGAGAGKVIVKVKTEGGSAEPSQTQNFILTQT ALNSTAPGTPCGGLEGPAPPFVTASNVKTILPSKAVGVSQEGPPGLPPQPPPPVAQLVPIVPLEKAWPGP HGTTGEGGPVATLSKPSLGDRSKISKDVYENFRQWQRYKALARRHLSQSPDTEALSCFLIPVLRSLARLK PTMTLEEGLPLAVQEWEHTSNFDRMIFYEMAERFMEFEAEEMQIQNTQLMNGSQGLSPATPLKLDPLGPL ASEVCQQPVYIPKKAASKTRAPRRRQRKAQRPPAPEAPKEIPPEAVKEYVDIMEWLVGTHLATGESDGKQ EEEGQQQEEEGMYPDPGLLSYINELCSQKVFVSKVEAVIHPQFLADLLSPEKQRDPLALIEELEQEEGLT LAQLVQKRLMALEEEEDAEAPPSFSGAQLDSSPSGSVEDEDGDGRLRPSPGLQGAGGAACLGKVSSSGKR AREVHGGQEQALDSPRGMHRDGNTLPSPSSWDLQPELAAPQGTPGPLGVERRGSGKVINQVSLHQDGHLG GAGPPGHCLVADRTSEALPLCWQGGFQPESTPSLDAGLAELAPLQGQGLEKQVLGLQKGQQTGGRGVLPQ GKEPLAVPWEGSSGAMWGDDRGTPMAQSYDQNPSPRAAGERDDVCLSPGVWLSSEMDAVGLELPVQIEEV IESFQVEKCVTEYQEGCQGLGSRGNISLGPGETLVPGDTESSVIPCGGTVAAAALEKRNYCSLPGPLRAN SPPLRSKENQEQSCETVGHPSDLWAEGCFPLLESGDSTLGSSKETLPPTCQGNLLIMGTEDASSLPEASQ EAGSRGNSFSPLLETIEPVNILDVKDDCGLQLRVSEDTCPLNVHSYDPQGEGRVDPDLSKPKNLAPLQES QESYTTGTPKATSSHQGLGSTLPRRGTRNAIVPRETSVSKTHRSADRAKGKEKKKKEAEEEDEELSNFAY LLASKLSLSPREHPLSPHHASGGQGSQRASHLLPAGAKGPSKLPYPVAKSGKRALAGGPAPTEKTPHSGA QLGVPREKPLALGVVRPSQPRKRRCDSFVTGRRKKRRRSQ ; 'NUT family member 1' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1160 1 1160 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . NUTM1_HUMAN Q86Y26 Q86Y26-2 1 1160 9606 'Homo sapiens (Human)' 2010-11-02 D315516EBE03B8E5 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no L ;MVVTLGPGPDCLILEASRQPQLVPKPERMASDGASALPGPDMSMKPSAAPSPSPALPFLPPTSDPPDHPP REPPPQPIMPSVFSPDNPLMLSAFPSSLLVTGDGGPCLSGAGAGKVIVKVKTEGGSAEPSQTQNFILTQT ALNSTAPGTPCGGLEGPAPPFVTASNVKTILPSKAVGVSQEGPPGLPPQPPPPVAQLVPIVPLEKAWPGP HGTTGEGGPVATLSKPSLGDRSKISKDVYENFRQWQRYKALARRHLSQSPDTEALSCFLIPVLRSLARLK PTMTLEEGLPLAVQEWEHTSNFDRMIFYEMAERFMEFEAEEMQIQNTQLMNGSQGLSPATPLKLDPLGPL ASEVCQQPVYIPKKAASKTRAPRRRQRKAQRPPAPEAPKEIPPEAVKEYVDIMEWLVGTHLATGESDGKQ EEEGQQQEEEGMYPDPGLLSYINELCSQKVFVSKVEAVIHPQFLADLLSPEKQRDPLALIEELEQEEGLT LAQLVQKRLMALEEEEDAEAPPSFSGAQLDSSPSGSVEDEDGDGRLRPSPGLQGAGGAACLGKVSSSGKR AREVHGGQEQALDSPRGMHRDGNTLPSPSSWDLQPELAAPQGTPGPLGVERRGSGKVINQVSLHQDGHLG 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EEEGQQQEEEGMYPDPGLLSYINELCSQKVFVSKVEAVIHPQFLADLLSPEKQRDPLALIEELEQEEGLT LAQLVQKRLMALEEEEDAEAPPSFSGAQLDSSPSGSVEDEDGDGRLRPSPGLQGAGGAACLGKVSSSGKR AREVHGGQEQALDSPRGMHRDGNTLPSPSSWDLQPELAAPQGTPGPLGVERRGSGKVINQVSLHQDGHLG GAGPPGHCLVADRTSEALPLCWQGGFQPESTPSLDAGLAELAPLQGQGLEKQVLGLQKGQQTGGRGVLPQ GKEPLAVPWEGSSGAMWGDDRGTPMAQSYDQNPSPRAAGERDDVCLSPGVWLSSEMDAVGLELPVQIEEV IESFQVEKCVTEYQEGCQGLGSRGNISLGPGETLVPGDTESSVIPCGGTVAAAALEKRNYCSLPGPLRAN SPPLRSKENQEQSCETVGHPSDLWAEGCFPLLESGDSTLGSSKETLPPTCQGNLLIMGTEDASSLPEASQ EAGSRGNSFSPLLETIEPVNILDVKDDCGLQLRVSEDTCPLNVHSYDPQGEGRVDPDLSKPKNLAPLQES QESYTTGTPKATSSHQGLGSTLPRRGTRNAIVPRETSVSKTHRSADRAKGKEKKKKEAEEEDEELSNFAY LLASKLSLSPREHPLSPHHASGGQGSQRASHLLPAGAKGPSKLPYPVAKSGKRALAGGPAPTEKTPHSGA QLGVPREKPLALGVVRPSQPRKRRCDSFVTGRRKKRRRSQ ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 VAL . 1 3 VAL . 1 4 THR . 1 5 LEU . 1 6 GLY . 1 7 PRO . 1 8 GLY . 1 9 PRO . 1 10 ASP . 1 11 CYS . 1 12 LEU . 1 13 ILE . 1 14 LEU . 1 15 GLU . 1 16 ALA . 1 17 SER . 1 18 ARG . 1 19 GLN . 1 20 PRO . 1 21 GLN . 1 22 LEU . 1 23 VAL . 1 24 PRO . 1 25 LYS . 1 26 PRO . 1 27 GLU . 1 28 ARG . 1 29 MET . 1 30 ALA . 1 31 SER . 1 32 ASP . 1 33 GLY . 1 34 ALA . 1 35 SER . 1 36 ALA . 1 37 LEU . 1 38 PRO . 1 39 GLY . 1 40 PRO . 1 41 ASP . 1 42 MET . 1 43 SER . 1 44 MET . 1 45 LYS . 1 46 PRO . 1 47 SER . 1 48 ALA . 1 49 ALA . 1 50 PRO . 1 51 SER . 1 52 PRO . 1 53 SER . 1 54 PRO . 1 55 ALA . 1 56 LEU . 1 57 PRO . 1 58 PHE . 1 59 LEU . 1 60 PRO . 1 61 PRO . 1 62 THR . 1 63 SER . 1 64 ASP . 1 65 PRO . 1 66 PRO . 1 67 ASP . 1 68 HIS . 1 69 PRO . 1 70 PRO . 1 71 ARG . 1 72 GLU . 1 73 PRO . 1 74 PRO . 1 75 PRO . 1 76 GLN . 1 77 PRO . 1 78 ILE . 1 79 MET . 1 80 PRO . 1 81 SER . 1 82 VAL . 1 83 PHE . 1 84 SER . 1 85 PRO . 1 86 ASP . 1 87 ASN . 1 88 PRO . 1 89 LEU . 1 90 MET . 1 91 LEU . 1 92 SER . 1 93 ALA . 1 94 PHE . 1 95 PRO . 1 96 SER . 1 97 SER . 1 98 LEU . 1 99 LEU . 1 100 VAL . 1 101 THR . 1 102 GLY . 1 103 ASP . 1 104 GLY . 1 105 GLY . 1 106 PRO . 1 107 CYS . 1 108 LEU . 1 109 SER . 1 110 GLY . 1 111 ALA . 1 112 GLY . 1 113 ALA . 1 114 GLY . 1 115 LYS . 1 116 VAL . 1 117 ILE . 1 118 VAL . 1 119 LYS . 1 120 VAL . 1 121 LYS . 1 122 THR . 1 123 GLU . 1 124 GLY . 1 125 GLY . 1 126 SER . 1 127 ALA . 1 128 GLU . 1 129 PRO . 1 130 SER . 1 131 GLN . 1 132 THR . 1 133 GLN . 1 134 ASN . 1 135 PHE . 1 136 ILE . 1 137 LEU . 1 138 THR . 1 139 GLN . 1 140 THR . 1 141 ALA . 1 142 LEU . 1 143 ASN . 1 144 SER . 1 145 THR . 1 146 ALA . 1 147 PRO . 1 148 GLY . 1 149 THR . 1 150 PRO . 1 151 CYS . 1 152 GLY . 1 153 GLY . 1 154 LEU . 1 155 GLU . 1 156 GLY . 1 157 PRO . 1 158 ALA . 1 159 PRO . 1 160 PRO . 1 161 PHE . 1 162 VAL . 1 163 THR . 1 164 ALA . 1 165 SER . 1 166 ASN . 1 167 VAL . 1 168 LYS . 1 169 THR . 1 170 ILE . 1 171 LEU . 1 172 PRO . 1 173 SER . 1 174 LYS . 1 175 ALA . 1 176 VAL . 1 177 GLY . 1 178 VAL . 1 179 SER . 1 180 GLN . 1 181 GLU . 1 182 GLY . 1 183 PRO . 1 184 PRO . 1 185 GLY . 1 186 LEU . 1 187 PRO . 1 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A 1 1097 VAL 1097 ? ? ? L . A 1 1098 ALA 1098 ? ? ? L . A 1 1099 LYS 1099 ? ? ? L . A 1 1100 SER 1100 ? ? ? L . A 1 1101 GLY 1101 ? ? ? L . A 1 1102 LYS 1102 ? ? ? L . A 1 1103 ARG 1103 ? ? ? L . A 1 1104 ALA 1104 ? ? ? L . A 1 1105 LEU 1105 ? ? ? L . A 1 1106 ALA 1106 ? ? ? L . A 1 1107 GLY 1107 ? ? ? L . A 1 1108 GLY 1108 ? ? ? L . A 1 1109 PRO 1109 ? ? ? L . A 1 1110 ALA 1110 ? ? ? L . A 1 1111 PRO 1111 ? ? ? L . A 1 1112 THR 1112 ? ? ? L . A 1 1113 GLU 1113 ? ? ? L . A 1 1114 LYS 1114 ? ? ? L . A 1 1115 THR 1115 ? ? ? L . A 1 1116 PRO 1116 ? ? ? L . A 1 1117 HIS 1117 ? ? ? L . A 1 1118 SER 1118 ? ? ? L . A 1 1119 GLY 1119 ? ? ? L . A 1 1120 ALA 1120 ? ? ? L . A 1 1121 GLN 1121 ? ? ? L . A 1 1122 LEU 1122 ? ? ? L . A 1 1123 GLY 1123 ? ? ? L . A 1 1124 VAL 1124 ? ? ? L . A 1 1125 PRO 1125 ? ? ? L . A 1 1126 ARG 1126 ? ? ? L . A 1 1127 GLU 1127 ? ? ? L . A 1 1128 LYS 1128 ? ? ? L . A 1 1129 PRO 1129 ? ? ? L . A 1 1130 LEU 1130 ? ? ? L . A 1 1131 ALA 1131 ? ? ? L . A 1 1132 LEU 1132 ? ? ? L . A 1 1133 GLY 1133 ? ? ? L . A 1 1134 VAL 1134 ? ? ? L . A 1 1135 VAL 1135 ? ? ? L . A 1 1136 ARG 1136 ? ? ? L . A 1 1137 PRO 1137 ? ? ? L . A 1 1138 SER 1138 ? ? ? L . A 1 1139 GLN 1139 ? ? ? L . A 1 1140 PRO 1140 ? ? ? L . A 1 1141 ARG 1141 ? ? ? L . A 1 1142 LYS 1142 ? ? ? L . A 1 1143 ARG 1143 ? ? ? L . A 1 1144 ARG 1144 ? ? ? L . A 1 1145 CYS 1145 ? ? ? L . A 1 1146 ASP 1146 ? ? ? L . A 1 1147 SER 1147 ? ? ? L . A 1 1148 PHE 1148 ? ? ? L . A 1 1149 VAL 1149 ? ? ? L . A 1 1150 THR 1150 ? ? ? L . A 1 1151 GLY 1151 ? ? ? L . A 1 1152 ARG 1152 ? ? ? L . A 1 1153 ARG 1153 ? ? ? L . A 1 1154 LYS 1154 ? ? ? L . A 1 1155 LYS 1155 ? ? ? L . A 1 1156 ARG 1156 ? ? ? L . A 1 1157 ARG 1157 ? ? ? L . A 1 1158 ARG 1158 ? ? ? L . A 1 1159 SER 1159 ? ? ? L . A 1 1160 GLN 1160 ? ? ? L . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Transcription factor SOX-2 {PDB ID=6t90, label_asym_id=L, auth_asym_id=L, SMTL ID=6t90.1.L}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 6t90, label_asym_id=L' 'target-template alignment' . 4 'model 1' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-27 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-22 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A L 9 1 L # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MDWSHPQFEKSAVDENLYFQGGMSPDRVKRPMNAFMVWSRGQRRKMAQENPKMHNSEISKRLGAEWKLLS ETEKRPFIDEAKRLRALHMKEHPDYKYRPRRKTKT ; ;MDWSHPQFEKSAVDENLYFQGGMSPDRVKRPMNAFMVWSRGQRRKMAQENPKMHNSEISKRLGAEWKLLS ETEKRPFIDEAKRLRALHMKEHPDYKYRPRRKTKT ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 50 83 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 6t90 2024-10-23 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1160 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1160 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 27.000 26.471 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MVVTLGPGPDCLILEASRQPQLVPKPERMASDGASALPGPDMSMKPSAAPSPSPALPFLPPTSDPPDHPPREPPPQPIMPSVFSPDNPLMLSAFPSSLLVTGDGGPCLSGAGAGKVIVKVKTEGGSAEPSQTQNFILTQTALNSTAPGTPCGGLEGPAPPFVTASNVKTILPSKAVGVSQEGPPGLPPQPPPPVAQLVPIVPLEKAWPGPHGTTGEGGPVATLSKPSLGDRSKISKDVYENFRQWQRYKALARRHLSQSPDTEALSCFLIPVLRSLARLKPTMTLEEGLPLAVQEWEHTSNFDRMIFYEMAERFMEFEAEEMQIQNTQLMNGSQGLSPATPLKLDPLGPLASEVCQQPVYIPKKAASKTRAPRRRQRKAQRPPAPEAPKEIPPEAVKEYVDIMEWLVGTHLATGESDGKQEEEGQQQEEEGMYPDPGLLSYINELCSQKVFVSKVEAVIHPQFLADLLSPEKQRDPLALIEELEQEEGLTLAQLVQKRLMALEEEEDAEAPPSFSGAQLDSSPSGSVEDEDGDGRLRPSPGLQGAGGAACLGKVSSSGKRAREVHGGQEQALDSPRGMHRDGNTLPSPSSWDLQPELAAPQGTPGPLGVERRGSGKVINQVSLHQDGHLGGAGPPGHCLVADRTSEALPLCWQGGFQPESTPSLDAGLAELAPLQGQGLEKQVLGLQKGQQTGGRGVLPQGKEPLAVPWEGSSGAMWGDDRGTPMAQSYDQNPSPRAAGERDDVCLSPGVWLSSEMDAVGLELPVQIEEVIESFQVEKCVTEYQEGCQGLGSRGNISLGPGETLVPGDTESSVIPCGGTVAAAALEKRNYCSLPGPLRANSPPLRSKENQEQSCETVGHPSDLWAEGCFPLLESGDSTLGSSKETLPPTCQGNLLIMGTEDASSLPEASQEAGSRGNSFSPLLETIEPVNILDVKDDCGLQLRVSEDTCPLNVHSYDPQGEGRVDPDLSKPKNLAPLQESQESYTTGTPKATSSHQGLGSTLPRRGTRNAIVPRETSVSKTHRSADRAKGKEKKKKEAEEEDEELSNFAYLLASKLSLSPREHPLSPHHASGGQGSQRASHLLPAGAKGPSKLPYPVAKSGKRALAGGPAPTEKTPHSGAQLGVPREKPLALGVVRPSQPRKRRCDSFVTGRRKKRRRSQ 2 1 2 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------NPKMHNSEISKRLGAEWKLLSETEKRPFIDEAKR------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 6t90.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 1' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . LYS 280 280 ? A 78.474 152.835 69.005 1 1 L LYS 0.460 1 ATOM 2 C CA . LYS 280 280 ? A 79.660 153.364 69.749 1 1 L LYS 0.460 1 ATOM 3 C C . LYS 280 280 ? A 80.851 153.398 68.822 1 1 L LYS 0.460 1 ATOM 4 O O . LYS 280 280 ? A 81.659 152.477 68.849 1 1 L LYS 0.460 1 ATOM 5 C CB . LYS 280 280 ? A 79.889 152.503 71.021 1 1 L LYS 0.460 1 ATOM 6 C CG . LYS 280 280 ? A 78.724 152.525 72.039 1 1 L LYS 0.460 1 ATOM 7 C CD . LYS 280 280 ? A 78.468 153.908 72.676 1 1 L LYS 0.460 1 ATOM 8 C CE . LYS 280 280 ? A 77.366 153.888 73.751 1 1 L LYS 0.460 1 ATOM 9 N NZ . LYS 280 280 ? A 77.144 155.243 74.315 1 1 L LYS 0.460 1 ATOM 10 N N . PRO 281 281 ? A 80.962 154.388 67.933 1 1 L PRO 0.320 1 ATOM 11 C CA . PRO 281 281 ? A 82.167 154.558 67.131 1 1 L PRO 0.320 1 ATOM 12 C C . PRO 281 281 ? A 83.339 154.928 68.023 1 1 L PRO 0.320 1 ATOM 13 O O . PRO 281 281 ? A 83.115 155.472 69.103 1 1 L PRO 0.320 1 ATOM 14 C CB . PRO 281 281 ? A 81.796 155.694 66.168 1 1 L PRO 0.320 1 ATOM 15 C CG . PRO 281 281 ? A 80.826 156.568 66.965 1 1 L PRO 0.320 1 ATOM 16 C CD . PRO 281 281 ? A 80.075 155.562 67.836 1 1 L PRO 0.320 1 ATOM 17 N N . THR 282 282 ? A 84.573 154.552 67.625 1 1 L THR 0.310 1 ATOM 18 C CA . THR 282 282 ? A 85.797 154.843 68.379 1 1 L THR 0.310 1 ATOM 19 C C . THR 282 282 ? A 85.902 153.966 69.620 1 1 L THR 0.310 1 ATOM 20 O O . THR 282 282 ? A 86.722 154.171 70.507 1 1 L THR 0.310 1 ATOM 21 C CB . THR 282 282 ? A 86.023 156.329 68.683 1 1 L THR 0.310 1 ATOM 22 O OG1 . THR 282 282 ? A 85.705 157.109 67.539 1 1 L THR 0.310 1 ATOM 23 C CG2 . THR 282 282 ? A 87.485 156.681 68.997 1 1 L THR 0.310 1 ATOM 24 N N . MET 283 283 ? A 85.090 152.890 69.687 1 1 L MET 0.400 1 ATOM 25 C CA . MET 283 283 ? A 85.188 151.888 70.722 1 1 L MET 0.400 1 ATOM 26 C C . MET 283 283 ? A 86.156 150.842 70.224 1 1 L MET 0.400 1 ATOM 27 O O . MET 283 283 ? A 86.074 150.380 69.083 1 1 L MET 0.400 1 ATOM 28 C CB . MET 283 283 ? A 83.814 151.243 71.038 1 1 L MET 0.400 1 ATOM 29 C CG . MET 283 283 ? A 83.826 150.159 72.135 1 1 L MET 0.400 1 ATOM 30 S SD . MET 283 283 ? A 82.191 149.408 72.420 1 1 L MET 0.400 1 ATOM 31 C CE . MET 283 283 ? A 81.635 150.575 73.695 1 1 L MET 0.400 1 ATOM 32 N N . THR 284 284 ? A 87.144 150.467 71.056 1 1 L THR 0.450 1 ATOM 33 C CA . THR 284 284 ? A 88.127 149.453 70.698 1 1 L THR 0.450 1 ATOM 34 C C . THR 284 284 ? A 87.462 148.107 70.499 1 1 L THR 0.450 1 ATOM 35 O O . THR 284 284 ? A 86.636 147.669 71.297 1 1 L THR 0.450 1 ATOM 36 C CB . THR 284 284 ? A 89.268 149.324 71.705 1 1 L THR 0.450 1 ATOM 37 O OG1 . THR 284 284 ? A 89.943 150.567 71.810 1 1 L THR 0.450 1 ATOM 38 C CG2 . THR 284 284 ? A 90.339 148.312 71.270 1 1 L THR 0.450 1 ATOM 39 N N . LEU 285 285 ? A 87.807 147.369 69.422 1 1 L LEU 0.440 1 ATOM 40 C CA . LEU 285 285 ? A 87.166 146.094 69.148 1 1 L LEU 0.440 1 ATOM 41 C C . LEU 285 285 ? A 87.404 145.039 70.220 1 1 L LEU 0.440 1 ATOM 42 O O . LEU 285 285 ? A 86.573 144.172 70.437 1 1 L LEU 0.440 1 ATOM 43 C CB . LEU 285 285 ? 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A 80.697 141.607 74.690 1 1 L LEU 0.630 1 ATOM 86 C C . LEU 291 291 ? A 79.951 140.707 73.712 1 1 L LEU 0.630 1 ATOM 87 O O . LEU 291 291 ? A 79.019 140.002 74.090 1 1 L LEU 0.630 1 ATOM 88 C CB . LEU 291 291 ? A 80.285 143.074 74.433 1 1 L LEU 0.630 1 ATOM 89 C CG . LEU 291 291 ? A 80.731 144.080 75.513 1 1 L LEU 0.630 1 ATOM 90 C CD1 . LEU 291 291 ? A 80.385 145.510 75.064 1 1 L LEU 0.630 1 ATOM 91 C CD2 . LEU 291 291 ? A 80.102 143.771 76.882 1 1 L LEU 0.630 1 ATOM 92 N N . ALA 292 292 ? A 80.397 140.660 72.437 1 1 L ALA 0.670 1 ATOM 93 C CA . ALA 292 292 ? A 79.853 139.780 71.419 1 1 L ALA 0.670 1 ATOM 94 C C . ALA 292 292 ? A 80.026 138.290 71.726 1 1 L ALA 0.670 1 ATOM 95 O O . ALA 292 292 ? A 79.118 137.490 71.507 1 1 L ALA 0.670 1 ATOM 96 C CB . ALA 292 292 ? A 80.491 140.088 70.050 1 1 L ALA 0.670 1 ATOM 97 N N . VAL 293 293 ? A 81.209 137.892 72.262 1 1 L VAL 0.620 1 ATOM 98 C CA . VAL 293 293 ? A 81.495 136.538 72.746 1 1 L VAL 0.620 1 ATOM 99 C C . VAL 293 293 ? 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A 76.330 134.876 79.670 1 1 L HIS 0.500 1 ATOM 154 N NE2 . HIS 298 298 ? A 75.238 134.697 80.455 1 1 L HIS 0.500 1 ATOM 155 N N . THR 299 299 ? A 73.078 133.068 74.037 1 1 L THR 0.570 1 ATOM 156 C CA . THR 299 299 ? A 71.986 132.880 73.080 1 1 L THR 0.570 1 ATOM 157 C C . THR 299 299 ? A 71.423 131.470 73.064 1 1 L THR 0.570 1 ATOM 158 O O . THR 299 299 ? A 72.126 130.489 73.314 1 1 L THR 0.570 1 ATOM 159 C CB . THR 299 299 ? A 72.293 133.254 71.626 1 1 L THR 0.570 1 ATOM 160 O OG1 . THR 299 299 ? A 73.383 132.552 71.063 1 1 L THR 0.570 1 ATOM 161 C CG2 . THR 299 299 ? A 72.685 134.719 71.500 1 1 L THR 0.570 1 ATOM 162 N N . SER 300 300 ? A 70.114 131.317 72.739 1 1 L SER 0.480 1 ATOM 163 C CA . SER 300 300 ? A 69.523 129.998 72.550 1 1 L SER 0.480 1 ATOM 164 C C . SER 300 300 ? A 69.910 129.390 71.220 1 1 L SER 0.480 1 ATOM 165 O O . SER 300 300 ? A 70.460 130.047 70.340 1 1 L SER 0.480 1 ATOM 166 C CB . SER 300 300 ? A 67.973 129.914 72.798 1 1 L SER 0.480 1 ATOM 167 O OG . 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A 76.062 129.054 51.205 1 1 L ARG 0.410 1 # # loop_ _atom_type.symbol C N O S # # loop_ _ma_qa_metric.id _ma_qa_metric.name _ma_qa_metric.description _ma_qa_metric.type _ma_qa_metric.mode _ma_qa_metric.type_other_details _ma_qa_metric.software_group_id 1 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #