data_SMR-5e1f10398bf9b570aee7946adf8d3e68_1 _entry.id SMR-5e1f10398bf9b570aee7946adf8d3e68_1 _struct.entry_id SMR-5e1f10398bf9b570aee7946adf8d3e68_1 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q0VF49/ K2012_HUMAN, Uncharacterized protein KIAA2012 Estimated model accuracy of this model is 0.016, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q0VF49' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 156779.297 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP K2012_HUMAN Q0VF49 1 ;MFTLSLLSRGHGKLGQDKQKLEVYFEPEDYLNWRSPEDYVPVSKPQDKNNASQHSWSLFLPKTFSTRKGA LILYSEGFAISAWTPKERRKGPYCPRGPWRKLDLELHTLQDLKEAILAYGRQQGEQDRAWQPYLHFRSQL ESQAQRQIQPGHSAKRYLRGLLRTWPPDAMYRLWCAGYIKDSVLLQDSQLNVPKKLRPQQDLSGVPPKYH LLPVFPSFWIQQGKSFEQRQQGLDEGEAGAAGHVDQGPLAKNHGSQGTRLPPRRKQPWQEDETQAEDTSI ENHLCLYASKESYNEKTQQTSRKAFGHGRIDHSWLPSDKSHITFCGGAFPNRKADLSDKQRNVKLHKARS SHLLQVLPAERSLFPPVASATGSRIITPGEVKKKKAPKALKLPPISEEPPRVLEPLKSQFKANEPPTELF ILPVEIHYHTKQPPKEKAHRRGAPHPESEPESSEESTPVWRPPLKHASLETPWELTVHLPVDASRDTLSP QGSSSLPPASLGNLTLKGSKARHTRVHSQGKGVWKGDDDAPPHDVAPPLDLLPPIKGKKSPESQKGVDSP RTSDHNSPPSLPNMRVPRRALPAAQEDSSDPTLGHFLLGPDGEKVCLSLPGHTQTEALPSGKAYESVNSN ISHEEEGPSSQHFLKANTEPRANLHMNLYETSPLTQTTEKQGAQQSLEAAAQKTGEPQSCINKALICSNR KEFYTRKLHIDMTPFLKESGNALDYQEEAGRPLRETHHNDQDPEPRSMTLDSPRASRTEHIQTPEADIVQ KVGRDYDVHHLHRGLLGYGPESPERLSAVYTSLLPREREGKAEPRLFSQETSANISHERDLINEAKRKEK PKKDKTKGPKSEREGKVYGQAEAAIGKSKDSKAKKKLEKKTRPQRKRTQKERNLEIAAELSGPDVSYEET EDTSNRGSFASDSFVEDPWLSPKYDAQESQVSLDGRSSPSQIATVTGNMESKEERRCEDPSKALLTKREQ EKASWDRLRAERAEMRWLEVEKKRREQEEQRQLQQEQLERAKKMEEELELEQQRRTEEIRLRKQRLQEEQ QRQEEEERKQQLRLKAAQERARQQQEEFRRKLRELQRKKQQEEAERAEAEKQRQEELEMQLEEEQKHLME MAEEERLEYQRRKQEAEEKARLEAEERRQKEEEAARLALEEATKQAQEQARYWIFGQQLP ; 'Uncharacterized protein KIAA2012' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1180 1 1180 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . K2012_HUMAN Q0VF49 . 1 1180 9606 'Homo sapiens (Human)' 2014-11-26 D3DD908BD7D101BC # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MFTLSLLSRGHGKLGQDKQKLEVYFEPEDYLNWRSPEDYVPVSKPQDKNNASQHSWSLFLPKTFSTRKGA LILYSEGFAISAWTPKERRKGPYCPRGPWRKLDLELHTLQDLKEAILAYGRQQGEQDRAWQPYLHFRSQL ESQAQRQIQPGHSAKRYLRGLLRTWPPDAMYRLWCAGYIKDSVLLQDSQLNVPKKLRPQQDLSGVPPKYH LLPVFPSFWIQQGKSFEQRQQGLDEGEAGAAGHVDQGPLAKNHGSQGTRLPPRRKQPWQEDETQAEDTSI ENHLCLYASKESYNEKTQQTSRKAFGHGRIDHSWLPSDKSHITFCGGAFPNRKADLSDKQRNVKLHKARS SHLLQVLPAERSLFPPVASATGSRIITPGEVKKKKAPKALKLPPISEEPPRVLEPLKSQFKANEPPTELF ILPVEIHYHTKQPPKEKAHRRGAPHPESEPESSEESTPVWRPPLKHASLETPWELTVHLPVDASRDTLSP QGSSSLPPASLGNLTLKGSKARHTRVHSQGKGVWKGDDDAPPHDVAPPLDLLPPIKGKKSPESQKGVDSP RTSDHNSPPSLPNMRVPRRALPAAQEDSSDPTLGHFLLGPDGEKVCLSLPGHTQTEALPSGKAYESVNSN 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. 1 13 LYS . 1 14 LEU . 1 15 GLY . 1 16 GLN . 1 17 ASP . 1 18 LYS . 1 19 GLN . 1 20 LYS . 1 21 LEU . 1 22 GLU . 1 23 VAL . 1 24 TYR . 1 25 PHE . 1 26 GLU . 1 27 PRO . 1 28 GLU . 1 29 ASP . 1 30 TYR . 1 31 LEU . 1 32 ASN . 1 33 TRP . 1 34 ARG . 1 35 SER . 1 36 PRO . 1 37 GLU . 1 38 ASP . 1 39 TYR . 1 40 VAL . 1 41 PRO . 1 42 VAL . 1 43 SER . 1 44 LYS . 1 45 PRO . 1 46 GLN . 1 47 ASP . 1 48 LYS . 1 49 ASN . 1 50 ASN . 1 51 ALA . 1 52 SER . 1 53 GLN . 1 54 HIS . 1 55 SER . 1 56 TRP . 1 57 SER . 1 58 LEU . 1 59 PHE . 1 60 LEU . 1 61 PRO . 1 62 LYS . 1 63 THR . 1 64 PHE . 1 65 SER . 1 66 THR . 1 67 ARG . 1 68 LYS . 1 69 GLY . 1 70 ALA . 1 71 LEU . 1 72 ILE . 1 73 LEU . 1 74 TYR . 1 75 SER . 1 76 GLU . 1 77 GLY . 1 78 PHE . 1 79 ALA . 1 80 ILE . 1 81 SER . 1 82 ALA . 1 83 TRP . 1 84 THR . 1 85 PRO . 1 86 LYS . 1 87 GLU . 1 88 ARG . 1 89 ARG . 1 90 LYS . 1 91 GLY . 1 92 PRO . 1 93 TYR . 1 94 CYS . 1 95 PRO . 1 96 ARG . 1 97 GLY . 1 98 PRO . 1 99 TRP . 1 100 ARG . 1 101 LYS . 1 102 LEU . 1 103 ASP . 1 104 LEU . 1 105 GLU . 1 106 LEU . 1 107 HIS . 1 108 THR . 1 109 LEU . 1 110 GLN . 1 111 ASP . 1 112 LEU . 1 113 LYS . 1 114 GLU . 1 115 ALA . 1 116 ILE . 1 117 LEU . 1 118 ALA . 1 119 TYR . 1 120 GLY . 1 121 ARG . 1 122 GLN . 1 123 GLN . 1 124 GLY . 1 125 GLU . 1 126 GLN . 1 127 ASP . 1 128 ARG . 1 129 ALA . 1 130 TRP . 1 131 GLN . 1 132 PRO . 1 133 TYR . 1 134 LEU . 1 135 HIS . 1 136 PHE . 1 137 ARG . 1 138 SER . 1 139 GLN . 1 140 LEU . 1 141 GLU . 1 142 SER . 1 143 GLN . 1 144 ALA . 1 145 GLN . 1 146 ARG . 1 147 GLN . 1 148 ILE . 1 149 GLN . 1 150 PRO . 1 151 GLY . 1 152 HIS . 1 153 SER . 1 154 ALA . 1 155 LYS . 1 156 ARG . 1 157 TYR . 1 158 LEU . 1 159 ARG . 1 160 GLY . 1 161 LEU . 1 162 LEU . 1 163 ARG . 1 164 THR . 1 165 TRP . 1 166 PRO . 1 167 PRO . 1 168 ASP . 1 169 ALA . 1 170 MET . 1 171 TYR . 1 172 ARG . 1 173 LEU . 1 174 TRP . 1 175 CYS . 1 176 ALA . 1 177 GLY . 1 178 TYR . 1 179 ILE . 1 180 LYS . 1 181 ASP . 1 182 SER . 1 183 VAL . 1 184 LEU . 1 185 LEU . 1 186 GLN 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A 1 1062 LEU 1062 ? ? ? A . A 1 1063 ARG 1063 ? ? ? A . A 1 1064 LEU 1064 ? ? ? A . A 1 1065 LYS 1065 ? ? ? A . A 1 1066 ALA 1066 ? ? ? A . A 1 1067 ALA 1067 ? ? ? A . A 1 1068 GLN 1068 ? ? ? A . A 1 1069 GLU 1069 ? ? ? A . A 1 1070 ARG 1070 ? ? ? A . A 1 1071 ALA 1071 ? ? ? A . A 1 1072 ARG 1072 ? ? ? A . A 1 1073 GLN 1073 ? ? ? A . A 1 1074 GLN 1074 ? ? ? A . A 1 1075 GLN 1075 ? ? ? A . A 1 1076 GLU 1076 ? ? ? A . A 1 1077 GLU 1077 ? ? ? A . A 1 1078 PHE 1078 ? ? ? A . A 1 1079 ARG 1079 ? ? ? A . A 1 1080 ARG 1080 ? ? ? A . A 1 1081 LYS 1081 ? ? ? A . A 1 1082 LEU 1082 ? ? ? A . A 1 1083 ARG 1083 ? ? ? A . A 1 1084 GLU 1084 ? ? ? A . A 1 1085 LEU 1085 ? ? ? A . A 1 1086 GLN 1086 ? ? ? A . A 1 1087 ARG 1087 ? ? ? A . A 1 1088 LYS 1088 ? ? ? A . A 1 1089 LYS 1089 ? ? ? A . A 1 1090 GLN 1090 ? ? ? A . A 1 1091 GLN 1091 ? ? ? A . A 1 1092 GLU 1092 ? ? ? A . A 1 1093 GLU 1093 ? ? ? A . A 1 1094 ALA 1094 ? ? ? A . A 1 1095 GLU 1095 ? ? ? A . A 1 1096 ARG 1096 ? ? ? A . A 1 1097 ALA 1097 ? ? ? A . A 1 1098 GLU 1098 ? ? ? A . A 1 1099 ALA 1099 ? ? ? A . A 1 1100 GLU 1100 ? ? ? A . A 1 1101 LYS 1101 ? ? ? A . A 1 1102 GLN 1102 ? ? ? A . A 1 1103 ARG 1103 ? ? ? A . A 1 1104 GLN 1104 ? ? ? A . A 1 1105 GLU 1105 ? ? ? A . A 1 1106 GLU 1106 ? ? ? A . A 1 1107 LEU 1107 ? ? ? A . A 1 1108 GLU 1108 ? ? ? A . A 1 1109 MET 1109 ? ? ? A . A 1 1110 GLN 1110 ? ? ? A . A 1 1111 LEU 1111 ? ? ? A . A 1 1112 GLU 1112 ? ? ? A . A 1 1113 GLU 1113 ? ? ? A . A 1 1114 GLU 1114 ? ? ? A . A 1 1115 GLN 1115 ? ? ? A . A 1 1116 LYS 1116 ? ? ? A . A 1 1117 HIS 1117 ? ? ? A . A 1 1118 LEU 1118 ? ? ? A . A 1 1119 MET 1119 ? ? ? A . A 1 1120 GLU 1120 ? ? ? A . A 1 1121 MET 1121 ? ? ? A . A 1 1122 ALA 1122 ? ? ? A . A 1 1123 GLU 1123 ? ? ? A . A 1 1124 GLU 1124 ? ? ? A . A 1 1125 GLU 1125 ? ? ? A . A 1 1126 ARG 1126 ? ? ? A . A 1 1127 LEU 1127 ? ? ? A . A 1 1128 GLU 1128 ? ? ? A . A 1 1129 TYR 1129 ? ? ? A . A 1 1130 GLN 1130 ? ? ? A . A 1 1131 ARG 1131 ? ? ? A . A 1 1132 ARG 1132 ? ? ? A . A 1 1133 LYS 1133 ? ? ? A . A 1 1134 GLN 1134 ? ? ? A . A 1 1135 GLU 1135 ? ? ? A . A 1 1136 ALA 1136 ? ? ? A . A 1 1137 GLU 1137 ? ? ? A . A 1 1138 GLU 1138 ? ? ? A . A 1 1139 LYS 1139 ? ? ? A . A 1 1140 ALA 1140 ? ? ? A . A 1 1141 ARG 1141 ? ? ? A . A 1 1142 LEU 1142 ? ? ? A . A 1 1143 GLU 1143 ? ? ? A . A 1 1144 ALA 1144 ? ? ? A . A 1 1145 GLU 1145 ? ? ? A . A 1 1146 GLU 1146 ? ? ? A . A 1 1147 ARG 1147 ? ? ? A . A 1 1148 ARG 1148 ? ? ? A . A 1 1149 GLN 1149 ? ? ? A . A 1 1150 LYS 1150 ? ? ? A . A 1 1151 GLU 1151 ? ? ? A . A 1 1152 GLU 1152 ? ? ? A . A 1 1153 GLU 1153 ? ? ? A . A 1 1154 ALA 1154 ? ? ? A . A 1 1155 ALA 1155 ? ? ? A . A 1 1156 ARG 1156 ? ? ? A . A 1 1157 LEU 1157 ? ? ? A . A 1 1158 ALA 1158 ? ? ? A . A 1 1159 LEU 1159 ? ? ? A . A 1 1160 GLU 1160 ? ? ? A . A 1 1161 GLU 1161 ? ? ? A . A 1 1162 ALA 1162 ? ? ? A . A 1 1163 THR 1163 ? ? ? A . A 1 1164 LYS 1164 ? ? ? A . A 1 1165 GLN 1165 ? ? ? A . A 1 1166 ALA 1166 ? ? ? A . A 1 1167 GLN 1167 ? ? ? A . A 1 1168 GLU 1168 ? ? ? A . A 1 1169 GLN 1169 ? ? ? A . A 1 1170 ALA 1170 ? ? ? A . A 1 1171 ARG 1171 ? ? ? A . A 1 1172 TYR 1172 ? ? ? A . A 1 1173 TRP 1173 ? ? ? A . A 1 1174 ILE 1174 ? ? ? A . A 1 1175 PHE 1175 ? ? ? A . A 1 1176 GLY 1176 ? ? ? A . A 1 1177 GLN 1177 ? ? ? A . A 1 1178 GLN 1178 ? ? ? A . A 1 1179 LEU 1179 ? ? ? A . A 1 1180 PRO 1180 ? ? ? A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Flagellar associated protein {PDB ID=8glv, label_asym_id=VLA, auth_asym_id=Nz, SMTL ID=8glv.1010.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 8glv, label_asym_id=VLA' 'target-template alignment' . 4 'model 1' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-27 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-22 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A VLA 6 1 Nz # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MPSPAREKLMTIKAMEEAKGRSQHARAPAIFRDTALDTHKSIQPEYFGPSTVPEKKEFSTRLSSGRTRSV TKHQRAAMEALQRTSQMAGQGEVRTVFMPTAEQMPVCAAAGERRGNVANSEWALLDTLEVNLYLNEKDAR LRSQKAVQQTQRAILDTQVGMLAQAKLAAETAKAAERVELLATVAAHQAEERQRAEEQRAALTRLRTDRE AMLAETRVQREAALSRKREEEAKLVAAAQAQLEADRQAAARKAAELKEQAAKTMADNEARLVARKAAEAA QRVADAETTKRMIEMAEAQDRARDRNMKSFHDMIQARARGVGQKAVDDRRDRLEREERLIAEAERAAAQR EAERAAAEAERKARLKSDLVSGNEALKRAKAEKLAVEREAEARERAAAEQRVLAEKEAAERQMAGMRERA TATKRFVAGQAAAVAERAKTDDIFMSEQERLLNKRLLEQAVATVQRPMQYSVKLY ; ;MPSPAREKLMTIKAMEEAKGRSQHARAPAIFRDTALDTHKSIQPEYFGPSTVPEKKEFSTRLSSGRTRSV TKHQRAAMEALQRTSQMAGQGEVRTVFMPTAEQMPVCAAAGERRGNVANSEWALLDTLEVNLYLNEKDAR LRSQKAVQQTQRAILDTQVGMLAQAKLAAETAKAAERVELLATVAAHQAEERQRAEEQRAALTRLRTDRE AMLAETRVQREAALSRKREEEAKLVAAAQAQLEADRQAAARKAAELKEQAAKTMADNEARLVARKAAEAA QRVADAETTKRMIEMAEAQDRARDRNMKSFHDMIQARARGVGQKAVDDRRDRLEREERLIAEAERAAAQR EAERAAAEAERKARLKSDLVSGNEALKRAKAEKLAVEREAEARERAAAEQRVLAEKEAAERQMAGMRERA TATKRFVAGQAAAVAERAKTDDIFMSEQERLLNKRLLEQAVATVQRPMQYSVKLY ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 226 257 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 8glv 2023-06-28 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1180 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1180 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 94.000 21.875 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MFTLSLLSRGHGKLGQDKQKLEVYFEPEDYLNWRSPEDYVPVSKPQDKNNASQHSWSLFLPKTFSTRKGALILYSEGFAISAWTPKERRKGPYCPRGPWRKLDLELHTLQDLKEAILAYGRQQGEQDRAWQPYLHFRSQLESQAQRQIQPGHSAKRYLRGLLRTWPPDAMYRLWCAGYIKDSVLLQDSQLNVPKKLRPQQDLSGVPPKYHLLPVFPSFWIQQGKSFEQRQQGLDEGEAGAAGHVDQGPLAKNHGSQGTRLPPRRKQPWQEDETQAEDTSIENHLCLYASKESYNEKTQQTSRKAFGHGRIDHSWLPSDKSHITFCGGAFPNRKADLSDKQRNVKLHKARSSHLLQVLPAERSLFPPVASATGSRIITPGEVKKKKAPKALKLPPISEEPPRVLEPLKSQFKANEPPTELFILPVEIHYHTKQPPKEKAHRRGAPHPESEPESSEESTPVWRPPLKHASLETPWELTVHLPVDASRDTLSPQGSSSLPPASLGNLTLKGSKARHTRVHSQGKGVWKGDDDAPPHDVAPPLDLLPPIKGKKSPESQKGVDSPRTSDHNSPPSLPNMRVPRRALPAAQEDSSDPTLGHFLLGPDGEKVCLSLPGHTQTEALPSGKAYESVNSNISHEEEGPSSQHFLKANTEPRANLHMNLYETSPLTQTTEKQGAQQSLEAAAQKTGEPQSCINKALICSNRKEFYTRKLHIDMTPFLKESGNALDYQEEAGRPLRETHHNDQDPEPRSMTLDSPRASRTEHIQTPEADIVQKVGRDYDVHHLHRGLLGYGPESPERLSAVYTSLLPREREGKAEPRLFSQETSANISHERDLINEAKRKEKPKKDKTKGPKSEREGKVYGQAEAAIGKSKDSKAKKKLEKKTRPQRKRTQKERNLEIAAELSGPDVSYEETEDTSNRGSFASDSFVEDPWLSPKYDAQESQVSLDGRSSPSQIATVTGNMESKEERRCEDPSKALLTKREQEKASWDRLRAERAEMRWLEVEKKRREQEEQRQLQQEQLERAKKMEEELELEQQRRTEEIRLRKQRLQEEQQRQEEEERKQQLRLKAAQERARQQQEEFRRKLRELQRKKQQEEAERAEAEKQRQEELEMQLEEEQKHLMEMAEEERLEYQRRKQEAEEKARLEAEERRQKEEEAARLALEEATKQAQEQARYWIFGQQLP 2 1 2 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------RKREEEAKLVAAAQAQLEADRQAAARKAAELK----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 8glv.1010' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 1' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #