data_SMR-1cea605891a1dd93c4b751cd7202b3f5_2
_entry.id SMR-1cea605891a1dd93c4b751cd7202b3f5_2
_struct.entry_id SMR-1cea605891a1dd93c4b751cd7202b3f5_2
_struct.pdbx_model_details
;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries:

  - B2RX88/ CSPP1_MOUSE, Centrosome and spindle pole associated protein 1

Estimated model accuracy of this model is 0.014, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE).
;
_struct.pdbx_structure_determination_methodology computational
_struct.title 'Model for UniProtKB entries B2RX88'
_audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic
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_citation.title
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_citation.year
_citation.pdbx_database_id_PubMed
_citation.pdbx_database_id_DOI
primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality'
'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132
2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes'
'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427
3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1)
1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667
4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation'
Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828
5
'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology'
'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579
10.1107/S0907444913007051
6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500
10.1186/1471-2105-10-421
7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation'
'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7
#
#
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_citation_author.citation_id
_citation_author.name
_citation_author.ordinal
primary 'Bienert, S.' 1
primary 'Waterhouse, A.' 2
primary 'de Beer, T.A.P.' 3
primary 'Tauriello, G.' 4
primary 'Studer, G.' 5
primary 'Bordoli, L.' 6
primary 'Schwede, T.' 7
2 'Waterhouse, A.' 8
2 'Bertoni, M.' 9
2 'Bienert, S.' 10
2 'Studer, G.' 11
2 'Tauriello, G.' 12
2 'Gumienny, R.' 13
2 'Heer, F.T.' 14
2 'de Beer, T.A.P.' 15
2 'Rempfer, C.' 16
2 'Bordoli, L.' 17
2 'Lepore, R.' 18
2 'Schwede, T.' 19
3 'Studer, G.' 20
3 'Tauriello, G.' 21
3 'Bienert, S.' 22
3 'Biasini, M.' 23
3 'Johner, N.' 24
3 'Schwede, T.' 25
4 'Studer, G.' 26
4 'Rempfer, C.' 27
4 'Waterhouse, A.M.' 28
4 'Gumienny, R.' 29
4 'Haas, J.' 30
4 'Schwede, T.' 31
5 'Biasini, M.' 32
5 'Schmidt, T.' 33
5 'Bienert, S.' 34
5 'Mariani, V.' 35
5 'Studer, G.' 36
5 'Haas, J.' 37
5 'Johner, N.' 38
5 'Schenk, A.D.' 39
5 'Philippsen, A.' 40
5 'Schwede, T.' 41
6 'Camacho, C.' 42
6 'Coulouris, G.' 43
6 'Avagyan, V.' 44
6 'Ma, N.' 45
6 'Papadopoulos, J.' 46
6 'Bealer, K.' 47
6 'Madden, T.L.' 48
7 'Steinegger, M.' 49
7 'Meier, M.' 50
7 'Mirdita, M.' 51
7 'Vohringer, H.' 52
7 'Haunsberger, S.J.' 53
7 'Soding, J.' 54
#
#
loop_
_software.pdbx_ordinal
_software.name
_software.classification
_software.description
_software.version
_software.type
_software.location
_software.citation_id
1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3
package https://swissmodel.expasy.org 2
2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library
https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3
3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1
library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4
4 OpenStructure 'data processing'
'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package
https://openstructure.org/ 5
5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6
6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0
package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7
#
#
loop_
_ma_software_group.ordinal_id
_ma_software_group.group_id
_ma_software_group.software_id
_ma_software_group.parameter_group_id
1 1 6 .
2 2 1 .
3 2 4 .
4 2 5 .
5 2 6 .
6 3 1 .
7 3 4 .
8 4 1 .
9 4 2 .
10 4 4 .
11 5 3 .
12 6 1 .
13 6 3 .
14 6 4 .
#
#
loop_
_audit_author.name
_audit_author.pdbx_ordinal
'Bienert, S.' 1
'Waterhouse, A.' 2
'de Beer, T.A.P.' 3
'Tauriello, G.' 4
'Studer, G.' 5
'Bordoli, L.' 6
'Schwede, T.' 7
#
#
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_chem_comp.id
_chem_comp.type
_chem_comp.name
_chem_comp.formula
_chem_comp.formula_weight
_chem_comp.ma_provenance
ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core'
ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core'
ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core'
ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core'
CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core'
GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core'
GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core'
GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core'
HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core'
ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core'
LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core'
LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core'
MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core'
PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core'
PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core'
SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core'
THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core'
TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core'
TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core'
VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core'
#
#
loop_
_entity.id
_entity.type
_entity.src_method
_entity.pdbx_description
_entity.formula_weight
_entity.pdbx_number_of_molecules
_entity.details
1 polymer man . 159204.477 1 .
#
#
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_struct_ref.db_name
_struct_ref.db_code
_struct_ref.pdbx_db_accession
_struct_ref.pdbx_align_begin
_struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
_struct_ref.details
1 1 UNP CSPP1_MOUSE B2RX88 1
;MADSLDEFIEEQKAKLAKDKAELESDPPYMEMKGKASEKLSENSKILISMAKENIPPSSQQQPKGPLGIE
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GLSAAHA
;
'Centrosome and spindle pole associated protein 1'
#
#
loop_
_struct_ref_seq.align_id
_struct_ref_seq.ref_id
_struct_ref_seq.seq_align_beg
_struct_ref_seq.seq_align_end
_struct_ref_seq.db_align_beg
_struct_ref_seq.db_align_end
1 1 1 1197 1 1197
#
#
loop_
_ma_target_ref_db_details.target_entity_id
_ma_target_ref_db_details.db_name
_ma_target_ref_db_details.db_name_other_details
_ma_target_ref_db_details.db_code
_ma_target_ref_db_details.db_accession
_ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform
_ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin
_ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end
_ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id
_ma_target_ref_db_details.organism_scientific
_ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date
_ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum
1 UNP . CSPP1_MOUSE B2RX88 B2RX88-2 1 1197 10090 'Mus musculus (Mouse)'
2010-11-30 C4985238A0BFD736
#
#
loop_
_entity_poly.entity_id
_entity_poly.type
_entity_poly.nstd_linkage
_entity_poly.nstd_monomer
_entity_poly.pdbx_strand_id
_entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code
_entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
1 polypeptide(L) no no A
;MADSLDEFIEEQKAKLAKDKAELESDPPYMEMKGKASEKLSENSKILISMAKENIPPSSQQQPKGPLGIE
YGLSLPLGEDYEQKKHKLKEELRQDYRRYLTQKNFLSTGETDPSTLGVSLPIDERLSAKERLKLERNREY
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GLSAAHA
;

;MADSLDEFIEEQKAKLAKDKAELESDPPYMEMKGKASEKLSENSKILISMAKENIPPSSQQQPKGPLGIE
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GLSAAHA
;

#
#
loop_
_entity_poly_seq.entity_id
_entity_poly_seq.num
_entity_poly_seq.mon_id
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1 1 MET .
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1 1164 SER .
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1 1167 ARG .
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1 1175 GLU .
1 1176 GLU .
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1 1182 GLY .
1 1183 LYS .
1 1184 PRO .
1 1185 GLY .
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1 1187 PHE .
1 1188 THR .
1 1189 TRP .
1 1190 GLN .
1 1191 GLY .
1 1192 LEU .
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#
#
loop_
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_struct_asym.entity_id
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A 1 .
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loop_
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A 1 318 ALA 318 ? ? ? A .
A 1 319 ALA 319 ? ? ? A .
A 1 320 GLU 320 ? ? ? A .
A 1 321 ASN 321 ? ? ? A .
A 1 322 LYS 322 ? ? ? A .
A 1 323 SER 323 ? ? ? A .
A 1 324 VAL 324 ? ? ? A .
A 1 325 HIS 325 ? ? ? A .
A 1 326 CYS 326 ? ? ? A .
A 1 327 ASN 327 ? ? ? A .
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A 1 330 PRO 330 ? ? ? A .
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A 1 349 GLU 349 349 GLU GLU A .
A 1 350 ASP 350 350 ASP ASP A .
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A 1 1130 GLU 1130 ? ? ? A .
A 1 1131 GLY 1131 ? ? ? A .
A 1 1132 SER 1132 ? ? ? A .
A 1 1133 LEU 1133 ? ? ? A .
A 1 1134 VAL 1134 ? ? ? A .
A 1 1135 ASP 1135 ? ? ? A .
A 1 1136 PRO 1136 ? ? ? A .
A 1 1137 ASP 1137 ? ? ? A .
A 1 1138 ASP 1138 ? ? ? A .
A 1 1139 ILE 1139 ? ? ? A .
A 1 1140 MET 1140 ? ? ? A .
A 1 1141 ARG 1141 ? ? ? A .
A 1 1142 HIS 1142 ? ? ? A .
A 1 1143 LEU 1143 ? ? ? A .
A 1 1144 SER 1144 ? ? ? A .
A 1 1145 ASP 1145 ? ? ? A .
A 1 1146 ASP 1146 ? ? ? A .
A 1 1147 GLY 1147 ? ? ? A .
A 1 1148 ARG 1148 ? ? ? A .
A 1 1149 ASN 1149 ? ? ? A .
A 1 1150 SER 1150 ? ? ? A .
A 1 1151 ALA 1151 ? ? ? A .
A 1 1152 ALA 1152 ? ? ? A .
A 1 1153 THR 1153 ? ? ? A .
A 1 1154 GLU 1154 ? ? ? A .
A 1 1155 PRO 1155 ? ? ? A .
A 1 1156 TRP 1156 ? ? ? A .
A 1 1157 LEU 1157 ? ? ? A .
A 1 1158 ARG 1158 ? ? ? A .
A 1 1159 PRO 1159 ? ? ? A .
A 1 1160 GLY 1160 ? ? ? A .
A 1 1161 THR 1161 ? ? ? A .
A 1 1162 SER 1162 ? ? ? A .
A 1 1163 GLU 1163 ? ? ? A .
A 1 1164 SER 1164 ? ? ? A .
A 1 1165 LEU 1165 ? ? ? A .
A 1 1166 LYS 1166 ? ? ? A .
A 1 1167 ARG 1167 ? ? ? A .
A 1 1168 PHE 1168 ? ? ? A .
A 1 1169 MET 1169 ? ? ? A .
A 1 1170 ALA 1170 ? ? ? A .
A 1 1171 GLU 1171 ? ? ? A .
A 1 1172 HIS 1172 ? ? ? A .
A 1 1173 LEU 1173 ? ? ? A .
A 1 1174 ASN 1174 ? ? ? A .
A 1 1175 GLU 1175 ? ? ? A .
A 1 1176 GLU 1176 ? ? ? A .
A 1 1177 GLN 1177 ? ? ? A .
A 1 1178 HIS 1178 ? ? ? A .
A 1 1179 LYS 1179 ? ? ? A .
A 1 1180 GLY 1180 ? ? ? A .
A 1 1181 PRO 1181 ? ? ? A .
A 1 1182 GLY 1182 ? ? ? A .
A 1 1183 LYS 1183 ? ? ? A .
A 1 1184 PRO 1184 ? ? ? A .
A 1 1185 GLY 1185 ? ? ? A .
A 1 1186 THR 1186 ? ? ? A .
A 1 1187 PHE 1187 ? ? ? A .
A 1 1188 THR 1188 ? ? ? A .
A 1 1189 TRP 1189 ? ? ? A .
A 1 1190 GLN 1190 ? ? ? A .
A 1 1191 GLY 1191 ? ? ? A .
A 1 1192 LEU 1192 ? ? ? A .
A 1 1193 SER 1193 ? ? ? A .
A 1 1194 ALA 1194 ? ? ? A .
A 1 1195 ALA 1195 ? ? ? A .
A 1 1196 HIS 1196 ? ? ? A .
A 1 1197 ALA 1197 ? ? ? A .
#
#
loop_
_ma_data.id
_ma_data.name
_ma_data.content_type
_ma_data.content_type_other_details
1
'RIB43A protein {PDB ID=8sf7, label_asym_id=HC, auth_asym_id=4X, SMTL ID=8sf7.86.A}'
'template structure' .
2 . target .
3 'Target-template alignment by HHblits to 8sf7, label_asym_id=HC'
'target-template alignment' .
4 'model 2' 'model coordinates' .
5 SMTL 'reference database' .
6 PDB 'reference database' .
7 'Template search output' other 'Results of the sequence search'
#
#
loop_
_ma_data_group.ordinal_id
_ma_data_group.group_id
_ma_data_group.data_id
1 1 2
2 1 5
3 1 6
4 2 7
5 3 2
6 3 1
7 3 3
8 4 1
9 4 3
10 5 4
#
#
loop_
_ma_data_ref_db.data_id
_ma_data_ref_db.name
_ma_data_ref_db.location_url
_ma_data_ref_db.version
_ma_data_ref_db.release_date
5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-27
6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-22
#
#
loop_
_ma_target_entity.entity_id
_ma_target_entity.data_id
_ma_target_entity.origin
1 2 'reference database'
#
#
loop_
_ma_target_entity_instance.asym_id
_ma_target_entity_instance.entity_id
_ma_target_entity_instance.details
A 1 .
#
#
loop_
_ma_template_trans_matrix.id
_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1]
_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1]
_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1]
_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2]
_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2]
_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2]
_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3]
_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3]
_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3]
_ma_template_trans_matrix.tr_vector[1]
_ma_template_trans_matrix.tr_vector[2]
_ma_template_trans_matrix.tr_vector[3]
1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000
1.000000 0 0 0
#
#
loop_
_ma_template_details.ordinal_id
_ma_template_details.template_id
_ma_template_details.template_origin
_ma_template_details.template_entity_type
_ma_template_details.template_trans_matrix_id
_ma_template_details.template_data_id
_ma_template_details.target_asym_id
_ma_template_details.template_label_asym_id
_ma_template_details.template_label_entity_id
_ma_template_details.template_model_num
_ma_template_details.template_auth_asym_id
1 1 'reference database' polymer 1 1 A HC 16 1 4X
#
#
loop_
_ma_template_poly.template_id
_ma_template_poly.seq_one_letter_code
_ma_template_poly.seq_one_letter_code_can
1
;MKRVKESYFREHPHWSDINGCSGAKEFEGEDLAYDARIKYQKETQKQWIEQQIREKKMREEAERNEERAY
ATQTLELNRMRGMLEDDFNRKKASIRQAVKEENQQLDKQKRDLEKQSNNEKLNYERTEIDMVKTRGQKRP
FP
;

;MKRVKESYFREHPHWSDINGCSGAKEFEGEDLAYDARIKYQKETQKQWIEQQIREKKMREEAERNEERAY
ATQTLELNRMRGMLEDDFNRKKASIRQAVKEENQQLDKQKRDLEKQSNNEKLNYERTEIDMVKTRGQKRP
FP
;

#
#
loop_
_ma_template_poly_segment.id
_ma_template_poly_segment.template_id
_ma_template_poly_segment.residue_number_begin
_ma_template_poly_segment.residue_number_end
1 1 20 67
#
#
loop_
_ma_template_ref_db_details.template_id
_ma_template_ref_db_details.db_name
_ma_template_ref_db_details.db_name_other_details
_ma_template_ref_db_details.db_accession_code
_ma_template_ref_db_details.db_version_date
1 PDB . 8sf7 2024-10-09
#
#
loop_
_ma_target_template_poly_mapping.id
_ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id
_ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id
_ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin
_ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end
1 1 A 1 1197
#
#
loop_
_ma_alignment_info.alignment_id
_ma_alignment_info.data_id
_ma_alignment_info.software_group_id
_ma_alignment_info.alignment_length
_ma_alignment_info.alignment_type
_ma_alignment_info.alignment_mode
1 3 1 1200 'target-template pairwise alignment' local
#
#
loop_
_ma_alignment_details.ordinal_id
_ma_alignment_details.alignment_id
_ma_alignment_details.template_segment_id
_ma_alignment_details.target_asym_id
_ma_alignment_details.score_type
_ma_alignment_details.score_type_other_details
_ma_alignment_details.score_value
_ma_alignment_details.percent_sequence_identity
_ma_alignment_details.sequence_identity_denominator
_ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details
1 1 1 A 'HHblits e-value' . 88.000 26.667
'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' .
#
#
loop_
_ma_alignment.ordinal_id
_ma_alignment.alignment_id
_ma_alignment.target_template_flag
_ma_alignment.sequence
1 1 1
MADSLDEFIEEQKAKLAKDKAELESDPPYMEMKGKASEKLSENSKILISMAKENIPPSSQQQPKGPLGIEYGLSLPLGEDYEQKKHKLKEELRQDYRRYLTQKNFLSTGETDPSTLGVSLPIDERLSAKERLKLERNREYNQFLRGKAESTEKVRQVEKNIEPKSQRNKNPISQGKSDLPLQIQTAYTHSEGPWLSRQEEGLYRQLDGEIELRSRRPLKQTKEEVGISGAEHPSLSGSAGVPERRARRANGERVLDRQHCRADRDPGVSEDMDERFRFESDFDRRLLRVYTNGRPHGSRRGYVDGDDVPEEPNTQISAAENKSVHCNGPPRSADLDITSPFAGMLFGGEDRELT---KRRKEKYRQELLEQIAEQQKKKRREKDLAFGITTSGVQDPEKSPDRLKQFSLTPRHFEEMPPERPRVAFQTPPPPFSAPSSPSVPPVHSAPSHNEDLHSGLGSTLGELAHPRVLPVPLNPPPPPLLAPPASNYRTPYDDAYYFYGARNTLDPNIVYYGSGMIGGQPAPHVSAPVTHQVAPPAVNTVGQNEQKVLSDGLRNSGLVFEDKPKPSTQSLQSYQEALQEQIREREARRKKERLEKEEYEAKLEAEMRIYNPWGKGGGGAPLRDAKGNLITDLNRMHRQNIDAYHNPDARTYEDKRAVVSIDQNLATSNAENLEDSANKNSGPLQTQSSPFARGNTFGEPLSELQIKQQELYKNFLRFQIEEKRQREEAEREKLRVAEEKEEKRLAEQRARIQQEYEEEQERRREKEEEQRLKNEELIRLAEERRKEAERKKKEEEEKHNLQLQHYYERENIIGDETKHLRQPSPVVPALQNKIASKLQRPPSVDTIISSFIHESSMSRAQSPPVPARKNQLRAEEEKKNVIMELSEMRKQLRSEERRLQGRLLHLDSDDEIPMRKRERNPMDIFDMARHRVQAPVRRPSPKGLDATTFQNIHDFNELRERDSDTRVDLRLMYPDPPRDHHTLEIQQQALLREQQKRLNRIKMRRDAGADLDTICTDNAQGRRMPRDDTNDFLKNSLLESDSAFIGAYGETYPVIEDNAFPPPSQLPSARERRRNKLKGLDFDSSRLHTPQDGLSLKSISSVNVDQVRMRNEDRMRRLTEQQKKPTNTDDEGSLVDPDDIMRHLSDDGRNSAATEPWLRPGTSESLKRFMAEHLNEEQHKGPGKPGTFTWQGLSAAHA
2 1 2
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCSGAKEFEGEDLAYDARIKYQKETQKQWIEQQIREKKMREEAERNEE----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
#
#
loop_
_ma_protocol_step.ordinal_id
_ma_protocol_step.protocol_id
_ma_protocol_step.step_id
_ma_protocol_step.method_type
_ma_protocol_step.step_name
_ma_protocol_step.details
_ma_protocol_step.software_group_id
_ma_protocol_step.input_data_group_id
_ma_protocol_step.output_data_group_id
1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2
1 2
2 1 2 'template selection' 'template selection'
'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4
3 1 3 modeling 'homology modeling'
'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 8sf7.86' 4 3 5
#
#
loop_
_ma_model_list.ordinal_id
_ma_model_list.model_id
_ma_model_list.model_group_id
_ma_model_list.model_name
_ma_model_list.model_group_name
_ma_model_list.data_id
_ma_model_list.model_type
_ma_model_list.model_type_other_details
1 1 1 'model 2' . 4 'Homology model' .
#
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
ATOM 1 N N . SER 339 339 ? A 337.249 360.193 195.319 1 1 A SER 0.220 1
ATOM 2 C CA . SER 339 339 ? A 338.523 360.687 194.666 1 1 A SER 0.220 1
ATOM 3 C C . SER 339 339 ? A 339.745 360.856 195.545 1 1 A SER 0.220 1
ATOM 4 O O . SER 339 339 ? A 340.652 360.077 195.366 1 1 A SER 0.220 1
ATOM 5 C CB . SER 339 339 ? A 338.257 362.010 193.878 1 1 A SER 0.220 1
ATOM 6 O OG . SER 339 339 ? A 337.187 361.781 192.958 1 1 A SER 0.220 1
ATOM 7 N N . PRO 340 340 ? A 339.762 361.903 196.433 1 1 A PRO 0.270 1
ATOM 8 C CA . PRO 340 340 ? A 340.967 362.618 196.920 1 1 A PRO 0.270 1
ATOM 9 C C . PRO 340 340 ? A 342.392 362.511 196.335 1 1 A PRO 0.270 1
ATOM 10 O O . PRO 340 340 ? A 343.307 363.021 196.968 1 1 A PRO 0.270 1
ATOM 11 C CB . PRO 340 340 ? A 340.983 362.260 198.410 1 1 A PRO 0.270 1
ATOM 12 C CG . PRO 340 340 ? A 339.504 362.086 198.821 1 1 A PRO 0.270 1
ATOM 13 C CD . PRO 340 340 ? A 338.711 362.059 197.488 1 1 A PRO 0.270 1
ATOM 14 N N . PHE 341 341 ? A 342.625 361.889 195.160 1 1 A PHE 0.210 1
ATOM 15 C CA . PHE 341 341 ? A 343.892 361.719 194.471 1 1 A PHE 0.210 1
ATOM 16 C C . PHE 341 341 ? A 344.476 363.066 194.041 1 1 A PHE 0.210 1
ATOM 17 O O . PHE 341 341 ? A 345.650 363.360 194.194 1 1 A PHE 0.210 1
ATOM 18 C CB . PHE 341 341 ? A 343.604 360.786 193.250 1 1 A PHE 0.210 1
ATOM 19 C CG . PHE 341 341 ? A 344.856 360.497 192.475 1 1 A PHE 0.210 1
ATOM 20 C CD1 . PHE 341 341 ? A 345.146 361.213 191.302 1 1 A PHE 0.210 1
ATOM 21 C CD2 . PHE 341 341 ? A 345.794 359.577 192.966 1 1 A PHE 0.210 1
ATOM 22 C CE1 . PHE 341 341 ? A 346.349 361.001 190.619 1 1 A PHE 0.210 1
ATOM 23 C CE2 . PHE 341 341 ? A 346.997 359.358 192.283 1 1 A PHE 0.210 1
ATOM 24 C CZ . PHE 341 341 ? A 347.271 360.066 191.105 1 1 A PHE 0.210 1
ATOM 25 N N . ALA 342 342 ? A 343.592 363.939 193.515 1 1 A ALA 0.290 1
ATOM 26 C CA . ALA 342 342 ? A 343.917 365.311 193.235 1 1 A ALA 0.290 1
ATOM 27 C C . ALA 342 342 ? A 343.529 366.142 194.450 1 1 A ALA 0.290 1
ATOM 28 O O . ALA 342 342 ? A 342.444 365.984 195.019 1 1 A ALA 0.290 1
ATOM 29 C CB . ALA 342 342 ? A 343.172 365.799 191.969 1 1 A ALA 0.290 1
ATOM 30 N N . GLY 343 343 ? A 344.431 367.049 194.878 1 1 A GLY 0.340 1
ATOM 31 C CA . GLY 343 343 ? A 344.267 367.891 196.055 1 1 A GLY 0.340 1
ATOM 32 C C . GLY 343 343 ? A 343.323 369.041 195.851 1 1 A GLY 0.340 1
ATOM 33 O O . GLY 343 343 ? A 343.745 370.164 195.615 1 1 A GLY 0.340 1
ATOM 34 N N . MET 344 344 ? A 342.012 368.764 195.961 1 1 A MET 0.310 1
ATOM 35 C CA . MET 344 344 ? A 340.960 369.759 195.831 1 1 A MET 0.310 1
ATOM 36 C C . MET 344 344 ? A 340.041 369.757 197.039 1 1 A MET 0.310 1
ATOM 37 O O . MET 344 344 ? A 339.575 370.800 197.469 1 1 A MET 0.310 1
ATOM 38 C CB . MET 344 344 ? A 340.104 369.476 194.566 1 1 A MET 0.310 1
ATOM 39 C CG . MET 344 344 ? A 340.878 369.667 193.242 1 1 A MET 0.310 1
ATOM 40 S SD . MET 344 344 ? A 341.602 371.328 193.018 1 1 A MET 0.310 1
ATOM 41 C CE . MET 344 344 ? A 340.049 372.267 192.903 1 1 A MET 0.310 1
ATOM 42 N N . LEU 345 345 ? A 339.800 368.585 197.665 1 1 A LEU 0.330 1
ATOM 43 C CA . LEU 345 345 ? A 339.117 368.532 198.940 1 1 A LEU 0.330 1
ATOM 44 C C . LEU 345 345 ? A 340.065 367.842 199.889 1 1 A LEU 0.330 1
ATOM 45 O O . LEU 345 345 ? A 340.522 366.735 199.624 1 1 A LEU 0.330 1
ATOM 46 C CB . LEU 345 345 ? A 337.786 367.741 198.869 1 1 A LEU 0.330 1
ATOM 47 C CG . LEU 345 345 ? A 337.054 367.597 200.227 1 1 A LEU 0.330 1
ATOM 48 C CD1 . LEU 345 345 ? A 336.625 368.961 200.810 1 1 A LEU 0.330 1
ATOM 49 C CD2 . LEU 345 345 ? A 335.840 366.667 200.067 1 1 A LEU 0.330 1
ATOM 50 N N . PHE 346 346 ? A 340.410 368.504 201.010 1 1 A PHE 0.310 1
ATOM 51 C CA . PHE 346 346 ? A 341.493 368.050 201.861 1 1 A PHE 0.310 1
ATOM 52 C C . PHE 346 346 ? A 341.001 367.376 203.129 1 1 A PHE 0.310 1
ATOM 53 O O . PHE 346 346 ? A 341.755 366.724 203.830 1 1 A PHE 0.310 1
ATOM 54 C CB . PHE 346 346 ? A 342.344 369.288 202.271 1 1 A PHE 0.310 1
ATOM 55 C CG . PHE 346 346 ? A 343.352 369.583 201.189 1 1 A PHE 0.310 1
ATOM 56 C CD1 . PHE 346 346 ? A 344.703 369.252 201.391 1 1 A PHE 0.310 1
ATOM 57 C CD2 . PHE 346 346 ? A 342.977 370.175 199.970 1 1 A PHE 0.310 1
ATOM 58 C CE1 . PHE 346 346 ? A 345.661 369.507 200.402 1 1 A PHE 0.310 1
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ATOM 120 C CG2 . THR 354 354 ? A 336.883 376.070 218.398 1 1 A THR 0.390 1
ATOM 121 N N . LYS 355 355 ? A 332.495 376.725 219.775 1 1 A LYS 0.520 1
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ATOM 268 C CA . GLU 371 371 ? A 332.656 370.523 245.731 1 1 A GLU 0.670 1
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ATOM 270 O O . GLU 371 371 ? A 333.762 370.949 247.852 1 1 A GLU 0.670 1
ATOM 271 C CB . GLU 371 371 ? A 333.373 369.558 244.750 1 1 A GLU 0.670 1
ATOM 272 C CG . GLU 371 371 ? A 334.025 368.349 245.470 1 1 A GLU 0.670 1
ATOM 273 C CD . GLU 371 371 ? A 332.984 367.291 245.830 1 1 A GLU 0.670 1
ATOM 274 O OE1 . GLU 371 371 ? A 332.455 366.652 244.888 1 1 A GLU 0.670 1
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ATOM 289 C CB . GLN 373 373 ? A 331.373 375.716 247.760 1 1 A GLN 0.660 1
ATOM 290 C CG . GLN 373 373 ? A 331.619 377.015 246.964 1 1 A GLN 0.660 1
ATOM 291 C CD . GLN 373 373 ? A 330.324 377.386 246.237 1 1 A GLN 0.660 1
ATOM 292 O OE1 . GLN 373 373 ? A 329.237 377.113 246.738 1 1 A GLN 0.660 1
ATOM 293 N NE2 . GLN 373 373 ? A 330.460 378.021 245.048 1 1 A GLN 0.660 1
ATOM 294 N N . LYS 374 374 ? A 331.705 373.030 249.383 1 1 A LYS 0.670 1
ATOM 295 C CA . LYS 374 374 ? A 331.289 372.083 250.401 1 1 A LYS 0.670 1
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ATOM 298 C CB . LYS 374 374 ? A 330.596 370.837 249.820 1 1 A LYS 0.670 1
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ATOM 301 C CE . LYS 374 374 ? A 328.871 367.728 251.444 1 1 A LYS 0.670 1
ATOM 302 N NZ . LYS 374 374 ? A 328.190 366.581 250.812 1 1 A LYS 0.670 1
ATOM 303 N N . LYS 375 375 ? A 333.586 371.290 250.768 1 1 A LYS 0.660 1
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ATOM 309 C CD . LYS 375 375 ? A 338.265 369.586 250.622 1 1 A LYS 0.660 1
ATOM 310 C CE . LYS 375 375 ? A 339.475 369.128 251.436 1 1 A LYS 0.660 1
ATOM 311 N NZ . LYS 375 375 ? A 340.563 368.740 250.519 1 1 A LYS 0.660 1
ATOM 312 N N . LYS 376 376 ? A 335.107 373.190 252.222 1 1 A LYS 0.650 1
ATOM 313 C CA . LYS 376 376 ? A 335.233 374.325 253.118 1 1 A LYS 0.650 1
ATOM 314 C C . LYS 376 376 ? A 334.099 374.436 254.122 1 1 A LYS 0.650 1
ATOM 315 O O . LYS 376 376 ? A 334.299 374.765 255.277 1 1 A LYS 0.650 1
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ATOM 321 N N . ARG 377 377 ? A 332.838 374.180 253.724 1 1 A ARG 0.580 1
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ATOM 324 O O . ARG 377 377 ? A 331.621 373.161 256.881 1 1 A ARG 0.580 1
ATOM 325 C CB . ARG 377 377 ? A 330.393 373.950 253.982 1 1 A ARG 0.580 1
ATOM 326 C CG . ARG 377 377 ? A 329.969 375.212 253.211 1 1 A ARG 0.580 1
ATOM 327 C CD . ARG 377 377 ? A 328.519 375.140 252.715 1 1 A ARG 0.580 1
ATOM 328 N NE . ARG 377 377 ? A 328.484 374.305 251.454 1 1 A ARG 0.580 1
ATOM 329 C CZ . ARG 377 377 ? A 328.537 374.808 250.209 1 1 A ARG 0.580 1
ATOM 330 N NH1 . ARG 377 377 ? A 328.691 376.107 250.001 1 1 A ARG 0.580 1
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ATOM 339 N NE . ARG 378 378 ? A 331.823 366.747 258.142 1 1 A ARG 0.570 1
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ATOM 343 N N . GLU 379 379 ? A 334.774 371.314 256.698 1 1 A GLU 0.590 1
ATOM 344 C CA . GLU 379 379 ? A 335.853 371.578 257.638 1 1 A GLU 0.590 1
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ATOM 346 O O . GLU 379 379 ? A 335.964 372.602 259.806 1 1 A GLU 0.590 1
ATOM 347 C CB . GLU 379 379 ? A 337.166 371.929 256.902 1 1 A GLU 0.590 1
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ATOM 350 O OE1 . GLU 379 379 ? A 339.194 372.750 255.121 1 1 A GLU 0.590 1
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ATOM 352 N N . LYS 380 380 ? A 334.606 373.619 258.319 1 1 A LYS 0.580 1
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ATOM 358 C CD . LYS 380 380 ? A 333.084 377.608 256.960 1 1 A LYS 0.580 1
ATOM 359 C CE . LYS 380 380 ? A 333.915 378.550 256.094 1 1 A LYS 0.580 1
ATOM 360 N NZ . LYS 380 380 ? A 333.023 379.494 255.392 1 1 A LYS 0.580 1
ATOM 361 N N . ASP 381 381 ? A 332.404 372.766 259.958 1 1 A ASP 0.510 1
ATOM 362 C CA . ASP 381 381 ? A 331.694 371.932 260.923 1 1 A ASP 0.510 1
ATOM 363 C C . ASP 381 381 ? A 332.622 371.225 261.925 1 1 A ASP 0.510 1
ATOM 364 O O . ASP 381 381 ? A 332.233 370.925 263.043 1 1 A ASP 0.510 1
ATOM 365 C CB . ASP 381 381 ? A 330.929 370.747 260.267 1 1 A ASP 0.510 1
ATOM 366 C CG . ASP 381 381 ? A 329.797 371.054 259.313 1 1 A ASP 0.510 1
ATOM 367 O OD1 . ASP 381 381 ? A 329.209 372.155 259.328 1 1 A ASP 0.510 1
ATOM 368 O OD2 . ASP 381 381 ? A 329.488 370.063 258.581 1 1 A ASP 0.510 1
ATOM 369 N N . LEU 382 382 ? A 333.845 370.825 261.479 1 1 A LEU 0.460 1
ATOM 370 C CA . LEU 382 382 ? A 334.853 370.229 262.349 1 1 A LEU 0.460 1
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ATOM 372 O O . LEU 382 382 ? A 335.755 370.779 264.496 1 1 A LEU 0.460 1
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ATOM 375 C CD1 . LEU 382 382 ? A 336.559 367.778 263.279 1 1 A LEU 0.460 1
ATOM 376 C CD2 . LEU 382 382 ? A 338.272 368.424 261.517 1 1 A LEU 0.460 1
ATOM 377 N N . ALA 383 383 ? A 335.796 372.421 262.940 1 1 A ALA 0.490 1
ATOM 378 C CA . ALA 383 383 ? A 336.301 373.474 263.800 1 1 A ALA 0.490 1
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ATOM 382 O OXT . ALA 383 383 ? A 335.737 374.962 265.594 1 1 A ALA 0.490 1
#
#
loop_
_atom_type.symbol
C
N
O
S
#
#
loop_
_ma_qa_metric.id
_ma_qa_metric.name
_ma_qa_metric.description
_ma_qa_metric.type
_ma_qa_metric.mode
_ma_qa_metric.type_other_details
_ma_qa_metric.software_group_id
1 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].'
'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5
2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].'
'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5
3 GMQE
'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.'
'normalized score' global . 6
#
#
loop_
_ma_qa_metric_global.ordinal_id
_ma_qa_metric_global.model_id
_ma_qa_metric_global.metric_id
_ma_qa_metric_global.metric_value
1 1 2 0.502
2 1 3 0.014
#
#
loop_
_ma_qa_metric_local.ordinal_id
_ma_qa_metric_local.model_id
_ma_qa_metric_local.label_asym_id
_ma_qa_metric_local.label_seq_id
_ma_qa_metric_local.label_comp_id
_ma_qa_metric_local.metric_id
_ma_qa_metric_local.metric_value
1 1 A 339 SER 1 0.220
2 1 A 340 PRO 1 0.270
3 1 A 341 PHE 1 0.210
4 1 A 342 ALA 1 0.290
5 1 A 343 GLY 1 0.340
6 1 A 344 MET 1 0.310
7 1 A 345 LEU 1 0.330
8 1 A 346 PHE 1 0.310
9 1 A 347 GLY 1 0.370
10 1 A 348 GLY 1 0.370
11 1 A 349 GLU 1 0.350
12 1 A 350 ASP 1 0.360
13 1 A 351 ARG 1 0.270
14 1 A 352 GLU 1 0.350
15 1 A 353 LEU 1 0.300
16 1 A 354 THR 1 0.390
17 1 A 355 LYS 1 0.520
18 1 A 356 ARG 1 0.440
19 1 A 357 ARG 1 0.500
20 1 A 358 LYS 1 0.600
21 1 A 359 GLU 1 0.600
22 1 A 360 LYS 1 0.610
23 1 A 361 TYR 1 0.610
24 1 A 362 ARG 1 0.580
25 1 A 363 GLN 1 0.650
26 1 A 364 GLU 1 0.650
27 1 A 365 LEU 1 0.660
28 1 A 366 LEU 1 0.650
29 1 A 367 GLU 1 0.660
30 1 A 368 GLN 1 0.680
31 1 A 369 ILE 1 0.670
32 1 A 370 ALA 1 0.720
33 1 A 371 GLU 1 0.670
34 1 A 372 GLN 1 0.680
35 1 A 373 GLN 1 0.660
36 1 A 374 LYS 1 0.670
37 1 A 375 LYS 1 0.660
38 1 A 376 LYS 1 0.650
39 1 A 377 ARG 1 0.580
40 1 A 378 ARG 1 0.570
41 1 A 379 GLU 1 0.590
42 1 A 380 LYS 1 0.580
43 1 A 381 ASP 1 0.510
44 1 A 382 LEU 1 0.460
45 1 A 383 ALA 1 0.490
#
#
loop_
_pdbx_data_usage.id
_pdbx_data_usage.type
_pdbx_data_usage.details
_pdbx_data_usage.url
1 license
;This SWISS-MODEL protein model is copyright.
It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational
Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the
Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This
model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons
Attribution-ShareAlike 4.0 International License
(https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you
can copy and redistribute the model in any medium or format,
transform and build upon the model for any purpose, even
commercially, under the following terms:
Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to
the license, and indicate if changes were made. You may do so in any
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you must distribute your contributions under the same license as the
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No additional restrictions - you may not apply legal terms or
technological measures that legally restrict others from doing
anything the license permits.
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;
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2 disclaimer
;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for
proteins. The results of any theoretical modelling procedure is
NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may
contain significant errors. This is especially true for automated
modeling since there is no human intervention during model
building. Please read the header section and the logfile carefully
to know what templates and alignments were used during the model
building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is
provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied.
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