data_SMR-814a787b8b78527f056a60d0629552a8_3 _entry.id SMR-814a787b8b78527f056a60d0629552a8_3 _struct.entry_id SMR-814a787b8b78527f056a60d0629552a8_3 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q14687/ GSE1_HUMAN, Genetic suppressor element 1 Estimated model accuracy of this model is 0.021, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q14687' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 158287.213 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP GSE1_HUMAN Q14687 1 ;MKGMSHEPKSPSLGMLSTATRTTATVNPLTPSPLNGALVPSGSPATSSALSAQAAPSSSFAAALRKLAKQ AEEPRGSSLSSESSPVSSPATNHSSPASTPKRVPMGPIIVPPGGHSVPSTPPVVTIAPTKTVNGVWRSES RQDAGSRSSSGGRERLIVEPPLPQEKAGGPAIPSHLLSTPYPFGLSPSSVVQDSRFPPLNLQRPVHHVVP PSTVTEDYLRSFRPYHTTDDLRMSSLPPLGLDPATAAAYYHPSYLAPHPFPHPAFRMDDSYCLSALRSPF YPIPTPGSLPPLHPSAMHLHLSGVRYPPELSHSSLAALHSERMSGLSAERLQMDEELRRERERERERERE READREREKEREREREKEREQEKEREREKERERELERQREQRAREKELLAAKALEPSFLPVAELHGLRGH ATEERGKPSEQLTPTRAEKLKDAGLQAPKPVQHPLHPVPTPHHTVPSLISNHGIFSLPSSSAATALLIQR TNEEEKWLARQRRLRQEKEDRQSQVSEFRQQVLEQHLDMGRPPVPAEAEHRPESTTRPGPNRHEPGGRDP PQHFGGPPPLISPKPQLHAAPTALWNPVSLMDNTLETRRAESHSLHSHPAAFEPSRQAAVPLVKVERVFC PEKAEEGPRKREPAPLDKYQPPPPPPREGGSLEHQPFLPGPGPFLAELEKSTQTILGQQRASLPQAATFG ELSGPLKPGSPYRPPVPRAPDPAYIYDEFLQQRRRLVSKLDLEERRRREAQEKGYYYDLDDSYDESDEEE VRAHLRCVAEQPPLKLDTSSEKLEFLQLFGLTTQQQKEELVAQKRRKRRRMLRERSPSPPTIQSKRQTPS PRLALSTRYSPDEMNNSPNFEEKKKFLTIFNLTHISAEKRKDKERLVEMLRAMKQKALSAAVADSLTNSP RDSPAVSLSEPATQQASLDVEKPVGVAASLSDIPKAAEPGKLEQVRPQELSRVQELAPASGEKARLSEAP GGKKSLSMLHYIRGAAPKDIPVPLSHSTNGKSKPWEPFVAEEFAHQFHESVLQSTQKALQKHKGSVAVLS AEQNHKVDTSVHYNIPELQSSSRAPPPQHNGQQEPPTARKGPPTQELDRDSEEEEEEDDEDGEDEEEVPK RKWQGIEAVFEAYQEHIEEQNLERQVLQTQCRRLEARHYSLSLTAEQLSHSVAELRSQKQKMVSERERLQ AELDHLRKCLALPAMHWPRGYLKGYPR ; 'Genetic suppressor element 1' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1217 1 1217 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . GSE1_HUMAN Q14687 . 1 1217 9606 'Homo sapiens (Human)' 2007-02-20 4291FBE301B70F36 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no 5 ;MKGMSHEPKSPSLGMLSTATRTTATVNPLTPSPLNGALVPSGSPATSSALSAQAAPSSSFAAALRKLAKQ AEEPRGSSLSSESSPVSSPATNHSSPASTPKRVPMGPIIVPPGGHSVPSTPPVVTIAPTKTVNGVWRSES RQDAGSRSSSGGRERLIVEPPLPQEKAGGPAIPSHLLSTPYPFGLSPSSVVQDSRFPPLNLQRPVHHVVP PSTVTEDYLRSFRPYHTTDDLRMSSLPPLGLDPATAAAYYHPSYLAPHPFPHPAFRMDDSYCLSALRSPF YPIPTPGSLPPLHPSAMHLHLSGVRYPPELSHSSLAALHSERMSGLSAERLQMDEELRRERERERERERE READREREKEREREREKEREQEKEREREKERERELERQREQRAREKELLAAKALEPSFLPVAELHGLRGH ATEERGKPSEQLTPTRAEKLKDAGLQAPKPVQHPLHPVPTPHHTVPSLISNHGIFSLPSSSAATALLIQR TNEEEKWLARQRRLRQEKEDRQSQVSEFRQQVLEQHLDMGRPPVPAEAEHRPESTTRPGPNRHEPGGRDP PQHFGGPPPLISPKPQLHAAPTALWNPVSLMDNTLETRRAESHSLHSHPAAFEPSRQAAVPLVKVERVFC 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READREREKEREREREKEREQEKEREREKERERELERQREQRAREKELLAAKALEPSFLPVAELHGLRGH ATEERGKPSEQLTPTRAEKLKDAGLQAPKPVQHPLHPVPTPHHTVPSLISNHGIFSLPSSSAATALLIQR TNEEEKWLARQRRLRQEKEDRQSQVSEFRQQVLEQHLDMGRPPVPAEAEHRPESTTRPGPNRHEPGGRDP PQHFGGPPPLISPKPQLHAAPTALWNPVSLMDNTLETRRAESHSLHSHPAAFEPSRQAAVPLVKVERVFC PEKAEEGPRKREPAPLDKYQPPPPPPREGGSLEHQPFLPGPGPFLAELEKSTQTILGQQRASLPQAATFG ELSGPLKPGSPYRPPVPRAPDPAYIYDEFLQQRRRLVSKLDLEERRRREAQEKGYYYDLDDSYDESDEEE VRAHLRCVAEQPPLKLDTSSEKLEFLQLFGLTTQQQKEELVAQKRRKRRRMLRERSPSPPTIQSKRQTPS PRLALSTRYSPDEMNNSPNFEEKKKFLTIFNLTHISAEKRKDKERLVEMLRAMKQKALSAAVADSLTNSP RDSPAVSLSEPATQQASLDVEKPVGVAASLSDIPKAAEPGKLEQVRPQELSRVQELAPASGEKARLSEAP GGKKSLSMLHYIRGAAPKDIPVPLSHSTNGKSKPWEPFVAEEFAHQFHESVLQSTQKALQKHKGSVAVLS AEQNHKVDTSVHYNIPELQSSSRAPPPQHNGQQEPPTARKGPPTQELDRDSEEEEEEDDEDGEDEEEVPK RKWQGIEAVFEAYQEHIEEQNLERQVLQTQCRRLEARHYSLSLTAEQLSHSVAELRSQKQKMVSERERLQ AELDHLRKCLALPAMHWPRGYLKGYPR ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 LYS . 1 3 GLY . 1 4 MET . 1 5 SER . 1 6 HIS . 1 7 GLU . 1 8 PRO . 1 9 LYS . 1 10 SER . 1 11 PRO . 1 12 SER . 1 13 LEU . 1 14 GLY . 1 15 MET . 1 16 LEU . 1 17 SER . 1 18 THR . 1 19 ALA . 1 20 THR . 1 21 ARG . 1 22 THR . 1 23 THR . 1 24 ALA . 1 25 THR . 1 26 VAL . 1 27 ASN . 1 28 PRO . 1 29 LEU . 1 30 THR . 1 31 PRO . 1 32 SER . 1 33 PRO . 1 34 LEU . 1 35 ASN . 1 36 GLY . 1 37 ALA . 1 38 LEU . 1 39 VAL . 1 40 PRO . 1 41 SER . 1 42 GLY . 1 43 SER . 1 44 PRO . 1 45 ALA . 1 46 THR . 1 47 SER . 1 48 SER . 1 49 ALA . 1 50 LEU . 1 51 SER . 1 52 ALA . 1 53 GLN . 1 54 ALA . 1 55 ALA . 1 56 PRO . 1 57 SER . 1 58 SER . 1 59 SER . 1 60 PHE . 1 61 ALA . 1 62 ALA . 1 63 ALA . 1 64 LEU . 1 65 ARG . 1 66 LYS . 1 67 LEU . 1 68 ALA . 1 69 LYS . 1 70 GLN . 1 71 ALA . 1 72 GLU . 1 73 GLU . 1 74 PRO . 1 75 ARG . 1 76 GLY . 1 77 SER . 1 78 SER . 1 79 LEU . 1 80 SER . 1 81 SER . 1 82 GLU . 1 83 SER . 1 84 SER . 1 85 PRO . 1 86 VAL . 1 87 SER . 1 88 SER . 1 89 PRO . 1 90 ALA . 1 91 THR . 1 92 ASN . 1 93 HIS 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A 1 1217 ARG 1217 ? ? ? 5 . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Nup62 {PDB ID=7tdz, label_asym_id=FA, auth_asym_id=T, SMTL ID=7tdz.1.5}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 7tdz, label_asym_id=FA' 'target-template alignment' . 4 'model 3' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-27 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-22 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A FA 2 1 T # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MSGFNFGAASAGGFSFGNPKSTTTTAPTGFSFGAATAAPSGGFSFGTATPTPASTTGQTSGLFSFSNPAP SLAPTSGFSFGAQVTSTPAPSSGGLAFGANTSKLNSGVGNQPAGGTTQTSQPMGGFSFGAATTQTQPSAT SVGGFSFAGGVGSTSTNVFAQPAASTGITLQSAVSTAAAPTATTSQPTSTFSFGTQPQAAPALNFGLLSS SSVLSTASTPAAAQPVAPTTGLSLNFGKPADTSAAVTSTGSTTTNTPSLSSLLGTSGPSLFSSVATSTVP SVVSTVASGLSLTSTATSTGFGMKTLASSAVPTGTLATSTASLGVKAPLAGTIVQANAVGSAAATGISTA TAMTYAQLENLINKWSLELEDQEKHFLQQATQVNAWDRTLMQNGERITTLHREMEKVKLDQKRLDQELDF ILSQQKELEDLLTPLEESVKEQSGTIYLQHADEEREKTYKLAENIDAQLKRMAQDLKEVIEHLNTSAGPG DASNPLQQICKILNAHMDSLQWIDQNSALLQRKVEQVTKECESRRKEQERGFSIAFD ; ;MSGFNFGAASAGGFSFGNPKSTTTTAPTGFSFGAATAAPSGGFSFGTATPTPASTTGQTSGLFSFSNPAP SLAPTSGFSFGAQVTSTPAPSSGGLAFGANTSKLNSGVGNQPAGGTTQTSQPMGGFSFGAATTQTQPSAT SVGGFSFAGGVGSTSTNVFAQPAASTGITLQSAVSTAAAPTATTSQPTSTFSFGTQPQAAPALNFGLLSS SSVLSTASTPAAAQPVAPTTGLSLNFGKPADTSAAVTSTGSTTTNTPSLSSLLGTSGPSLFSSVATSTVP SVVSTVASGLSLTSTATSTGFGMKTLASSAVPTGTLATSTASLGVKAPLAGTIVQANAVGSAAATGISTA TAMTYAQLENLINKWSLELEDQEKHFLQQATQVNAWDRTLMQNGERITTLHREMEKVKLDQKRLDQELDF ILSQQKELEDLLTPLEESVKEQSGTIYLQHADEEREKTYKLAENIDAQLKRMAQDLKEVIEHLNTSAGPG DASNPLQQICKILNAHMDSLQWIDQNSALLQRKVEQVTKECESRRKEQERGFSIAFD ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 395 470 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 7tdz 2024-10-09 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1217 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1219 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 26.000 18.919 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MKGMSHEPKSPSLGMLSTATRTTATVNPLTPSPLNGALVPSGSPATSSALSAQAAPSSSFAAALRKLAKQAEEPRGSSLSSESSPVSSPATNHSSPASTPKRVPMGPIIVPPGGHSVPSTPPVVTIAPTKTVNGVWRSESRQDAGSRSSSGGRERLIVEPPLPQEKAGGPAIPSHLLSTPYPFGLSPSSVVQDSRFPPLNLQRPVHHVVPPSTVTEDYLRSFRPYHTTDDLRMSSLPPLGLDPATAAAYYHPSYLAPHPFPHPAFRMDDSYCLSALRSPFYPIPTPGSLPPLHPSAMHLHLSGVRYPPELSHSSLAALHSERMSGLSAERLQMDEELRREREREREREREREADREREKEREREREKEREQEKEREREKERERELERQREQRAREKELLAAKALEPSFLPVAELHGLRGHATEERGKPSEQLTPTRAEKLKDAGLQAPKPVQHPLHPVPTPHHTVPSLISNHGIFSLPSSSAATALLIQRTNEEEKWLARQRRLRQEKEDRQSQVSEFRQQVLEQHLDMGRPPVPAEAEHRPESTTRPGPNRHEPGGRDPPQHFGGPPPLISPKPQLHAAPTALWNPVSLMDNTLETRRAESHSLHSHPAAFEPSRQAAVPLVKVERVFCPEKAEEGPRKREPAPLDKYQPPPPPPREGGSLEHQPFLPGPGPFLAELEKSTQTILGQQRASLPQAATFGELSGPLKPGSPYRPPVPRAPDPAYIYDEFLQQRRRLVSKLDLEERRRREAQEKGYYYDLDDSYDESDEEEVRAHLRCVAEQPPLKLDTSSEKLEFLQLFGLTTQQQKEELVAQKRRKRRRMLRERSPSPPTIQSKRQTPSPRLALSTRYSPDEMNNSPNFEEKKKFLTIFNLTHISAEKRKDKERLVEMLRAMKQKALSAAVADSLTNSPRDSPAVSLSEPATQQASLDVEKPVGVAASLSDIPKAAEPGKLEQVRPQELSRVQELAPASGEKARLSEAPGGKKSLSMLHYIRGAAPKDIPVPLSHSTNGKSKPWEPFVAEEFAHQFHESVLQSTQKALQKHKGSVAVLSAEQNHKVDTSVHYNIPELQSSSRAPPPQHNGQQEPPTARKGPPTQELDRDSEEEEEEDDEDGEDEEEVPKRKWQGIEAVFEAYQEHIEEQNLERQVLQTQCRRLEARHYSLSLTAEQLSHSVAELRSQ--KQKMVSERERLQAELDHLRKCLALPAMHWPRGYLKGYPR 2 1 2 ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ERITTLHREMEK-VKLDQKRLDQELDFILSQQKELEDLLTPLEESVKEQSGTIYLQHADEEREKTYKLAENIDAQLK---------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 7tdz.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 3' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . GLU 1127 1127 ? A 427.676 362.071 350.544 1 1 5 GLU 0.450 1 ATOM 2 C CA . GLU 1127 1127 ? A 426.522 363.016 350.720 1 1 5 GLU 0.450 1 ATOM 3 C C . GLU 1127 1127 ? A 426.461 364.130 349.687 1 1 5 GLU 0.450 1 ATOM 4 O O . GLU 1127 1127 ? A 425.556 364.112 348.864 1 1 5 GLU 0.450 1 ATOM 5 C CB . GLU 1127 1127 ? A 426.540 363.451 352.181 1 1 5 GLU 0.450 1 ATOM 6 C CG . GLU 1127 1127 ? A 426.355 362.239 353.132 1 1 5 GLU 0.450 1 ATOM 7 C CD . GLU 1127 1127 ? A 426.568 362.651 354.587 1 1 5 GLU 0.450 1 ATOM 8 O OE1 . GLU 1127 1127 ? A 426.392 361.756 355.448 1 1 5 GLU 0.450 1 ATOM 9 O OE2 . GLU 1127 1127 ? A 426.964 363.816 354.813 1 1 5 GLU 0.450 1 ATOM 10 N N . ALA 1128 1128 ? A 427.469 365.032 349.594 1 1 5 ALA 0.520 1 ATOM 11 C CA . ALA 1128 1128 ? A 427.464 366.140 348.642 1 1 5 ALA 0.520 1 ATOM 12 C C . ALA 1128 1128 ? A 427.208 365.766 347.169 1 1 5 ALA 0.520 1 ATOM 13 O O . ALA 1128 1128 ? A 426.431 366.407 346.470 1 1 5 ALA 0.520 1 ATOM 14 C CB . ALA 1128 1128 ? A 428.841 366.824 348.766 1 1 5 ALA 0.520 1 ATOM 15 N N . VAL 1129 1129 ? A 427.812 364.659 346.677 1 1 5 VAL 0.510 1 ATOM 16 C CA . VAL 1129 1129 ? A 427.520 364.079 345.363 1 1 5 VAL 0.510 1 ATOM 17 C C . VAL 1129 1129 ? A 426.067 363.643 345.185 1 1 5 VAL 0.510 1 ATOM 18 O O . VAL 1129 1129 ? A 425.455 363.893 344.147 1 1 5 VAL 0.510 1 ATOM 19 C CB . VAL 1129 1129 ? A 428.436 362.887 345.077 1 1 5 VAL 0.510 1 ATOM 20 C CG1 . VAL 1129 1129 ? A 428.086 362.185 343.742 1 1 5 VAL 0.510 1 ATOM 21 C CG2 . VAL 1129 1129 ? A 429.891 363.393 345.020 1 1 5 VAL 0.510 1 ATOM 22 N N . PHE 1130 1130 ? A 425.467 363.006 346.215 1 1 5 PHE 0.460 1 ATOM 23 C CA . PHE 1130 1130 ? A 424.059 362.645 346.260 1 1 5 PHE 0.460 1 ATOM 24 C C . PHE 1130 1130 ? A 423.161 363.889 346.185 1 1 5 PHE 0.460 1 ATOM 25 O O . PHE 1130 1130 ? A 422.274 363.955 345.338 1 1 5 PHE 0.460 1 ATOM 26 C CB . PHE 1130 1130 ? A 423.792 361.784 347.535 1 1 5 PHE 0.460 1 ATOM 27 C CG . PHE 1130 1130 ? A 422.369 361.311 347.632 1 1 5 PHE 0.460 1 ATOM 28 C CD1 . PHE 1130 1130 ? A 421.453 361.979 348.461 1 1 5 PHE 0.460 1 ATOM 29 C CD2 . PHE 1130 1130 ? A 421.926 360.215 346.881 1 1 5 PHE 0.460 1 ATOM 30 C CE1 . PHE 1130 1130 ? A 420.119 361.562 348.531 1 1 5 PHE 0.460 1 ATOM 31 C CE2 . PHE 1130 1130 ? A 420.593 359.794 346.952 1 1 5 PHE 0.460 1 ATOM 32 C CZ . PHE 1130 1130 ? A 419.688 360.466 347.779 1 1 5 PHE 0.460 1 ATOM 33 N N . GLU 1131 1131 ? A 423.424 364.941 346.992 1 1 5 GLU 0.540 1 ATOM 34 C CA . GLU 1131 1131 ? A 422.696 366.201 346.937 1 1 5 GLU 0.540 1 ATOM 35 C C . GLU 1131 1131 ? A 422.791 366.917 345.592 1 1 5 GLU 0.540 1 ATOM 36 O O . GLU 1131 1131 ? A 421.790 367.355 345.027 1 1 5 GLU 0.540 1 ATOM 37 C CB . GLU 1131 1131 ? A 423.240 367.133 348.035 1 1 5 GLU 0.540 1 ATOM 38 C CG . GLU 1131 1131 ? A 422.930 366.660 349.475 1 1 5 GLU 0.540 1 ATOM 39 C CD . GLU 1131 1131 ? A 423.616 367.534 350.524 1 1 5 GLU 0.540 1 ATOM 40 O OE1 . GLU 1131 1131 ? A 424.486 368.359 350.151 1 1 5 GLU 0.540 1 ATOM 41 O OE2 . GLU 1131 1131 ? A 423.286 367.334 351.720 1 1 5 GLU 0.540 1 ATOM 42 N N . ALA 1132 1132 ? A 424.000 366.993 345.003 1 1 5 ALA 0.630 1 ATOM 43 C CA . ALA 1132 1132 ? A 424.226 367.533 343.677 1 1 5 ALA 0.630 1 ATOM 44 C C . ALA 1132 1132 ? A 423.536 366.769 342.542 1 1 5 ALA 0.630 1 ATOM 45 O O . ALA 1132 1132 ? A 423.039 367.359 341.585 1 1 5 ALA 0.630 1 ATOM 46 C CB . ALA 1132 1132 ? A 425.738 367.603 343.399 1 1 5 ALA 0.630 1 ATOM 47 N N . TYR 1133 1133 ? A 423.484 365.421 342.628 1 1 5 TYR 0.560 1 ATOM 48 C CA . TYR 1133 1133 ? A 422.736 364.556 341.729 1 1 5 TYR 0.560 1 ATOM 49 C C . TYR 1133 1133 ? A 421.240 364.850 341.774 1 1 5 TYR 0.560 1 ATOM 50 O O . TYR 1133 1133 ? A 420.609 364.995 340.720 1 1 5 TYR 0.560 1 ATOM 51 C CB . TYR 1133 1133 ? A 423.036 363.070 342.107 1 1 5 TYR 0.560 1 ATOM 52 C CG . TYR 1133 1133 ? A 422.327 362.039 341.258 1 1 5 TYR 0.560 1 ATOM 53 C CD1 . TYR 1133 1133 ? A 420.975 361.723 341.479 1 1 5 TYR 0.560 1 ATOM 54 C CD2 . TYR 1133 1133 ? A 423.002 361.382 340.220 1 1 5 TYR 0.560 1 ATOM 55 C CE1 . TYR 1133 1133 ? A 420.298 360.837 340.632 1 1 5 TYR 0.560 1 ATOM 56 C CE2 . TYR 1133 1133 ? A 422.344 360.435 339.420 1 1 5 TYR 0.560 1 ATOM 57 C CZ . TYR 1133 1133 ? A 420.983 360.181 339.612 1 1 5 TYR 0.560 1 ATOM 58 O OH . TYR 1133 1133 ? A 420.288 359.285 338.778 1 1 5 TYR 0.560 1 ATOM 59 N N . GLN 1134 1134 ? A 420.672 364.991 343.000 1 1 5 GLN 0.590 1 ATOM 60 C CA . GLN 1134 1134 ? A 419.283 365.363 343.235 1 1 5 GLN 0.590 1 ATOM 61 C C . GLN 1134 1134 ? A 419.005 366.739 342.623 1 1 5 GLN 0.590 1 ATOM 62 O O . GLN 1134 1134 ? A 418.153 366.843 341.752 1 1 5 GLN 0.590 1 ATOM 63 C CB . GLN 1134 1134 ? A 418.898 365.238 344.749 1 1 5 GLN 0.590 1 ATOM 64 C CG . GLN 1134 1134 ? A 418.974 363.802 345.367 1 1 5 GLN 0.590 1 ATOM 65 C CD . GLN 1134 1134 ? A 417.909 362.842 344.818 1 1 5 GLN 0.590 1 ATOM 66 O OE1 . GLN 1134 1134 ? A 416.718 363.082 344.963 1 1 5 GLN 0.590 1 ATOM 67 N NE2 . GLN 1134 1134 ? A 418.330 361.699 344.215 1 1 5 GLN 0.590 1 ATOM 68 N N . GLU 1135 1135 ? A 419.834 367.770 342.898 1 1 5 GLU 0.560 1 ATOM 69 C CA . GLU 1135 1135 ? A 419.675 369.069 342.266 1 1 5 GLU 0.560 1 ATOM 70 C C . GLU 1135 1135 ? A 419.749 369.011 340.724 1 1 5 GLU 0.560 1 ATOM 71 O O . GLU 1135 1135 ? A 418.922 369.564 340.002 1 1 5 GLU 0.560 1 ATOM 72 C CB . GLU 1135 1135 ? A 420.757 370.023 342.830 1 1 5 GLU 0.560 1 ATOM 73 C CG . GLU 1135 1135 ? A 420.786 371.456 342.231 1 1 5 GLU 0.560 1 ATOM 74 C CD . GLU 1135 1135 ? A 419.633 372.407 342.606 1 1 5 GLU 0.560 1 ATOM 75 O OE1 . GLU 1135 1135 ? A 419.276 373.178 341.663 1 1 5 GLU 0.560 1 ATOM 76 O OE2 . GLU 1135 1135 ? A 419.246 372.459 343.783 1 1 5 GLU 0.560 1 ATOM 77 N N . HIS 1136 1136 ? A 420.727 368.284 340.135 1 1 5 HIS 0.560 1 ATOM 78 C CA . HIS 1136 1136 ? A 420.916 368.337 338.693 1 1 5 HIS 0.560 1 ATOM 79 C C . HIS 1136 1136 ? 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #