data_SMR-747380f785ae2919012f419e3d86af28_1 _entry.id SMR-747380f785ae2919012f419e3d86af28_1 _struct.entry_id SMR-747380f785ae2919012f419e3d86af28_1 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q9ULJ8 (isoform 2)/ NEB1_HUMAN, Neurabin-1 Estimated model accuracy of this model is 0.033, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q9ULJ8 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 5 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 168710.757 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP NEB1_HUMAN Q9ULJ8 1 ;MLKTESSGERTTLRSASPHRNAYRTEFQALKSTFDKPKSDGEQKTKEGEGSQQSRGRKYGSNVNRIKNLF MQMGMEPNENAAVIAKTRGKGGHSSPQRRMKPKEFLEKTDGSVVKLESSVSERISRFDTMYDGPSYSKFT ETRKMFERSVHESGQNNRYSPKKEKAGGSEPQDEWGGSKSNRGSTDSLDSLSSRTEAVSPTVSQLSAVFE NTDSPSAIISEKAENNEYSVTGHYPLNLPSVTVTNLDTFGHLKDSNSWPPSNKRGVDTEDAHKSNATPVP EVASKSTSLASIPGEEIQQSKEPEDSTSNQQTPDSIDKDGPEEPCAESKAMPKSEIPSPQSQLLEDAEAN LVGREAAKQQRKELAGGDFTSPDASASSCGKEVPEDSNNFDGSHVYMHSDYNVYRVRSRYNSDWGETGTE QDEEEDSDENSYYQPDMEYSEIVGLPEEEEIPANRKIKFSSAPIKVFNTYSNEDYDRRNDEVDPVAASAE YELEKRVEKLELFPVELEKDEDGLGISIIGMGVGADAGLEKLGIFVKTVTEGGAAQRDGRIQVNDQIVEV DGISLVGVTQNFAATVLRNTKGNVRFVIGREKPGQVSEVAQLISQTLEQERRQRELLEQHYAQYDADDDE TGEYATDEEEDEVGPVLPGSDMAIEVFELPENEDMFSPSELDTSKLSHKFKELQIKHAVTEAEIQKLKTK LQAAENEKVRWELEKTQLQQNIEENKERMLKLESYWIEAQTLCHTVNEHLKETQSQYQALEKKYNKAKKL IKDFQQKELDFIKRQEAERKKIEDLEKAHLVEVQGLQVRIRDLEAEVFRLLKQNGTQVNNNNNIFERRTS LGEVSKGDTMENLDGKQTSCQDGLSQDLNEAVPETERLDSKALKTRAQLSVKNRRQRPSRTRLYDSVSST DGEDSLERKGLRTSSPESDSGVPPLTPVDSNVPFSSDHIAEFQEEPLDPEMGPLSSMWGDTSLFSTSKSD HDVEESPCHHQTTNKKILREKDDAKDPKSLRASSSLAVQGGKIKRKFVDLGAPLRRNSSKGKKWKEKEKE ASRFSAGSRIFRGRLENWTPKPCSTAQTSTRSPCMPFSWFNDSRKGSYSFRNLPAPTSSLQPSPETLISD KKGSKNFTFNDDFSPSSTSSADLSGLGAEPKTPGLSQSLALSSDEILDDGQSPKHSQCQNRAVQEWSVQQ VSHWLMSLNLEQYVSEFSAQNITGEQLLQLDGNKLKALGMTASQDRAVVKKKLKEMKMSLEKARKAQEKM EKQREKLRRKEQEQMQRKSKKTEKMTSTTAEGAGEQ ; Neurabin-1 # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1296 1 1296 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . NEB1_HUMAN Q9ULJ8 Q9ULJ8-2 1 1296 9606 'Homo sapiens (Human)' 2004-07-19 E757C7C0B46A2EC8 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MLKTESSGERTTLRSASPHRNAYRTEFQALKSTFDKPKSDGEQKTKEGEGSQQSRGRKYGSNVNRIKNLF MQMGMEPNENAAVIAKTRGKGGHSSPQRRMKPKEFLEKTDGSVVKLESSVSERISRFDTMYDGPSYSKFT ETRKMFERSVHESGQNNRYSPKKEKAGGSEPQDEWGGSKSNRGSTDSLDSLSSRTEAVSPTVSQLSAVFE NTDSPSAIISEKAENNEYSVTGHYPLNLPSVTVTNLDTFGHLKDSNSWPPSNKRGVDTEDAHKSNATPVP EVASKSTSLASIPGEEIQQSKEPEDSTSNQQTPDSIDKDGPEEPCAESKAMPKSEIPSPQSQLLEDAEAN LVGREAAKQQRKELAGGDFTSPDASASSCGKEVPEDSNNFDGSHVYMHSDYNVYRVRSRYNSDWGETGTE QDEEEDSDENSYYQPDMEYSEIVGLPEEEEIPANRKIKFSSAPIKVFNTYSNEDYDRRNDEVDPVAASAE YELEKRVEKLELFPVELEKDEDGLGISIIGMGVGADAGLEKLGIFVKTVTEGGAAQRDGRIQVNDQIVEV DGISLVGVTQNFAATVLRNTKGNVRFVIGREKPGQVSEVAQLISQTLEQERRQRELLEQHYAQYDADDDE 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EVASKSTSLASIPGEEIQQSKEPEDSTSNQQTPDSIDKDGPEEPCAESKAMPKSEIPSPQSQLLEDAEAN LVGREAAKQQRKELAGGDFTSPDASASSCGKEVPEDSNNFDGSHVYMHSDYNVYRVRSRYNSDWGETGTE QDEEEDSDENSYYQPDMEYSEIVGLPEEEEIPANRKIKFSSAPIKVFNTYSNEDYDRRNDEVDPVAASAE YELEKRVEKLELFPVELEKDEDGLGISIIGMGVGADAGLEKLGIFVKTVTEGGAAQRDGRIQVNDQIVEV DGISLVGVTQNFAATVLRNTKGNVRFVIGREKPGQVSEVAQLISQTLEQERRQRELLEQHYAQYDADDDE TGEYATDEEEDEVGPVLPGSDMAIEVFELPENEDMFSPSELDTSKLSHKFKELQIKHAVTEAEIQKLKTK LQAAENEKVRWELEKTQLQQNIEENKERMLKLESYWIEAQTLCHTVNEHLKETQSQYQALEKKYNKAKKL IKDFQQKELDFIKRQEAERKKIEDLEKAHLVEVQGLQVRIRDLEAEVFRLLKQNGTQVNNNNNIFERRTS LGEVSKGDTMENLDGKQTSCQDGLSQDLNEAVPETERLDSKALKTRAQLSVKNRRQRPSRTRLYDSVSST DGEDSLERKGLRTSSPESDSGVPPLTPVDSNVPFSSDHIAEFQEEPLDPEMGPLSSMWGDTSLFSTSKSD HDVEESPCHHQTTNKKILREKDDAKDPKSLRASSSLAVQGGKIKRKFVDLGAPLRRNSSKGKKWKEKEKE ASRFSAGSRIFRGRLENWTPKPCSTAQTSTRSPCMPFSWFNDSRKGSYSFRNLPAPTSSLQPSPETLISD KKGSKNFTFNDDFSPSSTSSADLSGLGAEPKTPGLSQSLALSSDEILDDGQSPKHSQCQNRAVQEWSVQQ VSHWLMSLNLEQYVSEFSAQNITGEQLLQLDGNKLKALGMTASQDRAVVKKKLKEMKMSLEKARKAQEKM 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A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Neurabin-1 {PDB ID=2fn5, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=2fn5.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by BLAST to 2fn5, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 1' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-27 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-22 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GHMELFPVELEKDEDGLGISIIGMGVGADAGLEKLGIFVKTVTEGGAAQRDGRIQVNDQIVEVDGISLVG VTQNFAATVLRNTKGNVRFVIGRE ; ;GHMELFPVELEKDEDGLGISIIGMGVGADAGLEKLGIFVKTVTEGGAAQRDGRIQVNDQIVEVDGISLVG VTQNFAATVLRNTKGNVRFVIGRE ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 4 94 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 2fn5 2024-05-08 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1296 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1296 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'BLAST e-value' . 1.3e-53 100.000 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MLKTESSGERTTLRSASPHRNAYRTEFQALKSTFDKPKSDGEQKTKEGEGSQQSRGRKYGSNVNRIKNLFMQMGMEPNENAAVIAKTRGKGGHSSPQRRMKPKEFLEKTDGSVVKLESSVSERISRFDTMYDGPSYSKFTETRKMFERSVHESGQNNRYSPKKEKAGGSEPQDEWGGSKSNRGSTDSLDSLSSRTEAVSPTVSQLSAVFENTDSPSAIISEKAENNEYSVTGHYPLNLPSVTVTNLDTFGHLKDSNSWPPSNKRGVDTEDAHKSNATPVPEVASKSTSLASIPGEEIQQSKEPEDSTSNQQTPDSIDKDGPEEPCAESKAMPKSEIPSPQSQLLEDAEANLVGREAAKQQRKELAGGDFTSPDASASSCGKEVPEDSNNFDGSHVYMHSDYNVYRVRSRYNSDWGETGTEQDEEEDSDENSYYQPDMEYSEIVGLPEEEEIPANRKIKFSSAPIKVFNTYSNEDYDRRNDEVDPVAASAEYELEKRVEKLELFPVELEKDEDGLGISIIGMGVGADAGLEKLGIFVKTVTEGGAAQRDGRIQVNDQIVEVDGISLVGVTQNFAATVLRNTKGNVRFVIGREKPGQVSEVAQLISQTLEQERRQRELLEQHYAQYDADDDETGEYATDEEEDEVGPVLPGSDMAIEVFELPENEDMFSPSELDTSKLSHKFKELQIKHAVTEAEIQKLKTKLQAAENEKVRWELEKTQLQQNIEENKERMLKLESYWIEAQTLCHTVNEHLKETQSQYQALEKKYNKAKKLIKDFQQKELDFIKRQEAERKKIEDLEKAHLVEVQGLQVRIRDLEAEVFRLLKQNGTQVNNNNNIFERRTSLGEVSKGDTMENLDGKQTSCQDGLSQDLNEAVPETERLDSKALKTRAQLSVKNRRQRPSRTRLYDSVSSTDGEDSLERKGLRTSSPESDSGVPPLTPVDSNVPFSSDHIAEFQEEPLDPEMGPLSSMWGDTSLFSTSKSDHDVEESPCHHQTTNKKILREKDDAKDPKSLRASSSLAVQGGKIKRKFVDLGAPLRRNSSKGKKWKEKEKEASRFSAGSRIFRGRLENWTPKPCSTAQTSTRSPCMPFSWFNDSRKGSYSFRNLPAPTSSLQPSPETLISDKKGSKNFTFNDDFSPSSTSSADLSGLGAEPKTPGLSQSLALSSDEILDDGQSPKHSQCQNRAVQEWSVQQVSHWLMSLNLEQYVSEFSAQNITGEQLLQLDGNKLKALGMTASQDRAVVKKKLKEMKMSLEKARKAQEKMEKQREKLRRKEQEQMQRKSKKTEKMTSTTAEGAGEQ 2 1 2 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ELFPVELEKDEDGLGISIIGMGVGADAGLEKLGIFVKTVTEGGAAQRDGRIQVNDQIVEVDGISLVGVTQNFAATVLRNTKGNVRFVIGRE--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 2fn5.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 1' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . GLU 501 501 ? A 7.818 -11.681 -2.000 1 1 A GLU 0.530 1 ATOM 2 C CA . GLU 501 501 ? A 6.738 -11.827 -3.024 1 1 A GLU 0.530 1 ATOM 3 C C . GLU 501 501 ? A 6.258 -10.456 -3.469 1 1 A GLU 0.530 1 ATOM 4 O O . GLU 501 501 ? A 6.165 -9.564 -2.629 1 1 A GLU 0.530 1 ATOM 5 C CB . GLU 501 501 ? A 5.609 -12.640 -2.324 1 1 A GLU 0.530 1 ATOM 6 C CG . GLU 501 501 ? A 4.363 -13.009 -3.169 1 1 A GLU 0.530 1 ATOM 7 C CD . GLU 501 501 ? A 3.170 -13.462 -2.320 1 1 A GLU 0.530 1 ATOM 8 O OE1 . GLU 501 501 ? A 2.991 -12.924 -1.196 1 1 A GLU 0.530 1 ATOM 9 O OE2 . GLU 501 501 ? A 2.340 -14.271 -2.803 1 1 A GLU 0.530 1 ATOM 10 N N . LEU 502 502 ? A 5.973 -10.198 -4.756 1 1 A LEU 0.610 1 ATOM 11 C CA . LEU 502 502 ? A 5.311 -8.972 -5.177 1 1 A LEU 0.610 1 ATOM 12 C C . LEU 502 502 ? A 3.955 -9.430 -5.659 1 1 A LEU 0.610 1 ATOM 13 O O . LEU 502 502 ? A 3.843 -10.135 -6.661 1 1 A LEU 0.610 1 ATOM 14 C CB . LEU 502 502 ? A 5.998 -8.207 -6.341 1 1 A LEU 0.610 1 ATOM 15 C CG . LEU 502 502 ? A 7.443 -7.689 -6.130 1 1 A LEU 0.610 1 ATOM 16 C CD1 . LEU 502 502 ? A 7.658 -6.919 -4.820 1 1 A LEU 0.610 1 ATOM 17 C CD2 . LEU 502 502 ? A 8.522 -8.768 -6.309 1 1 A LEU 0.610 1 ATOM 18 N N . PHE 503 503 ? A 2.899 -9.101 -4.913 1 1 A PHE 0.690 1 ATOM 19 C CA . PHE 503 503 ? A 1.605 -9.711 -5.083 1 1 A PHE 0.690 1 ATOM 20 C C . PHE 503 503 ? A 0.529 -8.681 -5.403 1 1 A PHE 0.690 1 ATOM 21 O O . PHE 503 503 ? A 0.501 -7.619 -4.776 1 1 A PHE 0.690 1 ATOM 22 C CB . PHE 503 503 ? A 1.219 -10.552 -3.832 1 1 A PHE 0.690 1 ATOM 23 C CG . PHE 503 503 ? A 1.355 -9.842 -2.497 1 1 A PHE 0.690 1 ATOM 24 C CD1 . PHE 503 503 ? A 0.262 -9.146 -1.958 1 1 A PHE 0.690 1 ATOM 25 C CD2 . PHE 503 503 ? A 2.521 -9.963 -1.713 1 1 A PHE 0.690 1 ATOM 26 C CE1 . PHE 503 503 ? A 0.308 -8.626 -0.658 1 1 A PHE 0.690 1 ATOM 27 C CE2 . PHE 503 503 ? A 2.570 -9.459 -0.406 1 1 A PHE 0.690 1 ATOM 28 C CZ . PHE 503 503 ? A 1.455 -8.801 0.122 1 1 A PHE 0.690 1 ATOM 29 N N . PRO 504 504 ? A -0.388 -8.902 -6.345 1 1 A PRO 0.800 1 ATOM 30 C CA . PRO 504 504 ? A -1.550 -8.051 -6.489 1 1 A PRO 0.800 1 ATOM 31 C C . PRO 504 504 ? A -2.652 -8.459 -5.528 1 1 A PRO 0.800 1 ATOM 32 O O . PRO 504 504 ? A -2.993 -9.635 -5.405 1 1 A PRO 0.800 1 ATOM 33 C CB . PRO 504 504 ? A -1.980 -8.277 -7.945 1 1 A PRO 0.800 1 ATOM 34 C CG . PRO 504 504 ? A -1.613 -9.740 -8.213 1 1 A PRO 0.800 1 ATOM 35 C CD . PRO 504 504 ? A -0.355 -9.958 -7.362 1 1 A PRO 0.800 1 ATOM 36 N N . VAL 505 505 ? A -3.264 -7.482 -4.855 1 1 A VAL 0.770 1 ATOM 37 C CA . VAL 505 505 ? A -4.469 -7.670 -4.090 1 1 A VAL 0.770 1 ATOM 38 C C . VAL 505 505 ? A -5.505 -6.779 -4.742 1 1 A VAL 0.770 1 ATOM 39 O O . VAL 505 505 ? A -5.420 -5.556 -4.666 1 1 A VAL 0.770 1 ATOM 40 C CB . VAL 505 505 ? A -4.314 -7.223 -2.638 1 1 A VAL 0.770 1 ATOM 41 C CG1 . VAL 505 505 ? A -5.569 -7.592 -1.833 1 1 A VAL 0.770 1 ATOM 42 C CG2 . VAL 505 505 ? A -3.084 -7.870 -1.987 1 1 A VAL 0.770 1 ATOM 43 N N . GLU 506 506 ? A -6.517 -7.361 -5.418 1 1 A GLU 0.710 1 ATOM 44 C CA . GLU 506 506 ? A -7.635 -6.581 -5.912 1 1 A GLU 0.710 1 ATOM 45 C C . GLU 506 506 ? A -8.702 -6.572 -4.841 1 1 A GLU 0.710 1 ATOM 46 O O . GLU 506 506 ? A -9.452 -7.528 -4.651 1 1 A GLU 0.710 1 ATOM 47 C CB . GLU 506 506 ? A -8.188 -7.050 -7.274 1 1 A GLU 0.710 1 ATOM 48 C CG . GLU 506 506 ? A -9.181 -6.030 -7.884 1 1 A GLU 0.710 1 ATOM 49 C CD . GLU 506 506 ? A -9.547 -6.375 -9.318 1 1 A GLU 0.710 1 ATOM 50 O OE1 . GLU 506 506 ? A -10.419 -7.240 -9.543 1 1 A GLU 0.710 1 ATOM 51 O OE2 . GLU 506 506 ? A -8.928 -5.773 -10.235 1 1 A GLU 0.710 1 ATOM 52 N N . LEU 507 507 ? A -8.733 -5.488 -4.062 1 1 A LEU 0.700 1 ATOM 53 C CA . LEU 507 507 ? A -9.544 -5.356 -2.882 1 1 A LEU 0.700 1 ATOM 54 C C . LEU 507 507 ? A -10.850 -4.721 -3.306 1 1 A LEU 0.700 1 ATOM 55 O O . LEU 507 507 ? A -10.833 -3.697 -3.982 1 1 A LEU 0.700 1 ATOM 56 C CB . LEU 507 507 ? A -8.815 -4.409 -1.904 1 1 A LEU 0.700 1 ATOM 57 C CG . LEU 507 507 ? A -9.062 -4.595 -0.391 1 1 A LEU 0.700 1 ATOM 58 C CD1 . LEU 507 507 ? A -10.540 -4.685 0.005 1 1 A LEU 0.700 1 ATOM 59 C CD2 . LEU 507 507 ? A -8.269 -5.789 0.153 1 1 A LEU 0.700 1 ATOM 60 N N . GLU 508 508 ? A -12.007 -5.286 -2.928 1 1 A GLU 0.630 1 ATOM 61 C CA . GLU 508 508 ? A -13.278 -4.640 -3.155 1 1 A GLU 0.630 1 ATOM 62 C C . GLU 508 508 ? A -13.705 -3.878 -1.903 1 1 A GLU 0.630 1 ATOM 63 O O . GLU 508 508 ? A -14.158 -4.435 -0.910 1 1 A GLU 0.630 1 ATOM 64 C CB . GLU 508 508 ? A -14.339 -5.668 -3.584 1 1 A GLU 0.630 1 ATOM 65 C CG . GLU 508 508 ? A -15.626 -5.009 -4.115 1 1 A GLU 0.630 1 ATOM 66 C CD . GLU 508 508 ? A -16.484 -6.035 -4.841 1 1 A GLU 0.630 1 ATOM 67 O OE1 . GLU 508 508 ? A -17.092 -6.896 -4.157 1 1 A GLU 0.630 1 ATOM 68 O OE2 . GLU 508 508 ? A -16.509 -5.966 -6.100 1 1 A GLU 0.630 1 ATOM 69 N N . LYS 509 509 ? A -13.512 -2.546 -1.904 1 1 A LYS 0.510 1 ATOM 70 C CA . LYS 509 509 ? A -13.892 -1.646 -0.834 1 1 A LYS 0.510 1 ATOM 71 C C . LYS 509 509 ? 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A -18.018 3.018 1.902 1 1 A ASP 0.590 1 ATOM 86 N N . GLU 511 511 ? A -17.834 2.570 -0.910 1 1 A GLU 0.500 1 ATOM 87 C CA . GLU 511 511 ? A -18.026 3.737 -1.741 1 1 A GLU 0.500 1 ATOM 88 C C . GLU 511 511 ? A -17.259 4.960 -1.254 1 1 A GLU 0.500 1 ATOM 89 O O . GLU 511 511 ? A -16.879 5.815 -2.062 1 1 A GLU 0.500 1 ATOM 90 C CB . GLU 511 511 ? A -19.534 4.071 -1.924 1 1 A GLU 0.500 1 ATOM 91 C CG . GLU 511 511 ? A -20.361 4.325 -0.641 1 1 A GLU 0.500 1 ATOM 92 C CD . GLU 511 511 ? A -21.831 4.560 -0.994 1 1 A GLU 0.500 1 ATOM 93 O OE1 . GLU 511 511 ? A -22.131 5.656 -1.539 1 1 A GLU 0.500 1 ATOM 94 O OE2 . GLU 511 511 ? A -22.659 3.645 -0.751 1 1 A GLU 0.500 1 ATOM 95 N N . ASP 512 512 ? A -16.949 5.030 0.059 1 1 A ASP 0.510 1 ATOM 96 C CA . ASP 512 512 ? A -16.065 6.004 0.683 1 1 A ASP 0.510 1 ATOM 97 C C . ASP 512 512 ? A -14.661 5.888 0.114 1 1 A ASP 0.510 1 ATOM 98 O O . ASP 512 512 ? A -13.992 6.868 -0.242 1 1 A ASP 0.510 1 ATOM 99 C CB . ASP 512 512 ? 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.609 2 1 3 0.033 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 501 GLU 1 0.530 2 1 A 502 LEU 1 0.610 3 1 A 503 PHE 1 0.690 4 1 A 504 PRO 1 0.800 5 1 A 505 VAL 1 0.770 6 1 A 506 GLU 1 0.710 7 1 A 507 LEU 1 0.700 8 1 A 508 GLU 1 0.630 9 1 A 509 LYS 1 0.510 10 1 A 510 ASP 1 0.590 11 1 A 511 GLU 1 0.500 12 1 A 512 ASP 1 0.510 13 1 A 513 GLY 1 0.560 14 1 A 514 LEU 1 0.550 15 1 A 515 GLY 1 0.540 16 1 A 516 ILE 1 0.550 17 1 A 517 SER 1 0.620 18 1 A 518 ILE 1 0.650 19 1 A 519 ILE 1 0.680 20 1 A 520 GLY 1 0.630 21 1 A 521 MET 1 0.480 22 1 A 522 GLY 1 0.490 23 1 A 523 VAL 1 0.380 24 1 A 524 GLY 1 0.340 25 1 A 525 ALA 1 0.340 26 1 A 526 ASP 1 0.260 27 1 A 527 ALA 1 0.220 28 1 A 528 GLY 1 0.230 29 1 A 529 LEU 1 0.260 30 1 A 530 GLU 1 0.310 31 1 A 531 LYS 1 0.400 32 1 A 532 LEU 1 0.460 33 1 A 533 GLY 1 0.540 34 1 A 534 ILE 1 0.680 35 1 A 535 PHE 1 0.680 36 1 A 536 VAL 1 0.660 37 1 A 537 LYS 1 0.660 38 1 A 538 THR 1 0.660 39 1 A 539 VAL 1 0.640 40 1 A 540 THR 1 0.660 41 1 A 541 GLU 1 0.560 42 1 A 542 GLY 1 0.520 43 1 A 543 GLY 1 0.530 44 1 A 544 ALA 1 0.560 45 1 A 545 ALA 1 0.580 46 1 A 546 GLN 1 0.560 47 1 A 547 ARG 1 0.510 48 1 A 548 ASP 1 0.590 49 1 A 549 GLY 1 0.620 50 1 A 550 ARG 1 0.620 51 1 A 551 ILE 1 0.610 52 1 A 552 GLN 1 0.650 53 1 A 553 VAL 1 0.650 54 1 A 554 ASN 1 0.570 55 1 A 555 ASP 1 0.730 56 1 A 556 GLN 1 0.670 57 1 A 557 ILE 1 0.730 58 1 A 558 VAL 1 0.760 59 1 A 559 GLU 1 0.750 60 1 A 560 VAL 1 0.790 61 1 A 561 ASP 1 0.750 62 1 A 562 GLY 1 0.760 63 1 A 563 ILE 1 0.700 64 1 A 564 SER 1 0.640 65 1 A 565 LEU 1 0.590 66 1 A 566 VAL 1 0.610 67 1 A 567 GLY 1 0.670 68 1 A 568 VAL 1 0.680 69 1 A 569 THR 1 0.610 70 1 A 570 GLN 1 0.640 71 1 A 571 ASN 1 0.720 72 1 A 572 PHE 1 0.740 73 1 A 573 ALA 1 0.750 74 1 A 574 ALA 1 0.720 75 1 A 575 THR 1 0.710 76 1 A 576 VAL 1 0.690 77 1 A 577 LEU 1 0.680 78 1 A 578 ARG 1 0.650 79 1 A 579 ASN 1 0.620 80 1 A 580 THR 1 0.710 81 1 A 581 LYS 1 0.620 82 1 A 582 GLY 1 0.590 83 1 A 583 ASN 1 0.720 84 1 A 584 VAL 1 0.780 85 1 A 585 ARG 1 0.720 86 1 A 586 PHE 1 0.710 87 1 A 587 VAL 1 0.760 88 1 A 588 ILE 1 0.760 89 1 A 589 GLY 1 0.640 90 1 A 590 ARG 1 0.640 91 1 A 591 GLU 1 0.570 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #