data_SMR-bdba79e6efb4dbe0cffeee7f4673ab08_2 _entry.id SMR-bdba79e6efb4dbe0cffeee7f4673ab08_2 _struct.entry_id SMR-bdba79e6efb4dbe0cffeee7f4673ab08_2 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q8NFU7 (isoform 2)/ TET1_HUMAN, Methylcytosine dioxygenase TET1 Estimated model accuracy of this model is 0.051, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q8NFU7 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' ZN non-polymer 'ZINC ION' Zn 65.380 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 166444.336 1 . 2 non-polymer man 'ZINC ION' 65.380 2 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP TET1_HUMAN Q8NFU7 1 ;MSRSRHARPSRLVRKEDVNKKKKNSQLRKTTKGANKNVASVKTLSPGKLKQLIQERDVKKKTEPKPPVPV RSLLTRAGAARMNLDRTEVLFQNPESLTCNGFTMALRSTSLSRRLSQPPLVVAKSKKVPLSKGLEKQHDC DYKILPALGVKHSENDSVPMQDTQVLPDIETLIGVQNPSLLKGKSQETTQFWSQRVEDSKINIPTHSGPA AEILPGPLEGTRCGEGLFSEETLNDTSGSPKMFAQDTVCAPFPQRATPKVTSQGNPSIQLEELGSRVESL KLSDSYLDPIKSEHDCYPTSSLNKVIPDLNLRNCLALGGSTSPTSVIKFLLAGSKQATLGAKPDHQEAFE ATANQQEVSDTTSFLGQAFGAIPHQWELPGADPVHGEALGETPDLPEIPGAIPVQGEVFGTILDQQETLG MSGSVVPDLPVFLPVPPNPIATFNAPSKWPEPQSTVSYGLAVQGAIQILPLGSGHTPQSSSNSEKNSLPP VMAISNVENEKQVHISFLPANTQGFPLAPERGLFHASLGIAQLSQAGPSKSDRGSSQVSVTSTVHVVNTT VVTMPVPMVSTSSSSYTTLLPTLEKKKRKRCGVCEPCQQKTNCGECTYCKNRKNSHQICKKRKCEELKKK PSVVVPLEVIKENKRPQREKKPKVLKVLRRSSDEEKVLCLVRQRTGHHCPTAVMVVLIMVWDGIPLPMAD RLYTELTENLKSYNGHPTDRRCTLNENRTCTCQGIDPETCGASFSFGCSWSMYFNGCKFGRSPSPRRFRI DPSSPLHEKNLEDNLQSLATRLAPIYKQYAPVAYQNQVEYENVARECRLGSKEGRPFSGVTACLDFCAHP HRDIHNMNNGSTVVCTLTREDNRSLGVIPQDEQLHVLPLYKLSDTDEFGSKEGMEAKIKSGAIEVLAPRR KKRTCFTQPVPRSGKKRAAMMTEVLAHKIRAVEKKPIPRIKRKNNSTTTNNSKPSSLPTLGSNTETVQPE VKSETEPHFILKSSDNTKTYSLMPSAPHPVKEASPGFSWSPKTASATPAPLKNDATASCGFSERSSTPHC TMPSGRLSGANAAAADGPGISQLGEVAPLPTLSAPVMEPLINSEPSTGVTEPLTPHQPNHQPSFLTSPQD LASSPMEEDEQHSEADEPPSDEPLSDDPLSPAEEKLPHIDEYWSDSEHIFLDANIGGVAIAPAHGSVLIE CARRELHATTPVEHPNRNHPTRLSLVFYQHKNLNKPQHGFELNKIKFEAKEAKNKKMKASEQKDQAANEG PEQSSEVNELNQIPSHKALTLTHDNVVTVSPYALTHVAGPYNHWV ; 'Methylcytosine dioxygenase TET1' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1305 1 1305 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . TET1_HUMAN Q8NFU7 Q8NFU7-2 1 1305 9606 'Homo sapiens (Human)' 2006-10-03 FAE49AB0FC141ED3 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no C ;MSRSRHARPSRLVRKEDVNKKKKNSQLRKTTKGANKNVASVKTLSPGKLKQLIQERDVKKKTEPKPPVPV RSLLTRAGAARMNLDRTEVLFQNPESLTCNGFTMALRSTSLSRRLSQPPLVVAKSKKVPLSKGLEKQHDC DYKILPALGVKHSENDSVPMQDTQVLPDIETLIGVQNPSLLKGKSQETTQFWSQRVEDSKINIPTHSGPA AEILPGPLEGTRCGEGLFSEETLNDTSGSPKMFAQDTVCAPFPQRATPKVTSQGNPSIQLEELGSRVESL KLSDSYLDPIKSEHDCYPTSSLNKVIPDLNLRNCLALGGSTSPTSVIKFLLAGSKQATLGAKPDHQEAFE ATANQQEVSDTTSFLGQAFGAIPHQWELPGADPVHGEALGETPDLPEIPGAIPVQGEVFGTILDQQETLG MSGSVVPDLPVFLPVPPNPIATFNAPSKWPEPQSTVSYGLAVQGAIQILPLGSGHTPQSSSNSEKNSLPP VMAISNVENEKQVHISFLPANTQGFPLAPERGLFHASLGIAQLSQAGPSKSDRGSSQVSVTSTVHVVNTT VVTMPVPMVSTSSSSYTTLLPTLEKKKRKRCGVCEPCQQKTNCGECTYCKNRKNSHQICKKRKCEELKKK 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KLSDSYLDPIKSEHDCYPTSSLNKVIPDLNLRNCLALGGSTSPTSVIKFLLAGSKQATLGAKPDHQEAFE ATANQQEVSDTTSFLGQAFGAIPHQWELPGADPVHGEALGETPDLPEIPGAIPVQGEVFGTILDQQETLG MSGSVVPDLPVFLPVPPNPIATFNAPSKWPEPQSTVSYGLAVQGAIQILPLGSGHTPQSSSNSEKNSLPP VMAISNVENEKQVHISFLPANTQGFPLAPERGLFHASLGIAQLSQAGPSKSDRGSSQVSVTSTVHVVNTT VVTMPVPMVSTSSSSYTTLLPTLEKKKRKRCGVCEPCQQKTNCGECTYCKNRKNSHQICKKRKCEELKKK PSVVVPLEVIKENKRPQREKKPKVLKVLRRSSDEEKVLCLVRQRTGHHCPTAVMVVLIMVWDGIPLPMAD RLYTELTENLKSYNGHPTDRRCTLNENRTCTCQGIDPETCGASFSFGCSWSMYFNGCKFGRSPSPRRFRI DPSSPLHEKNLEDNLQSLATRLAPIYKQYAPVAYQNQVEYENVARECRLGSKEGRPFSGVTACLDFCAHP HRDIHNMNNGSTVVCTLTREDNRSLGVIPQDEQLHVLPLYKLSDTDEFGSKEGMEAKIKSGAIEVLAPRR KKRTCFTQPVPRSGKKRAAMMTEVLAHKIRAVEKKPIPRIKRKNNSTTTNNSKPSSLPTLGSNTETVQPE VKSETEPHFILKSSDNTKTYSLMPSAPHPVKEASPGFSWSPKTASATPAPLKNDATASCGFSERSSTPHC TMPSGRLSGANAAAADGPGISQLGEVAPLPTLSAPVMEPLINSEPSTGVTEPLTPHQPNHQPSFLTSPQD LASSPMEEDEQHSEADEPPSDEPLSDDPLSPAEEKLPHIDEYWSDSEHIFLDANIGGVAIAPAHGSVLIE CARRELHATTPVEHPNRNHPTRLSLVFYQHKNLNKPQHGFELNKIKFEAKEAKNKKMKASEQKDQAANEG PEQSSEVNELNQIPSHKALTLTHDNVVTVSPYALTHVAGPYNHWV ; # # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id _pdbx_entity_nonpoly.ma_model_mode 2 'ZINC ION' ZN implicit # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 SER . 1 3 ARG . 1 4 SER . 1 5 ARG . 1 6 HIS . 1 7 ALA . 1 8 ARG . 1 9 PRO . 1 10 SER . 1 11 ARG . 1 12 LEU . 1 13 VAL . 1 14 ARG . 1 15 LYS . 1 16 GLU . 1 17 ASP . 1 18 VAL . 1 19 ASN . 1 20 LYS . 1 21 LYS . 1 22 LYS . 1 23 LYS . 1 24 ASN . 1 25 SER . 1 26 GLN . 1 27 LEU . 1 28 ARG . 1 29 LYS . 1 30 THR . 1 31 THR . 1 32 LYS . 1 33 GLY . 1 34 ALA . 1 35 ASN . 1 36 LYS . 1 37 ASN . 1 38 VAL . 1 39 ALA . 1 40 SER . 1 41 VAL . 1 42 LYS . 1 43 THR . 1 44 LEU . 1 45 SER . 1 46 PRO . 1 47 GLY . 1 48 LYS . 1 49 LEU . 1 50 LYS . 1 51 GLN . 1 52 LEU . 1 53 ILE . 1 54 GLN . 1 55 GLU . 1 56 ARG . 1 57 ASP . 1 58 VAL . 1 59 LYS . 1 60 LYS . 1 61 LYS . 1 62 THR . 1 63 GLU . 1 64 PRO . 1 65 LYS . 1 66 PRO . 1 67 PRO . 1 68 VAL . 1 69 PRO . 1 70 VAL . 1 71 ARG . 1 72 SER . 1 73 LEU . 1 74 LEU . 1 75 THR . 1 76 ARG . 1 77 ALA . 1 78 GLY . 1 79 ALA . 1 80 ALA . 1 81 ARG . 1 82 MET . 1 83 ASN . 1 84 LEU . 1 85 ASP . 1 86 ARG . 1 87 THR . 1 88 GLU . 1 89 VAL . 1 90 LEU . 1 91 PHE . 1 92 GLN . 1 93 ASN . 1 94 PRO . 1 95 GLU . 1 96 SER . 1 97 LEU . 1 98 THR . 1 99 CYS . 1 100 ASN . 1 101 GLY . 1 102 PHE . 1 103 THR . 1 104 MET . 1 105 ALA . 1 106 LEU . 1 107 ARG . 1 108 SER . 1 109 THR . 1 110 SER . 1 111 LEU . 1 112 SER . 1 113 ARG . 1 114 ARG . 1 115 LEU . 1 116 SER . 1 117 GLN . 1 118 PRO . 1 119 PRO . 1 120 LEU . 1 121 VAL . 1 122 VAL . 1 123 ALA . 1 124 LYS . 1 125 SER . 1 126 LYS . 1 127 LYS . 1 128 VAL . 1 129 PRO . 1 130 LEU . 1 131 SER . 1 132 LYS . 1 133 GLY . 1 134 LEU . 1 135 GLU . 1 136 LYS . 1 137 GLN . 1 138 HIS . 1 139 ASP . 1 140 CYS . 1 141 ASP . 1 142 TYR . 1 143 LYS . 1 144 ILE . 1 145 LEU . 1 146 PRO . 1 147 ALA . 1 148 LEU . 1 149 GLY . 1 150 VAL 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C 2 ZN 1 2 2 ZN '_' . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'LOC100036628 protein {PDB ID=4hp1, label_asym_id=C, auth_asym_id=C, SMTL ID=4hp1.1.C}' 'template structure' . 2 'ZINC ION {PDB ID=4hp1, label_asym_id=D, auth_asym_id=C, SMTL ID=4hp1.1._.1}' 'template structure' . 3 'ZINC ION {PDB ID=4hp1, label_asym_id=E, auth_asym_id=C, SMTL ID=4hp1.1._.2}' 'template structure' . 4 . target . 5 'ZINC ION' target . 6 'Target-template alignment by HHblits to 4hp1, label_asym_id=C' 'target-template alignment' . 7 'model 2' 'model coordinates' . 8 SMTL 'reference database' . 9 PDB 'reference database' . 10 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 4 2 1 8 3 1 9 4 2 10 5 3 4 6 3 5 7 3 1 8 3 2 9 3 3 10 3 6 11 4 1 12 4 2 13 4 3 14 4 6 15 4 5 16 5 7 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 8 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-27 9 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-22 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 4 'reference database' 2 5 . # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . B 2 . C 2 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A C 2 1 C 2 2 'reference database' non-polymer 1 2 B D 3 1 C 3 3 'reference database' non-polymer 1 3 C E 3 1 C # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MHHHHHHSSGRENLYFQGSNKKRKRCGVCVPCLRKEPCGACYNCVNRSTSHQICKMRKCEQLKKKRVVPM KG ; ;MHHHHHHSSGRENLYFQGSNKKRKRCGVCVPCLRKEPCGACYNCVNRSTSHQICKMRKCEQLKKKRVVPM KG ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 19 68 # # loop_ _ma_template_non_poly.template_id _ma_template_non_poly.comp_id _ma_template_non_poly.details 2 ZN 'ZINC ION' 3 ZN 'ZINC ION' # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 4hp1 2024-04-03 2 PDB . 4hp1 2024-04-03 3 PDB . 4hp1 2024-04-03 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1305 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 6 1 1305 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 1.2e-12 66.000 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MSRSRHARPSRLVRKEDVNKKKKNSQLRKTTKGANKNVASVKTLSPGKLKQLIQERDVKKKTEPKPPVPVRSLLTRAGAARMNLDRTEVLFQNPESLTCNGFTMALRSTSLSRRLSQPPLVVAKSKKVPLSKGLEKQHDCDYKILPALGVKHSENDSVPMQDTQVLPDIETLIGVQNPSLLKGKSQETTQFWSQRVEDSKINIPTHSGPAAEILPGPLEGTRCGEGLFSEETLNDTSGSPKMFAQDTVCAPFPQRATPKVTSQGNPSIQLEELGSRVESLKLSDSYLDPIKSEHDCYPTSSLNKVIPDLNLRNCLALGGSTSPTSVIKFLLAGSKQATLGAKPDHQEAFEATANQQEVSDTTSFLGQAFGAIPHQWELPGADPVHGEALGETPDLPEIPGAIPVQGEVFGTILDQQETLGMSGSVVPDLPVFLPVPPNPIATFNAPSKWPEPQSTVSYGLAVQGAIQILPLGSGHTPQSSSNSEKNSLPPVMAISNVENEKQVHISFLPANTQGFPLAPERGLFHASLGIAQLSQAGPSKSDRGSSQVSVTSTVHVVNTTVVTMPVPMVSTSSSSYTTLLPTLEKKKRKRCGVCEPCQQKTNCGECTYCKNRKNSHQICKKRKCEELKKKPSVVVPLEVIKENKRPQREKKPKVLKVLRRSSDEEKVLCLVRQRTGHHCPTAVMVVLIMVWDGIPLPMADRLYTELTENLKSYNGHPTDRRCTLNENRTCTCQGIDPETCGASFSFGCSWSMYFNGCKFGRSPSPRRFRIDPSSPLHEKNLEDNLQSLATRLAPIYKQYAPVAYQNQVEYENVARECRLGSKEGRPFSGVTACLDFCAHPHRDIHNMNNGSTVVCTLTREDNRSLGVIPQDEQLHVLPLYKLSDTDEFGSKEGMEAKIKSGAIEVLAPRRKKRTCFTQPVPRSGKKRAAMMTEVLAHKIRAVEKKPIPRIKRKNNSTTTNNSKPSSLPTLGSNTETVQPEVKSETEPHFILKSSDNTKTYSLMPSAPHPVKEASPGFSWSPKTASATPAPLKNDATASCGFSERSSTPHCTMPSGRLSGANAAAADGPGISQLGEVAPLPTLSAPVMEPLINSEPSTGVTEPLTPHQPNHQPSFLTSPQDLASSPMEEDEQHSEADEPPSDEPLSDDPLSPAEEKLPHIDEYWSDSEHIFLDANIGGVAIAPAHGSVLIECARRELHATTPVEHPNRNHPTRLSLVFYQHKNLNKPQHGFELNKIKFEAKEAKNKKMKASEQKDQAANEGPEQSSEVNELNQIPSHKALTLTHDNVVTVSPYALTHVAGPYNHWV 2 1 2 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------SNKKRKRCGVCVPCLRKEPCGACYNCVNRSTSHQICKMRKCEQLKKKRVV------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 4hp1.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 2' . 7 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . LYS 585 585 ? A 24.115 -18.459 10.797 1 1 C LYS 0.320 1 ATOM 2 C CA . LYS 585 585 ? A 23.147 -18.211 11.918 1 1 C LYS 0.320 1 ATOM 3 C C . LYS 585 585 ? A 22.080 -17.234 11.476 1 1 C LYS 0.320 1 ATOM 4 O O . LYS 585 585 ? A 22.065 -16.836 10.321 1 1 C LYS 0.320 1 ATOM 5 C CB . LYS 585 585 ? A 23.892 -17.718 13.185 1 1 C LYS 0.320 1 ATOM 6 C CG . LYS 585 585 ? A 24.749 -18.808 13.848 1 1 C LYS 0.320 1 ATOM 7 C CD . LYS 585 585 ? A 25.434 -18.319 15.136 1 1 C LYS 0.320 1 ATOM 8 C CE . LYS 585 585 ? A 26.272 -19.412 15.810 1 1 C LYS 0.320 1 ATOM 9 N NZ . LYS 585 585 ? A 26.943 -18.888 17.020 1 1 C LYS 0.320 1 ATOM 10 N N . LYS 586 586 ? A 21.154 -16.865 12.376 1 1 C LYS 0.540 1 ATOM 11 C CA . LYS 586 586 ? A 20.074 -15.956 12.080 1 1 C LYS 0.540 1 ATOM 12 C C . LYS 586 586 ? A 20.274 -14.734 12.938 1 1 C LYS 0.540 1 ATOM 13 O O . LYS 586 586 ? A 21.168 -14.679 13.771 1 1 C LYS 0.540 1 ATOM 14 C CB . LYS 586 586 ? A 18.703 -16.578 12.428 1 1 C LYS 0.540 1 ATOM 15 C CG . LYS 586 586 ? A 18.388 -17.789 11.547 1 1 C LYS 0.540 1 ATOM 16 C CD . LYS 586 586 ? A 17.002 -18.382 11.831 1 1 C LYS 0.540 1 ATOM 17 C CE . LYS 586 586 ? A 16.693 -19.577 10.927 1 1 C LYS 0.540 1 ATOM 18 N NZ . LYS 586 586 ? A 15.352 -20.121 11.230 1 1 C LYS 0.540 1 ATOM 19 N N . LYS 587 587 ? A 19.426 -13.714 12.717 1 1 C LYS 0.470 1 ATOM 20 C CA . LYS 587 587 ? A 19.393 -12.531 13.540 1 1 C LYS 0.470 1 ATOM 21 C C . LYS 587 587 ? A 19.055 -12.803 14.997 1 1 C LYS 0.470 1 ATOM 22 O O . LYS 587 587 ? A 18.240 -13.661 15.326 1 1 C LYS 0.470 1 ATOM 23 C CB . LYS 587 587 ? A 18.363 -11.503 13.028 1 1 C LYS 0.470 1 ATOM 24 C CG . LYS 587 587 ? A 18.335 -11.307 11.506 1 1 C LYS 0.470 1 ATOM 25 C CD . LYS 587 587 ? A 17.619 -10.015 11.051 1 1 C LYS 0.470 1 ATOM 26 C CE . LYS 587 587 ? A 16.557 -9.483 12.024 1 1 C LYS 0.470 1 ATOM 27 N NZ . LYS 587 587 ? A 15.800 -8.353 11.436 1 1 C LYS 0.470 1 ATOM 28 N N . ARG 588 588 ? A 19.683 -12.042 15.907 1 1 C ARG 0.450 1 ATOM 29 C CA . ARG 588 588 ? A 19.454 -12.182 17.323 1 1 C ARG 0.450 1 ATOM 30 C C . ARG 588 588 ? A 18.135 -11.570 17.752 1 1 C ARG 0.450 1 ATOM 31 O O . ARG 588 588 ? A 17.673 -10.573 17.196 1 1 C ARG 0.450 1 ATOM 32 C CB . ARG 588 588 ? A 20.600 -11.535 18.124 1 1 C ARG 0.450 1 ATOM 33 C CG . ARG 588 588 ? A 21.968 -12.202 17.887 1 1 C ARG 0.450 1 ATOM 34 C CD . ARG 588 588 ? A 23.094 -11.654 18.771 1 1 C ARG 0.450 1 ATOM 35 N NE . ARG 588 588 ? A 23.265 -10.216 18.403 1 1 C ARG 0.450 1 ATOM 36 C CZ . ARG 588 588 ? A 24.063 -9.370 19.064 1 1 C ARG 0.450 1 ATOM 37 N NH1 . ARG 588 588 ? A 24.109 -8.079 18.743 1 1 C ARG 0.450 1 ATOM 38 N NH2 . ARG 588 588 ? A 24.828 -9.751 20.082 1 1 C ARG 0.450 1 ATOM 39 N N . LYS 589 589 ? A 17.509 -12.161 18.781 1 1 C LYS 0.590 1 ATOM 40 C CA . LYS 589 589 ? A 16.306 -11.640 19.373 1 1 C LYS 0.590 1 ATOM 41 C C . LYS 589 589 ? A 16.652 -11.015 20.707 1 1 C LYS 0.590 1 ATOM 42 O O . LYS 589 589 ? A 17.691 -11.278 21.309 1 1 C LYS 0.590 1 ATOM 43 C CB . LYS 589 589 ? A 15.237 -12.744 19.562 1 1 C LYS 0.590 1 ATOM 44 C CG . LYS 589 589 ? A 14.738 -13.312 18.223 1 1 C LYS 0.590 1 ATOM 45 C CD . LYS 589 589 ? A 13.646 -14.381 18.394 1 1 C LYS 0.590 1 ATOM 46 C CE . LYS 589 589 ? A 13.145 -14.945 17.061 1 1 C LYS 0.590 1 ATOM 47 N NZ . LYS 589 589 ? A 12.106 -15.975 17.296 1 1 C LYS 0.590 1 ATOM 48 N N . ARG 590 590 ? A 15.765 -10.139 21.199 1 1 C ARG 0.660 1 ATOM 49 C CA . ARG 590 590 ? A 15.785 -9.592 22.539 1 1 C ARG 0.660 1 ATOM 50 C C . ARG 590 590 ? A 15.721 -10.640 23.652 1 1 C ARG 0.660 1 ATOM 51 O O . ARG 590 590 ? A 15.136 -11.706 23.490 1 1 C ARG 0.660 1 ATOM 52 C CB . ARG 590 590 ? A 14.588 -8.627 22.690 1 1 C ARG 0.660 1 ATOM 53 C CG . ARG 590 590 ? A 13.226 -9.355 22.685 1 1 C ARG 0.660 1 ATOM 54 C CD . ARG 590 590 ? A 12.003 -8.456 22.493 1 1 C ARG 0.660 1 ATOM 55 N NE . ARG 590 590 ? A 11.759 -7.695 23.764 1 1 C ARG 0.660 1 ATOM 56 C CZ . ARG 590 590 ? A 11.080 -8.183 24.815 1 1 C ARG 0.660 1 ATOM 57 N NH1 . ARG 590 590 ? A 10.671 -9.447 24.881 1 1 C ARG 0.660 1 ATOM 58 N NH2 . ARG 590 590 ? A 10.807 -7.404 25.853 1 1 C ARG 0.660 1 ATOM 59 N N . CYS 591 591 ? A 16.347 -10.362 24.819 1 1 C CYS 0.770 1 ATOM 60 C CA . CYS 591 591 ? A 16.462 -11.327 25.901 1 1 C CYS 0.770 1 ATOM 61 C C . CYS 591 591 ? A 15.183 -11.532 26.708 1 1 C CYS 0.770 1 ATOM 62 O O . CYS 591 591 ? A 14.894 -12.615 27.196 1 1 C CYS 0.770 1 ATOM 63 C CB . CYS 591 591 ? A 17.700 -11.016 26.791 1 1 C CYS 0.770 1 ATOM 64 S SG . CYS 591 591 ? A 17.540 -9.613 27.931 1 1 C CYS 0.770 1 ATOM 65 N N . GLY 592 592 ? A 14.378 -10.460 26.868 1 1 C GLY 0.770 1 ATOM 66 C CA . GLY 592 592 ? A 13.126 -10.450 27.623 1 1 C GLY 0.770 1 ATOM 67 C C . GLY 592 592 ? A 13.232 -10.212 29.110 1 1 C GLY 0.770 1 ATOM 68 O O . GLY 592 592 ? A 12.217 -10.043 29.773 1 1 C GLY 0.770 1 ATOM 69 N N . VAL 593 593 ? A 14.464 -10.148 29.659 1 1 C VAL 0.730 1 ATOM 70 C CA . VAL 593 593 ? A 14.682 -10.199 31.096 1 1 C VAL 0.730 1 ATOM 71 C C . VAL 593 593 ? 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A 16.984 5.867 17.830 1 1 C TYR 0.710 1 ATOM 184 C CD1 . TYR 608 608 ? A 17.382 6.359 16.576 1 1 C TYR 0.710 1 ATOM 185 C CD2 . TYR 608 608 ? A 17.919 5.132 18.573 1 1 C TYR 0.710 1 ATOM 186 C CE1 . TYR 608 608 ? A 18.663 6.120 16.077 1 1 C TYR 0.710 1 ATOM 187 C CE2 . TYR 608 608 ? A 19.225 4.932 18.098 1 1 C TYR 0.710 1 ATOM 188 C CZ . TYR 608 608 ? A 19.592 5.428 16.844 1 1 C TYR 0.710 1 ATOM 189 O OH . TYR 608 608 ? A 20.872 5.204 16.309 1 1 C TYR 0.710 1 ATOM 190 N N . CYS 609 609 ? A 13.155 7.990 19.528 1 1 C CYS 0.790 1 ATOM 191 C CA . CYS 609 609 ? A 11.763 8.301 19.804 1 1 C CYS 0.790 1 ATOM 192 C C . CYS 609 609 ? A 11.289 9.603 19.194 1 1 C CYS 0.790 1 ATOM 193 O O . CYS 609 609 ? A 10.202 9.659 18.622 1 1 C CYS 0.790 1 ATOM 194 C CB . CYS 609 609 ? A 11.480 8.354 21.317 1 1 C CYS 0.790 1 ATOM 195 S SG . CYS 609 609 ? A 11.428 6.709 22.071 1 1 C CYS 0.790 1 ATOM 196 N N . LYS 610 610 ? A 12.107 10.674 19.267 1 1 C LYS 0.760 1 ATOM 197 C CA . LYS 610 610 ? 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #