data_SMR-3c9f98213878f4a8b12ba8475122fb2d_3 _entry.id SMR-3c9f98213878f4a8b12ba8475122fb2d_3 _struct.entry_id SMR-3c9f98213878f4a8b12ba8475122fb2d_3 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q6Y7W6 (isoform 3)/ GGYF2_HUMAN, GRB10-interacting GYF protein 2 Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q6Y7W6 (isoform 3)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 176373.644 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP GGYF2_HUMAN Q6Y7W6 1 ;MAAETQTLNFGPEWLRALSSGGSITSPPLSPALPKYKLADYRYGREEMLALFLKDNKIPSDLLDKEFLPI LQEEPLPPLALVPFTEEEQRNFSMSVNSAAVLRLTGRGGGGTVVGAPRGRSSSRGRGRGRGECGFYQRSF DEVEGVFGRGGGREMHRSQSWEERGDRRFEKPGRKDVGKKNGYYCMYSPVLLLGQPLCQGRPNFEEGGPT SVGRKHEFIRSESENWRIFREEQNGEDEDGGWRLAGSRRDGERWRPHSPDGPRSAGWREHMERRRRFEFD FRDRDDERGYRRVRSGSGSIDDDRDSLPEWCLEDAEEEMGTFDSSGAFLSLKKVQKEPIPEEQEMDFRPV DEGEECSDSEGSHNEEAKEPDKTNKKEGEKTDRVGVASEETPQTSSSSARPGTPSDHQSQEASQFERKDE PKTEQTEKAEEETRMENSLPAKVPSRGDEMVADVQQPLSQIPSDTASPLLILPPPVPNPSPTLRPVETPV VGAPGMGSVSTEPDDEEGLKHLEQQAEKMVAYLQDSALDDERLASKLQEHRAKGVSIPLMHEAMQKWYYK DPQGEIQGPFNNQEMAEWFQAGYFTMSLLVKRACDESFQPLGDIMKMWGRVPFSPGPAPPPHMGELDQER LTRQQELTALYQMQHLQYQQFLIQQQYAQVLAQQQKAALSSQQQQQLALLLQQFQTLKMRISDQNIIPSV TRSVSVPDTGSIWELQPTASQPTVWEGGSVWDLPLDTTTPGPALEQLQQLEKAKAAKLEQERREAEMRAK REEEERKRQEELRRQQEEILRRQQEEERKRREEEELARRKQEEALRRQREQEIALRRQREEEERQQQEEA LRRLEERRREEEERRKQEELLRKQEEEAAKWAREEEEAQRRLEENRLRMEEEAARLRHEEEERKRKELEV QRQKELMRQRQQQQEALRRLQQQQQQQQLAQMKLPSSSTWGQQSNTTACQSQATLSLAEIQKLEEERERQ LREEQRRQQRELMKALQQQQQQQQQKLSGWGNVSKPSGTTKSLLEIQQEEARQMQKQQQQQQQHQQPNRA RNNTHSNLHTSIGNSVWGSINTGPPNQWASDLVSSIWSNADTKNSNMGFWDDAVKEVGPRNSTNKNKNNA SLSKSVGVSNRQNKKVEEEEKLLKLFQGVNKAQDGFTQWCEQMLHALNTANNLDVPTFVSFLKEVESPYE VHDYIRAYLGDTSEAKEFAKQFLERRAKQKANQQRQQQQLPQQQQQQPPQQPPQQPQQQDSVWGMNHSTL HSVFQTNQSNNQQSNFEAVQSGKKKKKQKMVRADPSLLGFSVNASSERLNMGEIETLDDY ; 'GRB10-interacting GYF protein 2' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1320 1 1320 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . GGYF2_HUMAN Q6Y7W6 Q6Y7W6-3 1 1320 9606 'Homo sapiens (Human)' 2004-07-05 45DD5F3742C127FF # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no B ;MAAETQTLNFGPEWLRALSSGGSITSPPLSPALPKYKLADYRYGREEMLALFLKDNKIPSDLLDKEFLPI LQEEPLPPLALVPFTEEEQRNFSMSVNSAAVLRLTGRGGGGTVVGAPRGRSSSRGRGRGRGECGFYQRSF DEVEGVFGRGGGREMHRSQSWEERGDRRFEKPGRKDVGKKNGYYCMYSPVLLLGQPLCQGRPNFEEGGPT SVGRKHEFIRSESENWRIFREEQNGEDEDGGWRLAGSRRDGERWRPHSPDGPRSAGWREHMERRRRFEFD FRDRDDERGYRRVRSGSGSIDDDRDSLPEWCLEDAEEEMGTFDSSGAFLSLKKVQKEPIPEEQEMDFRPV DEGEECSDSEGSHNEEAKEPDKTNKKEGEKTDRVGVASEETPQTSSSSARPGTPSDHQSQEASQFERKDE PKTEQTEKAEEETRMENSLPAKVPSRGDEMVADVQQPLSQIPSDTASPLLILPPPVPNPSPTLRPVETPV VGAPGMGSVSTEPDDEEGLKHLEQQAEKMVAYLQDSALDDERLASKLQEHRAKGVSIPLMHEAMQKWYYK DPQGEIQGPFNNQEMAEWFQAGYFTMSLLVKRACDESFQPLGDIMKMWGRVPFSPGPAPPPHMGELDQER 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HSVFQTNQSNNQQSNFEAVQSGKKKKKQKMVRADPSLLGFSVNASSERLNMGEIETLDDY ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 ALA . 1 3 ALA . 1 4 GLU . 1 5 THR . 1 6 GLN . 1 7 THR . 1 8 LEU . 1 9 ASN . 1 10 PHE . 1 11 GLY . 1 12 PRO . 1 13 GLU . 1 14 TRP . 1 15 LEU . 1 16 ARG . 1 17 ALA . 1 18 LEU . 1 19 SER . 1 20 SER . 1 21 GLY . 1 22 GLY . 1 23 SER . 1 24 ILE . 1 25 THR . 1 26 SER . 1 27 PRO . 1 28 PRO . 1 29 LEU . 1 30 SER . 1 31 PRO . 1 32 ALA . 1 33 LEU . 1 34 PRO . 1 35 LYS . 1 36 TYR . 1 37 LYS . 1 38 LEU . 1 39 ALA . 1 40 ASP . 1 41 TYR . 1 42 ARG . 1 43 TYR . 1 44 GLY . 1 45 ARG . 1 46 GLU . 1 47 GLU . 1 48 MET . 1 49 LEU . 1 50 ALA . 1 51 LEU . 1 52 PHE . 1 53 LEU . 1 54 LYS . 1 55 ASP . 1 56 ASN . 1 57 LYS . 1 58 ILE . 1 59 PRO . 1 60 SER . 1 61 ASP . 1 62 LEU . 1 63 LEU . 1 64 ASP . 1 65 LYS . 1 66 GLU . 1 67 PHE . 1 68 LEU . 1 69 PRO . 1 70 ILE . 1 71 LEU . 1 72 GLN . 1 73 GLU . 1 74 GLU . 1 75 PRO . 1 76 LEU . 1 77 PRO . 1 78 PRO . 1 79 LEU . 1 80 ALA . 1 81 LEU . 1 82 VAL . 1 83 PRO . 1 84 PHE . 1 85 THR . 1 86 GLU . 1 87 GLU . 1 88 GLU . 1 89 GLN . 1 90 ARG . 1 91 ASN . 1 92 PHE . 1 93 SER . 1 94 MET . 1 95 SER . 1 96 VAL . 1 97 ASN . 1 98 SER . 1 99 ALA . 1 100 ALA . 1 101 VAL . 1 102 LEU . 1 103 ARG . 1 104 LEU . 1 105 THR . 1 106 GLY . 1 107 ARG . 1 108 GLY . 1 109 GLY . 1 110 GLY . 1 111 GLY . 1 112 THR . 1 113 VAL . 1 114 VAL . 1 115 GLY . 1 116 ALA . 1 117 PRO . 1 118 ARG . 1 119 GLY . 1 120 ARG . 1 121 SER . 1 122 SER . 1 123 SER . 1 124 ARG . 1 125 GLY . 1 126 ARG . 1 127 GLY . 1 128 ARG . 1 129 GLY . 1 130 ARG . 1 131 GLY . 1 132 GLU . 1 133 CYS . 1 134 GLY . 1 135 PHE . 1 136 TYR . 1 137 GLN . 1 138 ARG . 1 139 SER . 1 140 PHE . 1 141 ASP . 1 142 GLU . 1 143 VAL . 1 144 GLU . 1 145 GLY . 1 146 VAL . 1 147 PHE . 1 148 GLY . 1 149 ARG . 1 150 GLY . 1 151 GLY . 1 152 GLY . 1 153 ARG . 1 154 GLU . 1 155 MET . 1 156 HIS . 1 157 ARG . 1 158 SER . 1 159 GLN . 1 160 SER . 1 161 TRP . 1 162 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B . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'GRB10-interacting GYF protein 2 {PDB ID=5nvl, label_asym_id=D, auth_asym_id=D, SMTL ID=5nvl.2.B}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 5nvl, label_asym_id=D' 'target-template alignment' . 4 'model 3' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-27 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-22 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A D 2 1 D # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GPHMKYKLADYRYGREEMLALFLKDNKIPSDLLDKEFLPILQEEPLPPLALVPFTEEEQRNFSMSVNSAA VLRLT ; ;GPHMKYKLADYRYGREEMLALFLKDNKIPSDLLDKEFLPILQEEPLPPLALVPFTEEEQRNFSMSVNSAA VLRLT ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 5 75 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 5nvl 2024-01-17 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1320 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1320 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 6.5e-24 100.000 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MAAETQTLNFGPEWLRALSSGGSITSPPLSPALPKYKLADYRYGREEMLALFLKDNKIPSDLLDKEFLPILQEEPLPPLALVPFTEEEQRNFSMSVNSAAVLRLTGRGGGGTVVGAPRGRSSSRGRGRGRGECGFYQRSFDEVEGVFGRGGGREMHRSQSWEERGDRRFEKPGRKDVGKKNGYYCMYSPVLLLGQPLCQGRPNFEEGGPTSVGRKHEFIRSESENWRIFREEQNGEDEDGGWRLAGSRRDGERWRPHSPDGPRSAGWREHMERRRRFEFDFRDRDDERGYRRVRSGSGSIDDDRDSLPEWCLEDAEEEMGTFDSSGAFLSLKKVQKEPIPEEQEMDFRPVDEGEECSDSEGSHNEEAKEPDKTNKKEGEKTDRVGVASEETPQTSSSSARPGTPSDHQSQEASQFERKDEPKTEQTEKAEEETRMENSLPAKVPSRGDEMVADVQQPLSQIPSDTASPLLILPPPVPNPSPTLRPVETPVVGAPGMGSVSTEPDDEEGLKHLEQQAEKMVAYLQDSALDDERLASKLQEHRAKGVSIPLMHEAMQKWYYKDPQGEIQGPFNNQEMAEWFQAGYFTMSLLVKRACDESFQPLGDIMKMWGRVPFSPGPAPPPHMGELDQERLTRQQELTALYQMQHLQYQQFLIQQQYAQVLAQQQKAALSSQQQQQLALLLQQFQTLKMRISDQNIIPSVTRSVSVPDTGSIWELQPTASQPTVWEGGSVWDLPLDTTTPGPALEQLQQLEKAKAAKLEQERREAEMRAKREEEERKRQEELRRQQEEILRRQQEEERKRREEEELARRKQEEALRRQREQEIALRRQREEEERQQQEEALRRLEERRREEEERRKQEELLRKQEEEAAKWAREEEEAQRRLEENRLRMEEEAARLRHEEEERKRKELEVQRQKELMRQRQQQQEALRRLQQQQQQQQLAQMKLPSSSTWGQQSNTTACQSQATLSLAEIQKLEEERERQLREEQRRQQRELMKALQQQQQQQQQKLSGWGNVSKPSGTTKSLLEIQQEEARQMQKQQQQQQQHQQPNRARNNTHSNLHTSIGNSVWGSINTGPPNQWASDLVSSIWSNADTKNSNMGFWDDAVKEVGPRNSTNKNKNNASLSKSVGVSNRQNKKVEEEEKLLKLFQGVNKAQDGFTQWCEQMLHALNTANNLDVPTFVSFLKEVESPYEVHDYIRAYLGDTSEAKEFAKQFLERRAKQKANQQRQQQQLPQQQQQQPPQQPPQQPQQQDSVWGMNHSTLHSVFQTNQSNNQQSNFEAVQSGKKKKKQKMVRADPSLLGFSVNASSERLNMGEIETLDDY 2 1 2 ----------------------------------KYKLADYRYGREEMLALFLKDNKIPSDLLDKEFLPILQEEPLPPLALVPFTEEEQRNFSMSVNSAAVLRLT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 5nvl.2' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 3' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . LYS 37 37 ? A 67.449 9.143 73.157 1 1 B LYS 0.230 1 ATOM 2 C CA . LYS 37 37 ? A 68.569 9.411 72.180 1 1 B LYS 0.230 1 ATOM 3 C C . LYS 37 37 ? A 68.087 10.298 71.038 1 1 B LYS 0.230 1 ATOM 4 O O . LYS 37 37 ? A 66.896 10.307 70.747 1 1 B LYS 0.230 1 ATOM 5 C CB . LYS 37 37 ? A 69.127 8.055 71.633 1 1 B LYS 0.230 1 ATOM 6 C CG . LYS 37 37 ? A 70.279 8.177 70.609 1 1 B LYS 0.230 1 ATOM 7 C CD . LYS 37 37 ? A 70.932 6.844 70.193 1 1 B LYS 0.230 1 ATOM 8 C CE . LYS 37 37 ? A 72.054 7.060 69.162 1 1 B LYS 0.230 1 ATOM 9 N NZ . LYS 37 37 ? A 72.709 5.776 68.824 1 1 B LYS 0.230 1 ATOM 10 N N . LEU 38 38 ? A 68.975 11.064 70.371 1 1 B LEU 0.500 1 ATOM 11 C CA . LEU 38 38 ? A 68.633 11.870 69.222 1 1 B LEU 0.500 1 ATOM 12 C C . LEU 38 38 ? A 69.301 11.208 68.025 1 1 B LEU 0.500 1 ATOM 13 O O . LEU 38 38 ? A 70.420 10.731 68.129 1 1 B LEU 0.500 1 ATOM 14 C CB . LEU 38 38 ? A 69.123 13.325 69.424 1 1 B LEU 0.500 1 ATOM 15 C CG . LEU 38 38 ? A 68.480 14.037 70.636 1 1 B LEU 0.500 1 ATOM 16 C CD1 . LEU 38 38 ? A 69.066 15.445 70.810 1 1 B LEU 0.500 1 ATOM 17 C CD2 . LEU 38 38 ? A 66.947 14.099 70.551 1 1 B LEU 0.500 1 ATOM 18 N N . ALA 39 39 ? A 68.564 11.094 66.898 1 1 B ALA 0.620 1 ATOM 19 C CA . ALA 39 39 ? A 69.064 10.652 65.616 1 1 B ALA 0.620 1 ATOM 20 C C . ALA 39 39 ? A 69.570 11.838 64.801 1 1 B ALA 0.620 1 ATOM 21 O O . ALA 39 39 ? A 68.988 12.926 64.853 1 1 B ALA 0.620 1 ATOM 22 C CB . ALA 39 39 ? A 67.907 9.989 64.833 1 1 B ALA 0.620 1 ATOM 23 N N . ASP 40 40 ? A 70.658 11.618 64.034 1 1 B ASP 0.470 1 ATOM 24 C CA . ASP 40 40 ? A 71.360 12.602 63.236 1 1 B ASP 0.470 1 ATOM 25 C C . ASP 40 40 ? A 70.822 12.743 61.813 1 1 B ASP 0.470 1 ATOM 26 O O . ASP 40 40 ? A 70.854 13.814 61.214 1 1 B ASP 0.470 1 ATOM 27 C CB . ASP 40 40 ? A 72.850 12.181 63.177 1 1 B ASP 0.470 1 ATOM 28 C CG . ASP 40 40 ? A 73.337 11.807 64.571 1 1 B ASP 0.470 1 ATOM 29 O OD1 . ASP 40 40 ? A 73.046 10.645 64.977 1 1 B ASP 0.470 1 ATOM 30 O OD2 . ASP 40 40 ? A 73.963 12.665 65.236 1 1 B ASP 0.470 1 ATOM 31 N N . TYR 41 41 ? A 70.252 11.659 61.246 1 1 B TYR 0.530 1 ATOM 32 C CA . TYR 41 41 ? A 69.644 11.681 59.929 1 1 B TYR 0.530 1 ATOM 33 C C . TYR 41 41 ? A 68.146 11.794 60.118 1 1 B TYR 0.530 1 ATOM 34 O O . TYR 41 41 ? A 67.461 10.835 60.465 1 1 B TYR 0.530 1 ATOM 35 C CB . TYR 41 41 ? A 69.967 10.420 59.087 1 1 B TYR 0.530 1 ATOM 36 C CG . TYR 41 41 ? A 71.387 10.460 58.605 1 1 B TYR 0.530 1 ATOM 37 C CD1 . TYR 41 41 ? A 71.742 11.328 57.564 1 1 B TYR 0.530 1 ATOM 38 C CD2 . TYR 41 41 ? A 72.377 9.637 59.164 1 1 B TYR 0.530 1 ATOM 39 C CE1 . TYR 41 41 ? A 73.057 11.372 57.086 1 1 B TYR 0.530 1 ATOM 40 C CE2 . TYR 41 41 ? A 73.696 9.680 58.686 1 1 B TYR 0.530 1 ATOM 41 C CZ . TYR 41 41 ? A 74.033 10.546 57.640 1 1 B TYR 0.530 1 ATOM 42 O OH . TYR 41 41 ? A 75.344 10.583 57.132 1 1 B TYR 0.530 1 ATOM 43 N N . ARG 42 42 ? A 67.606 13.004 59.907 1 1 B ARG 0.460 1 ATOM 44 C CA . ARG 42 42 ? A 66.198 13.280 60.034 1 1 B ARG 0.460 1 ATOM 45 C C . ARG 42 42 ? A 65.762 13.962 58.766 1 1 B ARG 0.460 1 ATOM 46 O O . ARG 42 42 ? A 66.533 14.709 58.178 1 1 B ARG 0.460 1 ATOM 47 C CB . ARG 42 42 ? A 65.895 14.264 61.187 1 1 B ARG 0.460 1 ATOM 48 C CG . ARG 42 42 ? A 66.285 13.752 62.580 1 1 B ARG 0.460 1 ATOM 49 C CD . ARG 42 42 ? A 65.870 14.717 63.685 1 1 B ARG 0.460 1 ATOM 50 N NE . ARG 42 42 ? A 66.299 14.100 64.981 1 1 B ARG 0.460 1 ATOM 51 C CZ . ARG 42 42 ? A 65.558 13.236 65.692 1 1 B ARG 0.460 1 ATOM 52 N NH1 . ARG 42 42 ? A 64.397 12.769 65.258 1 1 B ARG 0.460 1 ATOM 53 N NH2 . ARG 42 42 ? A 66.009 12.847 66.887 1 1 B ARG 0.460 1 ATOM 54 N N . TYR 43 43 ? A 64.515 13.716 58.333 1 1 B TYR 0.550 1 ATOM 55 C CA . TYR 43 43 ? A 63.964 14.350 57.164 1 1 B TYR 0.550 1 ATOM 56 C C . TYR 43 43 ? A 62.535 14.702 57.525 1 1 B TYR 0.550 1 ATOM 57 O O . TYR 43 43 ? A 61.765 13.837 57.952 1 1 B TYR 0.550 1 ATOM 58 C CB . TYR 43 43 ? A 63.919 13.360 55.974 1 1 B TYR 0.550 1 ATOM 59 C CG . TYR 43 43 ? A 65.289 12.843 55.646 1 1 B TYR 0.550 1 ATOM 60 C CD1 . TYR 43 43 ? A 66.186 13.641 54.928 1 1 B TYR 0.550 1 ATOM 61 C CD2 . TYR 43 43 ? A 65.714 11.579 56.092 1 1 B TYR 0.550 1 ATOM 62 C CE1 . TYR 43 43 ? A 67.483 13.188 54.655 1 1 B TYR 0.550 1 ATOM 63 C CE2 . TYR 43 43 ? A 67.016 11.131 55.831 1 1 B TYR 0.550 1 ATOM 64 C CZ . TYR 43 43 ? A 67.901 11.934 55.105 1 1 B TYR 0.550 1 ATOM 65 O OH . TYR 43 43 ? A 69.211 11.495 54.831 1 1 B TYR 0.550 1 ATOM 66 N N . GLY 44 44 ? A 62.109 15.964 57.404 1 1 B GLY 0.480 1 ATOM 67 C CA . GLY 44 44 ? A 60.717 16.363 57.455 1 1 B GLY 0.480 1 ATOM 68 C C . GLY 44 44 ? A 59.912 15.813 56.298 1 1 B GLY 0.480 1 ATOM 69 O O . GLY 44 44 ? A 60.441 15.287 55.321 1 1 B GLY 0.480 1 ATOM 70 N N . ARG 45 45 ? A 58.573 15.962 56.335 1 1 B ARG 0.640 1 ATOM 71 C CA . ARG 45 45 ? 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A 65.825 -6.121 41.760 1 1 B SER 0.640 1 ATOM 198 C C . SER 60 60 ? A 64.957 -7.075 42.591 1 1 B SER 0.640 1 ATOM 199 O O . SER 60 60 ? A 64.279 -7.936 42.048 1 1 B SER 0.640 1 ATOM 200 C CB . SER 60 60 ? A 67.323 -6.547 41.779 1 1 B SER 0.640 1 ATOM 201 O OG . SER 60 60 ? A 67.595 -7.874 41.333 1 1 B SER 0.640 1 ATOM 202 N N . ASP 61 61 ? A 64.865 -6.839 43.924 1 1 B ASP 0.630 1 ATOM 203 C CA . ASP 61 61 ? A 64.045 -7.589 44.870 1 1 B ASP 0.630 1 ATOM 204 C C . ASP 61 61 ? A 62.561 -7.666 44.505 1 1 B ASP 0.630 1 ATOM 205 O O . ASP 61 61 ? A 61.904 -8.682 44.702 1 1 B ASP 0.630 1 ATOM 206 C CB . ASP 61 61 ? A 64.214 -6.994 46.293 1 1 B ASP 0.630 1 ATOM 207 C CG . ASP 61 61 ? A 65.680 -7.024 46.702 1 1 B ASP 0.630 1 ATOM 208 O OD1 . ASP 61 61 ? A 66.347 -8.060 46.455 1 1 B ASP 0.630 1 ATOM 209 O OD2 . ASP 61 61 ? A 66.151 -5.982 47.220 1 1 B ASP 0.630 1 ATOM 210 N N . LEU 62 62 ? A 61.987 -6.603 43.903 1 1 B LEU 0.650 1 ATOM 211 C CA . LEU 62 62 ? 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A 58.646 -14.598 38.485 1 1 B LYS 0.610 1 ATOM 240 C CD . LYS 65 65 ? A 58.078 -15.608 37.470 1 1 B LYS 0.610 1 ATOM 241 C CE . LYS 65 65 ? A 58.555 -17.051 37.620 1 1 B LYS 0.610 1 ATOM 242 N NZ . LYS 65 65 ? A 59.951 -17.135 37.153 1 1 B LYS 0.610 1 ATOM 243 N N . GLU 66 66 ? A 57.277 -13.986 43.071 1 1 B GLU 0.630 1 ATOM 244 C CA . GLU 66 66 ? A 56.331 -14.078 44.161 1 1 B GLU 0.630 1 ATOM 245 C C . GLU 66 66 ? A 55.720 -12.723 44.522 1 1 B GLU 0.630 1 ATOM 246 O O . GLU 66 66 ? A 54.609 -12.643 45.041 1 1 B GLU 0.630 1 ATOM 247 C CB . GLU 66 66 ? A 56.949 -14.782 45.391 1 1 B GLU 0.630 1 ATOM 248 C CG . GLU 66 66 ? A 58.157 -14.100 46.069 1 1 B GLU 0.630 1 ATOM 249 C CD . GLU 66 66 ? A 58.622 -14.944 47.262 1 1 B GLU 0.630 1 ATOM 250 O OE1 . GLU 66 66 ? A 58.736 -14.378 48.381 1 1 B GLU 0.630 1 ATOM 251 O OE2 . GLU 66 66 ? A 58.799 -16.179 47.076 1 1 B GLU 0.630 1 ATOM 252 N N . PHE 67 67 ? A 56.398 -11.607 44.150 1 1 B PHE 0.610 1 ATOM 253 C CA . PHE 67 67 ? 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A 54.115 -11.044 39.865 1 1 B LEU 0.620 1 ATOM 268 C CG . LEU 68 68 ? A 55.129 -10.952 38.711 1 1 B LEU 0.620 1 ATOM 269 C CD1 . LEU 68 68 ? A 54.975 -12.199 37.829 1 1 B LEU 0.620 1 ATOM 270 C CD2 . LEU 68 68 ? A 54.919 -9.683 37.869 1 1 B LEU 0.620 1 ATOM 271 N N . PRO 69 69 ? A 52.012 -9.990 42.177 1 1 B PRO 0.600 1 ATOM 272 C CA . PRO 69 69 ? A 50.734 -9.392 42.559 1 1 B PRO 0.600 1 ATOM 273 C C . PRO 69 69 ? A 50.795 -7.991 43.162 1 1 B PRO 0.600 1 ATOM 274 O O . PRO 69 69 ? A 49.774 -7.313 43.150 1 1 B PRO 0.600 1 ATOM 275 C CB . PRO 69 69 ? A 50.134 -10.395 43.560 1 1 B PRO 0.600 1 ATOM 276 C CG . PRO 69 69 ? A 50.807 -11.730 43.240 1 1 B PRO 0.600 1 ATOM 277 C CD . PRO 69 69 ? A 52.201 -11.300 42.807 1 1 B PRO 0.600 1 ATOM 278 N N . ILE 70 70 ? A 51.944 -7.577 43.752 1 1 B ILE 0.590 1 ATOM 279 C CA . ILE 70 70 ? A 52.109 -6.298 44.427 1 1 B ILE 0.590 1 ATOM 280 C C . ILE 70 70 ? A 53.033 -5.381 43.641 1 1 B ILE 0.590 1 ATOM 281 O O . ILE 70 70 ? A 53.308 -4.251 44.042 1 1 B ILE 0.590 1 ATOM 282 C CB . ILE 70 70 ? A 52.648 -6.450 45.860 1 1 B ILE 0.590 1 ATOM 283 C CG1 . ILE 70 70 ? A 54.076 -7.047 45.935 1 1 B ILE 0.590 1 ATOM 284 C CG2 . ILE 70 70 ? A 51.629 -7.287 46.662 1 1 B ILE 0.590 1 ATOM 285 C CD1 . ILE 70 70 ? A 54.739 -6.941 47.315 1 1 B ILE 0.590 1 ATOM 286 N N . LEU 71 71 ? A 53.547 -5.847 42.484 1 1 B LEU 0.630 1 ATOM 287 C CA . LEU 71 71 ? A 54.465 -5.078 41.668 1 1 B LEU 0.630 1 ATOM 288 C C . LEU 71 71 ? A 53.759 -3.954 40.935 1 1 B LEU 0.630 1 ATOM 289 O O . LEU 71 71 ? A 52.900 -4.161 40.083 1 1 B LEU 0.630 1 ATOM 290 C CB . LEU 71 71 ? A 55.238 -5.954 40.650 1 1 B LEU 0.630 1 ATOM 291 C CG . LEU 71 71 ? A 56.259 -5.209 39.756 1 1 B LEU 0.630 1 ATOM 292 C CD1 . LEU 71 71 ? A 57.387 -4.535 40.552 1 1 B LEU 0.630 1 ATOM 293 C CD2 . LEU 71 71 ? A 56.856 -6.165 38.713 1 1 B LEU 0.630 1 ATOM 294 N N . GLN 72 72 ? A 54.146 -2.704 41.241 1 1 B GLN 0.660 1 ATOM 295 C CA . GLN 72 72 ? 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.572 2 1 3 0 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 37 LYS 1 0.230 2 1 A 38 LEU 1 0.500 3 1 A 39 ALA 1 0.620 4 1 A 40 ASP 1 0.470 5 1 A 41 TYR 1 0.530 6 1 A 42 ARG 1 0.460 7 1 A 43 TYR 1 0.550 8 1 A 44 GLY 1 0.480 9 1 A 45 ARG 1 0.640 10 1 A 46 GLU 1 0.640 11 1 A 47 GLU 1 0.560 12 1 A 48 MET 1 0.620 13 1 A 49 LEU 1 0.650 14 1 A 50 ALA 1 0.580 15 1 A 51 LEU 1 0.590 16 1 A 52 PHE 1 0.580 17 1 A 53 LEU 1 0.580 18 1 A 54 LYS 1 0.590 19 1 A 55 ASP 1 0.600 20 1 A 56 ASN 1 0.590 21 1 A 57 LYS 1 0.610 22 1 A 58 ILE 1 0.650 23 1 A 59 PRO 1 0.610 24 1 A 60 SER 1 0.640 25 1 A 61 ASP 1 0.630 26 1 A 62 LEU 1 0.650 27 1 A 63 LEU 1 0.640 28 1 A 64 ASP 1 0.610 29 1 A 65 LYS 1 0.610 30 1 A 66 GLU 1 0.630 31 1 A 67 PHE 1 0.610 32 1 A 68 LEU 1 0.620 33 1 A 69 PRO 1 0.600 34 1 A 70 ILE 1 0.590 35 1 A 71 LEU 1 0.630 36 1 A 72 GLN 1 0.660 37 1 A 73 GLU 1 0.660 38 1 A 74 GLU 1 0.660 39 1 A 75 PRO 1 0.610 40 1 A 76 LEU 1 0.670 41 1 A 77 PRO 1 0.560 42 1 A 78 PRO 1 0.580 43 1 A 79 LEU 1 0.630 44 1 A 80 ALA 1 0.600 45 1 A 81 LEU 1 0.600 46 1 A 82 VAL 1 0.500 47 1 A 83 PRO 1 0.480 48 1 A 84 PHE 1 0.550 49 1 A 85 THR 1 0.630 50 1 A 86 GLU 1 0.630 51 1 A 87 GLU 1 0.630 52 1 A 88 GLU 1 0.630 53 1 A 89 GLN 1 0.610 54 1 A 90 ARG 1 0.550 55 1 A 91 ASN 1 0.590 56 1 A 92 PHE 1 0.570 57 1 A 93 SER 1 0.570 58 1 A 94 MET 1 0.490 59 1 A 95 SER 1 0.510 60 1 A 96 VAL 1 0.520 61 1 A 97 ASN 1 0.500 62 1 A 98 SER 1 0.470 63 1 A 99 ALA 1 0.450 64 1 A 100 ALA 1 0.580 65 1 A 101 VAL 1 0.410 66 1 A 102 LEU 1 0.490 67 1 A 103 ARG 1 0.340 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #