data_SMR-af65c67c0806ab12ce8b0d9559aed9a9_1 _entry.id SMR-af65c67c0806ab12ce8b0d9559aed9a9_1 _struct.entry_id SMR-af65c67c0806ab12ce8b0d9559aed9a9_1 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q5VU36/ S31A5_HUMAN, Spermatogenesis-associated protein 31A5 Estimated model accuracy of this model is 0.001, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q5VU36' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 173132.042 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP S31A5_HUMAN Q5VU36 1 ;MENLPFPLKLLSASSLNAPSSTPWVLDIFLTLVFALGFFFLLLPYLSYFRCDDPPSPSPGKRKCPVGRRR RPRGRMKNHSLRAGRECRRGLEETSDLLSQLQSLLGPHLDKGDFGQLSGPDPPGEVGERAPDGASQSSHE PMEDAAPILSPLASPDPQAKHPQDLASTPSPGPMTTSVSSLSASQPPEPSLPLEHPSPEPPALFPHPPHT PDPLACSLPPPKGFTAPPLRDSTLITPSHCDSVAFPLGTVPQSLSPHEDLVASVPAISGLGGSNSHVSAS SRWQETARTSCAFNSSVQQDHLSRHPPETCQMEAGSLFLLSSDGQNVVGIQVTETAKVNIWEEKENVGSF TNRMTPEKHLNSLRNLAKSLDAEQDTTNPKPFWNMGENSKQLPGPQKLSDPRLWQESFWKNYSQLFWGLP SLHSESLVANAWVTDRSYTLQSPPFLFNEMSNVCPIQRETTMSPLLFQAQPLSHLGPECQPFISSTPQFR PTPMAQAEAQAHLQSSFPVLSPAFPSLIQNTGVACPASQNKVQALSLPETQHPEWPLLRRQLEGRLALPS RVQKSQDVFSVSTPNLPQESLTSILPENFPVSPELRRQLEQHIKKWIIQHWGNLGRIQESLDLMQLRDES PGTSQAKGKPSPWQSSMSTGEGSKEAQKVKFQLERDPCPHLGQILGETPQNLSRDMKSFPRKVLGVTSEE LERNLRKPLRSDSGSDLLRCTERTHIENILKAHMGRNLGQTNEGLIPVCVRRSWLAVNQALPVSNTHVKT SNLAAPKSGKACVNTAQVLSFLEPCTQQGLGAHIVRFWAKHRWGLPLRVLKPIQCFKLEKVSSLSLTQLA GPSSATCESGAGSEVEVDMFLRKPPMASLRKQVLTKASDHMPESLLASSPAWKQFQRAPRGIPSWNDHEP LKPPPAGQEGRWPSKPLTYSLTGSIQQSRSLGAQSSKAGETREAVPQCRVPLETCMLANLQATSEDVHGF EAPGTSKSSLHPRVSVSQDPRKLCLMEEVVNEFEPGMATKSETQPQVCAAVVLLPDGQASVVPHASENLV SQVPQGHLQSMPTGNMRASQELHDLMAARRSKLVHEEPRNPNCQGSCKSQRPMFPPIHKSEKSRKPNLEK HEERLEGLRTPQLTPVRKTEDTHQDEGVQLLPSKKQPPSVSPFGENIKQIFQWIFSKKKSKPAPVTAESQ KTVKNRSRVYSSSAEAQGLMTAVGQMLDEKMSLCHARHASKVNQHKQKFQAPVCGFPCNHRHLFYSEHGR ILSYAASSQQATLKSQGCPNRDRQIRNQQPLKSVRCNNEQWGLRHPQILHPKKAVSPVSPPQHWPKTSGA SSHHHHCPRHCLLWEGI ; 'Spermatogenesis-associated protein 31A5' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1347 1 1347 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . S31A5_HUMAN Q5VU36 . 1 1347 9606 'Homo sapiens (Human)' 2005-01-04 4C6AEE05722DFAFD # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MENLPFPLKLLSASSLNAPSSTPWVLDIFLTLVFALGFFFLLLPYLSYFRCDDPPSPSPGKRKCPVGRRR RPRGRMKNHSLRAGRECRRGLEETSDLLSQLQSLLGPHLDKGDFGQLSGPDPPGEVGERAPDGASQSSHE PMEDAAPILSPLASPDPQAKHPQDLASTPSPGPMTTSVSSLSASQPPEPSLPLEHPSPEPPALFPHPPHT PDPLACSLPPPKGFTAPPLRDSTLITPSHCDSVAFPLGTVPQSLSPHEDLVASVPAISGLGGSNSHVSAS SRWQETARTSCAFNSSVQQDHLSRHPPETCQMEAGSLFLLSSDGQNVVGIQVTETAKVNIWEEKENVGSF TNRMTPEKHLNSLRNLAKSLDAEQDTTNPKPFWNMGENSKQLPGPQKLSDPRLWQESFWKNYSQLFWGLP SLHSESLVANAWVTDRSYTLQSPPFLFNEMSNVCPIQRETTMSPLLFQAQPLSHLGPECQPFISSTPQFR PTPMAQAEAQAHLQSSFPVLSPAFPSLIQNTGVACPASQNKVQALSLPETQHPEWPLLRRQLEGRLALPS RVQKSQDVFSVSTPNLPQESLTSILPENFPVSPELRRQLEQHIKKWIIQHWGNLGRIQESLDLMQLRDES PGTSQAKGKPSPWQSSMSTGEGSKEAQKVKFQLERDPCPHLGQILGETPQNLSRDMKSFPRKVLGVTSEE LERNLRKPLRSDSGSDLLRCTERTHIENILKAHMGRNLGQTNEGLIPVCVRRSWLAVNQALPVSNTHVKT SNLAAPKSGKACVNTAQVLSFLEPCTQQGLGAHIVRFWAKHRWGLPLRVLKPIQCFKLEKVSSLSLTQLA GPSSATCESGAGSEVEVDMFLRKPPMASLRKQVLTKASDHMPESLLASSPAWKQFQRAPRGIPSWNDHEP LKPPPAGQEGRWPSKPLTYSLTGSIQQSRSLGAQSSKAGETREAVPQCRVPLETCMLANLQATSEDVHGF EAPGTSKSSLHPRVSVSQDPRKLCLMEEVVNEFEPGMATKSETQPQVCAAVVLLPDGQASVVPHASENLV SQVPQGHLQSMPTGNMRASQELHDLMAARRSKLVHEEPRNPNCQGSCKSQRPMFPPIHKSEKSRKPNLEK HEERLEGLRTPQLTPVRKTEDTHQDEGVQLLPSKKQPPSVSPFGENIKQIFQWIFSKKKSKPAPVTAESQ KTVKNRSRVYSSSAEAQGLMTAVGQMLDEKMSLCHARHASKVNQHKQKFQAPVCGFPCNHRHLFYSEHGR ILSYAASSQQATLKSQGCPNRDRQIRNQQPLKSVRCNNEQWGLRHPQILHPKKAVSPVSPPQHWPKTSGA SSHHHHCPRHCLLWEGI ; ;MENLPFPLKLLSASSLNAPSSTPWVLDIFLTLVFALGFFFLLLPYLSYFRCDDPPSPSPGKRKCPVGRRR RPRGRMKNHSLRAGRECRRGLEETSDLLSQLQSLLGPHLDKGDFGQLSGPDPPGEVGERAPDGASQSSHE PMEDAAPILSPLASPDPQAKHPQDLASTPSPGPMTTSVSSLSASQPPEPSLPLEHPSPEPPALFPHPPHT PDPLACSLPPPKGFTAPPLRDSTLITPSHCDSVAFPLGTVPQSLSPHEDLVASVPAISGLGGSNSHVSAS SRWQETARTSCAFNSSVQQDHLSRHPPETCQMEAGSLFLLSSDGQNVVGIQVTETAKVNIWEEKENVGSF TNRMTPEKHLNSLRNLAKSLDAEQDTTNPKPFWNMGENSKQLPGPQKLSDPRLWQESFWKNYSQLFWGLP SLHSESLVANAWVTDRSYTLQSPPFLFNEMSNVCPIQRETTMSPLLFQAQPLSHLGPECQPFISSTPQFR PTPMAQAEAQAHLQSSFPVLSPAFPSLIQNTGVACPASQNKVQALSLPETQHPEWPLLRRQLEGRLALPS RVQKSQDVFSVSTPNLPQESLTSILPENFPVSPELRRQLEQHIKKWIIQHWGNLGRIQESLDLMQLRDES PGTSQAKGKPSPWQSSMSTGEGSKEAQKVKFQLERDPCPHLGQILGETPQNLSRDMKSFPRKVLGVTSEE LERNLRKPLRSDSGSDLLRCTERTHIENILKAHMGRNLGQTNEGLIPVCVRRSWLAVNQALPVSNTHVKT SNLAAPKSGKACVNTAQVLSFLEPCTQQGLGAHIVRFWAKHRWGLPLRVLKPIQCFKLEKVSSLSLTQLA GPSSATCESGAGSEVEVDMFLRKPPMASLRKQVLTKASDHMPESLLASSPAWKQFQRAPRGIPSWNDHEP LKPPPAGQEGRWPSKPLTYSLTGSIQQSRSLGAQSSKAGETREAVPQCRVPLETCMLANLQATSEDVHGF EAPGTSKSSLHPRVSVSQDPRKLCLMEEVVNEFEPGMATKSETQPQVCAAVVLLPDGQASVVPHASENLV SQVPQGHLQSMPTGNMRASQELHDLMAARRSKLVHEEPRNPNCQGSCKSQRPMFPPIHKSEKSRKPNLEK HEERLEGLRTPQLTPVRKTEDTHQDEGVQLLPSKKQPPSVSPFGENIKQIFQWIFSKKKSKPAPVTAESQ KTVKNRSRVYSSSAEAQGLMTAVGQMLDEKMSLCHARHASKVNQHKQKFQAPVCGFPCNHRHLFYSEHGR ILSYAASSQQATLKSQGCPNRDRQIRNQQPLKSVRCNNEQWGLRHPQILHPKKAVSPVSPPQHWPKTSGA SSHHHHCPRHCLLWEGI ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 GLU . 1 3 ASN . 1 4 LEU . 1 5 PRO . 1 6 PHE . 1 7 PRO . 1 8 LEU . 1 9 LYS . 1 10 LEU . 1 11 LEU . 1 12 SER . 1 13 ALA . 1 14 SER . 1 15 SER . 1 16 LEU . 1 17 ASN . 1 18 ALA . 1 19 PRO . 1 20 SER . 1 21 SER . 1 22 THR . 1 23 PRO . 1 24 TRP . 1 25 VAL . 1 26 LEU . 1 27 ASP . 1 28 ILE . 1 29 PHE . 1 30 LEU . 1 31 THR . 1 32 LEU . 1 33 VAL . 1 34 PHE . 1 35 ALA . 1 36 LEU . 1 37 GLY . 1 38 PHE . 1 39 PHE . 1 40 PHE . 1 41 LEU . 1 42 LEU . 1 43 LEU . 1 44 PRO . 1 45 TYR . 1 46 LEU . 1 47 SER . 1 48 TYR . 1 49 PHE . 1 50 ARG . 1 51 CYS . 1 52 ASP . 1 53 ASP . 1 54 PRO . 1 55 PRO . 1 56 SER . 1 57 PRO . 1 58 SER . 1 59 PRO . 1 60 GLY . 1 61 LYS . 1 62 ARG . 1 63 LYS . 1 64 CYS . 1 65 PRO . 1 66 VAL . 1 67 GLY . 1 68 ARG . 1 69 ARG . 1 70 ARG . 1 71 ARG . 1 72 PRO . 1 73 ARG . 1 74 GLY . 1 75 ARG . 1 76 MET . 1 77 LYS . 1 78 ASN . 1 79 HIS . 1 80 SER . 1 81 LEU . 1 82 ARG . 1 83 ALA . 1 84 GLY . 1 85 ARG . 1 86 GLU . 1 87 CYS . 1 88 ARG . 1 89 ARG . 1 90 GLY . 1 91 LEU . 1 92 GLU . 1 93 GLU . 1 94 THR . 1 95 SER . 1 96 ASP . 1 97 LEU . 1 98 LEU . 1 99 SER . 1 100 GLN . 1 101 LEU . 1 102 GLN . 1 103 SER . 1 104 LEU . 1 105 LEU . 1 106 GLY . 1 107 PRO . 1 108 HIS . 1 109 LEU . 1 110 ASP . 1 111 LYS . 1 112 GLY . 1 113 ASP . 1 114 PHE . 1 115 GLY . 1 116 GLN . 1 117 LEU . 1 118 SER . 1 119 GLY . 1 120 PRO . 1 121 ASP . 1 122 PRO . 1 123 PRO . 1 124 GLY . 1 125 GLU . 1 126 VAL . 1 127 GLY . 1 128 GLU . 1 129 ARG . 1 130 ALA . 1 131 PRO . 1 132 ASP . 1 133 GLY . 1 134 ALA . 1 135 SER . 1 136 GLN . 1 137 SER . 1 138 SER . 1 139 HIS . 1 140 GLU . 1 141 PRO . 1 142 MET . 1 143 GLU . 1 144 ASP . 1 145 ALA . 1 146 ALA . 1 147 PRO . 1 148 ILE . 1 149 LEU . 1 150 SER . 1 151 PRO . 1 152 LEU . 1 153 ALA . 1 154 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A 1 1345 GLU 1345 ? ? ? A . A 1 1346 GLY 1346 ? ? ? A . A 1 1347 ILE 1347 ? ? ? A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Toll-like receptor 4 {PDB ID=5nam, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=5nam.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 5nam, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 1' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-27 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-22 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 MNITSQMNKTIIGVSVLSVLVVSVVAVLVYKFYFHLMLLAGCIKYGRG MNITSQMNKTIIGVSVLSVLVVSVVAVLVYKFYFHLMLLAGCIKYGRG # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 10 34 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 5nam 2024-06-19 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1347 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1347 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 130.000 16.000 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MENLPFPLKLLSASSLNAPSSTPWVLDIFLTLVFALGFFFLLLPYLSYFRCDDPPSPSPGKRKCPVGRRRRPRGRMKNHSLRAGRECRRGLEETSDLLSQLQSLLGPHLDKGDFGQLSGPDPPGEVGERAPDGASQSSHEPMEDAAPILSPLASPDPQAKHPQDLASTPSPGPMTTSVSSLSASQPPEPSLPLEHPSPEPPALFPHPPHTPDPLACSLPPPKGFTAPPLRDSTLITPSHCDSVAFPLGTVPQSLSPHEDLVASVPAISGLGGSNSHVSASSRWQETARTSCAFNSSVQQDHLSRHPPETCQMEAGSLFLLSSDGQNVVGIQVTETAKVNIWEEKENVGSFTNRMTPEKHLNSLRNLAKSLDAEQDTTNPKPFWNMGENSKQLPGPQKLSDPRLWQESFWKNYSQLFWGLPSLHSESLVANAWVTDRSYTLQSPPFLFNEMSNVCPIQRETTMSPLLFQAQPLSHLGPECQPFISSTPQFRPTPMAQAEAQAHLQSSFPVLSPAFPSLIQNTGVACPASQNKVQALSLPETQHPEWPLLRRQLEGRLALPSRVQKSQDVFSVSTPNLPQESLTSILPENFPVSPELRRQLEQHIKKWIIQHWGNLGRIQESLDLMQLRDESPGTSQAKGKPSPWQSSMSTGEGSKEAQKVKFQLERDPCPHLGQILGETPQNLSRDMKSFPRKVLGVTSEELERNLRKPLRSDSGSDLLRCTERTHIENILKAHMGRNLGQTNEGLIPVCVRRSWLAVNQALPVSNTHVKTSNLAAPKSGKACVNTAQVLSFLEPCTQQGLGAHIVRFWAKHRWGLPLRVLKPIQCFKLEKVSSLSLTQLAGPSSATCESGAGSEVEVDMFLRKPPMASLRKQVLTKASDHMPESLLASSPAWKQFQRAPRGIPSWNDHEPLKPPPAGQEGRWPSKPLTYSLTGSIQQSRSLGAQSSKAGETREAVPQCRVPLETCMLANLQATSEDVHGFEAPGTSKSSLHPRVSVSQDPRKLCLMEEVVNEFEPGMATKSETQPQVCAAVVLLPDGQASVVPHASENLVSQVPQGHLQSMPTGNMRASQELHDLMAARRSKLVHEEPRNPNCQGSCKSQRPMFPPIHKSEKSRKPNLEKHEERLEGLRTPQLTPVRKTEDTHQDEGVQLLPSKKQPPSVSPFGENIKQIFQWIFSKKKSKPAPVTAESQKTVKNRSRVYSSSAEAQGLMTAVGQMLDEKMSLCHARHASKVNQHKQKFQAPVCGFPCNHRHLFYSEHGRILSYAASSQQATLKSQGCPNRDRQIRNQQPLKSVRCNNEQWGLRHPQILHPKKAVSPVSPPQHWPKTSGASSHHHHCPRHCLLWEGI 2 1 2 ---------------------TIIGVSVLSVLVVSVVAVLVYKFYF----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 5nam.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 1' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . THR 22 22 ? A -4.689 -2.405 -2.069 1 1 A THR 0.410 1 ATOM 2 C CA . THR 22 22 ? A -4.202 -2.739 -3.462 1 1 A THR 0.410 1 ATOM 3 C C . THR 22 22 ? A -5.079 -2.125 -4.529 1 1 A THR 0.410 1 ATOM 4 O O . THR 22 22 ? A -4.460 -1.513 -5.391 1 1 A THR 0.410 1 ATOM 5 C CB . THR 22 22 ? A -3.882 -4.230 -3.709 1 1 A THR 0.410 1 ATOM 6 O OG1 . THR 22 22 ? A -5.017 -5.048 -3.850 1 1 A THR 0.410 1 ATOM 7 C CG2 . THR 22 22 ? A -3.154 -4.849 -2.515 1 1 A THR 0.410 1 ATOM 8 N N . PRO 23 23 ? A -6.437 -2.119 -4.537 1 1 A PRO 0.440 1 ATOM 9 C CA . PRO 23 23 ? A -7.203 -1.425 -5.569 1 1 A PRO 0.440 1 ATOM 10 C C . PRO 23 23 ? A -6.856 0.025 -5.720 1 1 A PRO 0.440 1 ATOM 11 O O . PRO 23 23 ? A -6.721 0.465 -6.844 1 1 A PRO 0.440 1 ATOM 12 C CB . PRO 23 23 ? A -8.683 -1.569 -5.171 1 1 A PRO 0.440 1 ATOM 13 C CG . PRO 23 23 ? A -8.751 -2.783 -4.244 1 1 A PRO 0.440 1 ATOM 14 C CD . PRO 23 23 ? A -7.318 -3.000 -3.753 1 1 A PRO 0.440 1 ATOM 15 N N . TRP 24 24 ? A -6.674 0.774 -4.609 1 1 A TRP 0.370 1 ATOM 16 C CA . TRP 24 24 ? A -6.324 2.175 -4.706 1 1 A TRP 0.370 1 ATOM 17 C C . TRP 24 24 ? A -4.942 2.378 -5.317 1 1 A TRP 0.370 1 ATOM 18 O O . TRP 24 24 ? A -4.801 2.991 -6.361 1 1 A TRP 0.370 1 ATOM 19 C CB . TRP 24 24 ? A -6.395 2.824 -3.295 1 1 A TRP 0.370 1 ATOM 20 C CG . TRP 24 24 ? A -6.063 4.311 -3.260 1 1 A TRP 0.370 1 ATOM 21 C CD1 . TRP 24 24 ? A -4.866 4.915 -2.981 1 1 A TRP 0.370 1 ATOM 22 C CD2 . TRP 24 24 ? A -6.976 5.365 -3.613 1 1 A TRP 0.370 1 ATOM 23 N NE1 . TRP 24 24 ? A -4.978 6.281 -3.113 1 1 A TRP 0.370 1 ATOM 24 C CE2 . TRP 24 24 ? A -6.267 6.577 -3.501 1 1 A TRP 0.370 1 ATOM 25 C CE3 . TRP 24 24 ? A -8.309 5.346 -4.015 1 1 A TRP 0.370 1 ATOM 26 C CZ2 . TRP 24 24 ? A -6.885 7.790 -3.771 1 1 A TRP 0.370 1 ATOM 27 C CZ3 . TRP 24 24 ? A -8.935 6.572 -4.280 1 1 A TRP 0.370 1 ATOM 28 C CH2 . TRP 24 24 ? A -8.236 7.780 -4.155 1 1 A TRP 0.370 1 ATOM 29 N N . VAL 25 25 ? A -3.884 1.773 -4.730 1 1 A VAL 0.480 1 ATOM 30 C CA . VAL 25 25 ? A -2.507 1.958 -5.179 1 1 A VAL 0.480 1 ATOM 31 C C . VAL 25 25 ? A -2.302 1.583 -6.634 1 1 A VAL 0.480 1 ATOM 32 O O . VAL 25 25 ? A -1.696 2.327 -7.403 1 1 A VAL 0.480 1 ATOM 33 C CB . VAL 25 25 ? A -1.558 1.100 -4.339 1 1 A VAL 0.480 1 ATOM 34 C CG1 . VAL 25 25 ? A -0.116 1.093 -4.911 1 1 A VAL 0.480 1 ATOM 35 C CG2 . VAL 25 25 ? A -1.551 1.630 -2.889 1 1 A VAL 0.480 1 ATOM 36 N N . LEU 26 26 ? A -2.844 0.419 -7.043 1 1 A LEU 0.520 1 ATOM 37 C CA . LEU 26 26 ? A -2.784 -0.045 -8.405 1 1 A LEU 0.520 1 ATOM 38 C C . LEU 26 26 ? A -3.541 0.835 -9.385 1 1 A LEU 0.520 1 ATOM 39 O O . LEU 26 26 ? A -2.994 1.168 -10.435 1 1 A LEU 0.520 1 ATOM 40 C CB . LEU 26 26 ? A -3.345 -1.479 -8.485 1 1 A LEU 0.520 1 ATOM 41 C CG . LEU 26 26 ? A -3.311 -2.086 -9.902 1 1 A LEU 0.520 1 ATOM 42 C CD1 . LEU 26 26 ? A -1.876 -2.189 -10.451 1 1 A LEU 0.520 1 ATOM 43 C CD2 . LEU 26 26 ? A -4.014 -3.449 -9.911 1 1 A LEU 0.520 1 ATOM 44 N N . ASP 27 27 ? A -4.784 1.267 -9.045 1 1 A ASP 0.570 1 ATOM 45 C CA . ASP 27 27 ? A -5.594 2.163 -9.851 1 1 A ASP 0.570 1 ATOM 46 C C . ASP 27 27 ? A -4.854 3.486 -10.075 1 1 A ASP 0.570 1 ATOM 47 O O . ASP 27 27 ? A -4.687 3.963 -11.195 1 1 A ASP 0.570 1 ATOM 48 C CB . ASP 27 27 ? A -6.957 2.376 -9.128 1 1 A ASP 0.570 1 ATOM 49 C CG . ASP 27 27 ? A -7.948 3.142 -9.979 1 1 A ASP 0.570 1 ATOM 50 O OD1 . ASP 27 27 ? A -8.298 4.287 -9.596 1 1 A ASP 0.570 1 ATOM 51 O OD2 . ASP 27 27 ? A -8.374 2.563 -11.009 1 1 A ASP 0.570 1 ATOM 52 N N . ILE 28 28 ? A -4.274 4.055 -8.995 1 1 A ILE 0.590 1 ATOM 53 C CA . ILE 28 28 ? A -3.517 5.294 -9.074 1 1 A ILE 0.590 1 ATOM 54 C C . ILE 28 28 ? A -2.258 5.186 -9.900 1 1 A ILE 0.590 1 ATOM 55 O O . ILE 28 28 ? A -1.998 6.027 -10.764 1 1 A ILE 0.590 1 ATOM 56 C CB . ILE 28 28 ? A -3.105 5.800 -7.696 1 1 A ILE 0.590 1 ATOM 57 C CG1 . ILE 28 28 ? A -4.344 6.117 -6.823 1 1 A ILE 0.590 1 ATOM 58 C CG2 . ILE 28 28 ? A -2.179 7.042 -7.805 1 1 A ILE 0.590 1 ATOM 59 C CD1 . ILE 28 28 ? A -5.290 7.182 -7.388 1 1 A ILE 0.590 1 ATOM 60 N N . PHE 29 29 ? A -1.450 4.122 -9.670 1 1 A PHE 0.540 1 ATOM 61 C CA . PHE 29 29 ? A -0.227 3.872 -10.404 1 1 A PHE 0.540 1 ATOM 62 C C . PHE 29 29 ? A -0.546 3.742 -11.884 1 1 A PHE 0.540 1 ATOM 63 O O . PHE 29 29 ? A 0.051 4.405 -12.721 1 1 A PHE 0.540 1 ATOM 64 C CB . PHE 29 29 ? A 0.484 2.594 -9.851 1 1 A PHE 0.540 1 ATOM 65 C CG . PHE 29 29 ? A 1.760 2.263 -10.593 1 1 A PHE 0.540 1 ATOM 66 C CD1 . PHE 29 29 ? A 1.758 1.291 -11.607 1 1 A PHE 0.540 1 ATOM 67 C CD2 . PHE 29 29 ? A 2.957 2.942 -10.317 1 1 A PHE 0.540 1 ATOM 68 C CE1 . PHE 29 29 ? A 2.925 0.991 -12.318 1 1 A PHE 0.540 1 ATOM 69 C CE2 . PHE 29 29 ? A 4.130 2.645 -11.026 1 1 A PHE 0.540 1 ATOM 70 C CZ . PHE 29 29 ? A 4.115 1.665 -12.024 1 1 A PHE 0.540 1 ATOM 71 N N . LEU 30 30 ? A -1.585 2.959 -12.229 1 1 A LEU 0.600 1 ATOM 72 C CA . LEU 30 30 ? A -2.003 2.777 -13.596 1 1 A LEU 0.600 1 ATOM 73 C C . LEU 30 30 ? 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PHE 34 34 ? A -1.309 5.583 -18.829 1 1 A PHE 0.600 1 ATOM 103 C C . PHE 34 34 ? A -1.260 7.021 -19.341 1 1 A PHE 0.600 1 ATOM 104 O O . PHE 34 34 ? A -1.032 7.261 -20.529 1 1 A PHE 0.600 1 ATOM 105 C CB . PHE 34 34 ? A -2.775 5.211 -18.445 1 1 A PHE 0.600 1 ATOM 106 C CG . PHE 34 34 ? A -3.739 5.427 -19.587 1 1 A PHE 0.600 1 ATOM 107 C CD1 . PHE 34 34 ? A -4.481 6.618 -19.681 1 1 A PHE 0.600 1 ATOM 108 C CD2 . PHE 34 34 ? A -3.838 4.490 -20.624 1 1 A PHE 0.600 1 ATOM 109 C CE1 . PHE 34 34 ? A -5.313 6.861 -20.780 1 1 A PHE 0.600 1 ATOM 110 C CE2 . PHE 34 34 ? A -4.678 4.722 -21.721 1 1 A PHE 0.600 1 ATOM 111 C CZ . PHE 34 34 ? A -5.420 5.906 -21.796 1 1 A PHE 0.600 1 ATOM 112 N N . ALA 35 35 ? A -1.432 8.011 -18.433 1 1 A ALA 0.650 1 ATOM 113 C CA . ALA 35 35 ? A -1.419 9.413 -18.777 1 1 A ALA 0.650 1 ATOM 114 C C . ALA 35 35 ? A -0.088 9.871 -19.334 1 1 A ALA 0.650 1 ATOM 115 O O . ALA 35 35 ? A -0.042 10.465 -20.401 1 1 A ALA 0.650 1 ATOM 116 C CB . ALA 35 35 ? 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A 7.612 17.583 -34.016 1 1 A LEU 0.380 1 # # loop_ _atom_type.symbol C N O # # loop_ _ma_qa_metric.id _ma_qa_metric.name _ma_qa_metric.description _ma_qa_metric.type _ma_qa_metric.mode _ma_qa_metric.type_other_details _ma_qa_metric.software_group_id 1 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.532 2 1 3 0.001 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 22 THR 1 0.410 2 1 A 23 PRO 1 0.440 3 1 A 24 TRP 1 0.370 4 1 A 25 VAL 1 0.480 5 1 A 26 LEU 1 0.520 6 1 A 27 ASP 1 0.570 7 1 A 28 ILE 1 0.590 8 1 A 29 PHE 1 0.540 9 1 A 30 LEU 1 0.600 10 1 A 31 THR 1 0.620 11 1 A 32 LEU 1 0.620 12 1 A 33 VAL 1 0.630 13 1 A 34 PHE 1 0.600 14 1 A 35 ALA 1 0.650 15 1 A 36 LEU 1 0.610 16 1 A 37 GLY 1 0.630 17 1 A 38 PHE 1 0.550 18 1 A 39 PHE 1 0.550 19 1 A 40 PHE 1 0.520 20 1 A 41 LEU 1 0.520 21 1 A 42 LEU 1 0.490 22 1 A 43 LEU 1 0.450 23 1 A 44 PRO 1 0.400 24 1 A 45 TYR 1 0.560 25 1 A 46 LEU 1 0.380 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #