data_SMR-b9ced670b619b9b00fc453706f7b6b9e_2 _entry.id SMR-b9ced670b619b9b00fc453706f7b6b9e_2 _struct.entry_id SMR-b9ced670b619b9b00fc453706f7b6b9e_2 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - P30622 (isoform 1)/ CLIP1_HUMAN, CAP-Gly domain-containing linker protein 1 Estimated model accuracy of this model is 0.047, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries P30622 (isoform 1)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 182079.328 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP CLIP1_HUMAN P30622 1 ;MSMLKPSGLKAPTKILKPGSTALKTPTAVVAPVEKTISSEKASSTPSSETQEEFVDDFRVGERVWVNGNK PGFIQFLGETQFAPGQWAGIVLDEPIGKNDGSVAGVRYFQCEPLKGIFTRPSKLTRKVQAEDEANGLQTT PASRATSPLCTSTASMVSSSPSTPSNIPQKPSQPAAKEPSATPPISNLTKTASESISNLSEAGSIKKGER ELKIGDRVLVGGTKAGVVRFLGETDFAKGEWCGVELDEPLGKNDGAVAGTRYFQCQPKYGLFAPVHKVTK IGFPSTTPAKAKANAVRRVMATTSASLKRSPSASSLSSMSSVASSVSSRPSRTGLLTETSSRYARKISGT TALQEALKEKQQHIEQLLAERDLERAEVAKATSHVGEIEQELALARDGHDQHVLELEAKMDQLRTMVEAA DREKVELLNQLEEEKRKVEDLQFRVEEESITKGDLEVATVSEKSRIMELEKDLALRVQEVAELRRRLESN KPAGDVDMSLSLLQEISSLQEKLEVTRTDHQREITSLKEHFGAREETHQKEIKALYTATEKLSKENESLK SKLEHANKENSDVIALWKSKLETAIASHQQAMEELKVSFSKGLGTETAEFAELKTQIEKMRLDYQHEIEN LQNQQDSERAAHAKEMEALRAKLMKVIKEKENSLEAIRSKLDKAEDQHLVEMEDTLNKLQEAEIKVKELE VLQAKCNEQTKVIDNFTSQLKATEEKLLDLDALRKASSEGKSEMKKLRQQLEAAEKQIKHLEIEKNAESS KASSITRELQGRELKLTNLQENLSEVSQVKETLEKELQILKEKFAEASEEAVSVQRSMQETVNKLHQKEE QFNMLSSDLEKLRENLADMEAKFREKDEREEQLIKAKEKLENDIAEIMKMSGDNSSQLTKMNDELRLKER DVEELQLKLTKANENASFLQKSIEDMTVKAEQSQQEAAKKHEEEKKELERKLSDLEKKMETSHNQCQELK ARYERATSETKTKHEEILQNLQKTLLDTEDKLKGAREENSGLLQELEELRKQADKAKAAQTAEDAMQIME QMTKEKTETLASLEDTKQTNAKLQNELDTLKENNLKNVEELNKSKELLTVENQKMEEFRKEIETLKQAAA QKSQQLSALQEENVKLAEELGRSRDEVTSHQKLEEERSVLNNQLLEMKKRESKFIKDADEEKASLQKSIS ITSALLTEKDAELEKLRNEVTVLRGENASAKSLHSVVQTLESDKVKLELKVKNLELQLKENKRQLSSSSG NTDTQADEDERAQESQIDFLNSVIVDLQRKNQDLKMKVEMMSEAALNGNGDDLNNYDSDDQEKQSKKKPR LFCDICDCFDLHDTEDCPTQAQMSEDPPHSTHHGSRGEERPYCEICEMFGHWATNCNDDETF ; 'CAP-Gly domain-containing linker protein 1' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1392 1 1392 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . CLIP1_HUMAN P30622 P30622-1 1 1392 9606 'Homo sapiens (Human)' 2009-10-13 959DF99064762A10 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MSMLKPSGLKAPTKILKPGSTALKTPTAVVAPVEKTISSEKASSTPSSETQEEFVDDFRVGERVWVNGNK PGFIQFLGETQFAPGQWAGIVLDEPIGKNDGSVAGVRYFQCEPLKGIFTRPSKLTRKVQAEDEANGLQTT PASRATSPLCTSTASMVSSSPSTPSNIPQKPSQPAAKEPSATPPISNLTKTASESISNLSEAGSIKKGER ELKIGDRVLVGGTKAGVVRFLGETDFAKGEWCGVELDEPLGKNDGAVAGTRYFQCQPKYGLFAPVHKVTK IGFPSTTPAKAKANAVRRVMATTSASLKRSPSASSLSSMSSVASSVSSRPSRTGLLTETSSRYARKISGT TALQEALKEKQQHIEQLLAERDLERAEVAKATSHVGEIEQELALARDGHDQHVLELEAKMDQLRTMVEAA DREKVELLNQLEEEKRKVEDLQFRVEEESITKGDLEVATVSEKSRIMELEKDLALRVQEVAELRRRLESN KPAGDVDMSLSLLQEISSLQEKLEVTRTDHQREITSLKEHFGAREETHQKEIKALYTATEKLSKENESLK SKLEHANKENSDVIALWKSKLETAIASHQQAMEELKVSFSKGLGTETAEFAELKTQIEKMRLDYQHEIEN 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ELKIGDRVLVGGTKAGVVRFLGETDFAKGEWCGVELDEPLGKNDGAVAGTRYFQCQPKYGLFAPVHKVTK IGFPSTTPAKAKANAVRRVMATTSASLKRSPSASSLSSMSSVASSVSSRPSRTGLLTETSSRYARKISGT TALQEALKEKQQHIEQLLAERDLERAEVAKATSHVGEIEQELALARDGHDQHVLELEAKMDQLRTMVEAA DREKVELLNQLEEEKRKVEDLQFRVEEESITKGDLEVATVSEKSRIMELEKDLALRVQEVAELRRRLESN KPAGDVDMSLSLLQEISSLQEKLEVTRTDHQREITSLKEHFGAREETHQKEIKALYTATEKLSKENESLK SKLEHANKENSDVIALWKSKLETAIASHQQAMEELKVSFSKGLGTETAEFAELKTQIEKMRLDYQHEIEN LQNQQDSERAAHAKEMEALRAKLMKVIKEKENSLEAIRSKLDKAEDQHLVEMEDTLNKLQEAEIKVKELE VLQAKCNEQTKVIDNFTSQLKATEEKLLDLDALRKASSEGKSEMKKLRQQLEAAEKQIKHLEIEKNAESS KASSITRELQGRELKLTNLQENLSEVSQVKETLEKELQILKEKFAEASEEAVSVQRSMQETVNKLHQKEE QFNMLSSDLEKLRENLADMEAKFREKDEREEQLIKAKEKLENDIAEIMKMSGDNSSQLTKMNDELRLKER DVEELQLKLTKANENASFLQKSIEDMTVKAEQSQQEAAKKHEEEKKELERKLSDLEKKMETSHNQCQELK ARYERATSETKTKHEEILQNLQKTLLDTEDKLKGAREENSGLLQELEELRKQADKAKAAQTAEDAMQIME QMTKEKTETLASLEDTKQTNAKLQNELDTLKENNLKNVEELNKSKELLTVENQKMEEFRKEIETLKQAAA QKSQQLSALQEENVKLAEELGRSRDEVTSHQKLEEERSVLNNQLLEMKKRESKFIKDADEEKASLQKSIS 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64 VAL . 1 65 TRP . 1 66 VAL . 1 67 ASN . 1 68 GLY . 1 69 ASN . 1 70 LYS . 1 71 PRO . 1 72 GLY . 1 73 PHE . 1 74 ILE . 1 75 GLN . 1 76 PHE . 1 77 LEU . 1 78 GLY . 1 79 GLU . 1 80 THR . 1 81 GLN . 1 82 PHE . 1 83 ALA . 1 84 PRO . 1 85 GLY . 1 86 GLN . 1 87 TRP . 1 88 ALA . 1 89 GLY . 1 90 ILE . 1 91 VAL . 1 92 LEU . 1 93 ASP . 1 94 GLU . 1 95 PRO . 1 96 ILE . 1 97 GLY . 1 98 LYS . 1 99 ASN . 1 100 ASP . 1 101 GLY . 1 102 SER . 1 103 VAL . 1 104 ALA . 1 105 GLY . 1 106 VAL . 1 107 ARG . 1 108 TYR . 1 109 PHE . 1 110 GLN . 1 111 CYS . 1 112 GLU . 1 113 PRO . 1 114 LEU . 1 115 LYS . 1 116 GLY . 1 117 ILE . 1 118 PHE . 1 119 THR . 1 120 ARG . 1 121 PRO . 1 122 SER . 1 123 LYS . 1 124 LEU . 1 125 THR . 1 126 ARG . 1 127 LYS . 1 128 VAL . 1 129 GLN . 1 130 ALA . 1 131 GLU . 1 132 ASP . 1 133 GLU . 1 134 ALA . 1 135 ASN . 1 136 GLY . 1 137 LEU . 1 138 GLN . 1 139 THR . 1 140 THR . 1 141 PRO . 1 142 ALA . 1 143 SER . 1 144 ARG . 1 145 ALA . 1 146 THR . 1 147 SER . 1 148 PRO . 1 149 LEU . 1 150 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A 1 1295 LYS 1295 ? ? ? A . A 1 1296 MET 1296 ? ? ? A . A 1 1297 LYS 1297 ? ? ? A . A 1 1298 VAL 1298 ? ? ? A . A 1 1299 GLU 1299 ? ? ? A . A 1 1300 MET 1300 ? ? ? A . A 1 1301 MET 1301 ? ? ? A . A 1 1302 SER 1302 ? ? ? A . A 1 1303 GLU 1303 ? ? ? A . A 1 1304 ALA 1304 ? ? ? A . A 1 1305 ALA 1305 ? ? ? A . A 1 1306 LEU 1306 ? ? ? A . A 1 1307 ASN 1307 ? ? ? A . A 1 1308 GLY 1308 ? ? ? A . A 1 1309 ASN 1309 ? ? ? A . A 1 1310 GLY 1310 ? ? ? A . A 1 1311 ASP 1311 ? ? ? A . A 1 1312 ASP 1312 ? ? ? A . A 1 1313 LEU 1313 ? ? ? A . A 1 1314 ASN 1314 ? ? ? A . A 1 1315 ASN 1315 ? ? ? A . A 1 1316 TYR 1316 ? ? ? A . A 1 1317 ASP 1317 ? ? ? A . A 1 1318 SER 1318 ? ? ? A . A 1 1319 ASP 1319 ? ? ? A . A 1 1320 ASP 1320 ? ? ? A . A 1 1321 GLN 1321 ? ? ? A . A 1 1322 GLU 1322 ? ? ? A . A 1 1323 LYS 1323 ? ? ? A . A 1 1324 GLN 1324 ? ? ? A . A 1 1325 SER 1325 ? ? ? A . A 1 1326 LYS 1326 ? ? ? A . A 1 1327 LYS 1327 ? ? ? A . A 1 1328 LYS 1328 ? ? ? A . A 1 1329 PRO 1329 ? ? ? A . A 1 1330 ARG 1330 ? ? ? A . A 1 1331 LEU 1331 ? ? ? A . A 1 1332 PHE 1332 ? ? ? A . A 1 1333 CYS 1333 ? ? ? A . A 1 1334 ASP 1334 ? ? ? A . A 1 1335 ILE 1335 ? ? ? A . A 1 1336 CYS 1336 ? ? ? A . A 1 1337 ASP 1337 ? ? ? A . A 1 1338 CYS 1338 ? ? ? A . A 1 1339 PHE 1339 ? ? ? A . A 1 1340 ASP 1340 ? ? ? A . A 1 1341 LEU 1341 ? ? ? A . A 1 1342 HIS 1342 ? ? ? A . A 1 1343 ASP 1343 ? ? ? A . A 1 1344 THR 1344 ? ? ? A . A 1 1345 GLU 1345 ? ? ? A . A 1 1346 ASP 1346 ? ? ? A . A 1 1347 CYS 1347 ? ? ? A . A 1 1348 PRO 1348 ? ? ? A . A 1 1349 THR 1349 ? ? ? A . A 1 1350 GLN 1350 ? ? ? A . A 1 1351 ALA 1351 ? ? ? A . A 1 1352 GLN 1352 ? ? ? A . A 1 1353 MET 1353 ? ? ? A . A 1 1354 SER 1354 ? ? ? A . A 1 1355 GLU 1355 ? ? ? A . A 1 1356 ASP 1356 ? ? ? A . A 1 1357 PRO 1357 ? ? ? A . A 1 1358 PRO 1358 ? ? ? A . A 1 1359 HIS 1359 ? ? ? A . A 1 1360 SER 1360 ? ? ? A . A 1 1361 THR 1361 ? ? ? A . A 1 1362 HIS 1362 ? ? ? A . A 1 1363 HIS 1363 ? ? ? A . A 1 1364 GLY 1364 ? ? ? A . A 1 1365 SER 1365 ? ? ? A . A 1 1366 ARG 1366 ? ? ? A . A 1 1367 GLY 1367 ? ? ? A . A 1 1368 GLU 1368 ? ? ? A . A 1 1369 GLU 1369 ? ? ? A . A 1 1370 ARG 1370 ? ? ? A . A 1 1371 PRO 1371 ? ? ? A . A 1 1372 TYR 1372 ? ? ? A . A 1 1373 CYS 1373 ? ? ? A . A 1 1374 GLU 1374 ? ? ? A . A 1 1375 ILE 1375 ? ? ? A . A 1 1376 CYS 1376 ? ? ? A . A 1 1377 GLU 1377 ? ? ? A . A 1 1378 MET 1378 ? ? ? A . A 1 1379 PHE 1379 ? ? ? A . A 1 1380 GLY 1380 ? ? ? A . A 1 1381 HIS 1381 ? ? ? A . A 1 1382 TRP 1382 ? ? ? A . A 1 1383 ALA 1383 ? ? ? A . A 1 1384 THR 1384 ? ? ? A . A 1 1385 ASN 1385 ? ? ? A . A 1 1386 CYS 1386 ? ? ? A . A 1 1387 ASN 1387 ? ? ? A . A 1 1388 ASP 1388 ? ? ? A . A 1 1389 ASP 1389 ? ? ? A . A 1 1390 GLU 1390 ? ? ? A . A 1 1391 THR 1391 ? ? ? A . A 1 1392 PHE 1392 ? ? ? A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Restin {PDB ID=2cp6, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=2cp6.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 2cp6, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 2' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-27 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-22 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GSSGSSGATPPISNLTKTASESISNLSEAGSIKKGERELKIGDRVLVGGTKAGVVRFLGETDFAKGEWCG VELDEPLGKNDGAVAGTRYFQCQPKYGLFAPVHKVTKIGFPSTTPAKAKANAVRRVMATTSASLKRSPSA SSLSSMSSVASSVSSRPSRTGLLTETSGPSSG ; ;GSSGSSGATPPISNLTKTASESISNLSEAGSIKKGERELKIGDRVLVGGTKAGVVRFLGETDFAKGEWCG VELDEPLGKNDGAVAGTRYFQCQPKYGLFAPVHKVTKIGFPSTTPAKAKANAVRRVMATTSASLKRSPSA SSLSSMSSVASSVSSRPSRTGLLTETSGPSSG ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 33 118 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 2cp6 2024-05-29 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1392 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1392 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 8.9e-23 100.000 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MSMLKPSGLKAPTKILKPGSTALKTPTAVVAPVEKTISSEKASSTPSSETQEEFVDDFRVGERVWVNGNKPGFIQFLGETQFAPGQWAGIVLDEPIGKNDGSVAGVRYFQCEPLKGIFTRPSKLTRKVQAEDEANGLQTTPASRATSPLCTSTASMVSSSPSTPSNIPQKPSQPAAKEPSATPPISNLTKTASESISNLSEAGSIKKGERELKIGDRVLVGGTKAGVVRFLGETDFAKGEWCGVELDEPLGKNDGAVAGTRYFQCQPKYGLFAPVHKVTKIGFPSTTPAKAKANAVRRVMATTSASLKRSPSASSLSSMSSVASSVSSRPSRTGLLTETSSRYARKISGTTALQEALKEKQQHIEQLLAERDLERAEVAKATSHVGEIEQELALARDGHDQHVLELEAKMDQLRTMVEAADREKVELLNQLEEEKRKVEDLQFRVEEESITKGDLEVATVSEKSRIMELEKDLALRVQEVAELRRRLESNKPAGDVDMSLSLLQEISSLQEKLEVTRTDHQREITSLKEHFGAREETHQKEIKALYTATEKLSKENESLKSKLEHANKENSDVIALWKSKLETAIASHQQAMEELKVSFSKGLGTETAEFAELKTQIEKMRLDYQHEIENLQNQQDSERAAHAKEMEALRAKLMKVIKEKENSLEAIRSKLDKAEDQHLVEMEDTLNKLQEAEIKVKELEVLQAKCNEQTKVIDNFTSQLKATEEKLLDLDALRKASSEGKSEMKKLRQQLEAAEKQIKHLEIEKNAESSKASSITRELQGRELKLTNLQENLSEVSQVKETLEKELQILKEKFAEASEEAVSVQRSMQETVNKLHQKEEQFNMLSSDLEKLRENLADMEAKFREKDEREEQLIKAKEKLENDIAEIMKMSGDNSSQLTKMNDELRLKERDVEELQLKLTKANENASFLQKSIEDMTVKAEQSQQEAAKKHEEEKKELERKLSDLEKKMETSHNQCQELKARYERATSETKTKHEEILQNLQKTLLDTEDKLKGAREENSGLLQELEELRKQADKAKAAQTAEDAMQIMEQMTKEKTETLASLEDTKQTNAKLQNELDTLKENNLKNVEELNKSKELLTVENQKMEEFRKEIETLKQAAAQKSQQLSALQEENVKLAEELGRSRDEVTSHQKLEEERSVLNNQLLEMKKRESKFIKDADEEKASLQKSISITSALLTEKDAELEKLRNEVTVLRGENASAKSLHSVVQTLESDKVKLELKVKNLELQLKENKRQLSSSSGNTDTQADEDERAQESQIDFLNSVIVDLQRKNQDLKMKVEMMSEAALNGNGDDLNNYDSDDQEKQSKKKPRLFCDICDCFDLHDTEDCPTQAQMSEDPPHSTHHGSRGEERPYCEICEMFGHWATNCNDDETF 2 1 2 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------KKGERELKIGDRVLVGGTKAGVVRFLGETDFAKGEWCGVELDEPLGKNDGAVAGTRYFQCQPKYGLFAPVHKVTKIGFPSTTPAKA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 2cp6.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 2' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . 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A 13.976 -13.061 13.738 1 1 A LYS 0.380 1 ATOM 16 C CD . LYS 207 207 ? A 14.937 -11.859 13.604 1 1 A LYS 0.380 1 ATOM 17 C CE . LYS 207 207 ? A 15.849 -11.619 14.815 1 1 A LYS 0.380 1 ATOM 18 N NZ . LYS 207 207 ? A 15.040 -11.279 16.002 1 1 A LYS 0.380 1 ATOM 19 N N . GLY 208 208 ? A 12.492 -12.511 9.317 1 1 A GLY 0.620 1 ATOM 20 C CA . GLY 208 208 ? A 12.724 -12.437 7.881 1 1 A GLY 0.620 1 ATOM 21 C C . GLY 208 208 ? A 13.948 -11.611 7.597 1 1 A GLY 0.620 1 ATOM 22 O O . GLY 208 208 ? A 14.723 -11.271 8.485 1 1 A GLY 0.620 1 ATOM 23 N N . GLU 209 209 ? A 14.112 -11.236 6.320 1 1 A GLU 0.590 1 ATOM 24 C CA . GLU 209 209 ? A 15.254 -10.486 5.833 1 1 A GLU 0.590 1 ATOM 25 C C . GLU 209 209 ? A 14.804 -9.165 5.223 1 1 A GLU 0.590 1 ATOM 26 O O . GLU 209 209 ? A 15.433 -8.123 5.385 1 1 A GLU 0.590 1 ATOM 27 C CB . GLU 209 209 ? A 15.908 -11.335 4.723 1 1 A GLU 0.590 1 ATOM 28 C CG . GLU 209 209 ? A 16.582 -12.624 5.245 1 1 A GLU 0.590 1 ATOM 29 C CD . GLU 209 209 ? A 16.900 -13.536 4.066 1 1 A GLU 0.590 1 ATOM 30 O OE1 . GLU 209 209 ? A 17.710 -13.111 3.203 1 1 A GLU 0.590 1 ATOM 31 O OE2 . GLU 209 209 ? A 16.286 -14.630 3.992 1 1 A GLU 0.590 1 ATOM 32 N N . ARG 210 210 ? A 13.652 -9.176 4.517 1 1 A ARG 0.580 1 ATOM 33 C CA . ARG 210 210 ? A 13.092 -8.019 3.842 1 1 A ARG 0.580 1 ATOM 34 C C . ARG 210 210 ? A 11.691 -7.703 4.337 1 1 A ARG 0.580 1 ATOM 35 O O . ARG 210 210 ? A 10.893 -7.062 3.657 1 1 A ARG 0.580 1 ATOM 36 C CB . ARG 210 210 ? A 13.137 -8.206 2.297 1 1 A ARG 0.580 1 ATOM 37 C CG . ARG 210 210 ? A 12.317 -9.374 1.696 1 1 A ARG 0.580 1 ATOM 38 C CD . ARG 210 210 ? A 12.403 -9.549 0.163 1 1 A ARG 0.580 1 ATOM 39 N NE . ARG 210 210 ? A 12.070 -8.230 -0.496 1 1 A ARG 0.580 1 ATOM 40 C CZ . ARG 210 210 ? A 12.964 -7.318 -0.913 1 1 A ARG 0.580 1 ATOM 41 N NH1 . ARG 210 210 ? A 14.266 -7.518 -0.771 1 1 A ARG 0.580 1 ATOM 42 N NH2 . ARG 210 210 ? A 12.575 -6.131 -1.376 1 1 A ARG 0.580 1 ATOM 43 N N . GLU 211 211 ? 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A 8.425 -3.592 5.136 1 1 A LEU 0.680 1 ATOM 58 C CD1 . LEU 212 212 ? A 7.472 -2.677 4.381 1 1 A LEU 0.680 1 ATOM 59 C CD2 . LEU 212 212 ? A 9.866 -3.081 4.998 1 1 A LEU 0.680 1 ATOM 60 N N . LYS 213 213 ? A 8.263 -3.754 9.697 1 1 A LYS 0.650 1 ATOM 61 C CA . LYS 213 213 ? A 7.734 -3.834 11.034 1 1 A LYS 0.650 1 ATOM 62 C C . LYS 213 213 ? A 6.592 -2.840 11.181 1 1 A LYS 0.650 1 ATOM 63 O O . LYS 213 213 ? A 6.525 -1.847 10.467 1 1 A LYS 0.650 1 ATOM 64 C CB . LYS 213 213 ? A 8.845 -3.555 12.067 1 1 A LYS 0.650 1 ATOM 65 C CG . LYS 213 213 ? A 8.589 -4.283 13.393 1 1 A LYS 0.650 1 ATOM 66 C CD . LYS 213 213 ? A 9.663 -3.957 14.436 1 1 A LYS 0.650 1 ATOM 67 C CE . LYS 213 213 ? A 9.177 -4.092 15.882 1 1 A LYS 0.650 1 ATOM 68 N NZ . LYS 213 213 ? A 9.516 -2.853 16.617 1 1 A LYS 0.650 1 ATOM 69 N N . ILE 214 214 ? A 5.643 -3.083 12.110 1 1 A ILE 0.640 1 ATOM 70 C CA . ILE 214 214 ? A 4.545 -2.173 12.431 1 1 A ILE 0.640 1 ATOM 71 C C . ILE 214 214 ? A 5.052 -0.813 12.899 1 1 A ILE 0.640 1 ATOM 72 O O . ILE 214 214 ? A 5.978 -0.723 13.706 1 1 A ILE 0.640 1 ATOM 73 C CB . ILE 214 214 ? A 3.620 -2.745 13.516 1 1 A ILE 0.640 1 ATOM 74 C CG1 . ILE 214 214 ? A 3.232 -4.224 13.268 1 1 A ILE 0.640 1 ATOM 75 C CG2 . ILE 214 214 ? A 2.359 -1.868 13.700 1 1 A ILE 0.640 1 ATOM 76 C CD1 . ILE 214 214 ? A 2.467 -4.489 11.970 1 1 A ILE 0.640 1 ATOM 77 N N . GLY 215 215 ? A 4.431 0.277 12.398 1 1 A GLY 0.670 1 ATOM 78 C CA . GLY 215 215 ? A 4.779 1.640 12.760 1 1 A GLY 0.670 1 ATOM 79 C C . GLY 215 215 ? A 5.976 2.210 12.046 1 1 A GLY 0.670 1 ATOM 80 O O . GLY 215 215 ? A 6.620 3.115 12.557 1 1 A GLY 0.670 1 ATOM 81 N N . ASP 216 216 ? A 6.265 1.727 10.826 1 1 A ASP 0.650 1 ATOM 82 C CA . ASP 216 216 ? A 7.411 2.145 10.052 1 1 A ASP 0.650 1 ATOM 83 C C . ASP 216 216 ? A 6.926 2.910 8.824 1 1 A ASP 0.650 1 ATOM 84 O O . ASP 216 216 ? A 5.929 2.543 8.198 1 1 A ASP 0.650 1 ATOM 85 C CB . ASP 216 216 ? A 8.285 0.911 9.681 1 1 A ASP 0.650 1 ATOM 86 C CG . ASP 216 216 ? A 9.712 1.314 9.327 1 1 A ASP 0.650 1 ATOM 87 O OD1 . ASP 216 216 ? A 10.161 2.383 9.806 1 1 A ASP 0.650 1 ATOM 88 O OD2 . ASP 216 216 ? A 10.385 0.548 8.584 1 1 A ASP 0.650 1 ATOM 89 N N . ARG 217 217 ? A 7.597 4.028 8.477 1 1 A ARG 0.710 1 ATOM 90 C CA . ARG 217 217 ? A 7.290 4.834 7.304 1 1 A ARG 0.710 1 ATOM 91 C C . ARG 217 217 ? A 7.957 4.285 6.052 1 1 A ARG 0.710 1 ATOM 92 O O . ARG 217 217 ? A 9.150 3.979 6.026 1 1 A ARG 0.710 1 ATOM 93 C CB . ARG 217 217 ? A 7.716 6.325 7.421 1 1 A ARG 0.710 1 ATOM 94 C CG . ARG 217 217 ? A 6.995 7.137 8.510 1 1 A ARG 0.710 1 ATOM 95 C CD . ARG 217 217 ? A 6.141 8.246 7.887 1 1 A ARG 0.710 1 ATOM 96 N NE . ARG 217 217 ? A 5.141 8.677 8.910 1 1 A ARG 0.710 1 ATOM 97 C CZ . ARG 217 217 ? A 4.328 9.731 8.768 1 1 A ARG 0.710 1 ATOM 98 N NH1 . ARG 217 217 ? A 4.449 10.593 7.770 1 1 A ARG 0.710 1 ATOM 99 N NH2 . ARG 217 217 ? A 3.299 9.876 9.598 1 1 A ARG 0.710 1 ATOM 100 N N . 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.618 2 1 3 0.047 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 206 LYS 1 0.400 2 1 A 207 LYS 1 0.380 3 1 A 208 GLY 1 0.620 4 1 A 209 GLU 1 0.590 5 1 A 210 ARG 1 0.580 6 1 A 211 GLU 1 0.700 7 1 A 212 LEU 1 0.680 8 1 A 213 LYS 1 0.650 9 1 A 214 ILE 1 0.640 10 1 A 215 GLY 1 0.670 11 1 A 216 ASP 1 0.650 12 1 A 217 ARG 1 0.710 13 1 A 218 VAL 1 0.750 14 1 A 219 LEU 1 0.700 15 1 A 220 VAL 1 0.700 16 1 A 221 GLY 1 0.610 17 1 A 222 GLY 1 0.570 18 1 A 223 THR 1 0.540 19 1 A 224 LYS 1 0.640 20 1 A 225 ALA 1 0.720 21 1 A 226 GLY 1 0.760 22 1 A 227 VAL 1 0.740 23 1 A 228 VAL 1 0.730 24 1 A 229 ARG 1 0.690 25 1 A 230 PHE 1 0.630 26 1 A 231 LEU 1 0.680 27 1 A 232 GLY 1 0.680 28 1 A 233 GLU 1 0.640 29 1 A 234 THR 1 0.650 30 1 A 235 ASP 1 0.550 31 1 A 236 PHE 1 0.430 32 1 A 237 ALA 1 0.560 33 1 A 238 LYS 1 0.460 34 1 A 239 GLY 1 0.590 35 1 A 240 GLU 1 0.680 36 1 A 241 TRP 1 0.630 37 1 A 242 CYS 1 0.760 38 1 A 243 GLY 1 0.770 39 1 A 244 VAL 1 0.740 40 1 A 245 GLU 1 0.720 41 1 A 246 LEU 1 0.670 42 1 A 247 ASP 1 0.630 43 1 A 248 GLU 1 0.660 44 1 A 249 PRO 1 0.590 45 1 A 250 LEU 1 0.580 46 1 A 251 GLY 1 0.720 47 1 A 252 LYS 1 0.630 48 1 A 253 ASN 1 0.650 49 1 A 254 ASP 1 0.580 50 1 A 255 GLY 1 0.690 51 1 A 256 ALA 1 0.710 52 1 A 257 VAL 1 0.700 53 1 A 258 ALA 1 0.560 54 1 A 259 GLY 1 0.580 55 1 A 260 THR 1 0.660 56 1 A 261 ARG 1 0.610 57 1 A 262 TYR 1 0.620 58 1 A 263 PHE 1 0.560 59 1 A 264 GLN 1 0.570 60 1 A 265 CYS 1 0.530 61 1 A 266 GLN 1 0.580 62 1 A 267 PRO 1 0.590 63 1 A 268 LYS 1 0.580 64 1 A 269 TYR 1 0.590 65 1 A 270 GLY 1 0.720 66 1 A 271 LEU 1 0.730 67 1 A 272 PHE 1 0.740 68 1 A 273 ALA 1 0.770 69 1 A 274 PRO 1 0.740 70 1 A 275 VAL 1 0.740 71 1 A 276 HIS 1 0.690 72 1 A 277 LYS 1 0.700 73 1 A 278 VAL 1 0.750 74 1 A 279 THR 1 0.750 75 1 A 280 LYS 1 0.730 76 1 A 281 ILE 1 0.590 77 1 A 282 GLY 1 0.540 78 1 A 283 PHE 1 0.350 79 1 A 284 PRO 1 0.490 80 1 A 285 SER 1 0.320 81 1 A 286 THR 1 0.410 82 1 A 287 THR 1 0.510 83 1 A 288 PRO 1 0.350 84 1 A 289 ALA 1 0.480 85 1 A 290 LYS 1 0.230 86 1 A 291 ALA 1 0.360 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #