data_SMR-d76d5fd8fcfdbcd4cb8ce82d37ec06e7_2 _entry.id SMR-d76d5fd8fcfdbcd4cb8ce82d37ec06e7_2 _struct.entry_id SMR-d76d5fd8fcfdbcd4cb8ce82d37ec06e7_2 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q86UU0 (isoform 2)/ BCL9L_HUMAN, B-cell CLL/lymphoma 9-like protein Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q86UU0 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 171150.150 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP BCL9L_HUMAN Q86UU0 1 ;MRILANKTRLPHPRRREAPGSPPLSPRGHCPPAPAKPMHPENKLTNHGKTGNGGAQSQHQNVNQGPTCNV GSKGVGAGNHGAKANQISPSNSSLKNPQAGVPPFSSLKGKVKRDRSVSVDSGEQREAGTPSLDSEAKEVA PRSKRRCVLERKQPYSGDEWCSGPDSEEDDKPIGATHNCNVADPAMAAPQLGPGQTTQLPLSESSVPGAP HGPPPGLRPDAPGGGGGGGGVPGKPPSQFVYVFTTHLANTAAEAVLQGRADSILAYHQQNVPRAKLDQAP KVPPTPEPLPLSTPSAGTPQSQPPPLPPPPPPAPGSAPPALPPEGPPEDSSQDLAPNSVGAASTGGGTGG THPNTPTATTANNPLPPGGDPSSAPGPALLGEAAAPGNGQRSLVGSEGLSKEQLEHRERSLQTLRDIERL LLRSGETEPFLKGPPGGAGEGGPPAQAPPPPQQPPTAPPSGLKKYEEPLQSMISQTQSLGGPPLEHEVPG HPPGGDMGQQMNMMIQRLGQDSLTPEQVAWRKLQEEYYEEKRRKEEQIGLHGSRPLQDMMGMGGMMVRGP PPPYHSKPGDQWPPGMGAQLRGPMDVQDPMQLRGGPPFPGPRFPGNQIQRVPGFGGMQSMPMEVPMNAMQ RPVRPGMGWTEDLPPMGGPSNFAQNTMPYPGGQGEAERFMTPRVREELLRHQLLEKRSMGMQRPLGMAGS GMGQSMEMERMMQAHRQMDPAMFPGQMAGGEGLAGTPMGMEFGGGRGLLSPPMGQSGLREVDPPMGPGNL NMNMNVNMNMNMNLNVQMTPQQQMLMSQKMRGPGDLMGPQGLSPEEMARVRAQNSSGVMGGPQKMLMPSQ FPNQGQQGFSGGQGPYQAMSQDMGNTQDMFSPDQSSMPMSNVGTTRLSHMPLPPASNPPGTVHSAPNRGL GRRPSDLTISINQMGSPGMGHLKSPTLSQVHSPLVTSPSANLKSPQTPSQMVPLPSANPPGPLKSPQVLG SSLSVRSPTGSPSRLKSPSMAVPSPGWVASPKTAMPSPGVSQNKQPPLNMNSSTTLSNMEQGTLPPSGPR SSSSAPPANPPSGLMNPSLPFTSSPDPTPSQNPLSLMMTQMSKYAMPSSTPLYHNAIKTIATSDDELLPD RPLLPPPPPPQGSGPGISNSQPSQMHLNSAAAQSPMGMNLPGQQPLSHEPPPAMLPSPTPLGSNIPLHPN AQGTGGPPQNSMMMAPGGPDSLNAPCGPVPSSSQMMPFPPRLQQPHGAMAPTGGGGGGPGLQQHYPSGMA LPPEDLPNQPPGPMPPQQHLMGKAMAGRMGDAYPPGVLPGVASVLNDPELSEVIRPTPTGIPEFDLSRII PSWFLRTRPFSFCLYLLRILSLLMWLTPLPPLPAGGWPGGQVPAGAVNRALRFCAGLCVCCISVF ; 'B-cell CLL/lymphoma 9-like protein' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1395 1 1395 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . BCL9L_HUMAN Q86UU0 Q86UU0-2 1 1395 9606 'Homo sapiens (Human)' 2003-06-01 521D25B73F563E8E # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no B ;MRILANKTRLPHPRRREAPGSPPLSPRGHCPPAPAKPMHPENKLTNHGKTGNGGAQSQHQNVNQGPTCNV GSKGVGAGNHGAKANQISPSNSSLKNPQAGVPPFSSLKGKVKRDRSVSVDSGEQREAGTPSLDSEAKEVA PRSKRRCVLERKQPYSGDEWCSGPDSEEDDKPIGATHNCNVADPAMAAPQLGPGQTTQLPLSESSVPGAP HGPPPGLRPDAPGGGGGGGGVPGKPPSQFVYVFTTHLANTAAEAVLQGRADSILAYHQQNVPRAKLDQAP KVPPTPEPLPLSTPSAGTPQSQPPPLPPPPPPAPGSAPPALPPEGPPEDSSQDLAPNSVGAASTGGGTGG THPNTPTATTANNPLPPGGDPSSAPGPALLGEAAAPGNGQRSLVGSEGLSKEQLEHRERSLQTLRDIERL LLRSGETEPFLKGPPGGAGEGGPPAQAPPPPQQPPTAPPSGLKKYEEPLQSMISQTQSLGGPPLEHEVPG HPPGGDMGQQMNMMIQRLGQDSLTPEQVAWRKLQEEYYEEKRRKEEQIGLHGSRPLQDMMGMGGMMVRGP PPPYHSKPGDQWPPGMGAQLRGPMDVQDPMQLRGGPPFPGPRFPGNQIQRVPGFGGMQSMPMEVPMNAMQ 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HGPPPGLRPDAPGGGGGGGGVPGKPPSQFVYVFTTHLANTAAEAVLQGRADSILAYHQQNVPRAKLDQAP KVPPTPEPLPLSTPSAGTPQSQPPPLPPPPPPAPGSAPPALPPEGPPEDSSQDLAPNSVGAASTGGGTGG THPNTPTATTANNPLPPGGDPSSAPGPALLGEAAAPGNGQRSLVGSEGLSKEQLEHRERSLQTLRDIERL LLRSGETEPFLKGPPGGAGEGGPPAQAPPPPQQPPTAPPSGLKKYEEPLQSMISQTQSLGGPPLEHEVPG HPPGGDMGQQMNMMIQRLGQDSLTPEQVAWRKLQEEYYEEKRRKEEQIGLHGSRPLQDMMGMGGMMVRGP PPPYHSKPGDQWPPGMGAQLRGPMDVQDPMQLRGGPPFPGPRFPGNQIQRVPGFGGMQSMPMEVPMNAMQ RPVRPGMGWTEDLPPMGGPSNFAQNTMPYPGGQGEAERFMTPRVREELLRHQLLEKRSMGMQRPLGMAGS GMGQSMEMERMMQAHRQMDPAMFPGQMAGGEGLAGTPMGMEFGGGRGLLSPPMGQSGLREVDPPMGPGNL NMNMNVNMNMNMNLNVQMTPQQQMLMSQKMRGPGDLMGPQGLSPEEMARVRAQNSSGVMGGPQKMLMPSQ FPNQGQQGFSGGQGPYQAMSQDMGNTQDMFSPDQSSMPMSNVGTTRLSHMPLPPASNPPGTVHSAPNRGL GRRPSDLTISINQMGSPGMGHLKSPTLSQVHSPLVTSPSANLKSPQTPSQMVPLPSANPPGPLKSPQVLG SSLSVRSPTGSPSRLKSPSMAVPSPGWVASPKTAMPSPGVSQNKQPPLNMNSSTTLSNMEQGTLPPSGPR SSSSAPPANPPSGLMNPSLPFTSSPDPTPSQNPLSLMMTQMSKYAMPSSTPLYHNAIKTIATSDDELLPD RPLLPPPPPPQGSGPGISNSQPSQMHLNSAAAQSPMGMNLPGQQPLSHEPPPAMLPSPTPLGSNIPLHPN 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1 64 GLN . 1 65 GLY . 1 66 PRO . 1 67 THR . 1 68 CYS . 1 69 ASN . 1 70 VAL . 1 71 GLY . 1 72 SER . 1 73 LYS . 1 74 GLY . 1 75 VAL . 1 76 GLY . 1 77 ALA . 1 78 GLY . 1 79 ASN . 1 80 HIS . 1 81 GLY . 1 82 ALA . 1 83 LYS . 1 84 ALA . 1 85 ASN . 1 86 GLN . 1 87 ILE . 1 88 SER . 1 89 PRO . 1 90 SER . 1 91 ASN . 1 92 SER . 1 93 SER . 1 94 LEU . 1 95 LYS . 1 96 ASN . 1 97 PRO . 1 98 GLN . 1 99 ALA . 1 100 GLY . 1 101 VAL . 1 102 PRO . 1 103 PRO . 1 104 PHE . 1 105 SER . 1 106 SER . 1 107 LEU . 1 108 LYS . 1 109 GLY . 1 110 LYS . 1 111 VAL . 1 112 LYS . 1 113 ARG . 1 114 ASP . 1 115 ARG . 1 116 SER . 1 117 VAL . 1 118 SER . 1 119 VAL . 1 120 ASP . 1 121 SER . 1 122 GLY . 1 123 GLU . 1 124 GLN . 1 125 ARG . 1 126 GLU . 1 127 ALA . 1 128 GLY . 1 129 THR . 1 130 PRO . 1 131 SER . 1 132 LEU . 1 133 ASP . 1 134 SER . 1 135 GLU . 1 136 ALA . 1 137 LYS . 1 138 GLU . 1 139 VAL . 1 140 ALA . 1 141 PRO . 1 142 ARG . 1 143 SER . 1 144 LYS . 1 145 ARG . 1 146 ARG . 1 147 CYS . 1 148 VAL . 1 149 LEU . 1 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A 1 1307 ASP 1307 ? ? ? B . A 1 1308 PRO 1308 ? ? ? B . A 1 1309 GLU 1309 ? ? ? B . A 1 1310 LEU 1310 ? ? ? B . A 1 1311 SER 1311 ? ? ? B . A 1 1312 GLU 1312 ? ? ? B . A 1 1313 VAL 1313 ? ? ? B . A 1 1314 ILE 1314 ? ? ? B . A 1 1315 ARG 1315 ? ? ? B . A 1 1316 PRO 1316 ? ? ? B . A 1 1317 THR 1317 ? ? ? B . A 1 1318 PRO 1318 ? ? ? B . A 1 1319 THR 1319 ? ? ? B . A 1 1320 GLY 1320 ? ? ? B . A 1 1321 ILE 1321 ? ? ? B . A 1 1322 PRO 1322 ? ? ? B . A 1 1323 GLU 1323 ? ? ? B . A 1 1324 PHE 1324 ? ? ? B . A 1 1325 ASP 1325 ? ? ? B . A 1 1326 LEU 1326 ? ? ? B . A 1 1327 SER 1327 ? ? ? B . A 1 1328 ARG 1328 ? ? ? B . A 1 1329 ILE 1329 ? ? ? B . A 1 1330 ILE 1330 ? ? ? B . A 1 1331 PRO 1331 ? ? ? B . A 1 1332 SER 1332 ? ? ? B . A 1 1333 TRP 1333 ? ? ? B . A 1 1334 PHE 1334 ? ? ? B . A 1 1335 LEU 1335 ? ? ? B . A 1 1336 ARG 1336 ? ? ? B . A 1 1337 THR 1337 ? ? ? B . A 1 1338 ARG 1338 ? ? ? B . A 1 1339 PRO 1339 ? ? ? B . A 1 1340 PHE 1340 ? ? ? B . A 1 1341 SER 1341 ? ? ? B . A 1 1342 PHE 1342 ? ? ? B . A 1 1343 CYS 1343 ? ? ? B . A 1 1344 LEU 1344 ? ? ? B . A 1 1345 TYR 1345 ? ? ? B . A 1 1346 LEU 1346 ? ? ? B . A 1 1347 LEU 1347 ? ? ? B . A 1 1348 ARG 1348 ? ? ? B . A 1 1349 ILE 1349 ? ? ? B . A 1 1350 LEU 1350 ? ? ? B . A 1 1351 SER 1351 ? ? ? B . A 1 1352 LEU 1352 ? ? ? B . A 1 1353 LEU 1353 ? ? ? B . A 1 1354 MET 1354 ? ? ? B . A 1 1355 TRP 1355 ? ? ? B . A 1 1356 LEU 1356 ? ? ? B . A 1 1357 THR 1357 ? ? ? B . A 1 1358 PRO 1358 ? ? ? B . A 1 1359 LEU 1359 ? ? ? B . A 1 1360 PRO 1360 ? ? ? B . A 1 1361 PRO 1361 ? ? ? B . A 1 1362 LEU 1362 ? ? ? B . A 1 1363 PRO 1363 ? ? ? B . A 1 1364 ALA 1364 ? ? ? B . A 1 1365 GLY 1365 ? ? ? B . A 1 1366 GLY 1366 ? ? ? B . A 1 1367 TRP 1367 ? ? ? B . A 1 1368 PRO 1368 ? ? ? B . A 1 1369 GLY 1369 ? ? ? B . A 1 1370 GLY 1370 ? ? ? B . A 1 1371 GLN 1371 ? ? ? B . A 1 1372 VAL 1372 ? ? ? B . A 1 1373 PRO 1373 ? ? ? B . A 1 1374 ALA 1374 ? ? ? B . A 1 1375 GLY 1375 ? ? ? B . A 1 1376 ALA 1376 ? ? ? B . A 1 1377 VAL 1377 ? ? ? B . A 1 1378 ASN 1378 ? ? ? B . A 1 1379 ARG 1379 ? ? ? B . A 1 1380 ALA 1380 ? ? ? B . A 1 1381 LEU 1381 ? ? ? B . A 1 1382 ARG 1382 ? ? ? B . A 1 1383 PHE 1383 ? ? ? B . A 1 1384 CYS 1384 ? ? ? B . A 1 1385 ALA 1385 ? ? ? B . A 1 1386 GLY 1386 ? ? ? B . A 1 1387 LEU 1387 ? ? ? B . A 1 1388 CYS 1388 ? ? ? B . A 1 1389 VAL 1389 ? ? ? B . A 1 1390 CYS 1390 ? ? ? B . A 1 1391 CYS 1391 ? ? ? B . A 1 1392 ILE 1392 ? ? ? B . A 1 1393 SER 1393 ? ? ? B . A 1 1394 VAL 1394 ? ? ? B . A 1 1395 PHE 1395 ? ? ? B . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'B-CELL CLL/LYMPHOMA 9 PROTEIN {PDB ID=2vp7, label_asym_id=B, auth_asym_id=B, SMTL ID=2vp7.1.B}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 2vp7, label_asym_id=B' 'target-template alignment' . 4 'model 2' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-27 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-22 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A B 2 1 B # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 AAKVVYVFSTEMANKAAEAVLKGQVETIVSFHI AAKVVYVFSTEMANKAAEAVLKGQVETIVSFHI # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 2 33 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 2vp7 2024-05-08 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1395 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1395 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 1.5e-13 50.000 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MRILANKTRLPHPRRREAPGSPPLSPRGHCPPAPAKPMHPENKLTNHGKTGNGGAQSQHQNVNQGPTCNVGSKGVGAGNHGAKANQISPSNSSLKNPQAGVPPFSSLKGKVKRDRSVSVDSGEQREAGTPSLDSEAKEVAPRSKRRCVLERKQPYSGDEWCSGPDSEEDDKPIGATHNCNVADPAMAAPQLGPGQTTQLPLSESSVPGAPHGPPPGLRPDAPGGGGGGGGVPGKPPSQFVYVFTTHLANTAAEAVLQGRADSILAYHQQNVPRAKLDQAPKVPPTPEPLPLSTPSAGTPQSQPPPLPPPPPPAPGSAPPALPPEGPPEDSSQDLAPNSVGAASTGGGTGGTHPNTPTATTANNPLPPGGDPSSAPGPALLGEAAAPGNGQRSLVGSEGLSKEQLEHRERSLQTLRDIERLLLRSGETEPFLKGPPGGAGEGGPPAQAPPPPQQPPTAPPSGLKKYEEPLQSMISQTQSLGGPPLEHEVPGHPPGGDMGQQMNMMIQRLGQDSLTPEQVAWRKLQEEYYEEKRRKEEQIGLHGSRPLQDMMGMGGMMVRGPPPPYHSKPGDQWPPGMGAQLRGPMDVQDPMQLRGGPPFPGPRFPGNQIQRVPGFGGMQSMPMEVPMNAMQRPVRPGMGWTEDLPPMGGPSNFAQNTMPYPGGQGEAERFMTPRVREELLRHQLLEKRSMGMQRPLGMAGSGMGQSMEMERMMQAHRQMDPAMFPGQMAGGEGLAGTPMGMEFGGGRGLLSPPMGQSGLREVDPPMGPGNLNMNMNVNMNMNMNLNVQMTPQQQMLMSQKMRGPGDLMGPQGLSPEEMARVRAQNSSGVMGGPQKMLMPSQFPNQGQQGFSGGQGPYQAMSQDMGNTQDMFSPDQSSMPMSNVGTTRLSHMPLPPASNPPGTVHSAPNRGLGRRPSDLTISINQMGSPGMGHLKSPTLSQVHSPLVTSPSANLKSPQTPSQMVPLPSANPPGPLKSPQVLGSSLSVRSPTGSPSRLKSPSMAVPSPGWVASPKTAMPSPGVSQNKQPPLNMNSSTTLSNMEQGTLPPSGPRSSSSAPPANPPSGLMNPSLPFTSSPDPTPSQNPLSLMMTQMSKYAMPSSTPLYHNAIKTIATSDDELLPDRPLLPPPPPPQGSGPGISNSQPSQMHLNSAAAQSPMGMNLPGQQPLSHEPPPAMLPSPTPLGSNIPLHPNAQGTGGPPQNSMMMAPGGPDSLNAPCGPVPSSSQMMPFPPRLQQPHGAMAPTGGGGGGPGLQQHYPSGMALPPEDLPNQPPGPMPPQQHLMGKAMAGRMGDAYPPGVLPGVASVLNDPELSEVIRPTPTGIPEFDLSRIIPSWFLRTRPFSFCLYLLRILSLLMWLTPLPPLPAGGWPGGQVPAGAVNRALRFCAGLCVCCISVF 2 1 2 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AKVVYVFSTEMANKAAEAVLKGQVETIVSFHI----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 2vp7.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 2' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . SER 237 237 ? A 21.374 -5.939 43.230 1 1 B SER 0.230 1 ATOM 2 C CA . SER 237 237 ? A 20.140 -5.084 43.049 1 1 B SER 0.230 1 ATOM 3 C C . SER 237 237 ? A 20.605 -3.664 42.777 1 1 B SER 0.230 1 ATOM 4 O O . SER 237 237 ? A 21.753 -3.358 43.074 1 1 B SER 0.230 1 ATOM 5 C CB . SER 237 237 ? A 19.220 -5.154 44.315 1 1 B SER 0.230 1 ATOM 6 O OG . SER 237 237 ? A 19.948 -4.856 45.508 1 1 B SER 0.230 1 ATOM 7 N N . GLN 238 238 ? A 19.778 -2.784 42.175 1 1 B GLN 0.500 1 ATOM 8 C CA . GLN 238 238 ? A 20.200 -1.445 41.820 1 1 B GLN 0.500 1 ATOM 9 C C . GLN 238 238 ? A 18.976 -0.583 42.015 1 1 B GLN 0.500 1 ATOM 10 O O . GLN 238 238 ? A 17.867 -1.012 41.703 1 1 B GLN 0.500 1 ATOM 11 C CB . GLN 238 238 ? A 20.632 -1.375 40.328 1 1 B GLN 0.500 1 ATOM 12 C CG . GLN 238 238 ? A 21.076 0.010 39.793 1 1 B GLN 0.500 1 ATOM 13 C CD . GLN 238 238 ? A 22.367 0.453 40.474 1 1 B GLN 0.500 1 ATOM 14 O OE1 . GLN 238 238 ? A 23.356 -0.280 40.481 1 1 B GLN 0.500 1 ATOM 15 N NE2 . GLN 238 238 ? A 22.383 1.667 41.067 1 1 B GLN 0.500 1 ATOM 16 N N . PHE 239 239 ? A 19.145 0.638 42.555 1 1 B PHE 0.050 1 ATOM 17 C CA . PHE 239 239 ? A 18.084 1.617 42.647 1 1 B PHE 0.050 1 ATOM 18 C C . PHE 239 239 ? A 18.155 2.469 41.401 1 1 B PHE 0.050 1 ATOM 19 O O . PHE 239 239 ? A 19.224 2.955 41.027 1 1 B PHE 0.050 1 ATOM 20 C CB . PHE 239 239 ? A 18.231 2.567 43.862 1 1 B PHE 0.050 1 ATOM 21 C CG . PHE 239 239 ? A 18.110 1.810 45.147 1 1 B PHE 0.050 1 ATOM 22 C CD1 . PHE 239 239 ? A 16.851 1.640 45.744 1 1 B PHE 0.050 1 ATOM 23 C CD2 . PHE 239 239 ? A 19.247 1.291 45.788 1 1 B PHE 0.050 1 ATOM 24 C CE1 . PHE 239 239 ? A 16.731 0.978 46.971 1 1 B PHE 0.050 1 ATOM 25 C CE2 . PHE 239 239 ? A 19.128 0.621 47.013 1 1 B PHE 0.050 1 ATOM 26 C CZ . PHE 239 239 ? A 17.869 0.471 47.608 1 1 B PHE 0.050 1 ATOM 27 N N . VAL 240 240 ? A 17.006 2.646 40.730 1 1 B VAL 0.380 1 ATOM 28 C CA . VAL 240 240 ? A 16.862 3.512 39.584 1 1 B VAL 0.380 1 ATOM 29 C C . VAL 240 240 ? 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A 16.115 20.773 50.929 1 1 B GLN 0.240 1 # # loop_ _atom_type.symbol C N O # # loop_ _ma_qa_metric.id _ma_qa_metric.name _ma_qa_metric.description _ma_qa_metric.type _ma_qa_metric.mode _ma_qa_metric.type_other_details _ma_qa_metric.software_group_id 1 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.600 2 1 3 0 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 237 SER 1 0.230 2 1 A 238 GLN 1 0.500 3 1 A 239 PHE 1 0.050 4 1 A 240 VAL 1 0.380 5 1 A 241 TYR 1 0.440 6 1 A 242 VAL 1 0.500 7 1 A 243 PHE 1 0.570 8 1 A 244 THR 1 0.640 9 1 A 245 THR 1 0.600 10 1 A 246 HIS 1 0.600 11 1 A 247 LEU 1 0.670 12 1 A 248 ALA 1 0.740 13 1 A 249 ASN 1 0.690 14 1 A 250 THR 1 0.730 15 1 A 251 ALA 1 0.780 16 1 A 252 ALA 1 0.770 17 1 A 253 GLU 1 0.720 18 1 A 254 ALA 1 0.790 19 1 A 255 VAL 1 0.770 20 1 A 256 LEU 1 0.730 21 1 A 257 GLN 1 0.750 22 1 A 258 GLY 1 0.770 23 1 A 259 ARG 1 0.660 24 1 A 260 ALA 1 0.730 25 1 A 261 ASP 1 0.710 26 1 A 262 SER 1 0.720 27 1 A 263 ILE 1 0.720 28 1 A 264 LEU 1 0.630 29 1 A 265 ALA 1 0.680 30 1 A 266 TYR 1 0.340 31 1 A 267 HIS 1 0.360 32 1 A 268 GLN 1 0.240 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #