data_SMR-5dffe3e74bec9adbc692dcd4ef3e696a_4 _entry.id SMR-5dffe3e74bec9adbc692dcd4ef3e696a_4 _struct.entry_id SMR-5dffe3e74bec9adbc692dcd4ef3e696a_4 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - O00512/ BCL9_HUMAN, B-cell CLL/lymphoma 9 protein Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries O00512' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 5 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 175102.833 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP BCL9_HUMAN O00512 1 ;MHSSNPKVRSSPSGNTQSSPKSKQEVMVRPPTVMSPSGNPQLDSKFSNQGKQGGSASQSQPSPCDSKSGG HTPKALPGPGGSMGLKNGAGNGAKGKGKRERSISADSFDQRDPGTPNDDSDIKECNSADHIKSQDSQHTP HSMTPSNATAPRSSTPSHGQTTATEPTPAQKTPAKVVYVFSTEMANKAAEAVLKGQVETIVSFHIQNISN NKTERSTAPLNTQISALRNDPKPLPQQPPAPANQDQNSSQNTRLQPTPPIPAPAPKPAAPPRPLDRESPG VENKLIPSVGSPASSTPLPPDGTGPNSTPNNRAVTPVSQGSNSSSADPKAPPPPPVSSGEPPTLGENPDG LSQEQLEHRERSLQTLRDIQRMLFPDEKEFTGAQSGGPQQNPGVLDGPQKKPEGPIQAMMAQSQSLGKGP GPRTDVGAPFGPQGHRDVPFSPDEMVPPSMNSQSGTIGPDHLDHMTPEQIAWLKLQQEFYEEKRRKQEQV VVQQCSLQDMMVHQHGPRGVVRGPPPPYQMTPSEGWAPGGTEPFSDGINMPHSLPPRGMAPHPNMPGSQM RLPGFAGMINSEMEGPNVPNPASRPGLSGVSWPDDVPKIPDGRNFPPGQGIFSGPGRGERFPNPQGLSEE MFQQQLAEKQLGLPPGMAMEGIRPSMEMNRMIPGSQRHMEPGNNPIFPRIPVEGPLSPSRGDFPKGIPPQ MGPGRELEFGMVPSGMKGDVNLNVNMGSNSQMIPQKMREAGAGPEEMLKLRPGGSDMLPAQQKMVPLPFG EHPQQEYGMGPRPFLPMSQGPGSNSGLRNLREPIGPDQRTNSRLSHMPPLPLNPSSNPTSLNTAPPVQRG LGRKPLDISVAGSQVHSPGINPLKSPTMHQVQSPMLGSPSGNLKSPQTPSQLAGMLAGPAAAASIKSPPV LGSAAASPVHLKSPSLPAPSPGWTSSPKPPLQSPGIPPNHKAPLTMASPAMLGNVESGGPPPPTASQPAS VNIPGSLPSSTPYTMPPEPTLSQNPLSIMMSRMSKFAMPSSTPLYHDAIKTVASSDDDSPPARSPNLPSM NNMPGMGINTQNPRISGPNPVVPMPTLSPMGMTQPLSHSNQMPSPNAVGPNIPPHGVPMGPGLMSHNPIM GHGSQEPPMVPQGRMGFPQGFPPVQSPPQQVPFPHNGPSGGQGSFPGGMGFPGEGPLGRPSNLPQSSADA ALCKPGGPGGPDSFTVLGNSMPSVFTDPDLQEVIRPGATGIPEFDLSRIIPSEKPSQTLQYFPRGEVPGR KQPQGPGPGFSHMQGMMGEQAPRMGLALPGMGGPGPVGTPDIPLGTAPSMPGHNPMRPPAFLQQGMMGPH HRMMSPAQSTMPGQPTLMSNPAAAVGMIPGKDRGPAGLYTHPGPVGSPGMMMSMQGMMGPQQNIMIPPQM RPRGMAADVGMGGFSQGPGNPGNMMF ; 'B-cell CLL/lymphoma 9 protein' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1426 1 1426 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . BCL9_HUMAN O00512 . 1 1426 9606 'Homo sapiens (Human)' 2008-09-23 51EF3D0DCA2103CB # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no B ;MHSSNPKVRSSPSGNTQSSPKSKQEVMVRPPTVMSPSGNPQLDSKFSNQGKQGGSASQSQPSPCDSKSGG HTPKALPGPGGSMGLKNGAGNGAKGKGKRERSISADSFDQRDPGTPNDDSDIKECNSADHIKSQDSQHTP HSMTPSNATAPRSSTPSHGQTTATEPTPAQKTPAKVVYVFSTEMANKAAEAVLKGQVETIVSFHIQNISN NKTERSTAPLNTQISALRNDPKPLPQQPPAPANQDQNSSQNTRLQPTPPIPAPAPKPAAPPRPLDRESPG VENKLIPSVGSPASSTPLPPDGTGPNSTPNNRAVTPVSQGSNSSSADPKAPPPPPVSSGEPPTLGENPDG LSQEQLEHRERSLQTLRDIQRMLFPDEKEFTGAQSGGPQQNPGVLDGPQKKPEGPIQAMMAQSQSLGKGP GPRTDVGAPFGPQGHRDVPFSPDEMVPPSMNSQSGTIGPDHLDHMTPEQIAWLKLQQEFYEEKRRKQEQV VVQQCSLQDMMVHQHGPRGVVRGPPPPYQMTPSEGWAPGGTEPFSDGINMPHSLPPRGMAPHPNMPGSQM RLPGFAGMINSEMEGPNVPNPASRPGLSGVSWPDDVPKIPDGRNFPPGQGIFSGPGRGERFPNPQGLSEE 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GLY . 1 55 SER . 1 56 ALA . 1 57 SER . 1 58 GLN . 1 59 SER . 1 60 GLN . 1 61 PRO . 1 62 SER . 1 63 PRO . 1 64 CYS . 1 65 ASP . 1 66 SER . 1 67 LYS . 1 68 SER . 1 69 GLY . 1 70 GLY . 1 71 HIS . 1 72 THR . 1 73 PRO . 1 74 LYS . 1 75 ALA . 1 76 LEU . 1 77 PRO . 1 78 GLY . 1 79 PRO . 1 80 GLY . 1 81 GLY . 1 82 SER . 1 83 MET . 1 84 GLY . 1 85 LEU . 1 86 LYS . 1 87 ASN . 1 88 GLY . 1 89 ALA . 1 90 GLY . 1 91 ASN . 1 92 GLY . 1 93 ALA . 1 94 LYS . 1 95 GLY . 1 96 LYS . 1 97 GLY . 1 98 LYS . 1 99 ARG . 1 100 GLU . 1 101 ARG . 1 102 SER . 1 103 ILE . 1 104 SER . 1 105 ALA . 1 106 ASP . 1 107 SER . 1 108 PHE . 1 109 ASP . 1 110 GLN . 1 111 ARG . 1 112 ASP . 1 113 PRO . 1 114 GLY . 1 115 THR . 1 116 PRO . 1 117 ASN . 1 118 ASP . 1 119 ASP . 1 120 SER . 1 121 ASP . 1 122 ILE . 1 123 LYS . 1 124 GLU . 1 125 CYS . 1 126 ASN . 1 127 SER . 1 128 ALA . 1 129 ASP . 1 130 HIS . 1 131 ILE . 1 132 LYS . 1 133 SER . 1 134 GLN . 1 135 ASP . 1 136 SER . 1 137 GLN . 1 138 HIS . 1 139 THR . 1 140 PRO . 1 141 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A 1 1273 MET 1273 ? ? ? B . A 1 1274 GLN 1274 ? ? ? B . A 1 1275 GLY 1275 ? ? ? B . A 1 1276 MET 1276 ? ? ? B . A 1 1277 MET 1277 ? ? ? B . A 1 1278 GLY 1278 ? ? ? B . A 1 1279 GLU 1279 ? ? ? B . A 1 1280 GLN 1280 ? ? ? B . A 1 1281 ALA 1281 ? ? ? B . A 1 1282 PRO 1282 ? ? ? B . A 1 1283 ARG 1283 ? ? ? B . A 1 1284 MET 1284 ? ? ? B . A 1 1285 GLY 1285 ? ? ? B . A 1 1286 LEU 1286 ? ? ? B . A 1 1287 ALA 1287 ? ? ? B . A 1 1288 LEU 1288 ? ? ? B . A 1 1289 PRO 1289 ? ? ? B . A 1 1290 GLY 1290 ? ? ? B . A 1 1291 MET 1291 ? ? ? B . A 1 1292 GLY 1292 ? ? ? B . A 1 1293 GLY 1293 ? ? ? B . A 1 1294 PRO 1294 ? ? ? B . A 1 1295 GLY 1295 ? ? ? B . A 1 1296 PRO 1296 ? ? ? B . A 1 1297 VAL 1297 ? ? ? B . A 1 1298 GLY 1298 ? ? ? B . A 1 1299 THR 1299 ? ? ? B . A 1 1300 PRO 1300 ? ? ? B . A 1 1301 ASP 1301 ? ? ? B . A 1 1302 ILE 1302 ? ? ? B . A 1 1303 PRO 1303 ? ? ? B . A 1 1304 LEU 1304 ? ? ? B . A 1 1305 GLY 1305 ? ? ? B . A 1 1306 THR 1306 ? ? ? B . A 1 1307 ALA 1307 ? ? ? B . A 1 1308 PRO 1308 ? ? ? B . A 1 1309 SER 1309 ? ? ? B . A 1 1310 MET 1310 ? ? ? B . A 1 1311 PRO 1311 ? ? ? B . A 1 1312 GLY 1312 ? ? ? B . A 1 1313 HIS 1313 ? ? ? B . A 1 1314 ASN 1314 ? ? ? B . A 1 1315 PRO 1315 ? ? ? B . A 1 1316 MET 1316 ? ? ? B . A 1 1317 ARG 1317 ? ? ? B . A 1 1318 PRO 1318 ? ? ? B . A 1 1319 PRO 1319 ? ? ? B . A 1 1320 ALA 1320 ? ? ? B . A 1 1321 PHE 1321 ? ? ? B . A 1 1322 LEU 1322 ? ? ? B . A 1 1323 GLN 1323 ? ? ? B . A 1 1324 GLN 1324 ? ? ? B . A 1 1325 GLY 1325 ? ? ? B . A 1 1326 MET 1326 ? ? ? B . A 1 1327 MET 1327 ? ? ? B . A 1 1328 GLY 1328 ? ? ? B . A 1 1329 PRO 1329 ? ? ? B . A 1 1330 HIS 1330 ? ? ? B . A 1 1331 HIS 1331 ? ? ? B . A 1 1332 ARG 1332 ? ? ? B . A 1 1333 MET 1333 ? ? ? B . A 1 1334 MET 1334 ? ? ? B . A 1 1335 SER 1335 ? ? ? B . A 1 1336 PRO 1336 ? ? ? B . A 1 1337 ALA 1337 ? ? ? B . A 1 1338 GLN 1338 ? ? ? B . A 1 1339 SER 1339 ? ? ? B . A 1 1340 THR 1340 ? ? ? B . A 1 1341 MET 1341 ? ? ? B . A 1 1342 PRO 1342 ? ? ? B . A 1 1343 GLY 1343 ? ? ? B . A 1 1344 GLN 1344 ? ? ? B . A 1 1345 PRO 1345 ? ? ? B . A 1 1346 THR 1346 ? ? ? B . A 1 1347 LEU 1347 ? ? ? B . A 1 1348 MET 1348 ? ? ? B . A 1 1349 SER 1349 ? ? ? B . A 1 1350 ASN 1350 ? ? ? B . A 1 1351 PRO 1351 ? ? ? B . A 1 1352 ALA 1352 ? ? ? B . A 1 1353 ALA 1353 ? ? ? B . A 1 1354 ALA 1354 ? ? ? B . A 1 1355 VAL 1355 ? ? ? B . A 1 1356 GLY 1356 ? ? ? B . A 1 1357 MET 1357 ? ? ? B . A 1 1358 ILE 1358 ? ? ? B . A 1 1359 PRO 1359 ? ? ? B . A 1 1360 GLY 1360 ? ? ? B . A 1 1361 LYS 1361 ? ? ? B . A 1 1362 ASP 1362 ? ? ? B . A 1 1363 ARG 1363 ? ? ? B . A 1 1364 GLY 1364 ? ? ? B . A 1 1365 PRO 1365 ? ? ? B . A 1 1366 ALA 1366 ? ? ? B . A 1 1367 GLY 1367 ? ? ? B . A 1 1368 LEU 1368 ? ? ? B . A 1 1369 TYR 1369 ? ? ? B . A 1 1370 THR 1370 ? ? ? B . A 1 1371 HIS 1371 ? ? ? B . A 1 1372 PRO 1372 ? ? ? B . A 1 1373 GLY 1373 ? ? ? B . A 1 1374 PRO 1374 ? ? ? B . A 1 1375 VAL 1375 ? ? ? B . A 1 1376 GLY 1376 ? ? ? B . A 1 1377 SER 1377 ? ? ? B . A 1 1378 PRO 1378 ? ? ? B . A 1 1379 GLY 1379 ? ? ? B . A 1 1380 MET 1380 ? ? ? B . A 1 1381 MET 1381 ? ? ? B . A 1 1382 MET 1382 ? ? ? B . A 1 1383 SER 1383 ? ? ? B . A 1 1384 MET 1384 ? ? ? B . A 1 1385 GLN 1385 ? ? ? B . A 1 1386 GLY 1386 ? ? ? B . A 1 1387 MET 1387 ? ? ? B . A 1 1388 MET 1388 ? ? ? B . A 1 1389 GLY 1389 ? ? ? B . A 1 1390 PRO 1390 ? ? ? B . A 1 1391 GLN 1391 ? ? ? B . A 1 1392 GLN 1392 ? ? ? B . A 1 1393 ASN 1393 ? ? ? B . A 1 1394 ILE 1394 ? ? ? B . A 1 1395 MET 1395 ? ? ? B . A 1 1396 ILE 1396 ? ? ? B . A 1 1397 PRO 1397 ? ? ? B . A 1 1398 PRO 1398 ? ? ? B . A 1 1399 GLN 1399 ? ? ? B . A 1 1400 MET 1400 ? ? ? B . A 1 1401 ARG 1401 ? ? ? B . A 1 1402 PRO 1402 ? ? ? B . A 1 1403 ARG 1403 ? ? ? B . A 1 1404 GLY 1404 ? ? ? B . A 1 1405 MET 1405 ? ? ? B . A 1 1406 ALA 1406 ? ? ? B . A 1 1407 ALA 1407 ? ? ? B . A 1 1408 ASP 1408 ? ? ? B . A 1 1409 VAL 1409 ? ? ? B . A 1 1410 GLY 1410 ? ? ? B . A 1 1411 MET 1411 ? ? ? B . A 1 1412 GLY 1412 ? ? ? B . A 1 1413 GLY 1413 ? ? ? B . A 1 1414 PHE 1414 ? ? ? B . A 1 1415 SER 1415 ? ? ? B . A 1 1416 GLN 1416 ? ? ? B . A 1 1417 GLY 1417 ? ? ? B . A 1 1418 PRO 1418 ? ? ? B . A 1 1419 GLY 1419 ? ? ? B . A 1 1420 ASN 1420 ? ? ? B . A 1 1421 PRO 1421 ? ? ? B . A 1 1422 GLY 1422 ? ? ? B . A 1 1423 ASN 1423 ? ? ? B . A 1 1424 MET 1424 ? ? ? B . A 1 1425 MET 1425 ? ? ? B . A 1 1426 PHE 1426 ? ? ? B . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'B-cell CLL/lymphoma 9 protein {PDB ID=3sl9, label_asym_id=B, auth_asym_id=C, SMTL ID=3sl9.1.B}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by BLAST to 3sl9, label_asym_id=B' 'target-template alignment' . 4 'model 4' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-27 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-22 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A B 2 1 C # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 MALGENPDGLSQEQLEHRERSLQTLRDIQRMLFPDEKEFTGAQSGGPQQNPGVLD MALGENPDGLSQEQLEHRERSLQTLRDIQRMLFPDEKEFTGAQSGGPQQNPGVLD # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 3 55 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 3sl9 2023-09-13 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1426 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1426 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'BLAST e-value' . 1.25e-27 100.000 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MHSSNPKVRSSPSGNTQSSPKSKQEVMVRPPTVMSPSGNPQLDSKFSNQGKQGGSASQSQPSPCDSKSGGHTPKALPGPGGSMGLKNGAGNGAKGKGKRERSISADSFDQRDPGTPNDDSDIKECNSADHIKSQDSQHTPHSMTPSNATAPRSSTPSHGQTTATEPTPAQKTPAKVVYVFSTEMANKAAEAVLKGQVETIVSFHIQNISNNKTERSTAPLNTQISALRNDPKPLPQQPPAPANQDQNSSQNTRLQPTPPIPAPAPKPAAPPRPLDRESPGVENKLIPSVGSPASSTPLPPDGTGPNSTPNNRAVTPVSQGSNSSSADPKAPPPPPVSSGEPPTLGENPDGLSQEQLEHRERSLQTLRDIQRMLFPDEKEFTGAQSGGPQQNPGVLDGPQKKPEGPIQAMMAQSQSLGKGPGPRTDVGAPFGPQGHRDVPFSPDEMVPPSMNSQSGTIGPDHLDHMTPEQIAWLKLQQEFYEEKRRKQEQVVVQQCSLQDMMVHQHGPRGVVRGPPPPYQMTPSEGWAPGGTEPFSDGINMPHSLPPRGMAPHPNMPGSQMRLPGFAGMINSEMEGPNVPNPASRPGLSGVSWPDDVPKIPDGRNFPPGQGIFSGPGRGERFPNPQGLSEEMFQQQLAEKQLGLPPGMAMEGIRPSMEMNRMIPGSQRHMEPGNNPIFPRIPVEGPLSPSRGDFPKGIPPQMGPGRELEFGMVPSGMKGDVNLNVNMGSNSQMIPQKMREAGAGPEEMLKLRPGGSDMLPAQQKMVPLPFGEHPQQEYGMGPRPFLPMSQGPGSNSGLRNLREPIGPDQRTNSRLSHMPPLPLNPSSNPTSLNTAPPVQRGLGRKPLDISVAGSQVHSPGINPLKSPTMHQVQSPMLGSPSGNLKSPQTPSQLAGMLAGPAAAASIKSPPVLGSAAASPVHLKSPSLPAPSPGWTSSPKPPLQSPGIPPNHKAPLTMASPAMLGNVESGGPPPPTASQPASVNIPGSLPSSTPYTMPPEPTLSQNPLSIMMSRMSKFAMPSSTPLYHDAIKTVASSDDDSPPARSPNLPSMNNMPGMGINTQNPRISGPNPVVPMPTLSPMGMTQPLSHSNQMPSPNAVGPNIPPHGVPMGPGLMSHNPIMGHGSQEPPMVPQGRMGFPQGFPPVQSPPQQVPFPHNGPSGGQGSFPGGMGFPGEGPLGRPSNLPQSSADAALCKPGGPGGPDSFTVLGNSMPSVFTDPDLQEVIRPGATGIPEFDLSRIIPSEKPSQTLQYFPRGEVPGRKQPQGPGPGFSHMQGMMGEQAPRMGLALPGMGGPGPVGTPDIPLGTAPSMPGHNPMRPPAFLQQGMMGPHHRMMSPAQSTMPGQPTLMSNPAAAVGMIPGKDRGPAGLYTHPGPVGSPGMMMSMQGMMGPQQNIMIPPQMRPRGMAADVGMGGFSQGPGNPGNMMF 2 1 2 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------LGENPDGLSQEQLEHRERSLQTLRDIQRMLFPDEKEFTGAQSGGPQQNPGVLD---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 3sl9.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 4' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . PRO 348 348 ? A 13.213 41.920 -4.066 1 1 B PRO 0.390 1 ATOM 2 C CA . PRO 348 348 ? A 12.054 41.140 -3.518 1 1 B PRO 0.390 1 ATOM 3 C C . PRO 348 348 ? A 11.704 41.611 -2.128 1 1 B PRO 0.390 1 ATOM 4 O O . PRO 348 348 ? A 11.021 42.622 -2.066 1 1 B PRO 0.390 1 ATOM 5 C CB . PRO 348 348 ? A 12.461 39.687 -3.723 1 1 B PRO 0.390 1 ATOM 6 C CG . PRO 348 348 ? A 13.564 39.727 -4.791 1 1 B PRO 0.390 1 ATOM 7 C CD . PRO 348 348 ? A 14.332 40.986 -4.466 1 1 B PRO 0.390 1 ATOM 8 N N . ASP 349 349 ? A 12.184 40.986 -1.025 1 1 B ASP 0.580 1 ATOM 9 C CA . ASP 349 349 ? A 12.088 41.536 0.325 1 1 B ASP 0.580 1 ATOM 10 C C . ASP 349 349 ? A 13.164 42.613 0.514 1 1 B ASP 0.580 1 ATOM 11 O O . ASP 349 349 ? A 13.259 43.280 1.541 1 1 B ASP 0.580 1 ATOM 12 C CB . ASP 349 349 ? A 12.351 40.413 1.368 1 1 B ASP 0.580 1 ATOM 13 C CG . ASP 349 349 ? A 11.222 39.415 1.556 1 1 B ASP 0.580 1 ATOM 14 O OD1 . ASP 349 349 ? A 10.070 39.857 1.752 1 1 B ASP 0.580 1 ATOM 15 O OD2 . ASP 349 349 ? 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.586 2 1 3 0 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 348 PRO 1 0.390 2 1 A 349 ASP 1 0.580 3 1 A 350 GLY 1 0.690 4 1 A 351 LEU 1 0.670 5 1 A 352 SER 1 0.640 6 1 A 353 GLN 1 0.590 7 1 A 354 GLU 1 0.580 8 1 A 355 GLN 1 0.600 9 1 A 356 LEU 1 0.630 10 1 A 357 GLU 1 0.570 11 1 A 358 HIS 1 0.580 12 1 A 359 ARG 1 0.560 13 1 A 360 GLU 1 0.560 14 1 A 361 ARG 1 0.540 15 1 A 362 SER 1 0.580 16 1 A 363 LEU 1 0.580 17 1 A 364 GLN 1 0.560 18 1 A 365 THR 1 0.590 19 1 A 366 LEU 1 0.580 20 1 A 367 ARG 1 0.520 21 1 A 368 ASP 1 0.590 22 1 A 369 ILE 1 0.570 23 1 A 370 GLN 1 0.560 24 1 A 371 ARG 1 0.480 25 1 A 372 MET 1 0.550 26 1 A 373 LEU 1 0.740 27 1 A 374 PHE 1 0.750 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #