data_SMR-c0b71ed5493617c1d37f9cdcb6359959_3 _entry.id SMR-c0b71ed5493617c1d37f9cdcb6359959_3 _struct.entry_id SMR-c0b71ed5493617c1d37f9cdcb6359959_3 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q5SW79 (isoform 2)/ CE170_HUMAN, Centrosomal protein of 170 kDa Estimated model accuracy of this model is 0.002, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q5SW79 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 187946.100 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP CE170_HUMAN Q5SW79 1 ;MSLTSWFLVSSGGTRHRLPREMIFVGRDDCELMLQSRSVDKQHAVINYDASTDEHLVKDLGSLNGTFVND VRIPEQTYITLKLEDKLRFGYDTNLFTVVQGEMRVPEEALKHEKFTIQLQLSQKSSESELSKSASAKSID SKVADAATEVQHKTTEALKSEEKAMDISAMPRGTPLYGQPSWWGDDEVDEKRAFKTNGKPEEKNHEAGTS GCGIDAKQVEEQSAAANEEVLFPFCREPSYFEIPTKEFQQPSQITESTIHEIPTKDTPSSHITGAGHASF TIEFDDSTPGKVTIRDHVTKFTSDQRHKSKKSSPGTQDLLGIQTGMMAPENKVADWLAQNNPPQMLWERT EEDSKSIKSDVPVYLKRLKGNKHDDGTQSDSENAGAHRRCSKRATLEEHLRRHHSEHKKLQKVQATEKHQ DQAVVFGVDDNQDYNRPVINEKHKDLIKDWALSSAAAVMEERKPLTTSGFHHSEEGTSSSGSKRWVSQWA SLAANHTRHDQEERIMEFSAPLPLENETEISESGMTVRSTGSATSLASQGERRRRTLPQLPNEEKSLESH RAKVVTQRSEIGEKQDTELQEKETPTQVYQKDKQDADRPLSKMNRAVNGETLKTGGDNKTLLHLGSSAPG KEKSETDKETSLVKQTLAKLQQQEQREEAQWTPTKLSSKNVSGQTDKCREETFKQESQPPEKNSGHSTSK GDRVAQSESKRRKAEEILKSQTPKGGDKKESSKSLVRQGSFTIEKPSPNIPIELIPHINKQTSSTPSSLA LTSASRIRERSESLDPDSSMDTTLILKDTEAVMAFLEAKLREDNKTDEGPDTPSYNRDNSISPESDVDTA STISLVTGETERKSTQKRKSFTSLYKDRCSTGSPSKDVTKSSSSGAREKMEKKTKSRSTDVGSRADGRKF VQSSGRIRQPSVDLTDDDQTSSVPHSAISDIMSSDQETYSCKPHGRTPLTSADEHVHSKLEGSKVTKSKT SPVVSGSSSKSTTLPRPRPTRTSLLRRARLGEASDSELADADKASVASEVSTTSSTSKPPTGRRNISRID LLAQPRRTRLGSLSARSDSEATISRSSASSRTAEAIIRSGARLVPSDKFSPRIRANSISRLSDSKVKSMT SAHGSASALKTTRLQSAGSAMPTSSSFKHRIKEQEDYIRDWTAHREEIARISQDLALIAREINDVAGEID SVTSSGTAPSTTVSTAATTPGSAIDTREEVGDLHGEMHKLVDRVFDESLNFRKIPPLVHSKTPEGNNGRS GDPRPQAAEPPDHLTITRRRTWSRDEVMGDNLLLSSVFQFSKKIRQSIDKTAGKIRILFKDKDRNWDDIE SKLRAESEVPIVKTSSMEISSILQELKRVEKQLQAINAMIDPDGTLEALNNMGFPSAMLPSPPKQKSSPV NNHHSPGQTPTLGQPEARALHPAAVSAAAEFENAESEADFSIHFNRFNPDGEEEDVTVQE ; 'Centrosomal protein of 170 kDa' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1460 1 1460 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . CE170_HUMAN Q5SW79 Q5SW79-2 1 1460 9606 'Homo sapiens (Human)' 2004-12-21 4EEECA047C7B0EFA # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no 5 ;MSLTSWFLVSSGGTRHRLPREMIFVGRDDCELMLQSRSVDKQHAVINYDASTDEHLVKDLGSLNGTFVND VRIPEQTYITLKLEDKLRFGYDTNLFTVVQGEMRVPEEALKHEKFTIQLQLSQKSSESELSKSASAKSID SKVADAATEVQHKTTEALKSEEKAMDISAMPRGTPLYGQPSWWGDDEVDEKRAFKTNGKPEEKNHEAGTS GCGIDAKQVEEQSAAANEEVLFPFCREPSYFEIPTKEFQQPSQITESTIHEIPTKDTPSSHITGAGHASF TIEFDDSTPGKVTIRDHVTKFTSDQRHKSKKSSPGTQDLLGIQTGMMAPENKVADWLAQNNPPQMLWERT EEDSKSIKSDVPVYLKRLKGNKHDDGTQSDSENAGAHRRCSKRATLEEHLRRHHSEHKKLQKVQATEKHQ DQAVVFGVDDNQDYNRPVINEKHKDLIKDWALSSAAAVMEERKPLTTSGFHHSEEGTSSSGSKRWVSQWA SLAANHTRHDQEERIMEFSAPLPLENETEISESGMTVRSTGSATSLASQGERRRRTLPQLPNEEKSLESH RAKVVTQRSEIGEKQDTELQEKETPTQVYQKDKQDADRPLSKMNRAVNGETLKTGGDNKTLLHLGSSAPG 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SKVADAATEVQHKTTEALKSEEKAMDISAMPRGTPLYGQPSWWGDDEVDEKRAFKTNGKPEEKNHEAGTS GCGIDAKQVEEQSAAANEEVLFPFCREPSYFEIPTKEFQQPSQITESTIHEIPTKDTPSSHITGAGHASF TIEFDDSTPGKVTIRDHVTKFTSDQRHKSKKSSPGTQDLLGIQTGMMAPENKVADWLAQNNPPQMLWERT EEDSKSIKSDVPVYLKRLKGNKHDDGTQSDSENAGAHRRCSKRATLEEHLRRHHSEHKKLQKVQATEKHQ DQAVVFGVDDNQDYNRPVINEKHKDLIKDWALSSAAAVMEERKPLTTSGFHHSEEGTSSSGSKRWVSQWA SLAANHTRHDQEERIMEFSAPLPLENETEISESGMTVRSTGSATSLASQGERRRRTLPQLPNEEKSLESH RAKVVTQRSEIGEKQDTELQEKETPTQVYQKDKQDADRPLSKMNRAVNGETLKTGGDNKTLLHLGSSAPG KEKSETDKETSLVKQTLAKLQQQEQREEAQWTPTKLSSKNVSGQTDKCREETFKQESQPPEKNSGHSTSK GDRVAQSESKRRKAEEILKSQTPKGGDKKESSKSLVRQGSFTIEKPSPNIPIELIPHINKQTSSTPSSLA LTSASRIRERSESLDPDSSMDTTLILKDTEAVMAFLEAKLREDNKTDEGPDTPSYNRDNSISPESDVDTA STISLVTGETERKSTQKRKSFTSLYKDRCSTGSPSKDVTKSSSSGAREKMEKKTKSRSTDVGSRADGRKF VQSSGRIRQPSVDLTDDDQTSSVPHSAISDIMSSDQETYSCKPHGRTPLTSADEHVHSKLEGSKVTKSKT SPVVSGSSSKSTTLPRPRPTRTSLLRRARLGEASDSELADADKASVASEVSTTSSTSKPPTGRRNISRID LLAQPRRTRLGSLSARSDSEATISRSSASSRTAEAIIRSGARLVPSDKFSPRIRANSISRLSDSKVKSMT 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SER . 1 52 THR . 1 53 ASP . 1 54 GLU . 1 55 HIS . 1 56 LEU . 1 57 VAL . 1 58 LYS . 1 59 ASP . 1 60 LEU . 1 61 GLY . 1 62 SER . 1 63 LEU . 1 64 ASN . 1 65 GLY . 1 66 THR . 1 67 PHE . 1 68 VAL . 1 69 ASN . 1 70 ASP . 1 71 VAL . 1 72 ARG . 1 73 ILE . 1 74 PRO . 1 75 GLU . 1 76 GLN . 1 77 THR . 1 78 TYR . 1 79 ILE . 1 80 THR . 1 81 LEU . 1 82 LYS . 1 83 LEU . 1 84 GLU . 1 85 ASP . 1 86 LYS . 1 87 LEU . 1 88 ARG . 1 89 PHE . 1 90 GLY . 1 91 TYR . 1 92 ASP . 1 93 THR . 1 94 ASN . 1 95 LEU . 1 96 PHE . 1 97 THR . 1 98 VAL . 1 99 VAL . 1 100 GLN . 1 101 GLY . 1 102 GLU . 1 103 MET . 1 104 ARG . 1 105 VAL . 1 106 PRO . 1 107 GLU . 1 108 GLU . 1 109 ALA . 1 110 LEU . 1 111 LYS . 1 112 HIS . 1 113 GLU . 1 114 LYS . 1 115 PHE . 1 116 THR . 1 117 ILE . 1 118 GLN . 1 119 LEU . 1 120 GLN . 1 121 LEU . 1 122 SER . 1 123 GLN . 1 124 LYS . 1 125 SER . 1 126 SER . 1 127 GLU . 1 128 SER . 1 129 GLU . 1 130 LEU . 1 131 SER . 1 132 LYS . 1 133 SER . 1 134 ALA . 1 135 SER . 1 136 ALA . 1 137 LYS . 1 138 SER 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A 1 1460 GLU 1460 ? ? ? 5 . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Nup62 {PDB ID=7tdz, label_asym_id=FA, auth_asym_id=T, SMTL ID=7tdz.1.5}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 7tdz, label_asym_id=FA' 'target-template alignment' . 4 'model 3' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-27 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-22 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A FA 2 1 T # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MSGFNFGAASAGGFSFGNPKSTTTTAPTGFSFGAATAAPSGGFSFGTATPTPASTTGQTSGLFSFSNPAP SLAPTSGFSFGAQVTSTPAPSSGGLAFGANTSKLNSGVGNQPAGGTTQTSQPMGGFSFGAATTQTQPSAT SVGGFSFAGGVGSTSTNVFAQPAASTGITLQSAVSTAAAPTATTSQPTSTFSFGTQPQAAPALNFGLLSS SSVLSTASTPAAAQPVAPTTGLSLNFGKPADTSAAVTSTGSTTTNTPSLSSLLGTSGPSLFSSVATSTVP SVVSTVASGLSLTSTATSTGFGMKTLASSAVPTGTLATSTASLGVKAPLAGTIVQANAVGSAAATGISTA TAMTYAQLENLINKWSLELEDQEKHFLQQATQVNAWDRTLMQNGERITTLHREMEKVKLDQKRLDQELDF ILSQQKELEDLLTPLEESVKEQSGTIYLQHADEEREKTYKLAENIDAQLKRMAQDLKEVIEHLNTSAGPG DASNPLQQICKILNAHMDSLQWIDQNSALLQRKVEQVTKECESRRKEQERGFSIAFD ; ;MSGFNFGAASAGGFSFGNPKSTTTTAPTGFSFGAATAAPSGGFSFGTATPTPASTTGQTSGLFSFSNPAP SLAPTSGFSFGAQVTSTPAPSSGGLAFGANTSKLNSGVGNQPAGGTTQTSQPMGGFSFGAATTQTQPSAT SVGGFSFAGGVGSTSTNVFAQPAASTGITLQSAVSTAAAPTATTSQPTSTFSFGTQPQAAPALNFGLLSS SSVLSTASTPAAAQPVAPTTGLSLNFGKPADTSAAVTSTGSTTTNTPSLSSLLGTSGPSLFSSVATSTVP SVVSTVASGLSLTSTATSTGFGMKTLASSAVPTGTLATSTASLGVKAPLAGTIVQANAVGSAAATGISTA TAMTYAQLENLINKWSLELEDQEKHFLQQATQVNAWDRTLMQNGERITTLHREMEKVKLDQKRLDQELDF ILSQQKELEDLLTPLEESVKEQSGTIYLQHADEEREKTYKLAENIDAQLKRMAQDLKEVIEHLNTSAGPG DASNPLQQICKILNAHMDSLQWIDQNSALLQRKVEQVTKECESRRKEQERGFSIAFD ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 452 489 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 7tdz 2024-10-09 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1460 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1460 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 14.000 15.789 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MSLTSWFLVSSGGTRHRLPREMIFVGRDDCELMLQSRSVDKQHAVINYDASTDEHLVKDLGSLNGTFVNDVRIPEQTYITLKLEDKLRFGYDTNLFTVVQGEMRVPEEALKHEKFTIQLQLSQKSSESELSKSASAKSIDSKVADAATEVQHKTTEALKSEEKAMDISAMPRGTPLYGQPSWWGDDEVDEKRAFKTNGKPEEKNHEAGTSGCGIDAKQVEEQSAAANEEVLFPFCREPSYFEIPTKEFQQPSQITESTIHEIPTKDTPSSHITGAGHASFTIEFDDSTPGKVTIRDHVTKFTSDQRHKSKKSSPGTQDLLGIQTGMMAPENKVADWLAQNNPPQMLWERTEEDSKSIKSDVPVYLKRLKGNKHDDGTQSDSENAGAHRRCSKRATLEEHLRRHHSEHKKLQKVQATEKHQDQAVVFGVDDNQDYNRPVINEKHKDLIKDWALSSAAAVMEERKPLTTSGFHHSEEGTSSSGSKRWVSQWASLAANHTRHDQEERIMEFSAPLPLENETEISESGMTVRSTGSATSLASQGERRRRTLPQLPNEEKSLESHRAKVVTQRSEIGEKQDTELQEKETPTQVYQKDKQDADRPLSKMNRAVNGETLKTGGDNKTLLHLGSSAPGKEKSETDKETSLVKQTLAKLQQQEQREEAQWTPTKLSSKNVSGQTDKCREETFKQESQPPEKNSGHSTSKGDRVAQSESKRRKAEEILKSQTPKGGDKKESSKSLVRQGSFTIEKPSPNIPIELIPHINKQTSSTPSSLALTSASRIRERSESLDPDSSMDTTLILKDTEAVMAFLEAKLREDNKTDEGPDTPSYNRDNSISPESDVDTASTISLVTGETERKSTQKRKSFTSLYKDRCSTGSPSKDVTKSSSSGAREKMEKKTKSRSTDVGSRADGRKFVQSSGRIRQPSVDLTDDDQTSSVPHSAISDIMSSDQETYSCKPHGRTPLTSADEHVHSKLEGSKVTKSKTSPVVSGSSSKSTTLPRPRPTRTSLLRRARLGEASDSELADADKASVASEVSTTSSTSKPPTGRRNISRIDLLAQPRRTRLGSLSARSDSEATISRSSASSRTAEAIIRSGARLVPSDKFSPRIRANSISRLSDSKVKSMTSAHGSASALKTTRLQSAGSAMPTSSSFKHRIKEQEDYIRDWTAHREEIARISQDLALIAREINDVAGEIDSVTSSGTAPSTTVSTAATTPGSAIDTREEVGDLHGEMHKLVDRVFDESLNFRKIPPLVHSKTPEGNNGRSGDPRPQAAEPPDHLTITRRRTWSRDEVMGDNLLLSSVFQFSKKIRQSIDKTAGKIRILFKDKDRNWDDIESKLRAESEVPIVKTSSMEISSILQELKRVEKQLQAINAMIDPDGTLEALNNMGFPSAMLPSPPKQKSSPVNNHHSPGQTPTLGQPEARALHPAAVSAAAEFENAESEADFSIHFNRFNPDGEEEDVTVQE 2 1 2 -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------DEEREKTYKLAENIDAQLKRMAQDLKEVIEHLNTSAGP------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 7tdz.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 3' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . LYS 1302 1302 ? A 395.612 405.541 310.368 1 1 5 LYS 0.370 1 ATOM 2 C CA . LYS 1302 1302 ? A 395.555 404.244 311.150 1 1 5 LYS 0.370 1 ATOM 3 C C . LYS 1302 1302 ? A 396.898 403.754 311.658 1 1 5 LYS 0.370 1 ATOM 4 O O . LYS 1302 1302 ? A 397.039 403.580 312.865 1 1 5 LYS 0.370 1 ATOM 5 C CB . LYS 1302 1302 ? A 394.796 403.135 310.359 1 1 5 LYS 0.370 1 ATOM 6 C CG . LYS 1302 1302 ? A 394.571 401.804 311.124 1 1 5 LYS 0.370 1 ATOM 7 C CD . LYS 1302 1302 ? A 393.677 400.805 310.348 1 1 5 LYS 0.370 1 ATOM 8 C CE . LYS 1302 1302 ? A 393.421 399.470 311.077 1 1 5 LYS 0.370 1 ATOM 9 N NZ . LYS 1302 1302 ? A 392.606 398.542 310.247 1 1 5 LYS 0.370 1 ATOM 10 N N . LYS 1303 1303 ? A 397.925 403.589 310.797 1 1 5 LYS 0.430 1 ATOM 11 C CA . LYS 1303 1303 ? A 399.279 403.210 311.199 1 1 5 LYS 0.430 1 ATOM 12 C C . LYS 1303 1303 ? A 399.903 404.131 312.241 1 1 5 LYS 0.430 1 ATOM 13 O O . LYS 1303 1303 ? A 400.409 403.666 313.261 1 1 5 LYS 0.430 1 ATOM 14 C CB . LYS 1303 1303 ? A 400.180 403.212 309.941 1 1 5 LYS 0.430 1 ATOM 15 C CG . LYS 1303 1303 ? A 399.816 402.107 308.935 1 1 5 LYS 0.430 1 ATOM 16 C CD . LYS 1303 1303 ? A 400.691 402.160 307.669 1 1 5 LYS 0.430 1 ATOM 17 C CE . LYS 1303 1303 ? A 400.389 401.041 306.663 1 1 5 LYS 0.430 1 ATOM 18 N NZ . LYS 1303 1303 ? A 401.238 401.184 305.455 1 1 5 LYS 0.430 1 ATOM 19 N N . ILE 1304 1304 ? A 399.801 405.466 312.067 1 1 5 ILE 0.580 1 ATOM 20 C CA . ILE 1304 1304 ? A 400.248 406.439 313.061 1 1 5 ILE 0.580 1 ATOM 21 C C . ILE 1304 1304 ? A 399.557 406.235 314.406 1 1 5 ILE 0.580 1 ATOM 22 O O . ILE 1304 1304 ? A 400.214 406.175 315.441 1 1 5 ILE 0.580 1 ATOM 23 C CB . ILE 1304 1304 ? A 400.037 407.870 312.554 1 1 5 ILE 0.580 1 ATOM 24 C CG1 . ILE 1304 1304 ? A 400.958 408.144 311.343 1 1 5 ILE 0.580 1 ATOM 25 C CG2 . ILE 1304 1304 ? A 400.305 408.904 313.669 1 1 5 ILE 0.580 1 ATOM 26 C CD1 . ILE 1304 1304 ? A 400.649 409.457 310.615 1 1 5 ILE 0.580 1 ATOM 27 N N . ARG 1305 1305 ? A 398.224 406.037 314.424 1 1 5 ARG 0.530 1 ATOM 28 C CA . ARG 1305 1305 ? A 397.458 405.783 315.639 1 1 5 ARG 0.530 1 ATOM 29 C C . ARG 1305 1305 ? A 397.890 404.512 316.366 1 1 5 ARG 0.530 1 ATOM 30 O O . ARG 1305 1305 ? A 398.116 404.525 317.576 1 1 5 ARG 0.530 1 ATOM 31 C CB . ARG 1305 1305 ? A 395.943 405.741 315.303 1 1 5 ARG 0.530 1 ATOM 32 C CG . ARG 1305 1305 ? A 395.020 405.640 316.536 1 1 5 ARG 0.530 1 ATOM 33 C CD . ARG 1305 1305 ? A 393.522 405.723 316.230 1 1 5 ARG 0.530 1 ATOM 34 N NE . ARG 1305 1305 ? A 393.180 404.489 315.436 1 1 5 ARG 0.530 1 ATOM 35 C CZ . ARG 1305 1305 ? A 392.698 404.441 314.189 1 1 5 ARG 0.530 1 ATOM 36 N NH1 . ARG 1305 1305 ? A 392.494 405.540 313.468 1 1 5 ARG 0.530 1 ATOM 37 N NH2 . ARG 1305 1305 ? A 392.368 403.259 313.673 1 1 5 ARG 0.530 1 ATOM 38 N N . GLN 1306 1306 ? A 398.109 403.405 315.635 1 1 5 GLN 0.610 1 ATOM 39 C CA . GLN 1306 1306 ? A 398.653 402.165 316.169 1 1 5 GLN 0.610 1 ATOM 40 C C . GLN 1306 1306 ? A 400.058 402.305 316.740 1 1 5 GLN 0.610 1 ATOM 41 O O . GLN 1306 1306 ? A 400.387 401.731 317.780 1 1 5 GLN 0.610 1 ATOM 42 C CB . GLN 1306 1306 ? A 398.680 401.084 315.066 1 1 5 GLN 0.610 1 ATOM 43 C CG . GLN 1306 1306 ? A 397.269 400.608 314.661 1 1 5 GLN 0.610 1 ATOM 44 C CD . GLN 1306 1306 ? A 397.319 399.649 313.474 1 1 5 GLN 0.610 1 ATOM 45 O OE1 . GLN 1306 1306 ? A 398.166 399.734 312.581 1 1 5 GLN 0.610 1 ATOM 46 N NE2 . GLN 1306 1306 ? A 396.354 398.697 313.430 1 1 5 GLN 0.610 1 ATOM 47 N N . SER 1307 1307 ? A 400.934 403.071 316.070 1 1 5 SER 0.650 1 ATOM 48 C CA . SER 1307 1307 ? A 402.242 403.449 316.595 1 1 5 SER 0.650 1 ATOM 49 C C . SER 1307 1307 ? A 402.179 404.297 317.857 1 1 5 SER 0.650 1 ATOM 50 O O . SER 1307 1307 ? A 402.919 404.049 318.811 1 1 5 SER 0.650 1 ATOM 51 C CB . SER 1307 1307 ? A 403.098 404.213 315.557 1 1 5 SER 0.650 1 ATOM 52 O OG . SER 1307 1307 ? A 403.445 403.354 314.471 1 1 5 SER 0.650 1 ATOM 53 N N . ILE 1308 1308 ? A 401.282 405.304 317.918 1 1 5 ILE 0.630 1 ATOM 54 C CA . ILE 1308 1308 ? A 401.046 406.134 319.099 1 1 5 ILE 0.630 1 ATOM 55 C C . ILE 1308 1308 ? A 400.546 405.318 320.292 1 1 5 ILE 0.630 1 ATOM 56 O O . ILE 1308 1308 ? A 401.114 405.407 321.383 1 1 5 ILE 0.630 1 ATOM 57 C CB . ILE 1308 1308 ? A 400.084 407.290 318.781 1 1 5 ILE 0.630 1 ATOM 58 C CG1 . ILE 1308 1308 ? A 400.736 408.305 317.810 1 1 5 ILE 0.630 1 ATOM 59 C CG2 . ILE 1308 1308 ? A 399.608 408.026 320.056 1 1 5 ILE 0.630 1 ATOM 60 C CD1 . ILE 1308 1308 ? A 399.731 409.287 317.196 1 1 5 ILE 0.630 1 ATOM 61 N N . ASP 1309 1309 ? A 399.532 404.445 320.108 1 1 5 ASP 0.630 1 ATOM 62 C CA . ASP 1309 1309 ? A 398.991 403.581 321.148 1 1 5 ASP 0.630 1 ATOM 63 C C . ASP 1309 1309 ? A 400.006 402.587 321.705 1 1 5 ASP 0.630 1 ATOM 64 O O . ASP 1309 1309 ? A 400.089 402.366 322.917 1 1 5 ASP 0.630 1 ATOM 65 C CB . ASP 1309 1309 ? A 397.744 402.818 320.631 1 1 5 ASP 0.630 1 ATOM 66 C CG . ASP 1309 1309 ? 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A 416.265 399.305 363.446 1 1 5 GLU 0.440 1 # # loop_ _atom_type.symbol C N O # # loop_ _ma_qa_metric.id _ma_qa_metric.name _ma_qa_metric.description _ma_qa_metric.type _ma_qa_metric.mode _ma_qa_metric.type_other_details _ma_qa_metric.software_group_id 1 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #