data_SMR-6de292cb70c9a38b804570dc7c658e6f_3 _entry.id SMR-6de292cb70c9a38b804570dc7c658e6f_3 _struct.entry_id SMR-6de292cb70c9a38b804570dc7c658e6f_3 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - G3RDT1/ G3RDT1_GORGO, Collagen type V alpha 2 chain - P05997/ CO5A2_HUMAN, Collagen alpha-2(V) chain Estimated model accuracy of this model is 0.041, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries G3RDT1, P05997' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 172050.141 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP CO5A2_HUMAN P05997 1 ;MMANWAEARPLLILIVLLGQFVSIKAQEEDEDEGYGEEIACTQNGQMYLNRDIWKPAPCQICVCDNGAIL CDKIECQDVLDCADPVTPPGECCPVCSQTPGGGNTNFGRGRKGQKGEPGLVPVVTGIRGRPGPAGPPGSQ GPRGERGPKGRPGPRGPQGIDGEPGVPGQPGAPGPPGHPSHPGPDGLSRPFSAQMAGLDEKSGLGSQVGL MPGSVGPVGPRGPQGLQGQQGGAGPTGPPGEPGDPGPMGPIGSRGPEGPPGKPGEDGEPGRNGNPGEVGF AGSPGARGFPGAPGLPGLKGHRGHKGLEGPKGEVGAPGSKGEAGPTGPMGAMGPLGPRGMPGERGRLGPQ GAPGQRGAHGMPGKPGPMGPLGIPGSSGFPGNPGMKGEAGPTGARGPEGPQGQRGETGPPGPVGSPGLPG AIGTDGTPGAKGPTGSPGTSGPPGSAGPPGSPGPQGSTGPQGIRGQPGDPGVPGFKGEAGPKGEPGPHGI QGPIGPPGEEGKRGPRGDPGTVGPPGPVGERGAPGNRGFPGSDGLPGPKGAQGERGPVGSSGPKGSQGDP GRPGEPGLPGARGLTGNPGVQGPEGKLGPLGAPGEDGRPGPPGSIGIRGQPGSMGLPGPKGSSGDPGKPG EAGNAGVPGQRGAPGKDGEVGPSGPVGPPGLAGERGEQGPPGPTGFQGLPGPPGPPGEGGKPGDQGVPGD PGAVGPLGPRGERGNPGERGEPGITGLPGEKGMAGGHGPDGPKGSPGPSGTPGDTGPPGLQGMPGERGIA GTPGPKGDRGGIGEKGAEGTAGNDGARGLPGPLGPPGPAGPTGEKGEPGPRGLVGPPGSRGNPGSRGENG PTGAVGFAGPQGPDGQPGVKGEPGEPGQKGDAGSPGPQGLAGSPGPHGPNGVPGLKGGRGTQGPPGATGF PGSAGRVGPPGPAGAPGPAGPLGEPGKEGPPGLRGDPGSHGRVGDRGPAGPPGGPGDKGDPGEDGQPGPD GPPGPAGTTGQRGIVGMPGQRGERGMPGLPGPAGTPGKVGPTGATGDKGPPGPVGPPGSNGPVGEPGPEG PAGNDGTPGRDGAVGERGDRGDPGPAGLPGSQGAPGTPGPVGAPGDAGQRGDPGSRGPIGPPGRAGKRGL PGPQGPRGDKGDHGDRGDRGQKGHRGFTGLQGLPGPPGPNGEQGSAGIPGPFGPRGPPGPVGPSGKEGNP GPLGPIGPPGVRGSVGEAGPEGPPGEPGPPGPPGPPGHLTAALGDIMGHYDESMPDPLPEFTEDQAAPDD KNKTDPGVHATLKSLSSQIETMRSPDGSKKHPARTCDDLKLCHSAKQSGEYWIDPNQGSVEDAIKVYCNM ETGETCISANPSSVPRKTWWASKSPDNKPVWYGLDMNRGSQFAYGDHQSPNTAITQMTFLRLLSKEASQN ITYICKNSVGYMDDQAKNLKKAVVLKGANDLDIKAEGNIRFRYIVLQDTCSKRNGNVGKTVFEYRTQNVA RLPIIDLAPVDVGGTDQEFGVEIGPVCFV ; 'Collagen alpha-2(V) chain' 2 1 UNP G3RDT1_GORGO G3RDT1 1 ;MMANWAEARPLLILIVLLGQFVSIKAQEEDEDEGYGEEIACTQNGQMYLNRDIWKPAPCQICVCDNGAIL CDKIECQDVLDCADPVTPPGECCPVCSQTPGGGNTNFGRGRKGQKGEPGLVPVVTGIRGRPGPAGPPGSQ GPRGERGPKGRPGPRGPQGIDGEPGVPGQPGAPGPPGHPSHPGPDGLSRPFSAQMAGLDEKSGLGSQVGL MPGSVGPVGPRGPQGLQGQQGGAGPTGPPGEPGDPGPMGPIGSRGPEGPPGKPGEDGEPGRNGNPGEVGF AGSPGARGFPGAPGLPGLKGHRGHKGLEGPKGEVGAPGSKGEAGPTGPMGAMGPLGPRGMPGERGRLGPQ GAPGQRGAHGMPGKPGPMGPLGIPGSSGFPGNPGMKGEAGPTGARGPEGPQGQRGETGPPGPVGSPGLPG AIGTDGTPGAKGPTGSPGTSGPPGSAGPPGSPGPQGSTGPQGIRGQPGDPGVPGFKGEAGPKGEPGPHGI QGPIGPPGEEGKRGPRGDPGTVGPPGPVGERGAPGNRGFPGSDGLPGPKGAQGERGPVGSSGPKGSQGDP GRPGEPGLPGARGLTGNPGVQGPEGKLGPLGAPGEDGRPGPPGSIGIRGQPGSMGLPGPKGSSGDPGKPG EAGNAGVPGQRGAPGKDGEVGPSGPVGPPGLAGERGEQGPPGPTGFQGLPGPPGPPGEGGKPGDQGVPGD PGAVGPLGPRGERGNPGERGEPGITGLPGEKGMAGGHGPDGPKGSPGPSGTPGDTGPPGLQGMPGERGIA GTPGPKGDRGGIGEKGAEGTAGNDGARGLPGPLGPPGPAGPTGEKGEPGPRGLVGPPGSRGNPGSRGENG PTGAVGFAGPQGPDGQPGVKGEPGEPGQKGDAGSPGPQGLAGSPGPHGPNGVPGLKGGRGTQGPPGATGF PGSAGRVGPPGPAGAPGPAGPLGEPGKEGPPGLRGDPGSHGRVGDRGPAGPPGGPGDKGDPGEDGQPGPD GPPGPAGTTGQRGIVGMPGQRGERGMPGLPGPAGTPGKVGPTGATGDKGPPGPVGPPGSNGPVGEPGPEG PAGNDGTPGRDGAVGERGDRGDPGPAGLPGSQGAPGTPGPVGAPGDAGQRGDPGSRGPIGPPGRAGKRGL PGPQGPRGDKGDHGDRGDRGQKGHRGFTGLQGLPGPPGPNGEQGSAGIPGPFGPRGPPGPVGPSGKEGNP GPLGPIGPPGVRGSVGEAGPEGPPGEPGPPGPPGPPGHLTAALGDIMGHYDESMPDPLPEFTEDQAAPDD KNKTDPGVHATLKSLSSQIETMRSPDGSKKHPARTCDDLKLCHSAKQSGEYWIDPNQGSVEDAIKVYCNM ETGETCISANPSSVPRKTWWASKSPDNKPVWYGLDMNRGSQFAYGDHQSPNTAITQMTFLRLLSKEASQN ITYICKNSVGYMDDQAKNLKKAVVLKGANDLDIKAEGNIRFRYIVLQDTCSKRNGNVGKTVFEYRTQNVA RLPIIDLAPVDVGGTDQEFGVEIGPVCFV ; 'Collagen type V alpha 2 chain' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1499 1 1499 2 2 1 1499 1 1499 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . CO5A2_HUMAN P05997 . 1 1499 9606 'Homo sapiens (Human)' 2007-04-03 E8C92BF5E749EC97 1 UNP . G3RDT1_GORGO G3RDT1 . 1 1499 9595 'Gorilla gorilla gorilla (Western lowland gorilla)' 2018-02-28 E8C92BF5E749EC97 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MMANWAEARPLLILIVLLGQFVSIKAQEEDEDEGYGEEIACTQNGQMYLNRDIWKPAPCQICVCDNGAIL CDKIECQDVLDCADPVTPPGECCPVCSQTPGGGNTNFGRGRKGQKGEPGLVPVVTGIRGRPGPAGPPGSQ GPRGERGPKGRPGPRGPQGIDGEPGVPGQPGAPGPPGHPSHPGPDGLSRPFSAQMAGLDEKSGLGSQVGL MPGSVGPVGPRGPQGLQGQQGGAGPTGPPGEPGDPGPMGPIGSRGPEGPPGKPGEDGEPGRNGNPGEVGF AGSPGARGFPGAPGLPGLKGHRGHKGLEGPKGEVGAPGSKGEAGPTGPMGAMGPLGPRGMPGERGRLGPQ GAPGQRGAHGMPGKPGPMGPLGIPGSSGFPGNPGMKGEAGPTGARGPEGPQGQRGETGPPGPVGSPGLPG AIGTDGTPGAKGPTGSPGTSGPPGSAGPPGSPGPQGSTGPQGIRGQPGDPGVPGFKGEAGPKGEPGPHGI QGPIGPPGEEGKRGPRGDPGTVGPPGPVGERGAPGNRGFPGSDGLPGPKGAQGERGPVGSSGPKGSQGDP GRPGEPGLPGARGLTGNPGVQGPEGKLGPLGAPGEDGRPGPPGSIGIRGQPGSMGLPGPKGSSGDPGKPG 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# loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GSMAQEAGSCVQDGQRYNDKDVWKPEPCRICVCDTGTVLCDDIICEDVKDCLSPEIPFGECCPICPTDLA TASG ; ;GSMAQEAGSCVQDGQRYNDKDVWKPEPCRICVCDTGTVLCDDIICEDVKDCLSPEIPFGECCPICPTDLA TASG ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 7 70 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 5nir 2024-11-06 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1499 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1499 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 9.4e-10 53.125 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MMANWAEARPLLILIVLLGQFVSIKAQEEDEDEGYGEEIACTQNGQMYLNRDIWKPAPCQICVCDNGAILCDKIECQDVLDCADPVTPPGECCPVCSQTPGGGNTNFGRGRKGQKGEPGLVPVVTGIRGRPGPAGPPGSQGPRGERGPKGRPGPRGPQGIDGEPGVPGQPGAPGPPGHPSHPGPDGLSRPFSAQMAGLDEKSGLGSQVGLMPGSVGPVGPRGPQGLQGQQGGAGPTGPPGEPGDPGPMGPIGSRGPEGPPGKPGEDGEPGRNGNPGEVGFAGSPGARGFPGAPGLPGLKGHRGHKGLEGPKGEVGAPGSKGEAGPTGPMGAMGPLGPRGMPGERGRLGPQGAPGQRGAHGMPGKPGPMGPLGIPGSSGFPGNPGMKGEAGPTGARGPEGPQGQRGETGPPGPVGSPGLPGAIGTDGTPGAKGPTGSPGTSGPPGSAGPPGSPGPQGSTGPQGIRGQPGDPGVPGFKGEAGPKGEPGPHGIQGPIGPPGEEGKRGPRGDPGTVGPPGPVGERGAPGNRGFPGSDGLPGPKGAQGERGPVGSSGPKGSQGDPGRPGEPGLPGARGLTGNPGVQGPEGKLGPLGAPGEDGRPGPPGSIGIRGQPGSMGLPGPKGSSGDPGKPGEAGNAGVPGQRGAPGKDGEVGPSGPVGPPGLAGERGEQGPPGPTGFQGLPGPPGPPGEGGKPGDQGVPGDPGAVGPLGPRGERGNPGERGEPGITGLPGEKGMAGGHGPDGPKGSPGPSGTPGDTGPPGLQGMPGERGIAGTPGPKGDRGGIGEKGAEGTAGNDGARGLPGPLGPPGPAGPTGEKGEPGPRGLVGPPGSRGNPGSRGENGPTGAVGFAGPQGPDGQPGVKGEPGEPGQKGDAGSPGPQGLAGSPGPHGPNGVPGLKGGRGTQGPPGATGFPGSAGRVGPPGPAGAPGPAGPLGEPGKEGPPGLRGDPGSHGRVGDRGPAGPPGGPGDKGDPGEDGQPGPDGPPGPAGTTGQRGIVGMPGQRGERGMPGLPGPAGTPGKVGPTGATGDKGPPGPVGPPGSNGPVGEPGPEGPAGNDGTPGRDGAVGERGDRGDPGPAGLPGSQGAPGTPGPVGAPGDAGQRGDPGSRGPIGPPGRAGKRGLPGPQGPRGDKGDHGDRGDRGQKGHRGFTGLQGLPGPPGPNGEQGSAGIPGPFGPRGPPGPVGPSGKEGNPGPLGPIGPPGVRGSVGEAGPEGPPGEPGPPGPPGPPGHLTAALGDIMGHYDESMPDPLPEFTEDQAAPDDKNKTDPGVHATLKSLSSQIETMRSPDGSKKHPARTCDDLKLCHSAKQSGEYWIDPNQGSVEDAIKVYCNMETGETCISANPSSVPRKTWWASKSPDNKPVWYGLDMNRGSQFAYGDHQSPNTAITQMTFLRLLSKEASQNITYICKNSVGYMDDQAKNLKKAVVLKGANDLDIKAEGNIRFRYIVLQDTCSKRNGNVGKTVFEYRTQNVARLPIIDLAPVDVGGTDQEFGVEIGPVCFV 2 1 2 -------------------------------------AGSCVQDGQRYNDKDVWKPEPCRICVCDTGTVLCDDIICEDVKDCLSPEIPFGECCPICPTDLA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 5nir.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 3' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . GLU 38 38 ? A -7.539 5.657 6.435 1 1 A GLU 0.330 1 ATOM 2 C CA . GLU 38 38 ? A -7.525 7.143 6.256 1 1 A GLU 0.330 1 ATOM 3 C C . GLU 38 38 ? A -7.145 7.750 7.599 1 1 A GLU 0.330 1 ATOM 4 O O . GLU 38 38 ? A -7.519 7.179 8.614 1 1 A GLU 0.330 1 ATOM 5 C CB . GLU 38 38 ? A -8.928 7.567 5.767 1 1 A GLU 0.330 1 ATOM 6 C CG . GLU 38 38 ? A -9.102 9.077 5.487 1 1 A GLU 0.330 1 ATOM 7 C CD . GLU 38 38 ? A -10.472 9.376 4.872 1 1 A GLU 0.330 1 ATOM 8 O OE1 . GLU 38 38 ? A -10.716 10.575 4.598 1 1 A GLU 0.330 1 ATOM 9 O OE2 . GLU 38 38 ? A -11.252 8.411 4.679 1 1 A GLU 0.330 1 ATOM 10 N N . ILE 39 39 ? A -6.313 8.824 7.644 1 1 A ILE 0.430 1 ATOM 11 C CA . ILE 39 39 ? A -5.999 9.608 8.845 1 1 A ILE 0.430 1 ATOM 12 C C . ILE 39 39 ? A -4.959 8.936 9.763 1 1 A ILE 0.430 1 ATOM 13 O O . ILE 39 39 ? A -4.412 9.548 10.673 1 1 A ILE 0.430 1 ATOM 14 C CB . ILE 39 39 ? A -7.273 10.165 9.524 1 1 A ILE 0.430 1 ATOM 15 C CG1 . ILE 39 39 ? A -7.964 11.244 8.651 1 1 A ILE 0.430 1 ATOM 16 C CG2 . ILE 39 39 ? A -7.053 10.701 10.947 1 1 A ILE 0.430 1 ATOM 17 C CD1 . ILE 39 39 ? A -9.420 11.475 9.082 1 1 A ILE 0.430 1 ATOM 18 N N . ALA 40 40 ? A -4.586 7.664 9.502 1 1 A ALA 0.620 1 ATOM 19 C CA . ALA 40 40 ? A -3.657 6.908 10.314 1 1 A ALA 0.620 1 ATOM 20 C C . ALA 40 40 ? A -2.248 7.472 10.353 1 1 A ALA 0.620 1 ATOM 21 O O . ALA 40 40 ? A -1.764 8.086 9.405 1 1 A ALA 0.620 1 ATOM 22 C CB . ALA 40 40 ? A -3.632 5.417 9.916 1 1 A ALA 0.620 1 ATOM 23 N N . CYS 41 41 ? A -1.576 7.272 11.492 1 1 A CYS 0.670 1 ATOM 24 C CA . CYS 41 41 ? A -0.306 7.889 11.784 1 1 A CYS 0.670 1 ATOM 25 C C . CYS 41 41 ? A 0.758 6.828 11.852 1 1 A CYS 0.670 1 ATOM 26 O O . CYS 41 41 ? A 0.465 5.695 12.217 1 1 A CYS 0.670 1 ATOM 27 C CB . CYS 41 41 ? A -0.325 8.575 13.161 1 1 A CYS 0.670 1 ATOM 28 S SG . CYS 41 41 ? A -1.520 9.927 13.266 1 1 A CYS 0.670 1 ATOM 29 N N . THR 42 42 ? A 2.025 7.164 11.539 1 1 A THR 0.660 1 ATOM 30 C CA . THR 42 42 ? A 3.114 6.192 11.605 1 1 A THR 0.660 1 ATOM 31 C C . THR 42 42 ? A 4.197 6.729 12.503 1 1 A THR 0.660 1 ATOM 32 O O . THR 42 42 ? A 4.712 7.811 12.260 1 1 A THR 0.660 1 ATOM 33 C CB . THR 42 42 ? A 3.762 5.901 10.256 1 1 A THR 0.660 1 ATOM 34 O OG1 . THR 42 42 ? A 2.820 5.286 9.394 1 1 A THR 0.660 1 ATOM 35 C CG2 . THR 42 42 ? A 4.934 4.908 10.354 1 1 A THR 0.660 1 ATOM 36 N N . GLN 43 43 ? A 4.596 5.989 13.561 1 1 A GLN 0.620 1 ATOM 37 C CA . GLN 43 43 ? A 5.657 6.446 14.446 1 1 A GLN 0.620 1 ATOM 38 C C . GLN 43 43 ? A 6.476 5.257 14.917 1 1 A GLN 0.620 1 ATOM 39 O O . GLN 43 43 ? A 5.921 4.256 15.356 1 1 A GLN 0.620 1 ATOM 40 C CB . GLN 43 43 ? A 5.074 7.198 15.676 1 1 A GLN 0.620 1 ATOM 41 C CG . GLN 43 43 ? A 6.073 8.034 16.517 1 1 A GLN 0.620 1 ATOM 42 C CD . GLN 43 43 ? A 6.744 9.117 15.683 1 1 A GLN 0.620 1 ATOM 43 O OE1 . GLN 43 43 ? A 6.066 9.918 15.016 1 1 A GLN 0.620 1 ATOM 44 N NE2 . GLN 43 43 ? A 8.086 9.203 15.703 1 1 A GLN 0.620 1 ATOM 45 N N . ASN 44 44 ? A 7.828 5.311 14.809 1 1 A ASN 0.700 1 ATOM 46 C CA . ASN 44 44 ? A 8.739 4.231 15.210 1 1 A ASN 0.700 1 ATOM 47 C C . ASN 44 44 ? A 8.402 2.848 14.646 1 1 A ASN 0.700 1 ATOM 48 O O . ASN 44 44 ? A 8.480 1.834 15.335 1 1 A ASN 0.700 1 ATOM 49 C CB . ASN 44 44 ? A 8.935 4.150 16.748 1 1 A ASN 0.700 1 ATOM 50 C CG . ASN 44 44 ? A 9.512 5.466 17.224 1 1 A ASN 0.700 1 ATOM 51 O OD1 . ASN 44 44 ? A 10.364 6.067 16.555 1 1 A ASN 0.700 1 ATOM 52 N ND2 . ASN 44 44 ? A 9.069 5.967 18.393 1 1 A ASN 0.700 1 ATOM 53 N N . GLY 45 45 ? A 8.019 2.788 13.354 1 1 A GLY 0.650 1 ATOM 54 C CA . GLY 45 45 ? A 7.654 1.550 12.671 1 1 A GLY 0.650 1 ATOM 55 C C . GLY 45 45 ? A 6.265 1.022 12.940 1 1 A GLY 0.650 1 ATOM 56 O O . GLY 45 45 ? A 5.883 0.001 12.379 1 1 A GLY 0.650 1 ATOM 57 N N . GLN 46 46 ? A 5.450 1.709 13.762 1 1 A GLN 0.610 1 ATOM 58 C CA . GLN 46 46 ? A 4.095 1.291 14.060 1 1 A GLN 0.610 1 ATOM 59 C C . GLN 46 46 ? A 3.115 2.225 13.406 1 1 A GLN 0.610 1 ATOM 60 O O . GLN 46 46 ? A 3.398 3.404 13.217 1 1 A GLN 0.610 1 ATOM 61 C CB . GLN 46 46 ? 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A -3.007 4.467 14.024 1 1 A TYR 0.600 1 ATOM 77 O O . TYR 48 48 ? A -2.896 5.275 13.103 1 1 A TYR 0.600 1 ATOM 78 C CB . TYR 48 48 ? A -1.398 5.112 15.787 1 1 A TYR 0.600 1 ATOM 79 C CG . TYR 48 48 ? A -0.144 4.724 16.501 1 1 A TYR 0.600 1 ATOM 80 C CD1 . TYR 48 48 ? A 1.115 5.019 15.952 1 1 A TYR 0.600 1 ATOM 81 C CD2 . TYR 48 48 ? A -0.213 4.025 17.714 1 1 A TYR 0.600 1 ATOM 82 C CE1 . TYR 48 48 ? A 2.285 4.624 16.610 1 1 A TYR 0.600 1 ATOM 83 C CE2 . TYR 48 48 ? A 0.959 3.651 18.384 1 1 A TYR 0.600 1 ATOM 84 C CZ . TYR 48 48 ? A 2.207 3.975 17.844 1 1 A TYR 0.600 1 ATOM 85 O OH . TYR 48 48 ? A 3.375 3.631 18.552 1 1 A TYR 0.600 1 ATOM 86 N N . LEU 49 49 ? A -4.198 3.948 14.378 1 1 A LEU 0.560 1 ATOM 87 C CA . LEU 49 49 ? A -5.444 4.430 13.842 1 1 A LEU 0.560 1 ATOM 88 C C . LEU 49 49 ? A -5.653 5.880 14.184 1 1 A LEU 0.560 1 ATOM 89 O O . LEU 49 49 ? A -5.099 6.460 15.107 1 1 A LEU 0.560 1 ATOM 90 C CB . LEU 49 49 ? A -6.696 3.665 14.332 1 1 A LEU 0.560 1 ATOM 91 C CG . LEU 49 49 ? 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A -4.186 3.598 17.136 1 1 A ASP 0.640 1 ATOM 121 N N . ILE 53 53 ? A -5.065 7.066 21.191 1 1 A ILE 0.650 1 ATOM 122 C CA . ILE 53 53 ? A -4.380 7.726 22.284 1 1 A ILE 0.650 1 ATOM 123 C C . ILE 53 53 ? A -3.551 6.650 22.949 1 1 A ILE 0.650 1 ATOM 124 O O . ILE 53 53 ? A -4.040 5.583 23.287 1 1 A ILE 0.650 1 ATOM 125 C CB . ILE 53 53 ? A -5.316 8.381 23.303 1 1 A ILE 0.650 1 ATOM 126 C CG1 . ILE 53 53 ? A -6.181 9.470 22.617 1 1 A ILE 0.650 1 ATOM 127 C CG2 . ILE 53 53 ? A -4.481 8.991 24.459 1 1 A ILE 0.650 1 ATOM 128 C CD1 . ILE 53 53 ? A -7.293 10.046 23.507 1 1 A ILE 0.650 1 ATOM 129 N N . TRP 54 54 ? A -2.242 6.909 23.131 1 1 A TRP 0.620 1 ATOM 130 C CA . TRP 54 54 ? A -1.358 5.909 23.680 1 1 A TRP 0.620 1 ATOM 131 C C . TRP 54 54 ? A -0.246 6.572 24.450 1 1 A TRP 0.620 1 ATOM 132 O O . TRP 54 54 ? A 0.012 7.764 24.325 1 1 A TRP 0.620 1 ATOM 133 C CB . TRP 54 54 ? A -0.766 4.951 22.595 1 1 A TRP 0.620 1 ATOM 134 C CG . TRP 54 54 ? 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PRO 58 58 ? A 5.847 5.917 30.258 1 1 A PRO 0.700 1 ATOM 165 C CA . PRO 58 58 ? A 4.931 6.340 31.311 1 1 A PRO 0.700 1 ATOM 166 C C . PRO 58 58 ? A 4.738 7.837 31.420 1 1 A PRO 0.700 1 ATOM 167 O O . PRO 58 58 ? A 3.680 8.255 31.890 1 1 A PRO 0.700 1 ATOM 168 C CB . PRO 58 58 ? A 5.540 5.793 32.604 1 1 A PRO 0.700 1 ATOM 169 C CG . PRO 58 58 ? A 6.312 4.557 32.148 1 1 A PRO 0.700 1 ATOM 170 C CD . PRO 58 58 ? A 6.830 4.959 30.762 1 1 A PRO 0.700 1 ATOM 171 N N . CYS 59 59 ? A 5.747 8.634 31.020 1 1 A CYS 0.680 1 ATOM 172 C CA . CYS 59 59 ? A 5.754 10.083 31.081 1 1 A CYS 0.680 1 ATOM 173 C C . CYS 59 59 ? A 5.601 10.722 29.711 1 1 A CYS 0.680 1 ATOM 174 O O . CYS 59 59 ? A 5.996 11.868 29.512 1 1 A CYS 0.680 1 ATOM 175 C CB . CYS 59 59 ? A 7.061 10.639 31.695 1 1 A CYS 0.680 1 ATOM 176 S SG . CYS 59 59 ? A 7.357 10.060 33.390 1 1 A CYS 0.680 1 ATOM 177 N N . GLN 60 60 ? A 5.030 10.017 28.719 1 1 A GLN 0.640 1 ATOM 178 C CA . GLN 60 60 ? 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A -3.482 12.320 61.490 1 1 A GLY 0.170 1 # # loop_ _atom_type.symbol C N O S # # loop_ _ma_qa_metric.id _ma_qa_metric.name _ma_qa_metric.description _ma_qa_metric.type _ma_qa_metric.mode _ma_qa_metric.type_other_details _ma_qa_metric.software_group_id 1 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. 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