data_SMR-db1a21e1278b43d8ffcf595589db7f56_6 _entry.id SMR-db1a21e1278b43d8ffcf595589db7f56_6 _struct.entry_id SMR-db1a21e1278b43d8ffcf595589db7f56_6 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - P41229 (isoform 2)/ KDM5C_HUMAN, Lysine-specific demethylase 5C Estimated model accuracy of this model is 0.026, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries P41229 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 198071.166 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP KDM5C_HUMAN P41229 1 ;MEPGSDDFLPPPECPVFEPSWAEFRDPLGYIAKIRPIAEKSGICKIRPPADWQPPFAVEVDNFRFTPRIQ RLNELEIVVEEGGYEAICKDRRWARVAQRLNYPPGKNIGSLLRSHYERIVYPYEMYQSGANLVQCNTRPF DNEEKDKEYKPHSIPLRQSVQPSKFNSYGRRAKRLQPDPEPTEEDIEKNPELKKLQIYGAGPKMMGLGLM AKDKTLRKKDKEGPECPPTVVVKEELGGDVKVESTSPKTFLESKEELSHSPEPCTKMTMRLRRNHSNAQF IESYVCRMCSRGDEDDKLLLCDGCDDNYHIFCLLPPLPEIPKGVWRCPKCVMAECKRPPEAFGFEQATRE YTLQSFGEMADSFKADYFNMPVHMVPTELVEKEFWRLVNSIEEDVTVEYGADIHSKEFGSGFPVSDSKRH LTPEEEEYATSGWNLNVMPVLEQSVLCHINADISGMKVPWLYVGMVFSAFCWHIEDHWSYSINYLHWGEP KTWYGVPSLAAEHLEEVMKKLTPELFDSQPDLLHQLVTLMNPNTLMSHGVPVVRTNQCAGEFVITFPRAY HSGFNQGYNFAEAVNFCTADWLPAGRQCIEHYRRLRRYCVFSHEELICKMAACPEKLDLNLAAAVHKEMF IMVQEERRLRKALLEKGITEAEREAFELLPDDERQCIKCKTTCFLSALACYDCPDGLVCLSHINDLCKCS SSRQYLRYRYTLDELPAMLHKLKVRAESFDTWANKVRVALEVEDGRKRSLEELRALESEARERRFPNSEL LQQLKNCLSEAEACVSRALGLVSGQEAGPHRVAGLQMTLTELRAFLDQMNNLPCAMHQIGDVKGVLEQVE AYQAEAREALASLPSSPGLLQSLLERGRQLGVEVPEAQQLQRQVEQARWLDEVKRTLAPSARRGTLAVMR GLLVAGASVAPSPAVDKAQAELQELLTIAERWEEKAHLCLEARQKHPPATLEAIIREAENIPVHLPNIQA LKEALAKARAWIADVDEIQNGDHYPCLDDLEGLVAVGRDLPVGLEELRQLELQVLTAHSWREKASKTFLK KNSCYTLLEVLCPCADAGSDSTKRSRWMEKELGLYKSDTELLGLSAQDLRDPGSVIVAFKEGEQKEKEGI LQLRRTNSAKPSPLASSSTASSTTSICVCGQVLAGAGALQCDLCQDWFHGRCVSVPRLLSSPRPNPTSSP LLAWWEWDTKFLCPLCMRSRRPRLETILALLVALQRLPVRLPEGEALQCLTERAISWQGRARQALASEDV TALLGRLAELRQRLQAEPRPEEPPNYPAAPASDPLREGSGKDMPKVQGLLENGDSVTSPEKVAPEEGSDL ELLSSLLPQLTGPVLELPEATRAPLEELMMEGDLLEVTLDENHSIWQLLQAGQPPDLERIRTLLELEKAE RHGSRARGRALERRRRRKVDRGGEGDDPAREELEPKRVRSSGPEAEEVQEEEELEEETGGEGPPAPIPTT GSPSTQENQNGLEPAEGTTSGPSAPFSTLTPRLHLPCPQQPPQQQL ; 'Lysine-specific demethylase 5C' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1516 1 1516 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . KDM5C_HUMAN P41229 P41229-2 1 1516 9606 'Homo sapiens (Human)' 2006-11-14 F82BDA8A82C57C01 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no B ;MEPGSDDFLPPPECPVFEPSWAEFRDPLGYIAKIRPIAEKSGICKIRPPADWQPPFAVEVDNFRFTPRIQ RLNELEIVVEEGGYEAICKDRRWARVAQRLNYPPGKNIGSLLRSHYERIVYPYEMYQSGANLVQCNTRPF DNEEKDKEYKPHSIPLRQSVQPSKFNSYGRRAKRLQPDPEPTEEDIEKNPELKKLQIYGAGPKMMGLGLM AKDKTLRKKDKEGPECPPTVVVKEELGGDVKVESTSPKTFLESKEELSHSPEPCTKMTMRLRRNHSNAQF IESYVCRMCSRGDEDDKLLLCDGCDDNYHIFCLLPPLPEIPKGVWRCPKCVMAECKRPPEAFGFEQATRE YTLQSFGEMADSFKADYFNMPVHMVPTELVEKEFWRLVNSIEEDVTVEYGADIHSKEFGSGFPVSDSKRH LTPEEEEYATSGWNLNVMPVLEQSVLCHINADISGMKVPWLYVGMVFSAFCWHIEDHWSYSINYLHWGEP KTWYGVPSLAAEHLEEVMKKLTPELFDSQPDLLHQLVTLMNPNTLMSHGVPVVRTNQCAGEFVITFPRAY HSGFNQGYNFAEAVNFCTADWLPAGRQCIEHYRRLRRYCVFSHEELICKMAACPEKLDLNLAAAVHKEMF IMVQEERRLRKALLEKGITEAEREAFELLPDDERQCIKCKTTCFLSALACYDCPDGLVCLSHINDLCKCS SSRQYLRYRYTLDELPAMLHKLKVRAESFDTWANKVRVALEVEDGRKRSLEELRALESEARERRFPNSEL LQQLKNCLSEAEACVSRALGLVSGQEAGPHRVAGLQMTLTELRAFLDQMNNLPCAMHQIGDVKGVLEQVE AYQAEAREALASLPSSPGLLQSLLERGRQLGVEVPEAQQLQRQVEQARWLDEVKRTLAPSARRGTLAVMR GLLVAGASVAPSPAVDKAQAELQELLTIAERWEEKAHLCLEARQKHPPATLEAIIREAENIPVHLPNIQA LKEALAKARAWIADVDEIQNGDHYPCLDDLEGLVAVGRDLPVGLEELRQLELQVLTAHSWREKASKTFLK KNSCYTLLEVLCPCADAGSDSTKRSRWMEKELGLYKSDTELLGLSAQDLRDPGSVIVAFKEGEQKEKEGI LQLRRTNSAKPSPLASSSTASSTTSICVCGQVLAGAGALQCDLCQDWFHGRCVSVPRLLSSPRPNPTSSP LLAWWEWDTKFLCPLCMRSRRPRLETILALLVALQRLPVRLPEGEALQCLTERAISWQGRARQALASEDV TALLGRLAELRQRLQAEPRPEEPPNYPAAPASDPLREGSGKDMPKVQGLLENGDSVTSPEKVAPEEGSDL ELLSSLLPQLTGPVLELPEATRAPLEELMMEGDLLEVTLDENHSIWQLLQAGQPPDLERIRTLLELEKAE RHGSRARGRALERRRRRKVDRGGEGDDPAREELEPKRVRSSGPEAEEVQEEEELEEETGGEGPPAPIPTT GSPSTQENQNGLEPAEGTTSGPSAPFSTLTPRLHLPCPQQPPQQQL ; ;MEPGSDDFLPPPECPVFEPSWAEFRDPLGYIAKIRPIAEKSGICKIRPPADWQPPFAVEVDNFRFTPRIQ 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KNSCYTLLEVLCPCADAGSDSTKRSRWMEKELGLYKSDTELLGLSAQDLRDPGSVIVAFKEGEQKEKEGI LQLRRTNSAKPSPLASSSTASSTTSICVCGQVLAGAGALQCDLCQDWFHGRCVSVPRLLSSPRPNPTSSP LLAWWEWDTKFLCPLCMRSRRPRLETILALLVALQRLPVRLPEGEALQCLTERAISWQGRARQALASEDV TALLGRLAELRQRLQAEPRPEEPPNYPAAPASDPLREGSGKDMPKVQGLLENGDSVTSPEKVAPEEGSDL ELLSSLLPQLTGPVLELPEATRAPLEELMMEGDLLEVTLDENHSIWQLLQAGQPPDLERIRTLLELEKAE RHGSRARGRALERRRRRKVDRGGEGDDPAREELEPKRVRSSGPEAEEVQEEEELEEETGGEGPPAPIPTT GSPSTQENQNGLEPAEGTTSGPSAPFSTLTPRLHLPCPQQPPQQQL ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 GLU . 1 3 PRO . 1 4 GLY . 1 5 SER . 1 6 ASP . 1 7 ASP . 1 8 PHE . 1 9 LEU . 1 10 PRO . 1 11 PRO . 1 12 PRO . 1 13 GLU . 1 14 CYS . 1 15 PRO . 1 16 VAL . 1 17 PHE . 1 18 GLU . 1 19 PRO . 1 20 SER . 1 21 TRP . 1 22 ALA . 1 23 GLU . 1 24 PHE . 1 25 ARG . 1 26 ASP . 1 27 PRO . 1 28 LEU . 1 29 GLY . 1 30 TYR . 1 31 ILE . 1 32 ALA . 1 33 LYS . 1 34 ILE . 1 35 ARG . 1 36 PRO . 1 37 ILE . 1 38 ALA . 1 39 GLU . 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B . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Design construct XXA_GVDQ {PDB ID=6nz1, label_asym_id=B, auth_asym_id=B, SMTL ID=6nz1.1.B}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 6nz1, label_asym_id=B' 'target-template alignment' . 4 'model 6' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-27 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-22 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A B 1 1 B # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GSHMGTEDLKYSLERLREILERLEENPSEKQIVEAIRAIVENNAQIVEAIRAIVENNAQIVEILRAIIEA LEAIGVDQKILEEMKKLLKDLKRSLERG ; ;GSHMGTEDLKYSLERLREILERLEENPSEKQIVEAIRAIVENNAQIVEAIRAIVENNAQIVEILRAIIEA LEAIGVDQKILEEMKKLLKDLKRSLERG ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 10 88 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 6nz1 2024-04-03 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1516 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1516 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 13.000 13.924 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MEPGSDDFLPPPECPVFEPSWAEFRDPLGYIAKIRPIAEKSGICKIRPPADWQPPFAVEVDNFRFTPRIQRLNELEIVVEEGGYEAICKDRRWARVAQRLNYPPGKNIGSLLRSHYERIVYPYEMYQSGANLVQCNTRPFDNEEKDKEYKPHSIPLRQSVQPSKFNSYGRRAKRLQPDPEPTEEDIEKNPELKKLQIYGAGPKMMGLGLMAKDKTLRKKDKEGPECPPTVVVKEELGGDVKVESTSPKTFLESKEELSHSPEPCTKMTMRLRRNHSNAQFIESYVCRMCSRGDEDDKLLLCDGCDDNYHIFCLLPPLPEIPKGVWRCPKCVMAECKRPPEAFGFEQATREYTLQSFGEMADSFKADYFNMPVHMVPTELVEKEFWRLVNSIEEDVTVEYGADIHSKEFGSGFPVSDSKRHLTPEEEEYATSGWNLNVMPVLEQSVLCHINADISGMKVPWLYVGMVFSAFCWHIEDHWSYSINYLHWGEPKTWYGVPSLAAEHLEEVMKKLTPELFDSQPDLLHQLVTLMNPNTLMSHGVPVVRTNQCAGEFVITFPRAYHSGFNQGYNFAEAVNFCTADWLPAGRQCIEHYRRLRRYCVFSHEELICKMAACPEKLDLNLAAAVHKEMFIMVQEERRLRKALLEKGITEAEREAFELLPDDERQCIKCKTTCFLSALACYDCPDGLVCLSHINDLCKCSSSRQYLRYRYTLDELPAMLHKLKVRAESFDTWANKVRVALEVEDGRKRSLEELRALESEARERRFPNSELLQQLKNCLSEAEACVSRALGLVSGQEAGPHRVAGLQMTLTELRAFLDQMNNLPCAMHQIGDVKGVLEQVEAYQAEAREALASLPSSPGLLQSLLERGRQLGVEVPEAQQLQRQVEQARWLDEVKRTLAPSARRGTLAVMRGLLVAGASVAPSPAVDKAQAELQELLTIAERWEEKAHLCLEARQKHPPATLEAIIREAENIPVHLPNIQALKEALAKARAWIADVDEIQNGDHYPCLDDLEGLVAVGRDLPVGLEELRQLELQVLTAHSWREKASKTFLKKNSCYTLLEVLCPCADAGSDSTKRSRWMEKELGLYKSDTELLGLSAQDLRDPGSVIVAFKEGEQKEKEGILQLRRTNSAKPSPLASSSTASSTTSICVCGQVLAGAGALQCDLCQDWFHGRCVSVPRLLSSPRPNPTSSPLLAWWEWDTKFLCPLCMRSRRPRLETILALLVALQRLPVRLPEGEALQCLTERAISWQGRARQALASEDVTALLGRLAELRQRLQAEPRPEEPPNYPAAPASDPLREGSGKDMPKVQGLLENGDSVTSPEKVAPEEGSDLELLSSLLPQLTGPVLELPEATRAPLEELMMEGDLLEVTLDENHSIWQLLQAGQPPDLERIRTLLELEKAERHGSRARGRALERRRRRKVDRGGEGDDPAREELEPKRVRSSGPEAEEVQEEEELEEETGGEGPPAPIPTTGSPSTQENQNGLEPAEGTTSGPSAPFSTLTPRLHLPCPQQPPQQQL 2 1 2 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------KYSLERLREILERLEENPSEKQIVEAIRAIVENNAQIVEAIRAIVENNAQIVEILRAIIEALEAIGVDQKILEEMKKLL-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 6nz1.1, oligomeric state (monomer) as predicted' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 6' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . GLN 806 806 ? A 22.356 35.380 51.483 1 1 B GLN 0.350 1 ATOM 2 C CA . GLN 806 806 ? A 21.305 34.633 50.683 1 1 B GLN 0.350 1 ATOM 3 C C . GLN 806 806 ? A 20.654 35.437 49.570 1 1 B GLN 0.350 1 ATOM 4 O O . GLN 806 806 ? A 20.597 34.953 48.447 1 1 B GLN 0.350 1 ATOM 5 C CB . GLN 806 806 ? A 20.199 34.020 51.599 1 1 B GLN 0.350 1 ATOM 6 C CG . GLN 806 806 ? A 19.187 33.067 50.887 1 1 B GLN 0.350 1 ATOM 7 C CD . GLN 806 806 ? A 19.916 31.862 50.298 1 1 B GLN 0.350 1 ATOM 8 O OE1 . GLN 806 806 ? A 20.517 31.086 51.053 1 1 B GLN 0.350 1 ATOM 9 N NE2 . GLN 806 806 ? A 19.940 31.697 48.963 1 1 B GLN 0.350 1 ATOM 10 N N . MET 807 807 ? A 20.182 36.684 49.825 1 1 B MET 0.310 1 ATOM 11 C CA . MET 807 807 ? A 19.544 37.535 48.828 1 1 B MET 0.310 1 ATOM 12 C C . MET 807 807 ? A 20.438 37.810 47.628 1 1 B MET 0.310 1 ATOM 13 O O . MET 807 807 ? A 20.059 37.530 46.496 1 1 B MET 0.310 1 ATOM 14 C CB . MET 807 807 ? A 19.088 38.851 49.529 1 1 B MET 0.310 1 ATOM 15 C CG . MET 807 807 ? A 17.943 38.628 50.546 1 1 B MET 0.310 1 ATOM 16 S SD . MET 807 807 ? A 16.467 37.832 49.826 1 1 B MET 0.310 1 ATOM 17 C CE . MET 807 807 ? A 15.994 39.193 48.715 1 1 B MET 0.310 1 ATOM 18 N N . THR 808 808 ? A 21.699 38.217 47.868 1 1 B THR 0.620 1 ATOM 19 C CA . THR 808 808 ? A 22.694 38.499 46.841 1 1 B THR 0.620 1 ATOM 20 C C . THR 808 808 ? A 23.046 37.274 46.014 1 1 B THR 0.620 1 ATOM 21 O O . THR 808 808 ? A 23.232 37.348 44.799 1 1 B THR 0.620 1 ATOM 22 C CB . THR 808 808 ? A 23.954 39.124 47.432 1 1 B THR 0.620 1 ATOM 23 O OG1 . THR 808 808 ? A 24.524 38.339 48.476 1 1 B THR 0.620 1 ATOM 24 C CG2 . THR 808 808 ? A 23.567 40.462 48.077 1 1 B THR 0.620 1 ATOM 25 N N . LEU 809 809 ? A 23.100 36.086 46.652 1 1 B LEU 0.580 1 ATOM 26 C CA . LEU 809 809 ? A 23.249 34.807 45.973 1 1 B LEU 0.580 1 ATOM 27 C C . LEU 809 809 ? A 22.072 34.449 45.083 1 1 B LEU 0.580 1 ATOM 28 O O . LEU 809 809 ? A 22.241 33.997 43.953 1 1 B LEU 0.580 1 ATOM 29 C CB . LEU 809 809 ? A 23.478 33.631 46.962 1 1 B LEU 0.580 1 ATOM 30 C CG . LEU 809 809 ? A 23.687 32.242 46.299 1 1 B LEU 0.580 1 ATOM 31 C CD1 . LEU 809 809 ? A 24.872 32.239 45.319 1 1 B LEU 0.580 1 ATOM 32 C CD2 . LEU 809 809 ? A 23.904 31.165 47.373 1 1 B LEU 0.580 1 ATOM 33 N N . THR 810 810 ? A 20.831 34.645 45.564 1 1 B THR 0.620 1 ATOM 34 C CA . THR 810 810 ? A 19.614 34.428 44.784 1 1 B THR 0.620 1 ATOM 35 C C . THR 810 810 ? A 19.532 35.339 43.572 1 1 B THR 0.620 1 ATOM 36 O O . THR 810 810 ? A 19.199 34.886 42.475 1 1 B THR 0.620 1 ATOM 37 C CB . THR 810 810 ? A 18.345 34.576 45.612 1 1 B THR 0.620 1 ATOM 38 O OG1 . THR 810 810 ? A 18.322 33.610 46.656 1 1 B THR 0.620 1 ATOM 39 C CG2 . THR 810 810 ? A 17.075 34.332 44.777 1 1 B THR 0.620 1 ATOM 40 N N . GLU 811 811 ? A 19.897 36.631 43.714 1 1 B GLU 0.600 1 ATOM 41 C CA . GLU 811 811 ? A 20.051 37.575 42.617 1 1 B GLU 0.600 1 ATOM 42 C C . GLU 811 811 ? A 21.089 37.120 41.604 1 1 B GLU 0.600 1 ATOM 43 O O . GLU 811 811 ? A 20.867 37.176 40.393 1 1 B GLU 0.600 1 ATOM 44 C CB . GLU 811 811 ? A 20.456 38.963 43.163 1 1 B GLU 0.600 1 ATOM 45 C CG . GLU 811 811 ? A 19.323 39.670 43.948 1 1 B GLU 0.600 1 ATOM 46 C CD . GLU 811 811 ? A 19.782 40.979 44.592 1 1 B GLU 0.600 1 ATOM 47 O OE1 . GLU 811 811 ? A 21.004 41.274 44.573 1 1 B GLU 0.600 1 ATOM 48 O OE2 . GLU 811 811 ? A 18.895 41.676 45.148 1 1 B GLU 0.600 1 ATOM 49 N N . LEU 812 812 ? A 22.236 36.591 42.073 1 1 B LEU 0.660 1 ATOM 50 C CA . LEU 812 812 ? A 23.263 36.037 41.214 1 1 B LEU 0.660 1 ATOM 51 C C . LEU 812 812 ? A 22.809 34.829 40.403 1 1 B LEU 0.660 1 ATOM 52 O O . LEU 812 812 ? A 23.084 34.713 39.210 1 1 B LEU 0.660 1 ATOM 53 C CB . LEU 812 812 ? A 24.522 35.657 42.022 1 1 B LEU 0.660 1 ATOM 54 C CG . LEU 812 812 ? A 25.731 35.317 41.129 1 1 B LEU 0.660 1 ATOM 55 C CD1 . LEU 812 812 ? A 26.120 36.502 40.227 1 1 B LEU 0.660 1 ATOM 56 C CD2 . LEU 812 812 ? A 26.915 34.891 42.005 1 1 B LEU 0.660 1 ATOM 57 N N . ARG 813 813 ? A 22.059 33.903 41.031 1 1 B ARG 0.580 1 ATOM 58 C CA . ARG 813 813 ? A 21.433 32.779 40.355 1 1 B ARG 0.580 1 ATOM 59 C C . ARG 813 813 ? A 20.410 33.195 39.309 1 1 B ARG 0.580 1 ATOM 60 O O . ARG 813 813 ? A 20.344 32.601 38.232 1 1 B ARG 0.580 1 ATOM 61 C CB . ARG 813 813 ? A 20.726 31.829 41.343 1 1 B ARG 0.580 1 ATOM 62 C CG . ARG 813 813 ? A 21.662 31.112 42.331 1 1 B ARG 0.580 1 ATOM 63 C CD . ARG 813 813 ? A 20.929 29.944 42.992 1 1 B ARG 0.580 1 ATOM 64 N NE . ARG 813 813 ? A 21.845 29.327 44.008 1 1 B ARG 0.580 1 ATOM 65 C CZ . ARG 813 813 ? A 22.610 28.247 43.794 1 1 B ARG 0.580 1 ATOM 66 N NH1 . ARG 813 813 ? A 22.741 27.710 42.585 1 1 B ARG 0.580 1 ATOM 67 N NH2 . ARG 813 813 ? A 23.245 27.685 44.822 1 1 B ARG 0.580 1 ATOM 68 N N . ALA 814 814 ? A 19.601 34.240 39.588 1 1 B ALA 0.610 1 ATOM 69 C CA . ALA 814 814 ? A 18.676 34.818 38.633 1 1 B ALA 0.610 1 ATOM 70 C C . ALA 814 814 ? A 19.390 35.358 37.400 1 1 B ALA 0.610 1 ATOM 71 O O . ALA 814 814 ? A 18.993 35.067 36.273 1 1 B ALA 0.610 1 ATOM 72 C CB . ALA 814 814 ? A 17.889 35.979 39.286 1 1 B ALA 0.610 1 ATOM 73 N N . PHE 815 815 ? A 20.499 36.103 37.596 1 1 B PHE 0.640 1 ATOM 74 C CA . PHE 815 815 ? A 21.368 36.568 36.525 1 1 B PHE 0.640 1 ATOM 75 C C . PHE 815 815 ? A 22.007 35.438 35.732 1 1 B PHE 0.640 1 ATOM 76 O O . PHE 815 815 ? A 22.045 35.479 34.501 1 1 B PHE 0.640 1 ATOM 77 C CB . PHE 815 815 ? A 22.482 37.514 37.056 1 1 B PHE 0.640 1 ATOM 78 C CG . PHE 815 815 ? A 21.980 38.856 37.506 1 1 B PHE 0.640 1 ATOM 79 C CD1 . PHE 815 815 ? A 21.036 39.565 36.748 1 1 B PHE 0.640 1 ATOM 80 C CD2 . PHE 815 815 ? A 22.544 39.484 38.629 1 1 B PHE 0.640 1 ATOM 81 C CE1 . PHE 815 815 ? A 20.594 40.828 37.148 1 1 B PHE 0.640 1 ATOM 82 C CE2 . PHE 815 815 ? A 22.127 40.764 39.020 1 1 B PHE 0.640 1 ATOM 83 C CZ . PHE 815 815 ? A 21.133 41.428 38.291 1 1 B PHE 0.640 1 ATOM 84 N N . LEU 816 816 ? A 22.461 34.362 36.395 1 1 B LEU 0.670 1 ATOM 85 C CA . LEU 816 816 ? 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.531 2 1 3 0.026 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 806 GLN 1 0.350 2 1 A 807 MET 1 0.310 3 1 A 808 THR 1 0.620 4 1 A 809 LEU 1 0.580 5 1 A 810 THR 1 0.620 6 1 A 811 GLU 1 0.600 7 1 A 812 LEU 1 0.660 8 1 A 813 ARG 1 0.580 9 1 A 814 ALA 1 0.610 10 1 A 815 PHE 1 0.640 11 1 A 816 LEU 1 0.670 12 1 A 817 ASP 1 0.570 13 1 A 818 GLN 1 0.590 14 1 A 819 MET 1 0.550 15 1 A 820 ASN 1 0.560 16 1 A 821 ASN 1 0.570 17 1 A 822 LEU 1 0.500 18 1 A 823 PRO 1 0.540 19 1 A 824 CYS 1 0.520 20 1 A 825 ALA 1 0.540 21 1 A 826 MET 1 0.460 22 1 A 827 HIS 1 0.490 23 1 A 828 GLN 1 0.590 24 1 A 829 ILE 1 0.510 25 1 A 830 GLY 1 0.600 26 1 A 831 ASP 1 0.680 27 1 A 832 VAL 1 0.650 28 1 A 833 LYS 1 0.640 29 1 A 834 GLY 1 0.660 30 1 A 835 VAL 1 0.640 31 1 A 836 LEU 1 0.590 32 1 A 837 GLU 1 0.570 33 1 A 838 GLN 1 0.570 34 1 A 839 VAL 1 0.560 35 1 A 840 GLU 1 0.490 36 1 A 841 ALA 1 0.550 37 1 A 842 TYR 1 0.470 38 1 A 843 GLN 1 0.460 39 1 A 844 ALA 1 0.530 40 1 A 845 GLU 1 0.450 41 1 A 846 ALA 1 0.520 42 1 A 847 ARG 1 0.360 43 1 A 848 GLU 1 0.430 44 1 A 849 ALA 1 0.540 45 1 A 850 LEU 1 0.430 46 1 A 851 ALA 1 0.500 47 1 A 852 SER 1 0.420 48 1 A 853 LEU 1 0.380 49 1 A 854 PRO 1 0.380 50 1 A 855 SER 1 0.370 51 1 A 856 SER 1 0.420 52 1 A 857 PRO 1 0.420 53 1 A 858 GLY 1 0.510 54 1 A 859 LEU 1 0.510 55 1 A 860 LEU 1 0.550 56 1 A 861 GLN 1 0.620 57 1 A 862 SER 1 0.550 58 1 A 863 LEU 1 0.610 59 1 A 864 LEU 1 0.660 60 1 A 865 GLU 1 0.550 61 1 A 866 ARG 1 0.470 62 1 A 867 GLY 1 0.680 63 1 A 868 ARG 1 0.500 64 1 A 869 GLN 1 0.490 65 1 A 870 LEU 1 0.420 66 1 A 871 GLY 1 0.540 67 1 A 872 VAL 1 0.530 68 1 A 873 GLU 1 0.540 69 1 A 874 VAL 1 0.640 70 1 A 875 PRO 1 0.600 71 1 A 876 GLU 1 0.560 72 1 A 877 ALA 1 0.650 73 1 A 878 GLN 1 0.590 74 1 A 879 GLN 1 0.460 75 1 A 880 LEU 1 0.560 76 1 A 881 GLN 1 0.570 77 1 A 882 ARG 1 0.370 78 1 A 883 GLN 1 0.350 79 1 A 884 VAL 1 0.340 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #