data_SMR-33827f022f49c91d726c7da9d0d0478b_1 _entry.id SMR-33827f022f49c91d726c7da9d0d0478b_1 _struct.entry_id SMR-33827f022f49c91d726c7da9d0d0478b_1 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q5VZL5 (isoform 2)/ ZMYM4_HUMAN, Zinc finger MYM-type protein 4 Estimated model accuracy of this model is 0.008, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q5VZL5 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 196736.817 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP ZMYM4_HUMAN Q5VZL5 1 ;MDTEMSEDIDHNLTPTLDSMSYGMPNQTGSENSLLDEDDYFLNSGDLAGIPVVGSDNEDEQDFSSKDNLV SSIHTDDSLEVERRVTQHESDNENEIQIQNKLKKDFPKQFDQVSVFKSIRKDFSLVRENSKETFSGKEKN RDLTYEREKRLDKPHKDLDSRLKSSFFDKAANQVEETLHTHLPQTPETNFRDSSYPFANKESIGSELGNS FASNIRIKEEPLDDEYDKAMAPQQGLLDKIKDEPDNAQEYSHGQQQKTQEGELKISAVFSVSGSPLAPQL TTGFQPSLASSGMNKMLPSVPATAVRVSCSGCKKILQKGQTAYQRKGSTQLFCSTLCLTGYTVPPARPPP PLTKKTCSSCSKDILNPKDVISAQFENTTTSKDFCSQSCLSTYELKKKPIVTINTNSISTKCSMCQKNAV IRHEVNYQNVVHKLCSDACFSKFRSANNLTMNCCENCGGYCYSGSGQCHMLQIEGQSKKFCSSSCITAYK QKSAKITPCALCKSLRSSAEMIENTNSLGKTELFCSVNCLSAYRVKMVTSAGVQVQCNSCKTSAIPQYHL AMSDGSIRNFCSYSCVVAFQNLFNKPTGMNSSVVPLSQGQVIVSIPTGSTVSAGGGSTSAVSPTSISSSA AAGLQRLAAQSQHVGFARSVVKLKCQHCNRLFATKPELLDYKGKMFQFCGKNCSDEYKKINNVMAMCEYC KIEKIVKETVRFSGADKSFCSEGCKLLYKHDLAKRWGNHCKMCSYCLQTSPKLVQNNLGGKVEEFCCEEC MSKYTVLFYQMAKCDACKRQGKLSESLKWRGEMKHFCNLLCILMFCNQQSVCDPPSQNNAANISMVQAAS AGPPSLRKDSTPVIANVVSLASAPAAQPTVNSNSVLQGAVPTVTAKIIGDASTQTDALKLPPSQPPRLLK NKALLCKPITQTKATSCKPHTQNKECQTEDTPSQPQIIVVPVPVPVFVPIPLHLYTQYAPVPFGIPVPMP VPMLIPSSMDSEDKVTESIEDIKEKLPTHPFEADLLEMAEMIAEDEEKKTLSQGESQTSEHELFLDTKIF EKDQGSTYSGDLESEAVSTPHSWEEELNHYALKSNAVQEADSELKQFSKGETEQDLEADFPSDSFDPLNK GQGIQARSRTRRRHRDGFPQPRRRGRKKSIVAVEPRSLIQGAFQGCSVSGMTLKYMYGVNAWKNWVQWKN AKEEQGDLKCGGVEQASSSPRSDPLGSTQDHALSQESSEPGCRVRSIKLKEDILSCTFAELSLGLCQFIQ EVRRPNGEKYDPDSILYLCLGIQQYLFENGRIDNIFTEPYSRFMIELTKLLKIWEPTILPNGYMFSRIEE EHLWECKQLGAYSPIVLLNTLLFFNTKYFQLKNVTEHLKLSFAHVMRRTRTLKYSTKMTYLRFFPPLQKQ ESEPDKLTVGKRKRNEDDEVPVGVEMAENTDNPLRCPVRLYEFYLSKCSESVKQRNDVFYLQPERSCVPN SPMWYSTFPIDPGTLDTMLTRILMVREVHEELAKAKSEDSDVELSD ; 'Zinc finger MYM-type protein 4' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1516 1 1516 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . ZMYM4_HUMAN Q5VZL5 Q5VZL5-2 1 1516 9606 'Homo sapiens (Human)' 2004-12-07 707C9F213EEEEE91 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MDTEMSEDIDHNLTPTLDSMSYGMPNQTGSENSLLDEDDYFLNSGDLAGIPVVGSDNEDEQDFSSKDNLV SSIHTDDSLEVERRVTQHESDNENEIQIQNKLKKDFPKQFDQVSVFKSIRKDFSLVRENSKETFSGKEKN RDLTYEREKRLDKPHKDLDSRLKSSFFDKAANQVEETLHTHLPQTPETNFRDSSYPFANKESIGSELGNS FASNIRIKEEPLDDEYDKAMAPQQGLLDKIKDEPDNAQEYSHGQQQKTQEGELKISAVFSVSGSPLAPQL TTGFQPSLASSGMNKMLPSVPATAVRVSCSGCKKILQKGQTAYQRKGSTQLFCSTLCLTGYTVPPARPPP PLTKKTCSSCSKDILNPKDVISAQFENTTTSKDFCSQSCLSTYELKKKPIVTINTNSISTKCSMCQKNAV IRHEVNYQNVVHKLCSDACFSKFRSANNLTMNCCENCGGYCYSGSGQCHMLQIEGQSKKFCSSSCITAYK QKSAKITPCALCKSLRSSAEMIENTNSLGKTELFCSVNCLSAYRVKMVTSAGVQVQCNSCKTSAIPQYHL AMSDGSIRNFCSYSCVVAFQNLFNKPTGMNSSVVPLSQGQVIVSIPTGSTVSAGGGSTSAVSPTSISSSA 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SSIHTDDSLEVERRVTQHESDNENEIQIQNKLKKDFPKQFDQVSVFKSIRKDFSLVRENSKETFSGKEKN RDLTYEREKRLDKPHKDLDSRLKSSFFDKAANQVEETLHTHLPQTPETNFRDSSYPFANKESIGSELGNS FASNIRIKEEPLDDEYDKAMAPQQGLLDKIKDEPDNAQEYSHGQQQKTQEGELKISAVFSVSGSPLAPQL TTGFQPSLASSGMNKMLPSVPATAVRVSCSGCKKILQKGQTAYQRKGSTQLFCSTLCLTGYTVPPARPPP PLTKKTCSSCSKDILNPKDVISAQFENTTTSKDFCSQSCLSTYELKKKPIVTINTNSISTKCSMCQKNAV IRHEVNYQNVVHKLCSDACFSKFRSANNLTMNCCENCGGYCYSGSGQCHMLQIEGQSKKFCSSSCITAYK QKSAKITPCALCKSLRSSAEMIENTNSLGKTELFCSVNCLSAYRVKMVTSAGVQVQCNSCKTSAIPQYHL AMSDGSIRNFCSYSCVVAFQNLFNKPTGMNSSVVPLSQGQVIVSIPTGSTVSAGGGSTSAVSPTSISSSA AAGLQRLAAQSQHVGFARSVVKLKCQHCNRLFATKPELLDYKGKMFQFCGKNCSDEYKKINNVMAMCEYC KIEKIVKETVRFSGADKSFCSEGCKLLYKHDLAKRWGNHCKMCSYCLQTSPKLVQNNLGGKVEEFCCEEC MSKYTVLFYQMAKCDACKRQGKLSESLKWRGEMKHFCNLLCILMFCNQQSVCDPPSQNNAANISMVQAAS AGPPSLRKDSTPVIANVVSLASAPAAQPTVNSNSVLQGAVPTVTAKIIGDASTQTDALKLPPSQPPRLLK NKALLCKPITQTKATSCKPHTQNKECQTEDTPSQPQIIVVPVPVPVFVPIPLHLYTQYAPVPFGIPVPMP VPMLIPSSMDSEDKVTESIEDIKEKLPTHPFEADLLEMAEMIAEDEEKKTLSQGESQTSEHELFLDTKIF EKDQGSTYSGDLESEAVSTPHSWEEELNHYALKSNAVQEADSELKQFSKGETEQDLEADFPSDSFDPLNK GQGIQARSRTRRRHRDGFPQPRRRGRKKSIVAVEPRSLIQGAFQGCSVSGMTLKYMYGVNAWKNWVQWKN AKEEQGDLKCGGVEQASSSPRSDPLGSTQDHALSQESSEPGCRVRSIKLKEDILSCTFAELSLGLCQFIQ EVRRPNGEKYDPDSILYLCLGIQQYLFENGRIDNIFTEPYSRFMIELTKLLKIWEPTILPNGYMFSRIEE EHLWECKQLGAYSPIVLLNTLLFFNTKYFQLKNVTEHLKLSFAHVMRRTRTLKYSTKMTYLRFFPPLQKQ ESEPDKLTVGKRKRNEDDEVPVGVEMAENTDNPLRCPVRLYEFYLSKCSESVKQRNDVFYLQPERSCVPN SPMWYSTFPIDPGTLDTMLTRILMVREVHEELAKAKSEDSDVELSD ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 ASP . 1 3 THR . 1 4 GLU . 1 5 MET . 1 6 SER . 1 7 GLU . 1 8 ASP . 1 9 ILE . 1 10 ASP . 1 11 HIS . 1 12 ASN . 1 13 LEU . 1 14 THR . 1 15 PRO . 1 16 THR . 1 17 LEU . 1 18 ASP . 1 19 SER . 1 20 MET . 1 21 SER . 1 22 TYR . 1 23 GLY . 1 24 MET . 1 25 PRO . 1 26 ASN . 1 27 GLN . 1 28 THR . 1 29 GLY . 1 30 SER . 1 31 GLU . 1 32 ASN . 1 33 SER . 1 34 LEU . 1 35 LEU . 1 36 ASP . 1 37 GLU . 1 38 ASP . 1 39 ASP . 1 40 TYR . 1 41 PHE . 1 42 LEU . 1 43 ASN . 1 44 SER . 1 45 GLY . 1 46 ASP . 1 47 LEU . 1 48 ALA . 1 49 GLY . 1 50 ILE . 1 51 PRO . 1 52 VAL . 1 53 VAL . 1 54 GLY . 1 55 SER . 1 56 ASP . 1 57 ASN . 1 58 GLU . 1 59 ASP . 1 60 GLU . 1 61 GLN . 1 62 ASP . 1 63 PHE . 1 64 SER . 1 65 SER . 1 66 LYS . 1 67 ASP . 1 68 ASN . 1 69 LEU . 1 70 VAL . 1 71 SER . 1 72 SER . 1 73 ILE . 1 74 HIS . 1 75 THR . 1 76 ASP . 1 77 ASP . 1 78 SER . 1 79 LEU . 1 80 GLU . 1 81 VAL . 1 82 GLU . 1 83 ARG . 1 84 ARG . 1 85 VAL . 1 86 THR . 1 87 GLN . 1 88 HIS . 1 89 GLU . 1 90 SER . 1 91 ASP . 1 92 ASN . 1 93 GLU . 1 94 ASN . 1 95 GLU . 1 96 ILE . 1 97 GLN . 1 98 ILE . 1 99 GLN . 1 100 ASN . 1 101 LYS . 1 102 LEU . 1 103 LYS . 1 104 LYS . 1 105 ASP . 1 106 PHE . 1 107 PRO . 1 108 LYS . 1 109 GLN . 1 110 PHE . 1 111 ASP . 1 112 GLN . 1 113 VAL . 1 114 SER . 1 115 VAL . 1 116 PHE . 1 117 LYS . 1 118 SER . 1 119 ILE . 1 120 ARG . 1 121 LYS . 1 122 ASP . 1 123 PHE . 1 124 SER . 1 125 LEU . 1 126 VAL . 1 127 ARG . 1 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A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Zinc finger MYM-type protein 5 {PDB ID=2das, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=2das.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 2das, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 1' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-27 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-22 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 GSSGSSGQPTAQQQLTKPAKITCANCKKPLQKGQTAYQRKGSAHLFCSTTCLSSFSSGPSSG GSSGSSGQPTAQQQLTKPAKITCANCKKPLQKGQTAYQRKGSAHLFCSTTCLSSFSSGPSSG # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 12 56 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 2das 2024-05-29 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1516 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1516 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 4.8e-10 53.333 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MDTEMSEDIDHNLTPTLDSMSYGMPNQTGSENSLLDEDDYFLNSGDLAGIPVVGSDNEDEQDFSSKDNLVSSIHTDDSLEVERRVTQHESDNENEIQIQNKLKKDFPKQFDQVSVFKSIRKDFSLVRENSKETFSGKEKNRDLTYEREKRLDKPHKDLDSRLKSSFFDKAANQVEETLHTHLPQTPETNFRDSSYPFANKESIGSELGNSFASNIRIKEEPLDDEYDKAMAPQQGLLDKIKDEPDNAQEYSHGQQQKTQEGELKISAVFSVSGSPLAPQLTTGFQPSLASSGMNKMLPSVPATAVRVSCSGCKKILQKGQTAYQRKGSTQLFCSTLCLTGYTVPPARPPPPLTKKTCSSCSKDILNPKDVISAQFENTTTSKDFCSQSCLSTYELKKKPIVTINTNSISTKCSMCQKNAVIRHEVNYQNVVHKLCSDACFSKFRSANNLTMNCCENCGGYCYSGSGQCHMLQIEGQSKKFCSSSCITAYKQKSAKITPCALCKSLRSSAEMIENTNSLGKTELFCSVNCLSAYRVKMVTSAGVQVQCNSCKTSAIPQYHLAMSDGSIRNFCSYSCVVAFQNLFNKPTGMNSSVVPLSQGQVIVSIPTGSTVSAGGGSTSAVSPTSISSSAAAGLQRLAAQSQHVGFARSVVKLKCQHCNRLFATKPELLDYKGKMFQFCGKNCSDEYKKINNVMAMCEYCKIEKIVKETVRFSGADKSFCSEGCKLLYKHDLAKRWGNHCKMCSYCLQTSPKLVQNNLGGKVEEFCCEECMSKYTVLFYQMAKCDACKRQGKLSESLKWRGEMKHFCNLLCILMFCNQQSVCDPPSQNNAANISMVQAASAGPPSLRKDSTPVIANVVSLASAPAAQPTVNSNSVLQGAVPTVTAKIIGDASTQTDALKLPPSQPPRLLKNKALLCKPITQTKATSCKPHTQNKECQTEDTPSQPQIIVVPVPVPVFVPIPLHLYTQYAPVPFGIPVPMPVPMLIPSSMDSEDKVTESIEDIKEKLPTHPFEADLLEMAEMIAEDEEKKTLSQGESQTSEHELFLDTKIFEKDQGSTYSGDLESEAVSTPHSWEEELNHYALKSNAVQEADSELKQFSKGETEQDLEADFPSDSFDPLNKGQGIQARSRTRRRHRDGFPQPRRRGRKKSIVAVEPRSLIQGAFQGCSVSGMTLKYMYGVNAWKNWVQWKNAKEEQGDLKCGGVEQASSSPRSDPLGSTQDHALSQESSEPGCRVRSIKLKEDILSCTFAELSLGLCQFIQEVRRPNGEKYDPDSILYLCLGIQQYLFENGRIDNIFTEPYSRFMIELTKLLKIWEPTILPNGYMFSRIEEEHLWECKQLGAYSPIVLLNTLLFFNTKYFQLKNVTEHLKLSFAHVMRRTRTLKYSTKMTYLRFFPPLQKQESEPDKLTVGKRKRNEDDEVPVGVEMAENTDNPLRCPVRLYEFYLSKCSESVKQRNDVFYLQPERSCVPNSPMWYSTFPIDPGTLDTMLTRILMVREVHEELAKAKSEDSDVELSD 2 1 2 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------QQQLTKPAKITCANCKKPLQKGQTAYQRKGSAHLFCSTTCLSSFS---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 2das.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 1' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . PRO 298 298 ? A -12.962 10.963 8.169 1 1 A PRO 0.170 1 ATOM 2 C CA . PRO 298 298 ? A -11.681 10.176 8.404 1 1 A PRO 0.170 1 ATOM 3 C C . PRO 298 298 ? A -10.442 10.956 7.990 1 1 A PRO 0.170 1 ATOM 4 O O . PRO 298 298 ? A -10.568 11.845 7.150 1 1 A PRO 0.170 1 ATOM 5 C CB . PRO 298 298 ? A -11.887 8.897 7.584 1 1 A PRO 0.170 1 ATOM 6 C CG . PRO 298 298 ? A -13.382 8.796 7.229 1 1 A PRO 0.170 1 ATOM 7 C CD . PRO 298 298 ? A -13.901 10.227 7.226 1 1 A PRO 0.170 1 ATOM 8 N N . SER 299 299 ? A -9.276 10.625 8.591 1 1 A SER 0.210 1 ATOM 9 C CA . SER 299 299 ? A -7.956 11.184 8.324 1 1 A SER 0.210 1 ATOM 10 C C . SER 299 299 ? A -7.030 10.017 7.999 1 1 A SER 0.210 1 ATOM 11 O O . SER 299 299 ? A -7.067 9.012 8.709 1 1 A SER 0.210 1 ATOM 12 C CB . SER 299 299 ? A -7.396 11.924 9.577 1 1 A SER 0.210 1 ATOM 13 O OG . SER 299 299 ? A -6.110 12.498 9.339 1 1 A SER 0.210 1 ATOM 14 N N . VAL 300 300 ? A -6.219 10.087 6.919 1 1 A VAL 0.190 1 ATOM 15 C CA . VAL 300 300 ? A -5.348 8.996 6.495 1 1 A VAL 0.190 1 ATOM 16 C C . VAL 300 300 ? A -4.258 9.616 5.609 1 1 A VAL 0.190 1 ATOM 17 O O . VAL 300 300 ? A -4.520 10.712 5.108 1 1 A VAL 0.190 1 ATOM 18 C CB . VAL 300 300 ? A -6.170 7.896 5.781 1 1 A VAL 0.190 1 ATOM 19 C CG1 . VAL 300 300 ? A -6.608 8.261 4.344 1 1 A VAL 0.190 1 ATOM 20 C CG2 . VAL 300 300 ? A -5.449 6.535 5.790 1 1 A VAL 0.190 1 ATOM 21 N N . PRO 301 301 ? A -3.045 9.091 5.358 1 1 A PRO 0.230 1 ATOM 22 C CA . PRO 301 301 ? A -2.191 9.536 4.251 1 1 A PRO 0.230 1 ATOM 23 C C . PRO 301 301 ? A -2.894 9.627 2.893 1 1 A PRO 0.230 1 ATOM 24 O O . PRO 301 301 ? A -3.535 8.660 2.487 1 1 A PRO 0.230 1 ATOM 25 C CB . PRO 301 301 ? A -1.028 8.521 4.212 1 1 A PRO 0.230 1 ATOM 26 C CG . PRO 301 301 ? A -0.992 7.847 5.595 1 1 A PRO 0.230 1 ATOM 27 C CD . PRO 301 301 ? A -2.379 8.103 6.210 1 1 A PRO 0.230 1 ATOM 28 N N . ALA 302 302 ? A -2.745 10.755 2.159 1 1 A ALA 0.240 1 ATOM 29 C CA . ALA 302 302 ? A -3.296 10.990 0.834 1 1 A ALA 0.240 1 ATOM 30 C C . ALA 302 302 ? A -2.863 9.968 -0.208 1 1 A ALA 0.240 1 ATOM 31 O O . ALA 302 302 ? A -3.632 9.545 -1.065 1 1 A ALA 0.240 1 ATOM 32 C CB . ALA 302 302 ? A -2.802 12.377 0.357 1 1 A ALA 0.240 1 ATOM 33 N N . THR 303 303 ? A -1.585 9.565 -0.150 1 1 A THR 0.270 1 ATOM 34 C CA . THR 303 303 ? A -1.058 8.546 -1.024 1 1 A THR 0.270 1 ATOM 35 C C . THR 303 303 ? A 0.083 7.859 -0.311 1 1 A THR 0.270 1 ATOM 36 O O . THR 303 303 ? A 0.746 8.441 0.554 1 1 A THR 0.270 1 ATOM 37 C CB . THR 303 303 ? A -0.655 9.099 -2.390 1 1 A THR 0.270 1 ATOM 38 O OG1 . THR 303 303 ? A -0.191 8.082 -3.264 1 1 A THR 0.270 1 ATOM 39 C CG2 . THR 303 303 ? A 0.426 10.187 -2.268 1 1 A THR 0.270 1 ATOM 40 N N . ALA 304 304 ? A 0.272 6.564 -0.623 1 1 A ALA 0.330 1 ATOM 41 C CA . ALA 304 304 ? A 1.358 5.707 -0.197 1 1 A ALA 0.330 1 ATOM 42 C C . ALA 304 304 ? A 2.717 6.107 -0.783 1 1 A ALA 0.330 1 ATOM 43 O O . ALA 304 304 ? A 2.818 6.613 -1.896 1 1 A ALA 0.330 1 ATOM 44 C CB . ALA 304 304 ? A 1.035 4.238 -0.556 1 1 A ALA 0.330 1 ATOM 45 N N . VAL 305 305 ? A 3.812 5.887 -0.022 1 1 A VAL 0.310 1 ATOM 46 C CA . VAL 305 305 ? A 5.174 6.174 -0.468 1 1 A VAL 0.310 1 ATOM 47 C C . VAL 305 305 ? A 5.804 5.001 -1.215 1 1 A VAL 0.310 1 ATOM 48 O O . VAL 305 305 ? A 6.423 5.152 -2.263 1 1 A VAL 0.310 1 ATOM 49 C CB . VAL 305 305 ? A 6.058 6.551 0.723 1 1 A VAL 0.310 1 ATOM 50 C CG1 . VAL 305 305 ? A 7.512 6.827 0.271 1 1 A VAL 0.310 1 ATOM 51 C CG2 . VAL 305 305 ? A 5.465 7.815 1.380 1 1 A VAL 0.310 1 ATOM 52 N N . ARG 306 306 ? A 5.660 3.776 -0.668 1 1 A ARG 0.380 1 ATOM 53 C CA . ARG 306 306 ? A 6.245 2.567 -1.210 1 1 A ARG 0.380 1 ATOM 54 C C . ARG 306 306 ? A 5.130 1.611 -1.584 1 1 A ARG 0.380 1 ATOM 55 O O . ARG 306 306 ? A 3.959 1.850 -1.300 1 1 A ARG 0.380 1 ATOM 56 C CB . ARG 306 306 ? A 7.166 1.851 -0.181 1 1 A ARG 0.380 1 ATOM 57 C CG . ARG 306 306 ? A 8.393 2.670 0.260 1 1 A ARG 0.380 1 ATOM 58 C CD . ARG 306 306 ? A 9.261 1.898 1.258 1 1 A ARG 0.380 1 ATOM 59 N NE . ARG 306 306 ? A 10.410 2.785 1.650 1 1 A ARG 0.380 1 ATOM 60 C CZ . ARG 306 306 ? A 11.592 2.840 1.022 1 1 A ARG 0.380 1 ATOM 61 N NH1 . ARG 306 306 ? A 11.834 2.123 -0.070 1 1 A ARG 0.380 1 ATOM 62 N NH2 . ARG 306 306 ? A 12.559 3.615 1.513 1 1 A ARG 0.380 1 ATOM 63 N N . VAL 307 307 ? A 5.487 0.488 -2.232 1 1 A VAL 0.540 1 ATOM 64 C CA . VAL 307 307 ? A 4.549 -0.496 -2.728 1 1 A VAL 0.540 1 ATOM 65 C C . VAL 307 307 ? A 4.732 -1.760 -1.916 1 1 A VAL 0.540 1 ATOM 66 O O . VAL 307 307 ? A 5.845 -2.144 -1.548 1 1 A VAL 0.540 1 ATOM 67 C CB . VAL 307 307 ? A 4.756 -0.773 -4.217 1 1 A VAL 0.540 1 ATOM 68 C CG1 . VAL 307 307 ? A 3.768 -1.842 -4.727 1 1 A VAL 0.540 1 ATOM 69 C CG2 . VAL 307 307 ? A 4.520 0.541 -4.989 1 1 A VAL 0.540 1 ATOM 70 N N . SER 308 308 ? A 3.621 -2.433 -1.583 1 1 A SER 0.630 1 ATOM 71 C CA . SER 308 308 ? A 3.644 -3.689 -0.877 1 1 A SER 0.630 1 ATOM 72 C C . SER 308 308 ? A 2.655 -4.624 -1.533 1 1 A SER 0.630 1 ATOM 73 O O . SER 308 308 ? A 1.799 -4.216 -2.313 1 1 A SER 0.630 1 ATOM 74 C CB . SER 308 308 ? A 3.362 -3.537 0.649 1 1 A SER 0.630 1 ATOM 75 O OG . SER 308 308 ? A 2.052 -3.039 0.930 1 1 A SER 0.630 1 ATOM 76 N N . CYS 309 309 ? A 2.787 -5.939 -1.287 1 1 A CYS 0.700 1 ATOM 77 C CA . CYS 309 309 ? A 1.805 -6.920 -1.735 1 1 A CYS 0.700 1 ATOM 78 C C . CYS 309 309 ? A 0.451 -6.783 -1.044 1 1 A CYS 0.700 1 ATOM 79 O O . CYS 309 309 ? A 0.381 -6.662 0.177 1 1 A CYS 0.700 1 ATOM 80 C CB . CYS 309 309 ? A 2.340 -8.359 -1.467 1 1 A CYS 0.700 1 ATOM 81 S SG . CYS 309 309 ? A 1.321 -9.767 -2.052 1 1 A CYS 0.700 1 ATOM 82 N N . SER 310 310 ? A -0.670 -6.926 -1.776 1 1 A SER 0.720 1 ATOM 83 C CA . SER 310 310 ? A -2.009 -6.819 -1.198 1 1 A SER 0.720 1 ATOM 84 C C . SER 310 310 ? A -2.513 -8.113 -0.571 1 1 A SER 0.720 1 ATOM 85 O O . SER 310 310 ? A -3.692 -8.252 -0.272 1 1 A SER 0.720 1 ATOM 86 C CB . SER 310 310 ? A -3.035 -6.391 -2.275 1 1 A SER 0.720 1 ATOM 87 O OG . SER 310 310 ? A -2.765 -5.051 -2.684 1 1 A SER 0.720 1 ATOM 88 N N . GLY 311 311 ? A -1.601 -9.076 -0.318 1 1 A GLY 0.690 1 ATOM 89 C CA . GLY 311 311 ? A -1.862 -10.361 0.330 1 1 A GLY 0.690 1 ATOM 90 C C . GLY 311 311 ? A -1.026 -10.522 1.571 1 1 A GLY 0.690 1 ATOM 91 O O . GLY 311 311 ? A -1.536 -10.605 2.678 1 1 A GLY 0.690 1 ATOM 92 N N . CYS 312 312 ? A 0.316 -10.565 1.412 1 1 A CYS 0.660 1 ATOM 93 C CA . CYS 312 312 ? A 1.233 -10.782 2.521 1 1 A CYS 0.660 1 ATOM 94 C C . CYS 312 312 ? A 1.810 -9.497 3.105 1 1 A CYS 0.660 1 ATOM 95 O O . CYS 312 312 ? A 2.506 -9.546 4.112 1 1 A CYS 0.660 1 ATOM 96 C CB . CYS 312 312 ? A 2.447 -11.648 2.065 1 1 A CYS 0.660 1 ATOM 97 S SG . CYS 312 312 ? A 3.299 -11.015 0.584 1 1 A CYS 0.660 1 ATOM 98 N N . LYS 313 313 ? A 1.553 -8.326 2.469 1 1 A LYS 0.640 1 ATOM 99 C CA . LYS 313 313 ? A 1.999 -7.014 2.920 1 1 A LYS 0.640 1 ATOM 100 C C . LYS 313 313 ? 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.533 2 1 3 0.008 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 298 PRO 1 0.170 2 1 A 299 SER 1 0.210 3 1 A 300 VAL 1 0.190 4 1 A 301 PRO 1 0.230 5 1 A 302 ALA 1 0.240 6 1 A 303 THR 1 0.270 7 1 A 304 ALA 1 0.330 8 1 A 305 VAL 1 0.310 9 1 A 306 ARG 1 0.380 10 1 A 307 VAL 1 0.540 11 1 A 308 SER 1 0.630 12 1 A 309 CYS 1 0.700 13 1 A 310 SER 1 0.720 14 1 A 311 GLY 1 0.690 15 1 A 312 CYS 1 0.660 16 1 A 313 LYS 1 0.640 17 1 A 314 LYS 1 0.600 18 1 A 315 ILE 1 0.500 19 1 A 316 LEU 1 0.540 20 1 A 317 GLN 1 0.470 21 1 A 318 LYS 1 0.490 22 1 A 319 GLY 1 0.530 23 1 A 320 GLN 1 0.540 24 1 A 321 THR 1 0.630 25 1 A 322 ALA 1 0.710 26 1 A 323 TYR 1 0.660 27 1 A 324 GLN 1 0.630 28 1 A 325 ARG 1 0.550 29 1 A 326 LYS 1 0.530 30 1 A 327 GLY 1 0.560 31 1 A 328 SER 1 0.580 32 1 A 329 THR 1 0.620 33 1 A 330 GLN 1 0.660 34 1 A 331 LEU 1 0.690 35 1 A 332 PHE 1 0.690 36 1 A 333 CYS 1 0.710 37 1 A 334 SER 1 0.700 38 1 A 335 THR 1 0.640 39 1 A 336 LEU 1 0.570 40 1 A 337 CYS 1 0.640 41 1 A 338 LEU 1 0.620 42 1 A 339 THR 1 0.570 43 1 A 340 GLY 1 0.570 44 1 A 341 TYR 1 0.440 45 1 A 342 THR 1 0.430 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #