data_SMR-1b96f146e3eb2475a8a4a12c96b59266_4 _entry.id SMR-1b96f146e3eb2475a8a4a12c96b59266_4 _struct.entry_id SMR-1b96f146e3eb2475a8a4a12c96b59266_4 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q9Y4F5 (isoform 2)/ C170B_HUMAN, Centrosomal protein of 170 kDa protein B Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q9Y4F5 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 191205.051 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP C170B_HUMAN Q9Y4F5 1 ;MRIPDQKYVTLKLNDVIRFGYDSNMYVLERVQHRVPEEALKHEKYTSQLQVSVKGLAPKRSEALPEHTPY CEASNPRPEKGDRRPGTEAASYRTPLYGQPSWWGEDDGSTLPDAQRQGEPYPERPKGPVQQDGELHGFRA PAEPQGCSFRREPSYFEIPTKETPQPSQPPEVPAHEMPTKDAEAGGGGAAPVVQSHASFTIEFDDCSPGK MKIKDHITKFSLRQRRPPGKEATPGEMVSAETKVADWLVQNDPSLLHRVGPGDDRHSTKSDLPVHTRTLK GHKHEDGTQSDSEDPLAKAASAAGVPLEASGEQVRLQRQIKRDPQELLHNQQAFVIEFFDEDTPRKKRSQ SFTHSPSGDPKADKRRGPTPADRDRPSVPAPVQAGGRSSGPQRAGSLKREKTEERLGSPSPASRTPARPF GSVGRRSRLAQDFMAQCLRESSPAARPSPEKVPPVLPAPLTPHGTSPVGPPTPPPAPTDPQLTKARKQEE DDSLSDAGTYTIETEAQDTEVEEARKMIDQVFGVLESPELSRASSATFRPVIRGDRDESDDGGVAQRMAL LQEFASRPLGAAPQAEHQGLPVPGSPGGQKWVSRWASLADSYSDPGLTEDGLGRRGGEPEGSLPVRMRRR LPQLPSERADSPAGPESSRRSGPGPPELDSEQPSRLFGQEELDPDSLSDASGSDGGRGPEPGVEPQDSRR RSPQEGPTWSRGRRSPRAPGEPTPASFFIGDQNGDAVLSRKPLAAPGDGEGLGQTAQPSPPARDGVYVSA NGRMVIQLRPGRSPEPDGPAPAFLRQESFTKEPASGPPAPGKPPHISSHPLLQDLAATRAARMDFHSQDT HLILKETETALAALEARLLSNSVDAECEGGSTPRPPEDALSGDSDVDTASTVSLRSGKSGPSPTTPQPLR AQKEMSPSPPAAQDPGGTALVSAREQSSERQHHPLGPTDMGRGEPVRRSAIRRGHRPRGSLDWPSEERGP VLAHLPSSDVMASNHETPEATGAGRLGSRRKPAAPPPSPAAREEQSRSSASSQKGPQALTRSNSLSTPRP TRASRLRRARLGDASDTEAADGERGSLGNPEPVGRPAAEQAKKLSRLDILAMPRKRAGSFTGTSDPEAAP ARTSFSGRSVELCCASRKPTMAEARAVSRKAANTATTTGPRQPFSRARSGSARYTSNTRRRQQGSDYTST SEEEYGSRHGSPKHTRSHTSTATQTPRAGSSSRARSRAPGPRDTDDDEEEPDPYGFIVQTAEIAEIARLS QTLVKDVAILAQEIHDVAGDGDTLGSSEPAHSASLSNMPSTPASTISAREELVQRIPEASLNFQKVPPGS LNSRDFDQNMNDSCEDALANKTRPRNREEVIFDNLMLNPVSQLSQAIRENTEHLAEKMKILFQNTGRAWE DLEARINAENEVPILKTSNKEISSILKELRRVQKQLEVINAIVDPSGSLDLLTGNRSLASSAQPGLGKGR VAAQSPPSPASAEALLPALPLRNFPQRASCGPPSLPDPTFLPDAERFLI ; 'Centrosomal protein of 170 kDa protein B' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1519 1 1519 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . C170B_HUMAN Q9Y4F5 Q9Y4F5-2 1 1519 9606 'Homo sapiens (Human)' 2007-04-03 240FDF3FC1A9D934 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MRIPDQKYVTLKLNDVIRFGYDSNMYVLERVQHRVPEEALKHEKYTSQLQVSVKGLAPKRSEALPEHTPY CEASNPRPEKGDRRPGTEAASYRTPLYGQPSWWGEDDGSTLPDAQRQGEPYPERPKGPVQQDGELHGFRA PAEPQGCSFRREPSYFEIPTKETPQPSQPPEVPAHEMPTKDAEAGGGGAAPVVQSHASFTIEFDDCSPGK MKIKDHITKFSLRQRRPPGKEATPGEMVSAETKVADWLVQNDPSLLHRVGPGDDRHSTKSDLPVHTRTLK GHKHEDGTQSDSEDPLAKAASAAGVPLEASGEQVRLQRQIKRDPQELLHNQQAFVIEFFDEDTPRKKRSQ SFTHSPSGDPKADKRRGPTPADRDRPSVPAPVQAGGRSSGPQRAGSLKREKTEERLGSPSPASRTPARPF GSVGRRSRLAQDFMAQCLRESSPAARPSPEKVPPVLPAPLTPHGTSPVGPPTPPPAPTDPQLTKARKQEE DDSLSDAGTYTIETEAQDTEVEEARKMIDQVFGVLESPELSRASSATFRPVIRGDRDESDDGGVAQRMAL LQEFASRPLGAAPQAEHQGLPVPGSPGGQKWVSRWASLADSYSDPGLTEDGLGRRGGEPEGSLPVRMRRR 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ALA . 1 40 LEU . 1 41 LYS . 1 42 HIS . 1 43 GLU . 1 44 LYS . 1 45 TYR . 1 46 THR . 1 47 SER . 1 48 GLN . 1 49 LEU . 1 50 GLN . 1 51 VAL . 1 52 SER . 1 53 VAL . 1 54 LYS . 1 55 GLY . 1 56 LEU . 1 57 ALA . 1 58 PRO . 1 59 LYS . 1 60 ARG . 1 61 SER . 1 62 GLU . 1 63 ALA . 1 64 LEU . 1 65 PRO . 1 66 GLU . 1 67 HIS . 1 68 THR . 1 69 PRO . 1 70 TYR . 1 71 CYS . 1 72 GLU . 1 73 ALA . 1 74 SER . 1 75 ASN . 1 76 PRO . 1 77 ARG . 1 78 PRO . 1 79 GLU . 1 80 LYS . 1 81 GLY . 1 82 ASP . 1 83 ARG . 1 84 ARG . 1 85 PRO . 1 86 GLY . 1 87 THR . 1 88 GLU . 1 89 ALA . 1 90 ALA . 1 91 SER . 1 92 TYR . 1 93 ARG . 1 94 THR . 1 95 PRO . 1 96 LEU . 1 97 TYR . 1 98 GLY . 1 99 GLN . 1 100 PRO . 1 101 SER . 1 102 TRP . 1 103 TRP . 1 104 GLY . 1 105 GLU . 1 106 ASP . 1 107 ASP . 1 108 GLY . 1 109 SER . 1 110 THR . 1 111 LEU . 1 112 PRO . 1 113 ASP . 1 114 ALA . 1 115 GLN . 1 116 ARG . 1 117 GLN . 1 118 GLY . 1 119 GLU . 1 120 PRO . 1 121 TYR . 1 122 PRO . 1 123 GLU . 1 124 ARG . 1 125 PRO . 1 126 LYS . 1 127 GLY 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A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'DNA EXCISION REPAIR PROTEIN ERCC-6 {PDB ID=4cvo, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=4cvo.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 4cvo, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 4' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-27 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-22 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;SMEPSAQALELQGLGVDVYDQDVLEQGVLQQVDNAIHEASRASQLVDVEKEYRSVLDDLTSCTTSLRQIN KIIEQLSPQ ; ;SMEPSAQALELQGLGVDVYDQDVLEQGVLQQVDNAIHEASRASQLVDVEKEYRSVLDDLTSCTTSLRQIN KIIEQLSPQ ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 35 74 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 4cvo 2024-10-23 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1519 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1519 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 58.000 27.500 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MRIPDQKYVTLKLNDVIRFGYDSNMYVLERVQHRVPEEALKHEKYTSQLQVSVKGLAPKRSEALPEHTPYCEASNPRPEKGDRRPGTEAASYRTPLYGQPSWWGEDDGSTLPDAQRQGEPYPERPKGPVQQDGELHGFRAPAEPQGCSFRREPSYFEIPTKETPQPSQPPEVPAHEMPTKDAEAGGGGAAPVVQSHASFTIEFDDCSPGKMKIKDHITKFSLRQRRPPGKEATPGEMVSAETKVADWLVQNDPSLLHRVGPGDDRHSTKSDLPVHTRTLKGHKHEDGTQSDSEDPLAKAASAAGVPLEASGEQVRLQRQIKRDPQELLHNQQAFVIEFFDEDTPRKKRSQSFTHSPSGDPKADKRRGPTPADRDRPSVPAPVQAGGRSSGPQRAGSLKREKTEERLGSPSPASRTPARPFGSVGRRSRLAQDFMAQCLRESSPAARPSPEKVPPVLPAPLTPHGTSPVGPPTPPPAPTDPQLTKARKQEEDDSLSDAGTYTIETEAQDTEVEEARKMIDQVFGVLESPELSRASSATFRPVIRGDRDESDDGGVAQRMALLQEFASRPLGAAPQAEHQGLPVPGSPGGQKWVSRWASLADSYSDPGLTEDGLGRRGGEPEGSLPVRMRRRLPQLPSERADSPAGPESSRRSGPGPPELDSEQPSRLFGQEELDPDSLSDASGSDGGRGPEPGVEPQDSRRRSPQEGPTWSRGRRSPRAPGEPTPASFFIGDQNGDAVLSRKPLAAPGDGEGLGQTAQPSPPARDGVYVSANGRMVIQLRPGRSPEPDGPAPAFLRQESFTKEPASGPPAPGKPPHISSHPLLQDLAATRAARMDFHSQDTHLILKETETALAALEARLLSNSVDAECEGGSTPRPPEDALSGDSDVDTASTVSLRSGKSGPSPTTPQPLRAQKEMSPSPPAAQDPGGTALVSAREQSSERQHHPLGPTDMGRGEPVRRSAIRRGHRPRGSLDWPSEERGPVLAHLPSSDVMASNHETPEATGAGRLGSRRKPAAPPPSPAAREEQSRSSASSQKGPQALTRSNSLSTPRPTRASRLRRARLGDASDTEAADGERGSLGNPEPVGRPAAEQAKKLSRLDILAMPRKRAGSFTGTSDPEAAPARTSFSGRSVELCCASRKPTMAEARAVSRKAANTATTTGPRQPFSRARSGSARYTSNTRRRQQGSDYTSTSEEEYGSRHGSPKHTRSHTSTATQTPRAGSSSRARSRAPGPRDTDDDEEEPDPYGFIVQTAEIAEIARLSQTLVKDVAILAQEIHDVAGDGDTLGSSEPAHSASLSNMPSTPASTISAREELVQRIPEASLNFQKVPPGSLNSRDFDQNMNDSCEDALANKTRPRNREEVIFDNLMLNPVSQLSQAIRENTEHLAEKMKILFQNTGRAWEDLEARINAENEVPILKTSNKEISSILKELRRVQKQLEVINAIVDPSGSLDLLTGNRSLASSAQPGLGKGRVAAQSPPSPASAEALLPALPLRNFPQRASCGPPSLPDPTFLPDAERFLI 2 1 2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AIHEASRASQLVDVEKEYRSVLDDLTSCTTSLRQINKIIE--------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 4cvo.1, oligomeric state (monomer) as predicted' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 4' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . ARG 1405 1405 ? A 46.148 24.238 51.890 1 1 A ARG 0.300 1 ATOM 2 C CA . ARG 1405 1405 ? A 46.877 23.710 50.689 1 1 A ARG 0.300 1 ATOM 3 C C . ARG 1405 1405 ? A 45.922 23.109 49.685 1 1 A ARG 0.300 1 ATOM 4 O O . ARG 1405 1405 ? A 45.753 23.700 48.648 1 1 A ARG 0.300 1 ATOM 5 C CB . ARG 1405 1405 ? A 48.003 22.746 51.129 1 1 A ARG 0.300 1 ATOM 6 C CG . ARG 1405 1405 ? A 48.916 22.255 49.989 1 1 A ARG 0.300 1 ATOM 7 C CD . ARG 1405 1405 ? A 50.070 21.392 50.501 1 1 A ARG 0.300 1 ATOM 8 N NE . ARG 1405 1405 ? A 50.846 20.941 49.320 1 1 A ARG 0.300 1 ATOM 9 C CZ . ARG 1405 1405 ? A 51.920 20.153 49.420 1 1 A ARG 0.300 1 ATOM 10 N NH1 . ARG 1405 1405 ? A 52.337 19.729 50.613 1 1 A ARG 0.300 1 ATOM 11 N NH2 . ARG 1405 1405 ? A 52.580 19.766 48.337 1 1 A ARG 0.300 1 ATOM 12 N N . ILE 1406 1406 ? A 45.190 22.008 50.001 1 1 A ILE 0.340 1 ATOM 13 C CA . ILE 1406 1406 ? A 44.395 21.274 49.028 1 1 A ILE 0.340 1 ATOM 14 C C . ILE 1406 1406 ? A 43.304 22.111 48.361 1 1 A ILE 0.340 1 ATOM 15 O O . ILE 1406 1406 ? A 43.122 22.055 47.162 1 1 A ILE 0.340 1 ATOM 16 C CB . ILE 1406 1406 ? A 43.851 19.982 49.653 1 1 A ILE 0.340 1 ATOM 17 C CG1 . ILE 1406 1406 ? A 42.862 20.212 50.833 1 1 A ILE 0.340 1 ATOM 18 C CG2 . ILE 1406 1406 ? A 45.074 19.116 50.056 1 1 A ILE 0.340 1 ATOM 19 C CD1 . ILE 1406 1406 ? A 42.247 18.916 51.376 1 1 A ILE 0.340 1 ATOM 20 N N . ASN 1407 1407 ? A 42.584 22.983 49.107 1 1 A ASN 0.610 1 ATOM 21 C CA . ASN 1407 1407 ? A 41.565 23.856 48.532 1 1 A ASN 0.610 1 ATOM 22 C C . ASN 1407 1407 ? A 42.116 24.937 47.617 1 1 A ASN 0.610 1 ATOM 23 O O . ASN 1407 1407 ? A 41.628 25.126 46.509 1 1 A ASN 0.610 1 ATOM 24 C CB . ASN 1407 1407 ? A 40.748 24.559 49.645 1 1 A ASN 0.610 1 ATOM 25 C CG . ASN 1407 1407 ? A 39.892 23.520 50.353 1 1 A ASN 0.610 1 ATOM 26 O OD1 . ASN 1407 1407 ? A 39.628 22.441 49.837 1 1 A ASN 0.610 1 ATOM 27 N ND2 . ASN 1407 1407 ? A 39.437 23.849 51.582 1 1 A ASN 0.610 1 ATOM 28 N N . ALA 1408 1408 ? A 43.197 25.631 48.051 1 1 A ALA 0.620 1 ATOM 29 C CA . ALA 1408 1408 ? A 43.900 26.626 47.262 1 1 A ALA 0.620 1 ATOM 30 C C . ALA 1408 1408 ? A 44.508 25.974 46.007 1 1 A ALA 0.620 1 ATOM 31 O O . ALA 1408 1408 ? A 44.371 26.476 44.900 1 1 A ALA 0.620 1 ATOM 32 C CB . ALA 1408 1408 ? A 45.013 27.303 48.105 1 1 A ALA 0.620 1 ATOM 33 N N . GLU 1409 1409 ? A 45.110 24.767 46.162 1 1 A GLU 0.560 1 ATOM 34 C CA . GLU 1409 1409 ? A 45.611 23.948 45.055 1 1 A GLU 0.560 1 ATOM 35 C C . GLU 1409 1409 ? A 44.485 23.154 44.378 1 1 A GLU 0.560 1 ATOM 36 O O . GLU 1409 1409 ? A 44.790 22.298 43.508 1 1 A GLU 0.560 1 ATOM 37 C CB . GLU 1409 1409 ? A 46.559 22.794 45.507 1 1 A GLU 0.560 1 ATOM 38 C CG . GLU 1409 1409 ? A 47.957 23.114 46.087 1 1 A GLU 0.560 1 ATOM 39 C CD . GLU 1409 1409 ? A 48.638 21.826 46.575 1 1 A GLU 0.560 1 ATOM 40 O OE1 . GLU 1409 1409 ? A 48.017 20.741 46.487 1 1 A GLU 0.560 1 ATOM 41 O OE2 . GLU 1409 1409 ? A 49.779 21.903 47.108 1 1 A GLU 0.560 1 ATOM 42 N N . ASN 1410 1410 ? A 43.208 23.407 44.598 1 1 A ASN 0.600 1 ATOM 43 C CA . ASN 1410 1410 ? A 42.153 23.018 43.698 1 1 A ASN 0.600 1 ATOM 44 C C . ASN 1410 1410 ? A 41.632 24.213 42.910 1 1 A ASN 0.600 1 ATOM 45 O O . ASN 1410 1410 ? A 41.338 24.088 41.727 1 1 A ASN 0.600 1 ATOM 46 C CB . ASN 1410 1410 ? A 40.947 22.399 44.424 1 1 A ASN 0.600 1 ATOM 47 C CG . ASN 1410 1410 ? A 41.311 20.990 44.849 1 1 A ASN 0.600 1 ATOM 48 O OD1 . ASN 1410 1410 ? A 42.120 20.293 44.244 1 1 A ASN 0.600 1 ATOM 49 N ND2 . ASN 1410 1410 ? A 40.635 20.507 45.914 1 1 A ASN 0.600 1 ATOM 50 N N . GLU 1411 1411 ? A 41.525 25.415 43.523 1 1 A GLU 0.560 1 ATOM 51 C CA . GLU 1411 1411 ? A 41.125 26.648 42.852 1 1 A GLU 0.560 1 ATOM 52 C C . GLU 1411 1411 ? A 42.111 27.133 41.785 1 1 A GLU 0.560 1 ATOM 53 O O . GLU 1411 1411 ? A 41.734 27.497 40.670 1 1 A GLU 0.560 1 ATOM 54 C CB . GLU 1411 1411 ? A 40.914 27.747 43.910 1 1 A GLU 0.560 1 ATOM 55 C CG . GLU 1411 1411 ? A 40.399 29.085 43.324 1 1 A GLU 0.560 1 ATOM 56 C CD . GLU 1411 1411 ? A 40.140 30.131 44.403 1 1 A GLU 0.560 1 ATOM 57 O OE1 . GLU 1411 1411 ? A 40.343 29.824 45.606 1 1 A GLU 0.560 1 ATOM 58 O OE2 . GLU 1411 1411 ? A 39.737 31.256 44.010 1 1 A GLU 0.560 1 ATOM 59 N N . VAL 1412 1412 ? A 43.430 27.083 42.081 1 1 A VAL 0.580 1 ATOM 60 C CA . VAL 1412 1412 ? A 44.502 27.350 41.122 1 1 A VAL 0.580 1 ATOM 61 C C . VAL 1412 1412 ? A 44.451 26.448 39.846 1 1 A VAL 0.580 1 ATOM 62 O O . VAL 1412 1412 ? A 44.530 26.999 38.747 1 1 A VAL 0.580 1 ATOM 63 C CB . VAL 1412 1412 ? A 45.880 27.321 41.826 1 1 A VAL 0.580 1 ATOM 64 C CG1 . VAL 1412 1412 ? A 47.039 27.453 40.814 1 1 A VAL 0.580 1 ATOM 65 C CG2 . VAL 1412 1412 ? A 45.995 28.446 42.883 1 1 A VAL 0.580 1 ATOM 66 N N . PRO 1413 1413 ? A 44.287 25.114 39.852 1 1 A PRO 0.620 1 ATOM 67 C CA . PRO 1413 1413 ? A 44.034 24.277 38.663 1 1 A PRO 0.620 1 ATOM 68 C C . PRO 1413 1413 ? A 42.797 24.618 37.897 1 1 A PRO 0.620 1 ATOM 69 O O . PRO 1413 1413 ? A 42.845 24.549 36.674 1 1 A PRO 0.620 1 ATOM 70 C CB . PRO 1413 1413 ? A 43.844 22.860 39.201 1 1 A PRO 0.620 1 ATOM 71 C CG . PRO 1413 1413 ? A 44.566 22.845 40.547 1 1 A PRO 0.620 1 ATOM 72 C CD . PRO 1413 1413 ? A 44.660 24.299 40.999 1 1 A PRO 0.620 1 ATOM 73 N N . ILE 1414 1414 ? A 41.678 24.970 38.572 1 1 A ILE 0.590 1 ATOM 74 C CA . ILE 1414 1414 ? A 40.463 25.400 37.883 1 1 A ILE 0.590 1 ATOM 75 C C . ILE 1414 1414 ? A 40.783 26.610 37.020 1 1 A ILE 0.590 1 ATOM 76 O O . ILE 1414 1414 ? A 40.478 26.651 35.831 1 1 A ILE 0.590 1 ATOM 77 C CB . ILE 1414 1414 ? A 39.308 25.764 38.834 1 1 A ILE 0.590 1 ATOM 78 C CG1 . ILE 1414 1414 ? A 38.771 24.518 39.586 1 1 A ILE 0.590 1 ATOM 79 C CG2 . ILE 1414 1414 ? A 38.158 26.449 38.042 1 1 A ILE 0.590 1 ATOM 80 C CD1 . ILE 1414 1414 ? A 37.799 24.872 40.726 1 1 A ILE 0.590 1 ATOM 81 N N . LEU 1415 1415 ? A 41.497 27.597 37.594 1 1 A LEU 0.590 1 ATOM 82 C CA . LEU 1415 1415 ? A 41.914 28.787 36.884 1 1 A LEU 0.590 1 ATOM 83 C C . LEU 1415 1415 ? A 42.870 28.538 35.735 1 1 A LEU 0.590 1 ATOM 84 O O . LEU 1415 1415 ? A 42.716 29.100 34.652 1 1 A LEU 0.590 1 ATOM 85 C CB . LEU 1415 1415 ? A 42.535 29.796 37.868 1 1 A LEU 0.590 1 ATOM 86 C CG . LEU 1415 1415 ? A 41.496 30.395 38.834 1 1 A LEU 0.590 1 ATOM 87 C CD1 . LEU 1415 1415 ? A 42.215 31.172 39.947 1 1 A LEU 0.590 1 ATOM 88 C CD2 . LEU 1415 1415 ? A 40.487 31.293 38.089 1 1 A LEU 0.590 1 ATOM 89 N N . LYS 1416 1416 ? A 43.860 27.640 35.912 1 1 A LYS 0.650 1 ATOM 90 C CA . LYS 1416 1416 ? A 44.728 27.219 34.828 1 1 A LYS 0.650 1 ATOM 91 C C . LYS 1416 1416 ? A 43.964 26.570 33.690 1 1 A LYS 0.650 1 ATOM 92 O O . LYS 1416 1416 ? A 44.231 26.858 32.529 1 1 A LYS 0.650 1 ATOM 93 C CB . LYS 1416 1416 ? A 45.785 26.199 35.307 1 1 A LYS 0.650 1 ATOM 94 C CG . LYS 1416 1416 ? A 46.851 26.820 36.214 1 1 A LYS 0.650 1 ATOM 95 C CD . LYS 1416 1416 ? A 47.878 25.780 36.688 1 1 A LYS 0.650 1 ATOM 96 C CE . LYS 1416 1416 ? A 48.945 26.392 37.604 1 1 A LYS 0.650 1 ATOM 97 N NZ . LYS 1416 1416 ? A 49.877 25.352 38.094 1 1 A LYS 0.650 1 ATOM 98 N N . THR 1417 1417 ? A 42.982 25.699 34.007 1 1 A THR 0.650 1 ATOM 99 C CA . THR 1417 1417 ? A 42.093 25.065 33.034 1 1 A THR 0.650 1 ATOM 100 C C . THR 1417 1417 ? A 41.272 26.074 32.263 1 1 A THR 0.650 1 ATOM 101 O O . THR 1417 1417 ? A 41.242 26.030 31.037 1 1 A THR 0.650 1 ATOM 102 C CB . THR 1417 1417 ? A 41.161 24.046 33.673 1 1 A THR 0.650 1 ATOM 103 O OG1 . THR 1417 1417 ? A 41.940 22.988 34.207 1 1 A THR 0.650 1 ATOM 104 C CG2 . THR 1417 1417 ? A 40.220 23.373 32.663 1 1 A THR 0.650 1 ATOM 105 N N . SER 1418 1418 ? A 40.653 27.068 32.942 1 1 A SER 0.650 1 ATOM 106 C CA . SER 1418 1418 ? A 39.902 28.134 32.280 1 1 A SER 0.650 1 ATOM 107 C C . SER 1418 1418 ? A 40.749 28.977 31.356 1 1 A SER 0.650 1 ATOM 108 O O . SER 1418 1418 ? A 40.359 29.252 30.227 1 1 A SER 0.650 1 ATOM 109 C CB . SER 1418 1418 ? 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #