data_SMR-f9f53eb118690d6b7f3bce8c14b5e596_1 _entry.id SMR-f9f53eb118690d6b7f3bce8c14b5e596_1 _struct.entry_id SMR-f9f53eb118690d6b7f3bce8c14b5e596_1 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q5JSZ5 (isoform 2)/ PRC2B_HUMAN, Protein PRRC2B Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q5JSZ5 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 193370.375 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP PRC2B_HUMAN Q5JSZ5 1 ;MSDRLGQITKGKDGKSKYSTLSLFDKYKGKSVDAIRSSVIPRHGLQSLGKVAAARRMPPPANLPSLKSEN KGNDPNIVIVPKDGTGWANKQDQQDPKSSSATASQPPESLPQPGLQKSVSNLQKPTQSISQENTNSVPGG PKSWAQLNGKPVGHEGGLRGSSRLLSFSPEEFPTLKAAGGQDKAGKEKGVLDLSYGPGPSLRPQNVTSWR EGGGRHIISATSLSTSPTELGSRNSSTGDGAPSSACTSDSKDPSLRPAQPVRKGASQFMGNVYHPPTYHD MLPAFMCSPKSSENQGTVERGSFPLPQLRLEPRVPFRQFQMNDQDGKENRLGLSRPLRPLRQLVERAPRP TIINAENLKGLDDLDADADDGWAGLHEEVDYSEKLKFSDDEEEEEVVKDGRPKWNSWDPRRQRQLSMSSA DSADAKRTREEGKDWAEAVGASRVVRKAPDPQPPPRKLHGWAPGPDYQKSSMGSMFRQQSIEDKEDKPPP RQKFIQSEMSEAVERARKRREEEERRAREERLAACAAKLKQLDQKCKQARKAGEARKQAEKEVPWSPSAE KASPQENGPAVHKGSPEFPAQETPTTFPEEAPTVSPAVAQSNSSEEEAREAGSPAQEFKYQKSLPPRFQR QQQQQQQEQLYKMQHWQPVYPPPSHPQRTFYPHHPQMLGFDPRWMMMPSYMDPRITPTRTPVDFYPSALH PSGLMKPMMPQESLNGTGCRSEDQNCVPPLQERKVTPIDSPPVWSPEGYMALQSKGYPLPHPKSSDTLAM DMRVRSPDEALPGGLSGCSSGSGHSPYALERAAHASADLPEASSKKAEKEAKLAAPRAGEQGEAMKQFDL NYGSAIIENCGSSPGEESEVGSMVGEGFIEVLTKKQRRLLEEERRKKEQAVQVPVKGRGLSSRIPPRFAK KQNNLCLEQGDVTVPGSSLGTEIWESSSQALPVQAPANDSWRKAVTAFSSTETGSAEQGFKSSQGDSGVD LSAESRESSATSSQRSSPYGTLKPEEMSGPGLAEPKADSHKEQAPKPSEQKDSEQGSGQSKEHRPGPIGN ERSLKNRKGSEGAERLQGAVVPPVNGVEIHVDSVLPVPPIEFGVSPKDSDFSLPPGSASGPTGSPVVKLQ DALASNAGLTQSIPILRRDHHIQRAIGLSPMSFPTADLTLKMESARKAWENSPSLPEQSSPGGAGSGIQP PSSVGASSGVNYSSFGGVSMPPMPVASVAPSASMPGSHLPPLYLDGHVFASQPRLVPQTIPQQQSYQQAA AAQQIPISLHTSLQAQAQLGLRGGLPVSQSQEIFSSLQPFRSQVYMHPSLSPPSTMILSGGTALKPPYSA FPGMQPLEMVKPQSGSPYQPMSGNQALVYEGQLSQAAGLGASQMLDSQLPQLTMPLPRYGSGQQPLILPQ SIQLPPGQSLSVGAPRRIPPPGSQPPVLNTSREPSQMEMKGFHFADSKQNVPSGGPVPSPQTYRPSSASP SGKPSGSAVNMGSVQGHYVQQAKQRVDEKPSLGAVKLQEAPSAASQMKRTGAIKPRAVKVEESKA ; 'Protein PRRC2B' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1535 1 1535 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . PRC2B_HUMAN Q5JSZ5 Q5JSZ5-2 1 1535 9606 'Homo sapiens (Human)' 2010-10-05 E0BACA25A0E75CF2 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no B ;MSDRLGQITKGKDGKSKYSTLSLFDKYKGKSVDAIRSSVIPRHGLQSLGKVAAARRMPPPANLPSLKSEN KGNDPNIVIVPKDGTGWANKQDQQDPKSSSATASQPPESLPQPGLQKSVSNLQKPTQSISQENTNSVPGG PKSWAQLNGKPVGHEGGLRGSSRLLSFSPEEFPTLKAAGGQDKAGKEKGVLDLSYGPGPSLRPQNVTSWR EGGGRHIISATSLSTSPTELGSRNSSTGDGAPSSACTSDSKDPSLRPAQPVRKGASQFMGNVYHPPTYHD MLPAFMCSPKSSENQGTVERGSFPLPQLRLEPRVPFRQFQMNDQDGKENRLGLSRPLRPLRQLVERAPRP TIINAENLKGLDDLDADADDGWAGLHEEVDYSEKLKFSDDEEEEEVVKDGRPKWNSWDPRRQRQLSMSSA DSADAKRTREEGKDWAEAVGASRVVRKAPDPQPPPRKLHGWAPGPDYQKSSMGSMFRQQSIEDKEDKPPP RQKFIQSEMSEAVERARKRREEEERRAREERLAACAAKLKQLDQKCKQARKAGEARKQAEKEVPWSPSAE KASPQENGPAVHKGSPEFPAQETPTTFPEEAPTVSPAVAQSNSSEEEAREAGSPAQEFKYQKSLPPRFQR 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KGNDPNIVIVPKDGTGWANKQDQQDPKSSSATASQPPESLPQPGLQKSVSNLQKPTQSISQENTNSVPGG PKSWAQLNGKPVGHEGGLRGSSRLLSFSPEEFPTLKAAGGQDKAGKEKGVLDLSYGPGPSLRPQNVTSWR EGGGRHIISATSLSTSPTELGSRNSSTGDGAPSSACTSDSKDPSLRPAQPVRKGASQFMGNVYHPPTYHD MLPAFMCSPKSSENQGTVERGSFPLPQLRLEPRVPFRQFQMNDQDGKENRLGLSRPLRPLRQLVERAPRP TIINAENLKGLDDLDADADDGWAGLHEEVDYSEKLKFSDDEEEEEVVKDGRPKWNSWDPRRQRQLSMSSA DSADAKRTREEGKDWAEAVGASRVVRKAPDPQPPPRKLHGWAPGPDYQKSSMGSMFRQQSIEDKEDKPPP RQKFIQSEMSEAVERARKRREEEERRAREERLAACAAKLKQLDQKCKQARKAGEARKQAEKEVPWSPSAE KASPQENGPAVHKGSPEFPAQETPTTFPEEAPTVSPAVAQSNSSEEEAREAGSPAQEFKYQKSLPPRFQR QQQQQQQEQLYKMQHWQPVYPPPSHPQRTFYPHHPQMLGFDPRWMMMPSYMDPRITPTRTPVDFYPSALH PSGLMKPMMPQESLNGTGCRSEDQNCVPPLQERKVTPIDSPPVWSPEGYMALQSKGYPLPHPKSSDTLAM DMRVRSPDEALPGGLSGCSSGSGHSPYALERAAHASADLPEASSKKAEKEAKLAAPRAGEQGEAMKQFDL NYGSAIIENCGSSPGEESEVGSMVGEGFIEVLTKKQRRLLEEERRKKEQAVQVPVKGRGLSSRIPPRFAK KQNNLCLEQGDVTVPGSSLGTEIWESSSQALPVQAPANDSWRKAVTAFSSTETGSAEQGFKSSQGDSGVD LSAESRESSATSSQRSSPYGTLKPEEMSGPGLAEPKADSHKEQAPKPSEQKDSEQGSGQSKEHRPGPIGN 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B . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Selenoprotein S {PDB ID=5kiy, label_asym_id=B, auth_asym_id=B, SMTL ID=5kiy.1.B}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 5kiy, label_asym_id=B' 'target-template alignment' . 4 'model 1' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-27 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-22 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A B 2 1 B # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MHHHHHHQKLSARLRALRQRQLDRAAAAVEPDVVVKRQEALAAARLKMQEELNAQVEKHKEKLKQLEEEK RRQKIEMWDSM ; ;MHHHHHHQKLSARLRALRQRQLDRAAAAVEPDVVVKRQEALAAARLKMQEELNAQVEKHKEKLKQLEEEK RRQKIEMWDSM ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 38 73 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 5kiy 2023-09-27 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1535 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1535 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 6.300 33.333 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MSDRLGQITKGKDGKSKYSTLSLFDKYKGKSVDAIRSSVIPRHGLQSLGKVAAARRMPPPANLPSLKSENKGNDPNIVIVPKDGTGWANKQDQQDPKSSSATASQPPESLPQPGLQKSVSNLQKPTQSISQENTNSVPGGPKSWAQLNGKPVGHEGGLRGSSRLLSFSPEEFPTLKAAGGQDKAGKEKGVLDLSYGPGPSLRPQNVTSWREGGGRHIISATSLSTSPTELGSRNSSTGDGAPSSACTSDSKDPSLRPAQPVRKGASQFMGNVYHPPTYHDMLPAFMCSPKSSENQGTVERGSFPLPQLRLEPRVPFRQFQMNDQDGKENRLGLSRPLRPLRQLVERAPRPTIINAENLKGLDDLDADADDGWAGLHEEVDYSEKLKFSDDEEEEEVVKDGRPKWNSWDPRRQRQLSMSSADSADAKRTREEGKDWAEAVGASRVVRKAPDPQPPPRKLHGWAPGPDYQKSSMGSMFRQQSIEDKEDKPPPRQKFIQSEMSEAVERARKRREEEERRAREERLAACAAKLKQLDQKCKQARKAGEARKQAEKEVPWSPSAEKASPQENGPAVHKGSPEFPAQETPTTFPEEAPTVSPAVAQSNSSEEEAREAGSPAQEFKYQKSLPPRFQRQQQQQQQEQLYKMQHWQPVYPPPSHPQRTFYPHHPQMLGFDPRWMMMPSYMDPRITPTRTPVDFYPSALHPSGLMKPMMPQESLNGTGCRSEDQNCVPPLQERKVTPIDSPPVWSPEGYMALQSKGYPLPHPKSSDTLAMDMRVRSPDEALPGGLSGCSSGSGHSPYALERAAHASADLPEASSKKAEKEAKLAAPRAGEQGEAMKQFDLNYGSAIIENCGSSPGEESEVGSMVGEGFIEVLTKKQRRLLEEERRKKEQAVQVPVKGRGLSSRIPPRFAKKQNNLCLEQGDVTVPGSSLGTEIWESSSQALPVQAPANDSWRKAVTAFSSTETGSAEQGFKSSQGDSGVDLSAESRESSATSSQRSSPYGTLKPEEMSGPGLAEPKADSHKEQAPKPSEQKDSEQGSGQSKEHRPGPIGNERSLKNRKGSEGAERLQGAVVPPVNGVEIHVDSVLPVPPIEFGVSPKDSDFSLPPGSASGPTGSPVVKLQDALASNAGLTQSIPILRRDHHIQRAIGLSPMSFPTADLTLKMESARKAWENSPSLPEQSSPGGAGSGIQPPSSVGASSGVNYSSFGGVSMPPMPVASVAPSASMPGSHLPPLYLDGHVFASQPRLVPQTIPQQQSYQQAAAAQQIPISLHTSLQAQAQLGLRGGLPVSQSQEIFSSLQPFRSQVYMHPSLSPPSTMILSGGTALKPPYSAFPGMQPLEMVKPQSGSPYQPMSGNQALVYEGQLSQAAGLGASQMLDSQLPQLTMPLPRYGSGQQPLILPQSIQLPPGQSLSVGAPRRIPPPGSQPPVLNTSREPSQMEMKGFHFADSKQNVPSGGPVPSPQTYRPSSASPSGKPSGSAVNMGSVQGHYVQQAKQRVDEKPSLGAVKLQEAPSAASQMKRTGAIKPRAVKVEESKA 2 1 2 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------QEALAAARLKMQEELNAQVE----KHKEKLKQLEEEKRRQ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 5kiy.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 1' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . SER 500 500 ? A 14.543 73.686 53.684 1 1 B SER 0.600 1 ATOM 2 C CA . SER 500 500 ? A 14.538 74.251 52.277 1 1 B SER 0.600 1 ATOM 3 C C . SER 500 500 ? A 15.680 75.154 51.869 1 1 B SER 0.600 1 ATOM 4 O O . SER 500 500 ? A 16.276 74.916 50.831 1 1 B SER 0.600 1 ATOM 5 C CB . SER 500 500 ? A 13.157 74.853 51.934 1 1 B SER 0.600 1 ATOM 6 O OG . SER 500 500 ? A 12.157 73.863 52.206 1 1 B SER 0.600 1 ATOM 7 N N . GLU 501 501 ? A 16.090 76.137 52.697 1 1 B GLU 0.670 1 ATOM 8 C CA . GLU 501 501 ? A 17.279 76.949 52.464 1 1 B GLU 0.670 1 ATOM 9 C C . GLU 501 501 ? A 18.577 76.150 52.298 1 1 B GLU 0.670 1 ATOM 10 O O . GLU 501 501 ? A 19.383 76.413 51.410 1 1 B GLU 0.670 1 ATOM 11 C CB . GLU 501 501 ? A 17.380 77.921 53.647 1 1 B GLU 0.670 1 ATOM 12 C CG . GLU 501 501 ? A 16.265 78.992 53.625 1 1 B GLU 0.670 1 ATOM 13 C CD . GLU 501 501 ? A 16.126 79.637 55.000 1 1 B GLU 0.670 1 ATOM 14 O OE1 . GLU 501 501 ? A 17.134 80.208 55.483 1 1 B GLU 0.670 1 ATOM 15 O OE2 . GLU 501 501 ? A 15.025 79.492 55.589 1 1 B GLU 0.670 1 ATOM 16 N N . ALA 502 502 ? A 18.783 75.078 53.102 1 1 B ALA 0.550 1 ATOM 17 C CA . ALA 502 502 ? A 19.865 74.133 52.879 1 1 B ALA 0.550 1 ATOM 18 C C . ALA 502 502 ? A 19.844 73.386 51.546 1 1 B ALA 0.550 1 ATOM 19 O O . ALA 502 502 ? A 20.879 73.259 50.897 1 1 B ALA 0.550 1 ATOM 20 C CB . ALA 502 502 ? A 19.887 73.066 53.985 1 1 B ALA 0.550 1 ATOM 21 N N . VAL 503 503 ? A 18.653 72.893 51.105 1 1 B VAL 0.690 1 ATOM 22 C CA . VAL 503 503 ? A 18.444 72.337 49.775 1 1 B VAL 0.690 1 ATOM 23 C C . VAL 503 503 ? A 18.819 73.359 48.723 1 1 B VAL 0.690 1 ATOM 24 O O . VAL 503 503 ? A 19.728 73.118 47.943 1 1 B VAL 0.690 1 ATOM 25 C CB . VAL 503 503 ? A 16.993 71.884 49.530 1 1 B VAL 0.690 1 ATOM 26 C CG1 . VAL 503 503 ? A 16.728 71.464 48.066 1 1 B VAL 0.690 1 ATOM 27 C CG2 . VAL 503 503 ? A 16.650 70.695 50.441 1 1 B VAL 0.690 1 ATOM 28 N N . GLU 504 504 ? A 18.197 74.555 48.739 1 1 B GLU 0.670 1 ATOM 29 C CA . GLU 504 504 ? A 18.363 75.600 47.746 1 1 B GLU 0.670 1 ATOM 30 C C . GLU 504 504 ? A 19.805 76.062 47.599 1 1 B GLU 0.670 1 ATOM 31 O O . GLU 504 504 ? A 20.323 76.196 46.496 1 1 B GLU 0.670 1 ATOM 32 C CB . GLU 504 504 ? A 17.453 76.805 48.078 1 1 B GLU 0.670 1 ATOM 33 C CG . GLU 504 504 ? A 17.580 77.948 47.036 1 1 B GLU 0.670 1 ATOM 34 C CD . GLU 504 504 ? A 16.854 79.252 47.390 1 1 B GLU 0.670 1 ATOM 35 O OE1 . GLU 504 504 ? A 15.964 79.222 48.272 1 1 B GLU 0.670 1 ATOM 36 O OE2 . GLU 504 504 ? A 17.247 80.301 46.805 1 1 B GLU 0.670 1 ATOM 37 N N . ARG 505 505 ? A 20.520 76.238 48.724 1 1 B ARG 0.660 1 ATOM 38 C CA . ARG 505 505 ? A 21.941 76.512 48.742 1 1 B ARG 0.660 1 ATOM 39 C C . ARG 505 505 ? A 22.808 75.423 48.108 1 1 B ARG 0.660 1 ATOM 40 O O . ARG 505 505 ? A 23.739 75.707 47.356 1 1 B ARG 0.660 1 ATOM 41 C CB . ARG 505 505 ? A 22.388 76.711 50.207 1 1 B ARG 0.660 1 ATOM 42 C CG . ARG 505 505 ? A 23.875 77.091 50.357 1 1 B ARG 0.660 1 ATOM 43 C CD . ARG 505 505 ? A 24.391 77.217 51.795 1 1 B ARG 0.660 1 ATOM 44 N NE . ARG 505 505 ? A 24.278 75.868 52.457 1 1 B ARG 0.660 1 ATOM 45 C CZ . ARG 505 505 ? A 25.125 74.838 52.303 1 1 B ARG 0.660 1 ATOM 46 N NH1 . ARG 505 505 ? A 26.196 74.915 51.520 1 1 B ARG 0.660 1 ATOM 47 N NH2 . ARG 505 505 ? A 24.907 73.699 52.964 1 1 B ARG 0.660 1 ATOM 48 N N . ALA 506 506 ? A 22.522 74.132 48.384 1 1 B ALA 0.720 1 ATOM 49 C CA . ALA 506 506 ? A 23.161 73.022 47.705 1 1 B ALA 0.720 1 ATOM 50 C C . ALA 506 506 ? A 22.795 72.907 46.226 1 1 B ALA 0.720 1 ATOM 51 O O . ALA 506 506 ? A 23.614 72.517 45.398 1 1 B ALA 0.720 1 ATOM 52 C CB . ALA 506 506 ? A 22.835 71.688 48.402 1 1 B ALA 0.720 1 ATOM 53 N N . ARG 507 507 ? A 21.534 73.225 45.856 1 1 B ARG 0.670 1 ATOM 54 C CA . ARG 507 507 ? A 21.117 73.298 44.469 1 1 B ARG 0.670 1 ATOM 55 C C . ARG 507 507 ? A 21.755 74.456 43.719 1 1 B ARG 0.670 1 ATOM 56 O O . ARG 507 507 ? A 22.135 74.266 42.574 1 1 B ARG 0.670 1 ATOM 57 C CB . ARG 507 507 ? A 19.586 73.359 44.221 1 1 B ARG 0.670 1 ATOM 58 C CG . ARG 507 507 ? A 18.610 72.402 44.945 1 1 B ARG 0.670 1 ATOM 59 C CD . ARG 507 507 ? A 18.412 70.908 44.637 1 1 B ARG 0.670 1 ATOM 60 N NE . ARG 507 507 ? A 19.125 70.082 45.677 1 1 B ARG 0.670 1 ATOM 61 C CZ . ARG 507 507 ? A 18.768 68.819 45.982 1 1 B ARG 0.670 1 ATOM 62 N NH1 . ARG 507 507 ? A 17.781 68.217 45.323 1 1 B ARG 0.670 1 ATOM 63 N NH2 . ARG 507 507 ? A 19.367 68.138 46.957 1 1 B ARG 0.670 1 ATOM 64 N N . LYS 508 508 ? A 21.921 75.654 44.330 1 1 B LYS 0.710 1 ATOM 65 C CA . LYS 508 508 ? A 22.720 76.720 43.743 1 1 B LYS 0.710 1 ATOM 66 C C . LYS 508 508 ? A 24.152 76.265 43.508 1 1 B LYS 0.710 1 ATOM 67 O O . LYS 508 508 ? A 24.621 76.270 42.379 1 1 B LYS 0.710 1 ATOM 68 C CB . LYS 508 508 ? A 22.701 78.013 44.605 1 1 B LYS 0.710 1 ATOM 69 C CG . LYS 508 508 ? A 21.346 78.743 44.582 1 1 B LYS 0.710 1 ATOM 70 C CD . LYS 508 508 ? A 21.310 80.000 45.473 1 1 B LYS 0.710 1 ATOM 71 C CE . LYS 508 508 ? A 19.935 80.677 45.452 1 1 B LYS 0.710 1 ATOM 72 N NZ . LYS 508 508 ? A 19.835 81.789 46.426 1 1 B LYS 0.710 1 ATOM 73 N N . ARG 509 509 ? A 24.822 75.703 44.542 1 1 B ARG 0.690 1 ATOM 74 C CA . ARG 509 509 ? A 26.189 75.223 44.450 1 1 B ARG 0.690 1 ATOM 75 C C . ARG 509 509 ? A 26.417 74.233 43.317 1 1 B ARG 0.690 1 ATOM 76 O O . ARG 509 509 ? A 27.436 74.276 42.634 1 1 B ARG 0.690 1 ATOM 77 C CB . ARG 509 509 ? A 26.571 74.531 45.787 1 1 B ARG 0.690 1 ATOM 78 C CG . ARG 509 509 ? A 28.020 73.994 45.846 1 1 B ARG 0.690 1 ATOM 79 C CD . ARG 509 509 ? A 28.391 73.160 47.083 1 1 B ARG 0.690 1 ATOM 80 N NE . ARG 509 509 ? A 27.555 71.905 47.087 1 1 B ARG 0.690 1 ATOM 81 C CZ . ARG 509 509 ? A 27.821 70.787 46.390 1 1 B ARG 0.690 1 ATOM 82 N NH1 . ARG 509 509 ? A 28.884 70.672 45.601 1 1 B ARG 0.690 1 ATOM 83 N NH2 . ARG 509 509 ? A 26.982 69.751 46.466 1 1 B ARG 0.690 1 ATOM 84 N N . ARG 510 510 ? A 25.444 73.327 43.087 1 1 B ARG 0.690 1 ATOM 85 C CA . ARG 510 510 ? 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A 23.342 75.766 39.168 1 1 B GLU 0.700 1 ATOM 100 C CG . GLU 511 511 ? A 21.907 75.177 39.358 1 1 B GLU 0.700 1 ATOM 101 C CD . GLU 511 511 ? A 21.354 74.454 38.107 1 1 B GLU 0.700 1 ATOM 102 O OE1 . GLU 511 511 ? A 21.481 75.022 36.998 1 1 B GLU 0.700 1 ATOM 103 O OE2 . GLU 511 511 ? A 20.700 73.407 38.287 1 1 B GLU 0.700 1 ATOM 104 N N . GLU 512 512 ? A 26.406 76.109 39.742 1 1 B GLU 0.660 1 ATOM 105 C CA . GLU 512 512 ? A 27.669 76.791 39.556 1 1 B GLU 0.660 1 ATOM 106 C C . GLU 512 512 ? A 28.840 75.884 39.230 1 1 B GLU 0.660 1 ATOM 107 O O . GLU 512 512 ? A 29.705 76.214 38.424 1 1 B GLU 0.660 1 ATOM 108 C CB . GLU 512 512 ? A 28.002 77.694 40.753 1 1 B GLU 0.660 1 ATOM 109 C CG . GLU 512 512 ? A 26.751 78.217 41.499 1 1 B GLU 0.660 1 ATOM 110 C CD . GLU 512 512 ? A 26.857 79.688 41.851 1 1 B GLU 0.660 1 ATOM 111 O OE1 . GLU 512 512 ? A 26.414 80.075 42.954 1 1 B GLU 0.660 1 ATOM 112 O OE2 . GLU 512 512 ? A 27.331 80.442 40.965 1 1 B GLU 0.660 1 ATOM 113 N N . GLU 513 513 ? A 28.881 74.700 39.853 1 1 B GLU 0.670 1 ATOM 114 C CA . GLU 513 513 ? A 29.824 73.657 39.529 1 1 B GLU 0.670 1 ATOM 115 C C . GLU 513 513 ? A 29.663 73.084 38.108 1 1 B GLU 0.670 1 ATOM 116 O O . GLU 513 513 ? A 30.633 72.948 37.361 1 1 B GLU 0.670 1 ATOM 117 C CB . GLU 513 513 ? A 29.750 72.587 40.638 1 1 B GLU 0.670 1 ATOM 118 C CG . GLU 513 513 ? A 31.003 71.693 40.699 1 1 B GLU 0.670 1 ATOM 119 C CD . GLU 513 513 ? A 32.246 72.559 40.929 1 1 B GLU 0.670 1 ATOM 120 O OE1 . GLU 513 513 ? A 33.187 72.443 40.109 1 1 B GLU 0.670 1 ATOM 121 O OE2 . GLU 513 513 ? A 32.255 73.410 41.866 1 1 B GLU 0.670 1 ATOM 122 N N . GLU 514 514 ? A 28.407 72.827 37.653 1 1 B GLU 0.620 1 ATOM 123 C CA . GLU 514 514 ? A 28.083 72.447 36.274 1 1 B GLU 0.620 1 ATOM 124 C C . GLU 514 514 ? A 28.499 73.527 35.297 1 1 B GLU 0.620 1 ATOM 125 O O . GLU 514 514 ? A 29.073 73.274 34.235 1 1 B GLU 0.620 1 ATOM 126 C CB . GLU 514 514 ? A 26.581 72.088 36.074 1 1 B GLU 0.620 1 ATOM 127 C CG . GLU 514 514 ? A 26.212 70.744 36.767 1 1 B GLU 0.620 1 ATOM 128 C CD . GLU 514 514 ? A 24.775 70.205 36.644 1 1 B GLU 0.620 1 ATOM 129 O OE1 . GLU 514 514 ? A 23.938 70.761 35.907 1 1 B GLU 0.620 1 ATOM 130 O OE2 . GLU 514 514 ? A 24.535 69.162 37.319 1 1 B GLU 0.620 1 ATOM 131 N N . ARG 515 515 ? A 28.290 74.788 35.688 1 1 B ARG 0.580 1 ATOM 132 C CA . ARG 515 515 ? A 28.781 75.931 34.976 1 1 B ARG 0.580 1 ATOM 133 C C . ARG 515 515 ? A 30.306 76.030 34.780 1 1 B ARG 0.580 1 ATOM 134 O O . ARG 515 515 ? A 30.764 76.260 33.662 1 1 B ARG 0.580 1 ATOM 135 C CB . ARG 515 515 ? A 28.154 77.205 35.583 1 1 B ARG 0.580 1 ATOM 136 C CG . ARG 515 515 ? A 28.533 78.451 34.769 1 1 B ARG 0.580 1 ATOM 137 C CD . ARG 515 515 ? A 27.944 79.820 35.110 1 1 B ARG 0.580 1 ATOM 138 N NE . ARG 515 515 ? A 28.528 80.230 36.425 1 1 B ARG 0.580 1 ATOM 139 C CZ . ARG 515 515 ? A 27.873 80.198 37.596 1 1 B ARG 0.580 1 ATOM 140 N NH1 . ARG 515 515 ? A 26.642 79.708 37.686 1 1 B ARG 0.580 1 ATOM 141 N NH2 . ARG 515 515 ? A 28.479 80.595 38.708 1 1 B ARG 0.580 1 ATOM 142 N N . ARG 516 516 ? A 31.130 75.796 35.826 1 1 B ARG 0.560 1 ATOM 143 C CA . ARG 516 516 ? A 32.583 75.746 35.751 1 1 B ARG 0.560 1 ATOM 144 C C . ARG 516 516 ? A 33.098 74.649 34.817 1 1 B ARG 0.560 1 ATOM 145 O O . ARG 516 516 ? A 34.013 74.848 34.014 1 1 B ARG 0.560 1 ATOM 146 C CB . ARG 516 516 ? A 33.099 75.493 37.185 1 1 B ARG 0.560 1 ATOM 147 C CG . ARG 516 516 ? A 32.908 76.671 38.157 1 1 B ARG 0.560 1 ATOM 148 C CD . ARG 516 516 ? A 33.251 76.239 39.580 1 1 B ARG 0.560 1 ATOM 149 N NE . ARG 516 516 ? A 33.032 77.428 40.457 1 1 B ARG 0.560 1 ATOM 150 C CZ . ARG 516 516 ? A 33.184 77.360 41.784 1 1 B ARG 0.560 1 ATOM 151 N NH1 . ARG 516 516 ? A 33.455 76.203 42.384 1 1 B ARG 0.560 1 ATOM 152 N NH2 . ARG 516 516 ? A 33.035 78.463 42.520 1 1 B ARG 0.560 1 ATOM 153 N N . ALA 517 517 ? A 32.493 73.447 34.894 1 1 B ALA 0.560 1 ATOM 154 C CA . ALA 517 517 ? A 32.833 72.342 34.022 1 1 B ALA 0.560 1 ATOM 155 C C . ALA 517 517 ? 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.546 2 1 3 0 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 500 SER 1 0.600 2 1 A 501 GLU 1 0.670 3 1 A 502 ALA 1 0.550 4 1 A 503 VAL 1 0.690 5 1 A 504 GLU 1 0.670 6 1 A 505 ARG 1 0.660 7 1 A 506 ALA 1 0.720 8 1 A 507 ARG 1 0.670 9 1 A 508 LYS 1 0.710 10 1 A 509 ARG 1 0.690 11 1 A 510 ARG 1 0.690 12 1 A 511 GLU 1 0.700 13 1 A 512 GLU 1 0.660 14 1 A 513 GLU 1 0.670 15 1 A 514 GLU 1 0.620 16 1 A 515 ARG 1 0.580 17 1 A 516 ARG 1 0.560 18 1 A 517 ALA 1 0.560 19 1 A 518 ARG 1 0.530 20 1 A 519 GLU 1 0.510 21 1 A 520 GLU 1 0.520 22 1 A 521 ARG 1 0.420 23 1 A 522 LEU 1 0.400 24 1 A 523 ALA 1 0.430 25 1 A 524 ALA 1 0.410 26 1 A 525 CYS 1 0.400 27 1 A 526 ALA 1 0.430 28 1 A 527 ALA 1 0.430 29 1 A 528 LYS 1 0.410 30 1 A 529 LEU 1 0.370 31 1 A 530 LYS 1 0.400 32 1 A 531 GLN 1 0.390 33 1 A 532 LEU 1 0.430 34 1 A 533 ASP 1 0.430 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #