data_SMR-eb3278484f8189e8eaef0618083baddb_3 _entry.id SMR-eb3278484f8189e8eaef0618083baddb_3 _struct.entry_id SMR-eb3278484f8189e8eaef0618083baddb_3 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q7Z3T8/ ZFY16_HUMAN, Zinc finger FYVE domain-containing protein 16 Estimated model accuracy of this model is 0.034, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q7Z3T8' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 5 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 196778.195 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP ZFY16_HUMAN Q7Z3T8 1 ;MDSYFKAAVSDLDKLLDDFEQNPDEQDYLQDVQNAYDSNHCSVSSELASSQRTSLLPKDQECVNSCASSE TSYGTNESSLNEKTLKGLTSIQNEKNVTGLDLLSSVDGGTSDEIQPLYMGRCSKPICDLISDMGNLVHAT NSEEDIKKLLPDDFKSNADSLIGLDLSSVSDTPCVSSTDHDSDTVREQQNDISSELQNREIGGIKELGIK VDTTLSDSYNYSGTENLKDKKIFNQLESIVDFNMSSALTRQSSKMFHAKDKLQHKSQPCGLLKDVGLVKE EVDVAVITAAECLKEEGKTSALTCSLPKNEDLCLNDSNSRDENFKLPDFSFQEDKTVIKQSAQEDSKSLD LKDNDVIQDSSSALHVSSKDVPSSLSCLPASGSMCGSLIESKARGDFLPQHEHKDNIQDAVTIHEEIQNS VVLGGEPFKENDLLKQEKCKSILLQSLIEGMEDRKIDPDQTVIRAESLDGGDTSSTVVESQEGLSGTHVP ESSDCCEGFINTFSSNDMDGQDLDYFNIDEGAKSGPLISDAELDAFLTEQYLQTTNIKSFEENVNDSKSQ MNQIDMKGLDDGNINNIYFNAEAGAIGESHGINIICEIVDKQNTIENGLSLGEKSTIPVQQGLPTSKSEI TNQLSVSDINSQSVGGARPKQLFSLPSRTRSSKDLNKPDVPDTIESEPSTADTVVPITCAIDSTADPQVS FNSNYIDIESNSEGGSSFVTANEDSVPENTCKEGLVLGQKQPTWVPDSEAPNCMNCQVKFTFTKRRHHCR ACGKVFCGVCCNRKCKLQYLEKEARVCVVCYETISKAQAFERMMSPTGSNLKSNHSDECTTVQPPQENQT SSIPSPATLPVSALKQPGVEGLCSKEQKRVWFADGILPNGEVADTTKLSSGSKRCSEDFSPLSPDVPMTV NTVDHSHSTTVEKPNNETGDITRNEIIQSPISQVPSVEKLSMNTGNEGLPTSGSFTLDDDVFAETEEPSS PTGVLVNSNLPIASISDYRLLCDINKYVCNKISLLPNDEDSLPPLLVASGEKGSVPVVEEHPSHEQIILL LEGESFHPVTFVLNANLLVNVKFIFYSSDKYWYFSTNGLHGLGQAEIIILLLCLPNEDTIPKDIFRLFIT IYKDALKGKYIENLDNITFTESFLSSKDHGGFLFITPTFQKLDDLSLPSNPFLCGILIQKLEIPWAKVFP MRLMLRLGAEYKAYPAPLTSIRGRKPLFGEIGHTIMNLLVDLRNYQYTLHNIDQLLIHMEMGKSCIKIPR KKYSDVMKVLNSSNEHVISIGASFSTEADSHLVCIQNDGIYETQANSATGHPRKVTGASFVVFNGALKTS SGFLAKSSIVEDGLMVQITPETMNGLRLALREQKDFKITCGKVDAVDLREYVDICWVDAEEKGNKGVISS VDGISLQGFPSEKIKLEADFETDEKIVKCTEVFYFLKDQDLSILSTSYQFAKEIAMACSAALCPHLKTLK SNGMNKIGLRVSIDTDMVEFQAGSEGQLLPQHYLNDLDSALIPVIHGGTSNSSLPLEIELVFFIIEHLF ; 'Zinc finger FYVE domain-containing protein 16' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1539 1 1539 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . ZFY16_HUMAN Q7Z3T8 . 1 1539 9606 'Homo sapiens (Human)' 2010-05-18 D9C2F8DDE12D69E2 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MDSYFKAAVSDLDKLLDDFEQNPDEQDYLQDVQNAYDSNHCSVSSELASSQRTSLLPKDQECVNSCASSE TSYGTNESSLNEKTLKGLTSIQNEKNVTGLDLLSSVDGGTSDEIQPLYMGRCSKPICDLISDMGNLVHAT NSEEDIKKLLPDDFKSNADSLIGLDLSSVSDTPCVSSTDHDSDTVREQQNDISSELQNREIGGIKELGIK VDTTLSDSYNYSGTENLKDKKIFNQLESIVDFNMSSALTRQSSKMFHAKDKLQHKSQPCGLLKDVGLVKE EVDVAVITAAECLKEEGKTSALTCSLPKNEDLCLNDSNSRDENFKLPDFSFQEDKTVIKQSAQEDSKSLD LKDNDVIQDSSSALHVSSKDVPSSLSCLPASGSMCGSLIESKARGDFLPQHEHKDNIQDAVTIHEEIQNS VVLGGEPFKENDLLKQEKCKSILLQSLIEGMEDRKIDPDQTVIRAESLDGGDTSSTVVESQEGLSGTHVP ESSDCCEGFINTFSSNDMDGQDLDYFNIDEGAKSGPLISDAELDAFLTEQYLQTTNIKSFEENVNDSKSQ MNQIDMKGLDDGNINNIYFNAEAGAIGESHGINIICEIVDKQNTIENGLSLGEKSTIPVQQGLPTSKSEI TNQLSVSDINSQSVGGARPKQLFSLPSRTRSSKDLNKPDVPDTIESEPSTADTVVPITCAIDSTADPQVS FNSNYIDIESNSEGGSSFVTANEDSVPENTCKEGLVLGQKQPTWVPDSEAPNCMNCQVKFTFTKRRHHCR ACGKVFCGVCCNRKCKLQYLEKEARVCVVCYETISKAQAFERMMSPTGSNLKSNHSDECTTVQPPQENQT SSIPSPATLPVSALKQPGVEGLCSKEQKRVWFADGILPNGEVADTTKLSSGSKRCSEDFSPLSPDVPMTV NTVDHSHSTTVEKPNNETGDITRNEIIQSPISQVPSVEKLSMNTGNEGLPTSGSFTLDDDVFAETEEPSS PTGVLVNSNLPIASISDYRLLCDINKYVCNKISLLPNDEDSLPPLLVASGEKGSVPVVEEHPSHEQIILL LEGESFHPVTFVLNANLLVNVKFIFYSSDKYWYFSTNGLHGLGQAEIIILLLCLPNEDTIPKDIFRLFIT IYKDALKGKYIENLDNITFTESFLSSKDHGGFLFITPTFQKLDDLSLPSNPFLCGILIQKLEIPWAKVFP MRLMLRLGAEYKAYPAPLTSIRGRKPLFGEIGHTIMNLLVDLRNYQYTLHNIDQLLIHMEMGKSCIKIPR KKYSDVMKVLNSSNEHVISIGASFSTEADSHLVCIQNDGIYETQANSATGHPRKVTGASFVVFNGALKTS SGFLAKSSIVEDGLMVQITPETMNGLRLALREQKDFKITCGKVDAVDLREYVDICWVDAEEKGNKGVISS VDGISLQGFPSEKIKLEADFETDEKIVKCTEVFYFLKDQDLSILSTSYQFAKEIAMACSAALCPHLKTLK SNGMNKIGLRVSIDTDMVEFQAGSEGQLLPQHYLNDLDSALIPVIHGGTSNSSLPLEIELVFFIIEHLF ; ;MDSYFKAAVSDLDKLLDDFEQNPDEQDYLQDVQNAYDSNHCSVSSELASSQRTSLLPKDQECVNSCASSE TSYGTNESSLNEKTLKGLTSIQNEKNVTGLDLLSSVDGGTSDEIQPLYMGRCSKPICDLISDMGNLVHAT NSEEDIKKLLPDDFKSNADSLIGLDLSSVSDTPCVSSTDHDSDTVREQQNDISSELQNREIGGIKELGIK VDTTLSDSYNYSGTENLKDKKIFNQLESIVDFNMSSALTRQSSKMFHAKDKLQHKSQPCGLLKDVGLVKE EVDVAVITAAECLKEEGKTSALTCSLPKNEDLCLNDSNSRDENFKLPDFSFQEDKTVIKQSAQEDSKSLD LKDNDVIQDSSSALHVSSKDVPSSLSCLPASGSMCGSLIESKARGDFLPQHEHKDNIQDAVTIHEEIQNS VVLGGEPFKENDLLKQEKCKSILLQSLIEGMEDRKIDPDQTVIRAESLDGGDTSSTVVESQEGLSGTHVP ESSDCCEGFINTFSSNDMDGQDLDYFNIDEGAKSGPLISDAELDAFLTEQYLQTTNIKSFEENVNDSKSQ MNQIDMKGLDDGNINNIYFNAEAGAIGESHGINIICEIVDKQNTIENGLSLGEKSTIPVQQGLPTSKSEI TNQLSVSDINSQSVGGARPKQLFSLPSRTRSSKDLNKPDVPDTIESEPSTADTVVPITCAIDSTADPQVS FNSNYIDIESNSEGGSSFVTANEDSVPENTCKEGLVLGQKQPTWVPDSEAPNCMNCQVKFTFTKRRHHCR ACGKVFCGVCCNRKCKLQYLEKEARVCVVCYETISKAQAFERMMSPTGSNLKSNHSDECTTVQPPQENQT SSIPSPATLPVSALKQPGVEGLCSKEQKRVWFADGILPNGEVADTTKLSSGSKRCSEDFSPLSPDVPMTV NTVDHSHSTTVEKPNNETGDITRNEIIQSPISQVPSVEKLSMNTGNEGLPTSGSFTLDDDVFAETEEPSS PTGVLVNSNLPIASISDYRLLCDINKYVCNKISLLPNDEDSLPPLLVASGEKGSVPVVEEHPSHEQIILL LEGESFHPVTFVLNANLLVNVKFIFYSSDKYWYFSTNGLHGLGQAEIIILLLCLPNEDTIPKDIFRLFIT IYKDALKGKYIENLDNITFTESFLSSKDHGGFLFITPTFQKLDDLSLPSNPFLCGILIQKLEIPWAKVFP MRLMLRLGAEYKAYPAPLTSIRGRKPLFGEIGHTIMNLLVDLRNYQYTLHNIDQLLIHMEMGKSCIKIPR KKYSDVMKVLNSSNEHVISIGASFSTEADSHLVCIQNDGIYETQANSATGHPRKVTGASFVVFNGALKTS SGFLAKSSIVEDGLMVQITPETMNGLRLALREQKDFKITCGKVDAVDLREYVDICWVDAEEKGNKGVISS VDGISLQGFPSEKIKLEADFETDEKIVKCTEVFYFLKDQDLSILSTSYQFAKEIAMACSAALCPHLKTLK SNGMNKIGLRVSIDTDMVEFQAGSEGQLLPQHYLNDLDSALIPVIHGGTSNSSLPLEIELVFFIIEHLF ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 ASP . 1 3 SER . 1 4 TYR . 1 5 PHE . 1 6 LYS . 1 7 ALA . 1 8 ALA . 1 9 VAL . 1 10 SER . 1 11 ASP . 1 12 LEU . 1 13 ASP . 1 14 LYS . 1 15 LEU . 1 16 LEU . 1 17 ASP . 1 18 ASP . 1 19 PHE . 1 20 GLU . 1 21 GLN . 1 22 ASN . 1 23 PRO . 1 24 ASP . 1 25 GLU . 1 26 GLN . 1 27 ASP . 1 28 TYR . 1 29 LEU . 1 30 GLN . 1 31 ASP . 1 32 VAL . 1 33 GLN . 1 34 ASN . 1 35 ALA . 1 36 TYR . 1 37 ASP . 1 38 SER . 1 39 ASN . 1 40 HIS . 1 41 CYS . 1 42 SER . 1 43 VAL . 1 44 SER . 1 45 SER . 1 46 GLU . 1 47 LEU . 1 48 ALA . 1 49 SER . 1 50 SER . 1 51 GLN . 1 52 ARG . 1 53 THR . 1 54 SER . 1 55 LEU . 1 56 LEU . 1 57 PRO . 1 58 LYS . 1 59 ASP . 1 60 GLN . 1 61 GLU . 1 62 CYS . 1 63 VAL . 1 64 ASN . 1 65 SER . 1 66 CYS . 1 67 ALA . 1 68 SER . 1 69 SER . 1 70 GLU . 1 71 THR . 1 72 SER . 1 73 TYR . 1 74 GLY . 1 75 THR . 1 76 ASN . 1 77 GLU . 1 78 SER . 1 79 SER . 1 80 LEU . 1 81 ASN . 1 82 GLU . 1 83 LYS . 1 84 THR . 1 85 LEU . 1 86 LYS . 1 87 GLY . 1 88 LEU . 1 89 THR . 1 90 SER . 1 91 ILE . 1 92 GLN . 1 93 ASN . 1 94 GLU . 1 95 LYS . 1 96 ASN . 1 97 VAL . 1 98 THR . 1 99 GLY . 1 100 LEU . 1 101 ASP . 1 102 LEU . 1 103 LEU . 1 104 SER . 1 105 SER . 1 106 VAL . 1 107 ASP . 1 108 GLY . 1 109 GLY . 1 110 THR . 1 111 SER . 1 112 ASP . 1 113 GLU . 1 114 ILE . 1 115 GLN . 1 116 PRO . 1 117 LEU . 1 118 TYR . 1 119 MET . 1 120 GLY . 1 121 ARG . 1 122 CYS . 1 123 SER . 1 124 LYS . 1 125 PRO . 1 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A 1 1511 LEU 1511 ? ? ? A . A 1 1512 ILE 1512 ? ? ? A . A 1 1513 PRO 1513 ? ? ? A . A 1 1514 VAL 1514 ? ? ? A . A 1 1515 ILE 1515 ? ? ? A . A 1 1516 HIS 1516 ? ? ? A . A 1 1517 GLY 1517 ? ? ? A . A 1 1518 GLY 1518 ? ? ? A . A 1 1519 THR 1519 ? ? ? A . A 1 1520 SER 1520 ? ? ? A . A 1 1521 ASN 1521 ? ? ? A . A 1 1522 SER 1522 ? ? ? A . A 1 1523 SER 1523 ? ? ? A . A 1 1524 LEU 1524 ? ? ? A . A 1 1525 PRO 1525 ? ? ? A . A 1 1526 LEU 1526 ? ? ? A . A 1 1527 GLU 1527 ? ? ? A . A 1 1528 ILE 1528 ? ? ? A . A 1 1529 GLU 1529 ? ? ? A . A 1 1530 LEU 1530 ? ? ? A . A 1 1531 VAL 1531 ? ? ? A . A 1 1532 PHE 1532 ? ? ? A . A 1 1533 PHE 1533 ? ? ? A . A 1 1534 ILE 1534 ? ? ? A . A 1 1535 ILE 1535 ? ? ? A . A 1 1536 GLU 1536 ? ? ? A . A 1 1537 HIS 1537 ? ? ? A . A 1 1538 LEU 1538 ? ? ? A . A 1 1539 PHE 1539 ? ? ? A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'RUN and FYVE domain-containing protein 1 {PDB ID=2yqm, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=2yqm.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by BLAST to 2yqm, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 3' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-27 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-22 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GSSGSSGIKEVNQALKGHAWLKDDEATHCRQCEKEFSISRRKHHCRNCGHIFCNTCSSNELALPSYPKPV RVCDSCHTLLLQRCSSTAS ; ;GSSGSSGIKEVNQALKGHAWLKDDEATHCRQCEKEFSISRRKHHCRNCGHIFCNTCSSNELALPSYPKPV RVCDSCHTLLLQRCSSTAS ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 16 77 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 2yqm 2024-05-29 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1539 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1539 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'BLAST e-value' . 1.1e-08 38.710 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MDSYFKAAVSDLDKLLDDFEQNPDEQDYLQDVQNAYDSNHCSVSSELASSQRTSLLPKDQECVNSCASSETSYGTNESSLNEKTLKGLTSIQNEKNVTGLDLLSSVDGGTSDEIQPLYMGRCSKPICDLISDMGNLVHATNSEEDIKKLLPDDFKSNADSLIGLDLSSVSDTPCVSSTDHDSDTVREQQNDISSELQNREIGGIKELGIKVDTTLSDSYNYSGTENLKDKKIFNQLESIVDFNMSSALTRQSSKMFHAKDKLQHKSQPCGLLKDVGLVKEEVDVAVITAAECLKEEGKTSALTCSLPKNEDLCLNDSNSRDENFKLPDFSFQEDKTVIKQSAQEDSKSLDLKDNDVIQDSSSALHVSSKDVPSSLSCLPASGSMCGSLIESKARGDFLPQHEHKDNIQDAVTIHEEIQNSVVLGGEPFKENDLLKQEKCKSILLQSLIEGMEDRKIDPDQTVIRAESLDGGDTSSTVVESQEGLSGTHVPESSDCCEGFINTFSSNDMDGQDLDYFNIDEGAKSGPLISDAELDAFLTEQYLQTTNIKSFEENVNDSKSQMNQIDMKGLDDGNINNIYFNAEAGAIGESHGINIICEIVDKQNTIENGLSLGEKSTIPVQQGLPTSKSEITNQLSVSDINSQSVGGARPKQLFSLPSRTRSSKDLNKPDVPDTIESEPSTADTVVPITCAIDSTADPQVSFNSNYIDIESNSEGGSSFVTANEDSVPENTCKEGLVLGQKQPTWVPDSEAPNCMNCQVKFTFTKRRHHCRACGKVFCGVCCNRKCKLQYLEKEARVCVVCYETISKAQAFERMMSPTGSNLKSNHSDECTTVQPPQENQTSSIPSPATLPVSALKQPGVEGLCSKEQKRVWFADGILPNGEVADTTKLSSGSKRCSEDFSPLSPDVPMTVNTVDHSHSTTVEKPNNETGDITRNEIIQSPISQVPSVEKLSMNTGNEGLPTSGSFTLDDDVFAETEEPSSPTGVLVNSNLPIASISDYRLLCDINKYVCNKISLLPNDEDSLPPLLVASGEKGSVPVVEEHPSHEQIILLLEGESFHPVTFVLNANLLVNVKFIFYSSDKYWYFSTNGLHGLGQAEIIILLLCLPNEDTIPKDIFRLFITIYKDALKGKYIENLDNITFTESFLSSKDHGGFLFITPTFQKLDDLSLPSNPFLCGILIQKLEIPWAKVFPMRLMLRLGAEYKAYPAPLTSIRGRKPLFGEIGHTIMNLLVDLRNYQYTLHNIDQLLIHMEMGKSCIKIPRKKYSDVMKVLNSSNEHVISIGASFSTEADSHLVCIQNDGIYETQANSATGHPRKVTGASFVVFNGALKTSSGFLAKSSIVEDGLMVQITPETMNGLRLALREQKDFKITCGKVDAVDLREYVDICWVDAEEKGNKGVISSVDGISLQGFPSEKIKLEADFETDEKIVKCTEVFYFLKDQDLSILSTSYQFAKEIAMACSAALCPHLKTLKSNGMNKIGLRVSIDTDMVEFQAGSEGQLLPQHYLNDLDSALIPVIHGGTSNSSLPLEIELVFFIIEHLF 2 1 2 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------KGHAWLKDDEATHCRQCEKEFSISRRKHHCRNCGHIFCNTCSSNELALPSYPKPVRVCDSCH------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 2yqm.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 3' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . LYS 740 740 ? A 11.299 0.662 31.647 1 1 A LYS 0.180 1 ATOM 2 C CA . LYS 740 740 ? A 10.952 2.137 31.663 1 1 A LYS 0.180 1 ATOM 3 C C . LYS 740 740 ? A 10.698 2.574 30.229 1 1 A LYS 0.180 1 ATOM 4 O O . LYS 740 740 ? A 11.276 1.949 29.349 1 1 A LYS 0.180 1 ATOM 5 C CB . LYS 740 740 ? A 12.118 2.966 32.310 1 1 A LYS 0.180 1 ATOM 6 C CG . LYS 740 740 ? A 11.672 4.070 33.296 1 1 A LYS 0.180 1 ATOM 7 C CD . LYS 740 740 ? A 12.397 4.023 34.665 1 1 A LYS 0.180 1 ATOM 8 C CE . LYS 740 740 ? A 12.005 2.814 35.536 1 1 A LYS 0.180 1 ATOM 9 N NZ . LYS 740 740 ? A 12.477 2.963 36.936 1 1 A LYS 0.180 1 ATOM 10 N N . GLN 741 741 ? A 9.872 3.607 29.936 1 1 A GLN 0.220 1 ATOM 11 C CA . GLN 741 741 ? A 9.696 4.104 28.573 1 1 A GLN 0.220 1 ATOM 12 C C . GLN 741 741 ? A 10.233 5.527 28.406 1 1 A GLN 0.220 1 ATOM 13 O O . GLN 741 741 ? A 9.530 6.481 28.710 1 1 A GLN 0.220 1 ATOM 14 C CB . GLN 741 741 ? A 8.177 4.095 28.220 1 1 A GLN 0.220 1 ATOM 15 C CG . GLN 741 741 ? A 7.803 4.600 26.803 1 1 A GLN 0.220 1 ATOM 16 C CD . GLN 741 741 ? A 8.415 3.693 25.740 1 1 A GLN 0.220 1 ATOM 17 O OE1 . GLN 741 741 ? A 8.084 2.517 25.662 1 1 A GLN 0.220 1 ATOM 18 N NE2 . GLN 741 741 ? A 9.339 4.223 24.905 1 1 A GLN 0.220 1 ATOM 19 N N . PRO 742 742 ? A 11.458 5.712 27.898 1 1 A PRO 0.220 1 ATOM 20 C CA . PRO 742 742 ? A 11.878 7.030 27.443 1 1 A PRO 0.220 1 ATOM 21 C C . PRO 742 742 ? A 12.507 6.999 26.043 1 1 A PRO 0.220 1 ATOM 22 O O . PRO 742 742 ? A 13.686 6.676 25.911 1 1 A PRO 0.220 1 ATOM 23 C CB . PRO 742 742 ? A 12.961 7.403 28.474 1 1 A PRO 0.220 1 ATOM 24 C CG . PRO 742 742 ? A 13.640 6.070 28.850 1 1 A PRO 0.220 1 ATOM 25 C CD . PRO 742 742 ? A 12.625 4.987 28.433 1 1 A PRO 0.220 1 ATOM 26 N N . THR 743 743 ? A 11.794 7.410 24.973 1 1 A THR 0.240 1 ATOM 27 C CA . THR 743 743 ? A 12.373 7.466 23.628 1 1 A THR 0.240 1 ATOM 28 C C . THR 743 743 ? A 11.675 8.619 22.942 1 1 A THR 0.240 1 ATOM 29 O O . THR 743 743 ? A 10.448 8.668 22.959 1 1 A THR 0.240 1 ATOM 30 C CB . THR 743 743 ? A 12.154 6.200 22.780 1 1 A THR 0.240 1 ATOM 31 O OG1 . THR 743 743 ? A 12.783 5.076 23.372 1 1 A THR 0.240 1 ATOM 32 C CG2 . THR 743 743 ? A 12.765 6.303 21.374 1 1 A THR 0.240 1 ATOM 33 N N . TRP 744 744 ? A 12.404 9.589 22.341 1 1 A TRP 0.120 1 ATOM 34 C CA . TRP 744 744 ? A 11.857 10.714 21.581 1 1 A TRP 0.120 1 ATOM 35 C C . TRP 744 744 ? A 11.022 10.306 20.374 1 1 A TRP 0.120 1 ATOM 36 O O . TRP 744 744 ? A 11.546 9.798 19.372 1 1 A TRP 0.120 1 ATOM 37 C CB . TRP 744 744 ? A 12.983 11.683 21.103 1 1 A TRP 0.120 1 ATOM 38 C CG . TRP 744 744 ? A 13.906 12.183 22.209 1 1 A TRP 0.120 1 ATOM 39 C CD1 . TRP 744 744 ? A 15.052 11.606 22.687 1 1 A TRP 0.120 1 ATOM 40 C CD2 . TRP 744 744 ? A 13.714 13.389 22.974 1 1 A TRP 0.120 1 ATOM 41 N NE1 . TRP 744 744 ? A 15.572 12.354 23.721 1 1 A TRP 0.120 1 ATOM 42 C CE2 . TRP 744 744 ? A 14.771 13.458 23.909 1 1 A TRP 0.120 1 ATOM 43 C CE3 . TRP 744 744 ? A 12.739 14.382 22.920 1 1 A TRP 0.120 1 ATOM 44 C CZ2 . TRP 744 744 ? A 14.866 14.519 24.803 1 1 A TRP 0.120 1 ATOM 45 C CZ3 . TRP 744 744 ? A 12.839 15.453 23.820 1 1 A TRP 0.120 1 ATOM 46 C CH2 . TRP 744 744 ? A 13.887 15.522 24.748 1 1 A TRP 0.120 1 ATOM 47 N N . VAL 745 745 ? A 9.702 10.511 20.430 1 1 A VAL 0.200 1 ATOM 48 C CA . VAL 745 745 ? A 8.789 10.081 19.394 1 1 A VAL 0.200 1 ATOM 49 C C . VAL 745 745 ? A 7.734 11.131 19.191 1 1 A VAL 0.200 1 ATOM 50 O O . VAL 745 745 ? A 7.015 11.504 20.125 1 1 A VAL 0.200 1 ATOM 51 C CB . VAL 745 745 ? A 8.182 8.703 19.690 1 1 A VAL 0.200 1 ATOM 52 C CG1 . VAL 745 745 ? A 7.347 8.665 20.997 1 1 A VAL 0.200 1 ATOM 53 C CG2 . VAL 745 745 ? A 7.415 8.184 18.451 1 1 A VAL 0.200 1 ATOM 54 N N . PRO 746 746 ? A 7.619 11.662 17.986 1 1 A PRO 0.390 1 ATOM 55 C CA . PRO 746 746 ? A 6.401 12.375 17.654 1 1 A PRO 0.390 1 ATOM 56 C C . PRO 746 746 ? A 5.797 12.059 16.289 1 1 A PRO 0.390 1 ATOM 57 O O . PRO 746 746 ? A 6.511 12.222 15.284 1 1 A PRO 0.390 1 ATOM 58 C CB . PRO 746 746 ? A 6.874 13.840 17.647 1 1 A PRO 0.390 1 ATOM 59 C CG . PRO 746 746 ? A 8.345 13.792 17.167 1 1 A PRO 0.390 1 ATOM 60 C CD . PRO 746 746 ? A 8.774 12.326 17.349 1 1 A PRO 0.390 1 ATOM 61 N N . ASP 747 747 ? A 4.488 11.753 16.167 1 1 A ASP 0.370 1 ATOM 62 C CA . ASP 747 747 ? A 3.836 11.492 14.888 1 1 A ASP 0.370 1 ATOM 63 C C . ASP 747 747 ? A 2.667 12.442 14.605 1 1 A ASP 0.370 1 ATOM 64 O O . ASP 747 747 ? A 1.515 12.155 14.927 1 1 A ASP 0.370 1 ATOM 65 C CB . ASP 747 747 ? A 3.332 10.028 14.744 1 1 A ASP 0.370 1 ATOM 66 C CG . ASP 747 747 ? A 4.479 9.047 14.890 1 1 A ASP 0.370 1 ATOM 67 O OD1 . ASP 747 747 ? A 5.451 9.170 14.106 1 1 A ASP 0.370 1 ATOM 68 O OD2 . ASP 747 747 ? A 4.404 8.161 15.772 1 1 A ASP 0.370 1 ATOM 69 N N . SER 748 748 ? A 2.922 13.605 13.955 1 1 A SER 0.460 1 ATOM 70 C CA . SER 748 748 ? A 1.882 14.607 13.675 1 1 A SER 0.460 1 ATOM 71 C C . SER 748 748 ? 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A -2.739 1.415 -4.055 1 1 A ARG 0.630 1 ATOM 450 C CD . ARG 795 795 ? A -1.440 1.933 -4.700 1 1 A ARG 0.630 1 ATOM 451 N NE . ARG 795 795 ? A -1.335 1.389 -6.113 1 1 A ARG 0.630 1 ATOM 452 C CZ . ARG 795 795 ? A -0.942 0.143 -6.413 1 1 A ARG 0.630 1 ATOM 453 N NH1 . ARG 795 795 ? A -0.699 -0.762 -5.479 1 1 A ARG 0.630 1 ATOM 454 N NH2 . ARG 795 795 ? A -0.725 -0.192 -7.688 1 1 A ARG 0.630 1 ATOM 455 N N . VAL 796 796 ? A -5.629 0.304 -2.017 1 1 A VAL 0.700 1 ATOM 456 C CA . VAL 796 796 ? A -5.998 0.191 -0.630 1 1 A VAL 0.700 1 ATOM 457 C C . VAL 796 796 ? A -4.790 -0.334 0.100 1 1 A VAL 0.700 1 ATOM 458 O O . VAL 796 796 ? A -3.789 -0.742 -0.488 1 1 A VAL 0.700 1 ATOM 459 C CB . VAL 796 796 ? A -7.212 -0.718 -0.353 1 1 A VAL 0.700 1 ATOM 460 C CG1 . VAL 796 796 ? A -8.479 -0.046 -0.924 1 1 A VAL 0.700 1 ATOM 461 C CG2 . VAL 796 796 ? A -7.018 -2.147 -0.915 1 1 A VAL 0.700 1 ATOM 462 N N . CYS 797 797 ? A -4.865 -0.287 1.435 1 1 A CYS 0.760 1 ATOM 463 C CA . CYS 797 797 ? 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'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. 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