data_SMR-50407a5ab4b53aaa7182e8e69f0bdb26_4 _entry.id SMR-50407a5ab4b53aaa7182e8e69f0bdb26_4 _struct.entry_id SMR-50407a5ab4b53aaa7182e8e69f0bdb26_4 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q9UGL1/ KDM5B_HUMAN, Lysine-specific demethylase 5B Estimated model accuracy of this model is 0.025, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q9UGL1' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 203696.031 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP KDM5B_HUMAN Q9UGL1 1 ;MEAATTLHPGPRPALPLGGPGPLGEFLPPPECPVFEPSWEEFADPFAFIHKIRPIAEQTGICKVRPPPDW QPPFACDVDKLHFTPRIQRLNELEAQTRVKLNFLDQIAKYWELQGSTLKIPHVERKILDLFQLNKLVAEE GGFAVVCKDRKWTKIATKMGFAPGKAVGSHIRGHYERILNPYNLFLSGDSLRCLQKPNLTTDTKDKEYKP HDIPQRQSVQPSETCPPARRAKRMRAEAMNIKIEPEETTEARTHNLRRRMGCPTPKCENEKEMKSSIKQE PIERKDYIVENEKEKPKSRSKKATNAVDLYVCLLCGSGNDEDRLLLCDGCDDSYHTFCLIPPLHDVPKGD WRCPKCLAQECSKPQEAFGFEQAARDYTLRTFGEMADAFKSDYFNMPVHMVPTELVEKEFWRLVSTIEED VTVEYGADIASKEFGSGFPVRDGKIKLSPEEEEYLDSGWNLNNMPVMEQSVLAHITADICGMKLPWLYVG MCFSSFCWHIEDHWSYSINYLHWGEPKTWYGVPGYAAEQLENVMKKLAPELFVSQPDLLHQLVTIMNPNT LMTHEVPVYRTNQCAGEFVITFPRAYHSGFNQGFNFAEAVNFCTVDWLPLGRQCVEHYRLLHRYCVFSHD EMICKMASKADVLDVVVASTVQKDMAIMIEDEKALRETVRKLGVIDSERMDFELLPDDERQCVKCKTTCF MSAISCSCKPGLLVCLHHVKELCSCPPYKYKLRYRYTLDDLYPMMNALKLRAESYNEWALNVNEALEAKI NKKKSLVSFKALIEESEMKKFPDNDLLRHLRLVTQDAEKCASVAQQLLNGKRQTRYRSGGGKSQNQLTVN ELRQFVTQLYALPCVLSQTPLLKDLLNRVEDFQQHSQKLLSEETPSAAELQDLLDVSFEFDVELPQLAEM RIRLEQARWLEEVQQACLDPSSLTLDDMRRLIDLGVGLAPYSAVEKAMARLQELLTVSEHWDDKAKSLLK ARPRHSLNSLATAVKEIEEIPAYLPNGAALKDSVQRARDWLQDVEGLQAGGRVPVLDTLIELVTRGRSIP VHLNSLPRLETLVAEVQAWKECAVNTFLTENSPYSLLEVLCPRCDIGLLGLKRKQRKLKEPLPNGKKKST KLESLSDLERALTESKETASAMATLGEARLREMEALQSLRLANEGKLLSPLQDVDIKICLCQKAPAAPMI QCELCRDAFHTSCVAVPSISQGLRIWLCPHCRRSEKPPLEKILPLLASLQRIRVRLPEGDALRYMIERTV NWQHRAQQLLSSGNLKFVQDRVGSGLLYSRWQASAGQVSDTNKVSQPPGTTSFSLPDDWDNRTSYLHSPF STGRSCIPLHGVSPEVNELLMEAQLLQVSLPEIQELYQTLLAKPSPAQQTDRSSPVRPSSEKNDCCRGKR DGINSLERKLKRRLEREGLSSERWERVKKMRTPKKKKIKLSHPKDMNNFKLERERSYELVRSAETHSLPS DTSYSEQEDSEDEDAICPAVSCLQPEGDEVDWVQCDGSCNQWFHQVCVGVSPEMAEKEDYICVRCTVKDA PSRK ; 'Lysine-specific demethylase 5B' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1544 1 1544 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . KDM5B_HUMAN Q9UGL1 . 1 1544 9606 'Homo sapiens (Human)' 2010-05-18 70A0738D9A709F61 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no B ;MEAATTLHPGPRPALPLGGPGPLGEFLPPPECPVFEPSWEEFADPFAFIHKIRPIAEQTGICKVRPPPDW QPPFACDVDKLHFTPRIQRLNELEAQTRVKLNFLDQIAKYWELQGSTLKIPHVERKILDLFQLNKLVAEE GGFAVVCKDRKWTKIATKMGFAPGKAVGSHIRGHYERILNPYNLFLSGDSLRCLQKPNLTTDTKDKEYKP HDIPQRQSVQPSETCPPARRAKRMRAEAMNIKIEPEETTEARTHNLRRRMGCPTPKCENEKEMKSSIKQE PIERKDYIVENEKEKPKSRSKKATNAVDLYVCLLCGSGNDEDRLLLCDGCDDSYHTFCLIPPLHDVPKGD WRCPKCLAQECSKPQEAFGFEQAARDYTLRTFGEMADAFKSDYFNMPVHMVPTELVEKEFWRLVSTIEED VTVEYGADIASKEFGSGFPVRDGKIKLSPEEEEYLDSGWNLNNMPVMEQSVLAHITADICGMKLPWLYVG MCFSSFCWHIEDHWSYSINYLHWGEPKTWYGVPGYAAEQLENVMKKLAPELFVSQPDLLHQLVTIMNPNT LMTHEVPVYRTNQCAGEFVITFPRAYHSGFNQGFNFAEAVNFCTVDWLPLGRQCVEHYRLLHRYCVFSHD EMICKMASKADVLDVVVASTVQKDMAIMIEDEKALRETVRKLGVIDSERMDFELLPDDERQCVKCKTTCF MSAISCSCKPGLLVCLHHVKELCSCPPYKYKLRYRYTLDDLYPMMNALKLRAESYNEWALNVNEALEAKI NKKKSLVSFKALIEESEMKKFPDNDLLRHLRLVTQDAEKCASVAQQLLNGKRQTRYRSGGGKSQNQLTVN ELRQFVTQLYALPCVLSQTPLLKDLLNRVEDFQQHSQKLLSEETPSAAELQDLLDVSFEFDVELPQLAEM RIRLEQARWLEEVQQACLDPSSLTLDDMRRLIDLGVGLAPYSAVEKAMARLQELLTVSEHWDDKAKSLLK ARPRHSLNSLATAVKEIEEIPAYLPNGAALKDSVQRARDWLQDVEGLQAGGRVPVLDTLIELVTRGRSIP VHLNSLPRLETLVAEVQAWKECAVNTFLTENSPYSLLEVLCPRCDIGLLGLKRKQRKLKEPLPNGKKKST KLESLSDLERALTESKETASAMATLGEARLREMEALQSLRLANEGKLLSPLQDVDIKICLCQKAPAAPMI QCELCRDAFHTSCVAVPSISQGLRIWLCPHCRRSEKPPLEKILPLLASLQRIRVRLPEGDALRYMIERTV NWQHRAQQLLSSGNLKFVQDRVGSGLLYSRWQASAGQVSDTNKVSQPPGTTSFSLPDDWDNRTSYLHSPF STGRSCIPLHGVSPEVNELLMEAQLLQVSLPEIQELYQTLLAKPSPAQQTDRSSPVRPSSEKNDCCRGKR DGINSLERKLKRRLEREGLSSERWERVKKMRTPKKKKIKLSHPKDMNNFKLERERSYELVRSAETHSLPS DTSYSEQEDSEDEDAICPAVSCLQPEGDEVDWVQCDGSCNQWFHQVCVGVSPEMAEKEDYICVRCTVKDA PSRK ; ;MEAATTLHPGPRPALPLGGPGPLGEFLPPPECPVFEPSWEEFADPFAFIHKIRPIAEQTGICKVRPPPDW QPPFACDVDKLHFTPRIQRLNELEAQTRVKLNFLDQIAKYWELQGSTLKIPHVERKILDLFQLNKLVAEE GGFAVVCKDRKWTKIATKMGFAPGKAVGSHIRGHYERILNPYNLFLSGDSLRCLQKPNLTTDTKDKEYKP HDIPQRQSVQPSETCPPARRAKRMRAEAMNIKIEPEETTEARTHNLRRRMGCPTPKCENEKEMKSSIKQE PIERKDYIVENEKEKPKSRSKKATNAVDLYVCLLCGSGNDEDRLLLCDGCDDSYHTFCLIPPLHDVPKGD WRCPKCLAQECSKPQEAFGFEQAARDYTLRTFGEMADAFKSDYFNMPVHMVPTELVEKEFWRLVSTIEED VTVEYGADIASKEFGSGFPVRDGKIKLSPEEEEYLDSGWNLNNMPVMEQSVLAHITADICGMKLPWLYVG MCFSSFCWHIEDHWSYSINYLHWGEPKTWYGVPGYAAEQLENVMKKLAPELFVSQPDLLHQLVTIMNPNT LMTHEVPVYRTNQCAGEFVITFPRAYHSGFNQGFNFAEAVNFCTVDWLPLGRQCVEHYRLLHRYCVFSHD EMICKMASKADVLDVVVASTVQKDMAIMIEDEKALRETVRKLGVIDSERMDFELLPDDERQCVKCKTTCF MSAISCSCKPGLLVCLHHVKELCSCPPYKYKLRYRYTLDDLYPMMNALKLRAESYNEWALNVNEALEAKI NKKKSLVSFKALIEESEMKKFPDNDLLRHLRLVTQDAEKCASVAQQLLNGKRQTRYRSGGGKSQNQLTVN ELRQFVTQLYALPCVLSQTPLLKDLLNRVEDFQQHSQKLLSEETPSAAELQDLLDVSFEFDVELPQLAEM RIRLEQARWLEEVQQACLDPSSLTLDDMRRLIDLGVGLAPYSAVEKAMARLQELLTVSEHWDDKAKSLLK ARPRHSLNSLATAVKEIEEIPAYLPNGAALKDSVQRARDWLQDVEGLQAGGRVPVLDTLIELVTRGRSIP VHLNSLPRLETLVAEVQAWKECAVNTFLTENSPYSLLEVLCPRCDIGLLGLKRKQRKLKEPLPNGKKKST KLESLSDLERALTESKETASAMATLGEARLREMEALQSLRLANEGKLLSPLQDVDIKICLCQKAPAAPMI QCELCRDAFHTSCVAVPSISQGLRIWLCPHCRRSEKPPLEKILPLLASLQRIRVRLPEGDALRYMIERTV NWQHRAQQLLSSGNLKFVQDRVGSGLLYSRWQASAGQVSDTNKVSQPPGTTSFSLPDDWDNRTSYLHSPF STGRSCIPLHGVSPEVNELLMEAQLLQVSLPEIQELYQTLLAKPSPAQQTDRSSPVRPSSEKNDCCRGKR DGINSLERKLKRRLEREGLSSERWERVKKMRTPKKKKIKLSHPKDMNNFKLERERSYELVRSAETHSLPS DTSYSEQEDSEDEDAICPAVSCLQPEGDEVDWVQCDGSCNQWFHQVCVGVSPEMAEKEDYICVRCTVKDA PSRK ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 GLU . 1 3 ALA . 1 4 ALA . 1 5 THR . 1 6 THR . 1 7 LEU . 1 8 HIS . 1 9 PRO . 1 10 GLY . 1 11 PRO . 1 12 ARG . 1 13 PRO . 1 14 ALA . 1 15 LEU . 1 16 PRO . 1 17 LEU . 1 18 GLY . 1 19 GLY . 1 20 PRO . 1 21 GLY . 1 22 PRO . 1 23 LEU . 1 24 GLY . 1 25 GLU . 1 26 PHE . 1 27 LEU . 1 28 PRO . 1 29 PRO . 1 30 PRO 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A 1 1507 GLY 1507 ? ? ? B . A 1 1508 SER 1508 ? ? ? B . A 1 1509 CYS 1509 ? ? ? B . A 1 1510 ASN 1510 ? ? ? B . A 1 1511 GLN 1511 ? ? ? B . A 1 1512 TRP 1512 ? ? ? B . A 1 1513 PHE 1513 ? ? ? B . A 1 1514 HIS 1514 ? ? ? B . A 1 1515 GLN 1515 ? ? ? B . A 1 1516 VAL 1516 ? ? ? B . A 1 1517 CYS 1517 ? ? ? B . A 1 1518 VAL 1518 ? ? ? B . A 1 1519 GLY 1519 ? ? ? B . A 1 1520 VAL 1520 ? ? ? B . A 1 1521 SER 1521 ? ? ? B . A 1 1522 PRO 1522 ? ? ? B . A 1 1523 GLU 1523 ? ? ? B . A 1 1524 MET 1524 ? ? ? B . A 1 1525 ALA 1525 ? ? ? B . A 1 1526 GLU 1526 ? ? ? B . A 1 1527 LYS 1527 ? ? ? B . A 1 1528 GLU 1528 ? ? ? B . A 1 1529 ASP 1529 ? ? ? B . A 1 1530 TYR 1530 ? ? ? B . A 1 1531 ILE 1531 ? ? ? B . A 1 1532 CYS 1532 ? ? ? B . A 1 1533 VAL 1533 ? ? ? B . A 1 1534 ARG 1534 ? ? ? B . A 1 1535 CYS 1535 ? ? ? B . A 1 1536 THR 1536 ? ? ? B . A 1 1537 VAL 1537 ? ? ? B . A 1 1538 LYS 1538 ? ? ? B . A 1 1539 ASP 1539 ? ? ? B . A 1 1540 ALA 1540 ? ? ? B . A 1 1541 PRO 1541 ? ? ? B . A 1 1542 SER 1542 ? ? ? B . A 1 1543 ARG 1543 ? ? ? B . A 1 1544 LYS 1544 ? ? ? B . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Design construct XXA_GVDQ {PDB ID=6nz1, label_asym_id=B, auth_asym_id=B, SMTL ID=6nz1.1.B}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 6nz1, label_asym_id=B' 'target-template alignment' . 4 'model 4' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-27 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-22 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A B 1 1 B # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GSHMGTEDLKYSLERLREILERLEENPSEKQIVEAIRAIVENNAQIVEAIRAIVENNAQIVEILRAIIEA LEAIGVDQKILEEMKKLLKDLKRSLERG ; ;GSHMGTEDLKYSLERLREILERLEENPSEKQIVEAIRAIVENNAQIVEAIRAIVENNAQIVEILRAIIEA LEAIGVDQKILEEMKKLLKDLKRSLERG ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 10 90 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 6nz1 2024-04-03 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1544 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1544 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 13.000 12.346 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MEAATTLHPGPRPALPLGGPGPLGEFLPPPECPVFEPSWEEFADPFAFIHKIRPIAEQTGICKVRPPPDWQPPFACDVDKLHFTPRIQRLNELEAQTRVKLNFLDQIAKYWELQGSTLKIPHVERKILDLFQLNKLVAEEGGFAVVCKDRKWTKIATKMGFAPGKAVGSHIRGHYERILNPYNLFLSGDSLRCLQKPNLTTDTKDKEYKPHDIPQRQSVQPSETCPPARRAKRMRAEAMNIKIEPEETTEARTHNLRRRMGCPTPKCENEKEMKSSIKQEPIERKDYIVENEKEKPKSRSKKATNAVDLYVCLLCGSGNDEDRLLLCDGCDDSYHTFCLIPPLHDVPKGDWRCPKCLAQECSKPQEAFGFEQAARDYTLRTFGEMADAFKSDYFNMPVHMVPTELVEKEFWRLVSTIEEDVTVEYGADIASKEFGSGFPVRDGKIKLSPEEEEYLDSGWNLNNMPVMEQSVLAHITADICGMKLPWLYVGMCFSSFCWHIEDHWSYSINYLHWGEPKTWYGVPGYAAEQLENVMKKLAPELFVSQPDLLHQLVTIMNPNTLMTHEVPVYRTNQCAGEFVITFPRAYHSGFNQGFNFAEAVNFCTVDWLPLGRQCVEHYRLLHRYCVFSHDEMICKMASKADVLDVVVASTVQKDMAIMIEDEKALRETVRKLGVIDSERMDFELLPDDERQCVKCKTTCFMSAISCSCKPGLLVCLHHVKELCSCPPYKYKLRYRYTLDDLYPMMNALKLRAESYNEWALNVNEALEAKINKKKSLVSFKALIEESEMKKFPDNDLLRHLRLVTQDAEKCASVAQQLLNGKRQTRYRSGGGKSQNQLTVNELRQFVTQLYALPCVLSQTPLLKDLLNRVEDFQQHSQKLLSEETPSAAELQDLLDVSFEFDVELPQLAEMRIRLEQARWLEEVQQACLDPSSLTLDDMRRLIDLGVGLAPYSAVEKAMARLQELLTVSEHWDDKAKSLLKARPRHSLNSLATAVKEIEEIPAYLPNGAALKDSVQRARDWLQDVEGLQAGGRVPVLDTLIELVTRGRSIPVHLNSLPRLETLVAEVQAWKECAVNTFLTENSPYSLLEVLCPRCDIGLLGLKRKQRKLKEPLPNGKKKSTKLESLSDLERALTESKETASAMATLGEARLREMEALQSLRLANEGKLLSPLQDVDIKICLCQKAPAAPMIQCELCRDAFHTSCVAVPSISQGLRIWLCPHCRRSEKPPLEKILPLLASLQRIRVRLPEGDALRYMIERTVNWQHRAQQLLSSGNLKFVQDRVGSGLLYSRWQASAGQVSDTNKVSQPPGTTSFSLPDDWDNRTSYLHSPFSTGRSCIPLHGVSPEVNELLMEAQLLQVSLPEIQELYQTLLAKPSPAQQTDRSSPVRPSSEKNDCCRGKRDGINSLERKLKRRLEREGLSSERWERVKKMRTPKKKKIKLSHPKDMNNFKLERERSYELVRSAETHSLPSDTSYSEQEDSEDEDAICPAVSCLQPEGDEVDWVQCDGSCNQWFHQVCVGVSPEMAEKEDYICVRCTVKDAPSRK 2 1 2 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------KYSLERLREILERLEENPSEKQIVEAIRAIVENNAQIVEAIRAIVENNAQIVEILRAIIEALEAIGVDQKILEEMKKLLKD---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 6nz1.1, oligomeric state (monomer) as predicted' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 4' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . GLN 836 836 ? A 22.317 35.388 51.435 1 1 B GLN 0.320 1 ATOM 2 C CA . GLN 836 836 ? A 21.279 34.617 50.648 1 1 B GLN 0.320 1 ATOM 3 C C . GLN 836 836 ? A 20.604 35.420 49.551 1 1 B GLN 0.320 1 ATOM 4 O O . GLN 836 836 ? A 20.497 34.936 48.434 1 1 B GLN 0.320 1 ATOM 5 C CB . GLN 836 836 ? A 20.192 34.017 51.594 1 1 B GLN 0.320 1 ATOM 6 C CG . GLN 836 836 ? A 19.177 33.053 50.903 1 1 B GLN 0.320 1 ATOM 7 C CD . GLN 836 836 ? A 19.917 31.841 50.331 1 1 B GLN 0.320 1 ATOM 8 O OE1 . GLN 836 836 ? A 20.753 31.272 51.030 1 1 B GLN 0.320 1 ATOM 9 N NE2 . GLN 836 836 ? A 19.689 31.463 49.055 1 1 B GLN 0.320 1 ATOM 10 N N . LEU 837 837 ? A 20.169 36.682 49.815 1 1 B LEU 0.290 1 ATOM 11 C CA . LEU 837 837 ? A 19.545 37.544 48.823 1 1 B LEU 0.290 1 ATOM 12 C C . LEU 837 837 ? A 20.446 37.802 47.626 1 1 B LEU 0.290 1 ATOM 13 O O . LEU 837 837 ? A 20.066 37.513 46.503 1 1 B LEU 0.290 1 ATOM 14 C CB . LEU 837 837 ? A 19.114 38.866 49.514 1 1 B LEU 0.290 1 ATOM 15 C CG . LEU 837 837 ? A 17.977 38.673 50.548 1 1 B LEU 0.290 1 ATOM 16 C CD1 . LEU 837 837 ? A 17.724 39.995 51.292 1 1 B LEU 0.290 1 ATOM 17 C CD2 . LEU 837 837 ? A 16.677 38.185 49.875 1 1 B LEU 0.290 1 ATOM 18 N N . THR 838 838 ? A 21.716 38.193 47.865 1 1 B THR 0.580 1 ATOM 19 C CA . THR 838 838 ? A 22.699 38.472 46.824 1 1 B THR 0.580 1 ATOM 20 C C . THR 838 838 ? A 23.089 37.247 46.017 1 1 B THR 0.580 1 ATOM 21 O O . THR 838 838 ? A 23.368 37.303 44.824 1 1 B THR 0.580 1 ATOM 22 C CB . THR 838 838 ? A 23.952 39.115 47.394 1 1 B THR 0.580 1 ATOM 23 O OG1 . THR 838 838 ? A 24.569 38.350 48.426 1 1 B THR 0.580 1 ATOM 24 C CG2 . THR 838 838 ? A 23.528 40.429 48.049 1 1 B THR 0.580 1 ATOM 25 N N . VAL 839 839 ? A 23.105 36.063 46.666 1 1 B VAL 0.590 1 ATOM 26 C CA . VAL 839 839 ? A 23.248 34.772 46.003 1 1 B VAL 0.590 1 ATOM 27 C C . VAL 839 839 ? A 22.069 34.444 45.103 1 1 B VAL 0.590 1 ATOM 28 O O . VAL 839 839 ? A 22.252 34.011 43.970 1 1 B VAL 0.590 1 ATOM 29 C CB . VAL 839 839 ? A 23.423 33.618 46.994 1 1 B VAL 0.590 1 ATOM 30 C CG1 . VAL 839 839 ? A 23.487 32.253 46.257 1 1 B VAL 0.590 1 ATOM 31 C CG2 . VAL 839 839 ? A 24.734 33.847 47.770 1 1 B VAL 0.590 1 ATOM 32 N N . ASN 840 840 ? A 20.819 34.650 45.572 1 1 B ASN 0.540 1 ATOM 33 C CA . ASN 840 840 ? A 19.621 34.429 44.778 1 1 B ASN 0.540 1 ATOM 34 C C . ASN 840 840 ? A 19.545 35.335 43.561 1 1 B ASN 0.540 1 ATOM 35 O O . ASN 840 840 ? A 19.236 34.848 42.477 1 1 B ASN 0.540 1 ATOM 36 C CB . ASN 840 840 ? A 18.331 34.609 45.614 1 1 B ASN 0.540 1 ATOM 37 C CG . ASN 840 840 ? A 18.191 33.460 46.596 1 1 B ASN 0.540 1 ATOM 38 O OD1 . ASN 840 840 ? A 18.783 32.388 46.471 1 1 B ASN 0.540 1 ATOM 39 N ND2 . ASN 840 840 ? A 17.338 33.663 47.626 1 1 B ASN 0.540 1 ATOM 40 N N . GLU 841 841 ? A 19.892 36.637 43.702 1 1 B GLU 0.610 1 ATOM 41 C CA . GLU 841 841 ? A 20.041 37.588 42.611 1 1 B GLU 0.610 1 ATOM 42 C C . GLU 841 841 ? A 21.074 37.114 41.604 1 1 B GLU 0.610 1 ATOM 43 O O . GLU 841 841 ? 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #