data_SMR-277daf9bd971aa2941fbd0e2aed79142_4 _entry.id SMR-277daf9bd971aa2941fbd0e2aed79142_4 _struct.entry_id SMR-277daf9bd971aa2941fbd0e2aed79142_4 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - P41229 (isoform 2)/ KDM5C_HUMAN, Lysine-specific demethylase 5C Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries P41229 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 5 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' ZN non-polymer 'ZINC ION' Zn 65.380 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 203634.464 1 . 2 non-polymer man 'ZINC ION' 65.380 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP KDM5C_HUMAN P41229 1 ;MEPGSDDFLPPPECPVFEPSWAEFRDPLGYIAKIRPIAEKSGICKIRPPADWQPPFAVEVDNFRFTPRIQ RLNELEAQTRVKLNYLDQIAKFWEIQGSSLKIPNVERRILDLYSLSKIVVEEGGYEAICKDRRWARVAQR LNYPPGKNIGSLLRSHYERIVYPYEMYQSGANLVQCNTRPFDNEEKDKEYKPHSIPLRQSVQPSKFNSYG RRAKRLQPDPEPTEEDIEKNPELKKLQIYGAGPKMMGLGLMAKDKTLRKKDKEGPECPPTVVVKEELGGD VKVESTSPKTFLESKEELSHSPEPCTKMTMRLRRNHSNAQFIESYVCRMCSRGDEDDKLLLCDGCDDNYH IFCLLPPLPEIPKGVWRCPKCVMAECKRPPEAFGFEQATREYTLQSFGEMADSFKADYFNMPVHMVPTEL VEKEFWRLVNSIEEDVTVEYGADIHSKEFGSGFPVSDSKRHLTPEEEEYATSGWNLNVMPVLEQSVLCHI NADISGMKVPWLYVGMVFSAFCWHIEDHWSYSINYLHWGEPKTWYGVPSLAAEHLEEVMKKLTPELFDSQ PDLLHQLVTLMNPNTLMSHGVPVVRTNQCAGEFVITFPRAYHSGFNQGYNFAEAVNFCTADWLPAGRQCI EHYRRLRRYCVFSHEELICKMAACPEKLDLNLAAAVHKEMFIMVQEERRLRKALLEKGITEAEREAFELL PDDERQCIKCKTTCFLSALACYDCPDGLVCLSHINDLCKCSSSRQYLRYRYTLDELPAMLHKLKVRAESF DTWANKVRVALEVEDGRKRSLEELRALESEARERRFPNSELLQQLKNCLSEAEACVSRALGLVSGQEAGP HRVAGLQMTLTELRAFLDQMNNLPCAMHQIGDVKGVLEQVEAYQAEAREALASLPSSPGLLQSLLERGRQ LGVEVPEAQQLQRQVEQARWLDEVKRTLAPSARRGTLAVMRGLLVAGASVAPSPAVDKAQAELQELLTIA ERWEEKAHLCLEARQKHPPATLEAIIREAENIPVHLPNIQALKEALAKARAWIADVDEIQNGDHYPCLDD LEGLVAVGRDLPVGLEELRQLELQVLTAHSWREKASKTFLKKNSCYTLLEVLCPCADAGSDSTKRSRWME KELGLYKSDTELLGLSAQDLRDPGSVIVAFKEGEQKEKEGILQLRRTNSAKPSPLASSSTASSTTSICVC GQVLAGAGALQCDLCQDWFHGRCVSVPRLLSSPRPNPTSSPLLAWWEWDTKFLCPLCMRSRRPRLETILA LLVALQRLPVRLPEGEALQCLTERAISWQGRARQALASEDVTALLGRLAELRQRLQAEPRPEEPPNYPAA PASDPLREGSGKDMPKVQGLLENGDSVTSPEKVAPEEGSDLELLSSLLPQLTGPVLELPEATRAPLEELM MEGDLLEVTLDENHSIWQLLQAGQPPDLERIRTLLELEKAERHGSRARGRALERRRRRKVDRGGEGDDPA REELEPKRVRSSGPEAEEVQEEEELEEETGGEGPPAPIPTTGSPSTQENQNGLEPAEGTTSGPSAPFSTL TPRLHLPCPQQPPQQQL ; 'Lysine-specific demethylase 5C' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1557 1 1557 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . KDM5C_HUMAN P41229 P41229-2 1 1557 9606 'Homo sapiens (Human)' 2006-11-14 B1823D7AD5F78374 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MEPGSDDFLPPPECPVFEPSWAEFRDPLGYIAKIRPIAEKSGICKIRPPADWQPPFAVEVDNFRFTPRIQ RLNELEAQTRVKLNYLDQIAKFWEIQGSSLKIPNVERRILDLYSLSKIVVEEGGYEAICKDRRWARVAQR LNYPPGKNIGSLLRSHYERIVYPYEMYQSGANLVQCNTRPFDNEEKDKEYKPHSIPLRQSVQPSKFNSYG RRAKRLQPDPEPTEEDIEKNPELKKLQIYGAGPKMMGLGLMAKDKTLRKKDKEGPECPPTVVVKEELGGD VKVESTSPKTFLESKEELSHSPEPCTKMTMRLRRNHSNAQFIESYVCRMCSRGDEDDKLLLCDGCDDNYH IFCLLPPLPEIPKGVWRCPKCVMAECKRPPEAFGFEQATREYTLQSFGEMADSFKADYFNMPVHMVPTEL VEKEFWRLVNSIEEDVTVEYGADIHSKEFGSGFPVSDSKRHLTPEEEEYATSGWNLNVMPVLEQSVLCHI NADISGMKVPWLYVGMVFSAFCWHIEDHWSYSINYLHWGEPKTWYGVPSLAAEHLEEVMKKLTPELFDSQ PDLLHQLVTLMNPNTLMSHGVPVVRTNQCAGEFVITFPRAYHSGFNQGYNFAEAVNFCTADWLPAGRQCI 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;MEPGSDDFLPPPECPVFEPSWAEFRDPLGYIAKIRPIAEKSGICKIRPPADWQPPFAVEVDNFRFTPRIQ RLNELEAQTRVKLNYLDQIAKFWEIQGSSLKIPNVERRILDLYSLSKIVVEEGGYEAICKDRRWARVAQR LNYPPGKNIGSLLRSHYERIVYPYEMYQSGANLVQCNTRPFDNEEKDKEYKPHSIPLRQSVQPSKFNSYG RRAKRLQPDPEPTEEDIEKNPELKKLQIYGAGPKMMGLGLMAKDKTLRKKDKEGPECPPTVVVKEELGGD VKVESTSPKTFLESKEELSHSPEPCTKMTMRLRRNHSNAQFIESYVCRMCSRGDEDDKLLLCDGCDDNYH IFCLLPPLPEIPKGVWRCPKCVMAECKRPPEAFGFEQATREYTLQSFGEMADSFKADYFNMPVHMVPTEL VEKEFWRLVNSIEEDVTVEYGADIHSKEFGSGFPVSDSKRHLTPEEEEYATSGWNLNVMPVLEQSVLCHI NADISGMKVPWLYVGMVFSAFCWHIEDHWSYSINYLHWGEPKTWYGVPSLAAEHLEEVMKKLTPELFDSQ PDLLHQLVTLMNPNTLMSHGVPVVRTNQCAGEFVITFPRAYHSGFNQGYNFAEAVNFCTADWLPAGRQCI EHYRRLRRYCVFSHEELICKMAACPEKLDLNLAAAVHKEMFIMVQEERRLRKALLEKGITEAEREAFELL PDDERQCIKCKTTCFLSALACYDCPDGLVCLSHINDLCKCSSSRQYLRYRYTLDELPAMLHKLKVRAESF DTWANKVRVALEVEDGRKRSLEELRALESEARERRFPNSELLQQLKNCLSEAEACVSRALGLVSGQEAGP HRVAGLQMTLTELRAFLDQMNNLPCAMHQIGDVKGVLEQVEAYQAEAREALASLPSSPGLLQSLLERGRQ LGVEVPEAQQLQRQVEQARWLDEVKRTLAPSARRGTLAVMRGLLVAGASVAPSPAVDKAQAELQELLTIA ERWEEKAHLCLEARQKHPPATLEAIIREAENIPVHLPNIQALKEALAKARAWIADVDEIQNGDHYPCLDD LEGLVAVGRDLPVGLEELRQLELQVLTAHSWREKASKTFLKKNSCYTLLEVLCPCADAGSDSTKRSRWME KELGLYKSDTELLGLSAQDLRDPGSVIVAFKEGEQKEKEGILQLRRTNSAKPSPLASSSTASSTTSICVC GQVLAGAGALQCDLCQDWFHGRCVSVPRLLSSPRPNPTSSPLLAWWEWDTKFLCPLCMRSRRPRLETILA LLVALQRLPVRLPEGEALQCLTERAISWQGRARQALASEDVTALLGRLAELRQRLQAEPRPEEPPNYPAA PASDPLREGSGKDMPKVQGLLENGDSVTSPEKVAPEEGSDLELLSSLLPQLTGPVLELPEATRAPLEELM MEGDLLEVTLDENHSIWQLLQAGQPPDLERIRTLLELEKAERHGSRARGRALERRRRRKVDRGGEGDDPA REELEPKRVRSSGPEAEEVQEEEELEEETGGEGPPAPIPTTGSPSTQENQNGLEPAEGTTSGPSAPFSTL TPRLHLPCPQQPPQQQL ; # # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id _pdbx_entity_nonpoly.ma_model_mode 2 'ZINC ION' ZN implicit # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 GLU . 1 3 PRO . 1 4 GLY . 1 5 SER . 1 6 ASP . 1 7 ASP . 1 8 PHE . 1 9 LEU . 1 10 PRO . 1 11 PRO . 1 12 PRO . 1 13 GLU . 1 14 CYS . 1 15 PRO . 1 16 VAL . 1 17 PHE . 1 18 GLU . 1 19 PRO . 1 20 SER . 1 21 TRP . 1 22 ALA . 1 23 GLU . 1 24 PHE . 1 25 ARG . 1 26 ASP . 1 27 PRO . 1 28 LEU . 1 29 GLY . 1 30 TYR . 1 31 ILE . 1 32 ALA . 1 33 LYS . 1 34 ILE . 1 35 ARG . 1 36 PRO . 1 37 ILE . 1 38 ALA . 1 39 GLU . 1 40 LYS . 1 41 SER . 1 42 GLY . 1 43 ILE . 1 44 CYS . 1 45 LYS . 1 46 ILE . 1 47 ARG . 1 48 PRO . 1 49 PRO . 1 50 ALA . 1 51 ASP . 1 52 TRP . 1 53 GLN . 1 54 PRO . 1 55 PRO . 1 56 PHE . 1 57 ALA . 1 58 VAL . 1 59 GLU . 1 60 VAL . 1 61 ASP . 1 62 ASN . 1 63 PHE . 1 64 ARG . 1 65 PHE . 1 66 THR . 1 67 PRO . 1 68 ARG . 1 69 ILE . 1 70 GLN . 1 71 ARG . 1 72 LEU . 1 73 ASN . 1 74 GLU . 1 75 LEU . 1 76 GLU . 1 77 ALA . 1 78 GLN . 1 79 THR . 1 80 ARG . 1 81 VAL . 1 82 LYS . 1 83 LEU . 1 84 ASN . 1 85 TYR . 1 86 LEU . 1 87 ASP . 1 88 GLN . 1 89 ILE . 1 90 ALA . 1 91 LYS . 1 92 PHE . 1 93 TRP . 1 94 GLU . 1 95 ILE . 1 96 GLN . 1 97 GLY . 1 98 SER . 1 99 SER . 1 100 LEU . 1 101 LYS . 1 102 ILE . 1 103 PRO . 1 104 ASN . 1 105 VAL 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A 1 1494 GLU 1494 ? ? ? A . A 1 1495 LEU 1495 ? ? ? A . A 1 1496 GLU 1496 ? ? ? A . A 1 1497 GLU 1497 ? ? ? A . A 1 1498 GLU 1498 ? ? ? A . A 1 1499 THR 1499 ? ? ? A . A 1 1500 GLY 1500 ? ? ? A . A 1 1501 GLY 1501 ? ? ? A . A 1 1502 GLU 1502 ? ? ? A . A 1 1503 GLY 1503 ? ? ? A . A 1 1504 PRO 1504 ? ? ? A . A 1 1505 PRO 1505 ? ? ? A . A 1 1506 ALA 1506 ? ? ? A . A 1 1507 PRO 1507 ? ? ? A . A 1 1508 ILE 1508 ? ? ? A . A 1 1509 PRO 1509 ? ? ? A . A 1 1510 THR 1510 ? ? ? A . A 1 1511 THR 1511 ? ? ? A . A 1 1512 GLY 1512 ? ? ? A . A 1 1513 SER 1513 ? ? ? A . A 1 1514 PRO 1514 ? ? ? A . A 1 1515 SER 1515 ? ? ? A . A 1 1516 THR 1516 ? ? ? A . A 1 1517 GLN 1517 ? ? ? A . A 1 1518 GLU 1518 ? ? ? A . A 1 1519 ASN 1519 ? ? ? A . A 1 1520 GLN 1520 ? ? ? A . A 1 1521 ASN 1521 ? ? ? A . A 1 1522 GLY 1522 ? ? ? A . A 1 1523 LEU 1523 ? ? ? A . A 1 1524 GLU 1524 ? ? ? A . A 1 1525 PRO 1525 ? ? ? A . A 1 1526 ALA 1526 ? ? ? A . A 1 1527 GLU 1527 ? ? ? A . A 1 1528 GLY 1528 ? ? ? A . A 1 1529 THR 1529 ? ? ? A . A 1 1530 THR 1530 ? ? ? A . A 1 1531 SER 1531 ? ? ? A . A 1 1532 GLY 1532 ? ? ? A . A 1 1533 PRO 1533 ? ? ? A . A 1 1534 SER 1534 ? ? ? A . A 1 1535 ALA 1535 ? ? ? A . A 1 1536 PRO 1536 ? ? ? A . A 1 1537 PHE 1537 ? ? ? A . A 1 1538 SER 1538 ? ? ? A . A 1 1539 THR 1539 ? ? ? A . A 1 1540 LEU 1540 ? ? ? A . A 1 1541 THR 1541 ? ? ? A . A 1 1542 PRO 1542 ? ? ? A . A 1 1543 ARG 1543 ? ? ? A . A 1 1544 LEU 1544 ? ? ? A . A 1 1545 HIS 1545 ? ? ? A . A 1 1546 LEU 1546 ? ? ? A . A 1 1547 PRO 1547 ? ? ? A . A 1 1548 CYS 1548 ? ? ? A . A 1 1549 PRO 1549 ? ? ? A . A 1 1550 GLN 1550 ? ? ? A . A 1 1551 GLN 1551 ? ? ? A . A 1 1552 PRO 1552 ? ? ? A . A 1 1553 PRO 1553 ? ? ? A . A 1 1554 GLN 1554 ? ? ? A . A 1 1555 GLN 1555 ? ? ? A . A 1 1556 GLN 1556 ? ? ? A . A 1 1557 LEU 1557 ? ? ? A . # # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 ZN 1 2 2 ZN '_' . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Jumonji/ARID domain-containing protein 1D {PDB ID=2e6r, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=2e6r.1.A}' 'template structure' . 2 'ZINC ION {PDB ID=2e6r, label_asym_id=C, auth_asym_id=A, SMTL ID=2e6r.1._.2}' 'template structure' . 3 . target . 4 'ZINC ION' target . 5 'Target-template alignment by BLAST to 2e6r, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 6 'model 4' 'model coordinates' . 7 SMTL 'reference database' . 8 PDB 'reference database' . 9 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 3 2 1 7 3 1 8 4 2 9 5 3 3 6 3 4 7 3 1 8 3 2 9 3 5 10 4 1 11 4 2 12 4 5 13 4 4 14 5 6 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 7 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-27 8 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-22 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 3 'reference database' 2 4 . # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . B 2 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A 2 2 'reference database' non-polymer 1 2 B C 2 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GSSGSSGHSSAQFIDSYICQVCSRGDEDDKLLFCDGCDDNYHIFCLLPPLPEIPRGIWRCPKCILAECKQ PPEAFGFEQATQEYSLSGPSSG ; ;GSSGSSGHSSAQFIDSYICQVCSRGDEDDKLLFCDGCDDNYHIFCLLPPLPEIPRGIWRCPKCILAECKQ PPEAFGFEQATQEYSLSGPSSG ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 11 86 # # loop_ _ma_template_non_poly.template_id _ma_template_non_poly.comp_id _ma_template_non_poly.details 2 ZN 'ZINC ION' # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 2e6r 2024-05-29 2 PDB . 2e6r 2024-05-29 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1557 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 5 1 1557 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'BLAST e-value' . 4.5e-29 84.211 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MEPGSDDFLPPPECPVFEPSWAEFRDPLGYIAKIRPIAEKSGICKIRPPADWQPPFAVEVDNFRFTPRIQRLNELEAQTRVKLNYLDQIAKFWEIQGSSLKIPNVERRILDLYSLSKIVVEEGGYEAICKDRRWARVAQRLNYPPGKNIGSLLRSHYERIVYPYEMYQSGANLVQCNTRPFDNEEKDKEYKPHSIPLRQSVQPSKFNSYGRRAKRLQPDPEPTEEDIEKNPELKKLQIYGAGPKMMGLGLMAKDKTLRKKDKEGPECPPTVVVKEELGGDVKVESTSPKTFLESKEELSHSPEPCTKMTMRLRRNHSNAQFIESYVCRMCSRGDEDDKLLLCDGCDDNYHIFCLLPPLPEIPKGVWRCPKCVMAECKRPPEAFGFEQATREYTLQSFGEMADSFKADYFNMPVHMVPTELVEKEFWRLVNSIEEDVTVEYGADIHSKEFGSGFPVSDSKRHLTPEEEEYATSGWNLNVMPVLEQSVLCHINADISGMKVPWLYVGMVFSAFCWHIEDHWSYSINYLHWGEPKTWYGVPSLAAEHLEEVMKKLTPELFDSQPDLLHQLVTLMNPNTLMSHGVPVVRTNQCAGEFVITFPRAYHSGFNQGYNFAEAVNFCTADWLPAGRQCIEHYRRLRRYCVFSHEELICKMAACPEKLDLNLAAAVHKEMFIMVQEERRLRKALLEKGITEAEREAFELLPDDERQCIKCKTTCFLSALACYDCPDGLVCLSHINDLCKCSSSRQYLRYRYTLDELPAMLHKLKVRAESFDTWANKVRVALEVEDGRKRSLEELRALESEARERRFPNSELLQQLKNCLSEAEACVSRALGLVSGQEAGPHRVAGLQMTLTELRAFLDQMNNLPCAMHQIGDVKGVLEQVEAYQAEAREALASLPSSPGLLQSLLERGRQLGVEVPEAQQLQRQVEQARWLDEVKRTLAPSARRGTLAVMRGLLVAGASVAPSPAVDKAQAELQELLTIAERWEEKAHLCLEARQKHPPATLEAIIREAENIPVHLPNIQALKEALAKARAWIADVDEIQNGDHYPCLDDLEGLVAVGRDLPVGLEELRQLELQVLTAHSWREKASKTFLKKNSCYTLLEVLCPCADAGSDSTKRSRWMEKELGLYKSDTELLGLSAQDLRDPGSVIVAFKEGEQKEKEGILQLRRTNSAKPSPLASSSTASSTTSICVCGQVLAGAGALQCDLCQDWFHGRCVSVPRLLSSPRPNPTSSPLLAWWEWDTKFLCPLCMRSRRPRLETILALLVALQRLPVRLPEGEALQCLTERAISWQGRARQALASEDVTALLGRLAELRQRLQAEPRPEEPPNYPAAPASDPLREGSGKDMPKVQGLLENGDSVTSPEKVAPEEGSDLELLSSLLPQLTGPVLELPEATRAPLEELMMEGDLLEVTLDENHSIWQLLQAGQPPDLERIRTLLELEKAERHGSRARGRALERRRRRKVDRGGEGDDPAREELEPKRVRSSGPEAEEVQEEEELEEETGGEGPPAPIPTTGSPSTQENQNGLEPAEGTTSGPSAPFSTLTPRLHLPCPQQPPQQQL 2 1 2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AQFIDSYICQVCSRGDEDDKLLFCDGCDDNYHIFCLLPPLPEIPRGIWRCPKCILAECKQPPEAFGFEQATQEYSL----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 2e6r.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 4' . 6 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . 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A 5.541 18.018 14.255 1 1 A PHE 0.060 1 ATOM 16 C CA . PHE 321 321 ? A 6.088 18.211 12.925 1 1 A PHE 0.060 1 ATOM 17 C C . PHE 321 321 ? A 7.053 17.057 12.682 1 1 A PHE 0.060 1 ATOM 18 O O . PHE 321 321 ? A 7.917 16.782 13.501 1 1 A PHE 0.060 1 ATOM 19 C CB . PHE 321 321 ? A 6.845 19.557 12.817 1 1 A PHE 0.060 1 ATOM 20 C CG . PHE 321 321 ? A 6.225 20.409 11.760 1 1 A PHE 0.060 1 ATOM 21 C CD1 . PHE 321 321 ? A 6.631 20.272 10.427 1 1 A PHE 0.060 1 ATOM 22 C CD2 . PHE 321 321 ? A 5.209 21.322 12.078 1 1 A PHE 0.060 1 ATOM 23 C CE1 . PHE 321 321 ? A 6.042 21.047 9.424 1 1 A PHE 0.060 1 ATOM 24 C CE2 . PHE 321 321 ? A 4.628 22.110 11.078 1 1 A PHE 0.060 1 ATOM 25 C CZ . PHE 321 321 ? A 5.049 21.976 9.750 1 1 A PHE 0.060 1 ATOM 26 N N . ILE 322 322 ? A 6.894 16.327 11.554 1 1 A ILE 0.380 1 ATOM 27 C CA . ILE 322 322 ? A 7.752 15.204 11.220 1 1 A ILE 0.380 1 ATOM 28 C C . ILE 322 322 ? A 8.127 15.377 9.748 1 1 A ILE 0.380 1 ATOM 29 O O . ILE 322 322 ? 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A 16.190 -9.170 -1.432 1 1 A PRO 0.470 1 ATOM 310 C CD . PRO 357 357 ? A 14.878 -9.891 -1.168 1 1 A PRO 0.470 1 ATOM 311 N N . LEU 358 358 ? A 14.593 -5.856 -3.464 1 1 A LEU 0.550 1 ATOM 312 C CA . LEU 358 358 ? A 14.501 -5.238 -4.770 1 1 A LEU 0.550 1 ATOM 313 C C . LEU 358 358 ? A 15.897 -4.852 -5.236 1 1 A LEU 0.550 1 ATOM 314 O O . LEU 358 358 ? A 16.809 -4.754 -4.408 1 1 A LEU 0.550 1 ATOM 315 C CB . LEU 358 358 ? A 13.559 -4.006 -4.753 1 1 A LEU 0.550 1 ATOM 316 C CG . LEU 358 358 ? A 12.069 -4.348 -4.943 1 1 A LEU 0.550 1 ATOM 317 C CD1 . LEU 358 358 ? A 11.205 -3.092 -4.828 1 1 A LEU 0.550 1 ATOM 318 C CD2 . LEU 358 358 ? A 11.756 -5.033 -6.276 1 1 A LEU 0.550 1 ATOM 319 N N . PRO 359 359 ? A 16.149 -4.639 -6.526 1 1 A PRO 0.440 1 ATOM 320 C CA . PRO 359 359 ? A 17.473 -4.277 -7.018 1 1 A PRO 0.440 1 ATOM 321 C C . PRO 359 359 ? A 17.818 -2.831 -6.689 1 1 A PRO 0.440 1 ATOM 322 O O . PRO 359 359 ? A 18.959 -2.534 -6.364 1 1 A PRO 0.440 1 ATOM 323 C CB . PRO 359 359 ? 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'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.522 2 1 3 0 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 319 ALA 1 0.110 2 1 A 320 GLN 1 0.120 3 1 A 321 PHE 1 0.060 4 1 A 322 ILE 1 0.380 5 1 A 323 GLU 1 0.250 6 1 A 324 SER 1 0.520 7 1 A 325 TYR 1 0.550 8 1 A 326 VAL 1 0.630 9 1 A 327 CYS 1 0.690 10 1 A 328 ARG 1 0.620 11 1 A 329 MET 1 0.620 12 1 A 330 CYS 1 0.560 13 1 A 331 SER 1 0.510 14 1 A 332 ARG 1 0.470 15 1 A 333 GLY 1 0.500 16 1 A 334 ASP 1 0.450 17 1 A 335 GLU 1 0.610 18 1 A 336 ASP 1 0.590 19 1 A 337 ASP 1 0.570 20 1 A 338 LYS 1 0.660 21 1 A 339 LEU 1 0.690 22 1 A 340 LEU 1 0.700 23 1 A 341 LEU 1 0.680 24 1 A 342 CYS 1 0.710 25 1 A 343 ASP 1 0.600 26 1 A 344 GLY 1 0.580 27 1 A 345 CYS 1 0.590 28 1 A 346 ASP 1 0.570 29 1 A 347 ASP 1 0.690 30 1 A 348 ASN 1 0.700 31 1 A 349 TYR 1 0.690 32 1 A 350 HIS 1 0.700 33 1 A 351 ILE 1 0.650 34 1 A 352 PHE 1 0.510 35 1 A 353 CYS 1 0.620 36 1 A 354 LEU 1 0.610 37 1 A 355 LEU 1 0.380 38 1 A 356 PRO 1 0.330 39 1 A 357 PRO 1 0.470 40 1 A 358 LEU 1 0.550 41 1 A 359 PRO 1 0.440 42 1 A 360 GLU 1 0.510 43 1 A 361 ILE 1 0.590 44 1 A 362 PRO 1 0.610 45 1 A 363 LYS 1 0.420 46 1 A 364 GLY 1 0.390 47 1 A 365 VAL 1 0.530 48 1 A 366 TRP 1 0.580 49 1 A 367 ARG 1 0.700 50 1 A 368 CYS 1 0.700 51 1 A 369 PRO 1 0.670 52 1 A 370 LYS 1 0.630 53 1 A 371 CYS 1 0.630 54 1 A 372 VAL 1 0.630 55 1 A 373 MET 1 0.480 56 1 A 374 ALA 1 0.610 57 1 A 375 GLU 1 0.570 58 1 A 376 CYS 1 0.600 59 1 A 377 LYS 1 0.600 60 1 A 378 ARG 1 0.560 61 1 A 379 PRO 1 0.580 62 1 A 380 PRO 1 0.640 63 1 A 381 GLU 1 0.610 64 1 A 382 ALA 1 0.530 65 1 A 383 PHE 1 0.410 66 1 A 384 GLY 1 0.620 67 1 A 385 PHE 1 0.460 68 1 A 386 GLU 1 0.430 69 1 A 387 GLN 1 0.370 70 1 A 388 ALA 1 0.370 71 1 A 389 THR 1 0.410 72 1 A 390 ARG 1 0.370 73 1 A 391 GLU 1 0.350 74 1 A 392 TYR 1 0.210 75 1 A 393 THR 1 0.220 76 1 A 394 LEU 1 0.180 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #