data_SMR-277daf9bd971aa2941fbd0e2aed79142_5 _entry.id SMR-277daf9bd971aa2941fbd0e2aed79142_5 _struct.entry_id SMR-277daf9bd971aa2941fbd0e2aed79142_5 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - P41229 (isoform 2)/ KDM5C_HUMAN, Lysine-specific demethylase 5C Estimated model accuracy of this model is 0.026, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries P41229 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 203634.464 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP KDM5C_HUMAN P41229 1 ;MEPGSDDFLPPPECPVFEPSWAEFRDPLGYIAKIRPIAEKSGICKIRPPADWQPPFAVEVDNFRFTPRIQ RLNELEAQTRVKLNYLDQIAKFWEIQGSSLKIPNVERRILDLYSLSKIVVEEGGYEAICKDRRWARVAQR LNYPPGKNIGSLLRSHYERIVYPYEMYQSGANLVQCNTRPFDNEEKDKEYKPHSIPLRQSVQPSKFNSYG RRAKRLQPDPEPTEEDIEKNPELKKLQIYGAGPKMMGLGLMAKDKTLRKKDKEGPECPPTVVVKEELGGD VKVESTSPKTFLESKEELSHSPEPCTKMTMRLRRNHSNAQFIESYVCRMCSRGDEDDKLLLCDGCDDNYH IFCLLPPLPEIPKGVWRCPKCVMAECKRPPEAFGFEQATREYTLQSFGEMADSFKADYFNMPVHMVPTEL VEKEFWRLVNSIEEDVTVEYGADIHSKEFGSGFPVSDSKRHLTPEEEEYATSGWNLNVMPVLEQSVLCHI NADISGMKVPWLYVGMVFSAFCWHIEDHWSYSINYLHWGEPKTWYGVPSLAAEHLEEVMKKLTPELFDSQ PDLLHQLVTLMNPNTLMSHGVPVVRTNQCAGEFVITFPRAYHSGFNQGYNFAEAVNFCTADWLPAGRQCI EHYRRLRRYCVFSHEELICKMAACPEKLDLNLAAAVHKEMFIMVQEERRLRKALLEKGITEAEREAFELL PDDERQCIKCKTTCFLSALACYDCPDGLVCLSHINDLCKCSSSRQYLRYRYTLDELPAMLHKLKVRAESF DTWANKVRVALEVEDGRKRSLEELRALESEARERRFPNSELLQQLKNCLSEAEACVSRALGLVSGQEAGP HRVAGLQMTLTELRAFLDQMNNLPCAMHQIGDVKGVLEQVEAYQAEAREALASLPSSPGLLQSLLERGRQ LGVEVPEAQQLQRQVEQARWLDEVKRTLAPSARRGTLAVMRGLLVAGASVAPSPAVDKAQAELQELLTIA ERWEEKAHLCLEARQKHPPATLEAIIREAENIPVHLPNIQALKEALAKARAWIADVDEIQNGDHYPCLDD LEGLVAVGRDLPVGLEELRQLELQVLTAHSWREKASKTFLKKNSCYTLLEVLCPCADAGSDSTKRSRWME KELGLYKSDTELLGLSAQDLRDPGSVIVAFKEGEQKEKEGILQLRRTNSAKPSPLASSSTASSTTSICVC GQVLAGAGALQCDLCQDWFHGRCVSVPRLLSSPRPNPTSSPLLAWWEWDTKFLCPLCMRSRRPRLETILA LLVALQRLPVRLPEGEALQCLTERAISWQGRARQALASEDVTALLGRLAELRQRLQAEPRPEEPPNYPAA PASDPLREGSGKDMPKVQGLLENGDSVTSPEKVAPEEGSDLELLSSLLPQLTGPVLELPEATRAPLEELM MEGDLLEVTLDENHSIWQLLQAGQPPDLERIRTLLELEKAERHGSRARGRALERRRRRKVDRGGEGDDPA REELEPKRVRSSGPEAEEVQEEEELEEETGGEGPPAPIPTTGSPSTQENQNGLEPAEGTTSGPSAPFSTL TPRLHLPCPQQPPQQQL ; 'Lysine-specific demethylase 5C' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1557 1 1557 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . KDM5C_HUMAN P41229 P41229-2 1 1557 9606 'Homo sapiens (Human)' 2006-11-14 B1823D7AD5F78374 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no B ;MEPGSDDFLPPPECPVFEPSWAEFRDPLGYIAKIRPIAEKSGICKIRPPADWQPPFAVEVDNFRFTPRIQ RLNELEAQTRVKLNYLDQIAKFWEIQGSSLKIPNVERRILDLYSLSKIVVEEGGYEAICKDRRWARVAQR LNYPPGKNIGSLLRSHYERIVYPYEMYQSGANLVQCNTRPFDNEEKDKEYKPHSIPLRQSVQPSKFNSYG RRAKRLQPDPEPTEEDIEKNPELKKLQIYGAGPKMMGLGLMAKDKTLRKKDKEGPECPPTVVVKEELGGD VKVESTSPKTFLESKEELSHSPEPCTKMTMRLRRNHSNAQFIESYVCRMCSRGDEDDKLLLCDGCDDNYH IFCLLPPLPEIPKGVWRCPKCVMAECKRPPEAFGFEQATREYTLQSFGEMADSFKADYFNMPVHMVPTEL VEKEFWRLVNSIEEDVTVEYGADIHSKEFGSGFPVSDSKRHLTPEEEEYATSGWNLNVMPVLEQSVLCHI NADISGMKVPWLYVGMVFSAFCWHIEDHWSYSINYLHWGEPKTWYGVPSLAAEHLEEVMKKLTPELFDSQ PDLLHQLVTLMNPNTLMSHGVPVVRTNQCAGEFVITFPRAYHSGFNQGYNFAEAVNFCTADWLPAGRQCI 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;MEPGSDDFLPPPECPVFEPSWAEFRDPLGYIAKIRPIAEKSGICKIRPPADWQPPFAVEVDNFRFTPRIQ RLNELEAQTRVKLNYLDQIAKFWEIQGSSLKIPNVERRILDLYSLSKIVVEEGGYEAICKDRRWARVAQR LNYPPGKNIGSLLRSHYERIVYPYEMYQSGANLVQCNTRPFDNEEKDKEYKPHSIPLRQSVQPSKFNSYG RRAKRLQPDPEPTEEDIEKNPELKKLQIYGAGPKMMGLGLMAKDKTLRKKDKEGPECPPTVVVKEELGGD VKVESTSPKTFLESKEELSHSPEPCTKMTMRLRRNHSNAQFIESYVCRMCSRGDEDDKLLLCDGCDDNYH IFCLLPPLPEIPKGVWRCPKCVMAECKRPPEAFGFEQATREYTLQSFGEMADSFKADYFNMPVHMVPTEL VEKEFWRLVNSIEEDVTVEYGADIHSKEFGSGFPVSDSKRHLTPEEEEYATSGWNLNVMPVLEQSVLCHI NADISGMKVPWLYVGMVFSAFCWHIEDHWSYSINYLHWGEPKTWYGVPSLAAEHLEEVMKKLTPELFDSQ PDLLHQLVTLMNPNTLMSHGVPVVRTNQCAGEFVITFPRAYHSGFNQGYNFAEAVNFCTADWLPAGRQCI EHYRRLRRYCVFSHEELICKMAACPEKLDLNLAAAVHKEMFIMVQEERRLRKALLEKGITEAEREAFELL PDDERQCIKCKTTCFLSALACYDCPDGLVCLSHINDLCKCSSSRQYLRYRYTLDELPAMLHKLKVRAESF DTWANKVRVALEVEDGRKRSLEELRALESEARERRFPNSELLQQLKNCLSEAEACVSRALGLVSGQEAGP HRVAGLQMTLTELRAFLDQMNNLPCAMHQIGDVKGVLEQVEAYQAEAREALASLPSSPGLLQSLLERGRQ LGVEVPEAQQLQRQVEQARWLDEVKRTLAPSARRGTLAVMRGLLVAGASVAPSPAVDKAQAELQELLTIA ERWEEKAHLCLEARQKHPPATLEAIIREAENIPVHLPNIQALKEALAKARAWIADVDEIQNGDHYPCLDD LEGLVAVGRDLPVGLEELRQLELQVLTAHSWREKASKTFLKKNSCYTLLEVLCPCADAGSDSTKRSRWME KELGLYKSDTELLGLSAQDLRDPGSVIVAFKEGEQKEKEGILQLRRTNSAKPSPLASSSTASSTTSICVC GQVLAGAGALQCDLCQDWFHGRCVSVPRLLSSPRPNPTSSPLLAWWEWDTKFLCPLCMRSRRPRLETILA LLVALQRLPVRLPEGEALQCLTERAISWQGRARQALASEDVTALLGRLAELRQRLQAEPRPEEPPNYPAA PASDPLREGSGKDMPKVQGLLENGDSVTSPEKVAPEEGSDLELLSSLLPQLTGPVLELPEATRAPLEELM MEGDLLEVTLDENHSIWQLLQAGQPPDLERIRTLLELEKAERHGSRARGRALERRRRRKVDRGGEGDDPA REELEPKRVRSSGPEAEEVQEEEELEEETGGEGPPAPIPTTGSPSTQENQNGLEPAEGTTSGPSAPFSTL TPRLHLPCPQQPPQQQL ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 GLU . 1 3 PRO . 1 4 GLY . 1 5 SER . 1 6 ASP . 1 7 ASP . 1 8 PHE . 1 9 LEU . 1 10 PRO . 1 11 PRO . 1 12 PRO . 1 13 GLU . 1 14 CYS . 1 15 PRO . 1 16 VAL . 1 17 PHE . 1 18 GLU . 1 19 PRO . 1 20 SER . 1 21 TRP . 1 22 ALA . 1 23 GLU . 1 24 PHE . 1 25 ARG . 1 26 ASP . 1 27 PRO . 1 28 LEU . 1 29 GLY . 1 30 TYR . 1 31 ILE . 1 32 ALA . 1 33 LYS . 1 34 ILE . 1 35 ARG . 1 36 PRO . 1 37 ILE . 1 38 ALA . 1 39 GLU . 1 40 LYS . 1 41 SER . 1 42 GLY . 1 43 ILE . 1 44 CYS . 1 45 LYS . 1 46 ILE . 1 47 ARG . 1 48 PRO . 1 49 PRO . 1 50 ALA . 1 51 ASP . 1 52 TRP . 1 53 GLN . 1 54 PRO . 1 55 PRO . 1 56 PHE . 1 57 ALA . 1 58 VAL . 1 59 GLU . 1 60 VAL . 1 61 ASP . 1 62 ASN . 1 63 PHE . 1 64 ARG . 1 65 PHE . 1 66 THR . 1 67 PRO . 1 68 ARG . 1 69 ILE . 1 70 GLN . 1 71 ARG . 1 72 LEU . 1 73 ASN . 1 74 GLU . 1 75 LEU . 1 76 GLU . 1 77 ALA . 1 78 GLN . 1 79 THR . 1 80 ARG . 1 81 VAL . 1 82 LYS . 1 83 LEU . 1 84 ASN . 1 85 TYR . 1 86 LEU . 1 87 ASP . 1 88 GLN . 1 89 ILE . 1 90 ALA . 1 91 LYS . 1 92 PHE . 1 93 TRP . 1 94 GLU . 1 95 ILE . 1 96 GLN . 1 97 GLY . 1 98 SER . 1 99 SER . 1 100 LEU . 1 101 LYS . 1 102 ILE . 1 103 PRO . 1 104 ASN . 1 105 VAL . 1 106 GLU . 1 107 ARG . 1 108 ARG . 1 109 ILE . 1 110 LEU . 1 111 ASP . 1 112 LEU . 1 113 TYR . 1 114 SER . 1 115 LEU . 1 116 SER . 1 117 LYS . 1 118 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A 1 1507 PRO 1507 ? ? ? B . A 1 1508 ILE 1508 ? ? ? B . A 1 1509 PRO 1509 ? ? ? B . A 1 1510 THR 1510 ? ? ? B . A 1 1511 THR 1511 ? ? ? B . A 1 1512 GLY 1512 ? ? ? B . A 1 1513 SER 1513 ? ? ? B . A 1 1514 PRO 1514 ? ? ? B . A 1 1515 SER 1515 ? ? ? B . A 1 1516 THR 1516 ? ? ? B . A 1 1517 GLN 1517 ? ? ? B . A 1 1518 GLU 1518 ? ? ? B . A 1 1519 ASN 1519 ? ? ? B . A 1 1520 GLN 1520 ? ? ? B . A 1 1521 ASN 1521 ? ? ? B . A 1 1522 GLY 1522 ? ? ? B . A 1 1523 LEU 1523 ? ? ? B . A 1 1524 GLU 1524 ? ? ? B . A 1 1525 PRO 1525 ? ? ? B . A 1 1526 ALA 1526 ? ? ? B . A 1 1527 GLU 1527 ? ? ? B . A 1 1528 GLY 1528 ? ? ? B . A 1 1529 THR 1529 ? ? ? B . A 1 1530 THR 1530 ? ? ? B . A 1 1531 SER 1531 ? ? ? B . A 1 1532 GLY 1532 ? ? ? B . A 1 1533 PRO 1533 ? ? ? B . A 1 1534 SER 1534 ? ? ? B . A 1 1535 ALA 1535 ? ? ? B . A 1 1536 PRO 1536 ? ? ? B . A 1 1537 PHE 1537 ? ? ? B . A 1 1538 SER 1538 ? ? ? B . A 1 1539 THR 1539 ? ? ? B . A 1 1540 LEU 1540 ? ? ? B . A 1 1541 THR 1541 ? ? ? B . A 1 1542 PRO 1542 ? ? ? B . A 1 1543 ARG 1543 ? ? ? B . A 1 1544 LEU 1544 ? ? ? B . A 1 1545 HIS 1545 ? ? ? B . A 1 1546 LEU 1546 ? ? ? B . A 1 1547 PRO 1547 ? ? ? B . A 1 1548 CYS 1548 ? ? ? B . A 1 1549 PRO 1549 ? ? ? B . A 1 1550 GLN 1550 ? ? ? B . A 1 1551 GLN 1551 ? ? ? B . A 1 1552 PRO 1552 ? ? ? B . A 1 1553 PRO 1553 ? ? ? B . A 1 1554 GLN 1554 ? ? ? B . A 1 1555 GLN 1555 ? ? ? B . A 1 1556 GLN 1556 ? ? ? B . A 1 1557 LEU 1557 ? ? ? B . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Design construct XXA_GVDQ {PDB ID=6nz1, label_asym_id=B, auth_asym_id=B, SMTL ID=6nz1.1.B}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 6nz1, label_asym_id=B' 'target-template alignment' . 4 'model 5' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-27 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-22 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A B 1 1 B # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GSHMGTEDLKYSLERLREILERLEENPSEKQIVEAIRAIVENNAQIVEAIRAIVENNAQIVEILRAIIEA LEAIGVDQKILEEMKKLLKDLKRSLERG ; ;GSHMGTEDLKYSLERLREILERLEENPSEKQIVEAIRAIVENNAQIVEAIRAIVENNAQIVEILRAIIEA LEAIGVDQKILEEMKKLLKDLKRSLERG ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 10 88 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 6nz1 2024-04-03 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1557 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1557 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 14.000 13.924 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MEPGSDDFLPPPECPVFEPSWAEFRDPLGYIAKIRPIAEKSGICKIRPPADWQPPFAVEVDNFRFTPRIQRLNELEAQTRVKLNYLDQIAKFWEIQGSSLKIPNVERRILDLYSLSKIVVEEGGYEAICKDRRWARVAQRLNYPPGKNIGSLLRSHYERIVYPYEMYQSGANLVQCNTRPFDNEEKDKEYKPHSIPLRQSVQPSKFNSYGRRAKRLQPDPEPTEEDIEKNPELKKLQIYGAGPKMMGLGLMAKDKTLRKKDKEGPECPPTVVVKEELGGDVKVESTSPKTFLESKEELSHSPEPCTKMTMRLRRNHSNAQFIESYVCRMCSRGDEDDKLLLCDGCDDNYHIFCLLPPLPEIPKGVWRCPKCVMAECKRPPEAFGFEQATREYTLQSFGEMADSFKADYFNMPVHMVPTELVEKEFWRLVNSIEEDVTVEYGADIHSKEFGSGFPVSDSKRHLTPEEEEYATSGWNLNVMPVLEQSVLCHINADISGMKVPWLYVGMVFSAFCWHIEDHWSYSINYLHWGEPKTWYGVPSLAAEHLEEVMKKLTPELFDSQPDLLHQLVTLMNPNTLMSHGVPVVRTNQCAGEFVITFPRAYHSGFNQGYNFAEAVNFCTADWLPAGRQCIEHYRRLRRYCVFSHEELICKMAACPEKLDLNLAAAVHKEMFIMVQEERRLRKALLEKGITEAEREAFELLPDDERQCIKCKTTCFLSALACYDCPDGLVCLSHINDLCKCSSSRQYLRYRYTLDELPAMLHKLKVRAESFDTWANKVRVALEVEDGRKRSLEELRALESEARERRFPNSELLQQLKNCLSEAEACVSRALGLVSGQEAGPHRVAGLQMTLTELRAFLDQMNNLPCAMHQIGDVKGVLEQVEAYQAEAREALASLPSSPGLLQSLLERGRQLGVEVPEAQQLQRQVEQARWLDEVKRTLAPSARRGTLAVMRGLLVAGASVAPSPAVDKAQAELQELLTIAERWEEKAHLCLEARQKHPPATLEAIIREAENIPVHLPNIQALKEALAKARAWIADVDEIQNGDHYPCLDDLEGLVAVGRDLPVGLEELRQLELQVLTAHSWREKASKTFLKKNSCYTLLEVLCPCADAGSDSTKRSRWMEKELGLYKSDTELLGLSAQDLRDPGSVIVAFKEGEQKEKEGILQLRRTNSAKPSPLASSSTASSTTSICVCGQVLAGAGALQCDLCQDWFHGRCVSVPRLLSSPRPNPTSSPLLAWWEWDTKFLCPLCMRSRRPRLETILALLVALQRLPVRLPEGEALQCLTERAISWQGRARQALASEDVTALLGRLAELRQRLQAEPRPEEPPNYPAAPASDPLREGSGKDMPKVQGLLENGDSVTSPEKVAPEEGSDLELLSSLLPQLTGPVLELPEATRAPLEELMMEGDLLEVTLDENHSIWQLLQAGQPPDLERIRTLLELEKAERHGSRARGRALERRRRRKVDRGGEGDDPAREELEPKRVRSSGPEAEEVQEEEELEEETGGEGPPAPIPTTGSPSTQENQNGLEPAEGTTSGPSAPFSTLTPRLHLPCPQQPPQQQL 2 1 2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------KYSLERLREILERLEENPSEKQIVEAIRAIVENNAQIVEAIRAIVENNAQIVEILRAIIEALEAIGVDQKILEEMKKLL-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 6nz1.1, oligomeric state (monomer) as predicted' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 5' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . GLN 847 847 ? A 22.356 35.380 51.483 1 1 B GLN 0.340 1 ATOM 2 C CA . GLN 847 847 ? A 21.305 34.633 50.683 1 1 B GLN 0.340 1 ATOM 3 C C . GLN 847 847 ? A 20.654 35.437 49.570 1 1 B GLN 0.340 1 ATOM 4 O O . GLN 847 847 ? A 20.597 34.953 48.447 1 1 B GLN 0.340 1 ATOM 5 C CB . GLN 847 847 ? A 20.199 34.020 51.599 1 1 B GLN 0.340 1 ATOM 6 C CG . GLN 847 847 ? A 19.187 33.067 50.887 1 1 B GLN 0.340 1 ATOM 7 C CD . GLN 847 847 ? A 19.916 31.862 50.298 1 1 B GLN 0.340 1 ATOM 8 O OE1 . GLN 847 847 ? A 20.517 31.086 51.053 1 1 B GLN 0.340 1 ATOM 9 N NE2 . GLN 847 847 ? A 19.940 31.697 48.963 1 1 B GLN 0.340 1 ATOM 10 N N . MET 848 848 ? A 20.182 36.684 49.825 1 1 B MET 0.290 1 ATOM 11 C CA . MET 848 848 ? A 19.544 37.535 48.828 1 1 B MET 0.290 1 ATOM 12 C C . MET 848 848 ? A 20.438 37.810 47.628 1 1 B MET 0.290 1 ATOM 13 O O . MET 848 848 ? A 20.059 37.530 46.496 1 1 B MET 0.290 1 ATOM 14 C CB . MET 848 848 ? A 19.088 38.851 49.529 1 1 B MET 0.290 1 ATOM 15 C CG . MET 848 848 ? A 17.943 38.628 50.546 1 1 B MET 0.290 1 ATOM 16 S SD . MET 848 848 ? A 16.467 37.832 49.826 1 1 B MET 0.290 1 ATOM 17 C CE . MET 848 848 ? A 15.994 39.193 48.715 1 1 B MET 0.290 1 ATOM 18 N N . THR 849 849 ? A 21.699 38.217 47.868 1 1 B THR 0.620 1 ATOM 19 C CA . THR 849 849 ? A 22.694 38.499 46.841 1 1 B THR 0.620 1 ATOM 20 C C . THR 849 849 ? A 23.046 37.274 46.014 1 1 B THR 0.620 1 ATOM 21 O O . THR 849 849 ? A 23.232 37.348 44.799 1 1 B THR 0.620 1 ATOM 22 C CB . THR 849 849 ? A 23.954 39.124 47.432 1 1 B THR 0.620 1 ATOM 23 O OG1 . THR 849 849 ? A 24.524 38.339 48.476 1 1 B THR 0.620 1 ATOM 24 C CG2 . THR 849 849 ? A 23.567 40.462 48.077 1 1 B THR 0.620 1 ATOM 25 N N . LEU 850 850 ? A 23.100 36.086 46.652 1 1 B LEU 0.580 1 ATOM 26 C CA . LEU 850 850 ? A 23.249 34.807 45.973 1 1 B LEU 0.580 1 ATOM 27 C C . LEU 850 850 ? A 22.072 34.449 45.083 1 1 B LEU 0.580 1 ATOM 28 O O . LEU 850 850 ? A 22.241 33.997 43.953 1 1 B LEU 0.580 1 ATOM 29 C CB . LEU 850 850 ? A 23.478 33.631 46.962 1 1 B LEU 0.580 1 ATOM 30 C CG . LEU 850 850 ? A 23.687 32.242 46.299 1 1 B LEU 0.580 1 ATOM 31 C CD1 . LEU 850 850 ? A 24.872 32.239 45.319 1 1 B LEU 0.580 1 ATOM 32 C CD2 . LEU 850 850 ? A 23.904 31.165 47.373 1 1 B LEU 0.580 1 ATOM 33 N N . THR 851 851 ? A 20.831 34.645 45.564 1 1 B THR 0.610 1 ATOM 34 C CA . THR 851 851 ? A 19.614 34.428 44.784 1 1 B THR 0.610 1 ATOM 35 C C . THR 851 851 ? A 19.532 35.339 43.572 1 1 B THR 0.610 1 ATOM 36 O O . THR 851 851 ? A 19.199 34.886 42.475 1 1 B THR 0.610 1 ATOM 37 C CB . THR 851 851 ? A 18.345 34.576 45.612 1 1 B THR 0.610 1 ATOM 38 O OG1 . THR 851 851 ? A 18.322 33.610 46.656 1 1 B THR 0.610 1 ATOM 39 C CG2 . THR 851 851 ? A 17.075 34.332 44.777 1 1 B THR 0.610 1 ATOM 40 N N . GLU 852 852 ? A 19.897 36.631 43.714 1 1 B GLU 0.600 1 ATOM 41 C CA . GLU 852 852 ? A 20.051 37.575 42.617 1 1 B GLU 0.600 1 ATOM 42 C C . GLU 852 852 ? A 21.089 37.120 41.604 1 1 B GLU 0.600 1 ATOM 43 O O . GLU 852 852 ? 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A 31.502 37.300 59.180 1 1 B GLU 0.470 1 ATOM 310 C CB . GLU 886 886 ? A 29.463 37.209 56.576 1 1 B GLU 0.470 1 ATOM 311 C CG . GLU 886 886 ? A 28.053 37.680 56.121 1 1 B GLU 0.470 1 ATOM 312 C CD . GLU 886 886 ? A 27.283 36.642 55.290 1 1 B GLU 0.470 1 ATOM 313 O OE1 . GLU 886 886 ? A 27.851 35.565 54.972 1 1 B GLU 0.470 1 ATOM 314 O OE2 . GLU 886 886 ? A 26.104 36.928 54.936 1 1 B GLU 0.470 1 ATOM 315 N N . ALA 887 887 ? A 32.511 37.249 57.176 1 1 B ALA 0.540 1 ATOM 316 C CA . ALA 887 887 ? A 33.729 36.661 57.688 1 1 B ALA 0.540 1 ATOM 317 C C . ALA 887 887 ? A 34.448 37.571 58.666 1 1 B ALA 0.540 1 ATOM 318 O O . ALA 887 887 ? A 34.867 37.114 59.724 1 1 B ALA 0.540 1 ATOM 319 C CB . ALA 887 887 ? A 34.687 36.231 56.558 1 1 B ALA 0.540 1 ATOM 320 N N . ARG 888 888 ? A 34.562 38.888 58.400 1 1 B ARG 0.370 1 ATOM 321 C CA . ARG 888 888 ? A 35.144 39.826 59.353 1 1 B ARG 0.370 1 ATOM 322 C C . ARG 888 888 ? A 34.394 39.928 60.672 1 1 B ARG 0.370 1 ATOM 323 O O . ARG 888 888 ? 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #