data_SMR-61ce69bd7f25b67d1756d10b60229730_4 _entry.id SMR-61ce69bd7f25b67d1756d10b60229730_4 _struct.entry_id SMR-61ce69bd7f25b67d1756d10b60229730_4 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q9BY66 (isoform 2)/ KDM5D_HUMAN, Lysine-specific demethylase 5D Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q9BY66 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 5 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' ZN non-polymer 'ZINC ION' Zn 65.380 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 206042.866 1 . 2 non-polymer man 'ZINC ION' 65.380 2 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP KDM5D_HUMAN Q9BY66 1 ;MEPGCDEFLPPPECPVFEPSWAEFQDPLGYIAKIRPIAEKSGICKIRPPADWQPPFAVEVDNFRFTPRVQ RLNELEAQTRVKLNYLDQIAKFWEIQGSSLKIPNVERKILDLYSLSKIVIEEGGYEAICKDRRWARVAQR LHYPPGKNIGSLLRSHYERIIYPYEMFQSGANHVQCNTHPFDNEVKDKEYKPHSIPLRQSVQPSKFSSYS RRAKRLQPDPEPTEEDIEKHPELKKLQIYGPGPKMMGLGLMAKDKDKTVHKKVTCPPTVTVKDEQSGGGN VSSTLLKQHLSLEPCTKTTMQLRKNHSSAQFIDSYICQVCSRGDEDDKLLFCDGCDDNYHIFCLLPPLPE IPRGIWRCPKCILAECKQPPEAFGFEQATQEYSLQSFGEMADSFKSDYFNMPVHMVPTELVEKEFWRLVS SIEEDVTVEYGADIHSKEFGSGFPVSNSKQNLSPEEKRQSLTVLTRLISSFWAQAVLPPWPPKVLGLQEY ATSGWNLNVMPVLDQSVLCHINADISGMKVPWLYVGMVFSAFCWHIEDHWSYSINYLHWGEPKTWYGVPS LAAEHLEEVMKMLTPELFDSQPDLLHQLVTLMNPNTLMSHGVPVVRTNQCAGEFVITFPRAYHSGFNQGY NFAEAVNFCTADWLPAGRQCIEHYRRLRRYCVFSHEELICKMAAFPETLDLNLAVAVHKEMFIMVQEERR LRKALLEKGVTEAEREAFELLPDDERQCIKCKTTCFLSALACYDCPDGLVCLSHINDLCKCSSSRQYLRY RYTLDELPTMLHKLKIRAESFDTWANKVRVALEVEDGRKRSFEELRALESEARERRFPNSELLQRLKNCL SEVEACIAQVLGLVSGQVARMDTPQLTLTELRVLLEQMGSLPCAMHQIGDVKDVLEQVEAYQAEAREALA TLPSSPGLLRSLLERGQQLGVEVPEAHQLQQQVEQAQWLDEVKQALAPSAHRGSLVIMQGLLVMGAKIAS SPSVDKARAELQELLTIAERWEEKAHFCLEARQKHPPATLEAIIRETENIPVHLPNIQALKEALTKAQAW IADVDEIQNGDHYPCLDDLEGLVAVGRDLPVGLEELRQLELQVLTAHSWREKASKTFLKKNSCYTLLEVL CPCADAGSDSTKRSRWMEKALGLYQCDTELLGLSAQDLRDPGSVIVAFKEGEQKEKEGILQLRRTNSAKP SPLAPSLMASSPTSICVCGQVPAGVGVLQCDLCQDWFHGQCVSVPHLLTSPKPSLTSSPLLAWWEWDTKF LCPLCMRSRRPRLETILALLVALQRLPVRLPEGEALQCLTERAIGWQDRARKALASEDVTALLRQLAELR QQLQAKPRPEEASVYTSATACDPIREGSGNNISKVQGLLENGDSVTSPENMAPGKGSDLELLSSLLPQLT GPVLELPEAIRAPLEELMMEGDLLEVTLDENHSIWQLLQAGQPPDLDRIRTLLELEKFEHQGSRTRSRAL ERRRRRQKVDQGRNVENLVQQELQSKRARSSGIMSQVGREEEHYQEKADRENMFLTPSTDHSPFLKGNQN SLQHKDSGSSAACPSLMPLLQLSYSDEQQL ; 'Lysine-specific demethylase 5D' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1570 1 1570 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . KDM5D_HUMAN Q9BY66 Q9BY66-2 1 1570 9606 'Homo sapiens (Human)' 2001-10-24 364A4C31873A1D57 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MEPGCDEFLPPPECPVFEPSWAEFQDPLGYIAKIRPIAEKSGICKIRPPADWQPPFAVEVDNFRFTPRVQ RLNELEAQTRVKLNYLDQIAKFWEIQGSSLKIPNVERKILDLYSLSKIVIEEGGYEAICKDRRWARVAQR LHYPPGKNIGSLLRSHYERIIYPYEMFQSGANHVQCNTHPFDNEVKDKEYKPHSIPLRQSVQPSKFSSYS RRAKRLQPDPEPTEEDIEKHPELKKLQIYGPGPKMMGLGLMAKDKDKTVHKKVTCPPTVTVKDEQSGGGN VSSTLLKQHLSLEPCTKTTMQLRKNHSSAQFIDSYICQVCSRGDEDDKLLFCDGCDDNYHIFCLLPPLPE IPRGIWRCPKCILAECKQPPEAFGFEQATQEYSLQSFGEMADSFKSDYFNMPVHMVPTELVEKEFWRLVS SIEEDVTVEYGADIHSKEFGSGFPVSNSKQNLSPEEKRQSLTVLTRLISSFWAQAVLPPWPPKVLGLQEY ATSGWNLNVMPVLDQSVLCHINADISGMKVPWLYVGMVFSAFCWHIEDHWSYSINYLHWGEPKTWYGVPS LAAEHLEEVMKMLTPELFDSQPDLLHQLVTLMNPNTLMSHGVPVVRTNQCAGEFVITFPRAYHSGFNQGY 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;MEPGCDEFLPPPECPVFEPSWAEFQDPLGYIAKIRPIAEKSGICKIRPPADWQPPFAVEVDNFRFTPRVQ RLNELEAQTRVKLNYLDQIAKFWEIQGSSLKIPNVERKILDLYSLSKIVIEEGGYEAICKDRRWARVAQR LHYPPGKNIGSLLRSHYERIIYPYEMFQSGANHVQCNTHPFDNEVKDKEYKPHSIPLRQSVQPSKFSSYS RRAKRLQPDPEPTEEDIEKHPELKKLQIYGPGPKMMGLGLMAKDKDKTVHKKVTCPPTVTVKDEQSGGGN VSSTLLKQHLSLEPCTKTTMQLRKNHSSAQFIDSYICQVCSRGDEDDKLLFCDGCDDNYHIFCLLPPLPE IPRGIWRCPKCILAECKQPPEAFGFEQATQEYSLQSFGEMADSFKSDYFNMPVHMVPTELVEKEFWRLVS SIEEDVTVEYGADIHSKEFGSGFPVSNSKQNLSPEEKRQSLTVLTRLISSFWAQAVLPPWPPKVLGLQEY ATSGWNLNVMPVLDQSVLCHINADISGMKVPWLYVGMVFSAFCWHIEDHWSYSINYLHWGEPKTWYGVPS LAAEHLEEVMKMLTPELFDSQPDLLHQLVTLMNPNTLMSHGVPVVRTNQCAGEFVITFPRAYHSGFNQGY NFAEAVNFCTADWLPAGRQCIEHYRRLRRYCVFSHEELICKMAAFPETLDLNLAVAVHKEMFIMVQEERR LRKALLEKGVTEAEREAFELLPDDERQCIKCKTTCFLSALACYDCPDGLVCLSHINDLCKCSSSRQYLRY RYTLDELPTMLHKLKIRAESFDTWANKVRVALEVEDGRKRSFEELRALESEARERRFPNSELLQRLKNCL SEVEACIAQVLGLVSGQVARMDTPQLTLTELRVLLEQMGSLPCAMHQIGDVKDVLEQVEAYQAEAREALA TLPSSPGLLRSLLERGQQLGVEVPEAHQLQQQVEQAQWLDEVKQALAPSAHRGSLVIMQGLLVMGAKIAS 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A 1 1494 GLN 1494 ? ? ? A . A 1 1495 SER 1495 ? ? ? A . A 1 1496 LYS 1496 ? ? ? A . A 1 1497 ARG 1497 ? ? ? A . A 1 1498 ALA 1498 ? ? ? A . A 1 1499 ARG 1499 ? ? ? A . A 1 1500 SER 1500 ? ? ? A . A 1 1501 SER 1501 ? ? ? A . A 1 1502 GLY 1502 ? ? ? A . A 1 1503 ILE 1503 ? ? ? A . A 1 1504 MET 1504 ? ? ? A . A 1 1505 SER 1505 ? ? ? A . A 1 1506 GLN 1506 ? ? ? A . A 1 1507 VAL 1507 ? ? ? A . A 1 1508 GLY 1508 ? ? ? A . A 1 1509 ARG 1509 ? ? ? A . A 1 1510 GLU 1510 ? ? ? A . A 1 1511 GLU 1511 ? ? ? A . A 1 1512 GLU 1512 ? ? ? A . A 1 1513 HIS 1513 ? ? ? A . A 1 1514 TYR 1514 ? ? ? A . A 1 1515 GLN 1515 ? ? ? A . A 1 1516 GLU 1516 ? ? ? A . A 1 1517 LYS 1517 ? ? ? A . A 1 1518 ALA 1518 ? ? ? A . A 1 1519 ASP 1519 ? ? ? A . A 1 1520 ARG 1520 ? ? ? A . A 1 1521 GLU 1521 ? ? ? A . A 1 1522 ASN 1522 ? ? ? A . A 1 1523 MET 1523 ? ? ? A . A 1 1524 PHE 1524 ? ? ? A . A 1 1525 LEU 1525 ? ? ? A . A 1 1526 THR 1526 ? ? ? A . A 1 1527 PRO 1527 ? ? ? A . A 1 1528 SER 1528 ? ? ? A . A 1 1529 THR 1529 ? ? ? A . A 1 1530 ASP 1530 ? ? ? A . A 1 1531 HIS 1531 ? ? ? A . A 1 1532 SER 1532 ? ? ? A . A 1 1533 PRO 1533 ? ? ? A . A 1 1534 PHE 1534 ? ? ? A . A 1 1535 LEU 1535 ? ? ? A . A 1 1536 LYS 1536 ? ? ? A . A 1 1537 GLY 1537 ? ? ? A . A 1 1538 ASN 1538 ? ? ? A . A 1 1539 GLN 1539 ? ? ? A . A 1 1540 ASN 1540 ? ? ? A . A 1 1541 SER 1541 ? ? ? A . A 1 1542 LEU 1542 ? ? ? A . A 1 1543 GLN 1543 ? ? ? A . A 1 1544 HIS 1544 ? ? ? A . A 1 1545 LYS 1545 ? ? ? A . A 1 1546 ASP 1546 ? ? ? A . A 1 1547 SER 1547 ? ? ? A . A 1 1548 GLY 1548 ? ? ? A . A 1 1549 SER 1549 ? ? ? A . A 1 1550 SER 1550 ? ? ? A . A 1 1551 ALA 1551 ? ? ? A . A 1 1552 ALA 1552 ? ? ? A . A 1 1553 CYS 1553 ? ? ? A . A 1 1554 PRO 1554 ? ? ? A . A 1 1555 SER 1555 ? ? ? A . A 1 1556 LEU 1556 ? ? ? A . A 1 1557 MET 1557 ? ? ? A . A 1 1558 PRO 1558 ? ? ? A . A 1 1559 LEU 1559 ? ? ? A . A 1 1560 LEU 1560 ? ? ? A . A 1 1561 GLN 1561 ? ? ? A . A 1 1562 LEU 1562 ? ? ? A . A 1 1563 SER 1563 ? ? ? A . A 1 1564 TYR 1564 ? ? ? A . A 1 1565 SER 1565 ? ? ? A . A 1 1566 ASP 1566 ? ? ? A . A 1 1567 GLU 1567 ? ? ? A . A 1 1568 GLN 1568 ? ? ? A . A 1 1569 GLN 1569 ? ? ? A . A 1 1570 LEU 1570 ? ? ? A . # # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 ZN 1 1 1 ZN '_' . C 2 ZN 1 2 2 ZN '_' . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Jumonji/ARID domain-containing protein 1D {PDB ID=2e6r, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=2e6r.1.A}' 'template structure' . 2 'ZINC ION {PDB ID=2e6r, label_asym_id=B, auth_asym_id=A, SMTL ID=2e6r.1._.1}' 'template structure' . 3 'ZINC ION {PDB ID=2e6r, label_asym_id=C, auth_asym_id=A, SMTL ID=2e6r.1._.2}' 'template structure' . 4 . target . 5 'ZINC ION' target . 6 'Target-template alignment by BLAST to 2e6r, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 7 'model 4' 'model coordinates' . 8 SMTL 'reference database' . 9 PDB 'reference database' . 10 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 4 2 1 8 3 1 9 4 2 10 5 3 4 6 3 5 7 3 1 8 3 2 9 3 3 10 3 6 11 4 1 12 4 2 13 4 3 14 4 6 15 4 5 16 5 7 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 8 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-27 9 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-22 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 4 'reference database' 2 5 . # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . B 2 . C 2 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A 2 2 'reference database' non-polymer 1 2 B B 2 1 A 3 3 'reference database' non-polymer 1 3 C C 2 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GSSGSSGHSSAQFIDSYICQVCSRGDEDDKLLFCDGCDDNYHIFCLLPPLPEIPRGIWRCPKCILAECKQ PPEAFGFEQATQEYSLSGPSSG ; ;GSSGSSGHSSAQFIDSYICQVCSRGDEDDKLLFCDGCDDNYHIFCLLPPLPEIPRGIWRCPKCILAECKQ PPEAFGFEQATQEYSLSGPSSG ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 8 86 # # loop_ _ma_template_non_poly.template_id _ma_template_non_poly.comp_id _ma_template_non_poly.details 2 ZN 'ZINC ION' 3 ZN 'ZINC ION' # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 2e6r 2024-05-29 2 PDB . 2e6r 2024-05-29 3 PDB . 2e6r 2024-05-29 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1570 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 6 1 1570 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'BLAST e-value' . 2.32e-49 100.000 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MEPGCDEFLPPPECPVFEPSWAEFQDPLGYIAKIRPIAEKSGICKIRPPADWQPPFAVEVDNFRFTPRVQRLNELEAQTRVKLNYLDQIAKFWEIQGSSLKIPNVERKILDLYSLSKIVIEEGGYEAICKDRRWARVAQRLHYPPGKNIGSLLRSHYERIIYPYEMFQSGANHVQCNTHPFDNEVKDKEYKPHSIPLRQSVQPSKFSSYSRRAKRLQPDPEPTEEDIEKHPELKKLQIYGPGPKMMGLGLMAKDKDKTVHKKVTCPPTVTVKDEQSGGGNVSSTLLKQHLSLEPCTKTTMQLRKNHSSAQFIDSYICQVCSRGDEDDKLLFCDGCDDNYHIFCLLPPLPEIPRGIWRCPKCILAECKQPPEAFGFEQATQEYSLQSFGEMADSFKSDYFNMPVHMVPTELVEKEFWRLVSSIEEDVTVEYGADIHSKEFGSGFPVSNSKQNLSPEEKRQSLTVLTRLISSFWAQAVLPPWPPKVLGLQEYATSGWNLNVMPVLDQSVLCHINADISGMKVPWLYVGMVFSAFCWHIEDHWSYSINYLHWGEPKTWYGVPSLAAEHLEEVMKMLTPELFDSQPDLLHQLVTLMNPNTLMSHGVPVVRTNQCAGEFVITFPRAYHSGFNQGYNFAEAVNFCTADWLPAGRQCIEHYRRLRRYCVFSHEELICKMAAFPETLDLNLAVAVHKEMFIMVQEERRLRKALLEKGVTEAEREAFELLPDDERQCIKCKTTCFLSALACYDCPDGLVCLSHINDLCKCSSSRQYLRYRYTLDELPTMLHKLKIRAESFDTWANKVRVALEVEDGRKRSFEELRALESEARERRFPNSELLQRLKNCLSEVEACIAQVLGLVSGQVARMDTPQLTLTELRVLLEQMGSLPCAMHQIGDVKDVLEQVEAYQAEAREALATLPSSPGLLRSLLERGQQLGVEVPEAHQLQQQVEQAQWLDEVKQALAPSAHRGSLVIMQGLLVMGAKIASSPSVDKARAELQELLTIAERWEEKAHFCLEARQKHPPATLEAIIRETENIPVHLPNIQALKEALTKAQAWIADVDEIQNGDHYPCLDDLEGLVAVGRDLPVGLEELRQLELQVLTAHSWREKASKTFLKKNSCYTLLEVLCPCADAGSDSTKRSRWMEKALGLYQCDTELLGLSAQDLRDPGSVIVAFKEGEQKEKEGILQLRRTNSAKPSPLAPSLMASSPTSICVCGQVPAGVGVLQCDLCQDWFHGQCVSVPHLLTSPKPSLTSSPLLAWWEWDTKFLCPLCMRSRRPRLETILALLVALQRLPVRLPEGEALQCLTERAIGWQDRARKALASEDVTALLRQLAELRQQLQAKPRPEEASVYTSATACDPIREGSGNNISKVQGLLENGDSVTSPENMAPGKGSDLELLSSLLPQLTGPVLELPEAIRAPLEELMMEGDLLEVTLDENHSIWQLLQAGQPPDLDRIRTLLELEKFEHQGSRTRSRALERRRRRQKVDQGRNVENLVQQELQSKRARSSGIMSQVGREEEHYQEKADRENMFLTPSTDHSPFLKGNQNSLQHKDSGSSAACPSLMPLLQLSYSDEQQL 2 1 2 -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------HSSAQFIDSYICQVCSRGDEDDKLLFCDGCDDNYHIFCLLPPLPEIPRGIWRCPKCILAECKQPPEAFGFEQATQEYSL---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 2e6r.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 4' . 7 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . 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A -2.843 22.875 23.386 1 1 A SER 0.170 1 ATOM 16 O OG . SER 307 307 ? A -3.724 23.927 23.792 1 1 A SER 0.170 1 ATOM 17 N N . SER 308 308 ? A -2.362 20.510 20.566 1 1 A SER 0.180 1 ATOM 18 C CA . SER 308 308 ? A -1.520 19.386 20.199 1 1 A SER 0.180 1 ATOM 19 C C . SER 308 308 ? A -0.914 19.766 18.859 1 1 A SER 0.180 1 ATOM 20 O O . SER 308 308 ? A -1.636 19.974 17.895 1 1 A SER 0.180 1 ATOM 21 C CB . SER 308 308 ? A -2.324 18.056 20.097 1 1 A SER 0.180 1 ATOM 22 O OG . SER 308 308 ? A -1.501 16.938 19.753 1 1 A SER 0.180 1 ATOM 23 N N . ALA 309 309 ? A 0.427 19.929 18.789 1 1 A ALA 0.180 1 ATOM 24 C CA . ALA 309 309 ? A 1.144 20.279 17.577 1 1 A ALA 0.180 1 ATOM 25 C C . ALA 309 309 ? A 2.334 19.345 17.430 1 1 A ALA 0.180 1 ATOM 26 O O . ALA 309 309 ? A 3.018 19.038 18.406 1 1 A ALA 0.180 1 ATOM 27 C CB . ALA 309 309 ? A 1.653 21.739 17.612 1 1 A ALA 0.180 1 ATOM 28 N N . GLN 310 310 ? A 2.611 18.852 16.206 1 1 A GLN 0.160 1 ATOM 29 C CA . GLN 310 310 ? 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A -4.743 27.255 -12.663 1 1 A LEU 0.220 1 HETATM 631 ZN ZN . ZN . 1 ? B 16.114 -0.611 6.105 1 2 '_' ZN . 1 HETATM 632 ZN ZN . ZN . 2 ? C 2.119 0.843 3.045 1 2 '_' ZN . 1 # # loop_ _atom_type.symbol C N O S ZN # # loop_ _ma_qa_metric.id _ma_qa_metric.name _ma_qa_metric.description _ma_qa_metric.type _ma_qa_metric.mode _ma_qa_metric.type_other_details _ma_qa_metric.software_group_id 1 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.565 2 1 3 0 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 306 HIS 1 0.150 2 1 A 307 SER 1 0.170 3 1 A 308 SER 1 0.180 4 1 A 309 ALA 1 0.180 5 1 A 310 GLN 1 0.160 6 1 A 311 PHE 1 0.150 7 1 A 312 ILE 1 0.140 8 1 A 313 ASP 1 0.500 9 1 A 314 SER 1 0.550 10 1 A 315 TYR 1 0.630 11 1 A 316 ILE 1 0.660 12 1 A 317 CYS 1 0.720 13 1 A 318 GLN 1 0.670 14 1 A 319 VAL 1 0.700 15 1 A 320 CYS 1 0.720 16 1 A 321 SER 1 0.640 17 1 A 322 ARG 1 0.570 18 1 A 323 GLY 1 0.540 19 1 A 324 ASP 1 0.540 20 1 A 325 GLU 1 0.620 21 1 A 326 ASP 1 0.590 22 1 A 327 ASP 1 0.610 23 1 A 328 LYS 1 0.660 24 1 A 329 LEU 1 0.730 25 1 A 330 LEU 1 0.750 26 1 A 331 PHE 1 0.700 27 1 A 332 CYS 1 0.770 28 1 A 333 ASP 1 0.720 29 1 A 334 GLY 1 0.700 30 1 A 335 CYS 1 0.700 31 1 A 336 ASP 1 0.640 32 1 A 337 ASP 1 0.720 33 1 A 338 ASN 1 0.690 34 1 A 339 TYR 1 0.720 35 1 A 340 HIS 1 0.740 36 1 A 341 ILE 1 0.670 37 1 A 342 PHE 1 0.610 38 1 A 343 CYS 1 0.710 39 1 A 344 LEU 1 0.690 40 1 A 345 LEU 1 0.520 41 1 A 346 PRO 1 0.420 42 1 A 347 PRO 1 0.560 43 1 A 348 LEU 1 0.600 44 1 A 349 PRO 1 0.510 45 1 A 350 GLU 1 0.490 46 1 A 351 ILE 1 0.610 47 1 A 352 PRO 1 0.680 48 1 A 353 ARG 1 0.360 49 1 A 354 GLY 1 0.370 50 1 A 355 ILE 1 0.620 51 1 A 356 TRP 1 0.670 52 1 A 357 ARG 1 0.700 53 1 A 358 CYS 1 0.740 54 1 A 359 PRO 1 0.700 55 1 A 360 LYS 1 0.660 56 1 A 361 CYS 1 0.730 57 1 A 362 ILE 1 0.700 58 1 A 363 LEU 1 0.650 59 1 A 364 ALA 1 0.700 60 1 A 365 GLU 1 0.640 61 1 A 366 CYS 1 0.630 62 1 A 367 LYS 1 0.620 63 1 A 368 GLN 1 0.610 64 1 A 369 PRO 1 0.620 65 1 A 370 PRO 1 0.600 66 1 A 371 GLU 1 0.560 67 1 A 372 ALA 1 0.540 68 1 A 373 PHE 1 0.450 69 1 A 374 GLY 1 0.660 70 1 A 375 PHE 1 0.560 71 1 A 376 GLU 1 0.560 72 1 A 377 GLN 1 0.500 73 1 A 378 ALA 1 0.580 74 1 A 379 THR 1 0.510 75 1 A 380 GLN 1 0.530 76 1 A 381 GLU 1 0.410 77 1 A 382 TYR 1 0.290 78 1 A 383 SER 1 0.220 79 1 A 384 LEU 1 0.220 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #