data_SMR-eff5045ef65f91f2700ac8d77c5b173c_4 _entry.id SMR-eff5045ef65f91f2700ac8d77c5b173c_4 _struct.entry_id SMR-eff5045ef65f91f2700ac8d77c5b173c_4 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - P55196 (isoform 2)/ AFAD_HUMAN, Afadin Estimated model accuracy of this model is 0.056, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries P55196 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 211275.121 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP AFAD_HUMAN P55196 1 ;MSAGGRDEERRKLADIIHHWNANRLDLFEISQPTEDLEFHGVMRFYFQDKAAGNFATKCIRVSSTATTQD VIETLAEKFRPDMRMLSSPKYSLYEVHVSGERRLDIDEKPLVVQLNWNKDDREGRFVLKNENDAIPPKAQ SNGPEKQEKEGVIQNFKRTLSKKEKKEKKKREKEALRQASDKDDRPFQGEDVENSRLAAEVYKDMPETSF TRTISNPEVVMKRRRQQKLEKRMQEFRSSDGRPDSGGTLRIYADSLKPNIPYKTILLSTTDPADFAVAEA LEKYGLEKENPKDYCIARVMLPPGAQHSDEKGAKEIILDDDECPLQIFREWPSDKGILVFQLKRRPPDHI PKKTKKHLEGKTPKGKERADGSGYGSTLPPEKLPYLVELSPDGSDSRDKPKLYRLQLSVTEVGTEKLDDN SIQLFGPGIQPHHCDLTNMDGVVTVTPRSMDAETYVEGQRISETTMLQSGMKVQFGASHVFKFVDPSQDH ALAKRSVDGGLMVKGPRHKPGIVQETTFDLGGDIHSGTALPTSKSTTRLDSDRVSSASSTAERGMVKPMI RVEQQPDYRRQESRTQDASGPELILPASIEFRESSEDSFLSAIINYTNSSTVHFKLSPTYVLYMACRYVL SNQYRPDISPTERTHKVIAVVNKMVSMMEGVIQKQKNIAGALAFWMANASELLNFIKQDRDLSRITLDAQ DVLAHLVQMAFKYLVHCLQSELNNYMPAFLDDPEENSLQRPKIDDVLHTLTGAMSLLRRCRVNAALTIQL FSQLFHFINMWLFNRLVTDPDSGLCSHYWGAIIRQQLGHIEAWAEKQGLELAADCHLSRIVQATTLLTMD KYAPDDIPNINSTCFKLNSLQLQALLQNYHCAPDEPFIPTDLIENVVTVAENTADELARSDGREVQLEED PDLQLPFLLPEDGYSCDVVRNIPNGLQEFLDPLCQRGFCRLIPHTRSPGTWTIYFEGADYESHLLRENTE LAQPLRKEPEIITVTLKKQNGMGLSIVAAKGAGQDKLGIYVKSVVKGGAADVDGRLAAGDQLLSVDGRSL VGLSQERAAELMTRTSSVVTLEVAKQGAIYHGLATLLNQPSPMMQRISDRRGSGKPRPKSEGFELYNNST QNGSPESPQLPWAEYSEPKKLPGDDRLMKNRADHRSSPNVANQPPSPGGKSAYASGTTAKITSVSTGNLC TEEQTPPPRPEAYPIPTQTYTREYFTFPASKSQDRMAPPQNQWPNYEEKPHMHTDSNHSSIAIQRVTRSQ EELREDKAYQLERHRIEAAMDRKSDSDMWINQSSSLDSSTSSQEHLNHSSKSVTPASTLTKSGPGRWKTP AAIPATPVAVSQPIRTDLPPPPPPPPVHYAGDFDGMSMDLPLPPPPSANQIGLPSAQVAAAERRKREEHQ RWYEKEKARLEEERERKRREQERKLGQMRTQSLNPAPFSPLTAQQMKPEKPSTLQRPQETVIRELQPQQQ PRTIERRDLQYITVSKEELSSGDSLSPDPWKRDAKEKLEKQQQMHIVDMLSKEIQELQSKPDRSAEESDR LRKLMLEWQFQKRLQESKQKDEDDEEEEDDDVDTMLIMQRLEAERRARVKGGVLWLCPSVVPILASACFP WG ; Afadin # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1612 1 1612 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . AFAD_HUMAN P55196 P55196-2 1 1612 9606 'Homo sapiens (Human)' 2010-02-09 202D7BEC1E825AB6 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MSAGGRDEERRKLADIIHHWNANRLDLFEISQPTEDLEFHGVMRFYFQDKAAGNFATKCIRVSSTATTQD VIETLAEKFRPDMRMLSSPKYSLYEVHVSGERRLDIDEKPLVVQLNWNKDDREGRFVLKNENDAIPPKAQ SNGPEKQEKEGVIQNFKRTLSKKEKKEKKKREKEALRQASDKDDRPFQGEDVENSRLAAEVYKDMPETSF TRTISNPEVVMKRRRQQKLEKRMQEFRSSDGRPDSGGTLRIYADSLKPNIPYKTILLSTTDPADFAVAEA LEKYGLEKENPKDYCIARVMLPPGAQHSDEKGAKEIILDDDECPLQIFREWPSDKGILVFQLKRRPPDHI PKKTKKHLEGKTPKGKERADGSGYGSTLPPEKLPYLVELSPDGSDSRDKPKLYRLQLSVTEVGTEKLDDN SIQLFGPGIQPHHCDLTNMDGVVTVTPRSMDAETYVEGQRISETTMLQSGMKVQFGASHVFKFVDPSQDH ALAKRSVDGGLMVKGPRHKPGIVQETTFDLGGDIHSGTALPTSKSTTRLDSDRVSSASSTAERGMVKPMI RVEQQPDYRRQESRTQDASGPELILPASIEFRESSEDSFLSAIINYTNSSTVHFKLSPTYVLYMACRYVL 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;MSAGGRDEERRKLADIIHHWNANRLDLFEISQPTEDLEFHGVMRFYFQDKAAGNFATKCIRVSSTATTQD VIETLAEKFRPDMRMLSSPKYSLYEVHVSGERRLDIDEKPLVVQLNWNKDDREGRFVLKNENDAIPPKAQ SNGPEKQEKEGVIQNFKRTLSKKEKKEKKKREKEALRQASDKDDRPFQGEDVENSRLAAEVYKDMPETSF TRTISNPEVVMKRRRQQKLEKRMQEFRSSDGRPDSGGTLRIYADSLKPNIPYKTILLSTTDPADFAVAEA LEKYGLEKENPKDYCIARVMLPPGAQHSDEKGAKEIILDDDECPLQIFREWPSDKGILVFQLKRRPPDHI PKKTKKHLEGKTPKGKERADGSGYGSTLPPEKLPYLVELSPDGSDSRDKPKLYRLQLSVTEVGTEKLDDN SIQLFGPGIQPHHCDLTNMDGVVTVTPRSMDAETYVEGQRISETTMLQSGMKVQFGASHVFKFVDPSQDH ALAKRSVDGGLMVKGPRHKPGIVQETTFDLGGDIHSGTALPTSKSTTRLDSDRVSSASSTAERGMVKPMI RVEQQPDYRRQESRTQDASGPELILPASIEFRESSEDSFLSAIINYTNSSTVHFKLSPTYVLYMACRYVL SNQYRPDISPTERTHKVIAVVNKMVSMMEGVIQKQKNIAGALAFWMANASELLNFIKQDRDLSRITLDAQ DVLAHLVQMAFKYLVHCLQSELNNYMPAFLDDPEENSLQRPKIDDVLHTLTGAMSLLRRCRVNAALTIQL FSQLFHFINMWLFNRLVTDPDSGLCSHYWGAIIRQQLGHIEAWAEKQGLELAADCHLSRIVQATTLLTMD KYAPDDIPNINSTCFKLNSLQLQALLQNYHCAPDEPFIPTDLIENVVTVAENTADELARSDGREVQLEED PDLQLPFLLPEDGYSCDVVRNIPNGLQEFLDPLCQRGFCRLIPHTRSPGTWTIYFEGADYESHLLRENTE LAQPLRKEPEIITVTLKKQNGMGLSIVAAKGAGQDKLGIYVKSVVKGGAADVDGRLAAGDQLLSVDGRSL VGLSQERAAELMTRTSSVVTLEVAKQGAIYHGLATLLNQPSPMMQRISDRRGSGKPRPKSEGFELYNNST QNGSPESPQLPWAEYSEPKKLPGDDRLMKNRADHRSSPNVANQPPSPGGKSAYASGTTAKITSVSTGNLC TEEQTPPPRPEAYPIPTQTYTREYFTFPASKSQDRMAPPQNQWPNYEEKPHMHTDSNHSSIAIQRVTRSQ EELREDKAYQLERHRIEAAMDRKSDSDMWINQSSSLDSSTSSQEHLNHSSKSVTPASTLTKSGPGRWKTP AAIPATPVAVSQPIRTDLPPPPPPPPVHYAGDFDGMSMDLPLPPPPSANQIGLPSAQVAAAERRKREEHQ RWYEKEKARLEEERERKRREQERKLGQMRTQSLNPAPFSPLTAQQMKPEKPSTLQRPQETVIRELQPQQQ PRTIERRDLQYITVSKEELSSGDSLSPDPWKRDAKEKLEKQQQMHIVDMLSKEIQELQSKPDRSAEESDR LRKLMLEWQFQKRLQESKQKDEDDEEEEDDDVDTMLIMQRLEAERRARVKGGVLWLCPSVVPILASACFP WG ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 SER . 1 3 ALA . 1 4 GLY . 1 5 GLY . 1 6 ARG . 1 7 ASP . 1 8 GLU . 1 9 GLU . 1 10 ARG . 1 11 ARG . 1 12 LYS . 1 13 LEU . 1 14 ALA . 1 15 ASP . 1 16 ILE . 1 17 ILE . 1 18 HIS . 1 19 HIS . 1 20 TRP . 1 21 ASN . 1 22 ALA . 1 23 ASN . 1 24 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A 1 1536 GLU 1536 ? ? ? A . A 1 1537 GLU 1537 ? ? ? A . A 1 1538 SER 1538 ? ? ? A . A 1 1539 ASP 1539 ? ? ? A . A 1 1540 ARG 1540 ? ? ? A . A 1 1541 LEU 1541 ? ? ? A . A 1 1542 ARG 1542 ? ? ? A . A 1 1543 LYS 1543 ? ? ? A . A 1 1544 LEU 1544 ? ? ? A . A 1 1545 MET 1545 ? ? ? A . A 1 1546 LEU 1546 ? ? ? A . A 1 1547 GLU 1547 ? ? ? A . A 1 1548 TRP 1548 ? ? ? A . A 1 1549 GLN 1549 ? ? ? A . A 1 1550 PHE 1550 ? ? ? A . A 1 1551 GLN 1551 ? ? ? A . A 1 1552 LYS 1552 ? ? ? A . A 1 1553 ARG 1553 ? ? ? A . A 1 1554 LEU 1554 ? ? ? A . A 1 1555 GLN 1555 ? ? ? A . A 1 1556 GLU 1556 ? ? ? A . A 1 1557 SER 1557 ? ? ? A . A 1 1558 LYS 1558 ? ? ? A . A 1 1559 GLN 1559 ? ? ? A . A 1 1560 LYS 1560 ? ? ? A . A 1 1561 ASP 1561 ? ? ? A . A 1 1562 GLU 1562 ? ? ? A . A 1 1563 ASP 1563 ? ? ? A . A 1 1564 ASP 1564 ? ? ? A . A 1 1565 GLU 1565 ? ? ? A . A 1 1566 GLU 1566 ? ? ? A . A 1 1567 GLU 1567 ? ? ? A . A 1 1568 GLU 1568 ? ? ? A . A 1 1569 ASP 1569 ? ? ? A . A 1 1570 ASP 1570 ? ? ? A . A 1 1571 ASP 1571 ? ? ? A . A 1 1572 VAL 1572 ? ? ? A . A 1 1573 ASP 1573 ? ? ? A . A 1 1574 THR 1574 ? ? ? A . A 1 1575 MET 1575 ? ? ? A . A 1 1576 LEU 1576 ? ? ? A . A 1 1577 ILE 1577 ? ? ? A . A 1 1578 MET 1578 ? ? ? A . A 1 1579 GLN 1579 ? ? ? A . A 1 1580 ARG 1580 ? ? ? A . A 1 1581 LEU 1581 ? ? ? A . A 1 1582 GLU 1582 ? ? ? A . A 1 1583 ALA 1583 ? ? ? A . A 1 1584 GLU 1584 ? ? ? A . A 1 1585 ARG 1585 ? ? ? A . A 1 1586 ARG 1586 ? ? ? A . A 1 1587 ALA 1587 ? ? ? A . A 1 1588 ARG 1588 ? ? ? A . A 1 1589 VAL 1589 ? ? ? A . A 1 1590 LYS 1590 ? ? ? A . A 1 1591 GLY 1591 ? ? ? A . A 1 1592 GLY 1592 ? ? ? A . A 1 1593 VAL 1593 ? ? ? A . A 1 1594 LEU 1594 ? ? ? A . A 1 1595 TRP 1595 ? ? ? A . A 1 1596 LEU 1596 ? ? ? A . A 1 1597 CYS 1597 ? ? ? A . A 1 1598 PRO 1598 ? ? ? A . A 1 1599 SER 1599 ? ? ? A . A 1 1600 VAL 1600 ? ? ? A . A 1 1601 VAL 1601 ? ? ? A . A 1 1602 PRO 1602 ? ? ? A . A 1 1603 ILE 1603 ? ? ? A . A 1 1604 LEU 1604 ? ? ? A . A 1 1605 ALA 1605 ? ? ? A . A 1 1606 SER 1606 ? ? ? A . A 1 1607 ALA 1607 ? ? ? A . A 1 1608 CYS 1608 ? ? ? A . A 1 1609 PHE 1609 ? ? ? A . A 1 1610 PRO 1610 ? ? ? A . A 1 1611 TRP 1611 ? ? ? A . A 1 1612 GLY 1612 ? ? ? A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Afadin {PDB ID=1wxa, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=1wxa.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 1wxa, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 4' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-27 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-22 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GSSGSSGSGGTLRIYADSLKPNIPYKTILLSTTDTADFAVAESLEKYGLEKENPKDYCIARVMLPPGAQH SDERGAKEIILDDDECPLQIFREWPSDKGILVFQLKRRPPSGPSSG ; ;GSSGSSGSGGTLRIYADSLKPNIPYKTILLSTTDTADFAVAESLEKYGLEKENPKDYCIARVMLPPGAQH SDERGAKEIILDDDECPLQIFREWPSDKGILVFQLKRRPPSGPSSG ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 8 110 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 1wxa 2024-05-29 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1612 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1612 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 1.1e-16 97.087 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MSAGGRDEERRKLADIIHHWNANRLDLFEISQPTEDLEFHGVMRFYFQDKAAGNFATKCIRVSSTATTQDVIETLAEKFRPDMRMLSSPKYSLYEVHVSGERRLDIDEKPLVVQLNWNKDDREGRFVLKNENDAIPPKAQSNGPEKQEKEGVIQNFKRTLSKKEKKEKKKREKEALRQASDKDDRPFQGEDVENSRLAAEVYKDMPETSFTRTISNPEVVMKRRRQQKLEKRMQEFRSSDGRPDSGGTLRIYADSLKPNIPYKTILLSTTDPADFAVAEALEKYGLEKENPKDYCIARVMLPPGAQHSDEKGAKEIILDDDECPLQIFREWPSDKGILVFQLKRRPPDHIPKKTKKHLEGKTPKGKERADGSGYGSTLPPEKLPYLVELSPDGSDSRDKPKLYRLQLSVTEVGTEKLDDNSIQLFGPGIQPHHCDLTNMDGVVTVTPRSMDAETYVEGQRISETTMLQSGMKVQFGASHVFKFVDPSQDHALAKRSVDGGLMVKGPRHKPGIVQETTFDLGGDIHSGTALPTSKSTTRLDSDRVSSASSTAERGMVKPMIRVEQQPDYRRQESRTQDASGPELILPASIEFRESSEDSFLSAIINYTNSSTVHFKLSPTYVLYMACRYVLSNQYRPDISPTERTHKVIAVVNKMVSMMEGVIQKQKNIAGALAFWMANASELLNFIKQDRDLSRITLDAQDVLAHLVQMAFKYLVHCLQSELNNYMPAFLDDPEENSLQRPKIDDVLHTLTGAMSLLRRCRVNAALTIQLFSQLFHFINMWLFNRLVTDPDSGLCSHYWGAIIRQQLGHIEAWAEKQGLELAADCHLSRIVQATTLLTMDKYAPDDIPNINSTCFKLNSLQLQALLQNYHCAPDEPFIPTDLIENVVTVAENTADELARSDGREVQLEEDPDLQLPFLLPEDGYSCDVVRNIPNGLQEFLDPLCQRGFCRLIPHTRSPGTWTIYFEGADYESHLLRENTELAQPLRKEPEIITVTLKKQNGMGLSIVAAKGAGQDKLGIYVKSVVKGGAADVDGRLAAGDQLLSVDGRSLVGLSQERAAELMTRTSSVVTLEVAKQGAIYHGLATLLNQPSPMMQRISDRRGSGKPRPKSEGFELYNNSTQNGSPESPQLPWAEYSEPKKLPGDDRLMKNRADHRSSPNVANQPPSPGGKSAYASGTTAKITSVSTGNLCTEEQTPPPRPEAYPIPTQTYTREYFTFPASKSQDRMAPPQNQWPNYEEKPHMHTDSNHSSIAIQRVTRSQEELREDKAYQLERHRIEAAMDRKSDSDMWINQSSSLDSSTSSQEHLNHSSKSVTPASTLTKSGPGRWKTPAAIPATPVAVSQPIRTDLPPPPPPPPVHYAGDFDGMSMDLPLPPPPSANQIGLPSAQVAAAERRKREEHQRWYEKEKARLEEERERKRREQERKLGQMRTQSLNPAPFSPLTAQQMKPEKPSTLQRPQETVIRELQPQQQPRTIERRDLQYITVSKEELSSGDSLSPDPWKRDAKEKLEKQQQMHIVDMLSKEIQELQSKPDRSAEESDRLRKLMLEWQFQKRLQESKQKDEDDEEEEDDDVDTMLIMQRLEAERRARVKGGVLWLCPSVVPILASACFPWG 2 1 2 ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------SGGTLRIYADSLKPNIPYKTILLSTTDTADFAVAESLEKYGLEKENPKDYCIARVMLPPGAQHSDERGAKEIILDDDECPLQIFREWPSDKGILVFQLKRRPP----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 1wxa.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 4' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . SER 245 245 ? A -5.380 -8.531 -17.936 1 1 A SER 0.400 1 ATOM 2 C CA . SER 245 245 ? A -4.230 -8.252 -16.989 1 1 A SER 0.400 1 ATOM 3 C C . SER 245 245 ? A -4.698 -7.569 -15.716 1 1 A SER 0.400 1 ATOM 4 O O . SER 245 245 ? A -4.579 -8.144 -14.646 1 1 A SER 0.400 1 ATOM 5 C CB . SER 245 245 ? A -3.044 -7.472 -17.651 1 1 A SER 0.400 1 ATOM 6 O OG . SER 245 245 ? A -1.858 -7.683 -16.889 1 1 A SER 0.400 1 ATOM 7 N N . GLY 246 246 ? A -5.297 -6.352 -15.792 1 1 A GLY 0.520 1 ATOM 8 C CA . GLY 246 246 ? A -5.782 -5.617 -14.623 1 1 A GLY 0.520 1 ATOM 9 C C . GLY 246 246 ? A -4.703 -4.680 -14.191 1 1 A GLY 0.520 1 ATOM 10 O O . GLY 246 246 ? A -4.747 -3.485 -14.479 1 1 A GLY 0.520 1 ATOM 11 N N . GLY 247 247 ? A -3.665 -5.228 -13.551 1 1 A GLY 0.780 1 ATOM 12 C CA . GLY 247 247 ? A -2.544 -4.453 -13.071 1 1 A GLY 0.780 1 ATOM 13 C C . GLY 247 247 ? A -1.939 -5.116 -11.883 1 1 A GLY 0.780 1 ATOM 14 O O . GLY 247 247 ? A -2.409 -6.134 -11.389 1 1 A GLY 0.780 1 ATOM 15 N N . THR 248 248 ? 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A -6.007 5.680 15.022 1 1 A PRO 0.420 1 ATOM 814 O OXT . PRO 347 347 ? A -9.892 7.699 14.659 1 1 A PRO 0.420 1 # # loop_ _atom_type.symbol C N O S # # loop_ _ma_qa_metric.id _ma_qa_metric.name _ma_qa_metric.description _ma_qa_metric.type _ma_qa_metric.mode _ma_qa_metric.type_other_details _ma_qa_metric.software_group_id 1 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.773 2 1 3 0.056 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 245 SER 1 0.400 2 1 A 246 GLY 1 0.520 3 1 A 247 GLY 1 0.780 4 1 A 248 THR 1 0.870 5 1 A 249 LEU 1 0.900 6 1 A 250 ARG 1 0.840 7 1 A 251 ILE 1 0.890 8 1 A 252 TYR 1 0.820 9 1 A 253 ALA 1 0.890 10 1 A 254 ASP 1 0.760 11 1 A 255 SER 1 0.760 12 1 A 256 LEU 1 0.800 13 1 A 257 LYS 1 0.750 14 1 A 258 PRO 1 0.730 15 1 A 259 ASN 1 0.640 16 1 A 260 ILE 1 0.680 17 1 A 261 PRO 1 0.750 18 1 A 262 TYR 1 0.760 19 1 A 263 LYS 1 0.860 20 1 A 264 THR 1 0.890 21 1 A 265 ILE 1 0.880 22 1 A 266 LEU 1 0.810 23 1 A 267 LEU 1 0.840 24 1 A 268 SER 1 0.760 25 1 A 269 THR 1 0.730 26 1 A 270 THR 1 0.670 27 1 A 271 ASP 1 0.750 28 1 A 272 PRO 1 0.860 29 1 A 273 ALA 1 0.910 30 1 A 274 ASP 1 0.890 31 1 A 275 PHE 1 0.870 32 1 A 276 ALA 1 0.950 33 1 A 277 VAL 1 0.930 34 1 A 278 ALA 1 0.950 35 1 A 279 GLU 1 0.900 36 1 A 280 ALA 1 0.960 37 1 A 281 LEU 1 0.890 38 1 A 282 GLU 1 0.840 39 1 A 283 LYS 1 0.860 40 1 A 284 TYR 1 0.860 41 1 A 285 GLY 1 0.890 42 1 A 286 LEU 1 0.820 43 1 A 287 GLU 1 0.760 44 1 A 288 LYS 1 0.720 45 1 A 289 GLU 1 0.790 46 1 A 290 ASN 1 0.850 47 1 A 291 PRO 1 0.890 48 1 A 292 LYS 1 0.850 49 1 A 293 ASP 1 0.860 50 1 A 294 TYR 1 0.860 51 1 A 295 CYS 1 0.900 52 1 A 296 ILE 1 0.890 53 1 A 297 ALA 1 0.910 54 1 A 298 ARG 1 0.800 55 1 A 299 VAL 1 0.850 56 1 A 300 MET 1 0.780 57 1 A 301 LEU 1 0.760 58 1 A 302 PRO 1 0.710 59 1 A 303 PRO 1 0.630 60 1 A 304 GLY 1 0.540 61 1 A 305 ALA 1 0.530 62 1 A 306 GLN 1 0.510 63 1 A 307 HIS 1 0.500 64 1 A 308 SER 1 0.370 65 1 A 309 ASP 1 0.480 66 1 A 310 GLU 1 0.600 67 1 A 311 LYS 1 0.510 68 1 A 312 GLY 1 0.620 69 1 A 313 ALA 1 0.790 70 1 A 314 LYS 1 0.740 71 1 A 315 GLU 1 0.770 72 1 A 316 ILE 1 0.750 73 1 A 317 ILE 1 0.790 74 1 A 318 LEU 1 0.820 75 1 A 319 ASP 1 0.750 76 1 A 320 ASP 1 0.780 77 1 A 321 ASP 1 0.750 78 1 A 322 GLU 1 0.770 79 1 A 323 CYS 1 0.840 80 1 A 324 PRO 1 0.900 81 1 A 325 LEU 1 0.840 82 1 A 326 GLN 1 0.760 83 1 A 327 ILE 1 0.820 84 1 A 328 PHE 1 0.820 85 1 A 329 ARG 1 0.740 86 1 A 330 GLU 1 0.770 87 1 A 331 TRP 1 0.730 88 1 A 332 PRO 1 0.750 89 1 A 333 SER 1 0.730 90 1 A 334 ASP 1 0.660 91 1 A 335 LYS 1 0.710 92 1 A 336 GLY 1 0.780 93 1 A 337 ILE 1 0.780 94 1 A 338 LEU 1 0.850 95 1 A 339 VAL 1 0.890 96 1 A 340 PHE 1 0.890 97 1 A 341 GLN 1 0.850 98 1 A 342 LEU 1 0.900 99 1 A 343 LYS 1 0.840 100 1 A 344 ARG 1 0.790 101 1 A 345 ARG 1 0.740 102 1 A 346 PRO 1 0.500 103 1 A 347 PRO 1 0.420 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #