data_SMR-eff5045ef65f91f2700ac8d77c5b173c_5 _entry.id SMR-eff5045ef65f91f2700ac8d77c5b173c_5 _struct.entry_id SMR-eff5045ef65f91f2700ac8d77c5b173c_5 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - P55196 (isoform 2)/ AFAD_HUMAN, Afadin Estimated model accuracy of this model is 0.036, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries P55196 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 5 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 211275.121 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP AFAD_HUMAN P55196 1 ;MSAGGRDEERRKLADIIHHWNANRLDLFEISQPTEDLEFHGVMRFYFQDKAAGNFATKCIRVSSTATTQD VIETLAEKFRPDMRMLSSPKYSLYEVHVSGERRLDIDEKPLVVQLNWNKDDREGRFVLKNENDAIPPKAQ SNGPEKQEKEGVIQNFKRTLSKKEKKEKKKREKEALRQASDKDDRPFQGEDVENSRLAAEVYKDMPETSF TRTISNPEVVMKRRRQQKLEKRMQEFRSSDGRPDSGGTLRIYADSLKPNIPYKTILLSTTDPADFAVAEA LEKYGLEKENPKDYCIARVMLPPGAQHSDEKGAKEIILDDDECPLQIFREWPSDKGILVFQLKRRPPDHI PKKTKKHLEGKTPKGKERADGSGYGSTLPPEKLPYLVELSPDGSDSRDKPKLYRLQLSVTEVGTEKLDDN SIQLFGPGIQPHHCDLTNMDGVVTVTPRSMDAETYVEGQRISETTMLQSGMKVQFGASHVFKFVDPSQDH ALAKRSVDGGLMVKGPRHKPGIVQETTFDLGGDIHSGTALPTSKSTTRLDSDRVSSASSTAERGMVKPMI RVEQQPDYRRQESRTQDASGPELILPASIEFRESSEDSFLSAIINYTNSSTVHFKLSPTYVLYMACRYVL SNQYRPDISPTERTHKVIAVVNKMVSMMEGVIQKQKNIAGALAFWMANASELLNFIKQDRDLSRITLDAQ DVLAHLVQMAFKYLVHCLQSELNNYMPAFLDDPEENSLQRPKIDDVLHTLTGAMSLLRRCRVNAALTIQL FSQLFHFINMWLFNRLVTDPDSGLCSHYWGAIIRQQLGHIEAWAEKQGLELAADCHLSRIVQATTLLTMD KYAPDDIPNINSTCFKLNSLQLQALLQNYHCAPDEPFIPTDLIENVVTVAENTADELARSDGREVQLEED PDLQLPFLLPEDGYSCDVVRNIPNGLQEFLDPLCQRGFCRLIPHTRSPGTWTIYFEGADYESHLLRENTE LAQPLRKEPEIITVTLKKQNGMGLSIVAAKGAGQDKLGIYVKSVVKGGAADVDGRLAAGDQLLSVDGRSL VGLSQERAAELMTRTSSVVTLEVAKQGAIYHGLATLLNQPSPMMQRISDRRGSGKPRPKSEGFELYNNST QNGSPESPQLPWAEYSEPKKLPGDDRLMKNRADHRSSPNVANQPPSPGGKSAYASGTTAKITSVSTGNLC TEEQTPPPRPEAYPIPTQTYTREYFTFPASKSQDRMAPPQNQWPNYEEKPHMHTDSNHSSIAIQRVTRSQ EELREDKAYQLERHRIEAAMDRKSDSDMWINQSSSLDSSTSSQEHLNHSSKSVTPASTLTKSGPGRWKTP AAIPATPVAVSQPIRTDLPPPPPPPPVHYAGDFDGMSMDLPLPPPPSANQIGLPSAQVAAAERRKREEHQ RWYEKEKARLEEERERKRREQERKLGQMRTQSLNPAPFSPLTAQQMKPEKPSTLQRPQETVIRELQPQQQ PRTIERRDLQYITVSKEELSSGDSLSPDPWKRDAKEKLEKQQQMHIVDMLSKEIQELQSKPDRSAEESDR LRKLMLEWQFQKRLQESKQKDEDDEEEEDDDVDTMLIMQRLEAERRARVKGGVLWLCPSVVPILASACFP WG ; Afadin # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1612 1 1612 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . AFAD_HUMAN P55196 P55196-2 1 1612 9606 'Homo sapiens (Human)' 2010-02-09 202D7BEC1E825AB6 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MSAGGRDEERRKLADIIHHWNANRLDLFEISQPTEDLEFHGVMRFYFQDKAAGNFATKCIRVSSTATTQD VIETLAEKFRPDMRMLSSPKYSLYEVHVSGERRLDIDEKPLVVQLNWNKDDREGRFVLKNENDAIPPKAQ SNGPEKQEKEGVIQNFKRTLSKKEKKEKKKREKEALRQASDKDDRPFQGEDVENSRLAAEVYKDMPETSF TRTISNPEVVMKRRRQQKLEKRMQEFRSSDGRPDSGGTLRIYADSLKPNIPYKTILLSTTDPADFAVAEA LEKYGLEKENPKDYCIARVMLPPGAQHSDEKGAKEIILDDDECPLQIFREWPSDKGILVFQLKRRPPDHI PKKTKKHLEGKTPKGKERADGSGYGSTLPPEKLPYLVELSPDGSDSRDKPKLYRLQLSVTEVGTEKLDDN SIQLFGPGIQPHHCDLTNMDGVVTVTPRSMDAETYVEGQRISETTMLQSGMKVQFGASHVFKFVDPSQDH ALAKRSVDGGLMVKGPRHKPGIVQETTFDLGGDIHSGTALPTSKSTTRLDSDRVSSASSTAERGMVKPMI RVEQQPDYRRQESRTQDASGPELILPASIEFRESSEDSFLSAIINYTNSSTVHFKLSPTYVLYMACRYVL 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;MSAGGRDEERRKLADIIHHWNANRLDLFEISQPTEDLEFHGVMRFYFQDKAAGNFATKCIRVSSTATTQD VIETLAEKFRPDMRMLSSPKYSLYEVHVSGERRLDIDEKPLVVQLNWNKDDREGRFVLKNENDAIPPKAQ SNGPEKQEKEGVIQNFKRTLSKKEKKEKKKREKEALRQASDKDDRPFQGEDVENSRLAAEVYKDMPETSF TRTISNPEVVMKRRRQQKLEKRMQEFRSSDGRPDSGGTLRIYADSLKPNIPYKTILLSTTDPADFAVAEA LEKYGLEKENPKDYCIARVMLPPGAQHSDEKGAKEIILDDDECPLQIFREWPSDKGILVFQLKRRPPDHI PKKTKKHLEGKTPKGKERADGSGYGSTLPPEKLPYLVELSPDGSDSRDKPKLYRLQLSVTEVGTEKLDDN SIQLFGPGIQPHHCDLTNMDGVVTVTPRSMDAETYVEGQRISETTMLQSGMKVQFGASHVFKFVDPSQDH ALAKRSVDGGLMVKGPRHKPGIVQETTFDLGGDIHSGTALPTSKSTTRLDSDRVSSASSTAERGMVKPMI RVEQQPDYRRQESRTQDASGPELILPASIEFRESSEDSFLSAIINYTNSSTVHFKLSPTYVLYMACRYVL SNQYRPDISPTERTHKVIAVVNKMVSMMEGVIQKQKNIAGALAFWMANASELLNFIKQDRDLSRITLDAQ DVLAHLVQMAFKYLVHCLQSELNNYMPAFLDDPEENSLQRPKIDDVLHTLTGAMSLLRRCRVNAALTIQL FSQLFHFINMWLFNRLVTDPDSGLCSHYWGAIIRQQLGHIEAWAEKQGLELAADCHLSRIVQATTLLTMD KYAPDDIPNINSTCFKLNSLQLQALLQNYHCAPDEPFIPTDLIENVVTVAENTADELARSDGREVQLEED PDLQLPFLLPEDGYSCDVVRNIPNGLQEFLDPLCQRGFCRLIPHTRSPGTWTIYFEGADYESHLLRENTE LAQPLRKEPEIITVTLKKQNGMGLSIVAAKGAGQDKLGIYVKSVVKGGAADVDGRLAAGDQLLSVDGRSL VGLSQERAAELMTRTSSVVTLEVAKQGAIYHGLATLLNQPSPMMQRISDRRGSGKPRPKSEGFELYNNST QNGSPESPQLPWAEYSEPKKLPGDDRLMKNRADHRSSPNVANQPPSPGGKSAYASGTTAKITSVSTGNLC TEEQTPPPRPEAYPIPTQTYTREYFTFPASKSQDRMAPPQNQWPNYEEKPHMHTDSNHSSIAIQRVTRSQ EELREDKAYQLERHRIEAAMDRKSDSDMWINQSSSLDSSTSSQEHLNHSSKSVTPASTLTKSGPGRWKTP AAIPATPVAVSQPIRTDLPPPPPPPPVHYAGDFDGMSMDLPLPPPPSANQIGLPSAQVAAAERRKREEHQ RWYEKEKARLEEERERKRREQERKLGQMRTQSLNPAPFSPLTAQQMKPEKPSTLQRPQETVIRELQPQQQ PRTIERRDLQYITVSKEELSSGDSLSPDPWKRDAKEKLEKQQQMHIVDMLSKEIQELQSKPDRSAEESDR LRKLMLEWQFQKRLQESKQKDEDDEEEEDDDVDTMLIMQRLEAERRARVKGGVLWLCPSVVPILASACFP WG ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 SER . 1 3 ALA . 1 4 GLY . 1 5 GLY . 1 6 ARG . 1 7 ASP . 1 8 GLU . 1 9 GLU . 1 10 ARG . 1 11 ARG . 1 12 LYS . 1 13 LEU . 1 14 ALA . 1 15 ASP . 1 16 ILE . 1 17 ILE . 1 18 HIS . 1 19 HIS . 1 20 TRP . 1 21 ASN . 1 22 ALA . 1 23 ASN . 1 24 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A 1 1536 GLU 1536 ? ? ? A . A 1 1537 GLU 1537 ? ? ? A . A 1 1538 SER 1538 ? ? ? A . A 1 1539 ASP 1539 ? ? ? A . A 1 1540 ARG 1540 ? ? ? A . A 1 1541 LEU 1541 ? ? ? A . A 1 1542 ARG 1542 ? ? ? A . A 1 1543 LYS 1543 ? ? ? A . A 1 1544 LEU 1544 ? ? ? A . A 1 1545 MET 1545 ? ? ? A . A 1 1546 LEU 1546 ? ? ? A . A 1 1547 GLU 1547 ? ? ? A . A 1 1548 TRP 1548 ? ? ? A . A 1 1549 GLN 1549 ? ? ? A . A 1 1550 PHE 1550 ? ? ? A . A 1 1551 GLN 1551 ? ? ? A . A 1 1552 LYS 1552 ? ? ? A . A 1 1553 ARG 1553 ? ? ? A . A 1 1554 LEU 1554 ? ? ? A . A 1 1555 GLN 1555 ? ? ? A . A 1 1556 GLU 1556 ? ? ? A . A 1 1557 SER 1557 ? ? ? A . A 1 1558 LYS 1558 ? ? ? A . A 1 1559 GLN 1559 ? ? ? A . A 1 1560 LYS 1560 ? ? ? A . A 1 1561 ASP 1561 ? ? ? A . A 1 1562 GLU 1562 ? ? ? A . A 1 1563 ASP 1563 ? ? ? A . A 1 1564 ASP 1564 ? ? ? A . A 1 1565 GLU 1565 ? ? ? A . A 1 1566 GLU 1566 ? ? ? A . A 1 1567 GLU 1567 ? ? ? A . A 1 1568 GLU 1568 ? ? ? A . A 1 1569 ASP 1569 ? ? ? A . A 1 1570 ASP 1570 ? ? ? A . A 1 1571 ASP 1571 ? ? ? A . A 1 1572 VAL 1572 ? ? ? A . A 1 1573 ASP 1573 ? ? ? A . A 1 1574 THR 1574 ? ? ? A . A 1 1575 MET 1575 ? ? ? A . A 1 1576 LEU 1576 ? ? ? A . A 1 1577 ILE 1577 ? ? ? A . A 1 1578 MET 1578 ? ? ? A . A 1 1579 GLN 1579 ? ? ? A . A 1 1580 ARG 1580 ? ? ? A . A 1 1581 LEU 1581 ? ? ? A . A 1 1582 GLU 1582 ? ? ? A . A 1 1583 ALA 1583 ? ? ? A . A 1 1584 GLU 1584 ? ? ? A . A 1 1585 ARG 1585 ? ? ? A . A 1 1586 ARG 1586 ? ? ? A . A 1 1587 ALA 1587 ? ? ? A . A 1 1588 ARG 1588 ? ? ? A . A 1 1589 VAL 1589 ? ? ? A . A 1 1590 LYS 1590 ? ? ? A . A 1 1591 GLY 1591 ? ? ? A . A 1 1592 GLY 1592 ? ? ? A . A 1 1593 VAL 1593 ? ? ? A . A 1 1594 LEU 1594 ? ? ? A . A 1 1595 TRP 1595 ? ? ? A . A 1 1596 LEU 1596 ? ? ? A . A 1 1597 CYS 1597 ? ? ? A . A 1 1598 PRO 1598 ? ? ? A . A 1 1599 SER 1599 ? ? ? A . A 1 1600 VAL 1600 ? ? ? A . A 1 1601 VAL 1601 ? ? ? A . A 1 1602 PRO 1602 ? ? ? A . A 1 1603 ILE 1603 ? ? ? A . A 1 1604 LEU 1604 ? ? ? A . A 1 1605 ALA 1605 ? ? ? A . A 1 1606 SER 1606 ? ? ? A . A 1 1607 ALA 1607 ? ? ? A . A 1 1608 CYS 1608 ? ? ? A . A 1 1609 PHE 1609 ? ? ? A . A 1 1610 PRO 1610 ? ? ? A . A 1 1611 TRP 1611 ? ? ? A . A 1 1612 GLY 1612 ? ? ? A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Afadin {PDB ID=1wln, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=1wln.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by BLAST to 1wln, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 5' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-27 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-22 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GSSGSSGPEKLPYLVELSPDGSDSRDKPKLYRLQLSVTEVGTEKFDDNSIQLFGPGIQPHHCDLTNMDGV VTVTPRSMDAETYVDGQRISETTMLQSGMRLQFGTSHVFKFVDPSGPSSG ; ;GSSGSSGPEKLPYLVELSPDGSDSRDKPKLYRLQLSVTEVGTEKFDDNSIQLFGPGIQPHHCDLTNMDGV VTVTPRSMDAETYVDGQRISETTMLQSGMRLQFGTSHVFKFVDPSGPSSG ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 8 114 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 1wln 2024-05-29 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1612 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1612 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'BLAST e-value' . 4.91e-65 95.327 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MSAGGRDEERRKLADIIHHWNANRLDLFEISQPTEDLEFHGVMRFYFQDKAAGNFATKCIRVSSTATTQDVIETLAEKFRPDMRMLSSPKYSLYEVHVSGERRLDIDEKPLVVQLNWNKDDREGRFVLKNENDAIPPKAQSNGPEKQEKEGVIQNFKRTLSKKEKKEKKKREKEALRQASDKDDRPFQGEDVENSRLAAEVYKDMPETSFTRTISNPEVVMKRRRQQKLEKRMQEFRSSDGRPDSGGTLRIYADSLKPNIPYKTILLSTTDPADFAVAEALEKYGLEKENPKDYCIARVMLPPGAQHSDEKGAKEIILDDDECPLQIFREWPSDKGILVFQLKRRPPDHIPKKTKKHLEGKTPKGKERADGSGYGSTLPPEKLPYLVELSPDGSDSRDKPKLYRLQLSVTEVGTEKLDDNSIQLFGPGIQPHHCDLTNMDGVVTVTPRSMDAETYVEGQRISETTMLQSGMKVQFGASHVFKFVDPSQDHALAKRSVDGGLMVKGPRHKPGIVQETTFDLGGDIHSGTALPTSKSTTRLDSDRVSSASSTAERGMVKPMIRVEQQPDYRRQESRTQDASGPELILPASIEFRESSEDSFLSAIINYTNSSTVHFKLSPTYVLYMACRYVLSNQYRPDISPTERTHKVIAVVNKMVSMMEGVIQKQKNIAGALAFWMANASELLNFIKQDRDLSRITLDAQDVLAHLVQMAFKYLVHCLQSELNNYMPAFLDDPEENSLQRPKIDDVLHTLTGAMSLLRRCRVNAALTIQLFSQLFHFINMWLFNRLVTDPDSGLCSHYWGAIIRQQLGHIEAWAEKQGLELAADCHLSRIVQATTLLTMDKYAPDDIPNINSTCFKLNSLQLQALLQNYHCAPDEPFIPTDLIENVVTVAENTADELARSDGREVQLEEDPDLQLPFLLPEDGYSCDVVRNIPNGLQEFLDPLCQRGFCRLIPHTRSPGTWTIYFEGADYESHLLRENTELAQPLRKEPEIITVTLKKQNGMGLSIVAAKGAGQDKLGIYVKSVVKGGAADVDGRLAAGDQLLSVDGRSLVGLSQERAAELMTRTSSVVTLEVAKQGAIYHGLATLLNQPSPMMQRISDRRGSGKPRPKSEGFELYNNSTQNGSPESPQLPWAEYSEPKKLPGDDRLMKNRADHRSSPNVANQPPSPGGKSAYASGTTAKITSVSTGNLCTEEQTPPPRPEAYPIPTQTYTREYFTFPASKSQDRMAPPQNQWPNYEEKPHMHTDSNHSSIAIQRVTRSQEELREDKAYQLERHRIEAAMDRKSDSDMWINQSSSLDSSTSSQEHLNHSSKSVTPASTLTKSGPGRWKTPAAIPATPVAVSQPIRTDLPPPPPPPPVHYAGDFDGMSMDLPLPPPPSANQIGLPSAQVAAAERRKREEHQRWYEKEKARLEEERERKRREQERKLGQMRTQSLNPAPFSPLTAQQMKPEKPSTLQRPQETVIRELQPQQQPRTIERRDLQYITVSKEELSSGDSLSPDPWKRDAKEKLEKQQQMHIVDMLSKEIQELQSKPDRSAEESDRLRKLMLEWQFQKRLQESKQKDEDDEEEEDDDVDTMLIMQRLEAERRARVKGGVLWLCPSVVPILASACFPWG 2 1 2 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------PEKLPYLVELSPDGSDSRDKPKLYRLQLSVTEVGTEKFDDNSIQLFGPGIQPHHCDLTNMDGVVTVTPRSMDAETYVDGQRISETTMLQSGMRLQFGTSHVFKFVDP---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 1wln.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 5' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . 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A 2.225 -14.423 11.783 1 1 A GLU 0.460 1 ATOM 16 O OE2 . GLU 381 381 ? A 1.257 -16.211 12.690 1 1 A GLU 0.460 1 ATOM 17 N N . LYS 382 382 ? A -0.104 -11.488 9.568 1 1 A LYS 0.500 1 ATOM 18 C CA . LYS 382 382 ? A 0.848 -11.061 8.578 1 1 A LYS 0.500 1 ATOM 19 C C . LYS 382 382 ? A 0.021 -10.464 7.440 1 1 A LYS 0.500 1 ATOM 20 O O . LYS 382 382 ? A -0.117 -10.992 6.346 1 1 A LYS 0.500 1 ATOM 21 C CB . LYS 382 382 ? A 1.721 -12.258 8.118 1 1 A LYS 0.500 1 ATOM 22 C CG . LYS 382 382 ? A 0.942 -13.459 7.545 1 1 A LYS 0.500 1 ATOM 23 C CD . LYS 382 382 ? A 1.527 -14.818 7.945 1 1 A LYS 0.500 1 ATOM 24 C CE . LYS 382 382 ? A 2.417 -15.426 6.857 1 1 A LYS 0.500 1 ATOM 25 N NZ . LYS 382 382 ? A 3.828 -15.042 7.072 1 1 A LYS 0.500 1 ATOM 26 N N . LEU 383 383 ? A -0.669 -9.343 7.735 1 1 A LEU 0.570 1 ATOM 27 C CA . LEU 383 383 ? A -1.459 -8.615 6.758 1 1 A LEU 0.570 1 ATOM 28 C C . LEU 383 383 ? A -0.851 -7.271 6.484 1 1 A LEU 0.570 1 ATOM 29 O O . LEU 383 383 ? 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A -16.165 4.547 -6.595 1 1 A ARG 0.680 1 ATOM 536 N NH1 . ARG 448 448 ? A -15.759 5.558 -7.353 1 1 A ARG 0.680 1 ATOM 537 N NH2 . ARG 448 448 ? A -17.415 4.580 -6.130 1 1 A ARG 0.680 1 ATOM 538 N N . SER 449 449 ? A -11.459 8.138 -7.239 1 1 A SER 0.740 1 ATOM 539 C CA . SER 449 449 ? A -11.635 9.491 -7.706 1 1 A SER 0.740 1 ATOM 540 C C . SER 449 449 ? A -10.344 9.919 -8.343 1 1 A SER 0.740 1 ATOM 541 O O . SER 449 449 ? A -9.275 9.730 -7.775 1 1 A SER 0.740 1 ATOM 542 C CB . SER 449 449 ? A -11.964 10.480 -6.564 1 1 A SER 0.740 1 ATOM 543 O OG . SER 449 449 ? A -13.258 10.187 -6.043 1 1 A SER 0.740 1 ATOM 544 N N . MET 450 450 ? A -10.414 10.498 -9.555 1 1 A MET 0.600 1 ATOM 545 C CA . MET 450 450 ? A -9.298 11.067 -10.295 1 1 A MET 0.600 1 ATOM 546 C C . MET 450 450 ? A -8.651 12.282 -9.651 1 1 A MET 0.600 1 ATOM 547 O O . MET 450 450 ? A -7.433 12.441 -9.745 1 1 A MET 0.600 1 ATOM 548 C CB . MET 450 450 ? A -9.754 11.445 -11.726 1 1 A MET 0.600 1 ATOM 549 C CG . MET 450 450 ? A -9.272 10.429 -12.779 1 1 A MET 0.600 1 ATOM 550 S SD . MET 450 450 ? A -7.608 10.808 -13.428 1 1 A MET 0.600 1 ATOM 551 C CE . MET 450 450 ? A -7.519 9.369 -14.529 1 1 A MET 0.600 1 ATOM 552 N N . ASP 451 451 ? A -9.467 13.157 -9.005 1 1 A ASP 0.650 1 ATOM 553 C CA . ASP 451 451 ? A -9.051 14.302 -8.212 1 1 A ASP 0.650 1 ATOM 554 C C . ASP 451 451 ? A -8.153 13.906 -7.073 1 1 A ASP 0.650 1 ATOM 555 O O . ASP 451 451 ? A -7.172 14.570 -6.785 1 1 A ASP 0.650 1 ATOM 556 C CB . ASP 451 451 ? A -10.275 15.002 -7.568 1 1 A ASP 0.650 1 ATOM 557 C CG . ASP 451 451 ? A -11.162 15.494 -8.683 1 1 A ASP 0.650 1 ATOM 558 O OD1 . ASP 451 451 ? A -11.964 14.652 -9.168 1 1 A ASP 0.650 1 ATOM 559 O OD2 . ASP 451 451 ? A -11.018 16.672 -9.087 1 1 A ASP 0.650 1 ATOM 560 N N . ALA 452 452 ? A -8.486 12.775 -6.413 1 1 A ALA 0.800 1 ATOM 561 C CA . ALA 452 452 ? A -7.705 12.196 -5.353 1 1 A ALA 0.800 1 ATOM 562 C C . ALA 452 452 ? A -6.334 11.757 -5.829 1 1 A ALA 0.800 1 ATOM 563 O O . ALA 452 452 ? 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.701 2 1 3 0.036 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 380 PRO 1 0.470 2 1 A 381 GLU 1 0.460 3 1 A 382 LYS 1 0.500 4 1 A 383 LEU 1 0.570 5 1 A 384 PRO 1 0.700 6 1 A 385 TYR 1 0.690 7 1 A 386 LEU 1 0.790 8 1 A 387 VAL 1 0.760 9 1 A 388 GLU 1 0.730 10 1 A 389 LEU 1 0.680 11 1 A 390 SER 1 0.690 12 1 A 391 PRO 1 0.710 13 1 A 392 ASP 1 0.610 14 1 A 393 GLY 1 0.760 15 1 A 394 SER 1 0.670 16 1 A 395 ASP 1 0.580 17 1 A 396 SER 1 0.550 18 1 A 397 ARG 1 0.550 19 1 A 398 ASP 1 0.500 20 1 A 399 LYS 1 0.520 21 1 A 400 PRO 1 0.660 22 1 A 401 LYS 1 0.640 23 1 A 402 LEU 1 0.730 24 1 A 403 TYR 1 0.740 25 1 A 404 ARG 1 0.680 26 1 A 405 LEU 1 0.700 27 1 A 406 GLN 1 0.560 28 1 A 407 LEU 1 0.450 29 1 A 408 SER 1 0.490 30 1 A 409 VAL 1 0.620 31 1 A 410 THR 1 0.700 32 1 A 411 GLU 1 0.740 33 1 A 412 VAL 1 0.810 34 1 A 413 GLY 1 0.820 35 1 A 414 THR 1 0.720 36 1 A 415 GLU 1 0.620 37 1 A 416 LYS 1 0.550 38 1 A 417 LEU 1 0.540 39 1 A 418 ASP 1 0.520 40 1 A 419 ASP 1 0.500 41 1 A 420 ASN 1 0.640 42 1 A 421 SER 1 0.680 43 1 A 422 ILE 1 0.770 44 1 A 423 GLN 1 0.730 45 1 A 424 LEU 1 0.760 46 1 A 425 PHE 1 0.600 47 1 A 426 GLY 1 0.690 48 1 A 427 PRO 1 0.610 49 1 A 428 GLY 1 0.710 50 1 A 429 ILE 1 0.760 51 1 A 430 GLN 1 0.730 52 1 A 431 PRO 1 0.750 53 1 A 432 HIS 1 0.740 54 1 A 433 HIS 1 0.790 55 1 A 434 CYS 1 0.840 56 1 A 435 ASP 1 0.790 57 1 A 436 LEU 1 0.790 58 1 A 437 THR 1 0.700 59 1 A 438 ASN 1 0.620 60 1 A 439 MET 1 0.470 61 1 A 440 ASP 1 0.480 62 1 A 441 GLY 1 0.600 63 1 A 442 VAL 1 0.670 64 1 A 443 VAL 1 0.770 65 1 A 444 THR 1 0.800 66 1 A 445 VAL 1 0.840 67 1 A 446 THR 1 0.810 68 1 A 447 PRO 1 0.790 69 1 A 448 ARG 1 0.680 70 1 A 449 SER 1 0.740 71 1 A 450 MET 1 0.600 72 1 A 451 ASP 1 0.650 73 1 A 452 ALA 1 0.800 74 1 A 453 GLU 1 0.730 75 1 A 454 THR 1 0.790 76 1 A 455 TYR 1 0.750 77 1 A 456 VAL 1 0.820 78 1 A 457 GLU 1 0.760 79 1 A 458 GLY 1 0.750 80 1 A 459 GLN 1 0.720 81 1 A 460 ARG 1 0.670 82 1 A 461 ILE 1 0.670 83 1 A 462 SER 1 0.660 84 1 A 463 GLU 1 0.730 85 1 A 464 THR 1 0.810 86 1 A 465 THR 1 0.770 87 1 A 466 MET 1 0.710 88 1 A 467 LEU 1 0.810 89 1 A 468 GLN 1 0.740 90 1 A 469 SER 1 0.780 91 1 A 470 GLY 1 0.800 92 1 A 471 MET 1 0.770 93 1 A 472 LYS 1 0.810 94 1 A 473 VAL 1 0.850 95 1 A 474 GLN 1 0.790 96 1 A 475 PHE 1 0.810 97 1 A 476 GLY 1 0.810 98 1 A 477 ALA 1 0.830 99 1 A 478 SER 1 0.820 100 1 A 479 HIS 1 0.820 101 1 A 480 VAL 1 0.830 102 1 A 481 PHE 1 0.840 103 1 A 482 LYS 1 0.840 104 1 A 483 PHE 1 0.840 105 1 A 484 VAL 1 0.840 106 1 A 485 ASP 1 0.680 107 1 A 486 PRO 1 0.650 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #