data_SMR-a38078fceba1138fd720b2f3a83c8328_4 _entry.id SMR-a38078fceba1138fd720b2f3a83c8328_4 _struct.entry_id SMR-a38078fceba1138fd720b2f3a83c8328_4 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q8BJ34 (isoform 2)/ MARF1_MOUSE, Meiosis regulator and mRNA stability factor 1 Estimated model accuracy of this model is 0.051, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q8BJ34 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 223271.162 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP MARF1_MOUSE Q8BJ34 1 ;MEGKGTENPCSRTLGWFHQDNDAKPWLWKFSGCFSRPEQTLPLSSQTKEYMENKKAAVELKDIPSPLHVG SKFFPAVPLPDIRSLQQPKVQLSAIPKVSCCAHCPNEPSTSPMRFGGGSGSSGGSGSLIHTGSLLDSPST GTVTCQVGSGFAFQSVSSLQNASTRNNLVGLSSDFPSMCVESNLPSCKHLSCCGKLHFQSCHSNVHKLHQ FQNLQGCASAGYFPCSDFPSGAPGHLEERLSHSELTPHLCTNSLHLNVAPPVCLKGSLYCEDCLNKPARN SIIDAAKIWPNIPPPSTQPAPPAIPVCNGCGTKGMEKETSLLLATSLGKTASKFGSPEVAVTGQVLETLP PIGVFWDIENCSVPSGRSATTVVQRIREKFFRGHREAEFICVCDISKENKEVIQELNNCQVTVAHINATA KNAADDKLRQSLRRFANTHTAPATVVLVSTDVNFALELSDLRHRHGFHIILVHKNQASEALLHHANQLIR FEEFISDLPPRLPLKIPQCHTLLYVYNLPANKDGKSISNRLRRLSDNCGGKVLSITGCSAILRFINQDSA ERAQKRMENEDVFGNRIIVSFTPKHREFFEAKSSNAIADKVKSPKKVKNTKLCLIKDTSEQSPSVKAMPG KVLQANSGSATKTTNIKSLQELCRMESKSGNRNSDHQQGHGRLAALPNSGPTASVPIVKNTGVTEPLYRS SQKKENPSSQSTVNSPVEKKKREETVFQVSYPSAFSKLIASRQVSPLLTSQSWSPRASPLAFNIANPSSG ADCPDPFANGVDIQVSNVDYRLSRKELQQLLQEAFSKHGQVKSVELSPHTDYQLKAIVQMRNLHEAICAV NSLHRHKIGSKKILVSLSTGAANKSLSLLSTETMSILQDAPACCLPLFKFIDIYEKKYGHKLNVSDLYKL TDTIAIREQGNGRLVCLLPSNQARQSPLGSSQSHDGSSSNCSPVLFEELEYHEPVCKQHCSNKDFSELVF DPDSYKIPFVVLSLKVFAPQVHSLLQTHQGTVPLLSFPDCYAAEFGDLEITQDSHKGVPLEHFITCIPGV NIATAQNGVKVVKWIHNKPPPPNTDPWLLRSKSPVRNPQLIQFSREVIDLLKTQPSCILPVSNFIPSYHH HFGKQCRVSDYGYSKLIELLEAVPHVLQILGMGSKRLMTLTHRAQVKRFTQDLLKLLKSQASKQVIVRDF SQAYHWCFSKDWDVTEYGVCDLIDIISEIPDTTICLSQQDDDMVICIRKRERTQDEIERTKQFSKDVVDL LRHQPHFRMPFNKFIPSYHHHFGRQCKLAYYGFTKLLELLEAIPEILQVLECGEEKILTLTEVERFKALA AQFVKLLRSQKGNCLMMTDLFTEYAKTFGYTFRLQDYDVSSVSALTQKLCHVVKVADMESGKQIQLINRK SLRSLTAQLLVLLMSWEGDAYLPVDELRRHYETTHSTPLNPCEYGFMTLTELLKSLPYLVEVCTNDKAEE YVKLTSLYLFAKNVRSLLHTYHYQQIFLHEFSMAYNKYVGETLQPKTYGYSSVEELLGAIPQVVWIKGHG HKRIVVLKNDMKNRLSSFDLFSVNHEDQPAVSRQILAVPESHLASELQLRTGPSQMEQELLHLASSSPVD LLCAPVPSCLPSPQLRPDPVILKPADLIQFEEHPQEPLGVLVLNQEEKSEVPLPVQKGNLSCDSSPSSPA ASPAPPGPSSEAPRPLFSKDAVESPAKKQPKNRVKLAANFSFAPVTKL ; 'Meiosis regulator and mRNA stability factor 1' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1728 1 1728 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . MARF1_MOUSE Q8BJ34 Q8BJ34-2 1 1728 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2012-05-16 371B042D758B2E42 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MEGKGTENPCSRTLGWFHQDNDAKPWLWKFSGCFSRPEQTLPLSSQTKEYMENKKAAVELKDIPSPLHVG SKFFPAVPLPDIRSLQQPKVQLSAIPKVSCCAHCPNEPSTSPMRFGGGSGSSGGSGSLIHTGSLLDSPST GTVTCQVGSGFAFQSVSSLQNASTRNNLVGLSSDFPSMCVESNLPSCKHLSCCGKLHFQSCHSNVHKLHQ FQNLQGCASAGYFPCSDFPSGAPGHLEERLSHSELTPHLCTNSLHLNVAPPVCLKGSLYCEDCLNKPARN SIIDAAKIWPNIPPPSTQPAPPAIPVCNGCGTKGMEKETSLLLATSLGKTASKFGSPEVAVTGQVLETLP PIGVFWDIENCSVPSGRSATTVVQRIREKFFRGHREAEFICVCDISKENKEVIQELNNCQVTVAHINATA KNAADDKLRQSLRRFANTHTAPATVVLVSTDVNFALELSDLRHRHGFHIILVHKNQASEALLHHANQLIR FEEFISDLPPRLPLKIPQCHTLLYVYNLPANKDGKSISNRLRRLSDNCGGKVLSITGCSAILRFINQDSA ERAQKRMENEDVFGNRIIVSFTPKHREFFEAKSSNAIADKVKSPKKVKNTKLCLIKDTSEQSPSVKAMPG 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_entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 GLU . 1 3 GLY . 1 4 LYS . 1 5 GLY . 1 6 THR . 1 7 GLU . 1 8 ASN . 1 9 PRO . 1 10 CYS . 1 11 SER . 1 12 ARG . 1 13 THR . 1 14 LEU . 1 15 GLY . 1 16 TRP . 1 17 PHE . 1 18 HIS . 1 19 GLN . 1 20 ASP . 1 21 ASN . 1 22 ASP . 1 23 ALA . 1 24 LYS . 1 25 PRO . 1 26 TRP . 1 27 LEU . 1 28 TRP . 1 29 LYS . 1 30 PHE . 1 31 SER . 1 32 GLY . 1 33 CYS . 1 34 PHE . 1 35 SER . 1 36 ARG . 1 37 PRO . 1 38 GLU . 1 39 GLN . 1 40 THR . 1 41 LEU . 1 42 PRO . 1 43 LEU . 1 44 SER . 1 45 SER . 1 46 GLN . 1 47 THR . 1 48 LYS . 1 49 GLU . 1 50 TYR . 1 51 MET . 1 52 GLU . 1 53 ASN . 1 54 LYS . 1 55 LYS . 1 56 ALA . 1 57 ALA . 1 58 VAL . 1 59 GLU . 1 60 LEU . 1 61 LYS . 1 62 ASP . 1 63 ILE . 1 64 PRO . 1 65 SER . 1 66 PRO . 1 67 LEU . 1 68 HIS . 1 69 VAL . 1 70 GLY . 1 71 SER . 1 72 LYS . 1 73 PHE . 1 74 PHE . 1 75 PRO . 1 76 ALA . 1 77 VAL . 1 78 PRO . 1 79 LEU . 1 80 PRO . 1 81 ASP . 1 82 ILE . 1 83 ARG . 1 84 SER . 1 85 LEU . 1 86 GLN . 1 87 GLN . 1 88 PRO . 1 89 LYS . 1 90 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A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Meiosis regulator and mRNA stability factor 1 {PDB ID=5yad, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=5yad.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 5yad, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 4' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-27 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-22 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;STGAANKSLSLLSTETMSILQDAPACCLPLFKFIDIYEKKYGHKLNVSDLYKLTDTIAIREQGNGRLVCL LPSNQ ; ;STGAANKSLSLLSTETMSILQDAPACCLPLFKFIDIYEKKYGHKLNVSDLYKLTDTIAIREQGNGRLVCL LPSNQ ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 5 75 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 5yad 2024-10-16 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1728 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1728 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 9.7e-18 100.000 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MEGKGTENPCSRTLGWFHQDNDAKPWLWKFSGCFSRPEQTLPLSSQTKEYMENKKAAVELKDIPSPLHVGSKFFPAVPLPDIRSLQQPKVQLSAIPKVSCCAHCPNEPSTSPMRFGGGSGSSGGSGSLIHTGSLLDSPSTGTVTCQVGSGFAFQSVSSLQNASTRNNLVGLSSDFPSMCVESNLPSCKHLSCCGKLHFQSCHSNVHKLHQFQNLQGCASAGYFPCSDFPSGAPGHLEERLSHSELTPHLCTNSLHLNVAPPVCLKGSLYCEDCLNKPARNSIIDAAKIWPNIPPPSTQPAPPAIPVCNGCGTKGMEKETSLLLATSLGKTASKFGSPEVAVTGQVLETLPPIGVFWDIENCSVPSGRSATTVVQRIREKFFRGHREAEFICVCDISKENKEVIQELNNCQVTVAHINATAKNAADDKLRQSLRRFANTHTAPATVVLVSTDVNFALELSDLRHRHGFHIILVHKNQASEALLHHANQLIRFEEFISDLPPRLPLKIPQCHTLLYVYNLPANKDGKSISNRLRRLSDNCGGKVLSITGCSAILRFINQDSAERAQKRMENEDVFGNRIIVSFTPKHREFFEAKSSNAIADKVKSPKKVKNTKLCLIKDTSEQSPSVKAMPGKVLQANSGSATKTTNIKSLQELCRMESKSGNRNSDHQQGHGRLAALPNSGPTASVPIVKNTGVTEPLYRSSQKKENPSSQSTVNSPVEKKKREETVFQVSYPSAFSKLIASRQVSPLLTSQSWSPRASPLAFNIANPSSGADCPDPFANGVDIQVSNVDYRLSRKELQQLLQEAFSKHGQVKSVELSPHTDYQLKAIVQMRNLHEAICAVNSLHRHKIGSKKILVSLSTGAANKSLSLLSTETMSILQDAPACCLPLFKFIDIYEKKYGHKLNVSDLYKLTDTIAIREQGNGRLVCLLPSNQARQSPLGSSQSHDGSSSNCSPVLFEELEYHEPVCKQHCSNKDFSELVFDPDSYKIPFVVLSLKVFAPQVHSLLQTHQGTVPLLSFPDCYAAEFGDLEITQDSHKGVPLEHFITCIPGVNIATAQNGVKVVKWIHNKPPPPNTDPWLLRSKSPVRNPQLIQFSREVIDLLKTQPSCILPVSNFIPSYHHHFGKQCRVSDYGYSKLIELLEAVPHVLQILGMGSKRLMTLTHRAQVKRFTQDLLKLLKSQASKQVIVRDFSQAYHWCFSKDWDVTEYGVCDLIDIISEIPDTTICLSQQDDDMVICIRKRERTQDEIERTKQFSKDVVDLLRHQPHFRMPFNKFIPSYHHHFGRQCKLAYYGFTKLLELLEAIPEILQVLECGEEKILTLTEVERFKALAAQFVKLLRSQKGNCLMMTDLFTEYAKTFGYTFRLQDYDVSSVSALTQKLCHVVKVADMESGKQIQLINRKSLRSLTAQLLVLLMSWEGDAYLPVDELRRHYETTHSTPLNPCEYGFMTLTELLKSLPYLVEVCTNDKAEEYVKLTSLYLFAKNVRSLLHTYHYQQIFLHEFSMAYNKYVGETLQPKTYGYSSVEELLGAIPQVVWIKGHGHKRIVVLKNDMKNRLSSFDLFSVNHEDQPAVSRQILAVPESHLASELQLRTGPSQMEQELLHLASSSPVDLLCAPVPSCLPSPQLRPDPVILKPADLIQFEEHPQEPLGVLVLNQEEKSEVPLPVQKGNLSCDSSPSSPAASPAPPGPSSEAPRPLFSKDAVESPAKKQPKNRVKLAANFSFAPVTKL 2 1 2 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ANKSLSLLSTETMSILQDAPACCLPLFKFIDIYEKKYGHKLNVSDLYKLTDTIAIREQGNGRLVCLLPSNQ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.143}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 5yad.1, oligomeric state (monomer) as predicted' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 4' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . ALA 862 862 ? A 39.189 17.246 21.903 1 1 A ALA 0.520 1 ATOM 2 C CA . ALA 862 862 ? A 38.841 16.688 23.255 1 1 A ALA 0.520 1 ATOM 3 C C . ALA 862 862 ? A 39.929 16.881 24.302 1 1 A ALA 0.520 1 ATOM 4 O O . ALA 862 862 ? A 39.680 17.574 25.298 1 1 A ALA 0.520 1 ATOM 5 C CB . ALA 862 862 ? A 38.417 15.212 23.100 1 1 A ALA 0.520 1 ATOM 6 N N . ASN 863 863 ? A 41.171 16.389 24.093 1 1 A ASN 0.530 1 ATOM 7 C CA . ASN 863 863 ? A 42.319 16.606 24.978 1 1 A ASN 0.530 1 ATOM 8 C C . ASN 863 863 ? A 42.606 18.069 25.305 1 1 A ASN 0.530 1 ATOM 9 O O . ASN 863 863 ? A 42.894 18.407 26.442 1 1 A ASN 0.530 1 ATOM 10 C CB . ASN 863 863 ? A 43.612 16.000 24.364 1 1 A ASN 0.530 1 ATOM 11 C CG . ASN 863 863 ? A 43.651 14.493 24.567 1 1 A ASN 0.530 1 ATOM 12 O OD1 . ASN 863 863 ? A 43.134 13.993 25.583 1 1 A ASN 0.530 1 ATOM 13 N ND2 . ASN 863 863 ? A 44.253 13.727 23.642 1 1 A ASN 0.530 1 ATOM 14 N N . LYS 864 864 ? A 42.497 18.988 24.320 1 1 A LYS 0.680 1 ATOM 15 C CA . LYS 864 864 ? A 42.645 20.415 24.581 1 1 A LYS 0.680 1 ATOM 16 C C . LYS 864 864 ? A 41.635 20.980 25.580 1 1 A LYS 0.680 1 ATOM 17 O O . LYS 864 864 ? A 41.993 21.667 26.522 1 1 A LYS 0.680 1 ATOM 18 C CB . LYS 864 864 ? A 42.511 21.224 23.268 1 1 A LYS 0.680 1 ATOM 19 C CG . LYS 864 864 ? A 43.695 21.050 22.303 1 1 A LYS 0.680 1 ATOM 20 C CD . LYS 864 864 ? A 43.508 21.887 21.021 1 1 A LYS 0.680 1 ATOM 21 C CE . LYS 864 864 ? A 44.759 22.119 20.157 1 1 A LYS 0.680 1 ATOM 22 N NZ . LYS 864 864 ? A 45.628 20.924 20.144 1 1 A LYS 0.680 1 ATOM 23 N N . SER 865 865 ? A 40.342 20.634 25.398 1 1 A SER 0.770 1 ATOM 24 C CA . SER 865 865 ? A 39.255 21.018 26.283 1 1 A SER 0.770 1 ATOM 25 C C . SER 865 865 ? A 39.412 20.445 27.689 1 1 A SER 0.770 1 ATOM 26 O O . SER 865 865 ? A 39.242 21.144 28.676 1 1 A SER 0.770 1 ATOM 27 C CB . SER 865 865 ? A 37.873 20.571 25.726 1 1 A SER 0.770 1 ATOM 28 O OG . SER 865 865 ? A 37.633 21.013 24.382 1 1 A SER 0.770 1 ATOM 29 N N . LEU 866 866 ? A 39.794 19.151 27.811 1 1 A LEU 0.790 1 ATOM 30 C CA . LEU 866 866 ? A 40.116 18.508 29.078 1 1 A LEU 0.790 1 ATOM 31 C C . LEU 866 866 ? A 41.337 19.097 29.788 1 1 A LEU 0.790 1 ATOM 32 O O . LEU 866 866 ? A 41.350 19.264 30.999 1 1 A LEU 0.790 1 ATOM 33 C CB . LEU 866 866 ? A 40.289 16.983 28.883 1 1 A LEU 0.790 1 ATOM 34 C CG . LEU 866 866 ? A 38.983 16.247 28.518 1 1 A LEU 0.790 1 ATOM 35 C CD1 . LEU 866 866 ? A 39.279 14.846 27.963 1 1 A LEU 0.790 1 ATOM 36 C CD2 . LEU 866 866 ? A 38.040 16.163 29.727 1 1 A LEU 0.790 1 ATOM 37 N N . SER 867 867 ? A 42.394 19.451 29.026 1 1 A SER 0.800 1 ATOM 38 C CA . SER 867 867 ? A 43.562 20.165 29.546 1 1 A SER 0.800 1 ATOM 39 C C . SER 867 867 ? A 43.232 21.561 30.070 1 1 A SER 0.800 1 ATOM 40 O O . SER 867 867 ? A 43.682 21.969 31.139 1 1 A SER 0.800 1 ATOM 41 C CB . SER 867 867 ? A 44.690 20.259 28.485 1 1 A SER 0.800 1 ATOM 42 O OG . SER 867 867 ? A 45.933 20.660 29.067 1 1 A SER 0.800 1 ATOM 43 N N . LEU 868 868 ? A 42.386 22.337 29.366 1 1 A LEU 0.790 1 ATOM 44 C CA . LEU 868 868 ? A 41.847 23.586 29.887 1 1 A LEU 0.790 1 ATOM 45 C C . LEU 868 868 ? A 40.986 23.393 31.121 1 1 A LEU 0.790 1 ATOM 46 O O . LEU 868 868 ? A 41.132 24.083 32.117 1 1 A LEU 0.790 1 ATOM 47 C CB . LEU 868 868 ? A 41.008 24.325 28.829 1 1 A LEU 0.790 1 ATOM 48 C CG . LEU 868 868 ? A 41.837 24.915 27.679 1 1 A LEU 0.790 1 ATOM 49 C CD1 . LEU 868 868 ? A 40.902 25.256 26.513 1 1 A LEU 0.790 1 ATOM 50 C CD2 . LEU 868 868 ? A 42.629 26.154 28.127 1 1 A LEU 0.790 1 ATOM 51 N N . LEU 869 869 ? A 40.104 22.377 31.114 1 1 A LEU 0.840 1 ATOM 52 C CA . LEU 869 869 ? A 39.294 22.056 32.272 1 1 A LEU 0.840 1 ATOM 53 C C . LEU 869 869 ? A 40.124 21.709 33.509 1 1 A LEU 0.840 1 ATOM 54 O O . LEU 869 869 ? A 39.788 22.074 34.640 1 1 A LEU 0.840 1 ATOM 55 C CB . LEU 869 869 ? A 38.341 20.893 31.926 1 1 A LEU 0.840 1 ATOM 56 C CG . LEU 869 869 ? A 37.428 20.431 33.075 1 1 A LEU 0.840 1 ATOM 57 C CD1 . LEU 869 869 ? A 36.537 21.556 33.615 1 1 A LEU 0.840 1 ATOM 58 C CD2 . LEU 869 869 ? A 36.599 19.220 32.639 1 1 A LEU 0.840 1 ATOM 59 N N . SER 870 870 ? A 41.267 21.008 33.348 1 1 A SER 0.890 1 ATOM 60 C CA . SER 870 870 ? A 42.168 20.700 34.451 1 1 A SER 0.890 1 ATOM 61 C C . SER 870 870 ? A 42.719 21.929 35.157 1 1 A SER 0.890 1 ATOM 62 O O . SER 870 870 ? A 42.746 21.970 36.385 1 1 A SER 0.890 1 ATOM 63 C CB . SER 870 870 ? A 43.313 19.704 34.111 1 1 A SER 0.890 1 ATOM 64 O OG . SER 870 870 ? A 44.388 20.287 33.388 1 1 A SER 0.890 1 ATOM 65 N N . THR 871 871 ? A 43.102 22.973 34.391 1 1 A THR 0.860 1 ATOM 66 C CA . THR 871 871 ? A 43.558 24.266 34.913 1 1 A THR 0.860 1 ATOM 67 C C . THR 871 871 ? A 42.460 25.025 35.631 1 1 A THR 0.860 1 ATOM 68 O O . THR 871 871 ? A 42.679 25.600 36.718 1 1 A THR 0.860 1 ATOM 69 C CB . THR 871 871 ? A 44.252 25.175 33.891 1 1 A THR 0.860 1 ATOM 70 O OG1 . THR 871 871 ? A 43.370 25.733 32.936 1 1 A THR 0.860 1 ATOM 71 C CG2 . THR 871 871 ? A 45.310 24.381 33.117 1 1 A THR 0.860 1 ATOM 72 N N . GLU 872 872 ? A 41.233 25.027 35.103 1 1 A GLU 0.890 1 ATOM 73 C CA . GLU 872 872 ? A 40.048 25.577 35.730 1 1 A GLU 0.890 1 ATOM 74 C C . GLU 872 872 ? A 39.674 24.898 37.040 1 1 A GLU 0.890 1 ATOM 75 O O . GLU 872 872 ? A 39.361 25.565 38.026 1 1 A GLU 0.890 1 ATOM 76 C CB . GLU 872 872 ? A 38.840 25.484 34.782 1 1 A GLU 0.890 1 ATOM 77 C CG . GLU 872 872 ? A 39.007 26.290 33.473 1 1 A GLU 0.890 1 ATOM 78 C CD . GLU 872 872 ? A 37.868 26.058 32.486 1 1 A GLU 0.890 1 ATOM 79 O OE1 . GLU 872 872 ? A 37.187 25.005 32.601 1 1 A GLU 0.890 1 ATOM 80 O OE2 . GLU 872 872 ? A 37.668 26.925 31.604 1 1 A GLU 0.890 1 ATOM 81 N N . THR 873 873 ? A 39.745 23.554 37.078 1 1 A THR 0.890 1 ATOM 82 C CA . THR 873 873 ? A 39.592 22.703 38.265 1 1 A THR 0.890 1 ATOM 83 C C . THR 873 873 ? A 40.653 22.975 39.319 1 1 A THR 0.890 1 ATOM 84 O O . THR 873 873 ? A 40.348 23.096 40.508 1 1 A THR 0.890 1 ATOM 85 C CB . THR 873 873 ? 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A 26.781 21.522 48.978 1 1 A PHE 0.800 1 ATOM 198 N N . LYS 889 889 ? A 28.937 21.476 45.157 1 1 A LYS 0.860 1 ATOM 199 C CA . LYS 889 889 ? A 29.503 22.787 45.325 1 1 A LYS 0.860 1 ATOM 200 C C . LYS 889 889 ? A 30.533 23.148 44.273 1 1 A LYS 0.860 1 ATOM 201 O O . LYS 889 889 ? A 30.603 24.281 43.802 1 1 A LYS 0.860 1 ATOM 202 C CB . LYS 889 889 ? A 30.119 22.870 46.723 1 1 A LYS 0.860 1 ATOM 203 C CG . LYS 889 889 ? A 30.534 24.288 47.115 1 1 A LYS 0.860 1 ATOM 204 C CD . LYS 889 889 ? A 30.554 24.423 48.638 1 1 A LYS 0.860 1 ATOM 205 C CE . LYS 889 889 ? A 31.336 25.629 49.146 1 1 A LYS 0.860 1 ATOM 206 N NZ . LYS 889 889 ? A 31.374 25.575 50.624 1 1 A LYS 0.860 1 ATOM 207 N N . PHE 890 890 ? A 31.360 22.163 43.869 1 1 A PHE 0.900 1 ATOM 208 C CA . PHE 890 890 ? A 32.296 22.293 42.768 1 1 A PHE 0.900 1 ATOM 209 C C . PHE 890 890 ? A 31.576 22.613 41.460 1 1 A PHE 0.900 1 ATOM 210 O O . PHE 890 890 ? A 32.003 23.513 40.733 1 1 A PHE 0.900 1 ATOM 211 C CB . PHE 890 890 ? 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #