data_SMR-6316ab84621a95682eae084de133de01_3 _entry.id SMR-6316ab84621a95682eae084de133de01_3 _struct.entry_id SMR-6316ab84621a95682eae084de133de01_3 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q8BJ34/ MARF1_MOUSE, Meiosis regulator and mRNA stability factor 1 Estimated model accuracy of this model is 0.029, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q8BJ34' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 223465.349 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP MARF1_MOUSE Q8BJ34 1 ;MEGKGTENPCSRTLGWFHQDNDAKPWLWKFSGCFSRPEQTLPLSSQTKEYMENKKAAVELKDIPSPLHVG SKFFPAVPLPDIRSLQQPKVQLSAIPKVSCCAHCPNEPSTSPMRFGGGSGSSGGSGSLIHTGSLLDSPST GTVTCQVGSGFAFQSVSSLQNASTRNNLVGLSSDFPSMCVESNLPSCKHLSCCGKLHFQSCHSNVHKLHQ FQNLQGCASAGYFPCSDFPSGAPGHLEERLSHSELTPHLCTNSLHLNVAPPVCLKGSLYCEDCLNKPARN SIIDAAKIWPNIPPPSTQPAPPAIPVCNGCGTKGMEKETSLLLATSLGKTASKFGSPEVAVTGQVLETLP PIGVFWDIENCSVPSGRSATTVVQRIREKFFRGHREAEFICVCDISKENKEVIQELNNCQVTVAHINATA KNAADDKLRQSLRRFANTHTAPATVVLVSTDVNFALELSDLRHRHGFHIILVHKNQASEALLHHANQLIR FEEFISDLPPRLPLKIPQCHTLLYVYNLPANKDGKSISNRLRRLSDNCGGKVLSITGCSAILRFINQDSA ERAQKRMENEDVFGNRIIVSFTPKHREFFEAKSSNAIADKVKSPKKVKNTKLCLIKDTSEQSPSVKAMPG KVLQANSGSATKTTNIKSLQELCRMESKSGNRNSDHQQGHGRLAALPNSGPTASVPIVKNTGVTEPLYRS SQKKENPSSQSTVNSPVEKKKREETVFQVSYPSAFSKLIASRQVSPLLTSQSWSPRASPLAFNIANPSSG ADCPDPFANGVDIQVSNVDYRLSRKELQQLLQEAFSKHGQVKSVELSPHTDYQLKAIVQMRNLHEAICAV NSLHRHKIGSKKILVSLSTGAANKSLSLLSTETMSILQDAPACCLPLFKFIDIYEKKYGHKLNVSDLYKL TDTIAIREQGNGRLVCLLPSNQARQSPLGSSQSHDGSSSNCSPVLFEELEYHEPVCKQHCSNKDFSELVF DPDSYKIPFVVLSLKVFAPQVHSLLQTHQGTVPLLSFPDCYAAEFGDLEITQDSHKGVPLEHFITCIPGV NIATAQNGVKVVKWIHNKPPPPNTDPWLLRSKSPVRNPQLIQFSREVIDLLKTQPSCILPVSNFIPSYHH HFGKQCRVSDYGYSKLIELLEAVPHVLQILGMGSKRLMTLTHRAQVKRFTQDLLKLLKSQASKQVIVRDF SQAYHWCFSKDWDVTEYGVCDLIDIISEIPDTTICLSQQDDDMVICIRKRERTQDEIERTKQFSKDVVDL LRHQPHFRMPFNKFIPSYHHHFGRQCKLAYYGFTKLLELLEAIPEILQVLECGEEKILTLTEVERFKALA AQFVKLLRSQKGNCLMMTDLFTEYAKTFGYTFRLQDYDVSSVSALTQKLCHVVKVADMESGKQIQLINRK SLRSLTAQLLVLLMSWEGDAYLPVDELRRHYETTHSTPLNPCEYGFMTLTELLKSLPYLVEVCTNDKAEE YVKLTSLYLFAKNVRSLLHTYHYQQIFLHEFSMAYNKYVGETLQPKTYGYSSVEELLGAIPQVVWIKGHG HKRIVVLKNDMKNRLSSFDLFSVNHEDQPAVSRQILAVPESHLASELQLRTGTGPSQMEQELLHLASSSP VDLLCAPVPSCLPSPQLRPDPVILKPADLIQFEEHPQEPLGVLVLNQEEKSEVPLPVQKGNLSCDSSPSS PAASPAPPGPSSEAPRPLFSKDAVESPAKKQPKNRVKLAANFSFAPVTKL ; 'Meiosis regulator and mRNA stability factor 1' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1730 1 1730 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . MARF1_MOUSE Q8BJ34 . 1 1730 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2012-05-16 5901384B5395F685 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MEGKGTENPCSRTLGWFHQDNDAKPWLWKFSGCFSRPEQTLPLSSQTKEYMENKKAAVELKDIPSPLHVG SKFFPAVPLPDIRSLQQPKVQLSAIPKVSCCAHCPNEPSTSPMRFGGGSGSSGGSGSLIHTGSLLDSPST GTVTCQVGSGFAFQSVSSLQNASTRNNLVGLSSDFPSMCVESNLPSCKHLSCCGKLHFQSCHSNVHKLHQ FQNLQGCASAGYFPCSDFPSGAPGHLEERLSHSELTPHLCTNSLHLNVAPPVCLKGSLYCEDCLNKPARN SIIDAAKIWPNIPPPSTQPAPPAIPVCNGCGTKGMEKETSLLLATSLGKTASKFGSPEVAVTGQVLETLP PIGVFWDIENCSVPSGRSATTVVQRIREKFFRGHREAEFICVCDISKENKEVIQELNNCQVTVAHINATA KNAADDKLRQSLRRFANTHTAPATVVLVSTDVNFALELSDLRHRHGFHIILVHKNQASEALLHHANQLIR FEEFISDLPPRLPLKIPQCHTLLYVYNLPANKDGKSISNRLRRLSDNCGGKVLSITGCSAILRFINQDSA ERAQKRMENEDVFGNRIIVSFTPKHREFFEAKSSNAIADKVKSPKKVKNTKLCLIKDTSEQSPSVKAMPG 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_entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 GLU . 1 3 GLY . 1 4 LYS . 1 5 GLY . 1 6 THR . 1 7 GLU . 1 8 ASN . 1 9 PRO . 1 10 CYS . 1 11 SER . 1 12 ARG . 1 13 THR . 1 14 LEU . 1 15 GLY . 1 16 TRP . 1 17 PHE . 1 18 HIS . 1 19 GLN . 1 20 ASP . 1 21 ASN . 1 22 ASP . 1 23 ALA . 1 24 LYS . 1 25 PRO . 1 26 TRP . 1 27 LEU . 1 28 TRP . 1 29 LYS . 1 30 PHE . 1 31 SER . 1 32 GLY . 1 33 CYS . 1 34 PHE . 1 35 SER . 1 36 ARG . 1 37 PRO . 1 38 GLU . 1 39 GLN . 1 40 THR . 1 41 LEU . 1 42 PRO . 1 43 LEU . 1 44 SER . 1 45 SER . 1 46 GLN . 1 47 THR . 1 48 LYS . 1 49 GLU . 1 50 TYR . 1 51 MET . 1 52 GLU . 1 53 ASN . 1 54 LYS . 1 55 LYS . 1 56 ALA . 1 57 ALA . 1 58 VAL . 1 59 GLU . 1 60 LEU . 1 61 LYS . 1 62 ASP . 1 63 ILE . 1 64 PRO . 1 65 SER . 1 66 PRO . 1 67 LEU . 1 68 HIS . 1 69 VAL . 1 70 GLY . 1 71 SER . 1 72 LYS . 1 73 PHE . 1 74 PHE . 1 75 PRO . 1 76 ALA . 1 77 VAL . 1 78 PRO . 1 79 LEU . 1 80 PRO . 1 81 ASP . 1 82 ILE . 1 83 ARG . 1 84 SER . 1 85 LEU . 1 86 GLN . 1 87 GLN . 1 88 PRO . 1 89 LYS . 1 90 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A 1 1717 LYS 1717 ? ? ? A . A 1 1718 LEU 1718 ? ? ? A . A 1 1719 ALA 1719 ? ? ? A . A 1 1720 ALA 1720 ? ? ? A . A 1 1721 ASN 1721 ? ? ? A . A 1 1722 PHE 1722 ? ? ? A . A 1 1723 SER 1723 ? ? ? A . A 1 1724 PHE 1724 ? ? ? A . A 1 1725 ALA 1725 ? ? ? A . A 1 1726 PRO 1726 ? ? ? A . A 1 1727 VAL 1727 ? ? ? A . A 1 1728 THR 1728 ? ? ? A . A 1 1729 LYS 1729 ? ? ? A . A 1 1730 LEU 1730 ? ? ? A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'KIAA0430 protein {PDB ID=2diu, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=2diu.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 2diu, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 3' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-27 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-22 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GSSGSSGCHTLLYVYNLPANKDGKSVSNRLRRLSDNCGGKVLSITGCSAILRFINQDSAERAQKRMENED VFGNRIIVSFTPKNRELCETSGPSSG ; ;GSSGSSGCHTLLYVYNLPANKDGKSVSNRLRRLSDNCGGKVLSITGCSAILRFINQDSAERAQKRMENED VFGNRIIVSFTPKNRELCETSGPSSG ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 8 86 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 2diu 2024-05-29 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1730 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1730 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 4.5e-13 97.468 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MEGKGTENPCSRTLGWFHQDNDAKPWLWKFSGCFSRPEQTLPLSSQTKEYMENKKAAVELKDIPSPLHVGSKFFPAVPLPDIRSLQQPKVQLSAIPKVSCCAHCPNEPSTSPMRFGGGSGSSGGSGSLIHTGSLLDSPSTGTVTCQVGSGFAFQSVSSLQNASTRNNLVGLSSDFPSMCVESNLPSCKHLSCCGKLHFQSCHSNVHKLHQFQNLQGCASAGYFPCSDFPSGAPGHLEERLSHSELTPHLCTNSLHLNVAPPVCLKGSLYCEDCLNKPARNSIIDAAKIWPNIPPPSTQPAPPAIPVCNGCGTKGMEKETSLLLATSLGKTASKFGSPEVAVTGQVLETLPPIGVFWDIENCSVPSGRSATTVVQRIREKFFRGHREAEFICVCDISKENKEVIQELNNCQVTVAHINATAKNAADDKLRQSLRRFANTHTAPATVVLVSTDVNFALELSDLRHRHGFHIILVHKNQASEALLHHANQLIRFEEFISDLPPRLPLKIPQCHTLLYVYNLPANKDGKSISNRLRRLSDNCGGKVLSITGCSAILRFINQDSAERAQKRMENEDVFGNRIIVSFTPKHREFFEAKSSNAIADKVKSPKKVKNTKLCLIKDTSEQSPSVKAMPGKVLQANSGSATKTTNIKSLQELCRMESKSGNRNSDHQQGHGRLAALPNSGPTASVPIVKNTGVTEPLYRSSQKKENPSSQSTVNSPVEKKKREETVFQVSYPSAFSKLIASRQVSPLLTSQSWSPRASPLAFNIANPSSGADCPDPFANGVDIQVSNVDYRLSRKELQQLLQEAFSKHGQVKSVELSPHTDYQLKAIVQMRNLHEAICAVNSLHRHKIGSKKILVSLSTGAANKSLSLLSTETMSILQDAPACCLPLFKFIDIYEKKYGHKLNVSDLYKLTDTIAIREQGNGRLVCLLPSNQARQSPLGSSQSHDGSSSNCSPVLFEELEYHEPVCKQHCSNKDFSELVFDPDSYKIPFVVLSLKVFAPQVHSLLQTHQGTVPLLSFPDCYAAEFGDLEITQDSHKGVPLEHFITCIPGVNIATAQNGVKVVKWIHNKPPPPNTDPWLLRSKSPVRNPQLIQFSREVIDLLKTQPSCILPVSNFIPSYHHHFGKQCRVSDYGYSKLIELLEAVPHVLQILGMGSKRLMTLTHRAQVKRFTQDLLKLLKSQASKQVIVRDFSQAYHWCFSKDWDVTEYGVCDLIDIISEIPDTTICLSQQDDDMVICIRKRERTQDEIERTKQFSKDVVDLLRHQPHFRMPFNKFIPSYHHHFGRQCKLAYYGFTKLLELLEAIPEILQVLECGEEKILTLTEVERFKALAAQFVKLLRSQKGNCLMMTDLFTEYAKTFGYTFRLQDYDVSSVSALTQKLCHVVKVADMESGKQIQLINRKSLRSLTAQLLVLLMSWEGDAYLPVDELRRHYETTHSTPLNPCEYGFMTLTELLKSLPYLVEVCTNDKAEEYVKLTSLYLFAKNVRSLLHTYHYQQIFLHEFSMAYNKYVGETLQPKTYGYSSVEELLGAIPQVVWIKGHGHKRIVVLKNDMKNRLSSFDLFSVNHEDQPAVSRQILAVPESHLASELQLRTGTGPSQMEQELLHLASSSPVDLLCAPVPSCLPSPQLRPDPVILKPADLIQFEEHPQEPLGVLVLNQEEKSEVPLPVQKGNLSCDSSPSSPAASPAPPGPSSEAPRPLFSKDAVESPAKKQPKNRVKLAANFSFAPVTKL 2 1 2 ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CHTLLYVYNLPANKDGKSVSNRLRRLSDNCGGKVLSITGCSAILRFINQDSAERAQKRMENEDVFGNRIIVSFTPKNRE--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 2diu.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 3' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . CYS 509 509 ? A 10.542 16.063 1.349 1 1 A CYS 0.320 1 ATOM 2 C CA . CYS 509 509 ? A 9.306 16.521 0.588 1 1 A CYS 0.320 1 ATOM 3 C C . CYS 509 509 ? A 8.211 15.487 0.374 1 1 A CYS 0.320 1 ATOM 4 O O . CYS 509 509 ? A 7.050 15.805 0.564 1 1 A CYS 0.320 1 ATOM 5 C CB . CYS 509 509 ? A 9.684 17.113 -0.800 1 1 A CYS 0.320 1 ATOM 6 S SG . CYS 509 509 ? A 10.686 18.628 -0.708 1 1 A CYS 0.320 1 ATOM 7 N N . HIS 510 510 ? A 8.558 14.234 -0.011 1 1 A HIS 0.400 1 ATOM 8 C CA . HIS 510 510 ? A 7.676 13.078 0.046 1 1 A HIS 0.400 1 ATOM 9 C C . HIS 510 510 ? A 6.937 12.817 1.334 1 1 A HIS 0.400 1 ATOM 10 O O . HIS 510 510 ? A 7.409 13.119 2.424 1 1 A HIS 0.400 1 ATOM 11 C CB . HIS 510 510 ? A 8.488 11.792 -0.158 1 1 A HIS 0.400 1 ATOM 12 C CG . HIS 510 510 ? A 8.831 11.466 -1.564 1 1 A HIS 0.400 1 ATOM 13 N ND1 . HIS 510 510 ? A 10.008 11.926 -2.119 1 1 A HIS 0.400 1 ATOM 14 C CD2 . HIS 510 510 ? A 8.182 10.650 -2.430 1 1 A HIS 0.400 1 ATOM 15 C CE1 . HIS 510 510 ? A 10.034 11.396 -3.330 1 1 A HIS 0.400 1 ATOM 16 N NE2 . HIS 510 510 ? A 8.957 10.607 -3.564 1 1 A HIS 0.400 1 ATOM 17 N N . THR 511 511 ? A 5.781 12.161 1.204 1 1 A THR 0.660 1 ATOM 18 C CA . THR 511 511 ? A 4.829 11.995 2.275 1 1 A THR 0.660 1 ATOM 19 C C . THR 511 511 ? A 4.588 10.532 2.473 1 1 A THR 0.660 1 ATOM 20 O O . THR 511 511 ? A 4.043 9.851 1.609 1 1 A THR 0.660 1 ATOM 21 C CB . THR 511 511 ? A 3.524 12.684 1.974 1 1 A THR 0.660 1 ATOM 22 O OG1 . THR 511 511 ? A 3.780 14.048 1.708 1 1 A THR 0.660 1 ATOM 23 C CG2 . THR 511 511 ? A 2.636 12.691 3.214 1 1 A THR 0.660 1 ATOM 24 N N . LEU 512 512 ? A 5.024 9.974 3.611 1 1 A LEU 0.790 1 ATOM 25 C CA . LEU 512 512 ? A 4.785 8.585 3.920 1 1 A LEU 0.790 1 ATOM 26 C C . LEU 512 512 ? A 3.492 8.451 4.718 1 1 A LEU 0.790 1 ATOM 27 O O . LEU 512 512 ? A 3.107 9.359 5.450 1 1 A LEU 0.790 1 ATOM 28 C CB . LEU 512 512 ? A 5.975 7.954 4.692 1 1 A LEU 0.790 1 ATOM 29 C CG . LEU 512 512 ? A 7.325 7.963 3.930 1 1 A LEU 0.790 1 ATOM 30 C CD1 . LEU 512 512 ? A 8.507 8.112 4.894 1 1 A LEU 0.790 1 ATOM 31 C CD2 . LEU 512 512 ? A 7.533 6.667 3.141 1 1 A LEU 0.790 1 ATOM 32 N N . LEU 513 513 ? A 2.783 7.316 4.569 1 1 A LEU 0.830 1 ATOM 33 C CA . LEU 513 513 ? A 1.561 7.013 5.298 1 1 A LEU 0.830 1 ATOM 34 C C . LEU 513 513 ? A 1.716 5.764 6.083 1 1 A LEU 0.830 1 ATOM 35 O O . LEU 513 513 ? A 2.381 4.832 5.642 1 1 A LEU 0.830 1 ATOM 36 C CB . LEU 513 513 ? A 0.359 6.679 4.394 1 1 A LEU 0.830 1 ATOM 37 C CG . LEU 513 513 ? A -0.319 7.913 3.835 1 1 A LEU 0.830 1 ATOM 38 C CD1 . LEU 513 513 ? A -1.468 7.482 2.951 1 1 A LEU 0.830 1 ATOM 39 C CD2 . LEU 513 513 ? A -0.919 8.818 4.914 1 1 A LEU 0.830 1 ATOM 40 N N . TYR 514 514 ? A 1.033 5.714 7.237 1 1 A TYR 0.840 1 ATOM 41 C CA . TYR 514 514 ? A 1.082 4.617 8.161 1 1 A TYR 0.840 1 ATOM 42 C C . TYR 514 514 ? A -0.296 4.006 8.302 1 1 A TYR 0.840 1 ATOM 43 O O . TYR 514 514 ? A -1.255 4.647 8.721 1 1 A TYR 0.840 1 ATOM 44 C CB . TYR 514 514 ? 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A -1.581 1.901 5.509 1 1 A VAL 0.860 1 ATOM 59 N N . TYR 516 516 ? A -2.704 0.753 9.852 1 1 A TYR 0.830 1 ATOM 60 C CA . TYR 516 516 ? A -2.826 -0.040 11.053 1 1 A TYR 0.830 1 ATOM 61 C C . TYR 516 516 ? A -4.140 -0.761 10.965 1 1 A TYR 0.830 1 ATOM 62 O O . TYR 516 516 ? A -4.956 -0.444 10.107 1 1 A TYR 0.830 1 ATOM 63 C CB . TYR 516 516 ? A -2.952 0.822 12.329 1 1 A TYR 0.830 1 ATOM 64 C CG . TYR 516 516 ? A -1.809 1.768 12.407 1 1 A TYR 0.830 1 ATOM 65 C CD1 . TYR 516 516 ? A -1.881 3.040 11.808 1 1 A TYR 0.830 1 ATOM 66 C CD2 . TYR 516 516 ? A -0.652 1.394 13.100 1 1 A TYR 0.830 1 ATOM 67 C CE1 . TYR 516 516 ? A -0.804 3.927 11.913 1 1 A TYR 0.830 1 ATOM 68 C CE2 . TYR 516 516 ? A 0.417 2.285 13.213 1 1 A TYR 0.830 1 ATOM 69 C CZ . TYR 516 516 ? A 0.334 3.544 12.629 1 1 A TYR 0.830 1 ATOM 70 O OH . TYR 516 516 ? A 1.408 4.419 12.815 1 1 A TYR 0.830 1 ATOM 71 N N . ASN 517 517 ? A -4.376 -1.724 11.880 1 1 A ASN 0.820 1 ATOM 72 C CA . ASN 517 517 ? 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A -2.253 2.342 -10.309 1 1 A ASP 0.800 1 ATOM 227 O OD2 . ASP 536 536 ? A -0.618 0.887 -9.967 1 1 A ASP 0.800 1 ATOM 228 N N . ASN 537 537 ? A -3.795 4.069 -7.459 1 1 A ASN 0.760 1 ATOM 229 C CA . ASN 537 537 ? A -4.764 5.097 -7.793 1 1 A ASN 0.760 1 ATOM 230 C C . ASN 537 537 ? A -4.467 6.405 -7.066 1 1 A ASN 0.760 1 ATOM 231 O O . ASN 537 537 ? A -4.539 7.496 -7.622 1 1 A ASN 0.760 1 ATOM 232 C CB . ASN 537 537 ? A -6.204 4.567 -7.505 1 1 A ASN 0.760 1 ATOM 233 C CG . ASN 537 537 ? A -7.300 5.409 -8.158 1 1 A ASN 0.760 1 ATOM 234 O OD1 . ASN 537 537 ? A -7.494 6.595 -7.871 1 1 A ASN 0.760 1 ATOM 235 N ND2 . ASN 537 537 ? A -8.107 4.790 -9.046 1 1 A ASN 0.760 1 ATOM 236 N N . CYS 538 538 ? A -4.015 6.319 -5.808 1 1 A CYS 0.770 1 ATOM 237 C CA . CYS 538 538 ? A -3.818 7.482 -4.980 1 1 A CYS 0.770 1 ATOM 238 C C . CYS 538 538 ? A -2.395 8.044 -5.113 1 1 A CYS 0.770 1 ATOM 239 O O . CYS 538 538 ? A -1.945 8.824 -4.287 1 1 A CYS 0.770 1 ATOM 240 C CB . CYS 538 538 ? A -4.153 7.136 -3.512 1 1 A CYS 0.770 1 ATOM 241 S SG . CYS 538 538 ? A -5.896 6.693 -3.244 1 1 A CYS 0.770 1 ATOM 242 N N . GLY 539 539 ? A -1.655 7.676 -6.188 1 1 A GLY 0.750 1 ATOM 243 C CA . GLY 539 539 ? A -0.275 8.077 -6.488 1 1 A GLY 0.750 1 ATOM 244 C C . GLY 539 539 ? A 0.756 7.801 -5.428 1 1 A GLY 0.750 1 ATOM 245 O O . GLY 539 539 ? A 1.582 8.656 -5.090 1 1 A GLY 0.750 1 ATOM 246 N N . GLY 540 540 ? A 0.701 6.581 -4.876 1 1 A GLY 0.870 1 ATOM 247 C CA . GLY 540 540 ? A 1.493 6.107 -3.767 1 1 A GLY 0.870 1 ATOM 248 C C . GLY 540 540 ? A 2.081 4.768 -4.010 1 1 A GLY 0.870 1 ATOM 249 O O . GLY 540 540 ? A 1.802 4.084 -4.989 1 1 A GLY 0.870 1 ATOM 250 N N . LYS 541 541 ? A 2.910 4.316 -3.072 1 1 A LYS 0.870 1 ATOM 251 C CA . LYS 541 541 ? A 3.553 3.043 -3.222 1 1 A LYS 0.870 1 ATOM 252 C C . LYS 541 541 ? A 3.689 2.410 -1.873 1 1 A LYS 0.870 1 ATOM 253 O O . LYS 541 541 ? A 4.187 3.044 -0.948 1 1 A LYS 0.870 1 ATOM 254 C CB . LYS 541 541 ? A 4.947 3.251 -3.872 1 1 A LYS 0.870 1 ATOM 255 C CG . LYS 541 541 ? A 5.476 2.017 -4.625 1 1 A LYS 0.870 1 ATOM 256 C CD . LYS 541 541 ? A 6.207 0.938 -3.814 1 1 A LYS 0.870 1 ATOM 257 C CE . LYS 541 541 ? A 7.698 1.192 -3.594 1 1 A LYS 0.870 1 ATOM 258 N NZ . LYS 541 541 ? A 8.354 -0.022 -3.051 1 1 A LYS 0.870 1 ATOM 259 N N . VAL 542 542 ? A 3.297 1.134 -1.703 1 1 A VAL 0.850 1 ATOM 260 C CA . VAL 542 542 ? A 3.611 0.378 -0.511 1 1 A VAL 0.850 1 ATOM 261 C C . VAL 542 542 ? A 5.099 0.105 -0.433 1 1 A VAL 0.850 1 ATOM 262 O O . VAL 542 542 ? A 5.683 -0.608 -1.247 1 1 A VAL 0.850 1 ATOM 263 C CB . VAL 542 542 ? A 2.698 -0.831 -0.403 1 1 A VAL 0.850 1 ATOM 264 C CG1 . VAL 542 542 ? A 2.807 -1.772 -1.613 1 1 A VAL 0.850 1 ATOM 265 C CG2 . VAL 542 542 ? A 2.907 -1.592 0.912 1 1 A VAL 0.850 1 ATOM 266 N N . LEU 543 543 ? A 5.805 0.711 0.531 1 1 A LEU 0.780 1 ATOM 267 C CA . LEU 543 543 ? A 7.201 0.438 0.766 1 1 A LEU 0.780 1 ATOM 268 C C . LEU 543 543 ? 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A -0.522 10.461 24.492 1 1 A GLU 0.310 1 # # loop_ _atom_type.symbol C N O S # # loop_ _ma_qa_metric.id _ma_qa_metric.name _ma_qa_metric.description _ma_qa_metric.type _ma_qa_metric.mode _ma_qa_metric.type_other_details _ma_qa_metric.software_group_id 1 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #