data_SMR-d6df12468d4fabe19b50ffad7ee95673_4 _entry.id SMR-d6df12468d4fabe19b50ffad7ee95673_4 _struct.entry_id SMR-d6df12468d4fabe19b50ffad7ee95673_4 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q9Y4F3/ MARF1_HUMAN, Meiosis regulator and mRNA stability factor 1 Estimated model accuracy of this model is 0.048, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q9Y4F3' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 5 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 224476.862 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP MARF1_HUMAN Q9Y4F3 1 ;MMEGNGTENSCSRTRGWLQQDNDAKPWLWKFSNCFSRPEQTLPHSPQTKEYMENKKVAVELKDVPSPLHA GSKLFPAVPLPDIRSLQQPKIQLSSVPKVSCCAHCPNEPSTSPMRFGGGGGGSGGTSSLIHPGALLDSQS TRTITCQVGSGFAFQSASSLQNASARNNLAGIASDFPSMCLESNLSSCKHLPCCGKLHFQSCHGNVHKLH QFPSLQGCTSAGYFPCSDFTSGAPGHLEEHISQSELTPHLCTNSLHLNVVPPVCLKGSLYCEDCLNKPAR NSIIDAAKVWPNIPPPNTQPAPLAVPLCNGCGTKGTGKETTLLLATSLGKAASKFGSPEVAVAGQVLENL PPIGVFWDIENCSVPSGRSATAVVQRIREKFFKGHREAEFICVCDISKENKEVIQELNNCQVTVAHINAT AKNAADDKLRQSLRRFANTHTAPATVVLVSTDVNFALELSDLRHRHGFHIILVHKNQASEALLHHANELI RFEEFISDLPPRLPLKMPQCHTLLYVYNLPANKDGKSVSNRLRRLSDNCGGKVLSITGCSAILRFINQDS AERAQKRMENEDVFGNRIIVSFTPKNRELCETKSSNAIADKVKSPKKLKNPKLCLIKDASEQSSSAKATP GKGSQANSGSATKNTNVKSLQELCRMESKTGHRNSEHQQGHLRLVVPTHGNSSAAVSTPKNSGVAEPVYK TSQKKENLSARSVTSSPVEKKDKEETVFQVSYPSAFSKLVASRQVSPLLASQSWSSRSMSPNLLNRASPL AFNIANSSSEADCPDPFANGADVQVSNIDYRLSRKELQQLLQEAFARHGKVKSVELSPHTDYQLKAVVQM ENLQDAIGAVNSLHRYKIGSKKILVSLATGAASKSLSLLSAETMSVLQDAPACCLPLFKFTDIYEKKFGH KLNVSDLYKLTDTVAIREQGNGRLVCLLPSSQARQSPLGSSQSHDGSSTNCSPIIFEELEYHEPVCRQHC SNKDFSEHEFDPDSYKIPFVILSLKTFAPQVHSLLQTHEGTVPLLSFPDCYIAEFGDLEVVQENQGGVPL EHFITCVPGVNIATAQNGIKVVKWIHNKPPPPNTDPWLLRSKSPVGNPQLIQFSREVIDLLKSQPSCVIP ISHFIPSYHHHFAKQCRVSDYGYSKLIELLEAVPHVLQILGMGSKRLLTLTHRAQVKRFTQDLLKLLKSQ ASKQVIVREFSQAYHWCFSKDWDVTEYGVCELIDIVSEIPDTTICLSQQDNEMVICIPKRERTQDEIERT KQFSKDVVDLLRHQPHFRMPFNKFIPSYHHHFGRQCKLAYYGFTKLLELFEAIPDTLQVLECGEEKILTL TEVERFKALAAQFVKLLRSQKDNCLMMTDLLTEYAKTFGYTFRLQDYDVSSISALTQKLCHVVKVADIES GRQIQLINRKSLRSLTAQLLVLLMSWEGTTHLSVEELKRHYESTHNTPLNPCEYGFMTLTELLKSLPYLV EVFTNDKMEECVKLTSLYLFAKNVRSLLHTYHYQQIFLHEFSMAYTKYVGETLQPKTYGHSSVEELLGAI PQVVWIKGHGHKRIVVLKNDMKSRLSSLSLSPANHENQPSEGERILEVPESHTASELKLGADGSGPSHTE QELLRLTDDSPVDLLCAPVPSCLPSPQLRPDPVILQSADLIQFEERPQEPSEIMILNQEEKMEIPIPGKS KTLTSDSSSSCISAAVPVPPCPSSETSESLLSKDPVESPAKKQPKNRVKLAANFSLAPITKL ; 'Meiosis regulator and mRNA stability factor 1' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1742 1 1742 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . MARF1_HUMAN Q9Y4F3 . 1 1742 9606 'Homo sapiens (Human)' 2012-05-16 9A0C0687B93A6A4B # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MMEGNGTENSCSRTRGWLQQDNDAKPWLWKFSNCFSRPEQTLPHSPQTKEYMENKKVAVELKDVPSPLHA GSKLFPAVPLPDIRSLQQPKIQLSSVPKVSCCAHCPNEPSTSPMRFGGGGGGSGGTSSLIHPGALLDSQS TRTITCQVGSGFAFQSASSLQNASARNNLAGIASDFPSMCLESNLSSCKHLPCCGKLHFQSCHGNVHKLH QFPSLQGCTSAGYFPCSDFTSGAPGHLEEHISQSELTPHLCTNSLHLNVVPPVCLKGSLYCEDCLNKPAR NSIIDAAKVWPNIPPPNTQPAPLAVPLCNGCGTKGTGKETTLLLATSLGKAASKFGSPEVAVAGQVLENL PPIGVFWDIENCSVPSGRSATAVVQRIREKFFKGHREAEFICVCDISKENKEVIQELNNCQVTVAHINAT AKNAADDKLRQSLRRFANTHTAPATVVLVSTDVNFALELSDLRHRHGFHIILVHKNQASEALLHHANELI RFEEFISDLPPRLPLKMPQCHTLLYVYNLPANKDGKSVSNRLRRLSDNCGGKVLSITGCSAILRFINQDS AERAQKRMENEDVFGNRIIVSFTPKNRELCETKSSNAIADKVKSPKKLKNPKLCLIKDASEQSSSAKATP GKGSQANSGSATKNTNVKSLQELCRMESKTGHRNSEHQQGHLRLVVPTHGNSSAAVSTPKNSGVAEPVYK TSQKKENLSARSVTSSPVEKKDKEETVFQVSYPSAFSKLVASRQVSPLLASQSWSSRSMSPNLLNRASPL AFNIANSSSEADCPDPFANGADVQVSNIDYRLSRKELQQLLQEAFARHGKVKSVELSPHTDYQLKAVVQM ENLQDAIGAVNSLHRYKIGSKKILVSLATGAASKSLSLLSAETMSVLQDAPACCLPLFKFTDIYEKKFGH KLNVSDLYKLTDTVAIREQGNGRLVCLLPSSQARQSPLGSSQSHDGSSTNCSPIIFEELEYHEPVCRQHC SNKDFSEHEFDPDSYKIPFVILSLKTFAPQVHSLLQTHEGTVPLLSFPDCYIAEFGDLEVVQENQGGVPL EHFITCVPGVNIATAQNGIKVVKWIHNKPPPPNTDPWLLRSKSPVGNPQLIQFSREVIDLLKSQPSCVIP ISHFIPSYHHHFAKQCRVSDYGYSKLIELLEAVPHVLQILGMGSKRLLTLTHRAQVKRFTQDLLKLLKSQ ASKQVIVREFSQAYHWCFSKDWDVTEYGVCELIDIVSEIPDTTICLSQQDNEMVICIPKRERTQDEIERT KQFSKDVVDLLRHQPHFRMPFNKFIPSYHHHFGRQCKLAYYGFTKLLELFEAIPDTLQVLECGEEKILTL TEVERFKALAAQFVKLLRSQKDNCLMMTDLLTEYAKTFGYTFRLQDYDVSSISALTQKLCHVVKVADIES GRQIQLINRKSLRSLTAQLLVLLMSWEGTTHLSVEELKRHYESTHNTPLNPCEYGFMTLTELLKSLPYLV EVFTNDKMEECVKLTSLYLFAKNVRSLLHTYHYQQIFLHEFSMAYTKYVGETLQPKTYGHSSVEELLGAI PQVVWIKGHGHKRIVVLKNDMKSRLSSLSLSPANHENQPSEGERILEVPESHTASELKLGADGSGPSHTE 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_entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 MET . 1 3 GLU . 1 4 GLY . 1 5 ASN . 1 6 GLY . 1 7 THR . 1 8 GLU . 1 9 ASN . 1 10 SER . 1 11 CYS . 1 12 SER . 1 13 ARG . 1 14 THR . 1 15 ARG . 1 16 GLY . 1 17 TRP . 1 18 LEU . 1 19 GLN . 1 20 GLN . 1 21 ASP . 1 22 ASN . 1 23 ASP . 1 24 ALA . 1 25 LYS . 1 26 PRO . 1 27 TRP . 1 28 LEU . 1 29 TRP . 1 30 LYS . 1 31 PHE . 1 32 SER . 1 33 ASN . 1 34 CYS . 1 35 PHE . 1 36 SER . 1 37 ARG . 1 38 PRO . 1 39 GLU . 1 40 GLN . 1 41 THR . 1 42 LEU . 1 43 PRO . 1 44 HIS . 1 45 SER . 1 46 PRO . 1 47 GLN . 1 48 THR . 1 49 LYS . 1 50 GLU . 1 51 TYR . 1 52 MET . 1 53 GLU . 1 54 ASN . 1 55 LYS . 1 56 LYS . 1 57 VAL . 1 58 ALA . 1 59 VAL . 1 60 GLU . 1 61 LEU . 1 62 LYS . 1 63 ASP . 1 64 VAL . 1 65 PRO . 1 66 SER . 1 67 PRO . 1 68 LEU . 1 69 HIS . 1 70 ALA . 1 71 GLY . 1 72 SER . 1 73 LYS . 1 74 LEU . 1 75 PHE . 1 76 PRO . 1 77 ALA . 1 78 VAL . 1 79 PRO . 1 80 LEU . 1 81 PRO . 1 82 ASP . 1 83 ILE . 1 84 ARG . 1 85 SER . 1 86 LEU . 1 87 GLN . 1 88 GLN . 1 89 PRO . 1 90 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A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Meiosis regulator and mRNA stability factor 1 {PDB ID=5yad, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=5yad.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by BLAST to 5yad, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 4' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-27 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-22 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;STGAANKSLSLLSTETMSILQDAPACCLPLFKFIDIYEKKYGHKLNVSDLYKLTDTIAIREQGNGRLVCL LPSNQ ; ;STGAANKSLSLLSTETMSILQDAPACCLPLFKFIDIYEKKYGHKLNVSDLYKLTDTIAIREQGNGRLVCL LPSNQ ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 15 75 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 5yad 2024-10-16 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1742 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1742 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'BLAST e-value' . 8.86e-33 91.803 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MMEGNGTENSCSRTRGWLQQDNDAKPWLWKFSNCFSRPEQTLPHSPQTKEYMENKKVAVELKDVPSPLHAGSKLFPAVPLPDIRSLQQPKIQLSSVPKVSCCAHCPNEPSTSPMRFGGGGGGSGGTSSLIHPGALLDSQSTRTITCQVGSGFAFQSASSLQNASARNNLAGIASDFPSMCLESNLSSCKHLPCCGKLHFQSCHGNVHKLHQFPSLQGCTSAGYFPCSDFTSGAPGHLEEHISQSELTPHLCTNSLHLNVVPPVCLKGSLYCEDCLNKPARNSIIDAAKVWPNIPPPNTQPAPLAVPLCNGCGTKGTGKETTLLLATSLGKAASKFGSPEVAVAGQVLENLPPIGVFWDIENCSVPSGRSATAVVQRIREKFFKGHREAEFICVCDISKENKEVIQELNNCQVTVAHINATAKNAADDKLRQSLRRFANTHTAPATVVLVSTDVNFALELSDLRHRHGFHIILVHKNQASEALLHHANELIRFEEFISDLPPRLPLKMPQCHTLLYVYNLPANKDGKSVSNRLRRLSDNCGGKVLSITGCSAILRFINQDSAERAQKRMENEDVFGNRIIVSFTPKNRELCETKSSNAIADKVKSPKKLKNPKLCLIKDASEQSSSAKATPGKGSQANSGSATKNTNVKSLQELCRMESKTGHRNSEHQQGHLRLVVPTHGNSSAAVSTPKNSGVAEPVYKTSQKKENLSARSVTSSPVEKKDKEETVFQVSYPSAFSKLVASRQVSPLLASQSWSSRSMSPNLLNRASPLAFNIANSSSEADCPDPFANGADVQVSNIDYRLSRKELQQLLQEAFARHGKVKSVELSPHTDYQLKAVVQMENLQDAIGAVNSLHRYKIGSKKILVSLATGAASKSLSLLSAETMSVLQDAPACCLPLFKFTDIYEKKFGHKLNVSDLYKLTDTVAIREQGNGRLVCLLPSSQARQSPLGSSQSHDGSSTNCSPIIFEELEYHEPVCRQHCSNKDFSEHEFDPDSYKIPFVILSLKTFAPQVHSLLQTHEGTVPLLSFPDCYIAEFGDLEVVQENQGGVPLEHFITCVPGVNIATAQNGIKVVKWIHNKPPPPNTDPWLLRSKSPVGNPQLIQFSREVIDLLKSQPSCVIPISHFIPSYHHHFAKQCRVSDYGYSKLIELLEAVPHVLQILGMGSKRLLTLTHRAQVKRFTQDLLKLLKSQASKQVIVREFSQAYHWCFSKDWDVTEYGVCELIDIVSEIPDTTICLSQQDNEMVICIPKRERTQDEIERTKQFSKDVVDLLRHQPHFRMPFNKFIPSYHHHFGRQCKLAYYGFTKLLELFEAIPDTLQVLECGEEKILTLTEVERFKALAAQFVKLLRSQKDNCLMMTDLLTEYAKTFGYTFRLQDYDVSSISALTQKLCHVVKVADIESGRQIQLINRKSLRSLTAQLLVLLMSWEGTTHLSVEELKRHYESTHNTPLNPCEYGFMTLTELLKSLPYLVEVFTNDKMEECVKLTSLYLFAKNVRSLLHTYHYQQIFLHEFSMAYTKYVGETLQPKTYGHSSVEELLGAIPQVVWIKGHGHKRIVVLKNDMKSRLSSLSLSPANHENQPSEGERILEVPESHTASELKLGADGSGPSHTEQELLRLTDDSPVDLLCAPVPSCLPSPQLRPDPVILQSADLIQFEERPQEPSEIMILNQEEKMEIPIPGKSKTLTSDSSSSCISAAVPVPPCPSSETSESLLSKDPVESPAKKQPKNRVKLAANFSLAPITKL 2 1 2 -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ETMSILQDAPACCLPLFKFIDIYEKKYGHKLNVSDLYKLTDTIAIREQGNGRLVCLLPSNQ-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.136}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 5yad.1, oligomeric state (monomer) as predicted' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 4' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . GLU 882 882 ? A 41.275 25.018 34.979 1 1 A GLU 0.680 1 ATOM 2 C CA . GLU 882 882 ? A 40.077 25.536 35.728 1 1 A GLU 0.680 1 ATOM 3 C C . GLU 882 882 ? A 39.773 24.847 37.040 1 1 A GLU 0.680 1 ATOM 4 O O . GLU 882 882 ? A 39.662 25.496 38.072 1 1 A GLU 0.680 1 ATOM 5 C CB . GLU 882 882 ? A 38.901 25.432 34.759 1 1 A GLU 0.680 1 ATOM 6 C CG . GLU 882 882 ? A 39.108 26.221 33.445 1 1 A GLU 0.680 1 ATOM 7 C CD . GLU 882 882 ? A 37.937 25.982 32.495 1 1 A GLU 0.680 1 ATOM 8 O OE1 . GLU 882 882 ? A 37.275 24.926 32.647 1 1 A GLU 0.680 1 ATOM 9 O OE2 . GLU 882 882 ? A 37.737 26.836 31.608 1 1 A GLU 0.680 1 ATOM 10 N N . THR 883 883 ? A 39.727 23.504 37.059 1 1 A THR 0.770 1 ATOM 11 C CA . THR 883 883 ? A 39.617 22.691 38.270 1 1 A THR 0.770 1 ATOM 12 C C . THR 883 883 ? A 40.664 22.968 39.338 1 1 A THR 0.770 1 ATOM 13 O O . THR 883 883 ? A 40.340 23.140 40.507 1 1 A THR 0.770 1 ATOM 14 C CB . THR 883 883 ? A 39.727 21.240 37.862 1 1 A THR 0.770 1 ATOM 15 O OG1 . THR 883 883 ? A 38.725 20.969 36.897 1 1 A THR 0.770 1 ATOM 16 C CG2 . THR 883 883 ? A 39.519 20.288 39.038 1 1 A THR 0.770 1 ATOM 17 N N . MET 884 884 ? A 41.954 23.105 38.946 1 1 A MET 0.800 1 ATOM 18 C CA . MET 884 884 ? A 43.019 23.560 39.828 1 1 A MET 0.800 1 ATOM 19 C C . MET 884 884 ? A 42.759 24.945 40.427 1 1 A MET 0.800 1 ATOM 20 O O . MET 884 884 ? A 42.959 25.149 41.611 1 1 A MET 0.800 1 ATOM 21 C CB . MET 884 884 ? A 44.370 23.612 39.065 1 1 A MET 0.800 1 ATOM 22 C CG . MET 884 884 ? A 44.977 22.227 38.746 1 1 A MET 0.800 1 ATOM 23 S SD . MET 884 884 ? A 46.278 22.195 37.477 1 1 A MET 0.800 1 ATOM 24 C CE . MET 884 884 ? A 47.606 22.861 38.517 1 1 A MET 0.800 1 ATOM 25 N N . SER 885 885 ? A 42.262 25.917 39.616 1 1 A SER 0.850 1 ATOM 26 C CA . SER 885 885 ? A 41.968 27.283 40.058 1 1 A SER 0.850 1 ATOM 27 C C . SER 885 885 ? A 40.864 27.357 41.097 1 1 A SER 0.850 1 ATOM 28 O O . SER 885 885 ? A 40.933 28.151 42.019 1 1 A SER 0.850 1 ATOM 29 C CB . SER 885 885 ? A 41.718 28.318 38.895 1 1 A SER 0.850 1 ATOM 30 O OG . SER 885 885 ? A 40.379 28.368 38.356 1 1 A SER 0.850 1 ATOM 31 N N . VAL 886 886 ? A 39.802 26.534 40.966 1 1 A VAL 0.880 1 ATOM 32 C CA . VAL 886 886 ? A 38.760 26.412 41.978 1 1 A VAL 0.880 1 ATOM 33 C C . VAL 886 886 ? A 39.227 25.719 43.254 1 1 A VAL 0.880 1 ATOM 34 O O . VAL 886 886 ? A 38.940 26.154 44.363 1 1 A VAL 0.880 1 ATOM 35 C CB . VAL 886 886 ? A 37.561 25.656 41.409 1 1 A VAL 0.880 1 ATOM 36 C CG1 . VAL 886 886 ? A 36.467 25.417 42.475 1 1 A VAL 0.880 1 ATOM 37 C CG2 . VAL 886 886 ? A 36.981 26.469 40.234 1 1 A VAL 0.880 1 ATOM 38 N N . LEU 887 887 ? A 39.954 24.587 43.124 1 1 A LEU 0.850 1 ATOM 39 C CA . LEU 887 887 ? A 40.315 23.788 44.280 1 1 A LEU 0.850 1 ATOM 40 C C . LEU 887 887 ? A 41.543 24.239 45.039 1 1 A LEU 0.850 1 ATOM 41 O O . LEU 887 887 ? A 41.663 23.912 46.212 1 1 A LEU 0.850 1 ATOM 42 C CB . LEU 887 887 ? A 40.509 22.311 43.901 1 1 A LEU 0.850 1 ATOM 43 C CG . LEU 887 887 ? A 39.207 21.614 43.483 1 1 A LEU 0.850 1 ATOM 44 C CD1 . LEU 887 887 ? A 39.536 20.237 42.902 1 1 A LEU 0.850 1 ATOM 45 C CD2 . LEU 887 887 ? A 38.215 21.466 44.650 1 1 A LEU 0.850 1 ATOM 46 N N . GLN 888 888 ? A 42.461 25.028 44.451 1 1 A GLN 0.780 1 ATOM 47 C CA . GLN 888 888 ? A 43.569 25.630 45.187 1 1 A GLN 0.780 1 ATOM 48 C C . GLN 888 888 ? A 43.106 26.624 46.255 1 1 A GLN 0.780 1 ATOM 49 O O . GLN 888 888 ? A 43.743 26.755 47.299 1 1 A GLN 0.780 1 ATOM 50 C CB . GLN 888 888 ? A 44.622 26.252 44.226 1 1 A GLN 0.780 1 ATOM 51 C CG . GLN 888 888 ? A 45.552 25.202 43.563 1 1 A GLN 0.780 1 ATOM 52 C CD . GLN 888 888 ? A 46.483 25.814 42.516 1 1 A GLN 0.780 1 ATOM 53 O OE1 . GLN 888 888 ? A 46.490 27.012 42.228 1 1 A GLN 0.780 1 ATOM 54 N NE2 . GLN 888 888 ? A 47.319 24.950 41.884 1 1 A GLN 0.780 1 ATOM 55 N N . ASP 889 889 ? A 41.948 27.285 46.051 1 1 A ASP 0.750 1 ATOM 56 C CA . ASP 889 889 ? A 41.357 28.188 47.017 1 1 A ASP 0.750 1 ATOM 57 C C . ASP 889 889 ? A 40.483 27.449 48.056 1 1 A ASP 0.750 1 ATOM 58 O O . ASP 889 889 ? A 40.043 28.026 49.053 1 1 A ASP 0.750 1 ATOM 59 C CB . ASP 889 889 ? A 40.484 29.232 46.259 1 1 A ASP 0.750 1 ATOM 60 C CG . ASP 889 889 ? A 41.292 30.256 45.463 1 1 A ASP 0.750 1 ATOM 61 O OD1 . ASP 889 889 ? A 42.502 30.433 45.741 1 1 A ASP 0.750 1 ATOM 62 O OD2 . ASP 889 889 ? A 40.665 30.911 44.585 1 1 A ASP 0.750 1 ATOM 63 N N . ALA 890 890 ? A 40.191 26.137 47.881 1 1 A ALA 0.840 1 ATOM 64 C CA . ALA 890 890 ? A 39.314 25.412 48.790 1 1 A ALA 0.840 1 ATOM 65 C C . ALA 890 890 ? A 40.043 24.899 50.056 1 1 A ALA 0.840 1 ATOM 66 O O . ALA 890 890 ? A 41.214 24.528 49.970 1 1 A ALA 0.840 1 ATOM 67 C CB . ALA 890 890 ? A 38.610 24.237 48.078 1 1 A ALA 0.840 1 ATOM 68 N N . PRO 891 891 ? A 39.452 24.811 51.258 1 1 A PRO 0.720 1 ATOM 69 C CA . PRO 891 891 ? A 40.027 24.093 52.406 1 1 A PRO 0.720 1 ATOM 70 C C . PRO 891 891 ? A 40.432 22.651 52.104 1 1 A PRO 0.720 1 ATOM 71 O O . PRO 891 891 ? 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #