data_SMR-afd912a602c59a5782464f99730971e4_2 _entry.id SMR-afd912a602c59a5782464f99730971e4_2 _struct.entry_id SMR-afd912a602c59a5782464f99730971e4_2 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q7Z6E9 (isoform 2)/ RBBP6_HUMAN, E3 ubiquitin-protein ligase RBBP6 Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q7Z6E9 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' ZN non-polymer 'ZINC ION' Zn 65.380 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 229324.343 1 . 2 non-polymer man 'ZINC ION' 65.380 2 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP RBBP6_HUMAN Q7Z6E9 1 ;MSCVHYKFSSKLNYDTVTFDGLHISLCDLKKQIMGREKLKAADCDLQITNAQTKEEYTDDNALIPKNSSV IVRRIPIGGVKSTSKTYVISRTEPAMATTKAIDDSSASISLAQLTKTANLAEANASEEDKIKAMMSQSGH EYDPINYMKKPLGPPPPSYTCFRCGKPGHYIKNCPTNGDKNFESGPRIKKSTGIPRSFMMEVKDPNMKGA MLTNTGKYAIPTIDAEAYAIGKKEKPPFLPEEPSSSSEEDDPIPDELLCLICKDIMTDAVVIPCCGNSYC DECIRTALLESDEHTCPTCHQNDVSPDALIANKFLRQAVNNFKNETGYTKRLRKQLPPPPPPIPPPRPLI QRNLQPLMRSPISRQQDPLMIPVTSSSTHPAPSISSLTSNQSSLAPPVSGNPSSAPAPVPDITATVSISV HSEKSDGPFRDSDNKILPAAALASEHSKGTSSIAITALMEEKGYQVPVLGTPSLLGQSLLHGQLIPTTGP VRINTARPGGGRPGWEHSNKLGYLVSPPQQIRRGERSCYRSINRGRHHSERSQRTQGPSLPATPVFVPVP PPPLYPPPPHTLPLPPGVPPPQFSPQFPPGQPPPAGYSVPPPGFPPAPANLSTPWVSSGVQTAHSNTIPT TQAPPLSREEFYREQRRLKEESKSPYSGSSYSRSSYTYSKSRSGSTRSRSYSRSFSRSHSRSYSRSPPYP RRGRGKSRNYRSRSRSHGYHRSRSRSPPYRRYHSRSRSPQAFRGQSPNKRNVPQGETEREYFNRYREVPP PYDMKAYYGRSVDFRDPFEKERYREWERKYREWYEKYYKGYAAGAQPRPSANRENFSPERFLPLNIRNSP FTRGRREDYVGGQSHRSRNIGSNYPEKLSARDGHNQKDNTKSKEKESENAPGDGKGNKHKKHRKRRKGEE SEGFLNPELLETSRKSREPTGVEENKTDSLFVLPSRDDATPVRDEPMDAESITFKSVSEKDKRERDKPKA KGDKTKRKNDGSAVSKKENIVKPAKGPQEKVDGERERSPRSEPPIKKAKEETPKTDNTKSSSSSQKDEKI TGTPRKAHSKSAKEHQETKPVKEEKVKKDYSKDVKSEKLTTKEEKAKKPNEKNKPLDNKGEKRKRKTEEK GVDKDFESSSMKISKLEVTEIVKPSPKRKMEPDTEKMDRTPEKDKISLSAPAKKIKLNRETGKKIGSTEN ISNTKEPSEKLESTSSKVKQEKVKGKVRRKVTGTEGSSSTLVDYTSTSSTGGSPVRKSEEKTDTKRTVIK TMEEYNNDNTAPAEDVIIMIQVPQSKWDKDDFESEEEDVKSTQPISSVGKPASVIKNVSTKPSNIVKYPE KESEPSEKIQKFTKDVSHEIIQHEVKSSKNSASSEKGKTKDRDYSVLEKENPEKRKNSTQPEKESNLDRL NEQGNFKSLSQSSKEARTSDKHDSTRASSNKDFTPNRDKKTDYDTREYSSSKRRDEKNELTRRKDSPSRN KDSASGQKNKPREERDLPKKGTGDSKKSNSSPSRDRKPHDHKATYDTKRPNEETKSVDKNPCKDREKHVL EARNNKESSGNKLLYILNPPETQVEKEQITGQIDKSTVKPKPQLSHSSRLSSDLTRETDEAAFEPDYNES DSESNVSVKEEESSGNISKDLKDKIVEKAKESLDTAAVVQVGISRNQSHSSPSVSPSRSHSPSGSQTRSH SSSASSAESQDSKKKKKKKEKKKHKKHKKHKKHKKHAGTEVELEKSQKHKHKKKKSKKNKDKEKEKEKDD QKVKSVTV ; 'E3 ubiquitin-protein ligase RBBP6' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1758 1 1758 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . RBBP6_HUMAN Q7Z6E9 Q7Z6E9-2 1 1758 9606 'Homo sapiens (Human)' 2003-10-01 5062A3FBA5BB5255 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MSCVHYKFSSKLNYDTVTFDGLHISLCDLKKQIMGREKLKAADCDLQITNAQTKEEYTDDNALIPKNSSV IVRRIPIGGVKSTSKTYVISRTEPAMATTKAIDDSSASISLAQLTKTANLAEANASEEDKIKAMMSQSGH EYDPINYMKKPLGPPPPSYTCFRCGKPGHYIKNCPTNGDKNFESGPRIKKSTGIPRSFMMEVKDPNMKGA MLTNTGKYAIPTIDAEAYAIGKKEKPPFLPEEPSSSSEEDDPIPDELLCLICKDIMTDAVVIPCCGNSYC DECIRTALLESDEHTCPTCHQNDVSPDALIANKFLRQAVNNFKNETGYTKRLRKQLPPPPPPIPPPRPLI QRNLQPLMRSPISRQQDPLMIPVTSSSTHPAPSISSLTSNQSSLAPPVSGNPSSAPAPVPDITATVSISV HSEKSDGPFRDSDNKILPAAALASEHSKGTSSIAITALMEEKGYQVPVLGTPSLLGQSLLHGQLIPTTGP VRINTARPGGGRPGWEHSNKLGYLVSPPQQIRRGERSCYRSINRGRHHSERSQRTQGPSLPATPVFVPVP PPPLYPPPPHTLPLPPGVPPPQFSPQFPPGQPPPAGYSVPPPGFPPAPANLSTPWVSSGVQTAHSNTIPT 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QKVKSVTV ; # # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id _pdbx_entity_nonpoly.ma_model_mode 2 'ZINC ION' ZN implicit # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 SER . 1 3 CYS . 1 4 VAL . 1 5 HIS . 1 6 TYR . 1 7 LYS . 1 8 PHE . 1 9 SER . 1 10 SER . 1 11 LYS . 1 12 LEU . 1 13 ASN . 1 14 TYR . 1 15 ASP . 1 16 THR . 1 17 VAL . 1 18 THR . 1 19 PHE . 1 20 ASP . 1 21 GLY . 1 22 LEU . 1 23 HIS . 1 24 ILE . 1 25 SER . 1 26 LEU . 1 27 CYS . 1 28 ASP . 1 29 LEU . 1 30 LYS . 1 31 LYS . 1 32 GLN . 1 33 ILE . 1 34 MET . 1 35 GLY . 1 36 ARG . 1 37 GLU . 1 38 LYS . 1 39 LEU . 1 40 LYS . 1 41 ALA . 1 42 ALA . 1 43 ASP . 1 44 CYS . 1 45 ASP . 1 46 LEU . 1 47 GLN . 1 48 ILE . 1 49 THR . 1 50 ASN . 1 51 ALA . 1 52 GLN . 1 53 THR . 1 54 LYS . 1 55 GLU . 1 56 GLU . 1 57 TYR . 1 58 THR . 1 59 ASP . 1 60 ASP . 1 61 ASN . 1 62 ALA . 1 63 LEU . 1 64 ILE . 1 65 PRO . 1 66 LYS . 1 67 ASN . 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A 1 1743 GLU 1743 ? ? ? A . A 1 1744 LYS 1744 ? ? ? A . A 1 1745 GLU 1745 ? ? ? A . A 1 1746 LYS 1746 ? ? ? A . A 1 1747 GLU 1747 ? ? ? A . A 1 1748 LYS 1748 ? ? ? A . A 1 1749 ASP 1749 ? ? ? A . A 1 1750 ASP 1750 ? ? ? A . A 1 1751 GLN 1751 ? ? ? A . A 1 1752 LYS 1752 ? ? ? A . A 1 1753 VAL 1753 ? ? ? A . A 1 1754 LYS 1754 ? ? ? A . A 1 1755 SER 1755 ? ? ? A . A 1 1756 VAL 1756 ? ? ? A . A 1 1757 THR 1757 ? ? ? A . A 1 1758 VAL 1758 ? ? ? A . # # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 ZN 1 1 1 ZN '_' . C 2 ZN 1 2 2 ZN '_' . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Retinoblastoma-binding protein 6 {PDB ID=2yur, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=2yur.1.A}' 'template structure' . 2 'ZINC ION {PDB ID=2yur, label_asym_id=B, auth_asym_id=A, SMTL ID=2yur.1._.1}' 'template structure' . 3 'ZINC ION {PDB ID=2yur, label_asym_id=C, auth_asym_id=A, SMTL ID=2yur.1._.2}' 'template structure' . 4 . target . 5 'ZINC ION' target . 6 'Target-template alignment by HHblits to 2yur, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 7 'model 2' 'model coordinates' . 8 SMTL 'reference database' . 9 PDB 'reference database' . 10 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 4 2 1 8 3 1 9 4 2 10 5 3 4 6 3 5 7 3 1 8 3 2 9 3 3 10 3 6 11 4 1 12 4 2 13 4 3 14 4 6 15 4 5 16 5 7 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 8 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-27 9 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-22 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 4 'reference database' 2 5 . # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . B 2 . C 2 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A 2 2 'reference database' non-polymer 1 2 B B 2 1 A 3 3 'reference database' non-polymer 1 3 C C 2 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GSSGSSGEDDPIPDELLCLICKDIMTDAVVIPCCGNSYCDECIRTALLESDEHTCPTCHQNDVSPDALSG PSSG ; ;GSSGSSGEDDPIPDELLCLICKDIMTDAVVIPCCGNSYCDECIRTALLESDEHTCPTCHQNDVSPDALSG PSSG ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 9 66 # # loop_ _ma_template_non_poly.template_id _ma_template_non_poly.comp_id _ma_template_non_poly.details 2 ZN 'ZINC ION' 3 ZN 'ZINC ION' # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 2yur 2024-05-29 2 PDB . 2yur 2024-05-29 3 PDB . 2yur 2024-05-29 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1758 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 6 1 1758 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 2.1e-05 100.000 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MSCVHYKFSSKLNYDTVTFDGLHISLCDLKKQIMGREKLKAADCDLQITNAQTKEEYTDDNALIPKNSSVIVRRIPIGGVKSTSKTYVISRTEPAMATTKAIDDSSASISLAQLTKTANLAEANASEEDKIKAMMSQSGHEYDPINYMKKPLGPPPPSYTCFRCGKPGHYIKNCPTNGDKNFESGPRIKKSTGIPRSFMMEVKDPNMKGAMLTNTGKYAIPTIDAEAYAIGKKEKPPFLPEEPSSSSEEDDPIPDELLCLICKDIMTDAVVIPCCGNSYCDECIRTALLESDEHTCPTCHQNDVSPDALIANKFLRQAVNNFKNETGYTKRLRKQLPPPPPPIPPPRPLIQRNLQPLMRSPISRQQDPLMIPVTSSSTHPAPSISSLTSNQSSLAPPVSGNPSSAPAPVPDITATVSISVHSEKSDGPFRDSDNKILPAAALASEHSKGTSSIAITALMEEKGYQVPVLGTPSLLGQSLLHGQLIPTTGPVRINTARPGGGRPGWEHSNKLGYLVSPPQQIRRGERSCYRSINRGRHHSERSQRTQGPSLPATPVFVPVPPPPLYPPPPHTLPLPPGVPPPQFSPQFPPGQPPPAGYSVPPPGFPPAPANLSTPWVSSGVQTAHSNTIPTTQAPPLSREEFYREQRRLKEESKSPYSGSSYSRSSYTYSKSRSGSTRSRSYSRSFSRSHSRSYSRSPPYPRRGRGKSRNYRSRSRSHGYHRSRSRSPPYRRYHSRSRSPQAFRGQSPNKRNVPQGETEREYFNRYREVPPPYDMKAYYGRSVDFRDPFEKERYREWERKYREWYEKYYKGYAAGAQPRPSANRENFSPERFLPLNIRNSPFTRGRREDYVGGQSHRSRNIGSNYPEKLSARDGHNQKDNTKSKEKESENAPGDGKGNKHKKHRKRRKGEESEGFLNPELLETSRKSREPTGVEENKTDSLFVLPSRDDATPVRDEPMDAESITFKSVSEKDKRERDKPKAKGDKTKRKNDGSAVSKKENIVKPAKGPQEKVDGERERSPRSEPPIKKAKEETPKTDNTKSSSSSQKDEKITGTPRKAHSKSAKEHQETKPVKEEKVKKDYSKDVKSEKLTTKEEKAKKPNEKNKPLDNKGEKRKRKTEEKGVDKDFESSSMKISKLEVTEIVKPSPKRKMEPDTEKMDRTPEKDKISLSAPAKKIKLNRETGKKIGSTENISNTKEPSEKLESTSSKVKQEKVKGKVRRKVTGTEGSSSTLVDYTSTSSTGGSPVRKSEEKTDTKRTVIKTMEEYNNDNTAPAEDVIIMIQVPQSKWDKDDFESEEEDVKSTQPISSVGKPASVIKNVSTKPSNIVKYPEKESEPSEKIQKFTKDVSHEIIQHEVKSSKNSASSEKGKTKDRDYSVLEKENPEKRKNSTQPEKESNLDRLNEQGNFKSLSQSSKEARTSDKHDSTRASSNKDFTPNRDKKTDYDTREYSSSKRRDEKNELTRRKDSPSRNKDSASGQKNKPREERDLPKKGTGDSKKSNSSPSRDRKPHDHKATYDTKRPNEETKSVDKNPCKDREKHVLEARNNKESSGNKLLYILNPPETQVEKEQITGQIDKSTVKPKPQLSHSSRLSSDLTRETDEAAFEPDYNESDSESNVSVKEEESSGNISKDLKDKIVEKAKESLDTAAVVQVGISRNQSHSSPSVSPSRSHSPSGSQTRSHSSSASSAESQDSKKKKKKKEKKKHKKHKKHKKHKKHAGTEVELEKSQKHKHKKKKSKKNKDKEKEKEKDDQKVKSVTV 2 1 2 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------DDPIPDELLCLICKDIMTDAVVIPCCGNSYCDECIRTALLESDEHTCPTCHQNDVSPD----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 2yur.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 2' . 7 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . ASP 250 250 ? A 7.907 -27.056 -4.448 1 1 A ASP 0.300 1 ATOM 2 C CA . ASP 250 250 ? A 6.833 -26.086 -4.873 1 1 A ASP 0.300 1 ATOM 3 C C . ASP 250 250 ? A 7.362 -24.666 -4.750 1 1 A ASP 0.300 1 ATOM 4 O O . ASP 250 250 ? A 8.453 -24.454 -4.237 1 1 A ASP 0.300 1 ATOM 5 C CB . ASP 250 250 ? A 5.525 -26.377 -4.057 1 1 A ASP 0.300 1 ATOM 6 C CG . ASP 250 250 ? A 5.839 -26.718 -2.602 1 1 A ASP 0.300 1 ATOM 7 O OD1 . ASP 250 250 ? A 6.944 -26.327 -2.155 1 1 A ASP 0.300 1 ATOM 8 O OD2 . ASP 250 250 ? A 5.096 -27.549 -2.041 1 1 A ASP 0.300 1 ATOM 9 N N . ASP 251 251 ? A 6.647 -23.672 -5.293 1 1 A ASP 0.280 1 ATOM 10 C CA . ASP 251 251 ? A 6.987 -22.286 -5.166 1 1 A ASP 0.280 1 ATOM 11 C C . ASP 251 251 ? A 6.079 -21.684 -4.070 1 1 A ASP 0.280 1 ATOM 12 O O . ASP 251 251 ? A 4.879 -21.952 -4.033 1 1 A ASP 0.280 1 ATOM 13 C CB . ASP 251 251 ? A 6.946 -21.592 -6.560 1 1 A ASP 0.280 1 ATOM 14 C CG . ASP 251 251 ? A 5.688 -21.926 -7.350 1 1 A ASP 0.280 1 ATOM 15 O OD1 . ASP 251 251 ? A 5.502 -23.133 -7.667 1 1 A ASP 0.280 1 ATOM 16 O OD2 . ASP 251 251 ? A 4.929 -20.986 -7.674 1 1 A ASP 0.280 1 ATOM 17 N N . PRO 252 252 ? A 6.598 -20.936 -3.092 1 1 A PRO 0.350 1 ATOM 18 C CA . PRO 252 252 ? A 5.786 -20.186 -2.143 1 1 A PRO 0.350 1 ATOM 19 C C . PRO 252 252 ? A 5.097 -19.015 -2.820 1 1 A PRO 0.350 1 ATOM 20 O O . PRO 252 252 ? A 5.351 -18.765 -3.994 1 1 A PRO 0.350 1 ATOM 21 C CB . PRO 252 252 ? A 6.811 -19.691 -1.103 1 1 A PRO 0.350 1 ATOM 22 C CG . PRO 252 252 ? A 8.127 -19.579 -1.882 1 1 A PRO 0.350 1 ATOM 23 C CD . PRO 252 252 ? A 8.025 -20.704 -2.906 1 1 A PRO 0.350 1 ATOM 24 N N . ILE 253 253 ? A 4.222 -18.286 -2.078 1 1 A ILE 0.360 1 ATOM 25 C CA . ILE 253 253 ? A 3.494 -17.081 -2.502 1 1 A ILE 0.360 1 ATOM 26 C C . ILE 253 253 ? A 4.238 -16.200 -3.527 1 1 A ILE 0.360 1 ATOM 27 O O . ILE 253 253 ? A 5.310 -15.685 -3.202 1 1 A ILE 0.360 1 ATOM 28 C CB . ILE 253 253 ? A 3.026 -16.211 -1.322 1 1 A ILE 0.360 1 ATOM 29 C CG1 . ILE 253 253 ? A 2.022 -16.999 -0.441 1 1 A ILE 0.360 1 ATOM 30 C CG2 . ILE 253 253 ? A 2.379 -14.884 -1.816 1 1 A ILE 0.360 1 ATOM 31 C CD1 . ILE 253 253 ? A 1.646 -16.259 0.851 1 1 A ILE 0.360 1 ATOM 32 N N . PRO 254 254 ? A 3.737 -15.996 -4.750 1 1 A PRO 0.460 1 ATOM 33 C CA . PRO 254 254 ? A 4.441 -15.251 -5.787 1 1 A PRO 0.460 1 ATOM 34 C C . PRO 254 254 ? A 4.549 -13.764 -5.471 1 1 A PRO 0.460 1 ATOM 35 O O . PRO 254 254 ? A 3.811 -13.259 -4.631 1 1 A PRO 0.460 1 ATOM 36 C CB . PRO 254 254 ? A 3.591 -15.490 -7.049 1 1 A PRO 0.460 1 ATOM 37 C CG . PRO 254 254 ? A 2.186 -15.778 -6.517 1 1 A PRO 0.460 1 ATOM 38 C CD . PRO 254 254 ? A 2.471 -16.540 -5.229 1 1 A PRO 0.460 1 ATOM 39 N N . ASP 255 255 ? A 5.459 -13.033 -6.159 1 1 A ASP 0.530 1 ATOM 40 C CA . ASP 255 255 ? A 5.693 -11.610 -5.938 1 1 A ASP 0.530 1 ATOM 41 C C . ASP 255 255 ? A 4.491 -10.715 -6.243 1 1 A ASP 0.530 1 ATOM 42 O O . ASP 255 255 ? A 4.287 -9.672 -5.600 1 1 A ASP 0.530 1 ATOM 43 C CB . ASP 255 255 ? A 6.984 -11.118 -6.666 1 1 A ASP 0.530 1 ATOM 44 C CG . ASP 255 255 ? A 6.750 -10.652 -8.096 1 1 A ASP 0.530 1 ATOM 45 O OD1 . ASP 255 255 ? A 6.600 -9.423 -8.275 1 1 A ASP 0.530 1 ATOM 46 O OD2 . ASP 255 255 ? A 6.715 -11.527 -8.993 1 1 A ASP 0.530 1 ATOM 47 N N . GLU 256 256 ? A 3.646 -11.119 -7.204 1 1 A GLU 0.550 1 ATOM 48 C CA . GLU 256 256 ? A 2.440 -10.448 -7.655 1 1 A GLU 0.550 1 ATOM 49 C C . GLU 256 256 ? A 1.401 -10.238 -6.538 1 1 A GLU 0.550 1 ATOM 50 O O . GLU 256 256 ? A 0.587 -9.310 -6.559 1 1 A GLU 0.550 1 ATOM 51 C CB . GLU 256 256 ? A 1.827 -11.258 -8.843 1 1 A GLU 0.550 1 ATOM 52 C CG . GLU 256 256 ? A 1.156 -12.605 -8.445 1 1 A GLU 0.550 1 ATOM 53 C CD . GLU 256 256 ? A 0.528 -13.408 -9.588 1 1 A GLU 0.550 1 ATOM 54 O OE1 . GLU 256 256 ? A 1.003 -13.311 -10.744 1 1 A GLU 0.550 1 ATOM 55 O OE2 . GLU 256 256 ? A -0.436 -14.157 -9.274 1 1 A GLU 0.550 1 ATOM 56 N N . LEU 257 257 ? A 1.445 -11.104 -5.503 1 1 A LEU 0.510 1 ATOM 57 C CA . LEU 257 257 ? 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.612 2 1 3 0.000228 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 250 ASP 1 0.300 2 1 A 251 ASP 1 0.280 3 1 A 252 PRO 1 0.350 4 1 A 253 ILE 1 0.360 5 1 A 254 PRO 1 0.460 6 1 A 255 ASP 1 0.530 7 1 A 256 GLU 1 0.550 8 1 A 257 LEU 1 0.510 9 1 A 258 LEU 1 0.580 10 1 A 259 CYS 1 0.650 11 1 A 260 LEU 1 0.630 12 1 A 261 ILE 1 0.630 13 1 A 262 CYS 1 0.560 14 1 A 263 LYS 1 0.590 15 1 A 264 ASP 1 0.560 16 1 A 265 ILE 1 0.510 17 1 A 266 MET 1 0.590 18 1 A 267 THR 1 0.560 19 1 A 268 ASP 1 0.610 20 1 A 269 ALA 1 0.700 21 1 A 270 VAL 1 0.710 22 1 A 271 VAL 1 0.690 23 1 A 272 ILE 1 0.700 24 1 A 273 PRO 1 0.660 25 1 A 274 CYS 1 0.660 26 1 A 275 CYS 1 0.620 27 1 A 276 GLY 1 0.730 28 1 A 277 ASN 1 0.750 29 1 A 278 SER 1 0.710 30 1 A 279 TYR 1 0.750 31 1 A 280 CYS 1 0.730 32 1 A 281 ASP 1 0.710 33 1 A 282 GLU 1 0.750 34 1 A 283 CYS 1 0.780 35 1 A 284 ILE 1 0.780 36 1 A 285 ARG 1 0.710 37 1 A 286 THR 1 0.770 38 1 A 287 ALA 1 0.800 39 1 A 288 LEU 1 0.700 40 1 A 289 LEU 1 0.580 41 1 A 290 GLU 1 0.650 42 1 A 291 SER 1 0.580 43 1 A 292 ASP 1 0.520 44 1 A 293 GLU 1 0.510 45 1 A 294 HIS 1 0.620 46 1 A 295 THR 1 0.650 47 1 A 296 CYS 1 0.680 48 1 A 297 PRO 1 0.670 49 1 A 298 THR 1 0.680 50 1 A 299 CYS 1 0.560 51 1 A 300 HIS 1 0.550 52 1 A 301 GLN 1 0.620 53 1 A 302 ASN 1 0.600 54 1 A 303 ASP 1 0.630 55 1 A 304 VAL 1 0.710 56 1 A 305 SER 1 0.640 57 1 A 306 PRO 1 0.480 58 1 A 307 ASP 1 0.320 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #