data_SMR-38c4bdfcba6aaa7beed011f6bc1f672b_3 _entry.id SMR-38c4bdfcba6aaa7beed011f6bc1f672b_3 _struct.entry_id SMR-38c4bdfcba6aaa7beed011f6bc1f672b_3 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - P55196 (isoform 2)/ AFAD_HUMAN, Afadin Estimated model accuracy of this model is 0.039, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries P55196 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 241109.780 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP AFAD_HUMAN P55196 1 ;MSAGGRDEERRKLADIIHHWNANRLDLFEISQPTEDLEFHGVMRFYFQDKAAGNFATKCIRVSSTATTQD VIETLAEKFRPDMRMLSSPKYSLYEVHVSGERRLDIDEKPLVVQLNWNKDDREGRFVLKNENDAIPPKAQ SNGPEKQEKEGVIQNFKRTLSKKEKKEKKKREKEALRQASDKDDRPFQGEDVENSRLAAEVYKDMPETSF TRTISNPEVVMKRRRQQKLEKRMQEFRSSDGRPDSGGTLRIYADSLKPNIPYKTILLSTTDPADFAVAEA LEKYGLEKENPKDYCIARVMLPPGAQHSDEKGAKEIILDDDECPLQIFREWPSDKGILVFQLKRRPPDHI PKKTKKHLEGKTPKGKERADGSGYGSTLPPEKLPYLVELSPGRRNHFAYYNYHTYEDGSDSRDKPKLYRL QLSVTEVGTEKLDDNSIQLFGPGIQPHHCDLTNMDGVVTVTPRSMDAETYVEGQRISETTMLQSGMKVQF GASHVFKFVDPSQDHALAKRSVDGGLMVKGPRHKPGIVQETTFDLGGDIHSGTALPTSKSTTRLDSDRVS SASSTAERGMVKPMIRVEQQPDYRRQESRTQDASGPELILPASIEFRESSEDSFLSAIINYTNSSTVHFK LSPTYVLYMACRYVLSNQYRPDISPTERTHKVIAVVNKMVSMMEGVIQKQKNIAGALAFWMANASELLNF IKQDRDLSRITLDAQDVLAHLVQMAFKYLVHCLQSELNNYMPAFLDDPEENSLQRPKIDDVLHTLTGAMS LLRRCRVNAALTIQLFSQLFHFINMWLFNRLVTDPDSGLCSHYWGAIIRQQLGHIEAWAEKQGLELAADC HLSRIVQATTLLTMDKYAPDDIPNINSTCFKLNSLQLQALLQNYHCAPDEPFIPTDLIENVVTVAENTAD ELARSDGREVQLEEDPDLQLPFLLPEDGYSCDVVRNIPNGLQEFLDPLCQRGFCRLIPHTRSPGTWTIYF EGADYESHLLRENTELAQPLRKEPEIITVTLKKQNGMGLSIVAAKGAGQDKLGIYVKSVVKGGAADVDGR LAAGDQLLSVDGRSLVGLSQERAAELMTRTSSVVTLEVAKQGAIYHGLATLLNQPSPMMQRISDRRGSGK PRPKSEGFELYNNSTQNGSPESPQLPWAEYSEPKKLPGDDRLMKNRADHRSSPNVANQPPSPGGKSAYAS GTTAKITSVSTGNLCTEEQTPPPRPEAYPIPTQTYTREYFTFPASKSQDRMAPPQNQWPNYEEKPHMHTD SNHSSIAIQRVTRSQEELREDKAYQLERHRIEAAMDRKSDSDMWINQSSSLDSSTSSQEHLNHSSKSVTP ASTLTKSGPGRWKTPAAIPATPVAVSQPIRTDLPPPPPPPPVHYAGDFDGMSMDLPLPPPPSANQIGLPS AQVAAAERRKREEHQRWYEKEKARLEEERERKRREQERKLGQMRTQSLNPAPFSPLTAQQMKPEKPSTLQ RPQETVIRELQPQQQPRTIERRDLQYITVSKEELSSGDSLSPDPWKRDAKEKLEKQQQMHIVDMLSKEIQ ELQSKPDRSAEESDRLRKLMLEWQFQKRLQESKQKDEDDEEEEDDDVDTMLIMQRLEAERRARTAMPAIS VLDLLQDEERRRQQQLEEMRKREAEDRARQEEERRRQEEERTKRDAEEKRRQEEGYYSRLEAERRRQHDE AARRLLEPEAPGLCRPPLPRDYEPPSPSPAPGAPPPPPQRNASYLKTQVLSPDSLFTAKFVAYNEEEEEE DCSLAGPNSYPGSTGAAVGAHDACRDAKEKRSKSQDADSPGSSGAPENLTFKERQRLFSQGQDVSNKVKA SRKLTELENELNTK ; Afadin # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1834 1 1834 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . AFAD_HUMAN P55196 P55196-2 1 1834 9606 'Homo sapiens (Human)' 2010-02-09 3D57FDBD6A521DFD # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MSAGGRDEERRKLADIIHHWNANRLDLFEISQPTEDLEFHGVMRFYFQDKAAGNFATKCIRVSSTATTQD VIETLAEKFRPDMRMLSSPKYSLYEVHVSGERRLDIDEKPLVVQLNWNKDDREGRFVLKNENDAIPPKAQ SNGPEKQEKEGVIQNFKRTLSKKEKKEKKKREKEALRQASDKDDRPFQGEDVENSRLAAEVYKDMPETSF TRTISNPEVVMKRRRQQKLEKRMQEFRSSDGRPDSGGTLRIYADSLKPNIPYKTILLSTTDPADFAVAEA LEKYGLEKENPKDYCIARVMLPPGAQHSDEKGAKEIILDDDECPLQIFREWPSDKGILVFQLKRRPPDHI PKKTKKHLEGKTPKGKERADGSGYGSTLPPEKLPYLVELSPGRRNHFAYYNYHTYEDGSDSRDKPKLYRL QLSVTEVGTEKLDDNSIQLFGPGIQPHHCDLTNMDGVVTVTPRSMDAETYVEGQRISETTMLQSGMKVQF GASHVFKFVDPSQDHALAKRSVDGGLMVKGPRHKPGIVQETTFDLGGDIHSGTALPTSKSTTRLDSDRVS SASSTAERGMVKPMIRVEQQPDYRRQESRTQDASGPELILPASIEFRESSEDSFLSAIINYTNSSTVHFK 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A 1 1711 PRO 1711 ? ? ? A . A 1 1712 GLY 1712 ? ? ? A . A 1 1713 ALA 1713 ? ? ? A . A 1 1714 PRO 1714 ? ? ? A . A 1 1715 PRO 1715 ? ? ? A . A 1 1716 PRO 1716 ? ? ? A . A 1 1717 PRO 1717 ? ? ? A . A 1 1718 PRO 1718 ? ? ? A . A 1 1719 GLN 1719 ? ? ? A . A 1 1720 ARG 1720 ? ? ? A . A 1 1721 ASN 1721 ? ? ? A . A 1 1722 ALA 1722 ? ? ? A . A 1 1723 SER 1723 ? ? ? A . A 1 1724 TYR 1724 ? ? ? A . A 1 1725 LEU 1725 ? ? ? A . A 1 1726 LYS 1726 ? ? ? A . A 1 1727 THR 1727 ? ? ? A . A 1 1728 GLN 1728 ? ? ? A . A 1 1729 VAL 1729 ? ? ? A . A 1 1730 LEU 1730 ? ? ? A . A 1 1731 SER 1731 ? ? ? A . A 1 1732 PRO 1732 ? ? ? A . A 1 1733 ASP 1733 ? ? ? A . A 1 1734 SER 1734 ? ? ? A . A 1 1735 LEU 1735 ? ? ? A . A 1 1736 PHE 1736 ? ? ? A . A 1 1737 THR 1737 ? ? ? A . A 1 1738 ALA 1738 ? ? ? A . A 1 1739 LYS 1739 ? ? ? A . A 1 1740 PHE 1740 ? ? ? A . A 1 1741 VAL 1741 ? ? ? A . A 1 1742 ALA 1742 ? ? ? A . A 1 1743 TYR 1743 ? ? ? A . A 1 1744 ASN 1744 ? ? ? A . A 1 1745 GLU 1745 ? ? ? A . A 1 1746 GLU 1746 ? ? ? A . A 1 1747 GLU 1747 ? ? ? A . A 1 1748 GLU 1748 ? ? ? A . A 1 1749 GLU 1749 ? ? ? A . A 1 1750 GLU 1750 ? ? ? A . A 1 1751 ASP 1751 ? ? ? A . A 1 1752 CYS 1752 ? ? ? A . A 1 1753 SER 1753 ? ? ? A . A 1 1754 LEU 1754 ? ? ? A . A 1 1755 ALA 1755 ? ? ? A . A 1 1756 GLY 1756 ? ? ? A . A 1 1757 PRO 1757 ? ? ? A . A 1 1758 ASN 1758 ? ? ? A . A 1 1759 SER 1759 ? ? ? A . A 1 1760 TYR 1760 ? ? ? A . A 1 1761 PRO 1761 ? ? ? A . A 1 1762 GLY 1762 ? ? ? A . A 1 1763 SER 1763 ? ? ? A . A 1 1764 THR 1764 ? ? ? A . A 1 1765 GLY 1765 ? ? ? A . A 1 1766 ALA 1766 ? ? ? A . A 1 1767 ALA 1767 ? ? ? A . A 1 1768 VAL 1768 ? ? ? A . A 1 1769 GLY 1769 ? ? ? A . A 1 1770 ALA 1770 ? ? ? A . A 1 1771 HIS 1771 ? ? ? A . A 1 1772 ASP 1772 ? ? ? A . A 1 1773 ALA 1773 ? ? ? A . A 1 1774 CYS 1774 ? ? ? A . A 1 1775 ARG 1775 ? ? ? A . A 1 1776 ASP 1776 ? ? ? A . A 1 1777 ALA 1777 ? ? ? A . A 1 1778 LYS 1778 ? ? ? A . A 1 1779 GLU 1779 ? ? ? A . A 1 1780 LYS 1780 ? ? ? A . A 1 1781 ARG 1781 ? ? ? A . A 1 1782 SER 1782 ? ? ? A . A 1 1783 LYS 1783 ? ? ? A . A 1 1784 SER 1784 ? ? ? A . A 1 1785 GLN 1785 ? ? ? A . A 1 1786 ASP 1786 ? ? ? A . A 1 1787 ALA 1787 ? ? ? A . A 1 1788 ASP 1788 ? ? ? A . A 1 1789 SER 1789 ? ? ? A . A 1 1790 PRO 1790 ? ? ? A . A 1 1791 GLY 1791 ? ? ? A . A 1 1792 SER 1792 ? ? ? A . A 1 1793 SER 1793 ? ? ? A . A 1 1794 GLY 1794 ? ? ? A . A 1 1795 ALA 1795 ? ? ? A . A 1 1796 PRO 1796 ? ? ? A . A 1 1797 GLU 1797 ? ? ? A . A 1 1798 ASN 1798 ? ? ? A . A 1 1799 LEU 1799 ? ? ? A . A 1 1800 THR 1800 ? ? ? A . A 1 1801 PHE 1801 ? ? ? A . A 1 1802 LYS 1802 ? ? ? A . A 1 1803 GLU 1803 ? ? ? A . A 1 1804 ARG 1804 ? ? ? A . A 1 1805 GLN 1805 ? ? ? A . A 1 1806 ARG 1806 ? ? ? A . A 1 1807 LEU 1807 ? ? ? A . A 1 1808 PHE 1808 ? ? ? A . A 1 1809 SER 1809 ? ? ? A . A 1 1810 GLN 1810 ? ? ? A . A 1 1811 GLY 1811 ? ? ? A . A 1 1812 GLN 1812 ? ? ? A . A 1 1813 ASP 1813 ? ? ? A . A 1 1814 VAL 1814 ? ? ? A . A 1 1815 SER 1815 ? ? ? A . A 1 1816 ASN 1816 ? ? ? A . A 1 1817 LYS 1817 ? ? ? A . A 1 1818 VAL 1818 ? ? ? A . A 1 1819 LYS 1819 ? ? ? A . A 1 1820 ALA 1820 ? ? ? A . A 1 1821 SER 1821 ? ? ? A . A 1 1822 ARG 1822 ? ? ? A . A 1 1823 LYS 1823 ? ? ? A . A 1 1824 LEU 1824 ? ? ? A . A 1 1825 THR 1825 ? ? ? A . A 1 1826 GLU 1826 ? ? ? A . A 1 1827 LEU 1827 ? ? ? A . A 1 1828 GLU 1828 ? ? ? A . A 1 1829 ASN 1829 ? ? ? A . A 1 1830 GLU 1830 ? ? ? A . A 1 1831 LEU 1831 ? ? ? A . A 1 1832 ASN 1832 ? ? ? A . A 1 1833 THR 1833 ? ? ? A . A 1 1834 LYS 1834 ? ? ? A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Afadin {PDB ID=1wxa, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=1wxa.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 1wxa, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 3' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-27 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-22 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GSSGSSGSGGTLRIYADSLKPNIPYKTILLSTTDTADFAVAESLEKYGLEKENPKDYCIARVMLPPGAQH SDERGAKEIILDDDECPLQIFREWPSDKGILVFQLKRRPPSGPSSG ; ;GSSGSSGSGGTLRIYADSLKPNIPYKTILLSTTDTADFAVAESLEKYGLEKENPKDYCIARVMLPPGAQH SDERGAKEIILDDDECPLQIFREWPSDKGILVFQLKRRPPSGPSSG ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 8 110 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 1wxa 2024-05-29 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1834 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1834 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 1.3e-16 97.087 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MSAGGRDEERRKLADIIHHWNANRLDLFEISQPTEDLEFHGVMRFYFQDKAAGNFATKCIRVSSTATTQDVIETLAEKFRPDMRMLSSPKYSLYEVHVSGERRLDIDEKPLVVQLNWNKDDREGRFVLKNENDAIPPKAQSNGPEKQEKEGVIQNFKRTLSKKEKKEKKKREKEALRQASDKDDRPFQGEDVENSRLAAEVYKDMPETSFTRTISNPEVVMKRRRQQKLEKRMQEFRSSDGRPDSGGTLRIYADSLKPNIPYKTILLSTTDPADFAVAEALEKYGLEKENPKDYCIARVMLPPGAQHSDEKGAKEIILDDDECPLQIFREWPSDKGILVFQLKRRPPDHIPKKTKKHLEGKTPKGKERADGSGYGSTLPPEKLPYLVELSPGRRNHFAYYNYHTYEDGSDSRDKPKLYRLQLSVTEVGTEKLDDNSIQLFGPGIQPHHCDLTNMDGVVTVTPRSMDAETYVEGQRISETTMLQSGMKVQFGASHVFKFVDPSQDHALAKRSVDGGLMVKGPRHKPGIVQETTFDLGGDIHSGTALPTSKSTTRLDSDRVSSASSTAERGMVKPMIRVEQQPDYRRQESRTQDASGPELILPASIEFRESSEDSFLSAIINYTNSSTVHFKLSPTYVLYMACRYVLSNQYRPDISPTERTHKVIAVVNKMVSMMEGVIQKQKNIAGALAFWMANASELLNFIKQDRDLSRITLDAQDVLAHLVQMAFKYLVHCLQSELNNYMPAFLDDPEENSLQRPKIDDVLHTLTGAMSLLRRCRVNAALTIQLFSQLFHFINMWLFNRLVTDPDSGLCSHYWGAIIRQQLGHIEAWAEKQGLELAADCHLSRIVQATTLLTMDKYAPDDIPNINSTCFKLNSLQLQALLQNYHCAPDEPFIPTDLIENVVTVAENTADELARSDGREVQLEEDPDLQLPFLLPEDGYSCDVVRNIPNGLQEFLDPLCQRGFCRLIPHTRSPGTWTIYFEGADYESHLLRENTELAQPLRKEPEIITVTLKKQNGMGLSIVAAKGAGQDKLGIYVKSVVKGGAADVDGRLAAGDQLLSVDGRSLVGLSQERAAELMTRTSSVVTLEVAKQGAIYHGLATLLNQPSPMMQRISDRRGSGKPRPKSEGFELYNNSTQNGSPESPQLPWAEYSEPKKLPGDDRLMKNRADHRSSPNVANQPPSPGGKSAYASGTTAKITSVSTGNLCTEEQTPPPRPEAYPIPTQTYTREYFTFPASKSQDRMAPPQNQWPNYEEKPHMHTDSNHSSIAIQRVTRSQEELREDKAYQLERHRIEAAMDRKSDSDMWINQSSSLDSSTSSQEHLNHSSKSVTPASTLTKSGPGRWKTPAAIPATPVAVSQPIRTDLPPPPPPPPVHYAGDFDGMSMDLPLPPPPSANQIGLPSAQVAAAERRKREEHQRWYEKEKARLEEERERKRREQERKLGQMRTQSLNPAPFSPLTAQQMKPEKPSTLQRPQETVIRELQPQQQPRTIERRDLQYITVSKEELSSGDSLSPDPWKRDAKEKLEKQQQMHIVDMLSKEIQELQSKPDRSAEESDRLRKLMLEWQFQKRLQESKQKDEDDEEEEDDDVDTMLIMQRLEAERRARTAMPAISVLDLLQDEERRRQQQLEEMRKREAEDRARQEEERRRQEEERTKRDAEEKRRQEEGYYSRLEAERRRQHDEAARRLLEPEAPGLCRPPLPRDYEPPSPSPAPGAPPPPPQRNASYLKTQVLSPDSLFTAKFVAYNEEEEEEDCSLAGPNSYPGSTGAAVGAHDACRDAKEKRSKSQDADSPGSSGAPENLTFKERQRLFSQGQDVSNKVKASRKLTELENELNTK 2 1 2 ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------SGGTLRIYADSLKPNIPYKTILLSTTDTADFAVAESLEKYGLEKENPKDYCIARVMLPPGAQHSDERGAKEIILDDDECPLQIFREWPSDKGILVFQLKRRPP----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 1wxa.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 3' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . 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A -6.007 5.680 15.022 1 1 A PRO 0.470 1 ATOM 814 O OXT . PRO 347 347 ? A -9.892 7.699 14.659 1 1 A PRO 0.470 1 # # loop_ _atom_type.symbol C N O S # # loop_ _ma_qa_metric.id _ma_qa_metric.name _ma_qa_metric.description _ma_qa_metric.type _ma_qa_metric.mode _ma_qa_metric.type_other_details _ma_qa_metric.software_group_id 1 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.723 2 1 3 0.039 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 245 SER 1 0.430 2 1 A 246 GLY 1 0.520 3 1 A 247 GLY 1 0.730 4 1 A 248 THR 1 0.780 5 1 A 249 LEU 1 0.840 6 1 A 250 ARG 1 0.790 7 1 A 251 ILE 1 0.830 8 1 A 252 TYR 1 0.720 9 1 A 253 ALA 1 0.860 10 1 A 254 ASP 1 0.680 11 1 A 255 SER 1 0.700 12 1 A 256 LEU 1 0.780 13 1 A 257 LYS 1 0.720 14 1 A 258 PRO 1 0.600 15 1 A 259 ASN 1 0.550 16 1 A 260 ILE 1 0.600 17 1 A 261 PRO 1 0.600 18 1 A 262 TYR 1 0.650 19 1 A 263 LYS 1 0.790 20 1 A 264 THR 1 0.840 21 1 A 265 ILE 1 0.820 22 1 A 266 LEU 1 0.710 23 1 A 267 LEU 1 0.750 24 1 A 268 SER 1 0.670 25 1 A 269 THR 1 0.630 26 1 A 270 THR 1 0.600 27 1 A 271 ASP 1 0.670 28 1 A 272 PRO 1 0.770 29 1 A 273 ALA 1 0.870 30 1 A 274 ASP 1 0.830 31 1 A 275 PHE 1 0.810 32 1 A 276 ALA 1 0.900 33 1 A 277 VAL 1 0.900 34 1 A 278 ALA 1 0.900 35 1 A 279 GLU 1 0.850 36 1 A 280 ALA 1 0.920 37 1 A 281 LEU 1 0.860 38 1 A 282 GLU 1 0.820 39 1 A 283 LYS 1 0.840 40 1 A 284 TYR 1 0.820 41 1 A 285 GLY 1 0.870 42 1 A 286 LEU 1 0.810 43 1 A 287 GLU 1 0.740 44 1 A 288 LYS 1 0.670 45 1 A 289 GLU 1 0.770 46 1 A 290 ASN 1 0.840 47 1 A 291 PRO 1 0.890 48 1 A 292 LYS 1 0.820 49 1 A 293 ASP 1 0.820 50 1 A 294 TYR 1 0.820 51 1 A 295 CYS 1 0.870 52 1 A 296 ILE 1 0.840 53 1 A 297 ALA 1 0.860 54 1 A 298 ARG 1 0.780 55 1 A 299 VAL 1 0.800 56 1 A 300 MET 1 0.730 57 1 A 301 LEU 1 0.660 58 1 A 302 PRO 1 0.630 59 1 A 303 PRO 1 0.570 60 1 A 304 GLY 1 0.510 61 1 A 305 ALA 1 0.550 62 1 A 306 GLN 1 0.500 63 1 A 307 HIS 1 0.530 64 1 A 308 SER 1 0.330 65 1 A 309 ASP 1 0.450 66 1 A 310 GLU 1 0.590 67 1 A 311 LYS 1 0.480 68 1 A 312 GLY 1 0.520 69 1 A 313 ALA 1 0.710 70 1 A 314 LYS 1 0.680 71 1 A 315 GLU 1 0.720 72 1 A 316 ILE 1 0.690 73 1 A 317 ILE 1 0.730 74 1 A 318 LEU 1 0.750 75 1 A 319 ASP 1 0.660 76 1 A 320 ASP 1 0.720 77 1 A 321 ASP 1 0.660 78 1 A 322 GLU 1 0.730 79 1 A 323 CYS 1 0.770 80 1 A 324 PRO 1 0.870 81 1 A 325 LEU 1 0.800 82 1 A 326 GLN 1 0.740 83 1 A 327 ILE 1 0.790 84 1 A 328 PHE 1 0.770 85 1 A 329 ARG 1 0.700 86 1 A 330 GLU 1 0.720 87 1 A 331 TRP 1 0.620 88 1 A 332 PRO 1 0.700 89 1 A 333 SER 1 0.650 90 1 A 334 ASP 1 0.580 91 1 A 335 LYS 1 0.660 92 1 A 336 GLY 1 0.720 93 1 A 337 ILE 1 0.710 94 1 A 338 LEU 1 0.830 95 1 A 339 VAL 1 0.850 96 1 A 340 PHE 1 0.840 97 1 A 341 GLN 1 0.800 98 1 A 342 LEU 1 0.850 99 1 A 343 LYS 1 0.790 100 1 A 344 ARG 1 0.770 101 1 A 345 ARG 1 0.710 102 1 A 346 PRO 1 0.550 103 1 A 347 PRO 1 0.470 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #