data_SMR-3adbbf8640096659871ad9e71fe9e44f_3 _entry.id SMR-3adbbf8640096659871ad9e71fe9e44f_3 _struct.entry_id SMR-3adbbf8640096659871ad9e71fe9e44f_3 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q96SN8/ CK5P2_HUMAN, CDK5 regulatory subunit-associated protein 2 Estimated model accuracy of this model is 0.009, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q96SN8' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 249432.894 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP CK5P2_HUMAN Q96SN8 1 ;MMDLVLEEDVTVPGTLSGCSGLVPSVPDDLDGINPNAGLGNGLLPNVSEETVSPTRARNMKDFENQITEL KKENFNLKLRIYFLEERMQQEFHGPTEHIYKTNIELKVEVESLKRELQEREQLLIKASKAVESLAEAGGS EIQRVKEDARKKVQQVEDLLTKRILLLEKDVTAAQAELEKAFAGTETEKALRLRLESKLSEMKKMHEGDL AMALVLDEKDRLIEELKLSLKSKEALIQCLKEEKSQMACPDENVSSGELRGLCAAPREEKERETEAAQME HQKERNSFEERIQALEEDLREKEREIATEKKNSLKRDKAIQGLTMALKSKEKKVEELNSEIEKLSAAFAK AREALQKAQTQEFQGSEDYETALSGKEALSAALRSQNLTKSTENHRLRRSIKKITQELSDLQQERERLEK DLEEAHREKSKGDCTIRDLRNEVEKLRNEVNEREKAMENRYKSLLSESNKKLHNQEQVIKHLTESTNQKD VLLQKFNEKDLEVIQQNCYLMAAEDLELRSEGLITEKCSSQQPPGSKTIFSKEKKQSSDYEELIQVLKKE QDIYTHLVKSLQESDSINNLQAELNKIFALRKQLEQDVLSYQNLRKTLEEQISEIRRREEESFSLYSDQT SYLSICLEENNRFQVEHFSQEELKKKVSDLIQLVKELYTDNQHLKKTIFDLSCMGFQGNGFPDRLASTEQ TELLASKEDEDTIKIGEDDEINFLSDQHLQQSNEIMKDLSKGGCKNGYLRHTESKISDCDGAHAPGCLEE GAFINLLAPLFNEKATLLLESRPDLLKVVRELLLGQLFLTEQEVSGEHLDGKTEKTPKQKGELVHFVQTN SFSKPHDELKLSCEAQLVKAGEVPKVGLKDASVQTVATEGDLLRFKHEATREAWEEKPINTALSAEHRPE NLHGVPGWQAALLSLPGITNREAKKSRLPILIKPSRSLGNMYRLPATQEVVTQLQSQILELQGELKEFKT CNKQLHQKLILAEAVMEGRPTPDKTLLNAQPPVGAAYQDSPGEQKGIKTTSSVWRDKEMDSDQQRSYEID SEICPPDDLASLPSCKENPEDVLSPTSVATYLSSKSQPSAKVSVMGTDQSESINTSNETEYLKQKIHDLE TELEGYQNFIFQLQKHSQCSEAIITVLCGTEGAQDGLSKPKNGSDGEEMTFSSLHQVRYVKHVKILGPLA PEMIDSRVLENLKQQLEEQEYKLQKEQNLNMQLFSEIHNLQNKFRDLSPPRYDSLVQSQARELSLQRQQI KDGHGICVISRQHMNTMIKAFEELLQASDVDYCVAEGFQEQLNQCAELLEKLEKLFLNGKSVGVEMNTQN ELMERIEEDNLTYQHLLPESPEPSASHALSDYETSEKSFFSRDQKQDNETEKTSVMVNSFSQDLLMEHIQ EIRTLRKRLEESIKTNEKLRKQLERQGSEFVQGSTSIFASGSELHSSLTSEIHFLRKQNQALNAMLIKGS RDKQKENDKLRESLSRKTVSLEHLQREYASVKEENERLQKEGSEKERHNQQLIQEVRCSGQELSRVQEEV KLRQQLLSQNDKLLQSLRVELKAYEKLDEEHRRLREASGEGWKGQDPFRDLHSLLMEIQALRLQLERSIE TSSTLQSRLKEQLARGAEKAQEGALTLAVQAVSIPEVPLQPDKHDGDKYPMESDNSFDLFDSSQAVTPKS VSETPPLSGNDTDSLSCDSGSSATSTPCVSRLVTGHHLWASKNGRHVLGLIEDYEALLKQISQGQRLLAE MDIQTQEAPSSTSQELGTKGPHPAPLSKFVSSVSTAKLTLEEAYRRLKLLWRVSLPEDGQCPLHCEQIGE MKAEVTKLHKKLFEQEKKLQNTMKLLQLSKRQEKVIFDQLVVTHKILRKARGNLELRPGGAHPGTCSPSR PGS ; 'CDK5 regulatory subunit-associated protein 2' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1893 1 1893 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . CK5P2_HUMAN Q96SN8 . 1 1893 9606 'Homo sapiens (Human)' 2010-05-18 833B9F9EF3CE8D07 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no e ;MMDLVLEEDVTVPGTLSGCSGLVPSVPDDLDGINPNAGLGNGLLPNVSEETVSPTRARNMKDFENQITEL KKENFNLKLRIYFLEERMQQEFHGPTEHIYKTNIELKVEVESLKRELQEREQLLIKASKAVESLAEAGGS EIQRVKEDARKKVQQVEDLLTKRILLLEKDVTAAQAELEKAFAGTETEKALRLRLESKLSEMKKMHEGDL AMALVLDEKDRLIEELKLSLKSKEALIQCLKEEKSQMACPDENVSSGELRGLCAAPREEKERETEAAQME HQKERNSFEERIQALEEDLREKEREIATEKKNSLKRDKAIQGLTMALKSKEKKVEELNSEIEKLSAAFAK AREALQKAQTQEFQGSEDYETALSGKEALSAALRSQNLTKSTENHRLRRSIKKITQELSDLQQERERLEK DLEEAHREKSKGDCTIRDLRNEVEKLRNEVNEREKAMENRYKSLLSESNKKLHNQEQVIKHLTESTNQKD VLLQKFNEKDLEVIQQNCYLMAAEDLELRSEGLITEKCSSQQPPGSKTIFSKEKKQSSDYEELIQVLKKE QDIYTHLVKSLQESDSINNLQAELNKIFALRKQLEQDVLSYQNLRKTLEEQISEIRRREEESFSLYSDQT SYLSICLEENNRFQVEHFSQEELKKKVSDLIQLVKELYTDNQHLKKTIFDLSCMGFQGNGFPDRLASTEQ TELLASKEDEDTIKIGEDDEINFLSDQHLQQSNEIMKDLSKGGCKNGYLRHTESKISDCDGAHAPGCLEE GAFINLLAPLFNEKATLLLESRPDLLKVVRELLLGQLFLTEQEVSGEHLDGKTEKTPKQKGELVHFVQTN SFSKPHDELKLSCEAQLVKAGEVPKVGLKDASVQTVATEGDLLRFKHEATREAWEEKPINTALSAEHRPE NLHGVPGWQAALLSLPGITNREAKKSRLPILIKPSRSLGNMYRLPATQEVVTQLQSQILELQGELKEFKT CNKQLHQKLILAEAVMEGRPTPDKTLLNAQPPVGAAYQDSPGEQKGIKTTSSVWRDKEMDSDQQRSYEID SEICPPDDLASLPSCKENPEDVLSPTSVATYLSSKSQPSAKVSVMGTDQSESINTSNETEYLKQKIHDLE TELEGYQNFIFQLQKHSQCSEAIITVLCGTEGAQDGLSKPKNGSDGEEMTFSSLHQVRYVKHVKILGPLA PEMIDSRVLENLKQQLEEQEYKLQKEQNLNMQLFSEIHNLQNKFRDLSPPRYDSLVQSQARELSLQRQQI KDGHGICVISRQHMNTMIKAFEELLQASDVDYCVAEGFQEQLNQCAELLEKLEKLFLNGKSVGVEMNTQN ELMERIEEDNLTYQHLLPESPEPSASHALSDYETSEKSFFSRDQKQDNETEKTSVMVNSFSQDLLMEHIQ EIRTLRKRLEESIKTNEKLRKQLERQGSEFVQGSTSIFASGSELHSSLTSEIHFLRKQNQALNAMLIKGS RDKQKENDKLRESLSRKTVSLEHLQREYASVKEENERLQKEGSEKERHNQQLIQEVRCSGQELSRVQEEV KLRQQLLSQNDKLLQSLRVELKAYEKLDEEHRRLREASGEGWKGQDPFRDLHSLLMEIQALRLQLERSIE 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TELLASKEDEDTIKIGEDDEINFLSDQHLQQSNEIMKDLSKGGCKNGYLRHTESKISDCDGAHAPGCLEE GAFINLLAPLFNEKATLLLESRPDLLKVVRELLLGQLFLTEQEVSGEHLDGKTEKTPKQKGELVHFVQTN SFSKPHDELKLSCEAQLVKAGEVPKVGLKDASVQTVATEGDLLRFKHEATREAWEEKPINTALSAEHRPE NLHGVPGWQAALLSLPGITNREAKKSRLPILIKPSRSLGNMYRLPATQEVVTQLQSQILELQGELKEFKT CNKQLHQKLILAEAVMEGRPTPDKTLLNAQPPVGAAYQDSPGEQKGIKTTSSVWRDKEMDSDQQRSYEID SEICPPDDLASLPSCKENPEDVLSPTSVATYLSSKSQPSAKVSVMGTDQSESINTSNETEYLKQKIHDLE TELEGYQNFIFQLQKHSQCSEAIITVLCGTEGAQDGLSKPKNGSDGEEMTFSSLHQVRYVKHVKILGPLA PEMIDSRVLENLKQQLEEQEYKLQKEQNLNMQLFSEIHNLQNKFRDLSPPRYDSLVQSQARELSLQRQQI KDGHGICVISRQHMNTMIKAFEELLQASDVDYCVAEGFQEQLNQCAELLEKLEKLFLNGKSVGVEMNTQN ELMERIEEDNLTYQHLLPESPEPSASHALSDYETSEKSFFSRDQKQDNETEKTSVMVNSFSQDLLMEHIQ EIRTLRKRLEESIKTNEKLRKQLERQGSEFVQGSTSIFASGSELHSSLTSEIHFLRKQNQALNAMLIKGS RDKQKENDKLRESLSRKTVSLEHLQREYASVKEENERLQKEGSEKERHNQQLIQEVRCSGQELSRVQEEV KLRQQLLSQNDKLLQSLRVELKAYEKLDEEHRRLREASGEGWKGQDPFRDLHSLLMEIQALRLQLERSIE TSSTLQSRLKEQLARGAEKAQEGALTLAVQAVSIPEVPLQPDKHDGDKYPMESDNSFDLFDSSQAVTPKS 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A 1 1642 VAL 1642 ? ? ? e . A 1 1643 SER 1643 ? ? ? e . A 1 1644 ILE 1644 ? ? ? e . A 1 1645 PRO 1645 ? ? ? e . A 1 1646 GLU 1646 ? ? ? e . A 1 1647 VAL 1647 ? ? ? e . A 1 1648 PRO 1648 ? ? ? e . A 1 1649 LEU 1649 ? ? ? e . A 1 1650 GLN 1650 ? ? ? e . A 1 1651 PRO 1651 ? ? ? e . A 1 1652 ASP 1652 ? ? ? e . A 1 1653 LYS 1653 ? ? ? e . A 1 1654 HIS 1654 ? ? ? e . A 1 1655 ASP 1655 ? ? ? e . A 1 1656 GLY 1656 ? ? ? e . A 1 1657 ASP 1657 ? ? ? e . A 1 1658 LYS 1658 ? ? ? e . A 1 1659 TYR 1659 ? ? ? e . A 1 1660 PRO 1660 ? ? ? e . A 1 1661 MET 1661 ? ? ? e . A 1 1662 GLU 1662 ? ? ? e . A 1 1663 SER 1663 ? ? ? e . A 1 1664 ASP 1664 ? ? ? e . A 1 1665 ASN 1665 ? ? ? e . A 1 1666 SER 1666 ? ? ? e . A 1 1667 PHE 1667 ? ? ? e . A 1 1668 ASP 1668 ? ? ? e . A 1 1669 LEU 1669 ? ? ? e . A 1 1670 PHE 1670 ? ? ? e . A 1 1671 ASP 1671 ? ? ? e . A 1 1672 SER 1672 ? ? ? e . A 1 1673 SER 1673 ? ? ? e . A 1 1674 GLN 1674 ? ? ? e . A 1 1675 ALA 1675 ? ? ? e . A 1 1676 VAL 1676 ? ? ? e . A 1 1677 THR 1677 ? ? ? e . A 1 1678 PRO 1678 ? ? ? e . A 1 1679 LYS 1679 ? ? ? e . A 1 1680 SER 1680 ? ? ? e . A 1 1681 VAL 1681 ? ? ? e . A 1 1682 SER 1682 ? ? ? e . A 1 1683 GLU 1683 ? ? ? e . A 1 1684 THR 1684 ? ? ? e . A 1 1685 PRO 1685 ? ? ? e . A 1 1686 PRO 1686 ? ? ? e . A 1 1687 LEU 1687 ? ? ? e . A 1 1688 SER 1688 ? ? ? e . A 1 1689 GLY 1689 ? ? ? e . A 1 1690 ASN 1690 ? ? ? e . A 1 1691 ASP 1691 ? ? ? e . A 1 1692 THR 1692 ? ? ? e . A 1 1693 ASP 1693 ? ? ? e . A 1 1694 SER 1694 ? ? ? e . A 1 1695 LEU 1695 ? ? ? e . A 1 1696 SER 1696 ? ? ? e . A 1 1697 CYS 1697 ? ? ? e . A 1 1698 ASP 1698 ? ? ? e . A 1 1699 SER 1699 ? ? ? e . A 1 1700 GLY 1700 ? ? ? e . A 1 1701 SER 1701 ? ? ? e . A 1 1702 SER 1702 ? ? ? e . A 1 1703 ALA 1703 ? ? ? e . A 1 1704 THR 1704 ? ? ? e . A 1 1705 SER 1705 ? ? ? e . A 1 1706 THR 1706 ? ? ? e . A 1 1707 PRO 1707 ? ? ? e . A 1 1708 CYS 1708 ? ? ? e . A 1 1709 VAL 1709 ? ? ? e . A 1 1710 SER 1710 ? ? ? e . A 1 1711 ARG 1711 ? ? ? e . A 1 1712 LEU 1712 ? ? ? e . A 1 1713 VAL 1713 ? ? ? e . A 1 1714 THR 1714 ? ? ? e . A 1 1715 GLY 1715 ? ? ? e . A 1 1716 HIS 1716 ? ? ? e . A 1 1717 HIS 1717 ? ? ? e . A 1 1718 LEU 1718 ? ? ? e . A 1 1719 TRP 1719 ? ? ? e . A 1 1720 ALA 1720 ? ? ? e . A 1 1721 SER 1721 ? ? ? e . A 1 1722 LYS 1722 ? ? ? e . A 1 1723 ASN 1723 ? ? ? e . A 1 1724 GLY 1724 ? ? ? e . A 1 1725 ARG 1725 ? ? ? e . A 1 1726 HIS 1726 ? ? ? e . A 1 1727 VAL 1727 ? ? ? e . A 1 1728 LEU 1728 ? ? ? e . A 1 1729 GLY 1729 ? ? ? e . A 1 1730 LEU 1730 ? ? ? e . A 1 1731 ILE 1731 ? ? ? e . A 1 1732 GLU 1732 ? ? ? e . A 1 1733 ASP 1733 ? ? ? e . A 1 1734 TYR 1734 ? ? ? e . A 1 1735 GLU 1735 ? ? ? e . A 1 1736 ALA 1736 ? ? ? e . A 1 1737 LEU 1737 ? ? ? e . A 1 1738 LEU 1738 ? ? ? e . A 1 1739 LYS 1739 ? ? ? e . A 1 1740 GLN 1740 ? ? ? e . A 1 1741 ILE 1741 ? ? ? e . A 1 1742 SER 1742 ? ? ? e . A 1 1743 GLN 1743 ? ? ? e . A 1 1744 GLY 1744 ? ? ? e . A 1 1745 GLN 1745 ? ? ? e . A 1 1746 ARG 1746 ? ? ? e . A 1 1747 LEU 1747 ? ? ? e . A 1 1748 LEU 1748 ? ? ? e . A 1 1749 ALA 1749 ? ? ? e . A 1 1750 GLU 1750 ? ? ? e . A 1 1751 MET 1751 ? ? ? e . A 1 1752 ASP 1752 ? ? ? e . A 1 1753 ILE 1753 ? ? ? e . A 1 1754 GLN 1754 ? ? ? e . A 1 1755 THR 1755 ? ? ? e . A 1 1756 GLN 1756 ? ? ? e . A 1 1757 GLU 1757 ? ? ? e . A 1 1758 ALA 1758 ? ? ? e . A 1 1759 PRO 1759 ? ? ? e . A 1 1760 SER 1760 ? ? ? e . A 1 1761 SER 1761 ? ? ? e . A 1 1762 THR 1762 ? ? ? e . A 1 1763 SER 1763 ? ? ? e . A 1 1764 GLN 1764 ? ? ? e . A 1 1765 GLU 1765 ? ? ? e . A 1 1766 LEU 1766 ? ? ? e . A 1 1767 GLY 1767 ? ? ? e . A 1 1768 THR 1768 ? ? ? e . A 1 1769 LYS 1769 ? ? ? e . A 1 1770 GLY 1770 ? ? ? e . A 1 1771 PRO 1771 ? ? ? e . A 1 1772 HIS 1772 ? ? ? e . A 1 1773 PRO 1773 ? ? ? e . A 1 1774 ALA 1774 ? ? ? e . A 1 1775 PRO 1775 ? ? ? e . A 1 1776 LEU 1776 ? ? ? e . A 1 1777 SER 1777 ? ? ? e . A 1 1778 LYS 1778 ? ? ? e . A 1 1779 PHE 1779 ? ? ? e . A 1 1780 VAL 1780 ? ? ? e . A 1 1781 SER 1781 ? ? ? e . A 1 1782 SER 1782 ? ? ? e . A 1 1783 VAL 1783 ? ? ? e . A 1 1784 SER 1784 ? ? ? e . A 1 1785 THR 1785 ? ? ? e . A 1 1786 ALA 1786 ? ? ? e . A 1 1787 LYS 1787 ? ? ? e . A 1 1788 LEU 1788 ? ? ? e . A 1 1789 THR 1789 ? ? ? e . A 1 1790 LEU 1790 ? ? ? e . A 1 1791 GLU 1791 ? ? ? e . A 1 1792 GLU 1792 ? ? ? e . A 1 1793 ALA 1793 ? ? ? e . A 1 1794 TYR 1794 ? ? ? e . A 1 1795 ARG 1795 ? ? ? e . A 1 1796 ARG 1796 ? ? ? e . A 1 1797 LEU 1797 ? ? ? e . A 1 1798 LYS 1798 ? ? ? e . A 1 1799 LEU 1799 ? ? ? e . A 1 1800 LEU 1800 ? ? ? e . A 1 1801 TRP 1801 ? ? ? e . A 1 1802 ARG 1802 ? ? ? e . A 1 1803 VAL 1803 ? ? ? e . A 1 1804 SER 1804 ? ? ? e . A 1 1805 LEU 1805 ? ? ? e . A 1 1806 PRO 1806 ? ? ? e . A 1 1807 GLU 1807 ? ? ? e . A 1 1808 ASP 1808 ? ? ? e . A 1 1809 GLY 1809 ? ? ? e . A 1 1810 GLN 1810 ? ? ? e . A 1 1811 CYS 1811 ? ? ? e . A 1 1812 PRO 1812 ? ? ? e . A 1 1813 LEU 1813 ? ? ? e . A 1 1814 HIS 1814 ? ? ? e . A 1 1815 CYS 1815 ? ? ? e . A 1 1816 GLU 1816 ? ? ? e . A 1 1817 GLN 1817 ? ? ? e . A 1 1818 ILE 1818 ? ? ? e . A 1 1819 GLY 1819 ? ? ? e . A 1 1820 GLU 1820 ? ? ? e . A 1 1821 MET 1821 ? ? ? e . A 1 1822 LYS 1822 ? ? ? e . A 1 1823 ALA 1823 ? ? ? e . A 1 1824 GLU 1824 ? ? ? e . A 1 1825 VAL 1825 ? ? ? e . A 1 1826 THR 1826 ? ? ? e . A 1 1827 LYS 1827 ? ? ? e . A 1 1828 LEU 1828 ? ? ? e . A 1 1829 HIS 1829 ? ? ? e . A 1 1830 LYS 1830 ? ? ? e . A 1 1831 LYS 1831 ? ? ? e . A 1 1832 LEU 1832 ? ? ? e . A 1 1833 PHE 1833 ? ? ? e . A 1 1834 GLU 1834 ? ? ? e . A 1 1835 GLN 1835 ? ? ? e . A 1 1836 GLU 1836 ? ? ? e . A 1 1837 LYS 1837 ? ? ? e . A 1 1838 LYS 1838 ? ? ? e . A 1 1839 LEU 1839 ? ? ? e . A 1 1840 GLN 1840 ? ? ? e . A 1 1841 ASN 1841 ? ? ? e . A 1 1842 THR 1842 ? ? ? e . A 1 1843 MET 1843 ? ? ? e . A 1 1844 LYS 1844 ? ? ? e . A 1 1845 LEU 1845 ? ? ? e . A 1 1846 LEU 1846 ? ? ? e . A 1 1847 GLN 1847 ? ? ? e . A 1 1848 LEU 1848 ? ? ? e . A 1 1849 SER 1849 ? ? ? e . A 1 1850 LYS 1850 ? ? ? e . A 1 1851 ARG 1851 ? ? ? e . A 1 1852 GLN 1852 ? ? ? e . A 1 1853 GLU 1853 ? ? ? e . A 1 1854 LYS 1854 ? ? ? e . A 1 1855 VAL 1855 ? ? ? e . A 1 1856 ILE 1856 ? ? ? e . A 1 1857 PHE 1857 ? ? ? e . A 1 1858 ASP 1858 ? ? ? e . A 1 1859 GLN 1859 ? ? ? e . A 1 1860 LEU 1860 ? ? ? e . A 1 1861 VAL 1861 ? ? ? e . A 1 1862 VAL 1862 ? ? ? e . A 1 1863 THR 1863 ? ? ? e . A 1 1864 HIS 1864 ? ? ? e . A 1 1865 LYS 1865 ? ? ? e . A 1 1866 ILE 1866 ? ? ? e . A 1 1867 LEU 1867 ? ? ? e . A 1 1868 ARG 1868 ? ? ? e . A 1 1869 LYS 1869 ? ? ? e . A 1 1870 ALA 1870 ? ? ? e . A 1 1871 ARG 1871 ? ? ? e . A 1 1872 GLY 1872 ? ? ? e . A 1 1873 ASN 1873 ? ? ? e . A 1 1874 LEU 1874 ? ? ? e . A 1 1875 GLU 1875 ? ? ? e . A 1 1876 LEU 1876 ? ? ? e . A 1 1877 ARG 1877 ? ? ? e . A 1 1878 PRO 1878 ? ? ? e . A 1 1879 GLY 1879 ? ? ? e . A 1 1880 GLY 1880 ? ? ? e . A 1 1881 ALA 1881 ? ? ? e . A 1 1882 HIS 1882 ? ? ? e . A 1 1883 PRO 1883 ? ? ? e . A 1 1884 GLY 1884 ? ? ? e . A 1 1885 THR 1885 ? ? ? e . A 1 1886 CYS 1886 ? ? ? e . A 1 1887 SER 1887 ? ? ? e . A 1 1888 PRO 1888 ? ? ? e . A 1 1889 SER 1889 ? ? ? e . A 1 1890 ARG 1890 ? ? ? e . A 1 1891 PRO 1891 ? ? ? e . A 1 1892 GLY 1892 ? ? ? e . A 1 1893 SER 1893 ? ? ? e . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 {PDB ID=8ptk, label_asym_id=OA, auth_asym_id=n, SMTL ID=8ptk.1.e}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 8ptk, label_asym_id=OA' 'target-template alignment' . 4 'model 3' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-11-27 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-22 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A OA 15 1 n # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MSEPGGGGGEDGSAGLEVSAVQNVADVSVLQKHLRKLVPLLLEDGGEAPAALEAALEEKSALEQMRKFLS DPQVHTVLVERSTLKEDVGDEGEEEKEFISYNINIDIHYGVKSNSLAFIKRTPVIDADKPVSSQLRVLTL SEDSPYETLHSFISNAVAPFFKSYIRESGKADRDGDKMAPSVEKKIAELEMGLLHLQQNIEIPEISLPIH PMITNVAKQCYERGEKPKVTDFGDKVEDPTFLNQLQSGVNRWIREIQKVTKLDRDPASGTALQEISFWLN LERALYRIQEKRESPEVLLTLDILKHGKRFHATVSFDTDTGLKQALETVNDYNPLMKDFPLNDLLSATEL DKIRQALVAIFTHLRKIRNTKYPIQRALRLVEAISRDLSSQLLKVLGTRKLMHVAYEEFEKVMVACFEVF QTWDDEYEKLQVLLRDIVKRKREENLKMVWRINPAHRKLQARLDQMRKFRRQHEQLRAVIVRVLRPQVTA VAQQNQGEVPEPQDMKVAEVLFDAADANAIEEVNLAYENVKEVDGLDVSKEGTEAWEAAMKRYDERIDRV 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_ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 3412 3495 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 8ptk 2024-04-10 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1893 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1893 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 35.000 15.476 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 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# # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 8ptk.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 3' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id 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A 261.542 487.958 450.628 1 1 e GLU 0.510 1 ATOM 704 O OXT . GLU 1570 1570 ? A 266.236 487.033 446.265 1 1 e GLU 0.510 1 # # loop_ _atom_type.symbol C N O S # # loop_ _ma_qa_metric.id _ma_qa_metric.name _ma_qa_metric.description _ma_qa_metric.type _ma_qa_metric.mode _ma_qa_metric.type_other_details _ma_qa_metric.software_group_id 1 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.746 2 1 3 0.009 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 1487 LYS 1 0.620 2 1 A 1488 THR 1 0.660 3 1 A 1489 VAL 1 0.660 4 1 A 1490 SER 1 0.670 5 1 A 1491 LEU 1 0.680 6 1 A 1492 GLU 1 0.680 7 1 A 1493 HIS 1 0.680 8 1 A 1494 LEU 1 0.700 9 1 A 1495 GLN 1 0.700 10 1 A 1496 ARG 1 0.700 11 1 A 1497 GLU 1 0.730 12 1 A 1498 TYR 1 0.730 13 1 A 1499 ALA 1 0.820 14 1 A 1500 SER 1 0.800 15 1 A 1501 VAL 1 0.800 16 1 A 1502 LYS 1 0.810 17 1 A 1503 GLU 1 0.830 18 1 A 1504 GLU 1 0.810 19 1 A 1505 ASN 1 0.830 20 1 A 1506 GLU 1 0.830 21 1 A 1507 ARG 1 0.780 22 1 A 1508 LEU 1 0.790 23 1 A 1509 GLN 1 0.780 24 1 A 1510 LYS 1 0.820 25 1 A 1511 GLU 1 0.810 26 1 A 1512 GLY 1 0.840 27 1 A 1513 SER 1 0.830 28 1 A 1514 GLU 1 0.820 29 1 A 1515 LYS 1 0.820 30 1 A 1516 GLU 1 0.810 31 1 A 1517 ARG 1 0.770 32 1 A 1518 HIS 1 0.800 33 1 A 1519 ASN 1 0.830 34 1 A 1520 GLN 1 0.780 35 1 A 1521 GLN 1 0.780 36 1 A 1522 LEU 1 0.770 37 1 A 1523 ILE 1 0.730 38 1 A 1524 GLN 1 0.720 39 1 A 1525 GLU 1 0.710 40 1 A 1526 VAL 1 0.710 41 1 A 1527 ARG 1 0.650 42 1 A 1528 CYS 1 0.680 43 1 A 1529 SER 1 0.710 44 1 A 1530 GLY 1 0.750 45 1 A 1531 GLN 1 0.700 46 1 A 1532 GLU 1 0.730 47 1 A 1533 LEU 1 0.750 48 1 A 1534 SER 1 0.780 49 1 A 1535 ARG 1 0.750 50 1 A 1536 VAL 1 0.800 51 1 A 1537 GLN 1 0.770 52 1 A 1538 GLU 1 0.780 53 1 A 1539 GLU 1 0.780 54 1 A 1540 VAL 1 0.780 55 1 A 1541 LYS 1 0.750 56 1 A 1542 LEU 1 0.750 57 1 A 1543 ARG 1 0.690 58 1 A 1544 GLN 1 0.710 59 1 A 1545 GLN 1 0.700 60 1 A 1546 LEU 1 0.710 61 1 A 1547 LEU 1 0.720 62 1 A 1548 SER 1 0.750 63 1 A 1549 GLN 1 0.730 64 1 A 1550 ASN 1 0.760 65 1 A 1551 ASP 1 0.760 66 1 A 1552 LYS 1 0.770 67 1 A 1553 LEU 1 0.760 68 1 A 1554 LEU 1 0.750 69 1 A 1555 GLN 1 0.740 70 1 A 1556 SER 1 0.790 71 1 A 1557 LEU 1 0.780 72 1 A 1558 ARG 1 0.710 73 1 A 1559 VAL 1 0.760 74 1 A 1560 GLU 1 0.780 75 1 A 1561 LEU 1 0.780 76 1 A 1562 LYS 1 0.790 77 1 A 1563 ALA 1 0.820 78 1 A 1564 TYR 1 0.710 79 1 A 1565 GLU 1 0.740 80 1 A 1566 LYS 1 0.730 81 1 A 1567 LEU 1 0.680 82 1 A 1568 ASP 1 0.670 83 1 A 1569 GLU 1 0.530 84 1 A 1570 GLU 1 0.510 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #