data_SMR-97212caecb5a2e42b063f423dbeac120_6 _entry.id SMR-97212caecb5a2e42b063f423dbeac120_6 _struct.entry_id SMR-97212caecb5a2e42b063f423dbeac120_6 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - P35658 (isoform 2)/ NU214_HUMAN, Nuclear pore complex protein Nup214 Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries P35658 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 250263.491 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP NU214_HUMAN P35658 1 ;MGDEMDAMIPEREMKDFQFRALKKVRIFDSPEELPKERSSLLAVSNKYGLVFAGGASGLQIFPTKNLLIQ NKPGDDPNKIVDKVQGLLVPMKFPIHHLALSCDNLTLSACMMSSEYGSIIAFFDVRTFSNEAKQQKRPFA YHKLLKDAGGMVIDMKWNPTVPSMVAVCLADGSIAVLQVTETVKVCATLPSTVAVTSVCWSPKGKQLAVG KQNGTVVQYLPTLQEKKVIPCPPFYESDHPVRVLDVLWIGTYVFAIVYAAADGTLETSPDVVMALLPKKE EKHPEIFVNFMEPCYGSCTERQHHYYLSYIEEWDLVLAASAASTEVSILARQSDQINWESWLLEDSSRAE LPVTDKSDDSLPMGVVVDYTNQVEITISDEKTLPPAPVLMLLSTDGVLCPFYMINQNPGVKSLIKTPERL SLEGERQPKSPGSTPTTPTSSQAPQKLDASAAAAPASLPPSSPAAPIATFSLLPAGGAPTVFSFGSSSLK SSATVTGEPPSYSSGSDSSKAAPGPGPSTFSFVPPSKASLAPTPAASPVAPSAASFSFGSSGFKPTLEST PVPSVSAPNIAMKPSFPPSTSAVKVNLSENSSQSAPPMSPFSSASKPAASGPLSHPTPLSAPPSSVPLKS SVLPSPSAGRSAQGSSSPVPSMVQKSPRITPPAAKPGSPQAKSLQPAVAEKQGHQWKDSDPVMAGIGEEI AHFQKELEELKARTSKACFQVGTSEEMKMLRTESDDLHTFLLEIKETTESLHGDISSLKTTLLEGFAGVE EAREQNERNRDSGYLHLLYKRPLDPKSEAQLQEIRRLHQYVKFAVQDVNDVLDLEWDQHLEQKKKQRHLL VPERETLFNTLANNREIINQQRKRLNHLVDSLQQLRLYKQTSLWSLSSAVPSQSSIHSFDSDLESLCNAL LKTTIESHTKSLPKVPAKLSPMKQAQLRNFLAKRKTPPVRSTAPASLSRSAFLSQRYYEDLDEVSSTSSV SQSLESEDARTSCKDDEAVVQAPRHAPVVRTPSIQPSLLPHAAPFAKSHLVHGSSPGVMGTSVATSASKI IPQGADSTMLATKTVKHGAPSPSHPISAPQAAAAAALRRQMASQAPAVNTLTESTLKNVPQVVNVQELKN NPATPSTAMGSSVPYSTAKTPHPVLTPVAANQAKQGSLINSLKPSGPTPASGQLSSGDKASGTAKIETAV TSTPSASGQFSKPFSFSPSGTGFNFGIITPTPSSNFTAAQGATPSTKESSQPDAFSSGGGSKPSYEAIPE SSPPSGITSASNTTPGEPAASSSRPVAPSGTALSTTSSKLETPPSKLGELLFPSSLAGETLGSFSGLRVG QADDSTKPTNKASSTSLTSTQPTKTSGVPSGFNFTAPPVLGKHTEPPVTSSATTTSVAPPAATSTSSTAV FGSLPVTSAGSSGVISFGGTSLSAGKTSFSFGSQQTNSTVPPSAPPPTTAATPLPTSFPTLSFGSLLSSA TTPSLPMSAGRSTEEATSSALPEKPGDSEVSASAASLLEEQQSAQLPQAPPQTSDSVKKEPVLAQPAVSN SGTAASSTSLVALSAEATPATTGVPDARTEAVPPASSFSVPGQTAVTAAAISSAGPVAVETSSTPIASST TSIVAPGPSAEAAAFGTVTSGSSVFAQPPAASSSSAFNQLTNNTATAPSATPVFGQVAASTAPSLFGQQT GSTASTAAATPQVSSSGFSSPAFGTTAPGVFGQTTFGQASVFGQSASSAASVFSFSQPGFSSVPAFGQPA SSTPTSTSGSVFGAASSTSSSSSFSFGQSSPNTGGGLFGQSNAPAFGQSPGFGQGGSVFGGTSAATTTAA TSGFSFCQASGFGSSNTGSVFGQAASTGGIVFGQQSSSSSGSVFGSGNTGRGGGFFSGLGGKPSQDAANK NPFSSASGGFGSTATSNTSNLFGNSGAKTFGGFASSSFGEQKPTGTFSSGGGSVASQGFGFSSPNKTGGF GAAPVFGSPPTFGGSPGFGGVPAFGSAPAFTSPLGSTGGKVFGEGTAAASAGGFGFGSSSNTTSFGTLAS QNAPTFGSLSQQTSGFGTQSSGFSGFGSGTGGFSFGSNNSSVQGFGGWRS ; 'Nuclear pore complex protein Nup214' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 2080 1 2080 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . NU214_HUMAN P35658 P35658-2 1 2080 9606 'Homo sapiens (Human)' 2008-07-22 A5ECD51E41D40F1F # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MGDEMDAMIPEREMKDFQFRALKKVRIFDSPEELPKERSSLLAVSNKYGLVFAGGASGLQIFPTKNLLIQ NKPGDDPNKIVDKVQGLLVPMKFPIHHLALSCDNLTLSACMMSSEYGSIIAFFDVRTFSNEAKQQKRPFA YHKLLKDAGGMVIDMKWNPTVPSMVAVCLADGSIAVLQVTETVKVCATLPSTVAVTSVCWSPKGKQLAVG KQNGTVVQYLPTLQEKKVIPCPPFYESDHPVRVLDVLWIGTYVFAIVYAAADGTLETSPDVVMALLPKKE EKHPEIFVNFMEPCYGSCTERQHHYYLSYIEEWDLVLAASAASTEVSILARQSDQINWESWLLEDSSRAE LPVTDKSDDSLPMGVVVDYTNQVEITISDEKTLPPAPVLMLLSTDGVLCPFYMINQNPGVKSLIKTPERL SLEGERQPKSPGSTPTTPTSSQAPQKLDASAAAAPASLPPSSPAAPIATFSLLPAGGAPTVFSFGSSSLK SSATVTGEPPSYSSGSDSSKAAPGPGPSTFSFVPPSKASLAPTPAASPVAPSAASFSFGSSGFKPTLEST PVPSVSAPNIAMKPSFPPSTSAVKVNLSENSSQSAPPMSPFSSASKPAASGPLSHPTPLSAPPSSVPLKS 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A 1 1926 SER 1926 ? ? ? A . A 1 1927 SER 1927 ? ? ? A . A 1 1928 PHE 1928 ? ? ? A . A 1 1929 GLY 1929 ? ? ? A . A 1 1930 GLU 1930 ? ? ? A . A 1 1931 GLN 1931 ? ? ? A . A 1 1932 LYS 1932 ? ? ? A . A 1 1933 PRO 1933 ? ? ? A . A 1 1934 THR 1934 ? ? ? A . A 1 1935 GLY 1935 ? ? ? A . A 1 1936 THR 1936 ? ? ? A . A 1 1937 PHE 1937 ? ? ? A . A 1 1938 SER 1938 ? ? ? A . A 1 1939 SER 1939 ? ? ? A . A 1 1940 GLY 1940 ? ? ? A . A 1 1941 GLY 1941 ? ? ? A . A 1 1942 GLY 1942 ? ? ? A . A 1 1943 SER 1943 ? ? ? A . A 1 1944 VAL 1944 ? ? ? A . A 1 1945 ALA 1945 ? ? ? A . A 1 1946 SER 1946 ? ? ? A . A 1 1947 GLN 1947 ? ? ? A . A 1 1948 GLY 1948 ? ? ? A . A 1 1949 PHE 1949 ? ? ? A . A 1 1950 GLY 1950 ? ? ? A . A 1 1951 PHE 1951 ? ? ? A . A 1 1952 SER 1952 ? ? ? A . A 1 1953 SER 1953 ? ? ? A . A 1 1954 PRO 1954 ? ? ? A . A 1 1955 ASN 1955 ? ? ? A . A 1 1956 LYS 1956 ? ? ? A . A 1 1957 THR 1957 ? ? ? A . A 1 1958 GLY 1958 ? ? ? A . A 1 1959 GLY 1959 ? ? ? A . A 1 1960 PHE 1960 ? ? ? A . A 1 1961 GLY 1961 ? ? ? A . A 1 1962 ALA 1962 ? ? ? A . A 1 1963 ALA 1963 ? ? ? A . A 1 1964 PRO 1964 ? ? ? A . A 1 1965 VAL 1965 ? ? ? A . A 1 1966 PHE 1966 ? ? ? A . A 1 1967 GLY 1967 ? ? ? A . A 1 1968 SER 1968 ? ? ? A . A 1 1969 PRO 1969 ? ? ? A . A 1 1970 PRO 1970 ? ? ? A . A 1 1971 THR 1971 ? ? ? A . A 1 1972 PHE 1972 ? ? ? A . A 1 1973 GLY 1973 ? ? ? A . A 1 1974 GLY 1974 ? ? ? A . A 1 1975 SER 1975 ? ? ? A . A 1 1976 PRO 1976 ? ? ? A . A 1 1977 GLY 1977 ? ? ? A . A 1 1978 PHE 1978 ? ? ? A . A 1 1979 GLY 1979 ? ? ? A . A 1 1980 GLY 1980 ? ? ? A . A 1 1981 VAL 1981 ? ? ? A . A 1 1982 PRO 1982 ? ? ? A . A 1 1983 ALA 1983 ? ? ? A . A 1 1984 PHE 1984 ? ? ? A . A 1 1985 GLY 1985 ? ? ? A . A 1 1986 SER 1986 ? ? ? A . A 1 1987 ALA 1987 ? ? ? A . A 1 1988 PRO 1988 ? ? ? A . A 1 1989 ALA 1989 ? ? ? A . A 1 1990 PHE 1990 ? ? ? A . A 1 1991 THR 1991 ? ? ? A . A 1 1992 SER 1992 ? ? ? A . A 1 1993 PRO 1993 ? ? ? A . A 1 1994 LEU 1994 ? ? ? A . A 1 1995 GLY 1995 ? ? ? A . A 1 1996 SER 1996 ? ? ? A . A 1 1997 THR 1997 ? ? ? A . A 1 1998 GLY 1998 ? ? ? A . A 1 1999 GLY 1999 ? ? ? A . A 1 2000 LYS 2000 ? ? ? A . A 1 2001 VAL 2001 ? ? ? A . A 1 2002 PHE 2002 ? ? ? A . A 1 2003 GLY 2003 ? ? ? A . A 1 2004 GLU 2004 ? ? ? A . A 1 2005 GLY 2005 ? ? ? A . A 1 2006 THR 2006 ? ? ? A . A 1 2007 ALA 2007 ? ? ? A . A 1 2008 ALA 2008 ? ? ? A . A 1 2009 ALA 2009 ? ? ? A . A 1 2010 SER 2010 ? ? ? A . A 1 2011 ALA 2011 ? ? ? A . A 1 2012 GLY 2012 ? ? ? A . A 1 2013 GLY 2013 ? ? ? A . A 1 2014 PHE 2014 ? ? ? A . A 1 2015 GLY 2015 ? ? ? A . A 1 2016 PHE 2016 ? ? ? A . A 1 2017 GLY 2017 ? ? ? A . A 1 2018 SER 2018 ? ? ? A . A 1 2019 SER 2019 ? ? ? A . A 1 2020 SER 2020 ? ? ? A . A 1 2021 ASN 2021 ? ? ? A . A 1 2022 THR 2022 ? ? ? A . A 1 2023 THR 2023 ? ? ? A . A 1 2024 SER 2024 ? ? ? A . A 1 2025 PHE 2025 ? ? ? A . A 1 2026 GLY 2026 ? ? ? A . A 1 2027 THR 2027 ? ? ? A . A 1 2028 LEU 2028 ? ? ? A . A 1 2029 ALA 2029 ? ? ? A . A 1 2030 SER 2030 ? ? ? A . A 1 2031 GLN 2031 ? ? ? A . A 1 2032 ASN 2032 ? ? ? A . A 1 2033 ALA 2033 ? ? ? A . A 1 2034 PRO 2034 ? ? ? A . A 1 2035 THR 2035 ? ? ? A . A 1 2036 PHE 2036 ? ? ? A . A 1 2037 GLY 2037 ? ? ? A . A 1 2038 SER 2038 ? ? ? A . A 1 2039 LEU 2039 ? ? ? A . A 1 2040 SER 2040 ? ? ? A . A 1 2041 GLN 2041 ? ? ? A . A 1 2042 GLN 2042 ? ? ? A . A 1 2043 THR 2043 ? ? ? A . A 1 2044 SER 2044 ? ? ? A . A 1 2045 GLY 2045 ? ? ? A . A 1 2046 PHE 2046 ? ? ? A . A 1 2047 GLY 2047 ? ? ? A . A 1 2048 THR 2048 ? ? ? A . A 1 2049 GLN 2049 ? ? ? A . A 1 2050 SER 2050 ? ? ? A . A 1 2051 SER 2051 ? ? ? A . A 1 2052 GLY 2052 ? ? ? A . A 1 2053 PHE 2053 ? ? ? A . A 1 2054 SER 2054 ? ? ? A . A 1 2055 GLY 2055 ? ? ? A . A 1 2056 PHE 2056 ? ? ? A . A 1 2057 GLY 2057 ? ? ? A . A 1 2058 SER 2058 ? ? ? A . A 1 2059 GLY 2059 ? ? ? A . A 1 2060 THR 2060 ? ? ? A . A 1 2061 GLY 2061 ? ? ? A . A 1 2062 GLY 2062 ? ? ? A . A 1 2063 PHE 2063 ? ? ? A . A 1 2064 SER 2064 ? ? ? A . A 1 2065 PHE 2065 ? ? ? A . A 1 2066 GLY 2066 ? ? ? A . A 1 2067 SER 2067 ? ? ? A . A 1 2068 ASN 2068 ? ? ? A . A 1 2069 ASN 2069 ? ? ? A . A 1 2070 SER 2070 ? ? ? A . A 1 2071 SER 2071 ? ? ? A . A 1 2072 VAL 2072 ? ? ? A . A 1 2073 GLN 2073 ? ? ? A . A 1 2074 GLY 2074 ? ? ? A . A 1 2075 PHE 2075 ? ? ? A . A 1 2076 GLY 2076 ? ? ? A . A 1 2077 GLY 2077 ? ? ? A . A 1 2078 TRP 2078 ? ? ? A . A 1 2079 ARG 2079 ? ? ? A . A 1 2080 SER 2080 ? ? ? A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Vacuolar-sorting protein SNF7 {PDB ID=5fd9, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=5fd9.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 5fd9, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 6' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-04 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-29 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;NAKNKESPTKAIVRLREHINLLSKKQSHLRTQITNQENEARIFLTKGNKVMAKNALKKKKTIEQLLSKVE GTMESMEQQLFSIESANLNLETMRAMQEGAKAMKTIHSGLDIDKVDETMDEIREQVELGDEISDAISRP ; ;NAKNKESPTKAIVRLREHINLLSKKQSHLRTQITNQENEARIFLTKGNKVMAKNALKKKKTIEQLLSKVE GTMESMEQQLFSIESANLNLETMRAMQEGAKAMKTIHSGLDIDKVDETMDEIREQVELGDEISDAISRP ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 12 84 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 5fd9 2023-09-27 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 2080 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 2080 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 0.750 16.438 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MGDEMDAMIPEREMKDFQFRALKKVRIFDSPEELPKERSSLLAVSNKYGLVFAGGASGLQIFPTKNLLIQNKPGDDPNKIVDKVQGLLVPMKFPIHHLALSCDNLTLSACMMSSEYGSIIAFFDVRTFSNEAKQQKRPFAYHKLLKDAGGMVIDMKWNPTVPSMVAVCLADGSIAVLQVTETVKVCATLPSTVAVTSVCWSPKGKQLAVGKQNGTVVQYLPTLQEKKVIPCPPFYESDHPVRVLDVLWIGTYVFAIVYAAADGTLETSPDVVMALLPKKEEKHPEIFVNFMEPCYGSCTERQHHYYLSYIEEWDLVLAASAASTEVSILARQSDQINWESWLLEDSSRAELPVTDKSDDSLPMGVVVDYTNQVEITISDEKTLPPAPVLMLLSTDGVLCPFYMINQNPGVKSLIKTPERLSLEGERQPKSPGSTPTTPTSSQAPQKLDASAAAAPASLPPSSPAAPIATFSLLPAGGAPTVFSFGSSSLKSSATVTGEPPSYSSGSDSSKAAPGPGPSTFSFVPPSKASLAPTPAASPVAPSAASFSFGSSGFKPTLESTPVPSVSAPNIAMKPSFPPSTSAVKVNLSENSSQSAPPMSPFSSASKPAASGPLSHPTPLSAPPSSVPLKSSVLPSPSAGRSAQGSSSPVPSMVQKSPRITPPAAKPGSPQAKSLQPAVAEKQGHQWKDSDPVMAGIGEEIAHFQKELEELKARTSKACFQVGTSEEMKMLRTESDDLHTFLLEIKETTESLHGDISSLKTTLLEGFAGVEEAREQNERNRDSGYLHLLYKRPLDPKSEAQLQEIRRLHQYVKFAVQDVNDVLDLEWDQHLEQKKKQRHLLVPERETLFNTLANNREIINQQRKRLNHLVDSLQQLRLYKQTSLWSLSSAVPSQSSIHSFDSDLESLCNALLKTTIESHTKSLPKVPAKLSPMKQAQLRNFLAKRKTPPVRSTAPASLSRSAFLSQRYYEDLDEVSSTSSVSQSLESEDARTSCKDDEAVVQAPRHAPVVRTPSIQPSLLPHAAPFAKSHLVHGSSPGVMGTSVATSASKIIPQGADSTMLATKTVKHGAPSPSHPISAPQAAAAAALRRQMASQAPAVNTLTESTLKNVPQVVNVQELKNNPATPSTAMGSSVPYSTAKTPHPVLTPVAANQAKQGSLINSLKPSGPTPASGQLSSGDKASGTAKIETAVTSTPSASGQFSKPFSFSPSGTGFNFGIITPTPSSNFTAAQGATPSTKESSQPDAFSSGGGSKPSYEAIPESSPPSGITSASNTTPGEPAASSSRPVAPSGTALSTTSSKLETPPSKLGELLFPSSLAGETLGSFSGLRVGQADDSTKPTNKASSTSLTSTQPTKTSGVPSGFNFTAPPVLGKHTEPPVTSSATTTSVAPPAATSTSSTAVFGSLPVTSAGSSGVISFGGTSLSAGKTSFSFGSQQTNSTVPPSAPPPTTAATPLPTSFPTLSFGSLLSSATTPSLPMSAGRSTEEATSSALPEKPGDSEVSASAASLLEEQQSAQLPQAPPQTSDSVKKEPVLAQPAVSNSGTAASSTSLVALSAEATPATTGVPDARTEAVPPASSFSVPGQTAVTAAAISSAGPVAVETSSTPIASSTTSIVAPGPSAEAAAFGTVTSGSSVFAQPPAASSSSAFNQLTNNTATAPSATPVFGQVAASTAPSLFGQQTGSTASTAAATPQVSSSGFSSPAFGTTAPGVFGQTTFGQASVFGQSASSAASVFSFSQPGFSSVPAFGQPASSTPTSTSGSVFGAASSTSSSSSFSFGQSSPNTGGGLFGQSNAPAFGQSPGFGQGGSVFGGTSAATTTAATSGFSFCQASGFGSSNTGSVFGQAASTGGIVFGQQSSSSSGSVFGSGNTGRGGGFFSGLGGKPSQDAANKNPFSSASGGFGSTATSNTSNLFGNSGAKTFGGFASSSFGEQKPTGTFSSGGGSVASQGFGFSSPNKTGGFGAAPVFGSPPTFGGSPGFGGVPAFGSAPAFTSPLGSTGGKVFGEGTAAASAGGFGFGSSSNTTSFGTLASQNAPTFGSLSQQTSGFGTQSSGFSGFGSGTGGFSFGSNNSSVQGFGGWRS 2 1 2 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------IVRLREHINLLSKKQSHLRTQITN---QENEARIFLTKGNKVMAKNALKKKKT---IEQLLSKVEGTMESMEQQLFSIE------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 5fd9.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 6' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . 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A -9.938 -2.200 -16.848 1 1 A LEU 0.390 1 ATOM 16 C CD2 . LEU 742 742 ? A -9.736 -2.231 -14.349 1 1 A LEU 0.390 1 ATOM 17 N N . GLU 743 743 ? A -5.749 1.298 -15.594 1 1 A GLU 0.540 1 ATOM 18 C CA . GLU 743 743 ? A -4.340 1.666 -15.697 1 1 A GLU 0.540 1 ATOM 19 C C . GLU 743 743 ? A -3.832 2.296 -14.452 1 1 A GLU 0.540 1 ATOM 20 O O . GLU 743 743 ? A -2.730 2.072 -13.963 1 1 A GLU 0.540 1 ATOM 21 C CB . GLU 743 743 ? A -4.182 2.751 -16.769 1 1 A GLU 0.540 1 ATOM 22 C CG . GLU 743 743 ? A -4.395 2.175 -18.174 1 1 A GLU 0.540 1 ATOM 23 C CD . GLU 743 743 ? A -4.311 3.266 -19.233 1 1 A GLU 0.540 1 ATOM 24 O OE1 . GLU 743 743 ? A -4.320 4.466 -18.848 1 1 A GLU 0.540 1 ATOM 25 O OE2 . GLU 743 743 ? A -4.300 2.903 -20.433 1 1 A GLU 0.540 1 ATOM 26 N N . ILE 744 744 ? A -4.697 3.134 -13.879 1 1 A ILE 0.570 1 ATOM 27 C CA . ILE 744 744 ? A -4.380 3.738 -12.630 1 1 A ILE 0.570 1 ATOM 28 C C . ILE 744 744 ? A -4.192 2.709 -11.489 1 1 A ILE 0.570 1 ATOM 29 O O . ILE 744 744 ? 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #