data_SMR-7928d18f42d3f7b6814e7d5f177463e9_5 _entry.id SMR-7928d18f42d3f7b6814e7d5f177463e9_5 _struct.entry_id SMR-7928d18f42d3f7b6814e7d5f177463e9_5 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - P35658 (isoform 2)/ NU214_HUMAN, Nuclear pore complex protein Nup214 Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries P35658 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 251510.870 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP NU214_HUMAN P35658 1 ;MGDEMDAMIPEREMKDFQFRALKKVRIFDSPEELPKERSSLLAVSNKYGLVFAGGASGLQIFPTKNLLIQ NKPGDDPNKIVDKVQGLLVPMKFPIHHLALSCDNLTLSACMMSSEYGSIIAFFDVRTFSNEAKQQKRPFA YHKLLKDAGGMVIDMKWNPTVPSMVAVCLADGSIAVLQVTETVKVCATLPSTVAVTSVCWSPKGKQLAVG KQNGTVVQYLPTLQEKKVIPCPPFYESDHPVRVLDVLWIGTYVFAIVYAAADGTLETSPDVVMALLPKKE EKHPEIFVNFMEPCYGSCTERQHHYYLSYIEEWDLVLAASAASTEVSILARQSDQINWESWLLEDSSRAE LPVTDKSDDSLPMGVVVDYTNQVEITISDEKTLPPAPVLMLLSTDGVLCPFYMINQNPGVKSLIKTPERL SLEGERQPKSPGSTPTTPTSSQAPQKLDASAAAAPASLPPSSPAAPIATFSLLPAGGAPTVFSFGSSSLK SSATVTGEPPSYSSGSDSSKAAPGPGPSTFSFVPPSKASLAPTPAASPVAPSAASFSFGSSGFKPTLEST PVPSVSAPNIAMKPSFPPSTSAVKVNLSEKFTAAATSTPVSSSQSAPPMSPFSSASKPAASGPLSHPTPL SAPPSSVPLKSSVLPSPSAGRSAQGSSSPVPSMVQKSPRITPPAAKPGSPQAKSLQPAVAEKQGHQWKDS DPVMAGIGEEIAHFQKELEELKARTSKACFQVGTSEEMKMLRTESDDLHTFLLEIKETTESLHGDISSLK TTLLEGFAGVEEAREQNERNRDSGYLHLLYKRPLDPKSEAQLQEIRRLHQYVKFAVQDVNDVLDLEWDQH LEQKKKQRHLLVPERETLFNTLANNREIINQQRKRLNHLVDSLQQLRLYKQTSLWSLSSAVPSQSSIHSF DSDLESLCNALLKTTIESHTKSLPKVPAKLSPMKQAQLRNFLAKRKTPPVRSTAPASLSRSAFLSQRYYE DLDEVSSTSSVSQSLESEDARTSCKDDEAVVQAPRHAPVVRTPSIQPSLLPHAAPFAKSHLVHGSSPGVM GTSVATSASKIIPQGADSTMLATKTVKHGAPSPSHPISAPQAAAAAALRRQMASQAPAVNTLTESTLKNV PQVVNVQELKNNPATPSTAMGSSVPYSTAKTPHPVLTPVAANQAKQGSLINSLKPSGPTPASGQLSSGDK ASGTAKIETAVTSTPSASGQFSKPFSFSPSGTGFNFGIITPTPSSNFTAAQGATPSTKESSQPDAFSSGG GSKPSYEAIPESSPPSGITSASNTTPGEPAASSSRPVAPSGTALSTTSSKLETPPSKLGELLFPSSLAGE TLGSFSGLRVGQADDSTKPTNKASSTSLTSTQPTKTSGVPSGFNFTAPPVLGKHTEPPVTSSATTTSVAP PAATSTSSTAVFGSLPVTSAGSSGVISFGGTSLSAGKTSFSFGSQQTNSTVPPSAPPPTTAATPLPTSFP TLSFGSLLSSATTPSLPMSAGRSTEEATSSALPEKPGDSEVSASAASLLEEQQSAQLPQAPPQTSDSVKK EPVLAQPAVSNSGTAASSTSLVALSAEATPATTGVPDARTEAVPPASSFSVPGQTAVTAAAISSAGPVAV ETSSTPIASSTTSIVAPGPSAEAAAFGTVTSGSSVFAQPPAASSSSAFNQLTNNTATAPSATPVFGQVAA STAPSLFGQQTGSTASTAAATPQVSSSGFSSPAFGTTAPGVFGQTTFGQASVFGQSASSAASVFSFSQPG FSSVPAFGQPASSTPTSTSGSVFGAASSTSSSSSFSFGQSSPNTGGGLFGQSNAPAFGQSPGFGQGGSVF GGTSAATTTAATSGFSFCQASGFGSSNTGSVFGQAASTGGIVFGQQSSSSSGSVFGSGNTGRGGGFFSGL GGKPSQDAANKNPFSSASGGFGSTATSNTSNLFGNSGAKTFGGFASSSFGEQKPTGTFSSGGGSVASQGF GFSSPNKTGGFGAAPVFGSPPTFGGSPGFGGVPAFGSAPAFTSPLGSTGGKVFGEGTAAASAGGFGFGSS SNTTSFGTLASQNAPTFGSLSQQTSGFGTQSSGFSGFGSGTGGFSFGSNNSSVQGFGGWRS ; 'Nuclear pore complex protein Nup214' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 2091 1 2091 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . NU214_HUMAN P35658 P35658-2 1 2091 9606 'Homo sapiens (Human)' 2008-07-22 765727236C2B47C8 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MGDEMDAMIPEREMKDFQFRALKKVRIFDSPEELPKERSSLLAVSNKYGLVFAGGASGLQIFPTKNLLIQ NKPGDDPNKIVDKVQGLLVPMKFPIHHLALSCDNLTLSACMMSSEYGSIIAFFDVRTFSNEAKQQKRPFA YHKLLKDAGGMVIDMKWNPTVPSMVAVCLADGSIAVLQVTETVKVCATLPSTVAVTSVCWSPKGKQLAVG KQNGTVVQYLPTLQEKKVIPCPPFYESDHPVRVLDVLWIGTYVFAIVYAAADGTLETSPDVVMALLPKKE EKHPEIFVNFMEPCYGSCTERQHHYYLSYIEEWDLVLAASAASTEVSILARQSDQINWESWLLEDSSRAE LPVTDKSDDSLPMGVVVDYTNQVEITISDEKTLPPAPVLMLLSTDGVLCPFYMINQNPGVKSLIKTPERL SLEGERQPKSPGSTPTTPTSSQAPQKLDASAAAAPASLPPSSPAAPIATFSLLPAGGAPTVFSFGSSSLK SSATVTGEPPSYSSGSDSSKAAPGPGPSTFSFVPPSKASLAPTPAASPVAPSAASFSFGSSGFKPTLEST PVPSVSAPNIAMKPSFPPSTSAVKVNLSEKFTAAATSTPVSSSQSAPPMSPFSSASKPAASGPLSHPTPL 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A 1 1926 SER 1926 ? ? ? A . A 1 1927 GLY 1927 ? ? ? A . A 1 1928 ALA 1928 ? ? ? A . A 1 1929 LYS 1929 ? ? ? A . A 1 1930 THR 1930 ? ? ? A . A 1 1931 PHE 1931 ? ? ? A . A 1 1932 GLY 1932 ? ? ? A . A 1 1933 GLY 1933 ? ? ? A . A 1 1934 PHE 1934 ? ? ? A . A 1 1935 ALA 1935 ? ? ? A . A 1 1936 SER 1936 ? ? ? A . A 1 1937 SER 1937 ? ? ? A . A 1 1938 SER 1938 ? ? ? A . A 1 1939 PHE 1939 ? ? ? A . A 1 1940 GLY 1940 ? ? ? A . A 1 1941 GLU 1941 ? ? ? A . A 1 1942 GLN 1942 ? ? ? A . A 1 1943 LYS 1943 ? ? ? A . A 1 1944 PRO 1944 ? ? ? A . A 1 1945 THR 1945 ? ? ? A . A 1 1946 GLY 1946 ? ? ? A . A 1 1947 THR 1947 ? ? ? A . A 1 1948 PHE 1948 ? ? ? A . A 1 1949 SER 1949 ? ? ? A . A 1 1950 SER 1950 ? ? ? A . A 1 1951 GLY 1951 ? ? ? A . A 1 1952 GLY 1952 ? ? ? A . A 1 1953 GLY 1953 ? ? ? A . A 1 1954 SER 1954 ? ? ? A . A 1 1955 VAL 1955 ? ? ? A . A 1 1956 ALA 1956 ? ? ? A . A 1 1957 SER 1957 ? ? ? A . A 1 1958 GLN 1958 ? ? ? A . A 1 1959 GLY 1959 ? ? ? A . A 1 1960 PHE 1960 ? ? ? A . A 1 1961 GLY 1961 ? ? ? A . A 1 1962 PHE 1962 ? ? ? A . A 1 1963 SER 1963 ? ? ? A . A 1 1964 SER 1964 ? ? ? A . A 1 1965 PRO 1965 ? ? ? A . A 1 1966 ASN 1966 ? ? ? A . A 1 1967 LYS 1967 ? ? ? A . A 1 1968 THR 1968 ? ? ? A . A 1 1969 GLY 1969 ? ? ? A . A 1 1970 GLY 1970 ? ? ? A . A 1 1971 PHE 1971 ? ? ? A . A 1 1972 GLY 1972 ? ? ? A . A 1 1973 ALA 1973 ? ? ? A . A 1 1974 ALA 1974 ? ? ? A . A 1 1975 PRO 1975 ? ? ? A . A 1 1976 VAL 1976 ? ? ? A . A 1 1977 PHE 1977 ? ? ? A . A 1 1978 GLY 1978 ? ? ? A . A 1 1979 SER 1979 ? ? ? A . A 1 1980 PRO 1980 ? ? ? A . A 1 1981 PRO 1981 ? ? ? A . A 1 1982 THR 1982 ? ? ? A . A 1 1983 PHE 1983 ? ? ? A . A 1 1984 GLY 1984 ? ? ? A . A 1 1985 GLY 1985 ? ? ? A . A 1 1986 SER 1986 ? ? ? A . A 1 1987 PRO 1987 ? ? ? A . A 1 1988 GLY 1988 ? ? ? A . A 1 1989 PHE 1989 ? ? ? A . A 1 1990 GLY 1990 ? ? ? A . A 1 1991 GLY 1991 ? ? ? A . A 1 1992 VAL 1992 ? ? ? A . A 1 1993 PRO 1993 ? ? ? A . A 1 1994 ALA 1994 ? ? ? A . A 1 1995 PHE 1995 ? ? ? A . A 1 1996 GLY 1996 ? ? ? A . A 1 1997 SER 1997 ? ? ? A . A 1 1998 ALA 1998 ? ? ? A . A 1 1999 PRO 1999 ? ? ? A . A 1 2000 ALA 2000 ? ? ? A . A 1 2001 PHE 2001 ? ? ? A . A 1 2002 THR 2002 ? ? ? A . A 1 2003 SER 2003 ? ? ? A . A 1 2004 PRO 2004 ? ? ? A . A 1 2005 LEU 2005 ? ? ? A . A 1 2006 GLY 2006 ? ? ? A . A 1 2007 SER 2007 ? ? ? A . A 1 2008 THR 2008 ? ? ? A . A 1 2009 GLY 2009 ? ? ? A . A 1 2010 GLY 2010 ? ? ? A . A 1 2011 LYS 2011 ? ? ? A . A 1 2012 VAL 2012 ? ? ? A . A 1 2013 PHE 2013 ? ? ? A . A 1 2014 GLY 2014 ? ? ? A . A 1 2015 GLU 2015 ? ? ? A . A 1 2016 GLY 2016 ? ? ? A . A 1 2017 THR 2017 ? ? ? A . A 1 2018 ALA 2018 ? ? ? A . A 1 2019 ALA 2019 ? ? ? A . A 1 2020 ALA 2020 ? ? ? A . A 1 2021 SER 2021 ? ? ? A . A 1 2022 ALA 2022 ? ? ? A . A 1 2023 GLY 2023 ? ? ? A . A 1 2024 GLY 2024 ? ? ? A . A 1 2025 PHE 2025 ? ? ? A . A 1 2026 GLY 2026 ? ? ? A . A 1 2027 PHE 2027 ? ? ? A . A 1 2028 GLY 2028 ? ? ? A . A 1 2029 SER 2029 ? ? ? A . A 1 2030 SER 2030 ? ? ? A . A 1 2031 SER 2031 ? ? ? A . A 1 2032 ASN 2032 ? ? ? A . A 1 2033 THR 2033 ? ? ? A . A 1 2034 THR 2034 ? ? ? A . A 1 2035 SER 2035 ? ? ? A . A 1 2036 PHE 2036 ? ? ? A . A 1 2037 GLY 2037 ? ? ? A . A 1 2038 THR 2038 ? ? ? A . A 1 2039 LEU 2039 ? ? ? A . A 1 2040 ALA 2040 ? ? ? A . A 1 2041 SER 2041 ? ? ? A . A 1 2042 GLN 2042 ? ? ? A . A 1 2043 ASN 2043 ? ? ? A . A 1 2044 ALA 2044 ? ? ? A . A 1 2045 PRO 2045 ? ? ? A . A 1 2046 THR 2046 ? ? ? A . A 1 2047 PHE 2047 ? ? ? A . A 1 2048 GLY 2048 ? ? ? A . A 1 2049 SER 2049 ? ? ? A . A 1 2050 LEU 2050 ? ? ? A . A 1 2051 SER 2051 ? ? ? A . A 1 2052 GLN 2052 ? ? ? A . A 1 2053 GLN 2053 ? ? ? A . A 1 2054 THR 2054 ? ? ? A . A 1 2055 SER 2055 ? ? ? A . A 1 2056 GLY 2056 ? ? ? A . A 1 2057 PHE 2057 ? ? ? A . A 1 2058 GLY 2058 ? ? ? A . A 1 2059 THR 2059 ? ? ? A . A 1 2060 GLN 2060 ? ? ? A . A 1 2061 SER 2061 ? ? ? A . A 1 2062 SER 2062 ? ? ? A . A 1 2063 GLY 2063 ? ? ? A . A 1 2064 PHE 2064 ? ? ? A . A 1 2065 SER 2065 ? ? ? A . 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A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Vacuolar-sorting protein SNF7 {PDB ID=5fd9, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=5fd9.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 5fd9, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 5' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-04 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-29 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;NAKNKESPTKAIVRLREHINLLSKKQSHLRTQITNQENEARIFLTKGNKVMAKNALKKKKTIEQLLSKVE GTMESMEQQLFSIESANLNLETMRAMQEGAKAMKTIHSGLDIDKVDETMDEIREQVELGDEISDAISRP ; ;NAKNKESPTKAIVRLREHINLLSKKQSHLRTQITNQENEARIFLTKGNKVMAKNALKKKKTIEQLLSKVE GTMESMEQQLFSIESANLNLETMRAMQEGAKAMKTIHSGLDIDKVDETMDEIREQVELGDEISDAISRP ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 10 84 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 5fd9 2023-09-27 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 2091 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 2091 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 0.570 16.000 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MGDEMDAMIPEREMKDFQFRALKKVRIFDSPEELPKERSSLLAVSNKYGLVFAGGASGLQIFPTKNLLIQNKPGDDPNKIVDKVQGLLVPMKFPIHHLALSCDNLTLSACMMSSEYGSIIAFFDVRTFSNEAKQQKRPFAYHKLLKDAGGMVIDMKWNPTVPSMVAVCLADGSIAVLQVTETVKVCATLPSTVAVTSVCWSPKGKQLAVGKQNGTVVQYLPTLQEKKVIPCPPFYESDHPVRVLDVLWIGTYVFAIVYAAADGTLETSPDVVMALLPKKEEKHPEIFVNFMEPCYGSCTERQHHYYLSYIEEWDLVLAASAASTEVSILARQSDQINWESWLLEDSSRAELPVTDKSDDSLPMGVVVDYTNQVEITISDEKTLPPAPVLMLLSTDGVLCPFYMINQNPGVKSLIKTPERLSLEGERQPKSPGSTPTTPTSSQAPQKLDASAAAAPASLPPSSPAAPIATFSLLPAGGAPTVFSFGSSSLKSSATVTGEPPSYSSGSDSSKAAPGPGPSTFSFVPPSKASLAPTPAASPVAPSAASFSFGSSGFKPTLESTPVPSVSAPNIAMKPSFPPSTSAVKVNLSEKFTAAATSTPVSSSQSAPPMSPFSSASKPAASGPLSHPTPLSAPPSSVPLKSSVLPSPSAGRSAQGSSSPVPSMVQKSPRITPPAAKPGSPQAKSLQPAVAEKQGHQWKDSDPVMAGIGEEIAHFQKELEELKARTSKACFQVGTSEEMKMLRTESDDLHTFLLEIKETTESLHGDISSLKTTLLEGFAGVEEAREQNERNRDSGYLHLLYKRPLDPKSEAQLQEIRRLHQYVKFAVQDVNDVLDLEWDQHLEQKKKQRHLLVPERETLFNTLANNREIINQQRKRLNHLVDSLQQLRLYKQTSLWSLSSAVPSQSSIHSFDSDLESLCNALLKTTIESHTKSLPKVPAKLSPMKQAQLRNFLAKRKTPPVRSTAPASLSRSAFLSQRYYEDLDEVSSTSSVSQSLESEDARTSCKDDEAVVQAPRHAPVVRTPSIQPSLLPHAAPFAKSHLVHGSSPGVMGTSVATSASKIIPQGADSTMLATKTVKHGAPSPSHPISAPQAAAAAALRRQMASQAPAVNTLTESTLKNVPQVVNVQELKNNPATPSTAMGSSVPYSTAKTPHPVLTPVAANQAKQGSLINSLKPSGPTPASGQLSSGDKASGTAKIETAVTSTPSASGQFSKPFSFSPSGTGFNFGIITPTPSSNFTAAQGATPSTKESSQPDAFSSGGGSKPSYEAIPESSPPSGITSASNTTPGEPAASSSRPVAPSGTALSTTSSKLETPPSKLGELLFPSSLAGETLGSFSGLRVGQADDSTKPTNKASSTSLTSTQPTKTSGVPSGFNFTAPPVLGKHTEPPVTSSATTTSVAPPAATSTSSTAVFGSLPVTSAGSSGVISFGGTSLSAGKTSFSFGSQQTNSTVPPSAPPPTTAATPLPTSFPTLSFGSLLSSATTPSLPMSAGRSTEEATSSALPEKPGDSEVSASAASLLEEQQSAQLPQAPPQTSDSVKKEPVLAQPAVSNSGTAASSTSLVALSAEATPATTGVPDARTEAVPPASSFSVPGQTAVTAAAISSAGPVAVETSSTPIASSTTSIVAPGPSAEAAAFGTVTSGSSVFAQPPAASSSSAFNQLTNNTATAPSATPVFGQVAASTAPSLFGQQTGSTASTAAATPQVSSSGFSSPAFGTTAPGVFGQTTFGQASVFGQSASSAASVFSFSQPGFSSVPAFGQPASSTPTSTSGSVFGAASSTSSSSSFSFGQSSPNTGGGLFGQSNAPAFGQSPGFGQGGSVFGGTSAATTTAATSGFSFCQASGFGSSNTGSVFGQAASTGGIVFGQQSSSSSGSVFGSGNTGRGGGFFSGLGGKPSQDAANKNPFSSASGGFGSTATSNTSNLFGNSGAKTFGGFASSSFGEQKPTGTFSSGGGSVASQGFGFSSPNKTGGFGAAPVFGSPPTFGGSPGFGGVPAFGSAPAFTSPLGSTGGKVFGEGTAAASAGGFGFGSSSNTTSFGTLASQNAPTFGSLSQQTSGFGTQSSGFSGFGSGTGGFSFGSNNSSVQGFGGWRS 2 1 2 -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------KAIVRLREHINLLSKKQSHLRTQITN---QENEARIFLTKGNKVMAKNALKKKKT---IEQLLSKVEGTMESMEQQLFSIE------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 5fd9.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 5' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . 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A 6.864 -4.474 -0.401 1 1 A SER 0.670 1 ATOM 142 O OG . SER 767 767 ? A 5.540 -4.387 0.126 1 1 A SER 0.670 1 ATOM 143 N N . SER 768 768 ? A 9.631 -3.429 -1.490 1 1 A SER 0.650 1 ATOM 144 C CA . SER 768 768 ? A 11.043 -3.596 -1.822 1 1 A SER 0.650 1 ATOM 145 C C . SER 768 768 ? A 11.957 -2.567 -1.186 1 1 A SER 0.650 1 ATOM 146 O O . SER 768 768 ? A 13.033 -2.899 -0.688 1 1 A SER 0.650 1 ATOM 147 C CB . SER 768 768 ? A 11.315 -3.521 -3.345 1 1 A SER 0.650 1 ATOM 148 O OG . SER 768 768 ? A 10.775 -4.655 -4.019 1 1 A SER 0.650 1 ATOM 149 N N . LEU 769 769 ? A 11.566 -1.277 -1.174 1 1 A LEU 0.650 1 ATOM 150 C CA . LEU 769 769 ? A 12.310 -0.224 -0.504 1 1 A LEU 0.650 1 ATOM 151 C C . LEU 769 769 ? A 12.395 -0.398 0.998 1 1 A LEU 0.650 1 ATOM 152 O O . LEU 769 769 ? A 13.472 -0.264 1.570 1 1 A LEU 0.650 1 ATOM 153 C CB . LEU 769 769 ? A 11.731 1.167 -0.825 1 1 A LEU 0.650 1 ATOM 154 C CG . LEU 769 769 ? A 11.837 1.549 -2.311 1 1 A LEU 0.650 1 ATOM 155 C CD1 . LEU 769 769 ? A 10.962 2.769 -2.593 1 1 A LEU 0.650 1 ATOM 156 C CD2 . LEU 769 769 ? A 13.278 1.865 -2.701 1 1 A LEU 0.650 1 ATOM 157 N N . LYS 770 770 ? A 11.290 -0.779 1.672 1 1 A LYS 0.660 1 ATOM 158 C CA . LYS 770 770 ? A 11.296 -1.072 3.100 1 1 A LYS 0.660 1 ATOM 159 C C . LYS 770 770 ? A 12.247 -2.192 3.480 1 1 A LYS 0.660 1 ATOM 160 O O . LYS 770 770 ? A 12.959 -2.100 4.480 1 1 A LYS 0.660 1 ATOM 161 C CB . LYS 770 770 ? A 9.888 -1.445 3.608 1 1 A LYS 0.660 1 ATOM 162 C CG . LYS 770 770 ? A 8.918 -0.260 3.605 1 1 A LYS 0.660 1 ATOM 163 C CD . LYS 770 770 ? A 7.526 -0.664 4.103 1 1 A LYS 0.660 1 ATOM 164 C CE . LYS 770 770 ? A 6.548 0.509 4.096 1 1 A LYS 0.660 1 ATOM 165 N NZ . LYS 770 770 ? A 5.210 0.047 4.521 1 1 A LYS 0.660 1 ATOM 166 N N . THR 771 771 ? A 12.319 -3.258 2.661 1 1 A THR 0.670 1 ATOM 167 C CA . THR 771 771 ? A 13.324 -4.312 2.799 1 1 A THR 0.670 1 ATOM 168 C C . THR 771 771 ? A 14.736 -3.790 2.649 1 1 A THR 0.670 1 ATOM 169 O O . THR 771 771 ? 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A 17.568 -0.451 6.172 1 1 A LEU 0.540 1 ATOM 184 C CB . LEU 773 773 ? A 14.800 0.842 4.847 1 1 A LEU 0.540 1 ATOM 185 C CG . LEU 773 773 ? A 14.353 1.961 3.897 1 1 A LEU 0.540 1 ATOM 186 C CD1 . LEU 773 773 ? A 12.987 2.526 4.309 1 1 A LEU 0.540 1 ATOM 187 C CD2 . LEU 773 773 ? A 15.390 3.079 3.843 1 1 A LEU 0.540 1 ATOM 188 N N . LEU 774 774 ? A 15.893 -1.899 5.797 1 1 A LEU 0.530 1 ATOM 189 C CA . LEU 774 774 ? A 16.214 -2.742 6.926 1 1 A LEU 0.530 1 ATOM 190 C C . LEU 774 774 ? A 17.439 -3.634 6.746 1 1 A LEU 0.530 1 ATOM 191 O O . LEU 774 774 ? A 18.373 -3.579 7.554 1 1 A LEU 0.530 1 ATOM 192 C CB . LEU 774 774 ? A 14.985 -3.625 7.257 1 1 A LEU 0.530 1 ATOM 193 C CG . LEU 774 774 ? A 13.733 -2.839 7.707 1 1 A LEU 0.530 1 ATOM 194 C CD1 . LEU 774 774 ? A 12.538 -3.798 7.843 1 1 A LEU 0.530 1 ATOM 195 C CD2 . LEU 774 774 ? A 13.961 -2.062 9.017 1 1 A LEU 0.530 1 ATOM 196 N N . GLU 775 775 ? A 17.458 -4.436 5.669 1 1 A GLU 0.460 1 ATOM 197 C CA . GLU 775 775 ? 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A 22.525 -1.510 1.200 1 1 A PHE 0.280 1 ATOM 212 O O . PHE 777 777 ? A 21.670 -0.752 0.764 1 1 A PHE 0.280 1 ATOM 213 C CB . PHE 777 777 ? A 23.114 -2.762 -0.769 1 1 A PHE 0.280 1 ATOM 214 C CG . PHE 777 777 ? A 23.490 -4.087 -1.312 1 1 A PHE 0.280 1 ATOM 215 C CD1 . PHE 777 777 ? A 24.698 -4.677 -0.921 1 1 A PHE 0.280 1 ATOM 216 C CD2 . PHE 777 777 ? A 22.650 -4.757 -2.208 1 1 A PHE 0.280 1 ATOM 217 C CE1 . PHE 777 777 ? A 25.081 -5.913 -1.446 1 1 A PHE 0.280 1 ATOM 218 C CE2 . PHE 777 777 ? A 23.028 -5.997 -2.734 1 1 A PHE 0.280 1 ATOM 219 C CZ . PHE 777 777 ? A 24.249 -6.570 -2.360 1 1 A PHE 0.280 1 ATOM 220 N N . ALA 778 778 ? A 23.439 -1.204 2.130 1 1 A ALA 0.390 1 ATOM 221 C CA . ALA 778 778 ? A 23.495 -0.045 2.948 1 1 A ALA 0.390 1 ATOM 222 C C . ALA 778 778 ? A 22.276 0.172 3.809 1 1 A ALA 0.390 1 ATOM 223 O O . ALA 778 778 ? A 21.746 1.271 3.981 1 1 A ALA 0.390 1 ATOM 224 C CB . ALA 778 778 ? A 23.830 1.138 2.105 1 1 A ALA 0.390 1 ATOM 225 N N . GLY 779 779 ? 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.521 2 1 3 0 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 750 THR 1 0.320 2 1 A 751 PHE 1 0.300 3 1 A 752 LEU 1 0.490 4 1 A 753 LEU 1 0.490 5 1 A 754 GLU 1 0.530 6 1 A 755 ILE 1 0.550 7 1 A 756 LYS 1 0.650 8 1 A 757 GLU 1 0.610 9 1 A 758 THR 1 0.600 10 1 A 759 THR 1 0.630 11 1 A 760 GLU 1 0.610 12 1 A 761 SER 1 0.580 13 1 A 762 LEU 1 0.550 14 1 A 763 HIS 1 0.590 15 1 A 764 GLY 1 0.690 16 1 A 765 ASP 1 0.650 17 1 A 766 ILE 1 0.650 18 1 A 767 SER 1 0.670 19 1 A 768 SER 1 0.650 20 1 A 769 LEU 1 0.650 21 1 A 770 LYS 1 0.660 22 1 A 771 THR 1 0.670 23 1 A 772 THR 1 0.590 24 1 A 773 LEU 1 0.540 25 1 A 774 LEU 1 0.530 26 1 A 775 GLU 1 0.460 27 1 A 776 GLY 1 0.430 28 1 A 777 PHE 1 0.280 29 1 A 778 ALA 1 0.390 30 1 A 779 GLY 1 0.540 31 1 A 780 VAL 1 0.530 32 1 A 781 GLU 1 0.490 33 1 A 782 GLU 1 0.490 34 1 A 783 ALA 1 0.590 35 1 A 784 ARG 1 0.510 36 1 A 785 GLU 1 0.510 37 1 A 786 GLN 1 0.490 38 1 A 787 ASN 1 0.470 39 1 A 788 GLU 1 0.430 40 1 A 789 ARG 1 0.420 41 1 A 790 ASN 1 0.420 42 1 A 791 ARG 1 0.370 43 1 A 792 ASP 1 0.410 44 1 A 793 SER 1 0.410 45 1 A 794 GLY 1 0.440 46 1 A 795 TYR 1 0.450 47 1 A 796 LEU 1 0.440 48 1 A 797 HIS 1 0.420 49 1 A 798 LEU 1 0.490 50 1 A 799 LEU 1 0.520 51 1 A 800 TYR 1 0.500 52 1 A 801 LYS 1 0.540 53 1 A 802 ARG 1 0.480 54 1 A 803 PRO 1 0.390 55 1 A 804 LEU 1 0.390 56 1 A 805 ASP 1 0.410 57 1 A 806 PRO 1 0.360 58 1 A 807 LYS 1 0.340 59 1 A 808 SER 1 0.480 60 1 A 809 GLU 1 0.490 61 1 A 810 ALA 1 0.530 62 1 A 811 GLN 1 0.550 63 1 A 812 LEU 1 0.650 64 1 A 813 GLN 1 0.670 65 1 A 814 GLU 1 0.650 66 1 A 815 ILE 1 0.640 67 1 A 816 ARG 1 0.620 68 1 A 817 ARG 1 0.640 69 1 A 818 LEU 1 0.560 70 1 A 819 HIS 1 0.520 71 1 A 820 GLN 1 0.570 72 1 A 821 TYR 1 0.570 73 1 A 822 VAL 1 0.570 74 1 A 823 LYS 1 0.590 75 1 A 824 PHE 1 0.560 76 1 A 825 ALA 1 0.640 77 1 A 826 VAL 1 0.590 78 1 A 827 GLN 1 0.530 79 1 A 828 ASP 1 0.560 80 1 A 829 VAL 1 0.380 81 1 A 830 ASN 1 0.360 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #